Changeset e1e41de in sasview


Ignore:
Timestamp:
Dec 15, 2016 4:16:17 AM (7 years ago)
Author:
jhbakker
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
55bc5a7f, a840efb
Parents:
c6728e1 (diff), ec57735 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' into Jurtest

Files:
1 added
17 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • build_tools/jenkins_linux_build.sh

    r8ca1ba1 r128c287  
    3737cd sasmodels 
    3838$PYTHON setup.py bdist_egg 
    39  
     39$PYTHON -m sasmodels.model_test all 
    4040 
    4141# SASVIEW 

  • build_tools/jenkins_osx_build.sh

    r8ca1ba1 r5dab2bc  
    4040cd sasmodels 
    4141$PYTHON setup.py bdist_egg 
    42  
     42$PYTHON -m sasmodels.model_test all 
    4343 
    4444# SASVIEW 

  • build_tools/jenkins_win64_build.bat

    rb636c0ba rec57735  
    4747cd sasmodels 
    4848%PYTHON% setup.py bdist_egg 
     49%PYTHON% -m sasmodels.model_test all 
    4950 
    5051:: SASMODELS install egg ############################################## 

  • build_tools/jenkins_win_build.bat

    rb188f53 r5dab2bc  
    4848cd sasmodels 
    4949%PYTHON% setup.py bdist_egg 
    50  
     50%PYTHON% -m sasmodels.model_test all 
    5151 
    5252:: SASMODELS install egg ############################################## 

  • src/sas/sascalc/dataloader/manipulations.py

    rb699768 rb2b36932  
    143143        :return: Data1D object 
    144144        """ 
    145         if len(data2D.detector) != 1: 
     145        if len(data2D.detector) > 1: 
    146146            msg = "_Slab._avg: invalid number of " 
    147147            msg += " detectors: %g" % len(data2D.detector) 
    … …  
    299299            error on number of counts, number of entries summed 
    300300        """ 
    301         if len(data2D.detector) != 1: 
     301        if len(data2D.detector) > 1: 
    302302            msg = "Circular averaging: invalid number " 
    303303            msg += "of detectors: %g" % len(data2D.detector) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/Plotter2D.py

    r1a696bf rb2b36932  
    316316 
    317317        slicerpop.AppendSeparator() 
    318         if len(self.data2D.detector) == 1: 
     318        if len(self.data2D.detector) <= 1: 
    319319            item_list = self.parent.get_current_context_menu(self) 
    320320            if (not item_list == None) and (not len(item_list) == 0) and\ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/plugin.rst

