Changeset c721b1a in sasview


Ignore:
Timestamp:
Mar 21, 2017 8:55:40 AM (7 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Parents:
26c9b85 (diff), b9b612a (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Jeff Krzywon <krzywon@…> (03/21/17 08:55:40)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (03/21/17 08:55:40)
Message:

Merge b9b612aaa6fa09a6a967f55d93480819b20ee7d4 into 26c9b85eb05ac83c648348fc7879e08e3225ceb1

Files:
7 edited
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/loader.py

    rb699768 rb9b612a  
    3131from readers import ascii_reader 
    3232from readers import cansas_reader 
     33from readers import cansas_reader_HDF5 
    3334 
    3435class Registry(ExtensionRegistry): 
    … …  
    6162            of a particular reader 
    6263 
    63         Defaults to the ascii (multi-column) reader 
    64         if no reader was registered for the file's 
    65         extension. 
     64        Defaults to the ascii (multi-column), cansas XML, and cansas NeXuS 
     65        readers if no reader was registered for the file's extension. 
    6666        """ 
    6767        try: 
    6868            return super(Registry, self).load(path, format=format) 
    69         except: 
    70             try: 
    71                 # No reader was found. Default to the ascii reader. 
    72                 ascii_loader = ascii_reader.Reader() 
    73                 return ascii_loader.read(path) 
    74             except: 
    75                 cansas_loader = cansas_reader.Reader() 
    76                 return cansas_loader.read(path) 
     69        except Exception: 
     70            pass # try the ASCII reader 
     71        try: 
     72            ascii_loader = ascii_reader.Reader() 
     73            return ascii_loader.read(path) 
     74        except Exception: 
     75            pass # try the cansas XML reader 
     76        try: 
     77            cansas_loader = cansas_reader.Reader() 
     78            return cansas_loader.read(path) 
     79        except Exception: 
     80            pass # try the cansas NeXuS reader 
     81        try: 
     82            cansas_nexus_loader = cansas_reader_HDF5.Reader() 
     83            return cansas_nexus_loader.read(path) 
     84        except Exception: 
     85            # No known reader available. Give up and throw an error 
     86            msg = "\n\tUnknown data format: %s.\n\tThe file is not a " % path 
     87            msg += "known format for SasView. The most common formats are " 
     88            msg += "multi-column ASCII, CanSAS XML, and CanSAS NeXuS." 
     89            raise Exception(msg) 
    7790 
    7891    def find_plugins(self, dir): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    rbbd0f37 rd0764bf  
    5353    ext = ['.h5', '.H5'] 
    5454    ## Flag to bypass extension check 
    55     allow_all = False 
     55    allow_all = True 
    5656    ## List of files to return 
    5757    output = None 

  • INSTALL.txt

    rd09f0ae1 r26c9b85  
    22================================ 
    33 
     4Note - at the current time sasview will only run in gui form under Python 2. 
    45 
    5 The build works in the usualy pythonic way: 
     6Before trying to install and run sasview you'll need to check what 
     7dependencies are required: 
     8 
     9$ python check_packages.py 
     10 
     11Many of these are available from PyPi, but some (e.g. h5py) may require more 
     12involvement to build and install. If you use the conda package manager then 
     13many of the pre-built dependencies are available there. This may be the easiest 
     14route if you are on windows. 
     15 
     16The build works in the pythonic way: 
    617 
    718$ python setup.py build      # will build the package underneath 'build/' 
    8 $ python setup.py install    # will install the package 
    9  
     19$ python setup.py install    # will install the package into site-packages 
    1020 
    1121 
    … …  
    1424$ python run.py              # will run the code in place (building the C code once, if required) 
    1525 
     26On OSX or windows you may need to use: 
    1627 
    17  
    18 To check all dependencies are met: 
    19  
    20 $ python deps.py 
    21 $ python check_packages.py  
    22  
    23 Both tell you different parts of the story, unfortunately. 
    24  
     28$ pythonw run.py 
    2529 
    2630 

