Changeset a8d6888 in sasview for sansmodels/src/sans/models/c_models


Ignore:
Timestamp:
Aug 24, 2009 8:08:37 AM (15 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
df4702f
Parents:
2339ff1e
Message:

change the orientation of vector for 2D models

Location:
sansmodels/src/sans/models/c_models
Files:
32 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CBinaryHSModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    1818 * 
    1919 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY 
    20  *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY binaryHS.h 
     20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY binaryHs.h 
    2121 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT 
    2222 * 
    … …  
    3333#include <math.h> 
    3434#include <time.h> 
    35 #include "binaryHS.h" 
     35#include "binaryHs.h" 
    3636} 
    3737 
    … …  
    191191    
    192192        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    193             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    194         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     193                 
     194            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     195        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    195196             
    196197            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    205206        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    206207            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    207                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    208                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     208                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     209                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    209210                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    210                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     211                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    211212                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    212213            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CBinaryHSPSF11Model.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    170170    return PyArray_Return(result);  
    171171 } 
    172 /** 
    173  * Function to call to evaluate model 
    174  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    175  * @return: numpy array object  
    176  */ 
    177 static PyObject * evaluateTwoDim( BinaryHSPSF11Model* model,  
    178                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    179  { 
    180     PyArrayObject *result; 
    181     //check validity of input vectors 
    182     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    183         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    184         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    185       
    186         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    187         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    188         return NULL; 
    189     } 
    190         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    191  
    192         if (result == NULL){ 
    193             const char * message= "Could not create result "; 
    194         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    195             return NULL; 
    196         } 
    197          
    198     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    199       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    200       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    201       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    202       if (q_value == 0) 
    203           *result_value = 0.0; 
    204       else 
    205           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    206     } 
    207     return PyArray_Return(result);  
    208  } 
     172 
    209173 /** 
    210174 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    227191    
    228192        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    229             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    230         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     193                 
     194            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     195        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    231196             
    232197            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    241206        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    242207            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    243                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    244                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     208                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     209                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    245210                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    246                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     211                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    247212                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    248213            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCoreShellCylinderModel.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    181181    return PyArray_Return(result);  
    182182 } 
    183 /** 
    184  * Function to call to evaluate model 
    185  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    186  * @return: numpy array object  
    187  */ 
    188 static PyObject * evaluateTwoDim( CoreShellCylinderModel* model,  
    189                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    190  { 
    191     PyArrayObject *result; 
    192     //check validity of input vectors 
    193     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    194         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    195         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    196       
    197         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    198         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    199         return NULL; 
    200     } 
    201         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    202  
    203         if (result == NULL){ 
    204             const char * message= "Could not create result "; 
    205         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    206             return NULL; 
    207         } 
    208          
    209     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    210       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    211       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    212       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    213       if (q_value == 0) 
    214           *result_value = 0.0; 
    215       else 
    216           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    217     } 
    218     return PyArray_Return(result);  
    219  } 
     183 
    220184 /** 
    221185 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    238202    
    239203        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    240             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    241         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     204                 
     205            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     206        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    242207             
    243208            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    252217        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    253218            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    254                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    255                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     219                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     220                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    256221                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    257                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     222                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    258223                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    259224            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCoreShellEllipsoidModel.cpp

    reddff027 ra8d6888  
    205205    
    206206        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    207             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    208         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     207                 
     208            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     209        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    209210             
    210211            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    219220        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    220221            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    221                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    222                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     222                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     223                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    223224                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    224                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     225                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    225226                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    226227            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCoreShellModel.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    169169    return PyArray_Return(result);  
    170170 } 
    171 /** 
    172  * Function to call to evaluate model 
    173  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    174  * @return: numpy array object  
    175  */ 
    176 static PyObject * evaluateTwoDim( CoreShellModel* model,  
    177                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    178  { 
    179     PyArrayObject *result; 
    180     //check validity of input vectors 
    181     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    182         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    183         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    184       
    185         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    186         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    187         return NULL; 
    188     } 
    189         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    190  
    191         if (result == NULL){ 
    192             const char * message= "Could not create result "; 
    193         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    194             return NULL; 
    195         } 
    196          
    197     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    198       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    199       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    200       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    201       if (q_value == 0) 
    202           *result_value = 0.0; 
    203       else 
    204           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    205     } 
    206     return PyArray_Return(result);  
    207  } 
     171 
    208172 /** 
    209173 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    226190    
    227191        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    228             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    229         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     192                 
     193            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     194        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    230195             
    231196            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    240205        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    241206            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    242                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    243                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     207                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     208                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    244209                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    245                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     210                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    246211                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    247212            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CCylinderModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    196196    
    197197        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    198             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    199         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     198                 
     199            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     200        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    200201             
    201202            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    210211        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    211212            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    212                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    213                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     213                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     214                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    214215                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    215                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     216                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    216217                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    217218            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CDiamCylFunc.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    164164    return PyArray_Return(result);  
    165165 } 
    166 /** 
    167  * Function to call to evaluate model 
    168  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    169  * @return: numpy array object  
    170  */ 
    171 static PyObject * evaluateTwoDim( DiamCylFunc* model,  
    172                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    173  { 
    174     PyArrayObject *result; 
    175     //check validity of input vectors 
    176     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    177         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    178         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    179       
    180         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    181         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    182         return NULL; 
    183     } 
    184         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    185  
    186         if (result == NULL){ 
    187             const char * message= "Could not create result "; 
    188         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    189             return NULL; 
    190         } 
    191          
    192     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    193       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    194       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    195       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    196       if (q_value == 0) 
    197           *result_value = 0.0; 
    198       else 
    199           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    200     } 
    201     return PyArray_Return(result);  
    202  } 
     166 
    203167 /** 
    204168 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    221185    
    222186        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    223             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    224         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     187                 
     188            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     189        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    225190             
    226191            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    235200        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    236201            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    237                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    238                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     202                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     203                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    239204                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    240                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     205                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    241206                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    242207            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CDiamEllipFunc.cpp