    r20cfa23 rca1eaeb  
    560560 
    561561    M_PI_180, M_4PI_3: 
    562         $\pi/{180}$, $\tfrac{4}{3}\pi$ 
     562        $\frac{\pi}{180}$, $\frac{4\pi}{3}$ 
    563563    SINCOS(x, s, c): 
    564564        Macro which sets s=sin(x) and c=cos(x). The variables *c* and *s* 
    … …  
    596596These functions have been tuned to be fast and numerically stable down 
    597597to $q=0$ even in single precision.  In some cases they work around bugs 
    598 which appear on some platforms but not others. So use them where needed!!! 
     598which appear on some platforms but not others, so use them where needed. 
     599Add the files listed in :code:`source = ["lib/file.c", ...]` to your *model.py* 
     600file in the order given, otherwise these functions will not be available. 
    599601 
    600602    polevl(x, c, n): 
    601         Polynomial evaluation $p(x) = \sum_{i=0}^n c_i x^{n-i}$ using Horner's 
     603        Polynomial evaluation $p(x) = \sum_{i=0}^n c_i x^i$ using Horner's 
    602604        method so it is faster and more accurate. 
    603605 
     606        $c = \{c_n, c_{n-1}, \ldots, c_0 \}$ is the table of coefficients, 
     607        sorted from highest to lowest. 
     608 
     609        :code:`source = ["lib/polevl.c", ...]` (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/polevl.c>`_) 
     610 
     611    p1evl(x, c, n): 
     612        Evaluation of normalized polynomial $p(x) = x^n + \sum_{i=0}^{n-1} c_i x^i$ 
     613        using Horner's method so it is faster and more accurate. 
     614 
     615        $c = \{c_{n-1}, c_{n-2} \ldots, c_0 \}$ is the table of coefficients, 
     616        sorted from highest to lowest. 
     617 
    604618        :code:`source = ["lib/polevl.c", ...]` 
    605  
    606     sas_gamma: 
    607         Gamma function $\text{sas_gamma}(x) = \Gamma(x)$.  The standard math 
    608         library gamma function, tgamma(x) is unstable below 1 on some platforms. 
     619        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/polevl.c>`_) 
     620 
     621    sas_gamma(x): 
     622        Gamma function $\text{sas_gamma}(x) = \Gamma(x)$. 
     623 
     624        The standard math function, tgamma(x) is unstable for $x < 1$ 
     625        on some platforms. 
    609626 
    610627        :code:`source = ["lib/sasgamma.c", ...]` 
    611  
    612     erf, erfc: 
     628        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_gamma.c>`_) 
     629 
     630    sas_erf(x), sas_erfc(x): 
    613631        Error function 
    614         $\text{erf}(x) = \frac{1}{\sqrt\pi}\int_0^x e^{-t^2}\,dt$ 
     632        $\text{sas_erf}(x) = \frac{2}{\sqrt\pi}\int_0^x e^{-t^2}\,dt$ 
    615633        and complementary error function 
    616         $\text{erfc}(x) = \frac{1}{\sqrt\pi}\int_x^\inf e^{-t^2}\,dt$. 
    617         The standard math library erf and erfc are slower and broken 
     634        $\text{sas_erfc}(x) = \frac{2}{\sqrt\pi}\int_x^{\infty} e^{-t^2}\,dt$. 
     635 
     636        The standard math functions erf(x) and erfc(x) are slower and broken 
    618637        on some platforms. 
    619638 
    620639        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_erf.c", ...]` 
    621  
    622     sas_J0: 
    623         Bessel function of the first kind where 
     640        (`link to error functions' code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_erf.c>`_) 
     641 
     642    sas_J0(x): 
     643        Bessel function of the first kind $\text{sas_J0}(x)=J_0(x)$ where 
    624644        $J_0(x) = \frac{1}{\pi}\int_0^\pi \cos(x\sin(\tau))\,d\tau$. 
    625645 
     646        The standard math function j0(x) is not available on all platforms. 
     647 
    626648        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c", ...]` 
    627  
    628     sas_J1: 
    629         Bessel function of the first kind where 
     649        (`link to Bessel function's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_J0.c>`_) 
     650 
     651    sas_J1(x): 
     652        Bessel function of the first kind  $\text{sas_J1}(x)=J_1(x)$ where 
    630653        $J_1(x) = \frac{1}{\pi}\int_0^\pi \cos(\tau - x\sin(\tau))\,d\tau$. 
    631654 
     655        The standard math function j1(x) is not available on all platforms. 
     656 
    632657        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c", ...]` 
    633  