  • LICENSE.TXT

    r7c05b63 ra3e3ef5  
    1 Copyright (c) 2009-2016, SasView Developers 
     1Copyright (c) 2009-2017, SasView Developers 
    22All rights reserved. 
    33 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    r7a5aedd rb301db9  
    120120        self.dxw = None 
    121121        # pinhole smear 
    122         self.dx_min = None 
    123         self.dx_max = None 
     122        self.dx_percent = None 
    124123        # smear attrbs 
    125124        self.enable_smearer = None 
    … …  
    849848        self.state.pinhole_smearer = \ 
    850849                                copy.deepcopy(self.pinhole_smearer.GetValue()) 
    851         self.state.dx_max = copy.deepcopy(self.dx_max) 
    852         self.state.dx_min = copy.deepcopy(self.dx_min) 
     850        self.state.dx_percent = copy.deepcopy(self.dx_percent) 
    853851        self.state.dxl = copy.deepcopy(self.dxl) 
    854852        self.state.dxw = copy.deepcopy(self.dxw) 
    … …  
    12471245        # we have two more options for smearing 
    12481246        if self.pinhole_smearer.GetValue(): 
    1249             self.dx_min = state.dx_min 
    1250             self.dx_max = state.dx_max 
    1251             if self.dx_min is not None: 
    1252                 self.smear_pinhole_min.SetValue(str(self.dx_min)) 
    1253             if self.dx_max is not None: 
    1254                 self.smear_pinhole_max.SetValue(str(self.dx_max)) 
     1247            self.dx_percent = state.dx_percent 
     1248            if self.dx_percent is not None: 
     1249                if state.dx_old: 
     1250                    self.dx_percent = 100 * (self.dx_percent / self.data.x[0]) 
     1251                self.smear_pinhole_percent.SetValue("%.2f" % self.dx_percent) 
    12551252            self.onPinholeSmear(event=None) 
    12561253        elif self.slit_smearer.GetValue(): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    r8c0d9eb rd85f1d8a  
    2929_BOX_WIDTH = 76 
    3030_DATA_BOX_WIDTH = 300 
    31 SMEAR_SIZE_L = 0.00 
    3231SMEAR_SIZE_H = 0.00 
    3332CUSTOM_MODEL = 'Plugin Models' 
    … …  
    210209              "Please enter only the value of interest to customize smearing..." 
    211210        smear_message_new_psmear = \ 
    212               "Please enter both; the dQ will be generated by interpolation..." 
     211              "Please enter a fixed percentage to be applied to all Q values..." 
    213212        smear_message_2d_x_title = "<dQp>[1/A]:" 
    214213        smear_message_2d_y_title = "<dQs>[1/A]:" 
    215         smear_message_pinhole_min_title = "dQ_low[1/A]:" 
    216         smear_message_pinhole_max_title = "dQ_high[1/A]:" 
     214        smear_message_pinhole_percent_title = "dQ[%]:" 
    217215        smear_message_slit_height_title = "Slit height[1/A]:" 
    218216        smear_message_slit_width_title = "Slit width[1/A]:" 
    … …  
    307305         
    308306        # textcntrl for custom resolution 
    309         self.smear_pinhole_max = ModelTextCtrl(self, wx.ID_ANY, 
    310                             size=(_BOX_WIDTH - 25, 20), 
    311                             style=wx.TE_PROCESS_ENTER, 
    312                             text_enter_callback=self.onPinholeSmear) 
    313         self.smear_pinhole_min = ModelTextCtrl(self, wx.ID_ANY, 
    314                             size=(_BOX_WIDTH - 25, 20), 
    315                             style=wx.TE_PROCESS_ENTER, 
    316                             text_enter_callback=self.onPinholeSmear) 
     307        self.smear_pinhole_percent = ModelTextCtrl(self, wx.ID_ANY, 
     308                                                   size=(_BOX_WIDTH - 25, 20), 
     309                                                   style=wx.TE_PROCESS_ENTER, 
     310                                                   text_enter_callback= 
     311                                                   self.onPinholeSmear) 
    317312        self.smear_slit_height = ModelTextCtrl(self, wx.ID_ANY, 
    318313                            size=(_BOX_WIDTH - 25, 20), 
    … …  
    333328 
    334329        # set default values for smear 
    335         self.smear_pinhole_max.SetValue(str(self.dx_max)) 
    336         self.smear_pinhole_min.SetValue(str(self.dx_min)) 
     330        self.smear_pinhole_percent.SetValue(str(self.dx_percent)) 
    337331        self.smear_slit_height.SetValue(str(self.dxl)) 
    338332        self.smear_slit_width.SetValue(str(self.dxw)) 
    … …  
    426420        self.smear_description_2d_y.SetToolTipString( 
    427421                                    " dQs(perpendicular) in q_phi direction.") 
    428         self.smear_description_pin_min = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 
    429                         smear_message_pinhole_min_title, style=wx.ALIGN_LEFT) 
    430         self.smear_description_pin_max = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 
