Changeset daa56d0 in sasview for DataLoader/readers


Ignore:
Timestamp:
Sep 3, 2008 9:47:12 AM (16 years ago)
Author:
Mathieu Doucet <doucetm@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
d831626
Parents:
e390933
Message:

Mostly completed DataLoader?. Reimplemented using REFL registry as base class. Added writing capability and dynamic loading of readers (need zip file support for future py2exe use). All tests pass.

Location:
DataLoader/readers
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • DataLoader/readers/ascii_reader.py

    r99d1af6 rdaa56d0  
    1313from DataLoader.data_info import Data1D 
    1414 
     15# Check whether we have a converter available 
    1516has_converter = True 
    1617try: 
    … …  
    116117                # Sanity check 
    117118                if has_error == True and not len(y) == len(dy): 
    118                     raise ValueError, "ascii_reader: y and dy have different length" 
     119                    raise RuntimeError, "ascii_reader: y and dy have different length" 
    119120 
    120121                # If the data length is zero, consider this as 
    121122                # though we were not able to read the file. 
    122123                if len(x)==0: 
    123                     raise ValueError, "ascii_reader: could not load file" 
     124                    raise RuntimeError, "ascii_reader: could not load file" 
    124125                
    125126                output.x = x 

  • DataLoader/readers/tiff_reader.py

    r8bd8ea4 rdaa56d0  
     1""" 
     2    Image reader. Untested.  
     3""" 
    14 
    2 import math,logging 
     5""" 
     6This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
     7Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
     8project funded by the US National Science Foundation.  
    39 
     10See the license text in license.txt 
     11 
     12copyright 2008, University of Tennessee 
     13""" 
     14#TODO: load and check data and orientation of the image (needs rendering) 
     15 
     16import math, logging, os 
     17import numpy 
     18from DataLoader.data_info import Data2D 
    419     
    520class Reader: 
    … …  
    823    """ 
    924    ## File type 
    10     type = [] 
     25    type = ["TIF files (*.tif)|*.tif", 
     26            "JPG files (*.jpg)|*.jpg", 
     27            "JPEG files (*.jpeg)|*.jpeg", 
     28            "PNG files (*.png)|*.png", 
     29            "TIFF files (*.tiff)|*.tiff", 
     30            "BMP files (*.bmp)|*.bmp", 
     31            "GIF files (*.gif)|*.gif", 
     32            ] 
    1133    ## Extension 
    12     ext  = ['tif', 'jpg', '.png', 'jpeg', '.tiff', 'gif', 'bmp']     
     34    ext  = ['.tif', '.jpg', '.png', '.jpeg', '.tiff', '.gif', '.bmp']     
    1335         
    1436    def read(self, filename=None): 
    15         import Image 
    16         print "in tiff" 
    1737        """ 
    1838            Open and read the data in a file 
    1939            @param file: path of the file 
    2040        """ 
     41        try: 
     42            import Image 
     43        except: 
     44            raise RuntimeError, "tiff_reader: could not load file. Missing Image module." 
    2145         
    22         read_it = False 
    23         for item in self.ext: 
    24             if filename.lower().find(item)>=0: 
    25                 read_it = True 
     46        # Instantiate data object 
     47        output = Data2D() 
     48        output.filename = os.path.basename(filename) 
     49             
     50        # Read in the image 
     51        try: 
     52            im = Image.open(filename) 
     53        except : 
     54            raise  RuntimeError,"cannot open %s"%(filename) 
     55        data = im.getdata() 
     56         
     57        # Initiazed the output data object 
     58        output.data = numpy.zeros([im.size[0],im.size[1]]) 
     59         
     60        # Initialize  
     61        x_vals = [] 
     62        y_vals = []  
     63 
     64        # x and y vectors 
     65        for i_x in range(im.size[0]): 
     66            x_vals.append(i_x) 
     67             
     68        itot = 0 
     69        for i_y in range(im.size[1]): 
     70            y_vals.append(i_y) 
     71 
     72        for val in data: 
     73            try: 
     74                value = float(val) 
     75            except: 
     76                logging.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
     77                continue 
     78             
     79            # Get bin number 
     80            if math.fmod(itot, im.size[0])==0: 