    r63c2095 ra8d6888  
    2222 * 
    2323 */ 
     24#define NO_IMPORT_ARRAY 
     25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans 
    2426  
    2527extern "C" { 
    2628#include <Python.h> 
     29#include <arrayobject.h> 
    2730#include "structmember.h" 
    2831#include <stdio.h> 
    … …  
    131134    } 
    132135} 
    133  
     136/** 
     137 * Function to call to evaluate model 
     138 * @param args: input numpy array q[]  
     139 * @return: numpy array object  
     140 */ 
     141  
     142static PyObject *evaluateOneDim(DiamEllipFunc* model, PyArrayObject *q){ 
     143    PyArrayObject *result; 
     144    
     145    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double 
     146    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE) 
     147    { 
     148        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
     149        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message); 
     150        return NULL; 
     151    } 
     152    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions),  
     153                                                                                  PyArray_DOUBLE); 
     154        if (result == NULL) { 
     155        const char * message= "Could not create result "; 
     156        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
     157                return NULL; 
     158        } 
     159         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){ 
     160      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
     161      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
     162      *result_value =(*model)(q_value); 
     163        } 
     164    return PyArray_Return(result);  
     165 } 
     166 
     167 /** 
     168 * Function to call to evaluate model 
     169 * @param args: input numpy array  [x[],y[]] 
     170 * @return: numpy array object  
     171 */ 
     172 static PyObject * evaluateTwoDimXY( DiamEllipFunc* model,  
     173                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y) 
     174 { 
     175    PyArrayObject *result; 
     176    int i,j, x_len, y_len, dims[2]; 
     177    //check validity of input vectors 
     178    if (x->nd != 2 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
     179        || y->nd != 2 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
     180        || y->dimensions[1] != x->dimensions[0]){ 
     181        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays"; 
     182        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);  
     183        return NULL; 
     184    } 
     185    
     186        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
     187                 
     188            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     189        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
     190             
     191            // Make a new double matrix of same dims 
     192        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(2,dims,NPY_DOUBLE); 
     193        if (result == NULL){ 
     194            const char * message= "Could not create result "; 
     195        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
     196            return NULL; 
     197            } 
     198        
     199        /* Do the calculation. */ 
     200        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
     201            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
     202                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     203                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
     204                        double *result_value = (double *)(result->data + 
     205                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
     206                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
     207            }            
     208        } 
     209        return PyArray_Return(result);  
     210         
     211        }else{ 
     212                    PyErr_SetString(CDiamEllipFuncError,  
     213                   "CDiamEllipFunc.evaluateTwoDimXY couldn't run."); 
     214                return NULL; 
     215                }        
     216} 
     217/** 
     218 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector 
     219 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors 
     220 * 
     221 */  
     222static PyObject * evalDistribution(CDiamEllipFunc *self, PyObject *args){ 
     223        PyObject *qx, *qy; 
     224        PyArrayObject * pars; 
     225        int npars ,mpars; 
     226         
     227        // Get parameters 
     228         
     229            // Reader parameter dictionary 
     230    self->model->radius_b = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius_b") ); 
     231    self->model->radius_a = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius_a") ); 
     232    // Read in dispersion parameters 
     233    PyObject* disp_dict; 
     234    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor(); 
     235    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius_a"); 
     236    self->model->radius_a.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius_a.dispersion, disp_dict); 
     237    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius_b"); 
     238    self->model->radius_b.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius_b.dispersion, disp_dict); 
     239 
     240         
     241        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value. 
     242        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) { 
     243            PyErr_SetString(CDiamEllipFuncError,  
     244                "CDiamEllipFunc.evalDistribution expects a q value."); 
     245                return NULL; 
     246        } 
     247    // Check params 
     248         
     249    if(PyArray_Check(pars)==1) { 
     250                 
     251            // Length of list should 1 or 2 
     252            npars = pars->nd;  
     253            if(npars==1) { 
     254                // input is a numpy array 
     255                if (PyArray_Check(pars)) { 
     256                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars);  
     257                    } 
     258                }else{ 
     259                    PyErr_SetString(CDiamEllipFuncError,  
     260                   "CDiamEllipFunc.evalDistribution expect numpy array of one dimension."); 
     261                return NULL; 
     262                } 
     263    }else if( PyList_Check(pars)==1) { 
     264        // Length of list should be 2 for I(qx,qy) 
     265            mpars = PyList_GET_SIZE(pars);  
     266            if(mpars!=2) { 
     267                PyErr_SetString(CDiamEllipFuncError,  
     268                        "CDiamEllipFunc.evalDistribution expects a list of dimension 2."); 
     269                return NULL; 
     270            } 
     271             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0); 
     272             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1); 
     273             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) { 
     274                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx, 
     275                           (PyArrayObject*)qy); 
     276                 }else{ 
     277                    PyErr_SetString(CDiamEllipFuncError,  
     278                   "CDiamEllipFunc.evalDistribution expect 2 numpy arrays in list."); 
     279                return NULL; 
     280             } 
     281        }else{ 
     282            PyErr_SetString(CDiamEllipFuncError,  
     283                   "CDiamEllipFunc.evalDistribution couln't be run."); 
     284            return NULL; 
     285        } 
     286} 
    134287 
    135288/** 
    … …  
    293446    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS, 
    294447      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"}, 
     448       
     449    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS, 
     450      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "}, 
    295451    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS, 
    296452      "Reset pair correlation"}, 
    … …  
    343499 
    344500 
    345 static PyMethodDef module_methods[] = { 
    346     {NULL}  
    347 }; 
     501//static PyMethodDef module_methods[] = { 
     502//    {NULL}  
     503//}; 
    348504 
    349505/** 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CEllipsoidModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    196196    
    197197        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    198             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    199         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     198                 
     199            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     200        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    200201             
    201202            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    210211        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    211212            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    212                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    213                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     213                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     214                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    214215                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    215                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     216                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    216217                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    217218            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CEllipticalCylinderModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    204204    
    205205        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    206             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    207         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     206                 
     207            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     208        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    208209             
    209210            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    218219        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    219220            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    220                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    221                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     221                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     222                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    222223                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    223                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     224                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    224225                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    225226            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CFlexibleCylinderModel.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    171171    return PyArray_Return(result);  
    172172 } 
    173 /** 
    174  * Function to call to evaluate model 
    175  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    176  * @return: numpy array object  
    177  */ 
    178 static PyObject * evaluateTwoDim( FlexibleCylinderModel* model,  
    179                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    180  { 
    181     PyArrayObject *result; 
    182     //check validity of input vectors 
    183     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    184         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    185         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    186       
    187         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    188         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    189         return NULL; 
    190     } 
    191         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    192  
    193         if (result == NULL){ 
    194             const char * message= "Could not create result "; 
    195         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    196             return NULL; 
    197         } 
    198          
    199     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    200       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    201       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    202       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    203       if (q_value == 0) 
    204           *result_value = 0.0; 
    205       else 
    206           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    207     } 
    208     return PyArray_Return(result);  
    209  } 
     173 
    210174 /** 
    211175 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    228192    
    229193        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    230             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    231         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     194                 
     195            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     196        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    232197             
    233198            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    242207        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    243208            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    244                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    245                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     209                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     210                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    246211                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    247                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     212                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    248213                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    249214            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CGaussian.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    159159    return PyArray_Return(result);  
    160160 } 
    161 /** 
    162  * Function to call to evaluate model 
    163  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    164  * @return: numpy array object  
    165  */ 
    166 static PyObject * evaluateTwoDim( Gaussian* model,  
    167                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    168  { 
    169     PyArrayObject *result; 
    170     //check validity of input vectors 
    171     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    172         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    173         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    174       
    175         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    176         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    177         return NULL; 
    178     } 
    179         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    180  
    181         if (result == NULL){ 
    182             const char * message= "Could not create result "; 
    183         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    184             return NULL; 
    185         } 
    186          
