Changeset b99ac227 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Aug 6, 2008 10:54:02 AM (16 years ago)
Author:
Mathieu Doucet <doucetm@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
17a6843
Parents:
99d1af6
Message:

Updates and tests for readers

Location:
DataLoader
Files:
2 added
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • DataLoader/data_info.py

    r99d1af6 rb99ac227  
    1414project funded by the US National Science Foundation.  
    1515 
    16 See the license text in license.txt 
     16If you use DANSE applications to do scientific research that leads to  
     17publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the  
     18following sentence: 
     19 
     20"This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."  
    1721 
    1822copyright 2008, University of Tennessee 
    … …  
    307311    errors = [] 
    308312             
     313    def __init__(self): 
     314        """ 
     315            Initialization 
     316        """ 
     317        ## Title  
     318        self.title      = '' 
     319        ## Run number 
     320        self.run        = None 
     321        ## File name 
     322        self.filename   = '' 
     323        ## Notes 
     324        self.notes      = [] 
     325        ## Processes (Action on the data) 
     326        self.process    = [] 
     327        ## Instrument name 
     328        self.instrument = '' 
     329        ## Detector information 
     330        self.detector   = [] 
     331        ## Sample information 
     332        self.sample     = Sample() 
     333        ## Source information 
     334        self.source     = Source() 
     335        ## Collimation information 
     336        self.collimation = [] 
     337        ## Additional meta-data 
     338        self.meta_data  = {} 
     339        ## Loading errors 
     340        self.errors = []         
     341         
    309342    def __str__(self): 
    310343        """ 
    … …  
    429462     
    430463    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None): 
     464        DataInfo.__init__(self) 
    431465        plottable_1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
     466        if len(self.detector)>0: 
     467            raise RuntimeError, "Data1D: Detector bank already filled at init" 
     468         
    432469         
    433470    def __str__(self): 
    … …  
    553590     
    554591    def __init__(self, data=None, err_data=None): 
     592        DataInfo.__init__(self) 
    555593        plottable_2D.__init__(self, data, err_data) 
     594        if len(self.detector)>0: 
     595            raise RuntimeError, "Data2D: Detector bank already filled at init" 
    556596 
    557597    def __str__(self): 

