Changeset e9b12eaf in sasview for sansview/perspectives


Ignore:
Timestamp:
May 25, 2010 2:40:34 PM (15 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
35b556d
Parents:
bb70474
Message:

working on save state

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansview/perspectives/fitting/pagestate.py

    rbb70474 re9b12eaf  
    1919import DataLoader 
    2020from DataLoader.readers.cansas_reader import Reader as CansasReader 
    21 from DataLoader.readers.cansas_reader import get_content 
     21from DataLoader.readers.cansas_reader import get_content, write_node 
    2222 
    2323#Information to read/write state as xml 
    … …  
    6464                            ["fixed_param", "fixed_param"],                       
    6565                            ["fittable_param","fittable_param"]] 
     66list_of_data_2d_attr = [["xmin", "xmin"], 
     67                        ["xmax","xmax"], 
     68                        ["ymin","ymin"], 
     69                        ["ymax","ymax"], 
     70                        ["_xaxis","_xaxis"], 
     71                        ["_xunit", "_xunit"], 
     72                        ["_yaxis","_yaxis"], 
     73                        ["_yunit","_yunit"], 
     74                        ["_zaxis","_zaxis"], 
     75                        ["_zunit","_zunit"]] 
     76list_of_data2d_values = [["qx_data","qx_data"], 
     77                         ["qy_data","qy_data"], 
     78                         ["qdx_data","qdx_data"], 
     79                         ["qdy_data","qdy_data"], 
     80                         ["data","data"], 
     81                         ["q_data","q_data"], 
     82                         ["err_data","err_data"], 
     83                         ["mask","mask"],] 
    6684 
    6785class PageState(object): 
    … …  
    390408            element = newdoc.createElement(item[0]) 
    391409            exec "list = self.%s"%item[1] 
    392             for item in list: 
    393                 exec "element.appendChild(newdoc.createTextNode(str(%s)))" % item 
     410            for value in list: 
     411                exec "element.appendChild(newdoc.createTextNode(str(%s)))" % value 
    394412            inputs.appendChild(element) 
    395413             
    … …  
    523541            @return: None 
    524542        """ 
    525         if self.cansas==True: 
     543        if self.cansas == True: 
    526544            return self._read_cansas(path) 
    527         else: 
    528             return self._read_standalone(path) 
    529          
    530     def _data2d_to_xml_doc(self): 
     545      
     546    def _data2d_to_xml_doc(self, datainfo): 
    531547        """ 
    532548            Create an XML document to contain the content of a Data2D 
    … …  
    553569                runname = {'name': datainfo.run_name[item] } 
    554570            write_node(doc, entry_node, "Run", item, runname) 
    555          
    556571        # Data info 
    557572        node = doc.createElement("SASdata") 
    558573        entry_node.appendChild(node) 
    559          
    560         for i in range(len(datainfo.x)): 
    561             pt = doc.createElement("Idata") 
    562             node.appendChild(pt) 
    563             write_node(doc, pt, "Q", datainfo.x[i], {'unit':datainfo.x_unit}) 
    564             if len(datainfo.y)>=i: 
    565                 write_node(doc, pt, "I", datainfo.y[i], {'unit':datainfo.y_unit}) 
    566             if datainfo.dx !=None and len(datainfo.dx)>=i: 
    567                 write_node(doc, pt, "Qdev", datainfo.dx[i], {'unit':datainfo.x_unit}) 
    568             if datainfo.dy !=None and len(datainfo.dy)>=i: 
    569                 write_node(doc, pt, "Idev", datainfo.dy[i], {'unit':datainfo.y_unit}) 
    570  
    571          
     574        for item in list_of_data_2d_attr: 
     575            element = doc.createElement(item[0]) 
     576            exec "element.setAttribute(item[0], str(datainfo.%s))"%(item[1]) 
     577            entry_node.appendChild(element) 
     578        for item in list_of_data2d_values: 
     579            element = doc.createElement(item[0]) 
     580            exec "temp_list = self.%s"%item[1] 
     581            for value in temp_list: 
     582                exec "element.appendChild(doc.createTextNode(str(%s)))" % value 
     583            entry_node.appendChild(element) 
     584       
    572585        # Sample info 
    573586        sample = doc.createElement("SASsample") 
    … …  
    690703                det.appendChild(ori) 
    691704                 
    692          
    693705        # Processes info 
    694706        for item in datainfo.process: 
    … …  
    709721        # the data we just wrote 
    710722        return doc, entry_node 
    711      
    712     def _read_standalone(self, path): 
    713         """  
