Changeset ad92c5a in sasview for src/sas


Ignore:
Timestamp:
Apr 18, 2017 2:56:03 PM (8 years ago)
Author:
krzywon
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
080d88e
Parents:
da8bb53
git-author:
Jeff Krzywon <krzywon@…> (04/18/17 14:56:03)
git-committer:
krzywon <krzywon@…> (04/18/17 14:56:03)
Message:

ABS reader converted to new system.

Location:
src/sas/sascalc/dataloader
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    rda8bb53 rad92c5a  
    5252                # Try to load the file, but raise an error if unable to. 
    5353                try: 
    54                     self.load_unit_converter() 
    5554                    self.f_open = open(filepath, 'rb') 
    5655                    self.get_file_contents() 
    … …  
    9493        self.output.append(data_obj) 
    9594 
    96     def load_unit_converter(self): 
    97         """ 
    98         Generic unit conversion import  
    99         """ 
    100         # Check whether we have a converter available 
    101         self.has_converter = True 
    102         try: 
    103             from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    104         except: 
    105             self.has_converter = False 
    106  
    10795    def sort_one_d_data(self): 
    10896        """ 
    … …  
    138126        self.output = [] 
    139127 
     128    def remove_empty_q_values(self, has_error_dx=False, has_error_dy=False): 
     129        """ 
     130        Remove any point where Q == 0 
     131        """ 
     132        x = self.current_dataset.x 
     133        self.current_dataset.x = self.current_dataset.x[x != 0] 
     134        self.current_dataset.y = self.current_dataset.y[x != 0] 
     135        self.current_dataset.dy = self.current_dataset.dy[x != 0] if \ 
     136            has_error_dy else np.zeros(len(self.current_dataset.y)) 
     137        self.current_dataset.dx = self.current_dataset.dx[x != 0] if \ 
     138            has_error_dx else np.zeros(len(self.current_dataset.x)) 
     139 
     140    def reset_data_list(self, no_lines=0): 
     141        """ 
     142        Reset the plottable_1D object 
     143        """ 
     144        # Initialize data sets with arrays the maximum possible size 
     145        x = np.zeros(no_lines) 
     146        y = np.zeros(no_lines) 
     147        dy = np.zeros(no_lines) 
     148        dx = np.zeros(no_lines) 
     149        self.current_dataset = plottable_1D(x, y, dx, dy) 
     150 
    140151    @staticmethod 
    141152    def splitline(line): 
    … …  
    158169    def get_file_contents(self): 
    159170        """ 
     171        Reader specific class to access the contents of the file 
    160172        All reader classes that inherit from FileReader must implement 
    161173        """ 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    r959eb01 rad92c5a  
    11""" 
     2    IGOR 1D data reader 
    23""" 
    34##################################################################### 
    4 #This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    5 #Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    6 #project funded by the US National Science Foundation. 
    7 #See the license text in license.txt 
    8 #copyright 2008, University of Tennessee 
     5# This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
     6# Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
     7# project funded by the US National Science Foundation. 
     8# See the license text in license.txt 
     9# copyright 2008, University of Tennessee 
    910###################################################################### 
    1011 
     12import logging 
    1113import numpy as np 
    12 import os 
    13 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    14 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Detector 
    15  
    16 has_converter = True 
    17 try: 
    18     from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    19 except: 
    20     has_converter = False 
    21      
    22      
    23 class Reader: 
     14from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
     15from sas.sascalc.dataloader.data_info import DataInfo, plottable_1D, Data1D,\ 
     16    Detector 
     17from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException,\ 
     18    DefaultReaderException 
     19 
     20logger = logging.getLogger(__name__) 
     21 
     22 
     23class Reader(FileReader): 
    2424    """ 
    2525    Class to load IGOR reduced .ABS files 
    2626    """ 
    27     ## File type 
     27    # File type 
    2828    type_name = "IGOR 1D" 
    29     ## Wildcards 
     29    # Wildcards 
    3030    type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs"] 
    31     ## List of allowed extensions 
    32     ext = ['.abs', '.ABS'] 
     31    # List of allowed extensions 
     32    ext = ['.abs'] 
    3333     
    34     def read(self, path): 
     34    def get_file_contents(self): 
    3535        """  
