Changeset dfcdbf8 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Nov 1, 2018 2:23:18 PM (2 weeks ago)
Author:
Jeff Krzywon <jkrzywon@…>
Branches:
ticket-1111
Children:
282bc3f
Parents:
9f45f83
Message:

Handle INTs attributes properly, better handling of unrecognized units during unit conversion, and remove intensity unit conversion.

Location:
src/sas/sascalc/dataloader
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    r9fb4572 rdfcdbf8  
    4747    ext = ['.txt'] 
    4848    # Deprecated extensions 
    49     deprecated_extensions = ['.asc', '.nxs'] 
     49    deprecated_extensions = ['.asc'] 
    5050    # Bypass extension check and try to load anyway 
    5151    allow_all = False 
     
    151151        """ 
    152152        if len(self.output) > 0: 
    153             self.output[-1].errors.append(msg) 
     153            self.output[-1].errors.add(msg) 
    154154        elif isinstance(self.current_datainfo, DataInfo): 
    155             self.current_datainfo.errors.append(msg) 
     155            self.current_datainfo.errors.add(msg) 
    156156        else: 
    157157            logger.warning(msg) 
     
    304304        return data 
    305305 
    306     def convert_data_units(self, default_q_unit="1/A", default_i_unit="1/cm"): 
     306    def convert_data_units(self, default_q_unit="1/A"): 
    307307        """ 
    308308        Converts al; data to the sasview default of units of A^{-1} for Q and 
    309309        cm^{-1} for I. 
    310310        :param default_q_unit: The default Q unit used by Sasview 
    311         :param default_i_unit: The default I unit used by Sasview 
    312         """ 
     311        """ 
     312        convert_q = True 
    313313        new_output = [] 
    314314        for data in self.output: 
     
