Changeset acf8e4a5 in sasview for test/sasfit


Ignore:
Timestamp:
Mar 31, 2015 11:52:01 AM (10 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
4342107f, c971c98
Parents:
6987c8a
Message:

reference BumpsFit? directly and remove fit engine selection layer

Location:
test/sasfit/test
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • test/sasfit/test/batch_fit.py

    refa5e44 racf8e4a5  
    33import unittest 
    44from sas.dataloader.loader import Loader 
    5 from sas.fit.Fitting import Fit 
     5from sas.fit.Fitting import BumpsFit as Fit 
    66from sas.models.CylinderModel import CylinderModel 
    77import sas.models.dispersion_models  
    … …  
    4242        self.qmax = qmax 
    4343         
    44     def _reset_helper(self, path=None, engine="bumps", npts=NPTS): 
     44    def _reset_helper(self, path=None, npts=NPTS): 
    4545        """ 
    46         Set value to fitter engine and prepare inputs for map function 
     46        Set value to fitter and prepare inputs for map function 
    4747        """ 
    4848        for i in range(npts): 
    4949            data = Loader().load(path) 
    50             fitter = Fit(engine) 
     50            fitter = Fit() 
    5151            #create model 
    5252            model = CylinderModel() 
    … …  
    7777            self.list_of_mapper.append(classMapper) 
    7878                    
    79     def reset_value(self, engine='bumps'): 
     79    def reset_value(self): 
    8080        """ 
    8181        Initialize inputs for the map function 
    … …  
    8888 
    8989        path = "testdata_line3.txt" 
    90         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     90        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    9191        path = "testdata_line.txt" 
    92         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     92        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    9393        path = "SILIC010_noheader.DAT" 
    94         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     94        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    9595        path = "cyl_400_20.txt" 
    96         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     96        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    9797        path = "sphere_80.txt" 
    98         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     98        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    9999        path = "PolySpheres.txt" 
    100         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     100        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    101101        path = "latex_qdev.txt" 
    102         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     102        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    103103        path = "latex_qdev2.txt" 
    104         self._reset_helper(path=path, engine=engine, npts=NPTS) 
     104        self._reset_helper(path=path, npts=NPTS) 
    105105         
    106106       

  • test/sasfit/test/utest_fit_cylinder.py

    rc3caa49 racf8e4a5  
    77 
    88from sas.fit.AbstractFitEngine import Model 
    9 from sas.fit.Fitting import Fit 
     9from sas.fit.BumpsFitting import BumpsFit as Fit 
    1010from sas.dataloader.loader import Loader 
    1111 
    … …  
    1515        """ initialize data""" 
    1616        self.data = Loader().load("cyl_400_20.txt") 
    17         # Create model that fitting engine understands 
     17        # Create model that fitter understands 
    1818        from sas.models.CylinderModel import CylinderModel 
    1919        self.model  = CylinderModel() 
    … …  
    2727        self.pars1 =['length','radius','scale'] 
    2828         
    29     def _fit(self, name="bumps"): 
    30         """ return fit result """ 
    31         fitter = Fit(name) 
     29    def test_fit(self): 
     30        """Simple cylinder model fit""" 
     31        fitter = Fit() 
    3232        fitter.set_data(self.data,1) 
    3333        fitter.set_model(self.model,1,self.pars1) 
    … …  
    4343        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[2]-1.0)/3.0   < result1.stderr[2] ) 
    4444        self.assertTrue( result1.fitness < 1.0 ) 
    45  
    46  
    47     def test_bumps(self): 
    48         """ Simple cylinder model fit """ 
    49         self._fit("bumps") 
    5045 
    5146 
    … …  
    8277    def test_constrained_bumps(self): 
    8378        """ Simultaneous cylinder model fit  """ 
    84         self._run_fit(Fit('bumps')) 
     79        self._run_fit(Fit()) 
    8580 
    8681    #@unittest.skip("") 
    … …  
    9287 
    9388        for n, v, dv in zip(result1.param_list, result1.pvec, result1.stderr): 
    94             #print "%s M1.%s = %s +/- %s"%(fitter._engine.__class__.__name__,n,v,dv) 
    9589            if n == "length": 
    9690                self.assertTrue( math.fabs(v-400.0)/3.0 < dv ) 
    … …  
    10094                self.assertTrue( math.fabs(v-1.0)/3.0 < dv ) 
    10195        for n, v, dv in zip(result2.param_list, result2.pvec, result2.stderr): 
    102             #print "%s M2.%s = %s +/- %s"%(fitter._engine.__class__.__name__,n,v,dv) 
    10396            if n=='radius': 
    10497                self.assertTrue( math.fabs(v-40.0)/3.0 < dv ) 