    36         Load data file. 
    37          
    38         :param path: file path 
    39          
    40         :return: Data1D object, or None 
     36        Get the contents of the file 
    4137         
    4238        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    4339        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    4440        """ 
    45         if os.path.isfile(path): 
    46             basename = os.path.basename(path) 
    47             root, extension = os.path.splitext(basename) 
    48             if extension.lower() in self.ext: 
    49                 try: 
    50                     input_f = open(path,'r') 
     41        buff = self.f_open.read() 
     42        filepath = self.f_open.name 
     43        lines = buff.splitlines() 
     44        self.has_converter = True 
     45        try: 
     46            from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
     47        except: 
     48            self.has_converter = False 
     49        self.output = [] 
     50        self.current_datainfo = DataInfo() 
     51        self.current_datainfo.filename = filepath 
     52        self.reset_data_list(len(lines)) 
     53        detector = Detector() 
     54        data_line = 0 
     55        self.reset_data_list(len(lines)) 
     56        self.current_datainfo.detector.append(detector) 
     57        self.current_datainfo.filename = filepath 
     58 
     59        is_info = False 
     60        is_center = False 
     61        is_data_started = False 
     62 
     63        base_q_unit = '1/A' 
     64        base_i_unit = '1/cm' 
     65        data_conv_q = Converter(base_q_unit) 
     66        data_conv_i = Converter(base_i_unit) 
     67 
     68        for line in lines: 
     69            # Information line 1 
     70            if is_info: 
     71                is_info = False 
     72                line_toks = line.split() 
     73 
     74                # Wavelength in Angstrom 
     75                try: 
     76                    value = float(line_toks[1]) 
     77                    if self.has_converter and \ 
     78                            self.current_datainfo.source.wavelength_unit != 'A': 
     79                        conv = Converter('A') 
     80                        self.current_datainfo.source.wavelength = conv(value, 
     81                            units=self.current_datainfo.source.wavelength_unit) 
     82                    else: 
     83                        self.current_datainfo.source.wavelength = value 
     84                except KeyError: 
     85                    msg = "ABSReader cannot read wavelength from %s" % filepath 
     86                    self.current_datainfo.errors.append(msg) 
     87 
     88                # Detector distance in meters 
     89                try: 
     90                    value = float(line_toks[3]) 
     91                    if self.has_converter and detector.distance_unit != 'm': 
     92                        conv = Converter('m') 
     93                        detector.distance = conv(value, 
     94                                        units=detector.distance_unit) 
     95                    else: 
     96                        detector.distance = value 
    5197                except: 
    52                     raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path 
    53                 buff = input_f.read() 
    54                 lines = buff.split('\n') 
    55                 x  = np.zeros(0) 
    56                 y  = np.zeros(0) 
    57                 dy = np.zeros(0) 
    58                 dx = np.zeros(0) 
    59                 output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx) 
    60                 detector = Detector() 
    61                 output.detector.append(detector) 
    62                 output.filename = basename 
    63                  
    64                 is_info = False 
     98                    msg = "ABSReader cannot read SDD from %s" % filepath 
     99                    self.current_datainfo.errors.append(msg) 
     100 
     101                # Transmission 
     102                try: 
     103                    self.current_datainfo.sample.transmission = \ 
     104                        float(line_toks[4]) 
     105                except ValueError: 
     106                    # Transmission isn't always in the header 
     107                    pass 
     108 
     109                # Sample thickness in mm 
     110                try: 
     111                    value = float(line_toks[5]) 
     112                    if self.has_converter and \ 
     113                            self.current_datainfo.sample.thickness_unit != 'cm': 
     114                        conv = Converter('cm') 
     115                        self.current_datainfo.sample.thickness = conv(value, 
     116                            units=self.current_datainfo.sample.thickness_unit) 
     117                    else: 
     118                        self.current_datainfo.sample.thickness = value 
     119                except ValueError: 
     120                    # Thickness is not a mandatory entry 
     121                    pass 
     122 
     123            # MON CNT  LAMBDA  DET ANG  DET DIST  TRANS  THICK  AVE   STEP 
     124            if line.count("LAMBDA") > 0: 
     125                is_info = True 
     126 
     127            # Find center info line 
     128            if is_center: 
    65129                is_center = False 
    66                 is_data_started = False 
