Changeset dbc01f2 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Jan 10, 2013 3:16:51 PM (11 years ago)
Author:
Jae Cho <jhjcho@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
b1174ec
Parents:
2d9c7266
Message:

fixed and added some features in pdb reader

Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • calculatorview/src/sans/perspectives/calculator/gen_scatter_panel.py

    r3cfa760 rdbc01f2  
    353353        x_in = n_qbins * n_pixs / 100000 
    354354        # magic equation: not very accurate 
    355         etime = 0.00001 + 0.085973 * x_in 
     355        etime = 1.0 + 0.14 * x_in 
    356356        return int(etime) 
    357357         
    … …  
    526526            else: 
    527527                raise 
    528             for name, _, unit in  self.parameters: 
    529                 if name.GetLabelText() == 'background': 
    530                     if is_pdbdata: 
    531                         unit.SetLabel('[A^(2)]') 
    532                     else: 
    533                         unit.SetLabel('[1/cm]') 
    534                     break 
    535528            self._set_sld_data_helper(True) 
    536529        except: 
    … …  
    575568        Draw 3D sld profile 
    576569        """ 
     570        color_dic = {'H':'blue', 'D':'purple', 'N': 'orange',  
     571                     'O':'red', 'C':'green', 'Other':'k'} 
    577572        graph_title = self.file_name 
    578573        graph_title += "   3D SLD Profile " 
     574         
    579575        flag = self.parent.check_omfpanel_inputs() 
    580576        if not flag: 
    … …  
    595591        add_icon(self.parent, frame) 
    596592        panel = frame.plotpanel 
     593         
    597594        try: 
    598595            # mpl >= 1.0.0 
    … …  
    606603                logging.error("PlotPanel could not import Axes3D") 
    607604                raise 
     605             
    608606        marker = ',' 
    609607        m_size = 2 
    … …  
    622620        is_nonzero = sld_tot > 0.0   
    623621        is_zero = sld_tot == 0.0   
     622         
     623        # Plot null points 
    624624        if is_zero.any(): 
    625625            ax.plot(pos_x[is_zero], pos_z[is_zero], pos_y[is_zero], marker,  
    … …  
    632632            sld_my = sld_my[is_nonzero] 
    633633            sld_mz = sld_mz[is_nonzero] 
    634  
    635         ax.plot(pos_x, pos_z, pos_y,  
    636                 marker, c="k",  
    637                 alpha=0.5, markeredgecolor="k", markersize=m_size)  
     634         
     635        # Plot selective points in color 
     636        for key in color_dic.keys(): 
     637            chosen_color = output.pix_symbol == key 
     638            other_color = numpy.ones(len(output.pix_symbol), dtype='bool') 
     639            if chosen_color.any(): 
     640                other_color = other_color  & (chosen_color != True) 
     641                color = color_dic[key] 
     642                ax.plot(pos_x[chosen_color], pos_z[chosen_color],  
     643                        pos_y[chosen_color], marker, c=color, alpha=0.5,  
     644                        markeredgecolor=color, markersize=m_size, label=key)  
     645        # Plot All others         
     646        if other_color.any(): 
     647            ax.plot(pos_x[other_color], pos_z[other_color], pos_y[other_color],  
     648                    marker, c="k", alpha=0.5, markeredgecolor="k",  
     649                    markersize=m_size, label="Other")  
    638650         
    639651        if has_arrow and len(pos_x) > 0:      
    … …  
    643655                draw w/arrow 
    644656                """ 
    645                 #frame.SetSize(wx.Size(650, 570)) 
    646                 #event.Skip() 
    647657                max_mx = max(numpy.fabs(sld_mx)) 
    648658                max_my = max(numpy.fabs(sld_my)) 
    … …  
    679689                                                  mutation_scale=10, lw=1,  
    680690                                                  arrowstyle="->", alpha = 0.5) 
    681                         ax.add_artist(arrows) 
    682                          
     691                        ax.add_artist(arrows)  
