Changeset a235f715 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Sep 14, 2016 11:33:30 AM (5 years ago)
Author:
krzywon
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
b61bd57
Parents:
7d94915
git-author:
Jeff Krzywon <krzywon@…> (09/14/16 11:33:30)
git-committer:
Jeff KRzywon <krzywon@…> (09/14/16 11:33:30)
Message:

#500: Final changes to Anton Paar SAXSESS reader.

Location:
src/sas/sascalc/dataloader/readers
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/anton_paar_saxs_reader.py

    r80c5d46 ra235f715  
    4545    output = None 
    4646 
    47     def __init__(self): 
     47    def reset_state(self): 
    4848        self.current_dataset = Data1D(np.empty(0), np.empty(0), 
    4949                                            np.empty(0), np.empty(0)) 
     
    7272 
    7373        ## Reinitialize the class when loading a new data file to reset all class variables 
    74         self.__init__() 
     74        self.reset_state() 
    7575        ## Check that the file exists 
    7676        if os.path.isfile(filename): 
     
    8484                self.raw_data = buff.splitlines() 
    8585                self.read_data() 
    86                 xml_intermediate = self.raw_data[self.upper:] 
    87                 xml = ''.join(xml_intermediate) 
    88                 self.set_xml_file(xml) 
    8986        return self.output 
    9087 
     
    10097        self.lower = 5 
    10198        self.upper = self.lower + self.data_points 
    102         self.detector.distance = float(line4[1]) 
     99        self.source.radiation = 'x-ray' 
     100        normal = float(line4[3]) 
    103101        self.current_dataset.source.radiation = "x-ray" 
    104102        self.current_dataset.source.name = "Anton Paar SAXSess Instrument" 
    105103        self.current_dataset.source.wavelength = float(line4[4]) 
    106         normal = line4[3] 
     104        xvals = [] 
     105        yvals = [] 
     106        dyvals = [] 
    107107        for i in range(self.lower, self.upper): 
     108            index = i - self.lower 
    108109            data = self.raw_data[i].split() 
    109             x_val = [float(data[0])] 
    110             y_val = [float(data[1])] 
    111             dy_val = [float(data[2])] 
    112             self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, x_val) 
    113             self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, y_val) 
    114             self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, dy_val) 
    115         self.current_dataset.xaxis("Q (%s)" % (q_unit), q_unit) 
    116         self.current_dataset.yaxis("Intensity (%s)" % (i_unit), i_unit) 
    117         self.current_dataset.detector.append(self.detector) 
     110            xvals.insert(index, normal * float(data[0])) 
     111            yvals.insert(index, normal * float(data[1])) 
     112            dyvals.insert(index, normal * float(data[2])) 
     113        self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, xvals) 
     114        self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, yvals) 
     115        self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, dyvals) 
     116        if self.data_points != self.current_dataset.x.size: 
     117            self.errors.add("Not all data was loaded properly.") 
     118        if self.current_dataset.dx.size != self.current_dataset.x.size: 
     119            dxvals = np.zeros(self.current_dataset.x.size) 
     120            self.current_dataset.dx = dxvals 
     121        if self.current_dataset.x.size != self.current_dataset.y.size: 
     122            self.errors.add("The x and y data sets are not the same size.") 
     123        if self.current_dataset.y.size != self.current_dataset.dy.size: 
     124            self.errors.add("The y and dy datasets are not the same size.") 
     125        self.current_dataset.errors = self.errors 
     126        self.current_dataset.xaxis("Q", q_unit) 
     127        self.current_dataset.yaxis("Intensity", i_unit) 
     128        xml_intermediate = self.raw_data[self.upper:] 
     129        xml = ''.join(xml_intermediate) 
     130        self.set_xml_string(xml) 
     131        dom = self.xmlroot.xpath('/fileinfo') 
     132        self._parse_child(dom) 
    118133        self.output.append(self.current_dataset) 
     134 
     135    def _parse_child(self, dom, parent=''): 
     136        """ 
     137        Recursive method for stepping through the embedded XML 
     138        :param dom: XML node with or without children 
     139        """ 
     140        for node in dom: 
     141            tagname = node.tag 
     142            value = node.text 
     143            attr = node.attrib 
     144            key = attr.get("key", '') 
     145            if len(node.getchildren()) > 1: 
     146                self._parse_child(node, key) 
     147                if key == "SampleDetector": 
     148                    self.current_dataset.detector.append(self.detector) 
     149                    self.detector = Detector() 
     150            else: 
     151                if key == "value": 
     152                    if parent == "Wavelength": 
     153                        self.current_dataset.source.wavelength = value 
     154                    elif parent == "SampleDetector": 
     155                        self.detector.distance = value 
     156                    elif parent == "Temperature": 
     157                        self.current_dataset.sample.temperature = value 
     158                    elif parent == "CounterSlitLength": 
     159                        self.detector.slit_length = value 
     160                elif key == "unit": 
     161                    value = value.replace("_", "") 
     162                    if parent == "Wavelength": 
     163                        self.current_dataset.source.wavelength_unit = value 
     164                    elif parent == "SampleDetector": 
     165                        self.detector.distance_unit = value 
     166                    elif parent == "X": 
     167                        self.current_dataset.xaxis(self.current_dataset._xaxis, value) 
     168                    elif parent == "Y": 
     169                        self.current_dataset.yaxis(self.current_dataset._yaxis, value) 
     170                    elif parent == "Temperature": 
     171                        self.current_dataset.sample.temperature_unit = value 
     172                    elif parent == "CounterSlitLength": 
     173                        self.detector.slit_length_unit = value 
     174                elif key == "quantity": 
     175                    if parent == "X": 
     176                        self.current_dataset.xaxis(value, self.current_dataset._xunit) 
     177                    elif parent == "Y": 
     178                        self.current_dataset.yaxis(value, self.current_dataset._yunit) 
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    rb699768 ra235f715  
    7070            self.xmldoc = etree.parse(self.xml, parser=PARSER) 
    7171            self.xmlroot = self.xmldoc.getroot() 
     72        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
     73            logging.info(xml_error) 
     74        except Exception: 
     75            self.xml = None 
     76            self.xmldoc = None 
     77            self.xmlroot = None 
     78 
     79    def set_xml_string(self, tag_soup): 
     80        """ 
     81        Set an XML string as the working XML. 
     82 
     83        :param tag_soup: XML formatted string 
     84        """ 
     85        try: 
     86            self.xml = tag_soup 
     87            self.xmldoc = tag_soup 
     88            self.xmlroot = etree.fromstring(tag_soup) 
    7289        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    7390            logging.info(xml_error) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.