Changeset d831626 in sasview for park_integration


Ignore:
Timestamp:
Sep 3, 2008 12:58:30 PM (16 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
84545dd
Parents:
daa56d0
Message:

park integration test_large_model is not working for park

Location:
park_integration
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • park_integration/AbstractFitEngine.py

    r3c404d3 rd831626  
    3636    def __init__(self, sans_model): 
    3737        self.model = sans_model 
     38        self.name=sans_model.name 
    3839        #print "ParkFitting:sans model",self.model 
    3940        self.sansp = sans_model.getParamList() 
    … …  
    6768   
    6869    def eval(self,x): 
    69         #print "eval",self.parameterset[0].value,self.parameterset[1].value 
     70        
    7071        return self.model.runXY(x) 
    7172        
    … …  
    193194            else: 
    194195                model.model.name = name 
     196                model.name = name 
    195197                self.paramList=pars 
    196198            #A fitArrange is already created but contains dList only at Uid 

  • park_integration/test/test_large_model.py

    r48882d1 rd831626  
    3131         
    3232        #Do the fit SCIPY 
    33         fitter.set_data(data1,1) 
     33         
    3434        import math 
    3535        #pars1=['background','contrast', 'length'] 

  • park_integration/test/testnewscipys.py

    r48882d1 rd831626  
    11""" 
    2     Unit tests for fitting module  
     2    test Data, Model , fucntor classes of AbstractFittingModule 
    33""" 
    44import unittest 
    … …  
    1212     
    1313    def test_Data(self): 
    14         """ test data""" 
     14        """ test Data""" 
    1515        #load data 
    1616        from sans.fit.Loader import Load 
    … …  
    3737        #fitter.set_model_assembly(model,"M1",1,['A','B']) 
    3838    def test_Model(self): 
    39         """ test model""" 
     39        """ test Model""" 
    4040        #load data 
    4141        from sans.fit.Loader import Load 