    683692                except: 
    684693                    pass  
    … …  
    701710        ax.set_ylabel('z ($\A%s$)'% output.pos_unit) 
    702711        ax.set_zlabel('y ($\A%s$)'% output.pos_unit) 
     712        if output.pix_type == 'atom': 
     713            ax.legend(loc='upper left', prop={'size':10}) 
    703714        num_graph = str(self.graph_num) 
    704715        frame.SetTitle('Graph %s: %s'% (num_graph, graph_title))         
    … …  
    743754            return 
    744755        try: 
    745             vol = self.parent.get_pix_volume() 
    746             self.model.set_pixel_volume(vol) 
     756            #vol = self.parent.get_pix_volumes() 
     757            #self.model.set_pixel_volumes(vol) 
    747758            self.model.set_sld_data(self.sld_data) 
    748759            self.set_input_params() 
    … …  
    754765             
    755766            cal_out = CalcGen(input=[self.data.qx_data,  
    756                                      self.data.qy_data,i_out],  
     767                                     self.data.qy_data, i_out],  
    757768                              completefn=self.complete,  
    758769                              updatefn=self._update) 
    … …  
    10431054        return self.sld_data 
    10441055     
    1045     def get_pix_volume(self): 
     1056    def get_pix_volumes(self): 
    10461057        """ 
    10471058        Get the pixel volume 
    10481059        """ 
    1049         val = 1 
    1050         if self.sld_data.pix_type == 'pixel': 
    1051             for lst in self.stepsize: 
    1052                 val *= float(lst[1].GetValue()) 
    1053          
    1054         return numpy.fabs(val) 
     1060        vol = self.sld_data.vol_pix 
     1061         
     1062        return vol 
    10551063                 
    10561064    def _get_other_val(self):   
    … …  
    12701278            ctl = InputTextCtrl(self, -1, size=(_BOX_WIDTH, 20), 
    12711279                                style=wx.TE_PROCESS_ENTER) 
     1280            ctl.Bind(wx.EVT_TEXT, self._onstepsize ) 
    12721281            ctl.SetValue(format_number(value, True)) 
    12731282            ctl.Enable(not is_data) 
    … …  
    13871396                    ctr_list[1].SetValue(format_number(mean_val, True)) 
    13881397                    ctr_list[1].Enable(enable) 
    1389                     ctr_list[2].SetLabel("[" + sld_data.sld_unit + "]") 
     1398                    #ctr_list[2].SetLabel("[" + sld_data.sld_unit + "]") 
    13901399                    break    
    13911400 
    … …  
    14831492        return flag 
    14841493     
     1494    def _onstepsize(self, event): 
     1495        """ 
     1496        On stepsize event 
     1497        """ 
     1498        flag = True 
     1499        if event != None: 
     1500            event.Skip() 
     1501            ctl = event.GetEventObject() 
     1502            ctl.SetBackgroundColour("white") 
     1503 
     1504        if flag and not self.sld_data.is_data:#ctl.IsEnabled(): 
     1505            s_size = 1.0 
     1506            try: 
     1507                for item in self.stepsize: 
     1508                    s_val = float(item[1].GetValue()) 
     1509                    if s_val <= 0: 
     1510                        item[1].SetBackgroundColour("pink") 
     1511                        ctl.Refresh() 
     1512                        return 
     1513                    if numpy.isfinite(s_val): 
     1514                        s_size *= s_val 
     1515                self.sld_data.set_pixel_volumes(s_size) 
     1516            except: 
     1517                pass 
     1518        ctl.Refresh() 
     1519   
     1520          
    14851521    def set_npts_from_slddata(self): 
    14861522        """ 
    … …  
    17591795        return n_pix 
    17601796     
    1761     def get_pix_volume(self): 
     1797    def get_pix_volumes(self): 
    17621798        """ 
    17631799        Get a pixel volume 
    17641800        """ 
    1765         vol = self.omfpanel.get_pix_volume() 
     1801        vol = self.omfpanel.get_pix_volumes() 
    17661802        return vol 
    17671803     