    634     sas_JN: 
    635         Bessel function of the first kind where 
     658        (`link to Bessel function's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_J1.c>`_) 
     659 
     660    sas_JN(n, x): 
     661        Bessel function of the first kind and integer order $n$: 
     662        $\text{sas_JN}(n, x)=J_n(x)$ where 
    636663        $J_n(x) = \frac{1}{\pi}\int_0^\pi \cos(n\tau - x\sin(\tau))\,d\tau$. 
     664        If $n$ = 0 or 1, it uses sas_J0(x) or sas_J1(x), respectively. 
     665 
     666        The standard math function jn(n, x) is not available on all platforms. 
    637667 
    638668        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c", "lib/sas_J1.c", "lib/sas_JN.c", ...]` 
    639  
    640     Si: 
     669        (`link to Bessel function's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_JN.c>`_) 
     670 
     671    Si(x): 
    641672        Sine integral $\text{Si}(x) = \int_0^x \tfrac{\sin t}{t}\,dt$. 
    642673 
    643         :code:`soure = ["lib/Si.c", ...]` 
    644  
    645     sph_j1c(qr): 
     674        This function uses Taylor series for small and large arguments: 
     675 
     676        For large arguments, 
     677 
     678        .. math:: 
     679 
     680             \text{Si}(x) \sim \frac{\pi}{2} 
     681             - \frac{\cos(x)}{x}\left(1 - \frac{2!}{x^2} + \frac{4!}{x^4} - \frac{6!}{x^6} \right) 
     682             - \frac{\sin(x)}{x}\left(\frac{1}{x} - \frac{3!}{x^3} + \frac{5!}{x^5} - \frac{7!}{x^7}\right) 
     683 
     684        For small arguments, 
     685 
     686        .. math:: 
     687 
     688           \text{Si}(x) \sim x 
     689           - \frac{x^3}{3\times 3!} + \frac{x^5}{5 \times 5!} - \frac{x^7}{7 \times 7!} 
     690           + \frac{x^9}{9\times 9!} - \frac{x^{11}}{11\times 11!} 
     691 
     692        :code:`source = ["lib/Si.c", ...]` 
     693        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/Si.c>`_) 
     694 
     695    sph_j1c(x): 
    646696        Spherical Bessel form 
    647         $F(qr) = 3 j_1(qr)/(qr) = 3 (\sin(qr) - qr \cos(qr))/{(qr)^3}$, 
    648         with a limiting value of 1 at $qr=0$.  This function uses a Taylor 
    649         series for small $qr$ for numerical accuracy. 
     697        $\text{sph_j1c}(x) = 3 j_1(x)/x = 3 (\sin(x) - x \cos(x))/x^3$, 
     698        with a limiting value of 1 at $x=0$, where $j_1(x)$ is the spherical 
     699        Bessel function of the first kind and first order. 
     700 
     701        This function uses a Taylor series for small $x$ for numerical accuracy. 
    650702 
    651703        :code:`source = ["lib/sph_j1c.c", ...]` 
    652  
    653     sas_J1c(qr): 
    654         Bessel form $F(qr) = 2 J_1(qr)/{(qr)}$, with a limiting value of 1 at $qr=0$. 
     704        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sph_j1c.c>`_) 
     705 
     706 
     707    sas_J1c(x): 
     708        Bessel form $\text{sas_J1c}(x) = 2 J_1(x)/x$, with a limiting value 
     709        of 1 at $x=0$, where $J_1(x)$ is the Bessel function of first kind 
     710        and first order. 
    655711 
    656712        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c", ...]` 
    657  
    658     Gauss76z[i], Gauss76Wt[i]: 
    659         Points $z_i$ and weights $w_i$ for 76-point Gaussian quadrature, 
    660         computing $\int_{-1}^1 f(z)\,dz \approx \sum_{i=1}^{76} w_i f(z_i)$. 
    661         Similar arrays are available in :code:`gauss20.c` for 20 point 
    662         quadrature and in :code:`gauss150.c` for 150 point quadrature. 
    663  
    664         :code:`source = ["gauss76.c", ...]` 
     713        (`link to Bessel form's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_J1.c>`_) 
     714 
     715 
     716    Gauss76Z[i], Gauss76Wt[i]: 
     717        Points $z_i$ and weights $w_i$ for 76-point Gaussian quadrature, respectively, 
     718        computing $\int_{-1}^1 f(z)\,dz \approx \sum_{i=1}^{76} w_i\,f(z_i)$. 
     719 
     720        Similar arrays are available in :code:`gauss20.c` for 20-point 
     721        quadrature and in :code:`gauss150.c` for 150-point quadrature. 
     722 
     723        :code:`source = ["lib/gauss76.c", ...]` 
     724        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/gauss76.c>`_) 
     725 
     726 
    665727 
    666728Problems with C models 

