Changes in / [882cfec:c926a97] in sasview


Ignore:
Files:
12 added
55 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • docs/sphinx-docs/source/_extensions/dollarmath.py

    r2a2fb09 reddf6af5  
    1111 
    1212import re 
    13 _dollar = re.compile(r"(?:^|(?<=\s|[-(]))[$]([^\n]*?)(?<![\\])[$](?:$|(?=\s|[-.,;:?\\)]))") 
     13_dollar = re.compile(r"(?:^|(?<=\s))[$]([^\n]*?)(?<![\\])[$](?:$|(?=\s|[.,;:?\\()]))") 
    1414_notdollar = re.compile(r"\\[$]") 
    1515 

  • docs/sphinx-docs/source/conf.py

    r3ca67dcf r96f00a0  
    7878# 
    7979# The short X.Y version. 
    80 version = '4.2' 
     80version = '4.1' 
    8181# The full version, including alpha/beta/rc tags. 
    82 release = '4.2.0' 
     82release = '4.1.2' 
    8383 
    8484# The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation 

  • setup.py

    rae42c85 r36ca21e  
    428428    entry_points={ 
    429429        'console_scripts': [ 
    430             "sasview = sas.sasview.sasview:run_gui", 
     430            "sasview = sas.sasview.sasview:run", 
    431431        ] 
    432432    }, 

  • src/examples/test_panel2D.py

    r20fa5fe r9a5097c  
    205205            L=Loader() 
    206206             
    207             #Receives data 
     207            #Recieves data  
    208208            try: 
    209209                output=L.load(path) 

  • src/sas/sascalc/calculator/instrument.py

    rf4775563 r574adc7  
    314314        """ 
    315315        To plot the wavelength spactrum 
    316         : requirement: matplotlib.pyplot 
     316        : requirment: matplotlib.pyplot 
    317317        """ 
    318318        try: 

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    r20fa5fe rdeaa0c6  
    8585 
    8686        # Return a list of parsed entries that data_loader can manage 
    87         final_data = self.output 
    88         self.reset_state() 
    89         return final_data 
    90  
    91     def reset_state(self): 
    92         """ 
    93         Resets the class state to a base case when loading a new data file so previous 
    94         data files do not appear a second time 
    95         """ 
    96         self.current_datainfo = None 
    97         self.current_dataset = None 
    98         self.output = [] 
     87        return self.output 
    9988 
    10089    def nextline(self): 
    … …  
    123112        """ 
    124113        Generic error handler to add an error to the current datainfo to 
    125         propagate the error up the error chain. 
     114        propogate the error up the error chain. 
    126115        :param msg: Error message 
    127116        """ 
    … …  
    325314    def splitline(line): 
    326315        """ 
    327         Splits a line into pieces based on common delimiters 
     316        Splits a line into pieces based on common delimeters 
    328317        :param line: A single line of text 
    329318        :return: list of values 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r2469df7 r2b538cd  
    6868        data files do not appear a second time 
    6969        """ 
    70         super(Reader, self).reset_state() 
     70        self.current_datainfo = None 
     71        self.current_dataset = None 
     72        self.current_data1d = None 
    7173        self.data = [] 
    7274        self.process = Process() 
    … …  
    7779        self.names = [] 
    7880        self.cansas_defaults = {} 
     81        self.output = [] 
    7982        self.ns_list = None 
    8083        self.logging = [] 
    … …  
    8285 
    8386    def read(self, xml_file, schema_path="", invalid=True): 
    84         if schema_path != "" or not invalid: 
     87        if schema_path != "" or invalid != True: 
    8588            # read has been called from self.get_file_contents because xml file doens't conform to schema 
    8689            _, self.extension = os.path.splitext(os.path.basename(xml_file)) 
    … …  
    942945            pos, "z", datainfo.sample.position.z, 
    943946            {"unit": datainfo.sample.position_unit}) 
    944         if written: 
     947        if written == True: 
    945948            self.append(pos, sample) 
    946949 
    … …  
    955958            ori, "yaw", datainfo.sample.orientation.z, 
    956959            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit}) 
    957         if written: 
     960        if written == True: 
    958961            self.append(ori, sample) 
    959962 
    … …  
    10021005            size, "z", datainfo.source.beam_size.z, 
    10031006            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit}) 
    1004         if written: 
     1007        if written == True: 
    10051008            self.append(size, source) 
    10061009 
    … …  
    10581061                    size, "z", aperture.size.z, 
    10591062                    {"unit": aperture.size_unit}) 
    1060                 if written: 
     1063                if written == True: 
    10611064                    self.append(size, apert) 
    10621065 
    … …  
    10811084            written = written | self.write_node(det, "SDD", item.distance, 
    10821085                                                {"unit": item.distance_unit}) 
    1083             if written: 
     1086            if written == True: 
    10841087                self.append(det, instr) 
    10851088 
    … …  
    10911094            written = written | self.write_node(off, "z", item.offset.z, 
    10921095                                                {"unit": item.offset_unit}) 
    1093             if written: 
     1096            if written == True: 
    10941097                self.append(off, det) 
    10951098 
    … …  
    11031106                                                item.orientation.z, 
    11041107                                                {"unit": item.orientation_unit}) 
    1105             if written: 
     1108            if written == True: 
    11061109                self.append(ori, det) 
    11071110 
    … …  
    11151118                                                item.beam_center.z, 
    11161119                                                {"unit": item.beam_center_unit}) 
    1117             if written: 
     1120            if written == True: 
    11181121                self.append(center, det) 
    11191122 
    … …  
    11251128            written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z, 
    11261129                                                {"unit": item.pixel_size_unit}) 
    1127             if written: 
     1130            if written == True: 
    11281131                self.append(pix, det) 
    11291132            self.write_node(det, "slit_length", item.slit_length, 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    r61f329f0 r2b538cd  
    6565        """ 
    6666        # Reinitialize when loading a new data file to reset all class variables 
    67         self.reset_state() 
     67        self.reset_class_variables() 
    6868 
    6969        filename = self.f_open.name 
    … …  
    101101                            raise FileContentsException("Fewer than 5 data points found.") 
    102102 
    103     def reset_state(self): 
     103    def reset_class_variables(self): 
    104104        """ 
    105105        Create the reader object and define initial states for class variables 
    106106        """ 
    107         super(Reader, self).reset_state() 
     107        self.current_datainfo = None 
     108        self.current_dataset = None 
    108109        self.data1d = [] 
    109110        self.data2d = [] 
    … …  
    111112        self.errors = set() 
    112113        self.logging = [] 
     114        self.output = [] 
    113115        self.parent_class = u'' 
    114116        self.detector = Detector() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    r2469df7 raf3e9f5  
    157157        # Store all data 
    158158        # Store wavelength 
    159         if has_converter and self.current_datainfo.source.wavelength_unit != 'A': 
     159        if has_converter == True and self.current_datainfo.source.wavelength_unit != 'A': 
    160160            conv = Converter('A') 
    161161            wavelength = conv(wavelength, 
    … …  
    164164 
    165165        # Store distance 
    166         if has_converter and detector.distance_unit != 'm': 
     166        if has_converter == True and detector.distance_unit != 'm': 
    167167            conv = Converter('m') 
    168168            distance = conv(distance, units=detector.distance_unit) 
    … …  
    170170 
    171171        # Store pixel size 
    172         if has_converter and detector.pixel_size_unit != 'mm': 
     172        if has_converter == True and detector.pixel_size_unit != 'mm': 
    173173            conv = Converter('mm') 
    174174            pixel = conv(pixel, units=detector.pixel_size_unit) 