  • DataLoader/readers/IgorReader.py

    r68f6ae2 rb99ac227  
     1""" 
     2    IGOR 2D reduced file reader 
     3""" 
     4 
     5""" 
     6This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
     7Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
     8project funded by the US National Science Foundation.  
     9 
     10If you use DANSE applications to do scientific research that leads to  
     11publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the  
     12following sentence: 
     13 
     14"This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."  
     15 
     16copyright 2008, University of Tennessee 
     17""" 
     18 
    119import os, sys 
    2 import pylab 
    3 from copy import deepcopy 
    4 import math,logging 
     20import numpy 
     21import math, logging 
     22from DataLoader.data_info import Data2D, Detector 
     23 
     24# Look for unit converter 
     25has_converter = True 
     26try: 
     27    from data_util.nxsunit import Converter 
     28except: 
     29    has_converter = False 
     30 
    531class Reader: 
    632    """ Simple data reader for Igor data files """ 
    7     ext=['.ASC'] 
    8     def __init__(self, filename=None): 
    9         """ Init 
    10             @param filename: Name of Igor data file to read 
    11         """ 
    12         self.file = filename 
    13         self.x = [] 
    14         self.y = [] 
    15         self.image = [] 
    16          
    17         # Detector info 
    18         self.wavelength = 0.0 
    19         self.distance   = 0.0 
    20         self.center_x   = 63.5 
    21         self.center_y   = 63.5 
    22          
     33    ## File type 
     34    type = ["IGOR 2D files (*.ASC)|*.ASC"] 
     35    ## Extension 
     36    ext=['.ASC', '.asc'] 
     37 
    2338    def read(self,filename=None): 
    2439        """ Read file """ 
    25         # Check if the file is there 
    26         self.file=filename 
    27         if not os.path.isfile(self.file): 
     40        if not os.path.isfile(filename): 
    2841            raise ValueError, \ 
    29             "Specified file %s is not a regular file" % self.file 
     42            "Specified file %s is not a regular file" % filename 
    3043         
    3144        # Read file 
    32         f = open(self.file,'r') 
     45        f = open(filename,'r') 
    3346        buf = f.read() 
     47         
     48        # Instantiate data object 
     49        output = Data2D() 
     50        output.filename = os.path.basename(filename) 
     51        detector = Detector() 
     52        if len(output.detector)>0: print str(output.detector[0]) 
     53        output.detector.append(detector) 
     54         
     55        size_x = 128 
     56        size_y = 128 
     57        output.data = numpy.zeros([size_x,size_y]) 
     58        output.err_data = numpy.zeros([size_x,size_y]) 
     59         
     60        data_conv_q = None 
     61        data_conv_i = None 
     62         
     63        if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
     64            data_conv_q = Converter('1/A') 
     65            # Test it 
     66            data_conv_q(1.0, output.Q_unit) 
     67             
     68        if has_converter == True and output.I_unit != '1/cm': 
     69            data_conv_i = Converter('1/cm') 
     70            # Test it 
     71            data_conv_i(1.0, output.I_unit)             
     72     
    3473         
    3574        # Get content 
    … …  
    3978        lines = buf.split('\n') 
    4079        itot = 0 
    41         self.x = [] 
    42         self.y = [] 
    43         self.image = [] 
     80        x = [] 
     81        y = [] 
    4482         
    4583        ncounts = 0 
    46          
    47         #x = pylab.arange(0, 128, 1) 
    48         #y = pylab.arange(0, 128, 1) 
    49         x = pylab.arange(-.5, .5, 1.0/128) 
    50         y = pylab.arange(-.5, .5, 1.0/128) 
    51         X, Y = pylab.meshgrid(x, y) 
    52         Z = deepcopy(X) 
    5384         
    5485        xmin = None 
    … …  
    79110                    raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing distance" 
    80111                 
     112                # Distance in meters 
     113                try: 
     114                    transmission = float(line_toks[4]) 
     115                except: 
     116                    raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing transmission" 
     117                 
    81118            if line.count("LAMBDA")>0: 
    82119                isInfo = True 
    … …  
    109146                    value = float(line) 
    110147                except: 
     148                    # Found a non-float entry, skip it 
    111149                    continue 
    112150                 
    … …  
    118156                    i_x += 1 
    119157                     
    120                 Z[i_y][i_x] = value 
     158                output.data[i_y][i_x] = value 
    121159                ncounts += 1  
    122160                 
    … …  
    126164                theta = (i_x-center_x+1)*0.5 / distance / 100.0 
    127165                qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0) 
     166 
     167                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
     168                    qx = data_conv_q(qx, units=output.Q_unit) 
     169 
    128170                if xmin==None or qx<xmin: 
    129171                    xmin = qx 
    … …  
    133175                theta = (i_y-center_y+1)*0.5 / distance / 100.0 
    134176                qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0) 
     177 
     178                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
     179                    qy = data_conv_q(qy, units=output.Q_unit) 
     180                 
    135181                if ymin==None or qy<ymin: 
    136182                    ymin = qy 
    … …  
    138184                    ymax = qy 
    139185                 
    140                  
    141                 if not qx in self.x: 
    142                     self.x.append(qx) 
    143                 if not qy in self.y: 
    144                     self.y.append(qy) 
     186                if not qx in x: 
     187                    x.append(qx) 
     188                if not qy in y: 
     189                    y.append(qy) 
    145190                 
    146191                itot += 1 
    … …  
    153198        ystep = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0) 
    154199         
    155         # Store q max  
    156         if xmax>ymax: 
    157             self.qmax = xmax 
     200        # Store all data ###################################### 
     201        # Store wavelength 
     202        if has_converter==True and output.source.wavelength_unit != 'A': 
     203            conv = Converter('A') 
     204            wavelength = conv(wavelength, units=output.source.wavelength_unit) 
     205        output.source.wavelength = wavelength 
     206 
     207        # Store distance 
     208        if has_converter==True and detector.distance_unit != 'm': 
     209            conv = Converter('m') 
     210            distance = conv(distance, units=detector.distance_unit) 
     211        detector.distance = distance 
     212   
     213        # Store transmission 
     214        output.sample.transmission = transmission 
     215         
     216        # Store pixel size 
     217        pixel = 5.0 
     218        if has_converter==True and detector.pixel_size_unit != 'mm': 
     219            conv = Converter('mm') 
     220            pixel = conv(pixel, units=detector.pixel_size_unit) 
     221        detector.pixel_size.x = pixel 
     222        detector.pixel_size.y = pixel 
     223   
     224        # Store beam center in distance units 
     225        detector.beam_center.x = center_x*pixel 
     226        detector.beam_center.y = center_y*pixel 
     227   
     228         
     229        # Store limits of the image (2D array) 
     230        xmin    =xmin-xstep/2.0 
     231        xmax    =xmax+xstep/2.0 
     232        ymin    =ymin-ystep/2.0 
     233        ymax    =ymax+ystep/2.0 
     234        if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
     235            xmin = data_conv_q(xmin, units=output.Q_unit) 
     236            xmax = data_conv_q(xmax, units=output.Q_unit) 
     237            ymin = data_conv_q(ymin, units=output.Q_unit) 
     238            ymax = data_conv_q(ymax, units=output.Q_unit) 
     239        output.xmin = xmin 
     240        output.xmax = xmax 
     241        output.ymin = ymin 
     242        output.ymax = ymax 
     243         
     244        # Store x and y axis bin centers 
     245        output.x_bins     = x 
     246        output.y_bins     = y 
     247         
     248        # Units 
     249        if data_conv_q is not None: 
     250            output.xaxis("\\rm{Q}", output.Q_unit) 
     251            output.yaxis("\\rm{Q}", output.Q_unit) 
    158252        else: 
    159             self.qmax = ymax 
    160          
    161         #config.printEVT("Read %g points from file %s" % (ncounts, self.file)) 
    162    
    163         self.wavelength = wavelength 
    164         self.distance   = distance*1000.0 
    165         self.center_x = center_x 
    166         self.center_y = center_y 
    167          
    168         from readInfo import ReaderInfo    
    169         output = ReaderInfo() 
    170         output.Z=Z 
    171         output.xmin    =xmin-xstep/2.0 
    172         output.xmax    = xmax+xstep/2.0 
    173         output.ymin    =ymin-ystep/2.0 
    174         output.ymax    =ymax+ystep/2.0 
    175         output.x          = x 
    176         output.y          = y 
    177         output.wavelength = wavelength 
    178         output.distance   = distance*1000.0 
    179         output.center_x = center_x 
    180         output.center_y = center_y 
    181         output.type    ="2D" 
    182          
    183         logging.info("IgorReader reading %s"%self.file) 
     253            output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
     254            output.yaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
     255             
     256        if data_conv_i is not None: 
     257            output.zaxis("\\{I(Q)}", output.I_unit) 
     258        else: 
     259            output.zaxis("\\rm{I(Q)}","cm^{-1}") 
     260     
     261         
    184262        return output 
    185       
     263     
     264if __name__ == "__main__":  
     265    reader = Reader() 
     266    print reader.read("../test/MAR07232_rest.ASC")  
     267     