  • calculatorview/src/sans/perspectives/calculator/load_thread.py

    rdbc5dc9b rdbc01f2  
    33""" 
    44import time 
    5 import wx 
    65from data_util.calcthread import CalcThread 
    76from sans.dataloader.loader import Loader 

  • calculatorview/src/sans/perspectives/calculator/media/gen_sans_help.html

    r54d6c3e rdbc01f2  
    115115For example, both values are 0.5 for unpolarized neutrons. 
    116116<br> 
    117 *Note II: The unit of intensity calculated from .sld, .omf, or .txt files is 1/cm, otherwise 
    118 it is &#197;<sup>2</sup>. (In the first equation above, the V is set to 1.) 
    119 <br> 
    120 *Note III: This computation is totally based on the pixel (or atomic) data fixed 
     117*Note II: This computation is totally based on the pixel (or atomic) data fixed 
    121118in the xyz coordinates. Thus no angular orientational averaging is considered. 
    122119<br> 
    123 *Note IV: For the nuclear scattering length density, only the real component is taken account. 
     120*Note III: For the nuclear scattering length density, only the real component is taken account. 
     121<br> 
    124122</body> 

  • sanscalculator/src/sans/calculator/sans_gen.py

    rd7b6913 rdbc01f2  
    55import sans.models.sans_extension.sld2i as mod 
    66from periodictable import formula 
     7from periodictable import nsf 
    78import numpy 
    89import os 
    … …  
    1112MFactor_mT = 2.3164E-9 
    1213METER2ANG = 1.0E+10 
     14#Avogadro constant [1/mol] 
     15NA = 6.02214129e+23 
    1316 
    1417def mag2sld(mag, v_unit=None): 
    … …  
    4851        self.data_my = None 
    4952        self.data_mz = None 
    50         self.volume = 1000 #[A^3] 
     53        self.data_vol = None #[A^3] 
    5154        ## Name of the model 
    5255        self.name = "GenSAS" 
    … …  
    6972        self.fixed=[] 
    7073         
    71     def set_pixel_volume(self, volume):      
     74    def set_pixel_volumes(self, volume):      
    7275        """ 
    7376        Set the volume of a pixel in (A^3) unit 
    74         """ 
    75         self.volume = volume 
     77        :Param volume: pixel volume [float] 
     78        """ 
     79        if self.data_vol == None: 
     80            raise 
     81        self.data_vol = volume 
    7682         
    7783    def _gen(self, x, y, i): 
    … …  
    8793        model = mod.new_GenI(len_x, self.data_x, self.data_y, self.data_z,  
    8894                             self.data_sldn, self.data_mx, self.data_my,  
    89                              self.data_mz, self.params['Up_frac_in'],  
     95                             self.data_mz, self.data_vol, 
     96                             self.params['Up_frac_in'],  
    9097                             self.params['Up_frac_out'],  
    9198                             self.params['Up_theta']) 
     99 
    92100        mod.genicom(model, len_q, x, y, i) 
    93         return  self.params['scale'] * i * self.volume \ 
    94                 + self.params['background'] 
     101        return  self.params['scale'] * i + self.params['background'] 
    95102         
    96103    def set_sld_data(self, sld_data=None):    
    … …  
    107114        self.data_my = sld_data.sld_my 
    108115        self.data_mz = sld_data.sld_mz 
     116        self.data_vol = sld_data.vol_pix 
    109117         
    110118    def getProfile(self): 
    … …  
    126134            y_in = numpy.zero_like(x[0]) 
    127135            # 1D I is found at y =0 in the 2D pattern 
    128             return self._gen(x[0],y_in, i_out ) 
     136            return self._gen(x[0], y_in, i_out ) 
    129137        else: 
    130138            msg = "Q must be given as list of qx's and qy's" 
    … …  
    183191        self.mz = None 
    184192        self.sld_n = None 
     193        self.vol_pix = None 
    185194        self.output = None 
    186195        self.omfdata = None 
    … …  
    443452    type = ["pdb files (*.PDB, *.pdb)|*.pdb"] 
    444453    ## List of allowed extensions 
    445     ext = ['.pdb', '.PDB'] 
     454    ext = ['.pdb', '.PDB']    
    446455     
