Changeset c0793dd in sasview for src/sas/sascalc/dataloader/readers


Ignore:
Timestamp:
Apr 5, 2017 11:21:10 AM (8 years ago)
Author:
Adam Washington <adam.washington@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
610af69
Parents:
bfd34a7 (diff), 98c44f3 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' of github.com:SasView/sasview

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r9a5097c r2b310602  
    11""" 
    22    SESANS reader (based on ASCII reader) 
    3      
     3 
    44    Reader for .ses or .sesans file format 
    5      
    6     Jurrian Bakker  
     5 
     6    Jurrian Bakker 
    77""" 
    88import numpy as np 
    … …  
    1818_ZERO = 1e-16 
    1919 
     20 
    2021class Reader: 
    2122    """ 
    2223    Class to load sesans files (6 columns). 
    2324    """ 
    24     ## File type 
     25    # File type 
    2526    type_name = "SESANS" 
    26      
    27     ## Wildcards 
     27 
     28    # Wildcards 
    2829    type = ["SESANS files (*.ses)|*.ses", 
    2930            "SESANS files (*..sesans)|*.sesans"] 
    30     ## List of allowed extensions 
     31    # List of allowed extensions 
    3132    ext = ['.ses', '.SES', '.sesans', '.SESANS'] 
    32      
    33     ## Flag to bypass extension check 
     33 
     34    # Flag to bypass extension check 
    3435    allow_all = True 
    35      
     36 
    3637    def read(self, path): 
    37          
    38 #        print "reader triggered" 
    39          
    4038        """ 
    4139        Load data file 
    42          
     40 
    4341        :param path: file path 
    44          
     42 
    4543        :return: SESANSData1D object, or None 
    46          
     44 
    4745        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    4846        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    … …  
    5149            basename = os.path.basename(path) 
    5250            _, extension = os.path.splitext(basename) 
    53             if self.allow_all or extension.lower() in self.ext: 
    54                 try: 
    55                     # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii 
    56                     # characters that brakes the open operation 
    57                     input_f = open(path,'rb') 
    58                 except: 
    59                     raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
    60                 buff = input_f.read() 
    61                 lines = buff.splitlines() 
    62                 x  = np.zeros(0) 
    63                 y  = np.zeros(0) 
    64                 dy = np.zeros(0) 
    65                 lam  = np.zeros(0) 
    66                 dlam = np.zeros(0) 
    67                 dx = np.zeros(0) 
    68                  
    69                #temp. space to sort data 
    70                 tx  = np.zeros(0) 
    71                 ty  = np.zeros(0) 
    72                 tdy = np.zeros(0) 
    73                 tlam  = np.zeros(0) 
    74                 tdlam = np.zeros(0) 
    75                 tdx = np.zeros(0) 
    76                 output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True) 
    77                 self.filename = output.filename = basename 
     51            if not (self.allow_all or extension.lower() in self.ext): 
     52                raise RuntimeError("{} has an unrecognized file extension".format(path)) 
     53        else: 
     54            raise RunetimeError("{} is not a file".format(path)) 
     55        with open(path, 'r') as input_f: 
     56            # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii 
     57            # characters that brakes the open operation 
     58            line = input_f.readline() 
     59            params = {} 
     60            while not line.startswith("BEGIN_DATA"): 
     61                terms = line.split() 
     62                if len(terms) >= 2: 
     63                    params[terms[0]] = " ".join(terms[1:]) 
     64                line = input_f.readline() 
     65            self.params = params 
     66            headers = input_f.readline().split() 
    7867 
    79                 paramnames=[] 
    80                 paramvals=[] 
    81                 zvals=[] 
    82                 dzvals=[] 
    83                 lamvals=[] 
    84                 dlamvals=[] 
    85                 Pvals=[] 
    86                 dPvals=[] 
     68            data = np.loadtxt(input_f) 
     69            if data.size < 1: 
     70                raise RuntimeError("{} is empty".format(path)) 
     71            x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
     72            dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
     73            lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
     74            dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
     75            y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
     76            dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
    8777 
    88                 for line in lines: 
    89                     # Initial try for CSV (split on ,) 
    90                     line=line.strip() 
    91                     toks = line.split('\t') 
    92                     if len(toks)==2: 
    93                         paramnames.append(toks[0]) 
    94                         paramvals.append(toks[1]) 
    95                     if len(toks)>5: 
    96                         zvals.append(toks[0]) 
    97                         dzvals.append(toks[3]) 
    98                         lamvals.append(toks[4]) 
    99                         dlamvals.append(toks[5]) 
    100                         Pvals.append(toks[1]) 
    101                         dPvals.append(toks[2]) 
    102                     else: 
    103                         continue 
     78            lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
     79            x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
     80            dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
     81                dx, lam_unit, 
     82                self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
