Changeset e3efa6b3 in sasview for test


Ignore:
Timestamp:
May 15, 2014 11:23:22 AM (11 years ago)
Author:
pkienzle
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
4e9f227
Parents:
76f132a
Message:

restructure bumps wrapper and add levenberg-marquardt

Location:
test/park_integration/test
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • test/park_integration/test/batch_fit.py

    r4de1fed re3efa6b3  
    1  
    2  
    31import copy 
    42import time 
    … …  
    1311 
    1412 
    15  
    16      
    1713def classMapper(classInstance, classFunc, *args): 
    1814    """ 
    … …  
    2622 
    2723 
    28  
    29 class BatchScipyFit: 
     24class BatchFit: 
    3025    """ 
    3126    test fit module 
    … …  
    6762            model.setParam('cyl_phi.npts', 3) 
    6863            model.setParam('cyl_theta.nsigmas', 10) 
    69             """ for 2 data cyl_theta = 60.0 [deg] cyl_phi= 60.0 [deg]""" 
     64            # for 2 data cyl_theta = 60.0 [deg] cyl_phi= 60.0 [deg] 
    7065            fitter.set_model(model, i, self.param_to_fit,  
    7166                             self.list_of_constraints) 
    … …  
    8277            self.list_of_mapper.append(classMapper) 
    8378                    
    84     def reset_value(self): 
     79    def reset_value(self, engine='scipy'): 
    8580        """ 
    8681        Initialize inputs for the map function 
    … …  
    9186        self.list_of_constraints = [] 
    9287        self.list_of_mapper = [] 
    93         engine ="scipy" 
    94          
     88 
    9589        path = "testdata_line3.txt" 
    9690        self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
    … …  
    111105         
    112106       
    113     def test_map_fit(self): 
     107    def test_map_fit(self, n=0): 
    114108        """ 
    115         """  
    116         results =  map(classMapper,self.list_of_fitter, self.list_of_function) 
    117         print len(results) 
    118         for result in results: 
    119             print result.fitness, result.stderr, result.pvec 
     109        """ 
     110        if n > 0: 
     111            self._test_process_map_fit(n=n) 
     112        else: 
     113            results =  map(classMapper,self.list_of_fitter, self.list_of_function) 
     114            print len(results) 
     115            for result in results: 
     116                print result.fitness, result.stderr, result.pvec 
    120117         
    121118    def test_process_map_fit(self, n=1): 
    … …  
    142139    """   
    143140    def setUp(self): 
    144         self.test = BatchScipyFit(qmin=None, qmax=None) 
     141        self.test = BatchFit(qmin=None, qmax=None) 
    145142        
    146143     
    147     def __test_fit1(self): 
     144    def test_fit1(self): 
    148145        """test fit with python built in map function---- full range of each data""" 
    149146        self.test.test_map_fit() 
    150147         
    151     def __test_fit2(self): 
     148    def test_fit2(self): 
    152149        """test fit with python built in map function---- common range for all data""" 
    153150        self.test.set_range(qmin=0.013, qmax=0.05) 
    154151        self.test.reset_value() 
    155152        self.test.test_map_fit() 
     153        raise Exception("fail") 
    156154         
    157155    def test_fit3(self): 
    … …  
    159157        self.test.set_range(qmin=None, qmax=None) 
    160158        self.test.reset_value() 
    161         self.test.test_process_map_fit(n=2) 
     159        self.test.test_map_fit(n=1) 
    162160         
    163161    def test_fit4(self): 
    … …  
    165163        self.test.set_range(qmin=-1, qmax=10) 
    166164        self.test.reset_value() 
    167         self.test.test_process_map_fit(n=1) 
     165        self.test.test_map_fit(n=3) 
    168166         
    169167             

  • test/park_integration/test/utest_fit_cylinder.py

    rfb7180c re3efa6b3  
    9595        self.model2.set(background=0.0) 
    9696        
    97     def _fit(self, name="park"): 
    98         """ return fit result """ 
    99         fitter = Fit(name) 
    100         fitter.set_data(self.data1,1) 
    101         fitter.set_model(self.model1, 1, ['length','radius','scale']) 
    10297 
    103         fitter.set_data(self.data2,2) 
    104         fitter.set_model(self.model2, 2, ['radius','scale']) 
    105         fitter.select_problem_for_fit(id=1,value=1) 
    106         fitter.select_problem_for_fit(id=2,value=1) 
    107         return fitter.fit() 
    108      
    109      
    11098    def test_park2(self): 
    11199        """ Simultaneous cylinder model fit (park)  """ 
    112         result1, result2 = self._fit('park') 
     100        self._run_fit(Fit('park')) 
     101 
     102    def _run_fit(self, fitter): 
     103        result1, result2 = self._fit(fitter) 
    113104        self.assert_(result1) 
    114105        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0) 
    … …  
    130121                self.assertTrue( math.fabs(v-1.0)/3.0 < dv ) 
    131122 
     123    def _fit(self, fitter): 
     124        """ return fit result """ 
     125        fitter.set_data(self.data1,1) 
     126        fitter.set_model(self.model1, 1, ['length','radius','scale']) 
     127 
     128        fitter.set_data(self.data2,2) 
     129        fitter.set_model(self.model2, 2, ['radius','scale']) 
     130        fitter.select_problem_for_fit(id=1,value=1) 
     131        fitter.select_problem_for_fit(id=2,value=1) 
     132        return fitter.fit() 
     133 
    132134 
    133135if __name__ == '__main__': 

  • test/park_integration/test/utest_fit_line.py

    r76f132a re3efa6b3  
    8989        self.fit_bumps('newton') 
    9090 
     91    def test_bumps_lm(self): 
     92        self.fit_bumps('lm') 
     93 
    9194    def test_scipy(self): 
    9295        #print "fitting scipy" 

  • test/park_integration/test/utest_fit_smeared.py

    r76f132a re3efa6b3  
    55import unittest 
    66import math 
     7 
    78import numpy 
    89from sans.fit.AbstractFitEngine import Model 
    … …  
    6263            Cylinder fit with dispersion 
    6364        """ 
    64         alg = 'amoeba' 
     65        alg = 'lm' 
    6566        from bumps import fitters 
    6667        fitters.FIT_DEFAULT = alg 
    … …  
    103104        fitter.set_model(model,1,pars1) 
    104105        fitter.select_problem_for_fit(id=1,value=1) 
    105         result1, = fitter.fit() 
     106        #import time; T0 = time.time() 
     107        result1, = fitter.fit() 
     108        #print "time",time.time()-T0,fitter._engine.__class__.__name__ 
    106109         
    107110        self.assert_(result1) 
    … …  
    109112        self.assertTrue(len(result1.stderr)>0) 
    110113 
     114        #print [z for z in zip(result1.param_list,result1.pvec,result1.stderr)] 
    111115        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[0]-399.8)/3.0 < result1.stderr[0] ) 
    112116        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[1]-17.5)/3.0  < result1.stderr[1] ) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.