Changeset ed2276f in sasview for test


Ignore:
Timestamp:
Apr 4, 2017 10:00:18 AM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
7b15990
Parents:
9a5097c (diff), 571bf4b (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Andrew Jackson <andrew.jackson@…> (04/04/17 10:00:18)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (04/04/17 10:00:18)
Message:

Merge branch 'master' into numpy_import

Location:
test
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • test/corfunc/test/utest_corfunc.py

    racefa2b r253eb6c6  
    88from sas.sascalc.corfunc.corfunc_calculator import CorfuncCalculator 
    99from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    10 import matplotlib.pyplot as plt 
     10 
    1111 
    1212class TestCalculator(unittest.TestCase): 
    … …  
    6969        self.assertLess(abs(params['max']-75), 2.5) # L_p ~= 75 
    7070 
    71  
    7271    # Ensure tests are ran in correct order; 
    7372    # Each test depends on the one before it 

  • test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py

    r9a5097c red2276f  
    44 
    55import unittest 
     6 
     7import math 
    68import numpy as np 
    7 from sas.sascalc.dataloader.loader import  Loader 
     9from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader 
     10from sas.sascalc.dataloader.readers.IgorReader import Reader as IgorReader 
    811from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    912  
    … …  
    8588     
    8689    def setUp(self): 
    87         self.data = Loader().load("MAR07232_rest.ASC") 
    88          
     90        # the IgorReader should be able to read this filetype 
     91        # if it can't, stop here. 
     92        reader = IgorReader() 
     93        self.data = reader.read("MAR07232_rest.ASC") 
     94 
    8995    def test_igor_checkdata(self): 
    9096        """ 
    … …  
    107113         
    108114        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm') 
    109         center_x = (68.76-1)*5.0 
    110         center_y = (62.47-1)*5.0 
     115        center_x = (68.76 - 1)*5.0 
     116        center_y = (62.47 - 1)*5.0 
    111117        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x) 
    112118        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y) 
    113119         
    114120        self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm') 
    115         self.assertEqual(self.data.data[0], 0.279783) 
    116         self.assertEqual(self.data.data[1], 0.28951) 
    117         self.assertEqual(self.data.data[2], 0.167634) 
    118          
     121        # 3 points should be suffcient to check that the data is in column 
     122        # major order. 
     123        np.testing.assert_almost_equal(self.data.data[0:3], 
     124                                       [0.279783, 0.28951, 0.167634]) 
     125        np.testing.assert_almost_equal(self.data.qx_data[0:3], 
     126                                       [-0.01849072, -0.01821785, -0.01794498]) 
     127        np.testing.assert_almost_equal(self.data.qy_data[0:3], 
     128                                       [-0.01677435, -0.01677435, -0.01677435]) 
     129 
     130    def test_generic_loader(self): 
     131        # the generic loader should direct the file to IgorReader as well 
     132        data = Loader().load("MAR07232_rest.ASC") 
     133        self.assertEqual(data.meta_data['loader'], "IGOR 2D") 
     134 
     135 
    119136class danse_reader(unittest.TestCase): 
    120137     

  • test/pr_inversion/test/utest_invertor.py

    rb699768 r9a5097c  
    568568     
    569569def load(path = "sphere_60_q0_2.txt"): 
    570     import numpy, math, sys 
     570    import numpy as np 
     571    import math 
     572    import sys 
    571573    # Read the data from the data file 
    572     data_x   = numpy.zeros(0) 
    573     data_y   = numpy.zeros(0) 
    574     data_err = numpy.zeros(0) 
     574    data_x   = np.zeros(0) 
     575    data_y   = np.zeros(0) 
     576    data_err = np.zeros(0) 
    575577    scale    = None 
    576578    if not path == None: 
    … …  
    589591                        scale = 0.15*math.sqrt(y) 
    590592                    err = scale*math.sqrt(y) 
    591                 data_x = numpy.append(data_x, x) 
    592                 data_y = numpy.append(data_y, y) 
    593                 data_err = numpy.append(data_err, err) 
     593                data_x = np.append(data_x, x) 
     594                data_y = np.append(data_y, y) 
     595                data_err = np.append(data_err, err) 
    594596            except: 
    595597                pass 

  • test/sascalculator/test/utest_sas_gen.py

    ref908db r9a5097c  
    88from sas.sascalc.calculator import sas_gen 
    99 
    10 import numpy 
    11   
    12 import os.path 
    1310 
    1411class sas_gen_test(unittest.TestCase): 
    … …  
    5148        self.assertEqual(output.pos_z[0], 0.0) 
    5249 
     50 
    5351if __name__ == '__main__': 
    5452    unittest.main() 
    55     
     53 