    431                         smear_message_pinhole_max_title, style=wx.ALIGN_LEFT) 
     422        self.smear_description_pin_percent = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 
     423                                            smear_message_pinhole_percent_title, 
     424                                            style=wx.ALIGN_LEFT) 
    432425        self.smear_description_slit_height = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 
    433426                        smear_message_slit_height_title, style=wx.ALIGN_LEFT) 
    … …  
    453446        self.sizer_new_smear.Add((15, -1)) 
    454447        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_description_2d_x, 0, wx.CENTER, 10) 
    455         self.sizer_new_smear.Add(self.smear_description_pin_min, 
    456                                  0, wx.CENTER, 10) 
    457448        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_description_slit_height, 
    458449                                 0, wx.CENTER, 10) 
    459450 
    460         self.sizer_new_smear.Add(self.smear_pinhole_min, 0, wx.CENTER, 10) 
    461451        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_slit_height, 0, wx.CENTER, 10) 
    462452        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_data_left, 0, wx.CENTER, 10) 
    … …  
    464454        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_description_2d_y, 
    465455                                 0, wx.CENTER, 10) 
    466         self.sizer_new_smear.Add(self.smear_description_pin_max, 
     456        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_description_pin_percent, 
    467457                                 0, wx.CENTER, 10) 
    468458        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_description_slit_width, 
    469459                                 0, wx.CENTER, 10) 
    470460 
    471         self.sizer_new_smear.Add(self.smear_pinhole_max, 0, wx.CENTER, 10) 
     461        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_pinhole_percent, 0, wx.CENTER, 10) 
    472462        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_slit_width, 0, wx.CENTER, 10) 
    473463        self.sizer_new_smear.Add(self.smear_data_right, 0, wx.CENTER, 10) 
    … …  
    15811571        if self.dxw is None: 
    15821572            self.dxw = "" 
    1583         if self.dx_min is None: 
    1584             self.dx_min = SMEAR_SIZE_L 
    1585         if self.dx_max is None: 
    1586             self.dx_max = SMEAR_SIZE_H 
     1573        if self.dx_percent is None: 
     1574            self.dx_percent = SMEAR_SIZE_H 
    15871575 
    15881576    def _get_smear_info(self): 
    … …  
    16461634            self.smear_description_2d_y.Show(True) 
    16471635            if self.pinhole_smearer.GetValue(): 
    1648                 self.smear_pinhole_min.Show(True) 
    1649                 self.smear_pinhole_max.Show(True) 
     1636                self.smear_pinhole_percent.Show(True) 
    16501637        # smear from data 
    16511638        elif self.enable_smearer.GetValue(): 
    … …  
    16581645                    self.smear_description_slit_width.Show(True) 
    16591646                elif self.smear_type == 'Pinhole': 
    1660                     self.smear_description_pin_min.Show(True) 
    1661                     self.smear_description_pin_max.Show(True) 
     1647                    self.smear_description_pin_percent.Show(True) 
    16621648                self.smear_description_smear_type.Show(True) 
    16631649                self.smear_description_type.Show(True) 
    … …  
    16681654            if self.smear_type == 'Pinhole': 
    16691655                self.smear_message_new_p.Show(True) 
    1670                 self.smear_description_pin_min.Show(True) 
    1671                 self.smear_description_pin_max.Show(True) 
    1672  
    1673             self.smear_pinhole_min.Show(True) 
    1674             self.smear_pinhole_max.Show(True) 
     1656                self.smear_description_pin_percent.Show(True) 
     1657 
     1658            self.smear_pinhole_percent.Show(True) 
    16751659        # custom slit smear 
    16761660        elif self.slit_smearer.GetValue(): 
    … …  
    16971681        self.smear_data_left.Hide() 
    16981682        self.smear_data_right.Hide() 
    1699         self.smear_description_pin_min.Hide() 
    1700         self.smear_pinhole_min.Hide() 
    1701         self.smear_description_pin_max.Hide() 
    1702         self.smear_pinhole_max.Hide() 
     1683        self.smear_description_pin_percent.Hide() 
     1684        self.smear_pinhole_percent.Hide() 
    17031685        self.smear_description_slit_height.Hide() 
    17041686        self.smear_slit_height.Hide() 
    … …  
    22492231            # event case of radio button 
    22502232            if tcrtl.GetValue(): 
    2251                 self.dx_min = 0.0 