  • test/sasfit/test/utest_fit_line.py

    refa5e44 racf8e4a5  
    88from sas.fit.AbstractFitEngine import Model, FitHandler 
    99from sas.dataloader.loader import Loader 
    10 from sas.fit.Fitting import Fit 
     10from sas.fit.BumpsFitting import BumpsFit as Fit 
    1111from sas.models.LineModel import LineModel 
    1212from sas.models.Constant import Constant 
    … …  
    1616 
    1717    def test_bad_pars(self): 
    18         fitter = Fit('bumps') 
     18        fitter = Fit() 
    1919 
    2020        data = Loader().load("testdata_line.txt") 
    … …  
    3434            raise AssertionError("No error raised for fitting with wrong parameters name to fit") 
    3535 
    36     def fit_single(self, fitter_name, isdream=False): 
    37         fitter = Fit(fitter_name) 
     36    def fit_single(self, isdream=False): 
     37        fitter = Fit() 
    3838 
    3939        data = Loader().load("testdata_line.txt") 
    … …  
    7474        #print "fitting",alg,opts 
    7575        #kprint "options",fitters.FIT_OPTIONS[alg].__dict__ 
    76         self.fit_single('bumps', isdream=(alg=='dream')) 
     76        self.fit_single(isdream=(alg=='dream')) 
    7777 
    7878    def test_bumps_de(self): 
    … …  
    102102      
    103103        #Importing the Fit module 
    104         fitter = Fit('bumps') 
     104        fitter = Fit() 
    105105        # Receives the type of model for the fitting 
    106106        model11  = LineModel() 
    … …  
    161161         
    162162        #Importing the Fit module 
    163         fitter = Fit('bumps') 
     163        fitter = Fit() 
    164164        fitter.set_data(data1,1) 
    165165        fitter.set_model(model1,1,pars1) 
    … …  
    194194        #Importing the Fit module 
    195195 
    196         fitter = Fit('bumps') 
     196        fitter = Fit() 
    197197        fitter.set_data(data1,1,qmin=0, qmax=7) 
    198198        fitter.set_model(model,1,pars1) 

  • test/sasfit/test/utest_fit_smeared.py

    ra3f125f0 racf8e4a5  
    88import numpy 
    99from sas.fit.AbstractFitEngine import Model 
    10 from sas.fit.Fitting import Fit 
     10from sas.fit.BumpsFitting import BumpsFit as Fit 
    1111from sas.dataloader.loader import Loader 
    1212from sas.models.qsmearing import smear_selection 
    … …  
    2424        #out.dy = out.y 
    2525         
    26         fitter = Fit('bumps') 
     26        fitter = Fit() 
    2727        fitter.set_data(out,1) 
    2828         
    … …  
    6262        #fitters.FIT_OPTIONS[alg].options.update(opts) 
    6363        fitters.FIT_OPTIONS[alg].options.update(monitors=[]) 
    64         self._dispersion(fitter = Fit('bumps')) 
     64        self._dispersion(fitter = Fit()) 
    6565 
    6666    def _dispersion(self, fitter): 
    … …  
    9494        #import time; T0 = time.time() 
    9595        result1, = fitter.fit() 
    96         #print "time",time.time()-T0,fitter._engine.__class__.__name__ 
    97          
     96 
    9897        self.assert_(result1) 
    9998        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0) 
    … …  
    137136 
    138137        # Fit 
    139         fitter = Fit('bumps') 
     138        fitter = Fit() 
    140139         
    141140        # Data: right now this is the only way to set the smearer object 
    … …  
    143142        # data for a given fit. 
    144143        fitter.set_data(self.data_res,1) 
    145         fitter._engine.fit_arrange_dict[1].data_list[0].smearer = smear 
     144        fitter.fit_arrange_dict[1].data_list[0].smearer = smear 
    146145 
    147146        # Model: maybe there's a better way to do this. 
    … …  
    169168        #self.assertEqual(smear.__class__.__name__, 'PySmearer') 
    170169 
    171         fitter = Fit('bumps') 
     170        fitter = Fit() 
    172171         
    173172        # Data: right now this is the only way to set the smearer object 
    … …  
    175174        # data for a given fit. 
    176175        fitter.set_data(self.data_slit,1) 
    177         fitter._engine.fit_arrange_dict[1].data_list[0].smearer = smear 
    178         fitter._engine.fit_arrange_dict[1].data_list[0].qmax = 0.003 
     176        fitter.fit_arrange_dict[1].data_list[0].smearer = smear 
     177        fitter.fit_arrange_dict[1].data_list[0].qmax = 0.003 
    179178         
    180179        # Model 

  • test/sasfit/test/utest_multiplicative_model.py

    r769a422 racf8e4a5  
    88from sas.dataloader.data_info import Data1D  
    99from sas.fit.AbstractFitEngine import Model,FitData1D 
    10 from sas.fit.Fitting import Fit 
     10from sas.fit.BumpsFitting import BumpsFit as Fit 
    1111from sas.dataloader.loader import Loader 
    1212from sas.models.MultiplicationModel import MultiplicationModel 
    … …  
    3838     
    3939        pars1 =['length','radius','scale_factor'] 
    40         fitter = Fit('bumps') 
     40        fitter = Fit() 
    4141        fitter.set_data(data,1) 
    4242        fitter.set_model(model,1,pars1) 

  • test/sasfit/test/utest_small_test.py

    refa5e44 racf8e4a5  
    44import unittest 
    55import math 
    6 from sas.fit.Fitting import Fit 
     6from sas.fit.BumpsFitting import BumpsFit as Fit 
    77from sas.dataloader.loader import Loader 
    88import bumps.fitters 
    … …  
    1616        out= Loader().load("cyl_400_20.txt") 
    1717        
    18         fitter = Fit('bumps') 
     18        fitter = Fit() 
    1919        # Receives the type of model for the fitting 
    2020        from sas.models.CylinderModel import CylinderModel 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.