Changeset d4b0687 in sasview for park_integration


Ignore:
Timestamp:
Jul 11, 2008 11:16:18 AM (16 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
94b44293
Parents:
4c718654
Message:

changed done on AbstractFit? engine scipyfit parkfit

Location:
park_integration
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • park_integration/AbstractFitEngine.py

    r4c718654 rd4b0687  
    3232            return xtemp, ytemp,dytemp 
    3333     
     34    def set_model(self,model,name,Uid,pars={}): 
     35        """  
    3436       
     37            Receive a dictionary of parameter and save it Parameter list 
     38            For scipy.fit use. 
     39            Set model in a FitArrange object and add that object in a dictionary 
     40            with key Uid. 
     41            @param model: model on with parameter values are set 
     42            @param name: model name 
     43            @param Uid: unique key corresponding to a fitArrange object with model 
     44            @param pars: dictionary of paramaters name and value 
     45            pars={parameter's name: parameter's value} 
     46             
     47        """ 
     48        self.parameters=[] 
     49        if model==None: 
     50            raise ValueError, "Cannot set parameters for empty model" 
     51        else: 
     52            model.name=name 
     53            for key, value in pars.iteritems(): 
     54                param = Parameter(model, key, value) 
     55                self.parameters.append(param) 
     56         
     57        #A fitArrange is already created but contains dList only at Uid 
     58        if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
     59            self.fitArrangeList[Uid].set_model(model) 
     60        else: 
     61        #no fitArrange object has been create with this Uid 
     62            fitproblem= FitArrange() 
     63            fitproblem.set_model(model) 
     64            self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
     65         
     66         
     67    def set_data(self,data,Uid): 
     68        """ Receives plottable, creates a list of data to fit,set data 
     69            in a FitArrange object and adds that object in a dictionary  
     70            with key Uid. 
     71            @param data: data added 
     72            @param Uid: unique key corresponding to a fitArrange object with data 
     73            """ 
     74        #A fitArrange is already created but contains model only at Uid 
     75        if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
     76            self.fitArrangeList[Uid].add_data(data) 
     77        else: 
     78        #no fitArrange object has been create with this Uid 
     79            fitproblem= FitArrange() 
     80            fitproblem.add_data(data) 
     81            self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
     82             
     83    def get_model(self,Uid): 
     84        """  
     85            @param Uid: Uid is key in the dictionary containing the model to return 
     86            @return  a model at this uid or None if no FitArrange element was created 
     87            with this Uid 
     88        """ 
     89        if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
     90            return self.fitArrangeList[Uid].get_model() 
     91        else: 
     92            return None 
     93     
     94    def remove_Fit_Problem(self,Uid): 
     95        """remove   fitarrange in Uid""" 
     96        if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
     97            del self.fitArrangeList[Uid] 
     98             
     99       
     100    
     101    
    35102class Parameter: 
    36103    """ 
    … …  
    55122        return self.model.getParam(self.name) 
    56123     
     124class FitArrange: 
     125    def __init__(self): 
     126        """ 
     127            Class FitArrange contains a set of data for a given model 
     128            to perform the Fit.FitArrange must contain exactly one model 
     129            and at least one data for the fit to be performed. 
     130            model: the model selected by the user 
     131            Ldata: a list of data what the user wants to fit 
     132             
     133        """ 
     134        self.model = None 
     135        self.dList =[] 
     136         
     137    def set_model(self,model): 
     138        """  
     139            set_model save a copy of the model 
     140            @param model: the model being set 
     141        """ 
     142        self.model = model 
     143         
     144    def add_data(self,data): 
     145        """  
     146            add_data fill a self.dList with data to fit 
     147            @param data: Data to add in the list   
     148        """ 
     149        if not data in self.dList: 
     150            self.dList.append(data) 
     151             
     152    def get_model(self): 
     153        """ @return: saved model """ 
     154        return self.model    
     155      
     156    def get_data(self): 
     157        """ @return:  list of data dList""" 
     158        return self.dList  
     159       
     160    def remove_data(self,data): 
     161        """ 
     162            Remove one element from the list 
     163            @param data: Data to remove from dList 
     164        """ 
     165        if data in self.dList: 
     166            self.dList.remove(data) 
     167    def remove_datalist(self): 
     168        """ empty the complet list dLst""" 
     169        self.dList=[] 
     170               
    57171 
    58172 