  • test/sasdataloader/plugins/test_reader.py

    rb699768 r9a5097c  
    88copyright 2008, University of Tennessee 
    99""" 
    10 import numpy, os 
     10import os 
     11import numpy as np 
    1112from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    1213 
    … …  
    4041                buff = input_f.read() 
    4142                lines = buff.split('\n') 
    42                 x  = numpy.zeros(0) 
    43                 y  = numpy.zeros(0) 
    44                 dy = numpy.zeros(0) 
     43                x  = np.zeros(0) 
     44                y  = np.zeros(0) 
     45                dy = np.zeros(0) 
    4546                output = Data1D(x, y, dy=dy) 
    4647                self.filename = output.filename = basename 
    4748            
    4849                for line in lines: 
    49                     x  = numpy.append(x,  float(line))  
     50                    x  = np.append(x,  float(line)) 
    5051                     
    5152                output.x = x 

  • test/sasdataloader/test/utest_averaging.py

    rb699768 r9a5097c  
    11 
    22import unittest 
     3import math 
    34 
    45from sas.sascalc.dataloader.loader import  Loader 
    56from sas.sascalc.dataloader.manipulations import Ring, CircularAverage, SectorPhi, get_q,reader2D_converter 
    6   
    7 import os.path 
    8 import numpy, math 
     7 
     8import numpy as np 
    99import sas.sascalc.dataloader.data_info as data_info 
    1010 
    … …  
    1818            should return the predefined height of the distribution (1.0). 
    1919        """ 
    20         x_0  = numpy.ones([100,100]) 
    21         dx_0 = numpy.ones([100,100]) 
     20        x_0  = np.ones([100,100]) 
     21        dx_0 = np.ones([100,100]) 
    2222         
    2323        self.data = data_info.Data2D(data=x_0, err_data=dx_0) 
    … …  
    4242         
    4343        self.qstep = len(x_0) 
    44         x=  numpy.linspace(start= -1*self.qmax, 
     44        x=  np.linspace(start= -1*self.qmax, 
    4545                               stop= self.qmax, 
    4646                               num= self.qstep, 
    4747                               endpoint=True )   
    48         y = numpy.linspace(start= -1*self.qmax, 
     48        y = np.linspace(start= -1*self.qmax, 
    4949                               stop= self.qmax, 
    5050                               num= self.qstep, 

  • test/sasdataloader/test/utest_cansas.py

    r1686a333 r9a5097c  
    1515import pylint as pylint 
    1616import unittest 
    17 import numpy 
     17import numpy as np 
    1818import logging 
    1919import warnings 