  • DataLoader/readers/abs_reader.py

    r99d1af6 rb99ac227  
    5353                detector = Detector() 
    5454                output.detector.append(detector) 
    55                 self.filename = output.filename = basename 
     55                output.filename = basename 
    5656                 
    5757                is_info = False 
    … …  
    111111                        try: 
    112112                            value = float(line_toks[5]) 
    113                             if has_converter==True and output.sample.thickness_unit != 'mm': 
    114                                 conv = Converter('mm') 
     113                            if has_converter==True and output.sample.thickness_unit != 'cm': 
     114                                conv = Converter('cm') 
    115115                                output.sample.thickness = conv(value, units=output.sample.thickness_unit) 
    116116                            else: 

  • DataLoader/readers/danse_reader.py

    r99d1af6 rb99ac227  
    11""" 
    22    DANSE/SANS file reader 
     3""" 
     4 
     5""" 
     6This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
     7Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
     8project funded by the US National Science Foundation.  
     9 
     10If you use DANSE applications to do scientific research that leads to  
     11publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the  
     12following sentence: 
     13 
     14"This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."  
     15 
     16copyright 2008, University of Tennessee 
    317""" 
    418 
    … …  
    2438    type = ["DANSE files (*.sans)|*.sans"] 
    2539    ## Extension 
    26     ext  = ['.sans']     
     40    ext  = ['.sans', '.SANS']     
    2741         
    2842    def read(self, filename=None): 
    … …  
    140154            xmax = None 
    141155             
    142             #x = numpy.zeros(size_x) 
    143             #y = numpy.zeros(size_y) 
    144             #X, Y = pylab.meshgrid(x, y) 
    145             #Z = copy.deepcopy(X) 
    146             #E = copy.deepcopy(X) 
    147             itot = 0 
    148             i_x = 0 
    149             i_y = 0 
    150              
    151156            # Qx and Qy vectors 
    152157            for i_x in range(size_x): 
    … …  
    179184             
    180185            # Store the data in the 2D array 
     186            itot = 0 
     187            i_x  = 0 
     188            i_y  = -1 
     189             
    181190            for i_pt in range(len(data)): 
    182191                try: 
    … …  
    188197                 
    189198                # Get bin number 
    190                 if math.fmod(itot, size_x)==0: 
     199                if math.fmod(i_pt, size_x)==0: 
    191200                    i_x = 0 
    192201                    i_y += 1 
    … …  
    194203                    i_x += 1 
    195204                     
    196                 output.data[size_y-1-i_y][i_x] = value 
     205                output.data[i_y][i_x] = value        
     206                #output.data[size_y-1-i_y][i_x] = value 
    197207                if fversion>1.0: 
    198                     output.err_data[size_y-1-i_y][i_x] = error[i_pt] 
    199                  
    200                 itot += 1 
     208                    output.err_data[i_y][i_x] = error[i_pt] 
     209                    #output.err_data[size_y-1-i_y][i_x] = error[i_pt] 
     210                 
    201211                 
    202212            # Store all data ###################################### 

  • DataLoader/test/testLoad.py

    r8bd8ea4 rb99ac227  
    107107        output=self.L.load('MP_New.sans') 
    108108         
    109         self.assertEqual(output.wavelength,7.5) 
     109        self.assertEqual(output.source.wavelength,7.5) 
    110110         
    111111        #tested corrupted file.sans 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.