    2252                 self.dx_max = 0.0 
     2233                self.dx_percent = 0.0 
    22532234                is_new_pinhole = True 
    22542235            else: 
    … …  
    22872268        """ 
    22882269        # get the values 
    2289         pin_min = self.smear_pinhole_min.GetValue() 
    2290         pin_max = self.smear_pinhole_max.GetValue() 
    2291  
    2292         # Check changes in slit width 
     2270        pin_percent = self.smear_pinhole_percent.GetValue() 
     2271 
     2272        # Check changes in slit heigth 
    22932273        try: 
    2294             dx_min = float(pin_min) 
     2274            dx_percent = float(pin_percent) 
    22952275        except: 
    22962276            return True 
    2297         if self.dx_min != dx_min: 
    2298             return True 
    2299  
    2300         # Check changes in slit heigth 
    2301         try: 
    2302             dx_max = float(pin_max) 
    2303         except: 
    2304             return True 
    2305         if self.dx_max != dx_max: 
     2277        if self.dx_percent != dx_percent: 
    23062278            return True 
    23072279        return False 
    … …  
    23292301        msg = None 
    23302302 
    2331         get_pin_min = self.smear_pinhole_min 
    2332         get_pin_max = self.smear_pinhole_max 
    2333  
    2334         if not check_float(get_pin_min): 
    2335             get_pin_min.SetBackgroundColour("pink") 
    2336             msg = "Model Error:wrong value entered!!!" 
    2337         elif not check_float(get_pin_max): 
    2338             get_pin_max.SetBackgroundColour("pink") 
     2303        get_pin_percent = self.smear_pinhole_percent 
     2304 
     2305        if not check_float(get_pin_percent): 
     2306            get_pin_percent.SetBackgroundColour("pink") 
    23392307            msg = "Model Error:wrong value entered!!!" 
    23402308        else: 
    23412309            if len_data < 2: 
    23422310                len_data = 2 
    2343             self.dx_min = float(get_pin_min.GetValue()) 
    2344             self.dx_max = float(get_pin_max.GetValue()) 
    2345             if self.dx_min < 0: 
    2346                 get_pin_min.SetBackgroundColour("pink") 
     2311            self.dx_percent = float(get_pin_percent.GetValue()) 
     2312            if self.dx_percent < 0: 
     2313                get_pin_percent.SetBackgroundColour("pink") 
    23472314                msg = "Model Error:This value can not be negative!!!" 
    2348             elif self.dx_max < 0: 
    2349                 get_pin_max.SetBackgroundColour("pink") 
    2350                 msg = "Model Error:This value can not be negative!!!" 
    2351             elif self.dx_min is not None and self.dx_max is not None: 
     2315            elif self.dx_percent is not None: 
     2316                percent = self.dx_percent/100 
    23522317                if self._is_2D(): 
    2353                     data.dqx_data[data.dqx_data == 0] = self.dx_min 
    2354                     data.dqy_data[data.dqy_data == 0] = self.dx_max 
    2355                 elif self.dx_min == self.dx_max: 
    2356                     data.dx[data.dx == 0] = self.dx_min 
     2318                    data.dqx_data[data.dqx_data == 0] = percent * data.qx_data 
     2319                    data.dqy_data[data.dqy_data == 0] = percent * data.qy_data 
    23572320                else: 
    2358                     step = (self.dx_max - self.dx_min) / (len_data - 1) 
    2359                     data.dx = numpy.arange(self.dx_min, 
    2360                                            self.dx_max + step / 1.1, 
    2361                                            step) 
    2362             elif self.dx_min is not None: 
    2363                 if self._is_2D(): 
    2364                     data.dqx_data[data.dqx_data == 0] = self.dx_min 
    2365                 else: 
    2366                     data.dx[data.dx == 0] = self.dx_min 
    2367             elif self.dx_max is not None: 
    2368                 if self._is_2D(): 
    2369                     data.dqy_data[data.dqy_data == 0] = self.dx_max 
    2370                 else: 
    2371                     data.dx[data.dx == 0] = self.dx_max 
     2321                    data.dx = percent * data.x 
    23722322            self.current_smearer = smear_selection(data, self.model) 
    23732323            # 2D need to set accuracy 
    … …  
    23792329            wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=msg)) 
    23802330        else: 
    2381             get_pin_min.SetBackgroundColour("white") 
    2382             get_pin_max.SetBackgroundColour("white") 
     2331            get_pin_percent.SetBackgroundColour("white") 
    23832332        # set smearing value whether or not the data contain the smearing info 
    23842333 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/plugin.rst

