Changeset d6513cd in sasview for DataLoader


Ignore:
Timestamp:
Aug 22, 2008 5:13:34 PM (16 years ago)
Author:
Mathieu Doucet <doucetm@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
48882d1
Parents:
533550c
Message:

Data loader update (still working)

Location:
DataLoader
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • DataLoader/data_info.py

    rb99ac227 rd6513cd  
    104104    distance_unit = 'mm' 
    105105    ## Offset of this detector position in X, Y, (and Z if necessary) [Vector] [mm]  
    106     offset = Vector() 
     106    offset = None 
    107107    offset_unit = 'm' 
    108108    ## Orientation (rotation) of this detector in roll, pitch, and yaw [Vector] [degrees] 
    109     orientation = Vector() 
     109    orientation = None 
    110110    orientation_unit = 'degree' 
    111111    ## Center of the beam on the detector in X and Y (and Z if necessary) [Vector] [mm] 
    112     beam_center = Vector() 
     112    beam_center = None 
    113113    beam_center_unit = 'mm' 
    114114    ## Pixel size in X, Y, (and Z if necessary) [Vector] [mm] 
    115     pixel_size = Vector() 
     115    pixel_size = None 
    116116    pixel_size_unit = 'mm' 
    117117    ## Slit length of the instrument for this detector.[float] [mm] 
    118118    slit_length = None 
    119119    slit_length_unit = 'mm' 
     120     
     121    def __init__(self): 
     122        """ 
     123            Initialize class attribute that are objects... 
     124        """ 
     125        self.offset      = Vector() 
     126        self.orientation = Vector() 
     127        self.beam_center = Vector() 
     128        self.pixel_size  = Vector() 
     129         
    120130     
    121131    def __str__(self): 
    … …  
    136146        return _str 
    137147 
     148class Aperture: 
     149    # Aperture size [Vector] 
     150    size = None 
     151    size_unit = 'mm' 
     152    # Aperture distance [float] 
     153    distance = None 
     154    distance_unit = 'mm' 
     155     
     156    def __init__(self): 
     157        self.size = Vector() 
     158     
    138159class Collimation: 
    139160    """ 
    140161        Class to hold collimation information 
    141162    """ 
    142     class Aperture: 
    143         # Aperture size [Vector] 
    144         size = Vector() 
    145         size_unit = 'mm' 
    146         # Aperture distance [float] 
    147         distance = None 
    148         distance_unit = 'mm' 
    149163     
    150164    ## Length [float] [mm] 
    … …  
    152166    length_unit = 'mm' 
    153167    ## Aperture 
    154     aperture = [] 
     168    aperture = None 
     169     
     170    def __init__(self): 
     171        self.aperture = [] 
    155172     
    156173    def __str__(self): 
    … …  
    172189    radiation = '' 
    173190    ## Beam size [Vector] [mm] 
    174     beam_size = Vector() 
     191    beam_size = None 
    175192    beam_size_unit = 'mm' 
    176193    ## Beam shape [string] 
    … …  
    189206    wavelength_spread_unit = 'percent' 
    190207     
     208    def __init__(self): 
     209        self.beam_size = Vector() 
     210         
     211     
    191212    def __str__(self): 
    192213        _str  = "Source:\n" 
    … …  
    229250    temperature_unit = 'C' 
    230251    ## Position [Vector] [mm] 
    231     position = Vector() 
     252    position = None 
    232253    position_unit = 'mm' 
    233254    ## Orientation [Vector] [degrees] 
    234     orientation = Vector() 
     255    orientation = None 
    235256    orientation_unit = 'degree' 
    236257    ## Details 
    237     details = [] 
     258    details = None 
     259     
     260    def __init__(self): 
     261        self.position    = Vector() 
     262        self.orientation = Vector() 
     263        self.details     = [] 
    238264     
    239265    def __str__(self): 
    … …  
    264290    date = '' 
    265291    description= '' 
    266     term = [] 
    267     notes = [] 
     292    term = None 
     293    notes = None 
     294     
     295    def __init__(self): 
     296        self.term = [] 
     297        self.notes = [] 
    268298     
    269299    def __str__(self): 
    … …  
    293323    filename   = '' 
    294324    ## Notes 
    295     notes      = [] 
     325    notes      = None 
    296326    ## Processes (Action on the data) 
    297     process    = [] 
     327    process    = None 
    298328    ## Instrument name 
    299329    instrument = '' 
    300330    ## Detector information 
    301     detector   = [] 
     331    detector   = None 
    302332    ## Sample information 
    303     sample     = Sample() 
     333    sample     = None 
    304334    ## Source information 
    305     source     = Source() 
     335    source     = None 
    306336    ## Collimation information 
    307     collimation = [] 
     337    collimation = None 
    308338    ## Additional meta-data 
    309     meta_data  = {} 
     339    meta_data  = None 
    310340    ## Loading errors 
    311     errors = [] 
     341    errors = None 
    312342             
    313343    def __init__(self): 
    … …  
    583613     
    584614    ## Vector of Q-values at the center of each bin in x 
    585     x_bins = [] 
     615    x_bins = None 
    586616     
    587617    ## Vector of Q-values at the center of each bin in y 
    588     y_bins = [] 
     618    y_bins = None 
    589619     
    590620     
    591621    def __init__(self, data=None, err_data=None): 
     622        self.y_bins = [] 
     623        self.x_bins = [] 
    592624        DataInfo.__init__(self) 
    593625        plottable_2D.__init__(self, data, err_data) 