    67                  
    68                 data_conv_q = None 
    69                 data_conv_i = None 
    70                  
    71                 if has_converter == True and output.x_unit != '1/A': 
    72                     data_conv_q = Converter('1/A') 
    73                     # Test it 
    74                     data_conv_q(1.0, output.x_unit) 
    75                      
    76                 if has_converter == True and output.y_unit != '1/cm': 
    77                     data_conv_i = Converter('1/cm') 
    78                     # Test it 
    79                     data_conv_i(1.0, output.y_unit) 
    80                  
    81                 for line in lines: 
    82                      
    83                     # Information line 1 
    84                     if is_info == True: 
    85                         is_info = False 
    86                         line_toks = line.split() 
    87                          
    88                         # Wavelength in Angstrom 
    89                         try: 
    90                             value = float(line_toks[1]) 
    91                             if has_converter == True and \ 
    92                                 output.source.wavelength_unit != 'A': 
    93                                 conv = Converter('A') 
    94                                 output.source.wavelength = conv(value, 
    95                                         units=output.source.wavelength_unit) 
    96                             else: 
    97                                 output.source.wavelength = value 
    98                         except: 
    99                             #goes to ASC reader 
    100                             msg = "abs_reader: cannot open %s" % path 
    101                             raise  RuntimeError, msg 
    102                          
    103                         # Distance in meters 
    104                         try: 
    105                             value = float(line_toks[3]) 
    106                             if has_converter == True and \ 
    107                                 detector.distance_unit != 'm': 
    108                                 conv = Converter('m') 
    109                                 detector.distance = conv(value, 
    110                                                 units=detector.distance_unit) 
    111                             else: 
    112                                 detector.distance = value 
    113                         except: 
    114                             #goes to ASC reader 
    115                             msg = "abs_reader: cannot open %s" % path 
    116                             raise  RuntimeError, msg 
    117                         # Transmission 
    118                         try: 
    119                             output.sample.transmission = float(line_toks[4]) 
    120                         except: 
    121                             # Transmission is not a mandatory entry 
    122                             pass 
    123                      
    124                         # Thickness in mm 
    125                         try: 
    126                             value = float(line_toks[5]) 
    127                             if has_converter == True and \ 
    128                                 output.sample.thickness_unit != 'cm': 
    129                                 conv = Converter('cm') 
    130                                 output.sample.thickness = conv(value, 
    131                                             units=output.sample.thickness_unit) 
    132                             else: 
    133                                 output.sample.thickness = value 
    134                         except: 
    135                             # Thickness is not a mandatory entry 
    136                             pass 
    137                      
    138                     #MON CNT   LAMBDA   DET ANG   DET DIST   TRANS   THICK  
    139                     #  AVE   STEP 
    140                     if line.count("LAMBDA") > 0: 
    141                         is_info = True 
    142                          
    143                     # Find center info line 
    144                     if is_center == True: 
    145                         is_center = False 
    146                         line_toks = line.split() 
    147                         # Center in bin number 
    148                         center_x = float(line_toks[0]) 
    149                         center_y = float(line_toks[1]) 
    150                          
    151                         # Bin size 
    152                         if has_converter == True and \ 
    153                             detector.pixel_size_unit != 'mm': 
    154                             conv = Converter('mm') 
    155                             detector.pixel_size.x = conv(5.0, 
    156                                                 units=detector.pixel_size_unit) 
    157                             detector.pixel_size.y = conv(5.0, 
    158                                                 units=detector.pixel_size_unit) 
    159                         else: 
    160                             detector.pixel_size.x = 5.0 
    161                             detector.pixel_size.y = 5.0 
    162                          
    163                         # Store beam center in distance units 
    164                         # Det 640 x 640 mm 
    165                         if has_converter == True and \ 
    166                             detector.beam_center_unit != 'mm': 
