Changeset d22da51 in sasview for DataLoader


Ignore:
Timestamp:
Jul 9, 2008 3:53:01 PM (16 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
3dd7cce
Parents:
f8de7de
Message:

clean and more testing added

Location:
DataLoader
Files:
2 added
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • DataLoader/loader.py

    r1b0b3ca rd22da51  
    11# This program is public domain 
    22""" 
    3 File extension registry. 
    4  
    5 This provides routines for opening files based on extension, 
    6 and registers the built-in file extensions. 
     3    @organization: Module loader contains class Loader which uses  
     4    some readers to return values contained in a file readed. 
     5     
    76""" 
    87import imp,os,sys 
    98import logging 
    109import os.path 
     10logging.basicConfig(level=logging.ERROR, 
     11                    format='%(asctime)s %(levelname)s %(message)s', 
     12                    filename='loader_log.txt', 
     13                    filemode='w') 
     14 
    1115def _findReaders(dir): 
    1216    # List of plugin objects 
    … …  
    2327                path = [os.path.abspath(dir)] 
    2428                file = None 
    25                 #print "in findplugings",path 
    2629                try: 
    2730                    (file, path, info) = imp.find_module(name, path) 
    … …  
    3134                            plugins.append(module.Reader()) 
    3235                        except: 
    33                             log("Error accessing Reader in %s\n  %s" % (name, sys.exc_value)) 
     36                            logging("Error accessing Reader in %s\n  %s" % (name, sys.exc_value)) 
    3437                except : 
    35                     log("Error importing %s\n  %s" % (name, sys.exc_value)) 
     38                    logging("Error importing %s\n  %s" % (name, sys.exc_value)) 
    3639                finally: 
    3740                    if not file==None: 
    … …  
    4144        pass    
    4245    return plugins 
     46 
     47 
    4348class Loader(object): 
    44      
     49    """ 
     50        Loader class extracts data from a given file. 
     51        This provides routines for opening files based on extension, 
     52        and readers built-in file extensions. 
     53        It uses functionalities for class Load 
     54        @note: For loader to operate properly each readers used should  
     55        contain a class name "Reader" that contains a field call ext. 
     56        Can be used as follow: 
     57        L=Loader() 
     58        self.assertEqual(l.__contains__('.tiff'),True) 
     59        #Recieves data  
     60        data=L.load(path) 
     61    """ 
     62    #Store instance of class Load 
    4563    __load = None 
     64     
     65     
    4666    class Load(object): 
    4767     
    4868        def __init__(self): 
     69            #Dictionary containing readers and extension as keys 
    4970            self.readers = {} 
    50             self.reading=None 
     71            #Load all readers in plugins 
    5172            self.__setitem__() 
    52             #print "in loader",self.readers 
     73             
    5374             
    5475        def __setitem__(self, ext=None, reader=None): 
     76            """ 
     77                __setitem__  sets in a dictionary(self.readers) a given reader 
     78                with a file extension that it can read. 
     79                @param ext: extension given of type string 
     80                @param reader:instance Reader class 
     81                @raise : ValueError will be raise if a "plugins" directory is not found 
     82                and the user didn't add a reader as parameter or if the user didn't  
     83                add a reader as a parameter and plugins directory doesn't contain 
     84                plugin reader. 
     85                if an extension is not specified and a reader does not contain a field 
     86                ext , a ValueError "missing extension" is raised. 
     87                @note: when called without parameters __setitem__ will try to load 
     88                readers inside a "plugins" directory  
     89            """ 
    5590            import os 
    5691            if reader==None and  ext==None:#1st load 
    5792                plugReader=None 
    5893                if os.path.isdir('plugins'): 
    59                     #print "plugreader in pluging",plugReader  
    6094                    plugReader=_findReaders('plugins')# import all module in plugins 
    6195                if os.path.isdir('../plugins'): 
    62                     #print "plugreader in Dataloader pluging",plugReader  
    6396                    plugReader=_findReaders('../plugins') 
    6497                else: 
    6598                    if os.path.isdir('..\DataLoader\plugins'): 
    6699                        os.chdir(os.path.abspath('..\DataLoader\plugins'))# change the current  
    67                         #directory to dataLoader\plugins 
    68100                        plugReader=_findReaders('plugins') 
    69101                        
    … …  
    76108                                self.readers[ext] = [] 