    714             Load a new P(r) inversion state from file. 
    715             The P(r) node is assumed to be the top element. 
    716              
    717             @param path: file path 
    718             @return: None 
    719         """ 
    720         # Read the new state from file 
    721         state = PageState() 
    722         state.fromXML(file=path) 
    723         # Call back to post the new state 
    724         self.call_back(state) 
    725         return None 
     723    
    726724     
    727725    def _parse_state(self, entry): 
    … …  
    742740        return state 
    743741     
     742    def _parse_entry_2d(self, dom): 
     743        """ 
     744            Parse a SASentry 
     745             
     746            @param node: SASentry node 
     747            @return: Data2D object 
     748        """ 
     749       
     750        data_info = Data2D() 
     751         
     752        # Look up title       
     753        self._store_content('ns:Title', dom, 'title', data_info) 
     754         
     755        # Look up run number    
     756        nodes = dom.xpath('ns:Run', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     757        for item in nodes:     
     758            if item.text is not None: 
     759                value = item.text.strip() 
     760                if len(value) > 0: 
     761                    data_info.run.append(value) 
     762                    if item.get('name') is not None: 
     763                        data_info.run_name[value] = item.get('name') 
     764                            
     765        # Look up instrument name               
     766        self._store_content('ns:SASinstrument/ns:name', dom, 'instrument', data_info) 
     767 
     768        # Notes 
     769        note_list = dom.xpath('ns:SASnote', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     770        for note in note_list: 
     771            try: 
     772                if note.text is not None: 
     773                    note_value = note.text.strip() 
     774                    if len(note_value) > 0: 
     775                        data_info.notes.append(note_value) 
     776            except: 
     777                err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n  %s" % sys.exc_value 
     778                self.errors.append(err_mess) 
     779                logging.error(err_mess) 
     780         
     781        # Sample info ################### 
     782        entry = get_content('ns:SASsample', dom) 
     783        if entry is not None: 
     784            data_info.sample.name = entry.get('name') 
     785             
     786        self._store_content('ns:SASsample/ns:ID',  
     787                     dom, 'ID', data_info.sample)                     
     788        self._store_float('ns:SASsample/ns:thickness',  
     789                     dom, 'thickness', data_info.sample) 
     790        self._store_float('ns:SASsample/ns:transmission',  
     791                     dom, 'transmission', data_info.sample) 
     792        self._store_float('ns:SASsample/ns:temperature',  
     793                     dom, 'temperature', data_info.sample) 
     794         
     795        nodes = dom.xpath('ns:SASsample/ns:details', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     796        for item in nodes: 
     797            try: 
     798                if item.text is not None: 
     799                    detail_value = item.text.strip() 
     800                    if len(detail_value) > 0: 
     801                        data_info.sample.details.append(detail_value) 
     802            except: 
     803                err_mess = "cansas_reader.read: error processing sample details\n  %s" % sys.exc_value 
     804                self.errors.append(err_mess) 
     805                logging.error(err_mess) 
     806         
     807        # Position (as a vector) 
     808        self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:x',  
     809                     dom, 'position.x', data_info.sample)           
     810        self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:y',  
     811                     dom, 'position.y', data_info.sample)           
     812        self._store_float('ns:SASsample/ns:position/ns:z',  
     813                     dom, 'position.z', data_info.sample)           
     814         
     815        # Orientation (as a vector) 
     816        self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:roll',  
     817                     dom, 'orientation.x', data_info.sample)           
     818        self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:pitch',  
     819                     dom, 'orientation.y', data_info.sample)           
     820        self._store_float('ns:SASsample/ns:orientation/ns:yaw',  
     821                     dom, 'orientation.z', data_info.sample)           
     822        
     823        # Source info ################### 
     824        entry = get_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource', dom) 
     825        if entry is not None: 
     826            data_info.source.name = entry.get('name') 
     827         
     828        self._store_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:radiation',  
     829                     dom, 'radiation', data_info.source)                     