  • src/sas/sascalc/data_util/qsmearing.py

    rf8aa738 rc6728e1  
    55#This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    66#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    7 #project funded by the US National Science Foundation.  
     7#project funded by the US National Science Foundation. 
    88#See the license text in license.txt 
    99#copyright 2008, University of Tennessee 
    … …  
    1313import logging 
    1414import sys 
     15from sasmodels import sesans 
     16import numpy as np  # type: ignore 
     17from numpy import pi, exp  # type: ignore 
    1518 
    1619from sasmodels.resolution import Slit1D, Pinhole1D 
     20from sasmodels.sesans import SESANS1D 
    1721from sasmodels.resolution2d import Pinhole2D 
     22from src.sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
     23 
    1824 
    1925def smear_selection(data, model = None): 
    … …  
    3642    # Sanity check. If we are not dealing with a SAS Data1D 
    3743    # object, just return None 
     44 
     45    # This checks for 2D data (does not throw exception because fail is common) 
    3846    if  data.__class__.__name__ not in ['Data1D', 'Theory1D']: 
    3947        if data == None: 
    … …  
    4250            return None 
    4351        return Pinhole2D(data) 
    44  
     52    # This checks for 1D data with smearing info in the data itself (again, fail is likely; no exceptions) 
    4553    if  not hasattr(data, "dx") and not hasattr(data, "dxl")\ 
    4654         and not hasattr(data, "dxw"): 
    … …  
    4856 
    4957    # Look for resolution smearing data 
     58    # This is the code that checks for SESANS data; it looks for the file loader 
     59    # TODO: change other sanity checks to check for file loader instead of data structure? 
     60    _found_sesans = False 
     61    #if data.dx is not None and data.meta_data['loader']=='SESANS': 
     62    if data.dx is not None and data.isSesans: 
     63        #if data.dx[0] > 0.0: 
     64        if numpy.size(data.dx[data.dx <= 0]) == 0: 
     65            _found_sesans = True 
     66        #if data.dx[0] <= 0.0: 
     67        if numpy.size(data.dx[data.dx <= 0]) > 0: 
     68            raise ValueError('one or more of your dx values are negative, please check the data file!') 
     69    if _found_sesans == True: 
     70        #Pre-compute the Hankel matrix (H) 
     71        qmax, qunits = data.sample.zacceptance 
     72        hankel=sesans.SesansTransform() 
     73        sesans.SesansTransform.set_transform(hankel, 
     74        SE = Converter(data._xunit)(data.x, "A"), 
     75        zaccept = Converter(qunits)(qmax, "1/A"), 
     76        Rmax = 10000000) 
     77        # Then return the actual transform, as if it were a smearing function 
     78        return PySmear(SESANS1D(data, hankel._H0, hankel._H, hankel.q), model) 
     79 
    5080    _found_resolution = False 
    5181    if data.dx is not None and len(data.dx) == len(data.x): 
    … …  
    92122        self.model = model 
    93123        self.resolution = resolution 
    94         self.offset = numpy.searchsorted(self.resolution.q_calc, self.resolution.q[0]) 
     124        if hasattr(self.resolution, 'data'): 
     125            if self.resolution.data.meta_data['loader'] == 'SESANS': # Always True if file extension is '.ses'! 
     126                self.offset = 0 
     127            # This is default behaviour, for future resolution/transform functions this needs to be revisited. 
     128            else: 
     129                self.offset = numpy.searchsorted(self.resolution.q_calc, self.resolution.q[0]) 
     130        else: 
     131            self.offset = numpy.searchsorted(self.resolution.q_calc, self.resolution.q[0]) 
     132 
     133        #self.offset = numpy.searchsorted(self.resolution.q_calc, self.resolution.q[0]) 
    95134 
    96135    def apply(self, iq_in, first_bin=0, last_bin=None): 
    … …  
    126165        q[first:last+1]. 
    127166        """ 
     167 
    128168        q = self.resolution.q 
    129169        first = numpy.searchsorted(q, q_min) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r1b1a1c1 r1fac6c0  
    2525import numpy 
    2626import math 
    27  
    28 class plottable_sesans1D(object): 
    29     """ 
    30     SESANS is a place holder for 1D SESANS plottables. 
    31  
    32     #TODO: This was directly copied from the plottables_1D. Modified Somewhat. 
    33     #Class has been updated. 
    34     """ 
    35     # The presence of these should be mutually 
    36     # exclusive with the presence of Qdev (dx) 
    37     x = None 
    38     y = None 
    39     lam = None 
    40     dx = None 
    41     dy = None 
    42     dlam = None 
    43     ## Slit smearing length 
    44     dxl = None 
    45     ## Slit smearing width 
    46     dxw = None 
    47  
    48     # Units 
    49     _xaxis = '' 
    50     _xunit = '' 
    51     _yaxis = '' 
    52     _yunit = '' 
    53  
    54     def __init__(self, x, y, lam, dx=None, dy=None, dlam=None): 
    55 #        print "SESANS plottable working" 
    56         self.x = numpy.asarray(x) 
    57         self.y = numpy.asarray(y) 
    58         self.lam = numpy.asarray(lam) 
    59         if dx is not None: 
    60             self.dx = numpy.asarray(dx) 
    61         if dy is not None: 
    62             self.dy = numpy.asarray(dy) 
    63         if dlam is not None: 
    64             self.dlam = numpy.asarray(dlam) 
    65  
    66     def xaxis(self, label, unit): 
    67         """ 
    68         set the x axis label and unit 
    69         """ 
    70         self._xaxis = label 
    71         self._xunit = unit 
    72  
    73     def yaxis(self, label, unit): 
    74         """ 