    187     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    188       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    189       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    190       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    191       if (q_value == 0) 
    192           *result_value = 0.0; 
    193       else 
    194           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    195     } 
    196     return PyArray_Return(result);  
    197  } 
     161 
    198162 /** 
    199163 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    216180    
    217181        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    218             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    219         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     182                 
     183            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     184        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    220185             
    221186            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    230195        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    231196            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    232                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    233                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     197                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     198                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    234199                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    235                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     200                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    236201                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    237202            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CHardsphereStructure.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    161161    return PyArray_Return(result);  
    162162 } 
    163 /** 
    164  * Function to call to evaluate model 
    165  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    166  * @return: numpy array object  
    167  */ 
    168 static PyObject * evaluateTwoDim( HardsphereStructure* model,  
    169                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    170  { 
    171     PyArrayObject *result; 
    172     //check validity of input vectors 
    173     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    174         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    175         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    176       
    177         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    178         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    179         return NULL; 
    180     } 
    181         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    182  
    183         if (result == NULL){ 
    184             const char * message= "Could not create result "; 
    185         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    186             return NULL; 
    187         } 
    188          
    189     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    190       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    191       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    192       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    193       if (q_value == 0) 
    194           *result_value = 0.0; 
    195       else 
    196           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    197     } 
    198     return PyArray_Return(result);  
    199  } 
     163 
    200164 /** 
    201165 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    218182    
    219183        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    220             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    221         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     184                 
     185            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     186        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    222187             
    223188            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    232197        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    233198            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    234                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    235                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     199                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     200                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    236201                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    237                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     202                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    238203                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    239204            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CHayterMSAStructure.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    165165    return PyArray_Return(result);  
    166166 } 
    167 /** 
    168  * Function to call to evaluate model 
    169  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    170  * @return: numpy array object  
    171  */ 
    172 static PyObject * evaluateTwoDim( HayterMSAStructure* model,  
    173                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    174  { 
    175     PyArrayObject *result; 
    176     //check validity of input vectors 
    177     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    178         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    179         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    180       
    181         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    182         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    183         return NULL; 
    184     } 
    185         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    186  
    187         if (result == NULL){ 
    188             const char * message= "Could not create result "; 
    189         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    190             return NULL; 
    191         } 
    192          
    193     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    194       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    195       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    196       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    197       if (q_value == 0) 
    198           *result_value = 0.0; 
    199       else 
    200           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    201     } 
    202     return PyArray_Return(result);  
    203  } 
     167 
    204168 /** 
    205169 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    222186    
    223187        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    224             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    225         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     188                 
     189            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     190        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    226191             
    227192            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    236201        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    237202            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    238                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    239                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     203                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     204                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    240205                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    241                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     206                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    242207                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    243208            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CHollowCylinderModel.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    179179    return PyArray_Return(result);  
    180180 } 
    181 /** 
    182  * Function to call to evaluate model 
    183  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    184  * @return: numpy array object  
    185  */ 
    186 static PyObject * evaluateTwoDim( HollowCylinderModel* model,  
    187                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    188  { 
    189     PyArrayObject *result; 
    190     //check validity of input vectors 
    191     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    192         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    193         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    194       
    195         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    196         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    197         return NULL; 
    198     } 
    199         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    200  
    201         if (result == NULL){ 
    202             const char * message= "Could not create result "; 
    203         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    204             return NULL; 
    205         } 
    206          
    207     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    208       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    209       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    210       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    211       if (q_value == 0) 
    212           *result_value = 0.0; 
    213       else 
    214           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    215     } 
    216     return PyArray_Return(result);  
    217  } 
     181 
    218182 /** 
    219183 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    236200    
    237201        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    238             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    239         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     202                 
     203            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     204        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    240205             
    241206            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    250215        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    251216            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    252                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    253                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     217                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     218                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    254219                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    255                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     220                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    256221                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    257222            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarFFHGModel.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    169169    return PyArray_Return(result);  
    170170 } 
    171 /** 
    172  * Function to call to evaluate model 
    173  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    174  * @return: numpy array object  
    175  */ 
    176 static PyObject * evaluateTwoDim( LamellarFFHGModel* model,  
    177                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    178  { 
    179     PyArrayObject *result; 
    180     //check validity of input vectors 
    181     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    182         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    183         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    184       
    185         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    186         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    187         return NULL; 
    188     } 
    189         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    190  
    191         if (result == NULL){ 
    192             const char * message= "Could not create result "; 
    193         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    194             return NULL; 
    195         } 
    196          
    197     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    198       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    199       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    200       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    201       if (q_value == 0) 
    202           *result_value = 0.0; 
    203       else 
    204           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    205     } 
    206     return PyArray_Return(result);  
    207  } 
     171 
    208172 /** 
    209173 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    226190    
    227191        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    228             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    229         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     192                 
     193            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     194        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    230195             
    231196            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    240205        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    241206            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    242                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    243                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     207                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     208                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    244209                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    245                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     210                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    246211                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    247212            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    185185    
    186186        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    187             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    188         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     187                 
     188            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     189        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    189190             
    190191            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    199200        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    200201            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    201                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    202                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     202                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     203                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    203204                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    204                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     205                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    205206                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    206207            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarPSHGModel.cpp