  • park_integration/ParkFitting.py

    r4c718654 rd4b0687  
    1414from sans.guitools.plottables import Data1D 
    1515from Loader import Load 
    16 from AbstractFitEngine import FitEngine, Parameter 
    17  
     16from AbstractFitEngine import FitEngine, Parameter, FitArrange 
    1817class SansParameter(park.Parameter): 
    1918    """ 
    … …  
    103102        """ 
    104103        return [] 
    105 class FitArrange: 
    106     def __init__(self): 
    107         """ 
    108             Class FitArrange contains a set of data for a given model 
    109             to perform the Fit.FitArrange must contain exactly one model 
    110             and at least one data for the fit to be performed. 
    111             model: the model selected by the user 
    112             Ldata: a list of data what the user wants to fit 
    113              
    114         """ 
    115         self.model = None 
    116         self.dList =[] 
    117          
    118     def set_model(self,model): 
    119         """  
    120             set_model save a copy of the model 
    121             @param model: the model being set 
    122         """ 
    123         self.model = model 
    124     def remove_model(self): 
    125         """ remove model """ 
    126         self.model=None 
    127     def add_data(self,data): 
    128         """  
    129             add_data fill a self.dList with data to fit 
    130             @param data: Data to add in the list   
    131         """ 
    132         if not data in self.dList: 
    133             self.dList.append(data) 
    134              
    135     def get_model(self): 
    136         """ @return: saved model """ 
    137         return self.model    
    138       
    139     def get_data(self): 
    140         """ @return:  list of data dList""" 
    141         return self.dList  
    142        
    143     def remove_data(self,data): 
    144         """ 
    145             Remove one element from the list 
    146             @param data: Data to remove from dList 
    147         """ 
    148         if data in self.dList: 
    149             self.dList.remove(data) 
    150     def remove_datalist(self): 
    151         """ empty the complet list dLst""" 
    152         self.dList=[] 
    153              
     104 
    154105             
    155106class ParkFit(FitEngine): 
    … …  
    203154                 
    204155            Ldata=value.get_data() 
    205             x,y,dy,dx=self._concatenateData(Ldata) 
     156            x,y,dy=self._concatenateData(Ldata) 
    206157            #wrap sansdata 
    207             parkdata=Data(x,y,dy,dx) 
     158            parkdata=Data(x,y,dy,None) 
    208159            couple=(parkmodel,parkdata) 
    209160            mylist.append(couple) 
    … …  
    244195        return result.fitness,result.pvec,result.cov 
    245196     
    246     def set_model(self,model,name,Uid,pars={}): 
    247         """  
    248        
    249             Receive a dictionary of parameter and save it Parameter list 
    250             For scipy.fit use. 
    251             Set model in a FitArrange object and add that object in a dictionary 
    252             with key Uid. 
    253             @param model: model on with parameter values are set 
    254             @param name: model name 
    255             @param Uid: unique key corresponding to a fitArrange object with model 
    256             @param pars: dictionary of paramaters name and value 
    257             pars={parameter's name: parameter's value} 
    258              
    259         """ 
    260         self.parameters=[] 
    261         if model==None: 
    262             raise ValueError, "Cannot set parameters for empty model" 
    263         else: 
    264             model.name=name 
    265             for key, value in pars.iteritems(): 
    266                 param = Parameter(model, key, value) 
    267                 self.parameters.append(param) 
    268          
    269         #A fitArrange is already created but contains dList only at Uid 
    270         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    271             self.fitArrangeList[Uid].set_model(model) 
    272         else: 
    273         #no fitArrange object has been create with this Uid 
    274             fitproblem= FitArrange() 
    275             fitproblem.set_model(model) 
    276             self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
    277          
    278          
    279     def set_data(self,data,Uid): 
    280         """ Receives plottable, creates a list of data to fit,set data 
    281             in a FitArrange object and adds that object in a dictionary  
    282             with key Uid. 
    283             @param data: data added 
    284             @param Uid: unique key corresponding to a fitArrange object with data 
    285             """ 
    286         #A fitArrange is already created but contains model only at Uid 
    287         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    288             self.fitArrangeList[Uid].add_data(data) 
    289         else: 
    290         #no fitArrange object has been create with this Uid 
    291             fitproblem= FitArrange() 
    292             fitproblem.add_data(data) 
    293             self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
    294              
    295     def get_model(self,Uid): 
    296         """  
    297             @param Uid: Uid is key in the dictionary containing the model to return 
    298             @return  a model at this uid or None if no FitArrange element was created 
    299             with this Uid 
    300         """ 
    301         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    302             return self.fitArrangeList[Uid].get_model() 
    303         else: 
    304             return None 
    305      
    306     def remove_Fit_Problem(self,Uid): 
    307         """remove   fitarrange in Uid""" 
    308         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    309             del self.fitArrangeList[Uid] 
    310              
    311        
    312197    
    313      