    75         set the y axis label and unit 
    76         """ 
    77         self._yaxis = label 
    78         self._yunit = unit 
    79  
    80  
    8127class plottable_1D(object): 
    8228    """ 
    … …  
    9440    dxw = None 
    9541 
     42    ## SESANS specific params (wavelengths for spin echo length calculation) 
     43 
     44    lam = None 
     45    dlam = None 
     46 
    9647    # Units 
    9748    _xaxis = '' 
    … …  
    10051    _yunit = '' 
    10152 
    102     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, dxl=None, dxw=None): 
     53    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, dxl=None, dxw=None, lam=None, dlam=None): 
    10354        self.x = numpy.asarray(x) 
    10455        self.y = numpy.asarray(y) 
    … …  
    11162        if dxw is not None: 
    11263            self.dxw = numpy.asarray(dxw) 
     64        if lam is not None: 
     65            self.lam = numpy.asarray(lam) 
     66        if dlam is not None: 
     67            self.dlam = numpy.asarray(dlam) 
    11368 
    11469    def xaxis(self, label, unit): 
    … …  
    736691        return self._perform_union(other) 
    737692 
    738 class SESANSData1D(plottable_sesans1D, DataInfo): 
    739     """ 
    740     SESANS 1D data class 
    741     """ 
    742     x_unit = 'nm' 
    743     y_unit = 'pol' 
    744  
    745     def __init__(self, x=None, y=None, lam=None, dx=None, dy=None, dlam=None): 
     693class Data1D(plottable_1D, DataInfo): 
     694    """ 
     695    1D data class 
     696    """ 
     697    #if plottable_1D.lam is None: # This means it's SANS data! 
     698     #   x_unit = '1/A' 
     699      #  y_unit = '1/cm' 
     700    #elif plottable_1D.lam is not None: # This means it's SESANS data! 
     701     #   x_unit = 'A' 
     702      #  y_unit = 'pol' 
     703    #else: # and if it's neither, you get punished! 
     704     #   raise(TypeError,'This is neither SANS nor SESANS data, what the hell are you doing??') 
     705 
     706    def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=False): 
     707        self.isSesans = isSesans 
    746708        DataInfo.__init__(self) 
    747         plottable_sesans1D.__init__(self, x, y, lam, dx, dy, dlam) 
     709        plottable_1D.__init__(self, x, y, dx, dy,None, None, lam, dlam) 
     710        if self.isSesans: 
     711            x_unit = 'A' 
     712            y_unit = 'pol' 
     713        elif not self.isSesans: # it's SANS data! (Could also be simple else statement, but i prefer exhaustive conditionals...-JHB) 
     714            x_unit = '1/A' 
     715            y_unit = '1/cm' 
     716        else: # and if it's neither, you get punished! 
     717            raise(TypeError,'This is neither SANS nor SESANS data, what the hell are you doing??') 
    748718 
    749719    def __str__(self): 
    … …  
    759729        return _str 
    760730 
    761     def clone_without_data(self, length=0, clone=None): 
    762         """ 
    763         Clone the current object, without copying the data (which 
    764         will be filled out by a subsequent operation). 
    765         The data arrays will be initialized to zero. 
    766  
    767         :param length: length of the data array to be initialized 
    768         :param clone: if provided, the data will be copied to clone 
    769         """ 
    770         from copy import deepcopy 
    771         if clone is None or not issubclass(clone.__class__, Data1D): 
    772             x = numpy.zeros(length) 
    773             dx = numpy.zeros(length) 
    774             y = numpy.zeros(length) 
    775             dy = numpy.zeros(length) 
    776             clone = Data1D(x, y, dx=dx, dy=dy) 
    777  
    778         clone.title = self.title 
    779         clone.run = self.run 
    780         clone.filename = self.filename 
    781         clone.instrument = self.instrument 
    782         clone.notes = deepcopy(self.notes) 
    783         clone.process = deepcopy(self.process) 
    784         clone.detector = deepcopy(self.detector) 
    785         clone.sample = deepcopy(self.sample) 
    786         clone.source = deepcopy(self.source) 
    787         clone.collimation = deepcopy(self.collimation) 
    788         clone.trans_spectrum = deepcopy(self.trans_spectrum) 
    789         clone.meta_data = deepcopy(self.meta_data) 
    790         clone.errors = deepcopy(self.errors) 
    791  
    792         return clone 
    793  
    794 class Data1D(plottable_1D, DataInfo): 
    795     """ 
    796     1D data class 
    797     """ 
    798     x_unit = '1/A' 
    799     y_unit = '1/cm' 
    800  
    801     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None): 
    802         DataInfo.__init__(self) 
    803         plottable_1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
    804  
    805     def __str__(self): 
    806         """ 
    807         Nice printout 
    808         """ 
    809         _str = "%s\n" % DataInfo.__str__(self) 
    810         _str += "Data:\n" 
    811         _str += "   Type:         %s\n" % self.__class__.__name__ 
    812         _str += "   X-axis:       %s\t[%s]\n" % (self._xaxis, self._xunit) 
    813         _str += "   Y-axis:       %s\t[%s]\n" % (self._yaxis, self._yunit) 
    814         _str += "   Length:       %g\n" % len(self.x) 
    815         return _str 
    816  
    817731    def is_slit_smeared(self): 
    818732        """ 
    … …  
    843757            y = numpy.zeros(length) 
    844758            dy = numpy.zeros(length) 
    845             clone = Data1D(x, y, dx=dx, dy=dy) 
     759            lam = numpy.zeros(length) 
     760            dlam = numpy.zeros(length) 
     761            clone = Data1D(x, y, lam=lam, dx=dx, dy=dy, dlam=dlam ) 