    r96b59384 ra8d6888  
    2222 * 
    2323 */ 
     24#define NO_IMPORT_ARRAY 
     25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans 
    2426  
    2527extern "C" { 
    2628#include <Python.h> 
     29#include <arrayobject.h> 
    2730#include "structmember.h" 
    2831#include <stdio.h> 
    … …  
    142145    } 
    143146} 
    144  
    145  
    146147/** 
    147148 * Function to call to evaluate model 
    148  * @param args: input q or [q,phi] 
    149  * @return: function value 
     149 * @param args: input numpy array q[]  
     150 * @return: numpy array object  
    150151 */ 
    151 static PyObject * run(CLamellarPSHGModel *self, PyObject *args) { 
    152         double q_value, phi_value; 
    153         PyObject* pars; 
    154         int npars; 
     152  
     153static PyObject *evaluateOneDim(LamellarPSHGModel* model, PyArrayObject *q){ 
     154    PyArrayObject *result; 
     155    
     156    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double 
     157    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE) 
     158    { 
     159        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
     160        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message); 
     161        return NULL; 
     162    } 
     163    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions),  
     164                                                                                  PyArray_DOUBLE); 
     165        if (result == NULL) { 
     166        const char * message= "Could not create result "; 
     167        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
     168                return NULL; 
     169        } 
     170         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){ 
     171      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
     172      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
     173      *result_value =(*model)(q_value); 
     174        } 
     175    return PyArray_Return(result);  
     176 } 
     177 
     178 /** 
     179 * Function to call to evaluate model 
     180 * @param args: input numpy array  [x[],y[]] 
     181 * @return: numpy array object  
     182 */ 
     183 static PyObject * evaluateTwoDimXY( LamellarPSHGModel* model,  
     184                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y) 
     185 { 
     186    PyArrayObject *result; 
     187    int i,j, x_len, y_len, dims[2]; 
     188    //check validity of input vectors 
     189    if (x->nd != 2 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
     190        || y->nd != 2 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
     191        || y->dimensions[1] != x->dimensions[0]){ 
     192        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays"; 
     193        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);  
     194        return NULL; 
     195    } 
     196    
     197        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
     198                 
     199            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     200        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
     201             
     202            // Make a new double matrix of same dims 
     203        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(2,dims,NPY_DOUBLE); 
     204        if (result == NULL){ 
     205            const char * message= "Could not create result "; 
     206        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
     207            return NULL; 
     208            } 
     209        
     210        /* Do the calculation. */ 
     211        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
     212            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
     213                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     214                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
     215                        double *result_value = (double *)(result->data + 
     216                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
     217                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
     218            }            
     219        } 
     220        return PyArray_Return(result);  
     221         
     222        }else{ 
     223                    PyErr_SetString(CLamellarPSHGModelError,  
     224                   "CLamellarPSHGModel.evaluateTwoDimXY couldn't run."); 
     225                return NULL; 
     226                }        
     227} 
     228/** 
     229 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector 
     230 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors 
     231 * 
     232 */  
     233static PyObject * evalDistribution(CLamellarPSHGModel *self, PyObject *args){ 
     234        PyObject *qx, *qy; 
     235        PyArrayObject * pars; 
     236        int npars ,mpars; 
    155237         
    156238        // Get parameters 
    … …  
    181263        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) { 
    182264            PyErr_SetString(CLamellarPSHGModelError,  
     265                "CLamellarPSHGModel.evalDistribution expects a q value."); 
     266                return NULL; 
     267        } 
     268    // Check params 
     269         
     270    if(PyArray_Check(pars)==1) { 
     271                 
     272            // Length of list should 1 or 2 
     273            npars = pars->nd;  
     274            if(npars==1) { 
     275                // input is a numpy array 
     276                if (PyArray_Check(pars)) { 
     277                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars);  
     278                    } 
     279                }else{ 
     280                    PyErr_SetString(CLamellarPSHGModelError,  
     281                   "CLamellarPSHGModel.evalDistribution expect numpy array of one dimension."); 
     282                return NULL; 
     283                } 
     284    }else if( PyList_Check(pars)==1) { 
     285        // Length of list should be 2 for I(qx,qy) 
     286            mpars = PyList_GET_SIZE(pars);  
     287            if(mpars!=2) { 
     288                PyErr_SetString(CLamellarPSHGModelError,  
     289                        "CLamellarPSHGModel.evalDistribution expects a list of dimension 2."); 
     290                return NULL; 
     291            } 
     292             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0); 
     293             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1); 
     294             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) { 
     295                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx, 
     296                           (PyArrayObject*)qy); 
     297                 }else{ 
     298                    PyErr_SetString(CLamellarPSHGModelError,  
     299                   "CLamellarPSHGModel.evalDistribution expect 2 numpy arrays in list."); 
     300                return NULL; 
     301             } 
     302        }else{ 
     303            PyErr_SetString(CLamellarPSHGModelError,  
     304                   "CLamellarPSHGModel.evalDistribution couln't be run."); 
     305            return NULL; 
     306        } 
     307} 
     308 
     309/** 
     310 * Function to call to evaluate model 
     311 * @param args: input q or [q,phi] 
     312 * @return: function value 
     313 */ 
     314static PyObject * run(CLamellarPSHGModel *self, PyObject *args) { 
     315        double q_value, phi_value; 
     316        PyObject* pars; 
     317        int npars; 
     318         
     319        // Get parameters 
     320         
     321            // Reader parameter dictionary 
     322    self->model->n_plates = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "n_plates") ); 
     323    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") ); 
     324    self->model->deltaT = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "deltaT") ); 
     325    self->model->spacing = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "spacing") ); 
     326    self->model->sld_tail = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "sld_tail") ); 
     327    self->model->sld_solvent = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "sld_solvent") ); 
     328    self->model->caille = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "caille") ); 
     329    self->model->sld_head = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "sld_head") ); 
     330    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") ); 
     331    self->model->deltaH = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "deltaH") ); 
     332    // Read in dispersion parameters 
     333    PyObject* disp_dict; 
     334    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor(); 
     335    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "deltaT"); 
     336    self->model->deltaT.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->deltaT.dispersion, disp_dict); 
     337    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "deltaH"); 
     338    self->model->deltaH.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->deltaH.dispersion, disp_dict); 
     339    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "spacing"); 
     340    self->model->spacing.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->spacing.dispersion, disp_dict); 
     341 
     342         
     343        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value. 
     344        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) { 
     345            PyErr_SetString(CLamellarPSHGModelError,  
    183346                "CLamellarPSHGModel.run expects a q value."); 
    184347                return NULL; 
    … …  
    326489    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS, 
    327490      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"}, 
     491       
     492    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS, 
     493      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "}, 
    328494    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS, 
    329495      "Reset pair correlation"}, 
    … …  
    376542 
    377543 
    378 static PyMethodDef module_methods[] = { 
    379     {NULL}  
    380 }; 
     544//static PyMethodDef module_methods[] = { 
     545//    {NULL}  
     546//}; 
    381547 
    382548/** 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLamellarPSModel.cpp

