Changeset cb62bd5 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Aug 4, 2017 4:22:51 AM (7 years ago)
Author:
lewis
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
1abd19c
Parents:
a0e6b1b
Message:

Use manually inputted background level in Pr calculation

Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/Cinvertor.c

    r959eb01 rcb62bd5  
    294294} 
    295295 
    296 const char set_has_bck_doc[] = 
     296const char set_est_bck_doc[] = 
    297297        "Sets background flag\n"; 
    298298 
    … …  
    300300 * Sets the maximum distance 
    301301 */ 
    302 static PyObject * set_has_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
    303         int has_bck; 
    304  
    305         if (!PyArg_ParseTuple(args, "i", &has_bck)) return NULL; 
    306         self->params.has_bck = has_bck; 
    307         return Py_BuildValue("i", self->params.has_bck); 
    308 } 
    309  
    310 const char get_has_bck_doc[] = 
     302static PyObject * set_est_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
     303        int est_bck; 
     304 
     305        if (!PyArg_ParseTuple(args, "i", &est_bck)) return NULL; 
     306        self->params.est_bck = est_bck; 
     307        return Py_BuildValue("i", self->params.est_bck); 
     308} 
     309 
     310const char get_est_bck_doc[] = 
    311311        "Gets background flag\n"; 
    312312 
    … …  
    314314 * Gets the maximum distance 
    315315 */ 
    316 static PyObject * get_has_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
    317         return Py_BuildValue("i", self->params.has_bck); 
     316static PyObject * get_est_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
     317        return Py_BuildValue("i", self->params.est_bck); 
    318318} 
    319319 
    … …  
    882882        sqrt_alpha = sqrt(self->params.alpha); 
    883883        pi = acos(-1.0); 
    884         offset = (self->params.has_bck==1) ? 0 : 1; 
     884        offset = (self->params.est_bck==1) ? 0 : 1; 
    885885 
    886886    for (j=0; j<nfunc; j++) { 
    … …  
    892892            } 
    893893            if (accept_q(self, self->params.x[i])){ 
    894                 if (self->params.has_bck==1 && j==0) { 
     894                if (self->params.est_bck==1 && j==0) { 
    895895                    a[i*nfunc+j] = 1.0/self->params.err[i]; 
    896896                } else { 
    … …  
    906906        } 
    907907        for (i_r=0; i_r<nr; i_r++){ 
    908             if (self->params.has_bck==1 && j==0) { 
     908            if (self->params.est_bck==1 && j==0) { 
    909909                a[(i_r+self->params.npoints)*nfunc+j] = 0.0; 
    910910            } else { 
    … …  
    10291029                   {"set_slit_height", (PyCFunction)set_slit_height, METH_VARARGS, set_slit_height_doc}, 
    10301030                   {"get_slit_height", (PyCFunction)get_slit_height, METH_VARARGS, get_slit_height_doc}, 
    1031                    {"set_has_bck", (PyCFunction)set_has_bck, METH_VARARGS, set_has_bck_doc}, 
    1032                    {"get_has_bck", (PyCFunction)get_has_bck, METH_VARARGS, get_has_bck_doc}, 
     1031                   {"set_est_bck", (PyCFunction)set_est_bck, METH_VARARGS, set_est_bck_doc}, 
     1032                   {"get_est_bck", (PyCFunction)get_est_bck, METH_VARARGS, get_est_bck_doc}, 
    10331033                   {"get_nx", (PyCFunction)get_nx, METH_VARARGS, get_nx_doc}, 
    10341034                   {"get_ny", (PyCFunction)get_ny, METH_VARARGS, get_ny_doc}, 

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/invertor.c

    r959eb01 rcb62bd5  
    2020        pars->q_min = -1.0; 
    2121        pars->q_max = -1.0; 
    22         pars->has_bck = 0; 
     22        pars->est_bck = 0; 
    2323} 
    2424 
    … …  
    313313    return sqrt(sum_r2/(2.0*sum)); 
    314314} 
    315  