    846762 
    847763        clone.title = self.title 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r1c0e3b0 ra01af35  
    88import numpy 
    99import os 
    10 from sas.sascalc.dataloader.data_info import SESANSData1D 
     10from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    1111 
    1212# Check whether we have a converter available 
    … …  
    5959                    raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
    6060                buff = input_f.read() 
    61 #                print buff 
    6261                lines = buff.splitlines() 
    63 #                print lines 
    64                 #Jae could not find python universal line spliter: 
    65                 #keep the below for now 
    66                 # some ascii data has \r line separator, 
    67                 # try it when the data is on only one long line 
    68 #                if len(lines) < 2 : 
    69 #                    lines = buff.split('\r') 
    70                   
    7162                x  = numpy.zeros(0) 
    7263                y  = numpy.zeros(0) 
    … …  
    8374                tdlam = numpy.zeros(0) 
    8475                tdx = numpy.zeros(0) 
    85 #                print "all good" 
    86                 output = SESANSData1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam) 
    87 #                print output                 
     76                output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True ) 
    8877                self.filename = output.filename = basename 
    8978 
    90 #                #Initialize counters for data lines and header lines. 
    91 #                is_data = False  # Has more than 5 lines 
    92 #                # More than "5" lines of data is considered as actual 
    93 #                # data unless that is the only data 
    94 #                mum_data_lines = 5 
    95 #                # To count # of current data candidate lines 
    96 #                i = -1 
    97 #                # To count total # of previous data candidate lines 
    98 #                i1 = -1 
    99 #                # To count # of header lines 
    100 #                j = -1 
    101 #                # Helps to count # of header lines 
    102 #                j1 = -1 
    103 #                #minimum required number of columns of data; ( <= 4). 
    104 #                lentoks = 2 
    10579                paramnames=[] 
    10680                paramvals=[] 
    … …  
    11185                Pvals=[] 
    11286                dPvals=[] 
    113 #                print x 
    114 #                print zvals 
    11587                for line in lines: 
    11688                    # Initial try for CSV (split on ,) 
    … …  
    12294                    if len(toks)>5: 
    12395                        zvals.append(toks[0]) 
    124                         dzvals.append(toks[1]) 
    125                         lamvals.append(toks[2]) 
    126                         dlamvals.append(toks[3]) 
    127                         Pvals.append(toks[4]) 
    128                         dPvals.append(toks[5]) 
     96                        dzvals.append(toks[3]) 
     97                        lamvals.append(toks[4]) 
     98                        dlamvals.append(toks[5]) 
     99                        Pvals.append(toks[1]) 
     100                        dPvals.append(toks[2]) 
    129101                    else: 
    130102                        continue 
    … …  
    140112                default_z_unit = "A" 
    141113                data_conv_P = None 
    142                 default_p_unit = " " 
     114                default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3) 
    143115                lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","") 
     116                if lam_unit == 'AA': 
     117                    lam_unit = 'A' 
    144118                varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]] 
    145119                valrange=range(1, len(zvals)) 
    … …  
    161135                output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit) 
    162136                output.y = y 
     137                output.y_unit = '\AA^{-2} cm^{-1}' # output y_unit erbij 
    163138                output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit) 
    164139                output.dy = dy 
    … …  
    166141                output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit) 
    167142 
    168                 output.xaxis("\rm{z}", output.x_unit) 
    169                 output.yaxis("\\rm{P/P0}", output.y_unit) 
     143                output.xaxis("\\rm{z}", output.x_unit) 
     144                output.yaxis("\\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit) # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
    170145                # Store loading process information 
    171146                output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    172                 output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
     147                #output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
    173148                output.sample.name = paramvals[1] 
    174149                output.sample.ID = paramvals[0] 
    175150                zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[") 
    176151                zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","") 
    177                 if zaccept_unit.strip() == '\AA^-1': 
     152                if zaccept_unit.strip() == '\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == '\A^-1': 
    178153                    zaccept_unit = "1/A" 
    179154                output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit) 