    rc1c29b6 ra8d6888  
    190190    
    191191        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    192             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    193         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     192                 
     193            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     194        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    194195             
    195196            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    204205        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    205206            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    206                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    207                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     207                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     208                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    208209                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    209                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     210                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    210211                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    211212            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLogNormal.cpp

    r5b56b7a ra8d6888  
    159159    return PyArray_Return(result);  
    160160 } 
    161 /** 
    162  * Function to call to evaluate model 
    163  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    164  * @return: numpy array object  
    165  */ 
    166 static PyObject * evaluateTwoDim( LogNormal* model,  
    167                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    168  { 
    169     PyArrayObject *result; 
    170     //check validity of input vectors 
    171     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    172         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    173         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    174       
    175         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    176         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    177         return NULL; 
    178     } 
    179         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    180  
    181         if (result == NULL){ 
    182             const char * message= "Could not create result "; 
    183         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    184             return NULL; 
    185         } 
    186          
    187     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    188       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    189       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    190       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    191       if (q_value == 0) 
    192           *result_value = 0.0; 
    193       else 
    194           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    195     } 
    196     return PyArray_Return(result);  
    197  } 
     161 
    198162 /** 
    199163 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    216180    
    217181        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    218             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    219         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     182                 
     183            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     184        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    220185             
    221186            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    230195        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    231196            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    232                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    233                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     197                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     198                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    234199                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    235                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     200                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    236201                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    237202            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CLorentzian.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    159159    return PyArray_Return(result);  
    160160 } 
    161 /** 
    162  * Function to call to evaluate model 
    163  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    164  * @return: numpy array object  
    165  */ 
    166 static PyObject * evaluateTwoDim( Lorentzian* model,  
    167                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    168  { 
    169     PyArrayObject *result; 
    170     //check validity of input vectors 
    171     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    172         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    173         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    174       
    175         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    176         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    177         return NULL; 
    178     } 
    179         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    180  
    181         if (result == NULL){ 
    182             const char * message= "Could not create result "; 
    183         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    184             return NULL; 
    185         } 
    186          
    187     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    188       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    189       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    190       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    191       if (q_value == 0) 
    192           *result_value = 0.0; 
    193       else 
    194           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    195     } 
    196     return PyArray_Return(result);  
    197  } 
     161 
    198162 /** 
    199163 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    216180    
    217181        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    218             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    219         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     182                 
     183            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     184        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    220185             
    221186            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    230195        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    231196            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    232                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    233                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     197                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     198                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    234199                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    235                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     200                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    236201                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    237202            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CMultiShellModel.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    173173    return PyArray_Return(result);  
    174174 } 
    175 /** 
    176  * Function to call to evaluate model 
    177  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    178  * @return: numpy array object  
    179  */ 
    180 static PyObject * evaluateTwoDim( MultiShellModel* model,  
    181                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    182  { 
    183     PyArrayObject *result; 
    184     //check validity of input vectors 
    185     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    186         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    187         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    188       
    189         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    190         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    191         return NULL; 
    192     } 
    193         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    194  
    195         if (result == NULL){ 
    196             const char * message= "Could not create result "; 
    197         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    198             return NULL; 
    199         } 
    200          
    201     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    202       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    203       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    204       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    205       if (q_value == 0) 
    206           *result_value = 0.0; 
    207       else 
    208           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    209     } 
    210     return PyArray_Return(result);  
    211  } 
     175 
    212176 /** 
    213177 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    230194    
    231195        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    232             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    233         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     196                 
     197            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     198        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    234199             
    235200            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    244209        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    245210            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    246                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    247                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     211                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     212                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    248213                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    249                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     214                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    250215                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    251216            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/COblateModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    199199    
    200200        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    201             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    202         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     201                 
     202            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     203        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    203204             
    204205            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    213214        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    214215            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    215                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    216                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     216                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     217                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    217218                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    218                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     219                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    219220                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    220221            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CParallelepipedModel.cpp