  • park_integration/ScipyFitting.py

    r4c718654 rd4b0687  
    88from scipy import optimize 
    99from AbstractFitEngine import FitEngine, Parameter 
     10from AbstractFitEngine import FitArrange 
    1011 
    11 class FitArrange: 
    12     def __init__(self): 
    13         """ 
    14             Class FitArrange contains a set of data for a given model 
    15             to perform the Fit.FitArrange must contain exactly one model 
    16             and at least one data for the fit to be performed. 
    17             model: the model selected by the user 
    18             Ldata: a list of data what the user wants to fit 
    19              
    20         """ 
    21         self.model = None 
    22         self.dList =[] 
    23          
    24     def set_model(self,model): 
    25         """  
    26             set_model save a copy of the model 
    27             @param model: the model being set 
    28         """ 
    29         self.model = model 
    30          
    31     def add_data(self,data): 
    32         """  
    33             add_data fill a self.dList with data to fit 
    34             @param data: Data to add in the list   
    35         """ 
    36         if not data in self.dList: 
    37             self.dList.append(data) 
    38              
    39     def get_model(self): 
    40         """ @return: saved model """ 
    41         return self.model    
    42       
    43     def get_data(self): 
    44         """ @return:  list of data dList""" 
    45         return self.dList  
    46        
    47     def remove_data(self,data): 
    48         """ 
    49             Remove one element from the list 
    50             @param data: Data to remove from dList 
    51         """ 
    52         if data in self.dList: 
    53             self.dList.remove(data) 
    54     def remove_datalist(self): 
    55         """ empty the complet list dLst""" 
    56         self.dList=[] 
    57              
    5812class ScipyFit(FitEngine): 
    5913    """  
    … …  
    12377        return chisqr, out, cov 
    12478     
    125     def set_model(self,model,name,Uid,pars={}): 
    126         """  
    127        
    128             Receive a dictionary of parameter and save it Parameter list 
    129             For scipy.fit use. 
    130             Set model in a FitArrange object and add that object in a dictionary 
    131             with key Uid. 
    132             @param model: model on with parameter values are set 
    133             @param name: model name 
    134             @param Uid: unique key corresponding to a fitArrange object with model 
    135             @param pars: dictionary of paramaters name and value 
    136             pars={parameter's name: parameter's value} 
    137              
    138         """ 
    139         self.parameters=[] 
    140         if model==None: 
    141             raise ValueError, "Cannot set parameters for empty model" 
    142         else: 
    143             model.name=name 
    144             for key, value in pars.iteritems(): 
    145                 param = Parameter(model, key, value) 
    146                 self.parameters.append(param) 
    147          
    148         #A fitArrange is already created but contains dList only at Uid 
    149         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    150             self.fitArrangeList[Uid].set_model(model) 
    151         else: 
    152         #no fitArrange object has been create with this Uid 
    153             fitproblem= FitArrange() 
    154             fitproblem.set_model(model) 
    155             self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
    156          
    157     def set_data(self,data,Uid): 
    158         """ Receives plottable, creates a list of data to fit,set data 
    159             in a FitArrange object and adds that object in a dictionary  
    160             with key Uid. 
    161             @param data: data added 
    162             @param Uid: unique key corresponding to a fitArrange object with data 
    163             """ 
    164         #A fitArrange is already created but contains model only at Uid 
    165         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    166             self.fitArrangeList[Uid].add_data(data) 
    167         else: 
    168         #no fitArrange object has been create with this Uid 
    169             fitproblem= FitArrange() 
    170             fitproblem.add_data(data) 
    171             self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
    172              
    173     def get_model(self,Uid): 
    174         """  
    175             @param Uid: Uid is key in the dictionary containing the model to return 
    176             @return  a model at this uid or None if no FitArrange element was created 
    177             with this Uid 
    178         """ 
    179         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    180             return self.fitArrangeList[Uid].get_model() 
    181         else: 
    182             return None 
    183      
    184      
    185      
    186     def remove_Fit_Problem(self,Uid): 
    187         """remove   fitarrange in Uid""" 
    188         if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
    189             del self.fitArrangeList[Uid] 
    190        
     79 
    19180def fitHelper(model, pars, x, y, err_y ,qmin=None, qmax=None): 
    19281    """ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.