  • src/sas/sascalc/file_converter/otoko_loader.py

    r20fa5fe r0b1a677  
    3636 
    3737        Given the paths of two header files, this function will load each axis in 
    38         turn.  If loading is successful then an instance of the OTOKOData class 
     38        turn.  If loading is successfull then an instance of the OTOKOData class 
    3939        will be returned, else an exception will be raised. 
    4040 

  • src/sas/sascalc/fit/AbstractFitEngine.py

    r20fa5fe r574adc7  
    7878    def get_params(self, fitparams): 
    7979        """ 
    80         return a list of value of parameter to fit 
    81  
    82         :param fitparams: list of parameters name to fit 
     80        return a list of value of paramter to fit 
     81 
     82        :param fitparams: list of paramaters name to fit 
    8383 
    8484        """ 

  • src/sas/sascalc/fit/qsmearing.py

    r2469df7 r50fcb09  
    9090            #print "data1D.dx[0]",data1D.dx[0],data1D.dxl[0] 
    9191    # If we found resolution smearing data, return a QSmearer 
    92     if _found_resolution: 
     92    if _found_resolution == True: 
    9393         return pinhole_smear(data, model) 
    9494 
    … …  
    113113                break 
    114114    # If we found slit smearing data, return a slit smearer 
    115     if _found_slit: 
     115    if _found_slit == True: 
    116116        return slit_smear(data, model) 
    117117    return None 

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/Cinvertor.c

    ra52f32f rd04ac05  
    735735 
    736736const char get_peaks_doc[] = 
    737         "Returns the number of peaks in the output P(r) distribution\n" 
     737        "Returns the number of peaks in the output P(r) distrubution\n" 
    738738        "for the given set of coefficients.\n" 
    739739        " @param args: c-parameters\n" 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/AbstractFitEngine.py