    r8e36cdd ra8d6888  
    204204    
    205205        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    206             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    207         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     206                 
     207            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     208        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    208209             
    209210            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    218219        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    219220            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    220                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    221                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     221                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     222                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    222223                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    223                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     224                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    224225                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    225226            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CProlateModel.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    176176    return PyArray_Return(result);  
    177177 } 
    178 /** 
    179  * Function to call to evaluate model 
    180  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    181  * @return: numpy array object  
    182  */ 
    183 static PyObject * evaluateTwoDim( ProlateModel* model,  
    184                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    185  { 
    186     PyArrayObject *result; 
    187     //check validity of input vectors 
    188     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    189         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    190         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    191       
    192         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    193         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    194         return NULL; 
    195     } 
    196         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    197  
    198         if (result == NULL){ 
    199             const char * message= "Could not create result "; 
    200         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    201             return NULL; 
    202         } 
    203          
    204     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    205       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    206       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    207       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    208       if (q_value == 0) 
    209           *result_value = 0.0; 
    210       else 
    211           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    212     } 
    213     return PyArray_Return(result);  
    214  } 
     178 
    215179 /** 
    216180 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    233197    
    234198        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    235             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    236         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     199                 
     200            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     201        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    237202             
    238203            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    247212        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    248213            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    249                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    250                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     214                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     215                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    251216                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    252                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     217                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    253218                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    254219            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CSphereModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    184184    
    185185        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    186             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    187         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     186                 
     187            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     188        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    188189             
    189190            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    198199        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    199200            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    200                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    201                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     201                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     202                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    202203                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    203                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     204                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    204205                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    205206            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CSquareWellStructure.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    163163    return PyArray_Return(result);  
    164164 } 
    165 /** 
    166  * Function to call to evaluate model 
    167  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    168  * @return: numpy array object  
    169  */ 
    170 static PyObject * evaluateTwoDim( SquareWellStructure* model,  
    171                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    172  { 
    173     PyArrayObject *result; 
    174     //check validity of input vectors 
    175     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    176         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    177         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    178       
    179         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    180         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    181         return NULL; 
    182     } 
    183         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    184  
    185         if (result == NULL){ 
    186             const char * message= "Could not create result "; 
    187         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    188             return NULL; 
    189         } 
    190          
    191     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    192       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    193       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    194       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    195       if (q_value == 0) 
    196           *result_value = 0.0; 
    197       else 
    198           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    199     } 
    200     return PyArray_Return(result);  
    201  } 
     165 
    202166 /** 
    203167 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    220184    
    221185        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    222             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    223         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     186                 
     187            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     188        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    224189             
    225190            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    234199        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    235200            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    236                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    237                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     201                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     202                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    238203                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    239                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     204                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    240205                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    241206            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CStackedDisksModel.cpp