  • src/sas/sascalc/fit/AbstractFitEngine.py

    rfc18690 r7988501  
    131131        a way to get residuals from data. 
    132132    """ 
    133     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, smearer=None, data=None): 
     133    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, smearer=None, data=None, lam=None, dlam=None): 
    134134        """ 
    135135            :param smearer: is an object of class QSmearer or SlitSmearer 
    … …  
    152152                 
    153153        """ 
    154         Data1D.__init__(self, x=x, y=y, dx=dx, dy=dy) 
     154        Data1D.__init__(self, x=x, y=y, dx=dx, dy=dy, lam=lam,dlam=dlam) 
    155155        self.num_points = len(x) 
    156156        self.sas_data = data 

  • src/sas/sascalc/fit/BumpsFitting.py

    r1a5d5f2 rf668101  
    2727from bumps import parameter 
    2828from bumps.fitproblem import FitProblem 
    29  
    3029 
    3130from sas.sascalc.fit.AbstractFitEngine import FitEngine 

  • src/sas/sasgui/guiframe/dataFitting.py

    r9b6d62d r1fac6c0  
    1717    """ 
    1818    """ 
    19     def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None): 
     19    def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=False): 
    2020        """ 
    2121        """ 
    … …  
    2424        if y is None: 
    2525            y = [] 
    26         PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
    27         LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
     26        self.isSesans = isSesans 
     27        PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy, lam, dlam) 
     28        LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy, lam, dlam, isSesans) 
    2829        self.id = None 
    2930        self.list_group_id = [] 
    … …  
    6869        # First, check the data compatibility 
    6970        dy, dy_other = self._validity_check(other) 
    70         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     71        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=None) 
    7172        result.clone_without_data(length=len(self.x), clone=self) 
    7273        result.copy_from_datainfo(data1d=self) 
    … …  
    115116        # First, check the data compatibility 
    116117        self._validity_check_union(other) 
    117         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     118        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=None) 
    118119        tot_length = len(self.x) + len(other.x) 
    119120        result = self.clone_without_data(length=tot_length, clone=result) 
     121        if self.dlam == None or other.dlam is None: 
     122            result.dlam = None 
     123        else: 
     124            result.dlam = numpy.zeros(tot_length) 
    120125        if self.dy == None or other.dy is None: 
    121126            result.dy = None 
    … …  
    141146        result.y = numpy.append(self.y, other.y) 
    142147        result.y = result.y[ind] 
     148        result.lam = numpy.append(self.lam, other.lam) 
     149        result.lam = result.lam[ind] 
     150        if result.dlam != None: 
     151            result.dlam = numpy.append(self.dlam, other.dlam) 
     152            result.dlam = result.dlam[ind] 
    143153        if result.dy != None: 
    144154            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy) 
    … …  
    260270        # First, check the data compatibility 
    261271        self._validity_check_union(other) 
    262         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     272        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=[]) 
    263273        tot_length = len(self.x)+len(other.x) 
    264274        result.clone_without_data(length=tot_length, clone=self) 
     275        if self.dlam == None or other.dlam is None: 
     276            result.dlam = None 
     277        else: 
     278            result.dlam = numpy.zeros(tot_length) 
    265279        if self.dy == None or other.dy is None: 
    266280            result.dy = None 
    … …  
    285299        result.y = numpy.append(self.y, other.y) 
    286300        result.y = result.y[ind] 
     301        result.lam = numpy.append(self.lam, other.lam) 
     302        result.lam = result.lam[ind] 
    287303        if result.dy != None: 
    288304            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/data_manager.py