    r20fa5fe r574adc7  
    7878    def get_params(self, fitparams): 
    7979        """ 
    80         return a list of value of parameter to fit 
    81  
    82         :param fitparams: list of parameters name to fit 
     80        return a list of value of paramter to fit 
     81 
     82        :param fitparams: list of paramaters name to fit 
    8383 
    8484        """ 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r2469df7 rd04ac05  
    222222        elif name == 'est_bck': 
    223223            value = self.get_est_bck() 
    224             return value == 1 
     224            if value == 1: 
     225                return True 
     226            else: 
     227                return False 
    225228        elif name in self.__dict__: 
    226229            return self.__dict__[name] 
    … …  
    457460 
    458461        # If we need to fit the background, add a term 
    459         if self.est_bck: 
     462        if self.est_bck == True: 
    460463            nfunc_0 = nfunc 
    461464            nfunc += 1 
    … …  
    503506 
    504507        # Keep a copy of the last output 
    505         if not self.est_bck: 
     508        if self.est_bck == False: 
    506509            self.out = c 
    507510            self.cov = err 
    … …  
    655658        file.write("#slit_width=%g\n" % self.slit_width) 
    656659        file.write("#background=%g\n" % self.background) 
    657         if self.est_bck: 
     660        if self.est_bck == True: 
    658661            file.write("#has_bck=1\n") 
    659662        else: 
    … …  
    735738                    elif line.startswith('#has_bck='): 
    736739                        toks = line.split('=') 
    737                         self.est_bck = int(toks[1]) == 1 
     740                        if int(toks[1]) == 1: 
     741                            self.est_bck = True 
     742                        else: 
     743                            self.est_bck = False 
    738744 
    739745                    # Now read in the parameters 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    r2469df7 ra1b8fee  
    5555        medi = 0 
    5656        for i in range(dv): 
    57             if odd: 
     57            if odd == True: 
    5858                medi = osc[int(med)] 
    5959            else: 
    … …  
    9898                new_osc3.append(self.osc_list[i]) 
    9999 
    100         if flag9: 
     100        if flag9 == True: 
    101101            self.dataset = new_osc1 
    102         elif flag8: 
     102        elif flag8 == True: 
    103103            self.dataset = new_osc2 
    104104        else: 
    … …  
    141141            div = len(nts) 
    142142            tem = float(div) / 2.0 
    143             if self.is_odd(div): 
     143            odd = self.is_odd(div) 
     144            if odd == True: 
    144145                nt = nts[int(tem)] 
    145146            else: 
    … …  
    147148            return nt, self.alpha_list[nt - 10], self.mess_list[nt - 10] 
    148149        except: 
    149             #TODO: check the logic above and make sure it doesn't 
     150            #TODO: check the logic above and make sure it doesn't  
    150151            # rely on the try-except. 
    151152            return self.nterm_min, self.invertor.alpha, '' 

  • src/sas/sasgui/guiframe/data_processor.py

    r20fa5fe ra1b8fee  
    758758        cell pop up context by right clicking on a cell and gives the 
    759759        option to cut, paste, and clear. This will probably be removed in 
    760         future versions and is being superseded by more traditional cut and 
     760        future versions and is being superceded by more traditional cut and 
    761761        paste options. 
    762762        """ 
    … …  
    800800        THIS METHOD IS NOT CURRENTLY USED.  it is part of right click cell 
    801801        context menu which is being removed. This will probably be removed in 
    802         future versions and is being superseded by more traditional cut and 
     802        future versions and is being superceded by more traditional cut and 
    803803        paste options 
    804804        """ 
    … …  
    812812        THIS METHOD IS NOT CURRENTLY USED.  it is part of right click cell 
    813813        context menu which is being removed. This will probably be removed in 
    814         future versions and is being superseded by more traditional cut and 
     814        future versions and is being superceded by more traditional cut and 
    815815        paste options 
    816816        """ 
    … …  
    828828        THIS METHOD IS NOT CURRENTLY USED.  it is part of right click cell 
    829829        context menu which is being removed. This will probably be removed in 
    830         future versions and is being superseded by more traditional cut and 
     830        future versions and is being superceded by more traditional cut and 
    831831        paste options 
    832832        """ 
    … …  
    12331233        """ 
    12341234        Get object represented by the given cells and plot them.  Basically 
    1235         plot the column in y vs the column in x. 
     1235        plot the colum in y vs the column in x. 
    12361236        """ 
    12371237 
    … …  
    19611961        selection_sizer.Add(self.save_to_file, (iy, ix), 
    19621962                            (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15) 
    1963         #contruction the sizer containing button 
     1963        #contruction the sizer contaning button 
    19641964        button_sizer.Add((20, 20), 1, wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 0) 
    19651965 

  • src/sas/sasgui/guiframe/events.py

    r20fa5fe r959eb01  
    1414#create a panel slicer 
    1515(SlicerPanelEvent, EVT_SLICER_PANEL)   = wx.lib.newevent.NewEvent() 
    16 #print update parameers for panel slicer 
     16#print update paramaters for panel slicer 
    1717(SlicerParamUpdateEvent, EVT_SLICER_PARS_UPDATE)   = wx.lib.newevent.NewEvent() 
    1818#update the slicer from the panel 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/data_loader/data_loader.py

    r20fa5fe rb963b20  
    9090    def can_load_data(self): 
    9191        """ 
    92         if return True, then call handler to load data 
     92        if return True, then call handler to laod data 
    9393        """ 
    9494        return True 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/Plotter1D.py

    r2469df7 r7432acb  
    827827        on_Modify Plot Property_close 
    828828        """ 
    829         if self.appD.okay_clicked: 
     829        if self.appD.okay_clicked == True: 
    830830            info = self.appD.get_current_values() 
    831831            self.appearance_selected_plot.custom_color = \ 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/binder.py

    r20fa5fe r463e7ffc  
    359359        # TODO: Do we need an explicit focus command for keyboard? 
    360360        # TODO: Can we tab between items? 
    361         # TODO: How do unhandled events get propagated to axes, figure and 
     361        # TODO: How do unhandled events get propogated to axes, figure and 
    362362        # TODO: finally to application?  Do we need to implement a full tags 
    363363        # TODO: architecture a la Tk? 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/boxSlicer.py

    r20fa5fe r7432acb  
    216216        """ 
    217217        self.base.thaw_axes() 
    218         # Post parameters 
     218        # Post paramters 
    219219        event = SlicerParameterEvent() 
    220220        event.type = self.__class__.__name__ 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/masking.py

    r20fa5fe r45dffa69  
    7777    def compute(self): 
    7878        """ 
    79         executing computation 
     79        excuting computation 
    8080        """ 
    8181        elapsed = time.time() - self.starttime 