  • test/sasguiframe/test/utest_manipulations.py

    rd85c194 r9a5097c  
    55 
    66import unittest 
    7 import numpy, math 
     7import math 
     8import numpy as np 
    89from sas.sascalc.dataloader.loader import  Loader 
    910from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data1D, Data2D 
    … …  
    5253    def setUp(self): 
    5354        # Create two data sets to play with 
    54         x_0 = numpy.ones(5) 
     55        x_0 = np.ones(5) 
    5556        for i in range(5): 
    5657            x_0[i] = x_0[i]*(i+1.0) 
    5758             
    58         y_0 = 2.0*numpy.ones(5) 
    59         dy_0 = 0.5*numpy.ones(5) 
     59        y_0 = 2.0*np.ones(5) 
     60        dy_0 = 0.5*np.ones(5) 
    6061        self.data = Data1D(x_0, y_0, dy=dy_0) 
    6162         
    6263        x = self.data.x 
    63         y = numpy.ones(5) 
    64         dy = numpy.ones(5) 
     64        y = np.ones(5) 
     65        dy = np.ones(5) 
    6566        self.data2 = Data1D(x, y, dy=dy) 
    6667         
    … …  
    155156    def setUp(self): 
    156157        # Create two data sets to play with 
    157         x_0 = 2.0*numpy.ones(25) 
    158         dx_0 = 0.5*numpy.ones(25) 
    159         qx_0 = numpy.arange(25) 
    160         qy_0 = numpy.arange(25) 
    161         mask_0 = numpy.zeros(25) 
    162         dqx_0 = numpy.arange(25)/100 
    163         dqy_0 = numpy.arange(25)/100 
    164         q_0 = numpy.sqrt(qx_0 * qx_0 + qy_0 * qy_0) 
     158        x_0 = 2.0*np.ones(25) 
     159        dx_0 = 0.5*np.ones(25) 
     160        qx_0 = np.arange(25) 
     161        qy_0 = np.arange(25) 
     162        mask_0 = np.zeros(25) 
     163        dqx_0 = np.arange(25)/100 
     164        dqy_0 = np.arange(25)/100 
     165        q_0 = np.sqrt(qx_0 * qx_0 + qy_0 * qy_0) 
    165166        self.data = Data2D(image=x_0, err_image=dx_0, qx_data=qx_0,  
    166167                           qy_data=qy_0, q_data=q_0, mask=mask_0,  
    167168                           dqx_data=dqx_0, dqy_data=dqy_0) 
    168169         
    169         y = numpy.ones(25) 
    170         dy = numpy.ones(25) 
    171         qx = numpy.arange(25) 
    172         qy = numpy.arange(25) 
    173         mask = numpy.zeros(25) 
    174         q = numpy.sqrt(qx * qx + qy * qy) 
     170        y = np.ones(25) 
     171        dy = np.ones(25) 
     172        qx = np.arange(25) 
     173        qy = np.arange(25) 
     174        mask = np.zeros(25) 
     175        q = np.sqrt(qx * qx + qy * qy) 
    175176        self.data2 = Data2D(image=y, err_image=dy, qx_data=qx, qy_data=qy,  
    176177                            q_data=q, mask=mask) 
    … …  
    182183        """ 
    183184        # There should be 5 entries in the file 
    184         self.assertEqual(numpy.size(self.data.data), 25) 
     185        self.assertEqual(np.size(self.data.data), 25) 
    185186         
    186187        for i in range(25): 
    … …  
    263264    def setUp(self): 
    264265        # Create two data sets to play with 
    265         x_0 = 2.0*numpy.ones(25) 
    266         dx_0 = 0.5*numpy.ones(25) 
    267         qx_0 = numpy.arange(25) 
    268         qy_0 = numpy.arange(25) 
    269         mask_0 = numpy.zeros(25) 
    270         dqx_0 = numpy.arange(25)/100 
    271         dqy_0 = numpy.arange(25)/100 
    272         q_0 = numpy.sqrt(qx_0 * qx_0 + qy_0 * qy_0) 
     266        x_0 = 2.0*np.ones(25) 
     267        dx_0 = 0.5*np.ones(25) 
     268        qx_0 = np.arange(25) 
     269        qy_0 = np.arange(25) 
     270        mask_0 = np.zeros(25) 
     271        dqx_0 = np.arange(25)/100 
     272        dqy_0 = np.arange(25)/100 
     273        q_0 = np.sqrt(qx_0 * qx_0 + qy_0 * qy_0) 
    273274        self.data = Data2D(image=x_0, err_image=dx_0, qx_data=qx_0,  
    274275                           qy_data=qy_0, q_data=q_0, mask=mask_0,  
    275276                           dqx_data=dqx_0, dqy_data=dqy_0) 
    276277         
    277         y = numpy.ones(25) 
    278         dy = numpy.ones(25) 
    279         qx = numpy.arange(25) 
    280         qy = numpy.arange(25) 
    281         mask = numpy.zeros(25) 
    282         q = numpy.sqrt(qx * qx + qy * qy) 
     278        y = np.ones(25) 
     279        dy = np.ones(25) 
     280        qx = np.arange(25) 
     281        qy = np.arange(25) 
     282        mask = np.zeros(25) 
     283        q = np.sqrt(qx * qx + qy * qy) 
    283284        self.data2 = Data2D(image=y, err_image=dy, qx_data=qx, qy_data=qy,  
    284285                            q_data=q, mask=mask) 
    … …  
    290291        """ 
    291292        # There should be 5 entries in the file 
    292         self.assertEqual(numpy.size(self.data.data), 25) 
     293        self.assertEqual(np.size(self.data.data), 25) 
    293294         
    294295        for i in range(25): 