    167                             conv = Converter('mm') 
    168                             detector.beam_center.x = conv(center_x * 5.0, 
    169                                              units=detector.beam_center_unit) 
    170                             detector.beam_center.y = conv(center_y * 5.0, 
    171                                             units=detector.beam_center_unit) 
    172                         else: 
    173                             detector.beam_center.x = center_x * 5.0 
    174                             detector.beam_center.y = center_y * 5.0 
    175                          
    176                         # Detector type 
    177                         try: 
    178                             detector.name = line_toks[7] 
    179                         except: 
    180                             # Detector name is not a mandatory entry 
    181                             pass 
    182                      
    183                     #BCENT(X,Y)   A1(mm)   A2(mm)   A1A2DIST(m)   DL/L 
    184                     #  BSTOP(mm)   DET_TYP 
    185                     if line.count("BCENT") > 0: 
    186                         is_center = True 
    187                          
    188                     # Parse the data 
    189                     if is_data_started == True: 
    190                         toks = line.split() 
    191  
    192                         try: 
    193                             _x  = float(toks[0]) 
    194                             _y  = float(toks[1]) 
    195                             _dy = float(toks[2]) 
    196                             _dx = float(toks[3]) 
    197                              
    198                             if data_conv_q is not None: 
    199                                 _x = data_conv_q(_x, units=output.x_unit) 
    200                                 _dx = data_conv_i(_dx, units=output.x_unit) 
    201                                  
    202                             if data_conv_i is not None: 
    203                                 _y = data_conv_i(_y, units=output.y_unit) 
    204                                 _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit) 
    205                             
    206                             x = np.append(x, _x) 
    207                             y = np.append(y, _y) 
    208                             dy = np.append(dy, _dy) 
    209                             dx = np.append(dx, _dx) 
    210                              
    211                         except: 
    212                             # Could not read this data line. If we are here 
    213                             # it is because we are in the data section. Just 
    214                             # skip it. 
    215                             pass 
    216                              
    217                     #The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev. 
    218                     # I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor| 
    219                     if line.count("The 6 columns") > 0: 
    220                         is_data_started = True 
    221              
    222                 # Sanity check 
    223                 if not len(y) == len(dy): 
    224                     msg = "abs_reader: y and dy have different length" 
    225                     raise ValueError, msg 
    226                 # If the data length is zero, consider this as 
    227                 # though we were not able to read the file. 
    228                 if len(x) == 0: 
    229                     raise ValueError, "ascii_reader: could not load file" 
    230                  
    231                 output.x = x[x != 0] 
    232                 output.y = y[x != 0] 
    233                 output.dy = dy[x != 0] 
    234                 output.dx = dx[x != 0] 
    235                 if data_conv_q is not None: 
    236                     output.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit) 
     130                line_toks = line.split() 
     131                # Center in bin number 
     132                center_x = float(line_toks[0]) 
     133                center_y = float(line_toks[1]) 
     134 
     135                # Bin size 
     136                if self.has_converter and detector.pixel_size_unit != 'mm': 
     137                    conv = Converter('mm') 
     138                    detector.pixel_size.x = conv(5.08, 
     139                                        units=detector.pixel_size_unit) 
     140                    detector.pixel_size.y = conv(5.08, 
     141                                        units=detector.pixel_size_unit) 
    237142                else: 
    238                     output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    239                 if data_conv_i is not None: 
    240                     output.yaxis("\\rm{Intensity}", output.y_unit) 
     143                    detector.pixel_size.x = 5.08 
     144                    detector.pixel_size.y = 5.08 
     145 
     146                # Store beam center in distance units 
     147                # Det 640 x 640 mm 
     148                if self.has_converter and detector.beam_center_unit != 'mm': 
     149                    conv = Converter('mm') 
     150                    detector.beam_center.x = conv(center_x * 5.08, 
     151                                     units=detector.beam_center_unit) 
     152                    detector.beam_center.y = conv(center_y * 5.08, 
     153                                    units=detector.beam_center_unit) 