    77109                            self.readers[ext].insert(0,preader) 
    78                              
    79                 #print "plugreader",plugReader  
    80                 #print "In setitem",self.readers 
     110            #Reader and extension are given 
    81111            elif reader !=None and  ext !=None: 
    82112                if ext not in self.readers: 
    … …  
    84114                self.readers[ext].insert(0,reader) 
    85115            elif reader!=None: 
    86                 for item in reader.ext: 
    87                     ext=item 
    88                     if ext not in self.readers:#assign extension with its reader 
    89                         self.readers[ext] = [] 
    90                     self.readers[ext].insert(0,reader) 
     116                #only reader is receive try to find a field ext 
     117                if reader.ext: 
     118                    for item in reader.ext: 
     119                        ext=item 
     120                        if ext not in self.readers:#assign extension with its reader 
     121                            self.readers[ext] = [] 
     122                        self.readers[ext].insert(0,reader) 
     123                else: 
     124                    raise ValueError,"missing extension" 
    91125            else: 
    92126                raise ValueError,"missing reader" 
    93              
     127                 
    94128             
    95129        def __getitem__(self, ext): 
     130            """ 
     131                __getitem__ get a list of readers that can read a file with that extension 
     132                @param ext: file extension 
     133                @return self.readers[ext]:list of readers that can read a file  
     134                with that extension 
     135            """ 
    96136            return self.readers[ext] 
    97137             
    98138        def __contains__(self, ext): 
     139            """ 
     140                @param ext:file extension 
     141                @return: True or False whether there is a reader file with that extension 
     142            """ 
    99143            return ext in self.readers 
    100144         
    … …  
    122166            idx = file.find('.') 
    123167            ext = file[idx:] if idx >= 0 else '' 
    124             #print "exten",ext 
    125             #print self.readers 
     168            
    126169            try: 
    127170                return self.readers[ext] 
    128171            except: 
    129                 #raise ValueError, "Unknown file type '%s'"%ext 
    130                 print  "Unknown file type '%s'"%ext 
    131       
    132                      
    133         def getAcTReader(self,path): 
    134             return self.reading 
     172                 
     173                raise ValueError, "Unknown file type '%s'"%ext 
     174                 
     175        
    135176         
    136177        def load(self, path, format=None): 
    137178            """ 
    138             Call the loader for the file type of path. 
    139      
    140             Raises ValueError if no loader is available. 
    141             May raise a loader-defined exception if loader fails. 
     179                Call reader for the file type of path. 
     180                @param path: path to file to load 
     181                @param format: extension of file to load 
     182                @return Data if sucessful 
     183                  or None is not reader was able to read that file 
     184                Raises ValueError if no reader is available. 
     185                May raise a loader-defined exception if loader fails. 
    142186            """ 
    143187            try: 
    144                 #print "in load",os.path.abspath(path) 
    145188                os.path.isfile( os.path.abspath(path))  
    146                 #print "went here in load check path" 
    147189            except: 
    148                 raise ValueError," file doesn't exist" 
     190                raise ValueError," file  path unknown" 
     191             
    149192            if format is None: 
    150                 readers = self.lookup(path) 
     193                try: 
     194                    readers = self.lookup(path) 
     195                except ValueError,msg: 
     196                    raise ValueError,str(msg) 
    151197            else: 
    152198                readers = self.readers[format] 
    153199            if readers!=None: 
    154              
    155200                for fn in readers: 
    156201                    try: 
    157                         #print "path",os.getcwd( ) 
    158202                        value=fn.read(path) 
    159                         self.reading= fn.__class__ 
    160203                        return value 
    161204                    except ValueError,msg: 
    162                         print str(msg) 
     205                        logging.error(str(msg)) 
     206            else: 
     207                raise ValueError,"Loader contains no reader" 
     208                         
     209                          
    163210    def __init__(self): 
    164211        """ Create singleton instance """ 