     830        self._store_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_shape',  
     831                     dom, 'beam_shape', data_info.source)                     
     832        self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength',  
     833                     dom, 'wavelength', data_info.source)           
     834        self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_min',  
     835                     dom, 'wavelength_min', data_info.source)           
     836        self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_max',  
     837                     dom, 'wavelength_max', data_info.source)           
     838        self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:wavelength_spread',  
     839                     dom, 'wavelength_spread', data_info.source)     
     840         
     841        # Beam size (as a vector)    
     842        entry = get_content('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size', dom) 
     843        if entry is not None: 
     844            data_info.source.beam_size_name = entry.get('name') 
     845             
     846        self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:x',  
     847                     dom, 'beam_size.x', data_info.source)     
     848        self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:y',  
     849                     dom, 'beam_size.y', data_info.source)     
     850        self._store_float('ns:SASinstrument/ns:SASsource/ns:beam_size/ns:z',  
     851                     dom, 'beam_size.z', data_info.source)     
     852         
     853        # Collimation info ################### 
     854        nodes = dom.xpath('ns:SASinstrument/ns:SAScollimation', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     855        for item in nodes: 
     856            collim = Collimation() 
     857            if item.get('name') is not None: 
     858                collim.name = item.get('name') 
     859            self._store_float('ns:length', item, 'length', collim)   
     860             
     861            # Look for apertures 
     862            apert_list = item.xpath('ns:aperture', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     863            for apert in apert_list: 
     864                aperture =  Aperture() 
     865                 
     866                # Get the name and type of the aperture 
     867                aperture.name = apert.get('name') 
     868                aperture.type = apert.get('type') 
     869                     
     870                self._store_float('ns:distance', apert, 'distance', aperture)     
     871                 
     872                entry = get_content('ns:size', apert) 
     873                if entry is not None: 
     874                    aperture.size_name = entry.get('name') 
     875                 
     876                self._store_float('ns:size/ns:x', apert, 'size.x', aperture)     
     877                self._store_float('ns:size/ns:y', apert, 'size.y', aperture)     
     878                self._store_float('ns:size/ns:z', apert, 'size.z', aperture) 
     879                 
     880                collim.aperture.append(aperture) 
     881                 
     882            data_info.collimation.append(collim) 
     883         
     884        # Detector info ###################### 
     885        nodes = dom.xpath('ns:SASinstrument/ns:SASdetector', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     886        for item in nodes: 
     887             
     888            detector = Detector() 
     889             
     890            self._store_content('ns:name', item, 'name', detector) 
     891            self._store_float('ns:SDD', item, 'distance', detector)     
     892             
     893            # Detector offset (as a vector) 
     894            self._store_float('ns:offset/ns:x', item, 'offset.x', detector)     
     895            self._store_float('ns:offset/ns:y', item, 'offset.y', detector)     
     896            self._store_float('ns:offset/ns:z', item, 'offset.z', detector)     
     897             
     898            # Detector orientation (as a vector) 
     899            self._store_float('ns:orientation/ns:roll',  item, 'orientation.x', detector)     
     900            self._store_float('ns:orientation/ns:pitch', item, 'orientation.y', detector)     
     901            self._store_float('ns:orientation/ns:yaw',   item, 'orientation.z', detector)     
     902             
     903            # Beam center (as a vector) 
     904            self._store_float('ns:beam_center/ns:x', item, 'beam_center.x', detector)     
     905            self._store_float('ns:beam_center/ns:y', item, 'beam_center.y', detector)     
     906            self._store_float('ns:beam_center/ns:z', item, 'beam_center.z', detector)     
     907             
     908            # Pixel size (as a vector) 
     909            self._store_float('ns:pixel_size/ns:x', item, 'pixel_size.x', detector)     
     910            self._store_float('ns:pixel_size/ns:y', item, 'pixel_size.y', detector)     
     911            self._store_float('ns:pixel_size/ns:z', item, 'pixel_size.z', detector)     
     912             
     913            self._store_float('ns:slit_length', item, 'slit_length', detector) 
     914             