    241154                else: 
    242                     output.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    243                      
    244                 # Store loading process information 
    245                 output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    246                 return output 
     155                    detector.beam_center.x = center_x * 5.08 
     156                    detector.beam_center.y = center_y * 5.08 
     157 
     158                # Detector type 
     159                try: 
     160                    detector.name = line_toks[7] 
     161                except: 
     162                    # Detector name is not a mandatory entry 
     163                    pass 
     164 
     165            # BCENT(X,Y)  A1(mm)  A2(mm)  A1A2DIST(m)  DL/L  BSTOP(mm)  DET_TYP 
     166            if line.count("BCENT") > 0: 
     167                is_center = True 
     168 
     169            # Parse the data 
     170            if is_data_started: 
     171                toks = line.split() 
     172 
     173                try: 
     174                    _x = float(toks[0]) 
     175                    _y = float(toks[1]) 
     176                    _dy = float(toks[2]) 
     177                    _dx = float(toks[3]) 
     178 
     179                    if data_conv_q is not None: 
     180                        _x = data_conv_q(_x, units=base_q_unit) 
     181                        _dx = data_conv_q(_dx, units=base_q_unit) 
     182 
     183                    if data_conv_i is not None: 
     184                        _y = data_conv_i(_y, units=base_i_unit) 
     185                        _dy = data_conv_i(_dy, units=base_i_unit) 
     186 
     187                    self.current_dataset.x[data_line] = _x 
     188                    self.current_dataset.y[data_line] = _y 
     189                    self.current_dataset.dy[data_line] = _dy 
     190                    self.current_dataset.dx[data_line] = _dx 
     191                    data_line += 1 
     192 
     193                except ValueError: 
     194                    # Could not read this data line. If we are here 
     195                    # it is because we are in the data section. Just 
     196                    # skip it. 
     197                    pass 
     198 
     199            # The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev. 
     200            # I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor| 
     201            if line.count("The 6 columns") > 0: 
     202                is_data_started = True 
     203 
     204        self.remove_empty_q_values(True, True) 
     205 
     206        # Sanity check 
     207        if not len(self.current_dataset.y) == len(self.current_dataset.dy): 
     208            self.set_all_to_none() 
     209            msg = "abs_reader: y and dy have different length" 
     210            raise ValueError(msg) 
     211        # If the data length is zero, consider this as 
     212        # though we were not able to read the file. 
     213        if len(self.current_dataset.x) == 0: 
     214            self.set_all_to_none() 
     215            raise ValueError("ascii_reader: could not load file") 
     216 
     217        if data_conv_q is not None: 
     218            self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", base_q_unit) 
    247219        else: 
    248             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
    249         return None 
     220            self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
     221        if data_conv_i is not None: 
     222            self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", base_i_unit) 
     223        else: 
     224            self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
     225 
     226        # Store loading process information 
     227        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
     228        self.send_to_output() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    rda8bb53 rad92c5a  
    150150            raise FileContentsException(msg) 
    151151 
    152         # Remove any point where Q == 0 
    153         x = self.current_dataset.x 
    154         self.current_dataset.x = self.current_dataset.x[x != 0] 
    155         self.current_dataset.y = self.current_dataset.y[x != 0] 
    156         self.current_dataset.dy = self.current_dataset.dy[x != 0] if \ 
    157             has_error_dy else np.zeros(len(self.current_dataset.y)) 
    158         self.current_dataset.dx = self.current_dataset.dx[x != 0] if \ 
    159             has_error_dx else np.zeros(len(self.current_dataset.x)) 
    160  
     152        self.remove_empty_q_values(has_error_dx, has_error_dy) 
    161153        self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    162154        self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    … …  
    165157        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
    166158        self.send_to_output() 
    167  
    168     def reset_data_list(self, no_lines): 
    169         """ 
    170         Reset the plottable_1D object 
    171         """ 
    172         # Initialize data sets with arrays the maximum possible size 
    173         x = np.zeros(no_lines) 
    174         y = np.zeros(no_lines) 
    175         dy = np.zeros(no_lines) 
    176         dx = np.zeros(no_lines) 
    177         self.current_dataset = plottable_1D(x, y, dx, dy) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.