  • DataLoader/readers/cansas_reader.py

    r99d1af6 rd6513cd  
    2020import numpy 
    2121import os, sys 
    22 from DataLoader.data_info import Data1D, Collimation, Detector, Process 
     22from DataLoader.data_info import Data1D, Collimation, Detector, Process, Aperture 
    2323from xml import xpath 
    2424 
    … …  
    7070                    break 
    7171                 
    72                 if nodes[0].hasAttributes(): 
    73                     for i in range(nodes[0].attributes.length): 
    74                         attr[nodes[0].attributes.item(i).nodeName] \ 
    75                             = nodes[0].attributes.item(i).nodeValue 
     72            if nodes[0].hasAttributes(): 
     73                for i in range(nodes[0].attributes.length): 
     74                    attr[nodes[0].attributes.item(i).nodeName] \ 
     75                        = nodes[0].attributes.item(i).nodeValue 
    7676        except: 
    7777            # problem reading the node. Skip it and return that 
    … …  
    317317            apert_list = xpath.Evaluate('aperture', item) 
    318318            for apert in apert_list: 
    319                 aperture =  collim.Aperture() 
    320                  
     319                aperture =  Aperture() 
    321320                _store_float('distance', apert, 'distance', aperture)     
    322321                _store_float('size/x', apert, 'size.x', aperture)     
    … …  
    426425        data_info.dx = dx 
    427426        data_info.dy = dy 
     427         
     428        data_conv_q = None 
     429        data_conv_i = None 
     430         
     431        if has_converter == True and data_info.x_unit != '1/A': 
     432            data_conv_q = Converter('1/A') 
     433            # Test it 
     434            data_conv_q(1.0, output.Q_unit) 
     435             
     436        if has_converter == True and data_info.y_unit != '1/cm': 
     437            data_conv_i = Converter('1/cm') 
     438            # Test it 
     439            data_conv_i(1.0, output.I_unit)             
     440     
     441         
    428442        if data_conv_q is not None: 
    429             data_info.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit) 
     443            data_info.xaxis("\\rm{Q}", data_info.x_unit) 
    430444        else: 
    431445            data_info.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    432446        if data_conv_i is not None: 
    433             data_info.yaxis("\\{I(Q)}", output.y_unit) 
     447            data_info.yaxis("\\{I(Q)}", data_info.y_unit) 
    434448        else: 
    435449            data_info.yaxis("\\rm{I(Q)}","cm^{-1}") 

  • DataLoader/test/cansas1d.xml

    r8780e9a rd6513cd  
    6666                        </SASsource> 
    6767                        <SAScollimation> 
     68                                <length unit='mm'> 123.0</length> 
    6869                                <aperture name="source" type="radius"> 
    6970                                        <size> 

  • DataLoader/test/utest_abs_reader.py

    rb99ac227 rd6513cd  
    134134        self.data = Loader().load("cansas1d.xml") 
    135135  
    136          
     136    def test_checkdata(self): 
     137        """ 
     138            Check the data content to see whether  
     139            it matches the specific file we loaded. 
     140            Check the units too to see whether the 
     141            Data1D defaults changed. Otherwise the 
     142            tests won't pass 
     143        """ 
     144        self.assertEqual(self.data.filename, "cansas1d.xml") 
     145        self.assertEqual(self.data.run, "1234") 
     146         
     147        # Sample info 
     148        self.assertEqual(self.data.sample.ID, "SI600-new-long") 
     149        self.assertEqual(self.data.sample.thickness_unit, 'mm') 
     150        self.assertEqual(self.data.sample.thickness, 1.03) 
     151         
     152        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.327) 
     153         
     154        self.assertEqual(self.data.sample.temperature_unit, 'C') 
     155        self.assertEqual(self.data.sample.temperature, 0) 
     156 
     157        self.assertEqual(self.data.sample.position_unit, 'mm') 
     158        self.assertEqual(self.data.sample.position.x, 10) 
     159        self.assertEqual(self.data.sample.position.y, 0) 
     160 
     161        self.assertEqual(self.data.sample.orientation_unit, 'degree') 
     162        self.assertEqual(self.data.sample.orientation.x, 22.5) 
     163        self.assertEqual(self.data.sample.orientation.y, 0.02) 
     164 
     165        self.assertEqual(self.data.sample.details[0], "http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720")  
     166        self.assertEqual(self.data.sample.details[1], "Some text here")  
     167         
     168        # Instrument info 
     169        self.assertEqual(self.data.instrument, "TEST instrument") 
     170         
     171        # Source 
     172        self.assertEqual(self.data.source.radiation, "neutron") 
     173         
     174        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_unit, "mm") 
     175        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.x, 12) 
     176        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.y, 12) 
     177         
     178        self.assertEqual(self.data.source.beam_shape, "disc") 
     179         
     180        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, "A") 
     181        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6) 
     182         
     183        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max_unit, "nm") 
     184        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max, 1.0) 
     185        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min_unit, "nm") 
     186        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min, 0.22) 
     187        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread_unit, "percent") 
     188        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread, 14.3) 
     189         
     190        # Collimation 
     191        _found1 = False 
     192        _found2 = False 
     193        self.assertEqual(self.data.collimation[0].length, 123.) 
     194         
     195        for item in self.data.collimation[0].aperture: 
     196            self.assertEqual(item.size_unit,'mm') 
     197            self.assertEqual(item.distance_unit,'mm') 
     198             
     199            if item.size.x==50 \ 
     200                and item.distance==11000.: 
     201                _found1 = True 
     202            elif item.size.x==1.0: 
     203                _found2 = True 
     204                 
     205        if _found1==False or _found2==False: 
     206            print item.distance 
     207            raise RuntimeError, "Could not find all data %s %s" % (_found1, _found2)  
     208             
    137209         
    138210         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.