  • src/sas/sasgui/guiframe/plugin_base.py

    r20fa5fe r7432acb  
    8282    def can_load_data(self): 
    8383        """ 
    84         if return True, then call handler to load data 
     84        if return True, then call handler to laod data 
    8585        """ 
    8686        return False 

  • src/sas/sasgui/guiframe/proxy.py

    r20fa5fe ra1b8fee  
    1717connect() function: 
    1818    - auto detects proxy in windows, osx 
    19     - in ux systems, the http_proxy environment variable must be set 
     19    - in ux systems, the http_proxy enviroment variable must be set 
    2020    - if it fails, try to find the proxy.pac address. 
    2121      - parses the file, and looks up for all possible proxies 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/gen_scatter_panel.py

    r20fa5fe ra1b8fee  
    113113    def compute(self): 
    114114        """ 
    115         executing computation 
     115        excuting computation 
    116116        """ 
    117117        #elapsed = time.time() - self.starttime 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/media/sas_calculator_help.rst

    r1b67f3e r5ed76f8  
    2626intensity from the particle is 
    2727 
    28 .. math:: 
    29  
    30     I(\vec Q) = \frac{1}{V}\left| 
    31         \sum_j^N v_j \beta_j \exp(i\vec Q \cdot \vec r_j)\right|^2 
     28.. image:: gen_i.png 
    3229 
    3330Equation 1. 
    … …  
    4946atomic structure (such as taken from a PDB file) to get the right normalization. 
    5047 
    51 *NOTE!* $\beta_j$ *displayed in the GUI may be incorrect but this will not 
     48*NOTE! $\beta_j$ displayed in the GUI may be incorrect but this will not 
    5249affect the scattering computation if the correction of the total volume V is made.* 
    5350 
    … …  
    5956^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    6057 
    61 For magnetic scattering, only the magnetization component, $\mathbf{M}_\perp$, 
    62 perpendicular to the scattering vector $\vec Q$ contributes to the magnetic 
     58For magnetic scattering, only the magnetization component, $M_\perp$, 
     59perpendicular to the scattering vector $Q$ contributes to the magnetic 
    6360scattering length. 
    6461 
    … …  
    6764The magnetic scattering length density is then 
    6865 
    69 .. math:: 
    70  
    71     \beta_M = \frac{\gamma r_0}{2 \mu_B}\sigma \cdot \mathbf{M}_\perp 
    72         = D_M\sigma \cdot \mathbf{M}_\perp 
     66.. image:: dm_eq.png 
    7367 
    7468where the gyromagnetic ratio is $\gamma = -1.913$, $\mu_B$ is the Bohr 
    … …  
    8781.. image:: gen_mag_pic.png 
    8882 
    89 Now let us assume that the angles of the $\vec Q$ vector and the spin-axis ($x'$) 
    90 to the $x$-axis are $\phi$ and $\theta_\text{up}$ respectively (see above). Then, 
     83Now let us assume that the angles of the *Q* vector and the spin-axis (x') 
     84to the x-axis are $\phi$ and $\theta_\text{up}$ respectively (see above). Then, 
    9185depending upon the polarization (spin) state of neutrons, the scattering 
    9286length densities, including the nuclear scattering length density ($\beta_N$) 
    … …  
    9589*  for non-spin-flips 
    9690 
    97 .. math:: 
    98     \beta_{\pm\pm} = \beta_N \mp D_M M_{\perp x'} 
     91   .. image:: sld1.png 
    9992 
    10093*  for spin-flips 
    10194 
    102 .. math:: 
    103     \beta_{\pm\mp} = - D_M(M_{\perp y'} \pm i M_{\perp z'}) 
     95   .. image:: sld2.png 
    10496 
    10597where 
    10698 
    107 .. math:: 
     99.. image:: mxp.png 
    108100 
    109     M_{\perp x'} &= M_{0q_x}\cos\theta_\text{up} + M_{0q_y}\sin\theta_\text{up} \\ 
    110     M_{\perp y'} &= M_{0q_y}\cos\theta_\text{up} - M_{0q_x}\sin\theta_\text{up} \\ 
    111     M_{\perp z'} &= M_{0z} \\ 
    112     M_{0q_x} &= (M_{0x}\cos\phi - M_{0y}\sin\phi)\cos\phi \\ 
    113     M_{0q_y} &= (M_{0y}\sin\phi - M_{0y}\cos\phi)\sin\phi 
     101.. image:: myp.png 
    114102 
    115 Here the $M_{0x}$, $M_{0y}$ and $M_{0z}$ are 
    116 the $x$, $y$ and $z$ components of the magnetisation vector in the 
    117 laboratory $x$-$y$-$z$ frame. 
     103.. image:: mzp.png 
     104 
     105.. image:: mqx.png 
     106 
     107.. image:: mqy.png 
     108 
     109Here the $M0_x$, $M0_y$ and $M0_z$ are the $x$, $y$ and $z$ 
     110components of the magnetisation vector in the laboratory $xyz$ frame. 
    118111 
    119112.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    … …  
    155148uses the Debye equation below providing a 1D output 
    156149 
    157 .. math:: 
    158  
    159     I(|\vec Q|) = \frac{1}{V}\sum_j^N v_j\beta_j \sum_k^N v_k \beta_k 
    160         \frac{\sin(|\vec Q||\vec r_j - \vec r_k|)}{|\vec Q||\vec r_j - \vec r_k|} 
     150.. image:: gen_debye_eq.png 
    161151 
    162152where $v_j \beta_j \equiv b_j$ is the scattering 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/model_editor.py