  • test/sasinvariant/test/utest_data_handling.py

    rb699768 r9a5097c  
    99""" 
    1010import unittest 
    11 import numpy, math 
     11import math 
     12import numpy as np 
    1213from sas.sascalc.dataloader.loader import  Loader 
    1314from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    … …  
    2021    """ 
    2122    def setUp(self): 
    22         x = numpy.asarray([1.,2.,3.,4.,5.,6.,7.,8.,9.]) 
    23         y = numpy.asarray([1.,2.,3.,4.,5.,6.,7.,8.,9.]) 
     23        x = np.asarray([1.,2.,3.,4.,5.,6.,7.,8.,9.]) 
     24        y = np.asarray([1.,2.,3.,4.,5.,6.,7.,8.,9.]) 
    2425        dy = y/10.0 
    2526         
    … …  
    135136         
    136137    def test_error_treatment(self): 
    137         x = numpy.asarray(numpy.asarray([0,1,2,3])) 
    138         y = numpy.asarray(numpy.asarray([1,1,1,1])) 
     138        x = np.asarray(np.asarray([0,1,2,3])) 
     139        y = np.asarray(np.asarray([1,1,1,1])) 
    139140         
    140141        # These are all the values of the dy array that would cause 
    … …  
    340341        self.scale = 1.5 
    341342        self.rg = 30.0 
    342         x = numpy.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
    343         y = numpy.asarray([self.scale * math.exp( -(q*self.rg)**2 / 3.0 ) for q in x]) 
     343        x = np.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
     344        y = np.asarray([self.scale * math.exp( -(q*self.rg)**2 / 3.0 ) for q in x]) 
    344345        dy = y*.1 
    345346        self.data = Data1D(x=x, y=y, dy=dy) 
    … …  
    383384        self.scale = 1.5 
    384385        self.m = 3.0 
    385         x = numpy.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
    386         y = numpy.asarray([self.scale * math.pow(q ,-1.0*self.m) for q in x])                 
     386        x = np.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
     387        y = np.asarray([self.scale * math.pow(q ,-1.0*self.m) for q in x]) 
    387388        dy = y*.1 
    388389        self.data = Data1D(x=x, y=y, dy=dy) 
    … …  
    427428            that can't be transformed 
    428429        """ 
    429         x = numpy.asarray(numpy.asarray([0,1,2,3])) 
    430         y = numpy.asarray(numpy.asarray([1,1,1,1])) 
     430        x = np.asarray(np.asarray([0,1,2,3])) 
     431        y = np.asarray(np.asarray([1,1,1,1])) 
    431432        g = invariant.Guinier() 
    432433        data_in = Data1D(x=x, y=y) 
    … …  
    438439         
    439440    def test_allowed_bins(self): 
    440         x = numpy.asarray(numpy.asarray([0,1,2,3])) 
    441         y = numpy.asarray(numpy.asarray([1,1,1,1])) 
    442         dy = numpy.asarray(numpy.asarray([1,1,1,1])) 
     441        x = np.asarray(np.asarray([0,1,2,3])) 
     442        y = np.asarray(np.asarray([1,1,1,1])) 
     443        dy = np.asarray(np.asarray([1,1,1,1])) 
    443444        g = invariant.Guinier() 
    444445        data = Data1D(x=x, y=y, dy=dy) 
    … …  
    465466        self.scale = 1.5 
    466467        self.rg = 30.0 
    467         x = numpy.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
    468         y = numpy.asarray([self.scale * math.exp( -(q*self.rg)**2 / 3.0 ) for q in x]) 
     468        x = np.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
     469        y = np.asarray([self.scale * math.exp( -(q*self.rg)**2 / 3.0 ) for q in x]) 
    469470        dy = y*.1 
    470471        self.data = Data1D(x=x, y=y, dy=dy) 
    … …  
    513514        self.scale = 1.5 
    514515        self.rg = 30.0 
    515         x = numpy.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
    516         y = numpy.asarray([self.scale * math.exp( -(q*self.rg)**2 / 3.0 ) for q in x]) 
     516        x = np.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
     517        y = np.asarray([self.scale * math.exp( -(q*self.rg)**2 / 3.0 ) for q in x]) 
    517518        dy = y*.1 
    518519        self.data = Data1D(x=x, y=y, dy=dy) 
    … …  
    600601        self.scale = 1.5 
    601602        self.m = 3.0 
    602         x = numpy.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
    603         y = numpy.asarray([self.scale * math.pow(q ,-1.0*self.m) for q in x])                 
     603        x = np.arange(0.0001, 0.1, 0.0001) 
     604        y = np.asarray([self.scale * math.pow(q ,-1.0*self.m) for q in x]) 
    604605        dy = y*.1 
    605606        self.data = Data1D(x=x, y=y, dy=dy) 

  • test/sasinvariant/test/utest_use_cases.py

    rb699768 r9a5097c  
    55#TODO: there's no test for smeared extrapolation 
    66import unittest 
    7 import numpy 
    87from sas.sascalc.dataloader.loader import  Loader 
    98 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.