    r5295cf5 r984f3fc  
    364364  - the limits will show up as the default limits for the fit making it easy, 
    365365    for example, to force the radius to always be greater than zero. 
     366 
     367  - these are hard limits defining the valid range of parameter values; 
     368    polydisperity distributions will be truncated at the limits. 
    366369 
    367370- **"type"** can be one of: "", "sld", "volume", or "orientation". 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    r71601312 rd5aff7f  
    7474                            ["dq_l", "dq_l", "float"], 
    7575                            ["dq_r", "dq_r", "float"], 
    76                             ["dx_max", "dx_max", "float"], 
    77                             ["dx_min", "dx_min", "float"], 
     76                            ["dx_percent", "dx_percent", "float"], 
    7877                            ["dxl", "dxl", "float"], 
    7978                            ["dxw", "dxw", "float"]] 
    … …  
    215214        self.dq_l = None 
    216215        self.dq_r = None 
    217         self.dx_max = None 
    218         self.dx_min = None 
     216        self.dx_percent = None 
     217        self.dx_old = False 
    219218        self.dxl = None 
    220219        self.dxw = None 
    … …  
    343342        obj.dq_l = copy.deepcopy(self.dq_l) 
    344343        obj.dq_r = copy.deepcopy(self.dq_r) 
    345         obj.dx_max = copy.deepcopy(self.dx_max) 
    346         obj.dx_min = copy.deepcopy(self.dx_min) 
     344        obj.dx_percent = copy.deepcopy(self.dx_percent) 
     345        obj.dx_old = copy.deepcopy(self.dx_old) 
    347346        obj.dxl = copy.deepcopy(self.dxl) 
    348347        obj.dxw = copy.deepcopy(self.dxw) 
    … …  
    562561        rep += "dq_l  : %s\n" % self.dq_l 
    563562        rep += "dq_r  : %s\n" % self.dq_r 
    564         rep += "dx_max  : %s\n" % str(self.dx_max) 
    565         rep += "dx_min : %s\n" % str(self.dx_min) 
     563        rep += "dx_percent  : %s\n" % str(self.dx_percent) 
    566564        rep += "dxl  : %s\n" % str(self.dxl) 
    567565        rep += "dxw : %s\n" % str(self.dxw) 
    … …  
    10481046                    setattr(self, item[0], parse_entry_helper(node, item)) 
    10491047 
     1048                dx_old_node = get_content('ns:%s' % 'dx_min', entry) 
    10501049                for item in LIST_OF_STATE_ATTRIBUTES: 
    1051                     node = get_content('ns:%s' % item[0], entry) 
    1052                     setattr(self, item[0], parse_entry_helper(node, item)) 
     1050                    if item[0] == "dx_percent" and dx_old_node is not None: 
     1051                        dxmin = ["dx_min", "dx_min", "float"] 
     1052                        setattr(self, item[0], parse_entry_helper(dx_old_node, 
     1053                                                                  dxmin)) 
     1054                        self.dx_old = True 
     1055                    else: 
     1056                        node = get_content('ns:%s' % item[0], entry) 
     1057                        setattr(self, item[0], parse_entry_helper(node, item)) 
    10531058 
    10541059                for item in LIST_OF_STATE_PARAMETERS: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.