  • DataLoader/plugins/tiff_reader.py

    r0fc05f9 rd22da51  
    4040        Example data manipulation 
    4141    """ 
     42    
    4243    ## File type 
    4344    type = [] 

  • DataLoader/test/testLoad.py

    r1b0b3ca rd22da51  
    11""" 
    22    Unit tests for DataLoader module  
     3    log file "test_log.txt" contains all errors when running loader 
     4    It is create in the folder where test is runned 
    35""" 
     6import logging 
     7logging.basicConfig(level=logging.DEBUG, 
     8                    format='%(asctime)s %(levelname)s %(message)s', 
     9                    filename='test_log.txt', 
     10                    filemode='w') 
     11 
     12 
     13#logger.info('oops I did it again') 
    414 
    515import unittest 
    … …  
    3848    L.__setitem__('.bmp',read5) 
    3949        
     50    def testLoad0(self): 
     51        """test reading empty file""" 
     52        self.assertEqual(self.L.load('empty.txt'),None) 
     53         
    4054    def testLoad1(self): 
    41         """test reading empty file, no file can read it""" 
    42         self.assertEqual(self.L.load('empty.txt'),None) 
    43         self.assertEqual( self.L.getAcTReader('empty.txt'),None) 
    44           
     55        """test reading 2 columns""" 
     56         
    4557        #Testing loading a txt file of 2 columns, the only reader should be read1  
    4658        xload,yload,dyload=self.L.load('test_2_columns.txt')  
    … …  
    5567            self.assertEqual(xload[i],x[i]) 
    5668            self.assertEqual(yload[i],y[i]) 
    57         self.assertEqual( self.L.getAcTReader('test_2_columns.txt'),self.read1.__class__) 
     69        
    5870     
    5971    def testLoad2(self): 
    60         """Testing loading a txt file of 3 columns, the only reader should be read2""" 
     72        """Testing loading a txt file of 3 columns""" 
    6173        xload,yload,dyload= self.L.load('test_3_columns.txt')  
    6274        x=[0,0.204082,0.408163,0.612245,0.816327,1.02041,1.22449]     
    … …  
    7183            self.assertEqual(yload[i],y[i]) 
    7284            self.assertEqual(dyload[i],dy[i]) 
    73         self.assertEqual(self.L.getAcTReader('test_3_columns.txt'),self.read2.__class__) 
     85        
    7486     
    7587    def testload3(self): 
    … …  
    8193        self.assertEqual(ymin,-0.01684257151702391) 
    8294        self.assertEqual(ymax,0.017950440578015116) 
    83         self.assertEqual(self.L.getAcTReader('MAR07232_rest.ASC'),self.read3.__class__) 
     95        
    8496        #tested corrupted file.asc 
    85         self.assertEqual(self.L.load('AR07232_rest.ASC') ,None) 
    86      
     97        try:self.L.load('AR07232_rest.ASC') 
     98        except ValueError,msg: 
     99           #logging.log(10,str(msg)) 
     100           logging.error(str(msg)) 
    87101    def testload4(self): 
    88102        """ Testing loading danse file""" 
    … …  
    91105         
    92106        self.assertEqual(data.__class__,danse_reader.ReaderInfo) 
    93         self.assertEqual(self.L.getAcTReader('MP_New.sans'),self.read4.__class__) 
     107         
    94108        #tested corrupted file.sans 
    95         self.assertEqual(self.L.load('P_New.sans'),None) 
    96      
     109        try: self.L.load('P_New.sans') 
     110        except ValueError,msg: 
     111           #logging.log(40,str(msg)) 
     112           logging.error(str(msg)) 
     113        #else: raise ValueError,"No error raised for missing extension" 
    97114    def testload5(self): 
    98115        """ Testing loading image file""" 
    99116        data=self.L.load('angles_flat.png') 
    100117        self.assertEqual(data.__class__,tiff_reader.ReaderInfo) 
    101         self.assertEqual(self.L.getAcTReader('angles_flat.png'),self.read5.__class__) 
     118         
     119    def testload6(self): 
     120        """test file with unknown extension""" 
     121        try:self.L.load('hello.missing') 
     122        except ValueError,msg: 
     123           self.assertEqual( str(msg),"Unknown file type '.missing'") 
     124        else: raise ValueError,"No error raised for missing extension" 
     125         
     126        #self.L.lookup('hello.missing') 
     127        try: self.L.lookup('hello.missing') 
     128        except ValueError,msg: 
     129           self.assertEqual( str(msg),"Unknown file type '.missing'") 
     130        else: raise ValueError,"No error raised for missing extension" 
     131         
     132    def testload7(self): 
     133        """ test file containing an image but as extension .txt""" 
     134        self.assertEqual(self.L.load('angles_flat.txt'),None) 
    102135    
    103     

  • DataLoader/test/testplugings.py

    r1b0b3ca rd22da51  
    66import math 
    77import DataLoader 
    8 from DataLoader.loader import  SingleLoader 
     8from DataLoader.loader import  Loader 
    99from DataLoader.readers import TXT3_Reader,TXT2_Reader 
    1010from DataLoader.readers import IgorReader,danse_reader,tiff_reader 
    … …  
    1515    def testplugin(self): 
    1616        """ test loading with plugging""" 
    17         l=SingleLoader() 
     17        l=Loader() 
    1818        self.assertEqual(l.__contains__('.tiff'),True) 
    1919        self.assertEqual(l.__contains__('.png'),True) 
    2020        self.assertEqual(l.__contains__('.txt'),True) 
    21         #self.assertEqual(l.getAcTReader('angles_flat.png'),tiff_reader.Reader) 
    22         #self.assertEqual(l.load('angles_flat.png').__class__,tiff_reader.ReaderInfo) 
    23         #print l.load('_THETA_weights.txt')  
     21        
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.