     915            data_info.detector.append(detector)     
     916 
     917        # Processes info ###################### 
     918        nodes = dom.xpath('ns:SASprocess', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     919        for item in nodes: 
     920            process = Process() 
     921            self._store_content('ns:name', item, 'name', process) 
     922            self._store_content('ns:date', item, 'date', process) 
     923            self._store_content('ns:description', item, 'description', process) 
     924             
     925            term_list = item.xpath('ns:term', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     926            for term in term_list: 
     927                try: 
     928                    term_attr = {} 
     929                    for attr in term.keys(): 
     930                        term_attr[attr] = term.get(attr).strip() 
     931                    if term.text is not None: 
     932                        term_attr['value'] = term.text.strip() 
     933                        process.term.append(term_attr) 
     934                except: 
     935                    err_mess = "cansas_reader.read: error processing process term\n  %s" % sys.exc_value 
     936                    self.errors.append(err_mess) 
     937                    logging.error(err_mess) 
     938             
     939            note_list = item.xpath('ns:SASprocessnote', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     940            for note in note_list: 
     941                if note.text is not None: 
     942                    process.notes.append(note.text.strip()) 
     943             
     944            data_info.process.append(process) 
     945             
     946             
     947        # Data info ###################### 
     948        nodes = dom.xpath('ns:SASdata', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     949        if len(nodes)>1: 
     950            raise RuntimeError, "CanSAS reader is not compatible with multiple SASdata entries" 
     951         
     952        nodes = dom.xpath('ns:SASdata/ns:Idata', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
     953 
     954        for item in nodes: 
     955            _x, attr = get_float('ns:Q', item) 
     956            _dx, attr_d = get_float('ns:Qdev', item) 
     957            _dxl, attr_l = get_float('ns:dQl', item) 
     958            _dxw, attr_w = get_float('ns:dQw', item) 
     959            if _dx == None: 
     960                _dx = 0.0 
     961            if _dxl == None: 
     962                _dxl = 0.0 
     963            if _dxw == None: 
     964                _dxw = 0.0 
     965                 
     966            if attr.has_key('unit') and attr['unit'].lower() != data_info.x_unit.lower(): 
     967                if has_converter==True: 
     968                    try: 
     969                        data_conv_q = Converter(attr['unit']) 
     970                        _x = data_conv_q(_x, units=data_info.x_unit) 
     971                    except: 
     972                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert Q unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
     973                        % (attr['unit'], data_info.x_unit, sys.exc_value) 
     974                else: 
     975                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized Q unit [%s]; expecting [%s]" \ 
     976                        % (attr['unit'], data_info.x_unit) 
     977            # Error in Q 
     978            if attr_d.has_key('unit') and attr_d['unit'].lower() != data_info.x_unit.lower(): 
     979                if has_converter==True: 
     980                    try: 
     981                        data_conv_q = Converter(attr_d['unit']) 
     982                        _dx = data_conv_q(_dx, units=data_info.x_unit) 
     983                    except: 
     984                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert dQ unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
     985                        % (attr['unit'], data_info.x_unit, sys.exc_value) 
     986                else: 
     987                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized dQ unit [%s]; expecting [%s]" \ 
     988                        % (attr['unit'], data_info.x_unit) 
     989            # Slit length 
     990            if attr_l.has_key('unit') and attr_l['unit'].lower() != data_info.x_unit.lower(): 
     991                if has_converter==True: 
     992                    try: 
     993                        data_conv_q = Converter(attr_l['unit']) 
     994                        _dxl = data_conv_q(_dxl, units=data_info.x_unit) 
     995                    except: 
     996                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert dQl unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
     997                        % (attr['unit'], data_info.x_unit, sys.exc_value) 
     998                else: 
     999                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized dQl unit [%s]; expecting [%s]" \ 
     1000                        % (attr['unit'], data_info.x_unit) 
     1001            # Slit width 
     1002            if attr_w.has_key('unit') and attr_w['unit'].lower() != data_info.x_unit.lower(): 
     1003                if has_converter==True: 