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/invertor.h

    r959eb01 rcb62bd5  
    2727    double q_max; 
    2828    /// Flag for whether or not to evalute a constant background while inverting 
    29     int has_bck; 
     29    int est_bck; 
    3030    /// Slit height in units of q [A-1] 
    3131    double slit_height; 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r45dffa69 rcb62bd5  
    121121         self.q_min, self.q_max, 
    122122         self.x, self.y, 
    123          self.err, self.has_bck, 
     123         self.err, self.est_bck, 
    124124         self.slit_height, self.slit_width) = state 
    125125 
    … …  
    133133                 self.q_min, self.q_max, 
    134134                 self.x, self.y, 
    135                  self.err, self.has_bck, 
     135                 self.err, self.est_bck, 
    136136                 self.slit_height, self.slit_width, 
    137137                ) 
    … …  
    175175        elif name == 'slit_width': 
    176176            return self.set_slit_width(value) 
    177         elif name == 'has_bck': 
     177        elif name == 'est_bck': 
    178178            if value == True: 
    179                 return self.set_has_bck(1) 
     179                return self.set_est_bck(1) 
    180180            elif value == False: 
    181                 return self.set_has_bck(0) 
     181                return self.set_est_bck(0) 
    182182            else: 
    183                 raise ValueError, "Invertor: has_bck can only be True or False" 
     183                raise ValueError, "Invertor: est_bck can only be True or False" 
    184184 
    185185        return Cinvertor.__setattr__(self, name, value) 
    … …  
    220220        elif name == 'slit_width': 
    221221            return self.get_slit_width() 
    222         elif name == 'has_bck': 
    223             value = self.get_has_bck() 
     222        elif name == 'est_bck': 
     223            value = self.get_est_bck() 
    224224            if value == 1: 
    225225                return True 
    … …  
    248248        invertor.y = self.y 
    249249        invertor.err = self.err 
    250         invertor.has_bck = self.has_bck 
     250        invertor.est_bck = self.est_bck 
     251        invertor.background = self.background 
    251252        invertor.slit_height = self.slit_height 
    252253        invertor.slit_width = self.slit_width 
    … …  
    290291        """ 
    291292        # Reset the background value before proceeding 
    292         self.background = 0.0 
    293         return self.lstsq(nfunc, nr=nr) 
     293        # self.background = 0.0 
     294        if not self.est_bck: 
     295            self.y -= self.background 
     296        out, cov = self.lstsq(nfunc, nr=nr) 
     297        if not self.est_bck: 
     298            self.y += self.background 
     299        return out, cov 
    294300 
    295301    def iq(self, out, q): 
    … …  
    454460 
    455461        # If we need to fit the background, add a term 
    456         if self.has_bck == True: 
     462        if self.est_bck == True: 
    457463            nfunc_0 = nfunc 
    458464            nfunc += 1 
    … …  
    500506 
    501507        # Keep a copy of the last output 
    502         if self.has_bck == False: 
    503             self.background = 0 
     508        if self.est_bck == False: 
    504509            self.out = c 
    505510            self.cov = err 
    … …  
    653658        file.write("#slit_width=%g\n" % self.slit_width) 
    654659        file.write("#background=%g\n" % self.background) 
    655         if self.has_bck == True: 
     660        if self.est_bck == True: 
    656661            file.write("#has_bck=1\n") 
    657662        else: 
    … …  
    734739                        toks = line.split('=') 
    735740                        if int(toks[1]) == 1: 
    736                             self.has_bck = True 
     741                            self.est_bck = True 
    737742                        else: 
    738                             self.has_bck = False 
     743                            self.est_bck = False 
    739744 
    740745                    # Now read in the parameters 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/inversion_panel.py

    ra0e6b1b rcb62bd5  
    7373        self.bck_est_ctl = None 
    7474        self.bck_man_ctl = None 
    75         self.has_bck = True 
     75        self.est_bck = True 
    7676        self.bck_input = None 
    7777        self.bck_ctl = None 
    … …  
    330330 
    331331        # Background evaluation checkbox 
    332         state.estimate_bck = self.has_bck 
     332        state.estimate_bck = self.est_bck 
    333333        state.bck_value = bck 
    334334 
    … …  
    382382            self.bck_input.Enable() 
    383383            self.bck_input.SetValue(str(state.bck_value)) 
    384         self.has_bck = state.estimate_bck 
     384        self.est_bck = state.estimate_bck 
    385385        self.bck_value = state.bck_value 
    386386 
    … …  
    804804 
    805805    def _on_bck_changed(self, evt=None): 
    806         self.has_bck = self.bck_est_ctl.GetValue() 
    807         if self.has_bck: 
     806        self.est_bck = self.bck_est_ctl.GetValue() 
     807        if self.est_bck: 
    808808            self.bck_input.Disable() 
    809809        else: 
    … …  
    828828                                                      d_max=dmax, 
    829829                                                      q_min=qmin, q_max=qmax, 
    830                                                       bck=self.has_bck, 
     830                                                      est_bck=self.est_bck, 
     831                                                      bck_val=bck, 
    831832                                                      height=height, 
    832833                                                      width=width) 
    … …  
    937938 
    938939        # Read background 
    939         if not self.has_bck: 
     940        if not self.est_bck: 
    940941            try: 
    941942                bck_str = self.bck_input.GetValue() 
    … …  
    987988                                                   d_max=dmax, 
    988989                                                   q_min=qmin, q_max=qmax, 
    989                                                    bck=self.has_bck, 
     990                                                   est_bck=self.est_bck, 
     991                                                   bck_val = bck, 
    990992                                                   height=height, 
    991993                                                   width=width) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/pr.py