    447456    def read(self, path): 
    … …  
    462471        sld_my = numpy.zeros(0) 
    463472        sld_mz = numpy.zeros(0) 
     473        vol_pix = numpy.zeros(0) 
    464474        pix_symbol = numpy.zeros(0) 
    465475        try: 
    … …  
    498508                        pos_z = numpy.append(pos_z, _pos_z) 
    499509                        try: 
    500                             #from periodictable import nsf 
    501                             #val = nsf.neutron_sld(atom_name) 
    502                             val = formula(atom_name).atoms.keys()[0].neutron.b_c 
    503510                            # sld in Ang unit (from fm) 
    504                             val = float(val) 
    505                             val *= 1.0e-5 
     511                            #val = formula(atom_name).atoms.keys()[0].neutron.b_c 
     512                            #val *= 1.0e-5 
     513                            val = nsf.neutron_sld(atom_name)[0] 
     514                            # sld in Ang^-2 unit 
     515                            val *= 1.0e-6 
    506516                            sld_n = numpy.append(sld_n, val) 
     517                            atom = formula(atom_name) 
     518                            # cm to A units 
     519                            vol = 1.0e+24 * atom.mass / atom.density / NA 
     520                            vol_pix = numpy.append(vol_pix, vol) 
    507521                        except: 
    508522                            print "Error: set the sld of %s to zero"% atom_name 
    … …  
    525539            output.set_pixel_symbols(pix_symbol) 
    526540            output.set_nodes() 
    527             output.sld_unit = 'A' 
     541            output.set_pixel_volumes(vol_pix) 
     542            output.sld_unit = '1/A^(2)' 
    528543            return output 
    529544        except: 
    … …  
    561576        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    562577        """ 
    563         pos_x = numpy.zeros(0) 
    564         pos_y = numpy.zeros(0) 
    565         pos_z = numpy.zeros(0) 
    566         sld_n = numpy.zeros(0) 
    567         sld_mx = numpy.zeros(0) 
    568         sld_my = numpy.zeros(0) 
    569         sld_mz = numpy.zeros(0) 
     578         
     579 
    570580        try: 
    571             input_f = open(path, 'rb') 
    572             buff = input_f.read() 
    573             lines = buff.split('\n') 
    574             input_f.close() 
    575             for line in lines: 
    576                 toks = line.split() 
    577                 try: 
    578                     _pos_x = float(toks[0]) 
    579                     _pos_y = float(toks[1]) 
    580                     _pos_z = float(toks[2]) 
    581                     _sld_n = float(toks[3]) 
    582                     _sld_mx = float(toks[4]) 
    583                     _sld_my = float(toks[5]) 
    584                     _sld_mz = float(toks[6]) 
    585  
    586                     pos_x = numpy.append(pos_x, _pos_x) 
    587                     pos_y = numpy.append(pos_y, _pos_y) 
    588                     pos_z = numpy.append(pos_z, _pos_z) 
    589                     sld_n = numpy.append(sld_n, _sld_n) 
    590                     sld_mx = numpy.append(sld_mx, _sld_mx) 
    591                     sld_my = numpy.append(sld_my, _sld_my) 
    592                     sld_mz = numpy.append(sld_mz, _sld_mz) 
    593                 except: 
    594                     # Skip non-data lines 
    595                     pass 
     581            input_f = numpy.loadtxt(path, dtype='float', skiprows=1,  
     582                                    ndmin=1, unpack=True) 
     583            pos_x = numpy.array(input_f[0]) 
     584            pos_y = numpy.array(input_f[1]) 
     585            pos_z = numpy.array(input_f[2]) 
     586            sld_n = numpy.array(input_f[3]) 
     587            sld_mx = numpy.array(input_f[4]) 
     588            sld_my = numpy.array(input_f[5]) 
     589            sld_mz = numpy.array(input_f[6]) 
     590            ncols = len(input_f) 
     591            if ncols == 8: 