     1004                    try: 
     1005                        data_conv_q = Converter(attr_w['unit']) 
     1006                        _dxw = data_conv_q(_dxw, units=data_info.x_unit) 
     1007                    except: 
     1008                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert dQw unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
     1009                        % (attr['unit'], data_info.x_unit, sys.exc_value) 
     1010                else: 
     1011                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized dQw unit [%s]; expecting [%s]" \ 
     1012                        % (attr['unit'], data_info.x_unit) 
     1013                     
     1014            _y, attr = get_float('ns:I', item) 
     1015            _dy, attr_d = get_float('ns:Idev', item) 
     1016            if _dy == None: 
     1017                _dy = 0.0 
     1018            if attr.has_key('unit') and attr['unit'].lower() != data_info.y_unit.lower(): 
     1019                if has_converter==True: 
     1020                    try: 
     1021                        data_conv_i = Converter(attr['unit']) 
     1022                        _y = data_conv_i(_y, units=data_info.y_unit) 
     1023                    except: 
     1024                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert I(q) unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
     1025                        % (attr['unit'], data_info.y_unit, sys.exc_value) 
     1026                else: 
     1027                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized I(q) unit [%s]; expecting [%s]" \ 
     1028                        % (attr['unit'], data_info.y_unit) 
     1029            if attr_d.has_key('unit') and attr_d['unit'].lower() != data_info.y_unit.lower(): 
     1030                if has_converter==True: 
     1031                    try: 
     1032                        data_conv_i = Converter(attr_d['unit']) 
     1033                        _dy = data_conv_i(_dy, units=data_info.y_unit) 
     1034                    except: 
     1035                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert dI(q) unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
     1036                        % (attr_d['unit'], data_info.y_unit, sys.exc_value) 
     1037                else: 
     1038                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized dI(q) unit [%s]; expecting [%s]" \ 
     1039                        % (attr_d['unit'], data_info.y_unit) 
     1040                 
     1041            if _x is not None and _y is not None: 
     1042                exec "item = numpy.append(x, _x)" 
     1043     
     1044        for item in list_of_model_attributes: 
     1045            node = get_content("ns:%s"%item[0], entry) 
     1046            list = [] 
     1047            for value in node: 
     1048                try: 
     1049                    list.append(float(value))  
     1050                except: 
     1051                    list.append(None) 
     1052                 
     1053            exec "self.%s = list"%item[1] 
     1054        data_conv_q = None 
     1055        data_conv_i = None 
     1056         
     1057        if has_converter == True and data_info.x_unit != '1/A': 
     1058            data_conv_q = Converter('1/A') 
     1059            # Test it 
     1060            data_conv_q(1.0, output.Q_unit) 
     1061             
     1062        if has_converter == True and data_info.y_unit != '1/cm': 
     1063            data_conv_i = Converter('1/cm') 
     1064            # Test it 
     1065            data_conv_i(1.0, output.I_unit)                     
     1066                 
     1067        if data_conv_q is not None: 
     1068            data_info.xaxis("\\rm{%s}"%str(_xaxis), data_info.x_unit) 
     1069        else: 
     1070            data_info.xaxis("\\rm{%s}"%str(_xaxis), 'A^{-1}') 
     1071        if data_conv_i is not None: 
     1072            data_info.yaxis("\\rm{%s}"%str(_yaxis), data_info.y_unit) 
     1073        else: 
     1074            data_info.yaxis("\\rm{%s}"%str(_yaxis),"cm^{-1}") 
     1075         
     1076        return data_info 
     1077 
    7441078    def _read_cansas(self, path): 
    7451079        """  
    … …  
    7691103                    entry_list = root.xpath('/ns:SASroot/ns:SASentry', namespaces={'ns': CANSAS_NS}) 
    7701104                    for entry in entry_list: 
    771                         sas_entry = self._parse_entry(entry) 
     1105                        try: 
     1106                            sas_entry = self._parse_entry(entry) 
     1107                        except: 
     1108                            sas_entry = self._parse_entry_2d(entry) 
    7721109                        fitstate = self._parse_state(entry) 
    7731110                        sas_entry.meta_data['fitstate'] = fitstate 
    … …  
    8321169                    data = fitstate.data 
    8331170                    doc, sasentry = self._data2d_to_xml_doc(data) 
    834                 fitstate.toXML(doc=doc, entry_node=sasentry) 
     1171                fitstate.toXML(doc=doc, file=data.name, entry_node=sasentry) 
    8351172            # Write the XML document 
    8361173            fd = open(filename, 'w') 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.