    rd85c194 r1fac6c0  
    6262        if issubclass(Data2D, data.__class__): 
    6363            new_plot = Data2D(image=None, err_image=None)  
    64         else:  
    65             new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     64        elif data.meta_data['loader'] == 'SESANS': 
     65            new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=True) 
     66        else: 
     67            new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None) #SESANS check??? 
    6668            
    6769        new_plot.copy_from_datainfo(data) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    rc8e1996 rf668101  
    143143        self.theory_qmin_x = None 
    144144        self.theory_qmax_x = None 
     145        self.cb1 = None 
    145146        self.btEditMask = None 
    146147        self.btFit = None 
    … …  
    281282                           num=self.npts_x, endpoint=True) 
    282283        self.data = Data1D(x=x) 
    283         self.data.xaxis('\\rm{Q}', "A^{-1}") 
    284         self.data.yaxis('\\rm{Intensity}', "cm^{-1}") 
     284        #self.data.xaxis('\\rm{Q}', "A^{-1}") 
     285        self.data.xaxis('\\rm{X}', "") 
     286        #self.data.yaxis('\\rm{Intensity}', "cm^{-1}") 
     287        self.data.yaxis('\\rm{Y}', "") 
    285288        self.data.is_data = False 
    286289        self.data.id = str(self.uid) + " data" 
    … …  
    307310                           num=self.npts_x, endpoint=True, base=10.0) 
    308311        self.data = Data1D(x=x) 
    309         self.data.xaxis('\\rm{Q}', "A^{-1}") 
    310         self.data.yaxis('\\rm{Intensity}', "cm^{-1}") 
     312        #self.data.xaxis('\\rm{Q}', "A^{-1}") 
     313        #self.data.yaxis('\\rm{Intensity}', "cm^{-1}") 
     314        self.data.xaxis('\\rm{X}', "") 
     315        self.data.yaxis('\\rm{Y}', "") 
    311316        self.data.is_data = False 
    312317        self.data.id = str(self.uid) + " data" 
    … …  
    11241129        # set data, etc. from the state 
    11251130        # reset page between theory and fitting from bookmarking 
     1131        #if state.data == None: 
     1132        #    data = None 
     1133        #else: 
    11261134        data = state.data 
    11271135 
    … …  
    13401348                        except Exception: 
    13411349                            logging.error(traceback.format_exc()) 
     1350 
     1351        # Make sure the check box updated when all checked 
     1352        if self.cb1.GetValue(): 
     1353            self.select_all_param(None) 
    13421354 
    13431355    def _selectDlg(self): 
    … …  
    24812493                        item[2].Enable() 
    24822494 
    2483             # Make sure the check box updated 
    2484             self.get_all_checked_params() 
     2495            # Make sure the check box updated when all checked 
     2496            if self.cb1.GetValue(): 
     2497                #self.select_all_param(None) 
     2498                self.get_all_checked_params() 
    24852499 
    24862500            # update params 
    … …  
    36613675        call back for model selection if implemented 
    36623676        """ 
     3677    def select_all_param(self, event): 
     3678        """ 
     3679        set to true or false all checkBox if implemented 
     3680        """ 
    36633681    def get_weight_flag(self): 
    36643682        """ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    rc8e1996 rf668101  
    168168            self.set_data(data) 
    169169        elif self.dataSource.GetCount() > 0: 
     170 
    170171            pos = self.dataSource.GetSelection() 
    171172            data = self.dataSource.GetClientData(pos) 
    … …  
    617618        # fill a sizer with the combobox to select dispersion type 
    618619        model_disp = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 'Function') 
    619         CHECK_STATE = False 
     620        CHECK_STATE = self.cb1.GetValue() 
    620621 
    621622        ix = 0 
    … …  
    961962 
    962963        self.state.model = self.model.clone() 
     964 
    963965        # save state into 
    964966        self._copy_parameters_state(self.parameters, self.state.parameters) 
    … …  
    971973        wx.PostEvent(self.parent, 
    972974                     StatusEvent(status=" Selected Distribution: Gaussian")) 
     975 
    973976        # Fill the list of fittable parameters 
    974977        self.get_all_checked_params() 
    … …  
    26822685        self._manager.set_param2fit(self.uid, param2fit) 
    26832686 
     2687 
    26842688    def select_param(self, event=None): 
    26852689        """ 
    … …  
    27282732        if len(self.fittable_param) > 0: 
    27292733            len_orient_para *= 2 
     2734        #Set the value of checkbox that selected every checkbox or not 
     2735        if len(self.parameters) + len(self.fittable_param) - len_orient_para \ 
     2736            == len(self.param_toFit): 
     2737            self.cb1.SetValue(True) 
     2738        else: 
     2739            self.cb1.SetValue(False) 
    27302740 
    27312741        self.save_current_state_fit() 
    … …  
    28292839        iy = 0 
    28302840        ix = 0 
    2831         sizer.Add(wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 'Parameter'), 
    2832                   (iy, ix), (1, 1), wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 0) 
     2841        select_text = "Select All" 
     2842        self.cb1 = wx.CheckBox(self, wx.ID_ANY, str(select_text), (10, 10)) 
     2843        wx.EVT_CHECKBOX(self, self.cb1.GetId(), self.select_all_param) 
     2844        self.cb1.SetToolTipString("To check/uncheck all the boxes below.") 
     2845        self.cb1.SetValue(True) 
     2846 
     2847        sizer.Add(self.cb1, (iy, ix), (1, 1), \ 
     2848                             wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 5) 
    28332849        ix += 1 
    28342850        self.text2_2 = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 'Value') 
    … …  
    28572873        self.text2_4.Hide() 
    28582874 
    2859         CHECK_STATE = False 
     2875        CHECK_STATE = self.cb1.GetValue() 
    28602876        for item in keys: 
    28612877 

  • src/sas/sasgui/plottools/plottables.py

    r80f4684 rf668101  
    10231023    """ 
    10241024 
    1025     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None): 
     1025    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None): 
    10261026        """ 
    10271027        Draw points specified by x[i],y[i] in the current color/symbol. 
    … …  
    10371037        self.x = x 
    10381038        self.y = y 
     1039        self.lam = lam 
    10391040        self.dx = dx 
    10401041        self.dy = dy 
     1042        self.dlam = dlam 
    10411043        self.source = None 
    10421044        self.detector = None 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.