     81                i_x = 0 
     82                i_y += 1 
     83            else: 
     84                i_x += 1 
    2685                 
    27         if read_it: 
    28             import Image 
    29             import pylab 
    30             import copy 
    31             import numpy 
     86            output.data[im.size[1]-1-i_y][i_x] = value 
    3287             
    33             wavelength, distance, center_x, center_y, pixel = 10.0, 11.0, 65, 65, 1.0 
    34              
    35              
    36              
    37             # Initialize  
    38             x_vals = [] 
    39             y_vals = []  
    40             ymin = None 
    41             ymax = None 
    42             xmin = None 
    43             xmax = None 
    44             Z = None 
     88            itot += 1 
     89                 
     90        output.xbins      = im.size[0] 
     91        output.ybins      = im.size[1] 
     92        output.x_bins     = x_vals 
     93        output.y_bins     = y_vals 
     94        output.xmin       = 0 
     95        output.xmax       = im.size[0]-1 
     96        output.ymin       = 0 
     97        output.ymax       = im.size[0]-1 
    4598         
    46             try: 
    47                 im = Image.open(filename) 
    48             except : 
    49                 raise  RuntimeError,"cannot open %s"%(filename) 
    50             # Detector size should be 128x128, the file is 190x190 
    51             print "-> Image size:", im.size, im.format, im.mode 
    52             data = im.getdata() 
    53             x = numpy.zeros(im.size[0]) 
    54             y = numpy.zeros(im.size[1]) 
    55             X, Y = pylab.meshgrid(x, y) 
    56             Z = copy.deepcopy(X) 
    57             itot = 0 
    58             i_x = 0 
    59             i_y = 0 
    60              
    61             # Qx and Qy vectors 
    62             for i_x in range(im.size[0]): 
    63                 theta = (i_x-center_x+1)*pixel / distance / 100.0 
    64                 qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0) 
    65                 x_vals.append(qx) 
    66                 if xmin==None or qx<xmin: 
    67                     xmin = qx 
    68                 if xmax==None or qx>xmax: 
    69                     xmax = qx 
    70              
    71             ymin = None 
    72             ymax = None 
    73             for i_y in range(im.size[1]): 
    74                 theta = (i_y-center_y+1)*pixel / distance / 100.0 
    75                 qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0) 
    76                 y_vals.append(qy) 
    77                 if ymin==None or qy<ymin: 
    78                     ymin = qy 
    79                 if ymax==None or qy>ymax: 
    80                     ymax = qy 
    81              
    82             for val in data: 
    83                  
    84                 try: 
    85                     value = float(val) 
    86                 except: 
    87                     continue 
    88                  
    89                 # Get bin number 
    90                 if math.fmod(itot, im.size[0])==0: 
    91                     i_x = 0 
    92                     i_y += 1 
    93                 else: 
    94                     i_x += 1 
    95                      
    96                 Z[im.size[1]-1-i_y][i_x] = value 
    97                  
    98                 itot += 1 
    99             from readInfo import ReaderInfo       
    100             output = ReaderInfo() 
    101             output.wavelength = wavelength 
    102             output.xbins      = im.size[0] 
    103             output.ybins      = im.size[1] 
    104             output.center_x   = center_x 
    105             output.center_y   = center_y 
    106             output.distance   = distance 
    107             output.x_vals     = x_vals 
    108             output.y_vals     = y_vals 
    109             output.xmin       = xmin 
    110             output.xmax       = xmax 
    111             output.ymin       = ymin 
    112             output.ymax       = ymax 
    113             output.image      = Z 
    114             output.pixel_size = pixel 
    115             output.x          = x_vals 
    116             output.y          = y_vals 
    117             output.type       ="2D" 
    118             logging.info("tiff_reader reading %s"%(filename)) 
    119              
    120             return output 
     99        return output 
    121100         
    122         return None 
    123101 
    124102 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.