    r975ec8e ra8d6888  
    204204    
    205205        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    206             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    207         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     206                 
     207            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     208        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    208209             
    209210            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    218219        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    219220            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    220                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    221                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     221                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     222                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    222223                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    223                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     224                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    224225                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    225226            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CStickyHSStructure.cpp

    r9bd69098 ra8d6888  
    163163    return PyArray_Return(result);  
    164164 } 
    165 /** 
    166  * Function to call to evaluate model 
    167  * @param args: input numpy array  [q[],phi[]] 
    168  * @return: numpy array object  
    169  */ 
    170 static PyObject * evaluateTwoDim( StickyHSStructure* model,  
    171                               PyArrayObject *q, PyArrayObject *phi) 
    172  { 
    173     PyArrayObject *result; 
    174     //check validity of input vectors 
    175     if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    176         || phi->nd != 1 || phi->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
    177         || phi->dimensions[0] != q->dimensions[0]){ 
    178       
    179         //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
    180         PyErr_SetString(PyExc_ValueError ,"wrong input");  
    181         return NULL; 
    182     } 
    183         result= (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd,(int*)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE); 
    184  
    185         if (result == NULL){ 
    186             const char * message= "Could not create result "; 
    187         PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
    188             return NULL; 
    189         } 
    190          
    191     for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++) { 
    192       double q_value = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
    193       double phi_value = *(double *)(phi->data + i*phi->strides[0]); 
    194       double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
    195       if (q_value == 0) 
    196           *result_value = 0.0; 
    197       else 
    198           *result_value = model->evaluate_rphi(q_value, phi_value); 
    199     } 
    200     return PyArray_Return(result);  
    201  } 
     165 
    202166 /** 
    203167 * Function to call to evaluate model 
    … …  
    220184    
    221185        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    222             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    223         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     186                 
     187            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     188        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    224189             
    225190            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    234199        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    235200            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    236                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    237                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     201                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     202                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    238203                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    239                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     204                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    240205                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    241206            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CTriaxialEllipsoidModel.cpp

    r3c102d4 ra8d6888  
    195195    
    196196        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    197             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    198         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     197                 
     198            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     199        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    199200             
    200201            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    209210        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    210211            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    211                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    212                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     212                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     213                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    213214                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    214                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     215                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    215216                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    216217            }            