    r2469df7 r23359ccb  
    338338            list_fnames = os.listdir(self.plugin_dir) 
    339339            # fake existing regular model name list 
    340             m_list = [model + ".py" for model in self.model_list] 
     340            m_list = [model.name + ".py" for model in self.model_list] 
    341341            list_fnames.append(m_list) 
    342342            if t_fname in list_fnames and title != mname: 
    … …  
    344344                msg = "Name exists already." 
    345345 
    346         if not self.good_name: 
     346        if self.good_name == False: 
    347347            self.name_tcl.SetBackgroundColour('pink') 
    348348            info = 'Error' 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/resolcal_thread.py

    r20fa5fe r959eb01  
    4444    def compute(self): 
    4545        """ 
    46         executing computation 
     46        excuting computation 
    4747        """ 
    4848        self.image = map(self.func, self.qx, self.qy, 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitproblem.py

    r20fa5fe r251ef684  
    11""" 
    22Inferface containing information to store data, model, range of data, etc... 
    3 and retrieve this information. This is an inferface 
     3and retreive this information. This is an inferface 
    44for a fitProblem i.e relationship between data and model. 
    55""" 
    … …  
    5656        """ 
    5757        :param flag: bool.When flag is 1 get the computer smear value. When 
    58             flag is 0 ignore smear value. 
     58            flag is 0 ingore smear value. 
    5959        """ 
    6060        self.smearer_enable = flag 
    … …  
    305305        """ 
    306306        :param flag: bool.When flag is 1 get the computer smear value. When 
    307             flag is 0 ignore smear value. 
     307            flag is 0 ingore smear value. 
    308308        """ 
    309309        self._smear_on = flag 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    r20fa5fe r9706d88  
    763763        the current page and set value. 
    764764        :param value: integer 0 or 1 
    765         :param uid: the id related to a page containing fitting information 
     765        :param uid: the id related to a page contaning fitting information 
    766766        """ 
    767767        if uid in self.page_finder.keys(): 
    … …  
    778778        Used by simfitpage.py to reset a parameter given the string constrainst. 
    779779 
    780         :param modelname: the name of the model for with the parameter 
     780        :param modelname: the name ot the model for with the parameter 
    781781                            has to reset 
    782782        :param value: can be a string in this case. 
    783         :param names: the parameter name 
     783        :param names: the paramter name 
    784784        """ 
    785785        sim_page_id = self.sim_page.uid 
    … …  
    797797        name into model name and parameter name example: :: 
    798798 
    799             parameterset (item) = M1.A 
     799            paramaterset (item) = M1.A 
    800800            Will return model_name = M1 , parameter name = A 
    801801 
    … …  
    11171117    def store_data(self, uid, data_list=None, caption=None): 
    11181118        """ 
    1119         Receive a list of data and store them ans well as a caption of 
     1119        Recieve a list of data and store them ans well as a caption of 
    11201120        the fit page where they come from. 
    11211121        :param uid: if related to a fit page 
    … …  
    11961196        for a given interactor. 
    11971197 
    1198         :param event: contains type of slicer , parameters for updating 
     1198        :param event: contains type of slicer , paramaters for updating 
    11991199            the panel and panel_name to find the slicer 's panel concerned. 
    12001200        """ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting_widgets.py

    r20fa5fe r959eb01  
    6464        selection_sizer.Add(self.data_2d_selected, (iy, ix), 
    6565                           (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15) 
    66         #contruction the sizer containing button 
     66        #contruction the sizer contaning button 
    6767        button_sizer.Add((20, 20), 1, wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 0) 
    6868        button_sizer.Add(button_cancel, 0, 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/gpu_options.py

    r20fa5fe r3bd677b  
    8888        self.option_button = {} 
    8989        self.buttons = [] 
    90         #Check if SAS_OPENCL is already set as environment variable 
     90        #Check if SAS_OPENCL is already set as enviromental variable 
    9191        self.sas_opencl = os.environ.get("SAS_OPENCL", "") 
    9292 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/simfitpage.py

    r20fa5fe r0a3c740  
    976976        param_cbox = self.constraints_list[-1].param_cbox 
    977977        param_cbox.Clear() 
    978         # insert only fittable parameters 
     978        # insert only fittable paramaters 
    979979        for param in param_list: 
    980980            param_cbox.Append(str(param), model) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_details.py