     83            dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
     84                dlam, lam_unit, 
     85                self._unit_fetch("Wavelength")) 
     86            y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
    10487 
    105                 x=[] 
    106                 y=[] 
    107                 lam=[] 
    108                 dx=[] 
    109                 dy=[] 
    110                 dlam=[] 
    111                 lam_header = lamvals[0].split() 
    112                 data_conv_z = None 
    113                 default_z_unit = "A" 
    114                 data_conv_P = None 
    115                 default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3) 
    116                 lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","") 
    117                 if lam_unit == 'AA': 
    118                     lam_unit = 'A' 
    119                 varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]] 
    120                 valrange=range(1, len(zvals)) 
    121                 for i in valrange: 
    122                     x.append(float(zvals[i])) 
    123                     y.append(float(Pvals[i])) 
    124                     lam.append(float(lamvals[i])) 
    125                     dy.append(float(dPvals[i])) 
    126                     dx.append(float(dzvals[i])) 
    127                     dlam.append(float(dlamvals[i])) 
     88            output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, 
     89                            isSesans=True) 
    12890 
    129                 x,y,lam,dy,dx,dlam = [ 
    130                     np.asarray(v, 'double') 
    131                    for v in (x,y,lam,dy,dx,dlam) 
    132                 ] 
     91            output.y_unit = y_unit 
     92            output.x_unit = x_unit 
     93            self.filename = output.filename = basename 
     94            output.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
     95            # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     96            output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", y_unit) 
     97            # Store loading process information 
     98            output.meta_data['loader'] = self.type_name 
     99            output.sample.name = params["Sample"] 
     100            output.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
     101            output.sample.thickness = float( 
     102                self._unit_conversion( 
     103                    params["Thickness"], "cm", self._unit_fetch("Thickness"))[0]) 
    133104 
    134                 input_f.close() 
     105            output.sample.zacceptance = ( 
     106                float(params["Theta_zmax"]), 
     107                self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
    135108 
    136                 output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit) 
    137                 output.y = y 
    138                 output.y_unit = r'\AA^{-2} cm^{-1}'  # output y_unit added 
    139                 output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit) 
    140                 output.dy = dy 
    141                 output.lam, output.lam_unit = self._unit_conversion(lam, lam_unit, default_z_unit) 
    142                 output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit) 
    143                  
    144                 output.xaxis(r"\rm{z}", output.x_unit) 
    145                 output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit)  # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     109            output.sample.yacceptance = ( 
     110                float(params["Theta_ymax"]), 
     111                self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
     112            return output 
    146113 
    147                 # Store loading process information 
    148                 output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    149                 #output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
    150                 output.sample.name = paramvals[1] 
    151                 output.sample.ID = paramvals[0] 
    152                 zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[") 
    153                 zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","") 
    154                 if zaccept_unit.strip() == r'\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == r'\A^-1': 
    155                     zaccept_unit = "1/A" 
    156                 output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit) 
    157                 output.vars = varheader 
     114    @staticmethod 
     115    def _unit_conversion(value, value_unit, default_unit): 
     116        """ 
     117        Performs unit conversion on a measurement. 
    158118 
    159                 if len(output.x) < 1: 
    160                     raise RuntimeError, "%s is empty" % path 
    161                 return output 
    162  
    163         else: 
    164             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
    165         return None 
    166  
    167     def _unit_conversion(self, value, value_unit, default_unit): 
    168         if has_converter == True and value_unit != default_unit: 
     119        :param value: The magnitude of the measurement 
     120        :param value_unit: a string containing the final desired unit 
     121        :param default_unit: a string containing the units of the original measurement 
     122        :return: The magnitude of the measurement in the new units 
     123        """ 
     124        # (float, string, string) -> float 
     125        if has_converter and value_unit != default_unit: 
    169126            data_conv_q = Converter(value_unit) 
    170127            value = data_conv_q(value, units=default_unit) 
    … …  
    173130            new_unit = value_unit 
    174131        return value, new_unit 
     132 
     133    def _unit_fetch(self, unit): 
     134        return self.params[unit+"_unit"] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.