    ra1b8fee rcb62bd5  
    6868        self.q_min = None 
    6969        self.q_max = None 
    70         self.has_bck = False 
     70        self.est_bck = False 
     71        self.bck_val = 0 
    7172        self.slit_height = 0 
    7273        self.slit_width = 0 
    … …  
    828829        self.control_panel.iq0 = pr.iq0(out) 
    829830        self.control_panel.bck = pr.background 
     831        self.control_panel.bck_input.SetValue("{:.2g}".format(pr.background)) 
    830832 
    831833        # Show I(q) fit 
    … …  
    907909 
    908910    def setup_plot_inversion(self, alpha, nfunc, d_max, q_min=None, q_max=None, 
    909                              bck=False, height=0, width=0): 
     911                             est_bck=False, bck_val=0, height=0, width=0): 
    910912        """ 
    911913            Set up inversion from plotted data 
    … …  
    916918        self.q_min = q_min 
    917919        self.q_max = q_max 
    918         self.has_bck = bck 
     920        self.est_bck = est_bck 
     921        self.bck_val = bck_val 
    919922        self.slit_height = height 
    920923        self.slit_width = width 
    … …  
    930933    def estimate_plot_inversion(self, alpha, nfunc, d_max, 
    931934                                q_min=None, q_max=None, 
    932                                 bck=False, height=0, width=0): 
     935                                est_bck=False, bck_val=0, height=0, width=0): 
    933936        """ 
    934937            Estimate parameters from plotted data 
    … …  
    939942        self.q_min = q_min 
    940943        self.q_max = q_max 
    941         self.has_bck = bck 
     944        self.est_bck = est_bck 
     945        self.bck_val = bck_val 
    942946        self.slit_height = height 
    943947        self.slit_width = width 
    … …  
    973977        pr.x = self.current_plottable.x 
    974978        pr.y = self.current_plottable.y 
    975         pr.has_bck = self.has_bck 
     979        pr.est_bck = self.est_bck 
    976980        pr.slit_height = self.slit_height 
    977981        pr.slit_width = self.slit_width 
     982        pr.background = self.bck_val 
    978983 
    979984        # Keep track of the plot window title to ensure that 
    … …  
    10191024        self.q_min = q_min 
    10201025        self.q_max = q_max 
    1021         self.has_bck = bck 
     1026        self.est_bck = bck 
    10221027        self.slit_height = height 
    10231028        self.slit_width = width 
    … …  
    10421047        self.q_min = q_min 
    10431048        self.q_max = q_max 
    1044         self.has_bck = bck 
     1049        self.est_bck = bck 
    10451050        self.slit_height = height 
    10461051        self.slit_width = width 
    … …  
    11151120            pr.y = y 
    11161121            pr.err = err 
    1117             pr.has_bck = self.has_bck 
     1122            pr.est_bck = self.est_bck 
    11181123            pr.slit_height = self.slit_height 
    11191124            pr.slit_width = self.slit_width 

  • test/pr_inversion/test/utest_invertor.py

    raaf5e49 rcb62bd5  
    6868            self.x_in[i] = 1.0*(i+1) 
    6969 
    70     def test_has_bck_flag(self): 
    71         """ 
    72             Tests the has_bck flag operations 
    73         """ 
    74         self.assertEqual(self.invertor.has_bck, False) 
    75         self.invertor.has_bck=True 
    76         self.assertEqual(self.invertor.has_bck, True) 
     70    def test_est_bck_flag(self): 
     71        """ 
     72            Tests the est_bck flag operations 
     73        """ 
     74        self.assertEqual(self.invertor.est_bck, False) 
     75        self.invertor.est_bck=True 
     76        self.assertEqual(self.invertor.est_bck, True) 
    7777        def doit_float(): 
    78             self.invertor.has_bck  = 2.0 
     78            self.invertor.est_bck  = 2.0 
    7979        def doit_str(): 
    80             self.invertor.has_bck  = 'a' 
     80            self.invertor.est_bck  = 'a' 
    8181 
    8282        self.assertRaises(ValueError, doit_float) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.