    r20fa5fe r959eb01  
    422422        except: 
    423423            scale = RECTANGLE_SCALE 
    424             self.warning_msg += "Receive an invalid scale for %s\n" 
     424            self.warning_msg += "Recieve an invalid scale for %s\n" 
    425425            self.warning_msg += "check this value : %s\n" % str(percentage) 
    426426        return  scale 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_panel.py

    r2469df7 r7432acb  
    707707 
    708708        # reset power_out to default to get ready for another '_on_text' 
    709         if self.is_power_out: 
     709        if self.is_power_out == True: 
    710710            self.state.container = copy.deepcopy(self.inv_container) 
    711711            self.state.timestamp = self._get_time_stamp() 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_state.py

    r2469df7 r1fa4f736  
    655655        : return: None 
    656656        """ 
    657         if self.cansas: 
     657        if self.cansas == True: 
    658658            return self._read_cansas(path) 
    659659        else: 
    … …  
    763763        """ 
    764764        # Sanity check 
    765         if self.cansas: 
     765        if self.cansas == True: 
    766766            doc = self.write_toXML(datainfo, invstate) 
    767767            # Write the XML document 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/explore_dialog.py

    r20fa5fe r959eb01  
    9393 
    9494        :TODO: Would be nice to add printing and log/linear scales. 
    95             The current version of plottools no longer plays well with 
     95            The current verison of plottools no longer plays well with 
    9696            plots outside of guiframe. Guiframe team needs to fix this. 
    9797        """ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/inversion_state.py

    r2469df7 r1fa4f736  
    389389 
    390390        """ 
    391         if self.cansas: 
     391        if self.cansas == True: 
    392392            return self._read_cansas(path) 
    393393        else: 
    … …  
    505505        """ 
    506506        # Sanity check 
    507         if self.cansas: 
     507        if self.cansas == True: 
    508508            doc = self.write_toXML(datainfo, prstate) 
    509509            # Write the XML document 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/pr.py

    r2469df7 rcb62bd5  
    407407            y[i] = value 
    408408 
    409         if self._normalize_output: 
     409        if self._normalize_output == True: 
    410410            y = y / total 
    411411            dy = dy / total 
    412         elif self._scale_output_unity: 
     412        elif self._scale_output_unity == True: 
    413413            y = y / pmax 
    414414            dy = dy / pmax 
    … …  
    544544            lines = buff.split('\n') 
    545545            for line in lines: 
    546                 if data_started: 
     546                if data_started == True: 
    547547                    try: 
    548548                        toks = line.split() 

  • src/sas/sasgui/plottools/PlotPanel.py

    r2469df7 ra1b8fee  
    476476            return 
    477477        self.mousemotion = True 
    478         if self.leftdown and self.mousemotion: 
     478        if self.leftdown == True and self.mousemotion == True: 
    479479            ax = event.inaxes 
    480480            if ax is not None:  # the dragging is perform inside the figure 

  • src/sas/sasgui/plottools/binder.py

    r20fa5fe ra1b8fee  
    366366        # TODO: Do we need an explicit focus command for keyboard? 
    367367        # TODO: Can we tab between items? 
    368         # TODO: How do unhandled events get propagated to axes, figure and 
     368        # TODO: How do unhandled events get propogated to axes, figure and 
    369369        # TODO: finally to application?  Do we need to implement a full tags 
    370370        # TODO: architecture a la Tk? 

  • src/sas/sasgui/plottools/fitDialog.py

    r2469df7 r7432acb  
    4444        fitting and derives and displays specialized output parameters based 
    4545        on the scale choice of the plot calling it. 
    46  
     46         
    4747        :note1: The fitting is currently a bit convoluted as besides using 
    4848        plottools.transform.py to handle all the conversions, it uses 
    … …  
    5555        This would considerably simplify the code and remove the need I think 
    5656        for LineModel.py and possibly fittins.py altogether.   -PDB 7/10/16 
    57  
     57         
    5858        :note2: The linearized fits do not take resolution into account. This 
    5959        means that for poor resolution such as slit smearing the answers will 
    … …  
    142142        """ 
    143143 
    144         # set up sizers first. 
     144        # set up sizers first.  
    145145        # vbox is the panel sizer and is a vertical sizer 
    146146        # The first element of the panel is sizer which is a gridbagsizer 
    … …  
    151151        sizer = wx.GridBagSizer(5, 5) 
    152152        sizer_button = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL) 
    153  
     153         
    154154        #size of string boxes in pixels 
    155155        _BOX_WIDTH = 100 
    … …  
    395395        sizer_button.Add(self.btClose, 0, 
    396396                         wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.ADJUST_MINSIZE, 10) 
    397  
     397         
    398398        vbox.Add(sizer) 
    399         self.static_line_1 = wx.StaticLine(self, -1) 
     399        self.static_line_1 = wx.StaticLine(self, -1)         
    400400        vbox.Add(self.static_line_1, 0, wx.EXPAND, 0) 
    401401        vbox.Add(sizer_button, 0, wx.EXPAND | wx.BOTTOM | wx.TOP, 10) 
    … …  
    439439        # makes transformation for y as a line to fit 
    440440        if self.x != []: 
    441             if self.checkFitValues(self.xminFit): 
     441            if self.checkFitValues(self.xminFit) == True: 
    442442                # Check if the field of Fit Dialog contain values 
    443443                # and use the x max and min of the user 