     592                vol_pix = numpy.array(input_f[7]) 
     593            elif ncols == 7: 
     594                 vol_pix = None 
     595            else: 
     596                raise         
    596597            pos_x -= (min(pos_x) + max(pos_x)) / 2.0 
    597598            pos_y -= (min(pos_y) + max(pos_y)) / 2.0 
    598599            pos_z -= (min(pos_z) + max(pos_z)) / 2.0 
    599600 
    600             output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, sld_mx, sld_my, sld_mz) 
     601            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n,  
     602                            sld_mx, sld_my, sld_mz) 
     603 
    601604            output.filename = os.path.basename(path) 
    602605            output.set_pix_type('pixel') 
    603606            output.set_pixel_symbols('pixel') 
     607            if vol_pix != None: 
     608                output.set_pixel_volumes(vol_pix) 
    604609            return output 
    605610        except: 
    … …  
    621626        y_val = data.pos_y 
    622627        z_val = data.pos_z 
     628        vol_pix = data.vol_pix 
    623629         
    624630        length = len(x_val) 
    … …  
    639645        out = open(path, 'w') 
    640646        # First Line: Column names 
    641         out.write("X  Y  Z  SLDN  SLDMx  SLDMy  SLDMz") 
     647        out.write("X  Y  Z  SLDN SLDMx  SLDMy  SLDMz VOLUMEpix") 
    642648        for ind in range(length): 
    643             out.write("\n%g  %g  %g  %g  %g  %g  %g" % (x_val[ind], y_val[ind],  
     649            out.write("\n%g  %g  %g  %g  %g  %g  %g %g" % (x_val[ind], y_val[ind],  
    644650                                                    z_val[ind], sld_n[ind],  
    645651                                                    sld_mx[ind], sld_my[ind],  
    646                                                     sld_mz[ind]))   
     652                                                    sld_mz[ind], vol_pix[ind]))   
    647653        out.close()        
    648654             
    … …  
    749755     
    750756    def __init__(self, pos_x, pos_y, pos_z, sld_n=None,  
    751                  sld_mx=None, sld_my=None, sld_mz=None): 
     757                 sld_mx=None, sld_my=None, sld_mz=None, vol_pix=None): 
    752758        """ 
    753759        Init for mag SLD 
    … …  
    773779        self.sld_my = sld_my 
    774780        self.sld_mz = sld_mz 
     781        self.vol_pix = vol_pix 
    775782        self.sld_m = None 
    776783        self.sld_phi = None 
    … …  
    851858        else: 
    852859            self.pix_symbol = symbol 
     860             
     861    def set_pixel_volumes(self, vol):   
     862        """ 
     863        Set pixel volumes 
     864        :Params pixel: str; pixel or atomic symbol, or array of strings 
     865        """ 
     866        if self.sld_n == None: 
     867            return 
     868        if vol.__class__.__name__ == 'ndarray': 
     869            self.vol_pix = vol 
     870        elif vol.__class__.__name__.count('float') > 0: 
     871            self.vol_pix = numpy.repeat(vol, len(self.sld_n)) 
     872        else: 
     873            self.vol_pix = None 
    853874 
    854875    def get_sldn(self): 
    … …  
    913934                        self.zstepsize = numpy.fabs(z_pos - zpos_pre) 
    914935                        break 
     936                #default pix volume 
     937                self.vol_pix = numpy.ones(len(self.pos_x)) 
     938                vol = self.xstepsize * self.ystepsize * self.zstepsize 
     939                self.set_pixel_volumes(vol) 
    915940                self.has_stepsize = True 
    916941            except: 
    … …  
    918943                self.ystepsize = None 
    919944                self.zstepsize = None 
     945                self.vol_pix = None 
    920946                self.has_stepsize = False 
    921947        else: 
    … …  
    10061032         
    10071033if __name__ == "__main__":  
    1008     #test() 
     1034    test() 
    10091035    test_load() 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.