    316316                new_output.append(data) 
    317317                continue 
    318             file_x_unit = data._xunit 
    319             data_conv_x = Converter(file_x_unit) 
    320             file_y_unit = data._yunit 
    321             data_conv_y = Converter(file_y_unit) 
    322             if isinstance(data, Data1D): 
    323                 try: 
    324                     data.x = data_conv_x(data.x, units=default_q_unit) 
    325                     data._xunit = default_q_unit 
    326                     data.x_unit = default_q_unit 
    327                     if data.dx is not None: 
    328                         data.dx = data_conv_x(data.dx, units=default_q_unit) 
    329                     if data.dxl is not None: 
    330                         data.dxl = data_conv_x(data.dxl, units=default_q_unit) 
    331                     if data.dxw is not None: 
    332                         data.dxw = data_conv_x(data.dxw, units=default_q_unit) 
    333                 except KeyError: 
    334                     message = "Unable to convert Q units from {0} to 1/A." 
    335                     message.format(default_q_unit) 
    336                     data.errors.append(message) 
    337                 try: 
    338                     data.y = data_conv_y(data.y, units=default_i_unit) 
    339                     data._yunit = default_i_unit 
    340                     data.y_unit = default_i_unit 
    341                     if data.dy is not None: 
    342                         data.dy = data_conv_y(data.dy, units=default_i_unit) 
    343                 except KeyError: 
    344                     message = "Unable to convert I units from {0} to 1/cm." 
    345                     message.format(default_q_unit) 
    346                     data.errors.append(message) 
    347             elif isinstance(data, Data2D): 
    348                 try: 
    349                     data.qx_data = data_conv_x(data.qx_data, 
    350                                                units=default_q_unit) 
    351                     if data.dqx_data is not None: 
    352                         data.dqx_data = data_conv_x(data.dqx_data, 
    353                                                     units=default_q_unit) 
    354                     data.qy_data = data_conv_y(data.qy_data, 
    355                                                units=default_q_unit) 
    356                     if data.dqy_data is not None: 
    357                         data.dqy_data = data_conv_y(data.dqy_data, 
    358                                                     units=default_q_unit) 
    359                 except KeyError: 
    360                     message = "Unable to convert Q units from {0} to 1/A." 
    361                     message.format(default_q_unit) 
    362                     data.errors.append(message) 
    363                 try: 
    364                     file_z_unit = data._zunit 
    365                     data_conv_z = Converter(file_z_unit) 
    366                     data.data = data_conv_z(data.data, units=default_i_unit) 
    367                     if data.err_data is not None: 
    368                         data.err_data = data_conv_z(data.err_data, 
    369                                                     units=default_i_unit) 
    370                 except KeyError: 
    371                     message = "Unable to convert I units from {0} to 1/cm." 
    372                     message.format(default_q_unit) 
    373                     data.errors.append(message) 
    374             else: 
    375                 # TODO: Throw error of some sort... 
    376                 pass 
     318            try: 
     319                file_x_unit = data._xunit 
     320                data_conv_x = Converter(file_x_unit) 
     321            except KeyError: 
     322                logger.info("Unrecognized Q units in data file. No data " 
     323                            "conversion attempted") 
     324                convert_q = False 
     325            try: 
     326 
     327                if isinstance(data, Data1D): 
     328                        if convert_q: 
     329                            data.x = data_conv_x(data.x, units=default_q_unit) 
     330                            data._xunit = default_q_unit 
     331                            data.x_unit = default_q_unit 
     332                            if data.dx is not None: 
     333                                data.dx = data_conv_x(data.dx, 
     334                                                      units=default_q_unit) 
     335                            if data.dxl is not None: 
     336                                data.dxl = data_conv_x(data.dxl, 
     337                                                       units=default_q_unit) 
     338                            if data.dxw is not None: 
     339                                data.dxw = data_conv_x(data.dxw, 
     340                                                       units=default_q_unit) 
     341                elif isinstance(data, Data2D): 
     342                    if convert_q: 
     343                        data.qx_data = data_conv_x(data.qx_data, 
     344                                                   units=default_q_unit) 
     345                        if data.dqx_data is not None: 
     346                            data.dqx_data = data_conv_x(data.dqx_data, 
     347                                                        units=default_q_unit) 
     348                        try: 
     349                            file_y_unit = data._yunit 
     350                            data_conv_y = Converter(file_y_unit) 
     351                            data.qy_data = data_conv_y(data.qy_data, 
     352                                                       units=default_q_unit) 
     353                            if data.dqy_data is not None: 
     354                                data.dqy_data = data_conv_y(data.dqy_data, 
     355                                                            units=default_q_unit) 
     356                        except KeyError: 
     357                            logger.info("Unrecognized Qy units in data file. No" 
     358                                        " data conversion attempted") 
     359            except KeyError: 
     360                message = "Unable to convert Q units from {0} to 1/A." 
     361                message.format(default_q_unit) 
     362                data.errors.add(message) 
    377363            new_output.append(data) 
    378364        self.output = new_output 
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    rb204004 rdfcdbf8  
    172172                    # Top Level Meta Data 
    173173                    if key == u'definition': 
    174                         self.current_datainfo.meta_data['reader'] = data_point 
     174                        self.current_datainfo.meta_data['reader'] = data_set 
     175                        break 
    175176                    # Run 
    176177                    elif key == u'run': 
    177                         self.current_datainfo.run.append(data_point) 
     178                        self.current_datainfo.run.append(data_set) 
    178179                        try: 
    179180                            run_name = h5attr(value, 'name') 
    180                             run_dict = {data_point: run_name} 
     181                            run_dict = {data_set: run_name} 
    181182                            self.current_datainfo.run_name = run_dict 
    182183                        except Exception: 
    183184                            pass 
     185                        break 
    184186                    # Title 
    185187                    elif key == u'title': 
    186                         self.current_datainfo.title = data_point 
     188                        self.current_datainfo.title = data_set 
    187189                    # Note 
    188190                    elif key == u'SASnote': 
    189                         self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
     191                        self.current_datainfo.notes.append(data_set) 
     192                        break 
    190193                    # Sample Information 
    191194                    elif self.parent_class == u'SASsample': 
     
    619622                raise TypeError 
    620623        except TypeError: 
    621             iterable = iterable.split(",") 
     624            if isinstance(iterable, basestring): 
     625                iterable = iterable.split(",") 
     626            else: 
     627                iterable = [iterable] 
    622628        return iterable 
    623629 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.