  • src/sas/sasgui/plottools/plottable_interactor.py

    r2469df7 ra1b8fee  
    166166        from within the boundaries of an artist. 
    167167        """ 
    168         if self._context_menu: 
     168        if self._context_menu == True: 
    169169            self._context_menu = False 
    170170            evt.artist = self.marker 
    … …  
    216216        """ 
    217217        if not evt.artist.__class__.__name__ == "AxesSubplot": 
    218             if not self._context_menu: 
     218            if self._context_menu == False: 
    219219                self.base.plottable_selected(None) 
    220220                try: 

  • src/sas/sasgui/plottools/plottables.py

    r2469df7 r2d9526d  
    227227        max_value = None 
    228228        for p in self.plottables: 
    229             if p.hidden: 
     229            if p.hidden == True: 
    230230                continue 
    231231            if p.x is not None: 
    … …  
    10621062        Renders the plottable on the graph 
    10631063        """ 
    1064         if self.interactive: 
     1064        if self.interactive == True: 
    10651065            kw['symbol'] = self.symbol 
    10661066            kw['id'] = self.id 

  • src/sas/sasgui/plottools/toolbar.py

    r20fa5fe r959eb01  
    145145    def OnPrintPage(self, page): 
    146146        """ 
    147         Most rudimentry OnPrintPage override.  instatiates a dc object, gets 
     147        Most rudimentry OnPrintPage overide.  instatiates a dc object, gets 
    148148        its size, gets the size of the figure object, scales it to the dc 
    149149        canvas size keeping the aspect ratio intact, then prints as bitmap 

  • src/sas/sasview/__init__.py

    r3ca67dcf r6a88ad9  
    1 __version__ = "4.2.0" 
     1__version__ = "4.1" 
    22__build__ = "GIT_COMMIT" 

  • src/sas/sasview/sasview.py

    r20fa5fe r0225a3f  
    203203    plugin_dir = os.path.join(sas.get_user_dir(), PLUGIN_MODEL_DIR) 
    204204    os.environ['SAS_MODELPATH'] = plugin_dir 
    205     #Initialize environment variable with custom setting but only if variable not set 
     205    #Initiliaze enviromental variable with custom setting but only if variable not set 
    206206    SAS_OPENCL = sas.get_custom_config().SAS_OPENCL 
    207207    if SAS_OPENCL and "SAS_OPENCL" not in os.environ: 

  • test/fileconverter/test/utest_nxcansas_writer.py

    rc16ffe7 r248ff73  
    33 
    44import os 
     5import pylint 
    56import unittest 
    67import warnings 

  • test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py

    rfe15198 r574adc7  
    2020    def setUp(self): 
    2121        reader = AbsReader() 
    22         self.data_list = reader.read("jan08002.ABS") 
    23         self.data = self.data_list[0] 
     22        data = reader.read("jan08002.ABS") 
     23        self.data= data[0] 
    2424 
    2525    def test_abs_checkdata(self): 
    … …  
    7676    def setUp(self): 
    7777        reader = DANSEReader() 
    78         self.data_list = reader.read("MP_New.sans") 
    79         self.data = self.data_list[0] 
     78        data = reader.read("MP_New.sans") 
     79        self.data = data[0] 
    8080 
    8181    def test_checkdata(self): 
    … …  
    8787            tests won't pass 
    8888        """ 
    89         self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    9089        self.assertEqual(self.data.filename, "MP_New.sans") 
    9190        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "DANSE") 
    … …  
    115114        # the generic loader should work as well 
    116115        data = Loader().load("MP_New.sans") 
    117         self.assertEqual(len(data), 1) 
    118116        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "DANSE") 
    119117 
    … …  
    123121    def setUp(self): 
    124122        reader = CANSASReader() 
    125         self.data_list = reader.read("cansas1d.xml") 
    126         self.data = self.data_list[0] 
     123        data = reader.read("cansas1d.xml") 
     124        self.data = data[0] 
    127125 
    128126    def test_generic_loader(self): 
    129127        # the generic loader should work as well 
    130128        data = Loader().load("cansas1d.xml") 
    131         self.assertEqual(len(data), 1) 
    132129        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D") 
    133130 
    … …  
    144141            tests won't pass 
    145142        """ 
    146         self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    147143        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234") 
    148144        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D") 
    … …  
    285281        data = Loader().load(filename) 
    286282        self.data = data[0] 
    287         self.assertEqual(len(data), 1) 
    288283        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    289284        self._checkdata() 
    … …  
    299294        data = CANSASReader().read(filename) 
    300295        self.data = data[0] 
    301         self.assertEqual(len(data), 1) 
    302296        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    303297        self._checkdata() 
    … …  
    311305        data = CANSASReader().read(filename) 
    312306        self.data = data[0] 
    313         self.assertEqual(len(data), 1) 
    314307        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    315308        # The followed should not have been loaded 
    … …  
    328321        data = CANSASReader().read(filename) 
    329322        self.data = data[0] 
    330         self.assertEqual(len(data), 1) 
    331         self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    332323        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    333324        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234") 