  • park_integration/test/testpark.py

    r985c88b rd831626  
    11""" 
    2     Unit tests for fitting module  
     2    Unit tests for fitting module  using park integration 
     3    fitting 2 data with 2 model and one constraint on only one parameter is not working 
    34""" 
    45import unittest 
    56from sans.guitools.plottables import Theory1D 
    67from sans.guitools.plottables import Data1D 
    7 from sans.fit.ScipyFitting import Parameter 
     8from sans.fit.AbstractFitEngine import Model,Data 
    89import math 
    910class testFitModule(unittest.TestCase): 
    1011     
    11     def test2models2dataonconstraint(self): 
    12         """ test fitting for two set of data  and one model""" 
     12    def test2models2data2constraints(self): 
     13        """ test fitting for two data , 2 model , 2 constraints""" 
    1314        from sans.fit.Loader import Load 
    1415        load= Load() 
    … …  
    4243        model1.setParam( 'A', 2.5) 
    4344        model1.setParam( 'B', 4) 
    44         fitter.set_model(model1,"M1",1, ['A','B']) 
    45         fitter.set_data(data1,1) 
     45        model1.name="M1" 
     46        fitter.set_model(Model(model1),"M1",1, ['A','B']) 
     47        fitter.set_data(Data(sans_data=data1),1) 
     48        model2.name="M2" 
     49        model2.setParam( 'A', "M1.A+1") 
     50        model2.setParam( 'B', 'M1.B*2') 
    4651         
    47         model1.setParam( 'A', 2) 
    48         model1.setParam( 'B', 3) 
    49         fitter.set_model(model2,"M2",2, ['A','B']) 
    50         fitter.set_data(data2,2) 
     52        fitter.set_model(Model(model2),"M2",2, ['A','B']) 
     53        fitter.set_data(Data(sans_data=data2),2) 
    5154         
    52         chisqr1, out1, cov1,result= fitter.fit() 
    53          
     55        result = fitter.fit() 
     56        chisqr1 = result.fitness 
     57        out1 = result.pvec 
     58        cov1 = result.cov 
    5459        self.assert_(math.fabs(out1[1]-2.5)/math.sqrt(cov1[1][1]) < 2) 
    5560        print math.fabs(out1[0]-4.0)/math.sqrt(cov1[0][0]) 
    … …  
    6166        print chisqr1/len(data2.x) 
    6267        #self.assert_(chisqr2/len(data2.x) < 2) 
     68     
     69    def test2models2data1constraint(self): 
     70        """ test fitting for two data , 2 model ,1 constraint""" 
     71        from sans.fit.Loader import Load 
     72        load= Load() 
     73        #Load the first data 
     74        load.set_filename("testdata1.txt") 
     75        load.set_values() 
     76        data1 = Data1D(x=[], y=[],dx=None, dy=None) 
     77        load.load_data(data1) 
    6378         
     79        #Load the second data 
     80        load.set_filename("testdata2.txt") 
     81        load.set_values() 
     82        data2 = Data1D(x=[], y=[],dx=None, dy=None) 
     83        load.load_data(data2) 
    6484         
    65         fitter.set_data(data3,1) 
    66         chisqr2, out2, cov2, result= fitter.fit(None,None) 
    67         self.assert_(math.fabs(out2[1]-2.5)/math.sqrt(cov2[1][1]) < 2) 
    68         print math.fabs(out2[0]-4.0)/math.sqrt(cov2[0][0]) 
     85        #Load the third data 
     86        load.set_filename("testdata_line.txt") 
     87        load.set_values() 
     88        data3 = Data1D(x=[], y=[],dx=None, dy=None) 
     89        load.load_data(data3) 
     90         
     91        #Importing the Fit module 
     92        from sans.fit.Fitting import Fit 
     93        fitter= Fit('park') 
     94        # Receives the type of model for the fitting 
     95        from sans.guitools.LineModel import LineModel 
     96        model1  = LineModel() 
     97        model2  = LineModel() 
     98         
     99        #Do the fit 
     100        model1.setParam( 'A', 2.5) 
     101        model1.setParam( 'B', 4) 
     102        model1.name="M1" 
     103        fitter.set_model(Model(model1),"M1",1, ['A','B']) 
     104        fitter.set_data(Data(sans_data=data1),1) 
     105        model2.name="M2" 
     106        model2.setParam( 'A', 2) 
     107        model2.setParam( 'B', 'M1.B*2') 
     108         
     109        fitter.set_model(Model(model2),"M2",2, ['A','B']) 
     110        fitter.set_data(Data(sans_data=data2),2) 
     111         
     112        result = fitter.fit() 
     113        chisqr1 = result.fitness 
     114        out1 = result.pvec 
     115        cov1 = result.cov 
     116        self.assert_(math.fabs(out1[1]-2.5)/math.sqrt(cov1[1][1]) < 2) 
     117        print math.fabs(out1[0]-4.0)/math.sqrt(cov1[0][0]) 
    69118        #self.assert_(math.fabs(out1[0]-4.0)/math.sqrt(cov1[0][0]) < 2) 