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CVesicleModel.cpp

    r42f193a ra8d6888  
    2222 * 
    2323 */ 
     24#define NO_IMPORT_ARRAY 
     25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans 
    2426  
    2527extern "C" { 
    2628#include <Python.h> 
     29#include <arrayobject.h> 
    2730#include "structmember.h" 
    2831#include <stdio.h> 
    … …  
    135138    } 
    136139} 
    137  
     140/** 
     141 * Function to call to evaluate model 
     142 * @param args: input numpy array q[]  
     143 * @return: numpy array object  
     144 */ 
     145  
     146static PyObject *evaluateOneDim(VesicleModel* model, PyArrayObject *q){ 
     147    PyArrayObject *result; 
     148    
     149    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double 
     150    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE) 
     151    { 
     152        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num; 
     153        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message); 
     154        return NULL; 
     155    } 
     156    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions),  
     157                                                                                  PyArray_DOUBLE); 
     158        if (result == NULL) { 
     159        const char * message= "Could not create result "; 
     160        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
     161                return NULL; 
     162        } 
     163         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){ 
     164      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]); 
     165      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]); 
     166      *result_value =(*model)(q_value); 
     167        } 
     168    return PyArray_Return(result);  
     169 } 
     170 
     171 /** 
     172 * Function to call to evaluate model 
     173 * @param args: input numpy array  [x[],y[]] 
     174 * @return: numpy array object  
     175 */ 
     176 static PyObject * evaluateTwoDimXY( VesicleModel* model,  
     177                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y) 
     178 { 
     179    PyArrayObject *result; 
     180    int i,j, x_len, y_len, dims[2]; 
     181    //check validity of input vectors 
     182    if (x->nd != 2 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
     183        || y->nd != 2 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE 
     184        || y->dimensions[1] != x->dimensions[0]){ 
     185        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays"; 
     186        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);  
     187        return NULL; 
     188    } 
     189    
     190        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
     191                 
     192            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     193        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
     194             
     195            // Make a new double matrix of same dims 
     196        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(2,dims,NPY_DOUBLE); 
     197        if (result == NULL){ 
     198            const char * message= "Could not create result "; 
     199        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message); 
     200            return NULL; 
     201            } 
     202        
     203        /* Do the calculation. */ 
     204        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
     205            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
     206                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     207                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
     208                        double *result_value = (double *)(result->data + 
     209                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
     210                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
     211            }            
     212        } 
     213        return PyArray_Return(result);  
     214         
     215        }else{ 
     216                    PyErr_SetString(CVesicleModelError,  
     217                   "CVesicleModel.evaluateTwoDimXY couldn't run."); 
     218                return NULL; 
     219                }        
     220} 
     221/** 
     222 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector 
     223 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors 
     224 * 
     225 */  
     226static PyObject * evalDistribution(CVesicleModel *self, PyObject *args){ 
     227        PyObject *qx, *qy; 
     228        PyArrayObject * pars; 
     229        int npars ,mpars; 
     230         
     231        // Get parameters 
     232         
     233            // Reader parameter dictionary 
     234    self->model->core_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "core_sld") ); 
     235    self->model->core_radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "core_radius") ); 
     236    self->model->thickness = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "thickness") ); 
     237    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") ); 
     238    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") ); 
     239    self->model->shell_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "shell_sld") ); 
     240    // Read in dispersion parameters 
     241    PyObject* disp_dict; 
     242    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor(); 
     243    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "core_radius"); 
     244    self->model->core_radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->core_radius.dispersion, disp_dict); 
     245    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thickness"); 
     246    self->model->thickness.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thickness.dispersion, disp_dict); 
     247 
     248         
     249        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value. 
     250        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) { 
     251            PyErr_SetString(CVesicleModelError,  
     252                "CVesicleModel.evalDistribution expects a q value."); 
     253                return NULL; 
     254        } 
     255    // Check params 
     256         
     257    if(PyArray_Check(pars)==1) { 
     258                 
     259            // Length of list should 1 or 2 
     260            npars = pars->nd;  
     261            if(npars==1) { 
     262                // input is a numpy array 
     263                if (PyArray_Check(pars)) { 
     264                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars);  
     265                    } 
     266                }else{ 
     267                    PyErr_SetString(CVesicleModelError,  
     268                   "CVesicleModel.evalDistribution expect numpy array of one dimension."); 
     269                return NULL; 
     270                } 
     271    }else if( PyList_Check(pars)==1) { 
     272        // Length of list should be 2 for I(qx,qy) 
     273            mpars = PyList_GET_SIZE(pars);  
     274            if(mpars!=2) { 
     275                PyErr_SetString(CVesicleModelError,  
     276                        "CVesicleModel.evalDistribution expects a list of dimension 2."); 
     277                return NULL; 
     278            } 
     279             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0); 
     280             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1); 
     281             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) { 
     282                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx, 
     283                           (PyArrayObject*)qy); 
     284                 }else{ 
     285                    PyErr_SetString(CVesicleModelError,  
     286                   "CVesicleModel.evalDistribution expect 2 numpy arrays in list."); 
     287                return NULL; 
     288             } 
     289        }else{ 
     290            PyErr_SetString(CVesicleModelError,  
     291                   "CVesicleModel.evalDistribution couln't be run."); 
     292            return NULL; 
     293        } 
     294} 
    138295 
    139296/** 
    … …  
    305462    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS, 
    306463      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"}, 
     464       
     465    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS, 
     466      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "}, 
    307467    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS, 
    308468      "Reset pair correlation"}, 
    … …  
    355515 
    356516 
    357 static PyMethodDef module_methods[] = { 
    358     {NULL}  
    359 }; 
     517//static PyMethodDef module_methods[] = { 
     518//    {NULL}  
     519//}; 
    360520 
    361521/** 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/classTemplate.txt

    r26e4a24 ra8d6888  
    170170    
    171171        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) { 
    172             x_len = dims[0]= x->dimensions[0]; 
    173         y_len = dims[1]= y->dimensions[1]; 
     172                 
     173            x_len = dims[1]= x->dimensions[1]; 
     174        y_len = dims[0]= y->dimensions[0]; 
    174175             
    175176            // Make a new double matrix of same dims 
    … …  
    184185        for ( i=0; i< x_len; i++) { 
    185186            for ( j=0; j< y_len; j++) { 
    186                 double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]); 
    187                     double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[1]); 
     187                double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[1]); 
     188                    double y_value = *(double *)(y->data + j*y->strides[0]); 
    188189                        double *result_value = (double *)(result->data + 
    189                               i*result->strides[0] + j*result->strides[1]); 
     190                              i*result->strides[1] + j*result->strides[0]); 
    190191                        *result_value = (*model)(x_value, y_value); 
    191192            }            
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.