  • test/sasdataloader/test/utest_ascii.py

    rfe15198 ra78a02f  
    2929        """ 
    3030        # The length of the data is 10 
    31         self.assertEqual(len(self.f1_list), 1) 
    32         self.assertEqual(len(self.f2_list), 1) 
    33         self.assertEqual(len(self.f3_list), 1) 
    34         self.assertEqual(len(self.f4_list), 1) 
    35         self.assertEqual(len(self.f5_list), 1) 
    3631        self.assertEqual(len(self.f1.x), 10) 
    3732        self.assertEqual(self.f1.x[0],0.002618) 

  • test/sasdataloader/test/utest_averaging.py

    rfe15198 r2a52b0e  
    104104        filepath = os.path.join(os.path.dirname( 
    105105            os.path.realpath(__file__)), 'MAR07232_rest.h5') 
    106         self.data_list = Loader().load(filepath) 
    107         self.data = self.data_list[0] 
     106        self.data = Loader().load(filepath)[0] 
    108107 
    109108    def test_ring(self): 
    … …  
    120119        filepath = os.path.join(os.path.dirname( 
    121120            os.path.realpath(__file__)), 'ring_testdata.txt') 
    122         answer_list = Loader().load(filepath) 
    123         answer = answer_list[0] 
    124  
    125         self.assertEqual(len(answer_list), 1) 
     121        answer = Loader().load(filepath)[0] 
     122 
    126123        for i in range(r.nbins_phi - 1): 
    127124            self.assertAlmostEqual(o.x[i + 1], answer.x[i], 4) 

  • test/sasdataloader/test/utest_generic_file_reader_class.py

    r3648cbf rbeba407  
    1717 
    1818    def setUp(self): 
    19         self.reader = TestFileReader() 
     19        self.reader = FileReader() 
    2020        self.bad_file = "ACB123.txt" 
    2121        self.good_file = "123ABC.txt" 
     22        self.msg = "Unable to find file at: {}\n".format(self.bad_file) 
     23        self.msg += "Please check your file path and try again." 
     24        x = np.zeros(0) 
     25        y = np.zeros(0) 
     26        self.reader.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
     27        self.reader.current_datainfo = DataInfo() 
     28        self.reader.send_to_output() 
    2229 
    2330    def test_bad_file_path(self): 
    2431        output = self.reader.read(self.bad_file) 
    25         self.assertEqual(output, []) 
     32        self.assertEqual(len(output[0].errors), 1) 
     33        self.assertEqual(output[0].errors[0], self.msg) 
    2634 
    2735    def test_good_file_path(self): 
    28         f = open(self.good_file, 'w') 
    29         f.write('123ABC exists!') 
    30         f.close() 
     36        f_open = open(self.good_file, 'w') 
     37        f_open.close() 
    3138        output = self.reader.read(self.good_file) 
    32         self.assertEqual(len(output), 1) 
    33         self.assertEqual(output[0].meta_data["blah"], '123ABC exists!') 
     39        self.assertEqual(len(output[0].errors), 1) 
     40        self.assertEqual(output[0].errors[0], self.msg) 
    3441 
    3542    def tearDown(self): 
    … …  
    3845        if os.path.isfile(self.good_file): 
    3946            os.remove(self.good_file) 
    40  
    41 class TestFileReader(FileReader): 
    42     def get_file_contents(self): 
    43         """ 
    44         Reader specific class to access the contents of the file 
    45         All reader classes that inherit from FileReader must implement 
    46         """ 
    47         x = np.zeros(0) 
    48         y = np.zeros(0) 
    49         self.current_dataset = plottable_1D(x,y) 
    50         self.current_datainfo = DataInfo() 
    51         self.current_datainfo.meta_data["blah"] = self.nextline() 
    52         self.send_to_output() 

  • test/sasdataloader/test/utest_red2d_reader.py

    rfe15198 r248ff73  
    1414    def setUp(self): 
    1515        self.loader = Loader() 
    16         self.data_list = self.loader.load("exp18_14_igor_2dqxqy.dat") 
    1716 
    1817    def test_checkdata(self): 
    … …  
    2019            Test .DAT file loaded as IGOR/DAT 2D Q_map 
    2120        """ 
    22         f = self.data_list[0] 
     21        f = self.loader.load("exp18_14_igor_2dqxqy.dat")[0] 
    2322        # The length of the data is 10 
    24         self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    2523        self.assertEqual(len(f.qx_data),  36864) 
    2624        self.assertEqual(f.qx_data[0],-0.03573497) 

  • test/sasdataloader/test/utest_sesans.py

    rfe15198 ra78a02f  
    2222        f = file[0] 
    2323        # self.assertEqual(f, 5) 
    24         self.assertEqual(len(file), 1) 
    2524        self.assertEqual(len(f.x), 40) 
    2625        self.assertEqual(f.x[0], 391.56) 
    … …  
    4039        file = self.loader("sesans_examples/sphere_isis.ses") 
    4140        f = file[0] 
    42         self.assertEqual(len(file), 1) 
    4341        self.assertEqual(len(f.x), 57) 
    4442        self.assertEqual(f.x[-1], 19303.4) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.