    70         self.assert_(math.fabs(out2[3]-2.5)/math.sqrt(cov2[3][3]) < 2) 
    71         self.assert_(math.fabs(out2[2]-4.0)/math.sqrt(cov2[2][2]) < 2) 
    72         print chisqr2/len(data1.x) 
    73         #self.assert_(chisqr1/len(data1.x) < 2) 
    74         print chisqr2/len(data2.x) 
    75         #self.assert_(chisqr2/len(data2.x) < 2) 
    76          
    77         fitter.remove_Fit_Problem(2) 
    78          
    79         chisqr3, out3, cov3= fitter.fit() 
    80         #print "park",chisqr3, out3, cov3 
    81         self.assert_(math.fabs(out1[1]-2.5)/math.sqrt(cov1[1][1]) < 2) 
    82         print math.fabs(out1[0]-4.0) 
    83         #self.assert_(math.fabs(out1[0]-4.0)/math.sqrt(cov1[0][0]) < 2) 
     119        self.assert_(math.fabs(out1[3]-2.5)/math.sqrt(cov1[3][3]) < 2) 
     120        self.assert_(math.fabs(out1[2]-4.0)/math.sqrt(cov1[2][2]) < 2) 
    84121        print chisqr1/len(data1.x) 
    85122        #self.assert_(chisqr1/len(data1.x) < 2) 
    86         #self.assert_(chisqr1/len(data2.x) < 2) 
    87         #failing at 7 place 
    88         self.assertAlmostEquals(out3[1],out1[1]) 
    89         self.assertAlmostEquals(out3[0],out1[0]) 
    90         self.assertAlmostEquals(cov3[1][1],cov1[1][1]) 
    91         self.assertAlmostEquals(cov3[0][0],cov1[0][0]) 
     123        print chisqr1/len(data2.x) 
     124        #self.assert_(chisqr2/len(data2.x) < 2) 
     125     
    92126         
    93         self.assertAlmostEquals(out2[1],out1[1]) 
    94         self.assertAlmostEquals(out2[0],out1[0]) 
    95         self.assertAlmostEquals(cov2[1][1],cov1[1][1]) 
    96         self.assertAlmostEquals(cov2[0][0],cov1[0][0]) 
     127    def test2models2dataNoconstraint(self): 
     128        """ test fitting for two data  and 2 models no cosntrainst""" 
     129        from sans.fit.Loader import Load 
     130        load= Load() 
     131        #Load the first data 
     132        load.set_filename("testdata1.txt") 
     133        load.set_values() 
     134        data1 = Data1D(x=[], y=[],dx=None, dy=None) 
     135        load.load_data(data1) 
    97136         
    98         self.assertAlmostEquals(out2[1],out3[1]) 
    99         self.assertAlmostEquals(out2[0],out3[0]) 
    100         self.assertAlmostEquals(cov2[1][1],cov3[1][1]) 
    101         self.assertAlmostEquals(cov2[0][0],cov3[0][0]) 
    102         print chisqr1,chisqr2,chisqr3 
    103         #self.assertAlmostEquals(chisqr1,chisqr2) 
    104         self.assert_(chisqr1) 
     137        #Load the second data 
     138        load.set_filename("testdata2.txt") 
     139        load.set_values() 
     140        data2 = Data1D(x=[], y=[],dx=None, dy=None) 
     141        load.load_data(data2) 
     142         
     143        #Load the third data 
     144        load.set_filename("testdata_line.txt") 
     145        load.set_values() 
     146        data3 = Data1D(x=[], y=[],dx=None, dy=None) 
     147        load.load_data(data3) 
     148         
     149        #Importing the Fit module 
     150        from sans.fit.Fitting import Fit 
     151        fitter= Fit('park') 
     152        # Receives the type of model for the fitting 
     153        from sans.guitools.LineModel import LineModel 
     154        model1  = LineModel() 
     155        model2  = LineModel() 
     156         
     157        #Do the fit 
     158        model1.setParam( 'A', 2.5) 
     159        model1.setParam( 'B', 4) 
     160        model1.name="M1" 
     161        fitter.set_model(Model(model1),"M1",1, ['A','B']) 
     162        fitter.set_data(Data(sans_data=data1),1) 
     163        model2.name="M2" 
     164        model2.setParam( 'A', 1) 
     165        model2.setParam( 'B', 2) 
     166         
     167        fitter.set_model(Model(model2),"M2",2, ['A','B']) 
     168        fitter.set_data(Data(sans_data=data2),2) 
     169     
     170        result = fitter.fit() 
     171        chisqr1 = result.fitness 
     172        out1 = result.pvec 
     173        cov1 = result.cov 
     174        self.assert_(math.fabs(out1[1]-2.5)/math.sqrt(cov1[1][1]) < 2) 
     175        print math.fabs(out1[0]-4.0)/math.sqrt(cov1[0][0]) 
     176        #self.assert_(math.fabs(out1[0]-4.0)/math.sqrt(cov1[0][0]) < 2) 
     177        self.assert_(math.fabs(out1[3]-2.5)/math.sqrt(cov1[3][3]) < 2) 
     178        self.assert_(math.fabs(out1[2]-4.0)/math.sqrt(cov1[2][2]) < 2) 
     179        print chisqr1/len(data1.x) 
     180        #self.assert_(chisqr1/len(data1.x) < 2) 
     181        print chisqr1/len(data2.x) 
     182        #self.assert_(chisqr2/len(data2.x) < 2) 
     183     
     184         
     185     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.