Changeset 9d819e2 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Oct 28, 2017 2:27:46 PM (6 years ago)
Author:
gonzalezm
Branches:
master, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
0be6b6b
Parents:
c58d856 (diff), 3ca67dcf (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'master' of ​https://github.com/SasView/sasview

Files:
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • docs/sphinx-docs/source/conf.py

    rf80b416e r3ca67dcf  
    7878# 
    7979# The short X.Y version. 
    80 version = '4.1' 
     80version = '4.2' 
    8181# The full version, including alpha/beta/rc tags. 
    82 release = '4.1.2' 
     82release = '4.2.0' 
    8383 
    8484# The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation 

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    r9e6aeaf r1576693  
    8585 
    8686        # Return a list of parsed entries that data_loader can manage 
    87         return self.output 
     87        final_data = self.output 
     88        self.reset_state() 
     89        return final_data 
     90 
     91    def reset_state(self): 
     92        """ 
     93        Resets the class state to a base case when loading a new data file so previous 
     94        data files do not appear a second time 
     95        """ 
     96        self.current_datainfo = None 
     97        self.current_dataset = None 
     98        self.output = [] 
    8899 
    89100    def nextline(self): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r2b538cd r61f329f0  
    6868        data files do not appear a second time 
    6969        """ 
    70         self.current_datainfo = None 
    71         self.current_dataset = None 
    72         self.current_data1d = None 
     70        super(Reader, self).reset_state() 
    7371        self.data = [] 
    7472        self.process = Process() 
    … …  
    7977        self.names = [] 
    8078        self.cansas_defaults = {} 
    81         self.output = [] 
    8279        self.ns_list = None 
    8380        self.logging = [] 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    r2b538cd r61f329f0  
    6565        """ 
    6666        # Reinitialize when loading a new data file to reset all class variables 
    67         self.reset_class_variables() 
     67        self.reset_state() 
    6868 
    6969        filename = self.f_open.name 
    … …  
    101101                            raise FileContentsException("Fewer than 5 data points found.") 
    102102 
    103     def reset_class_variables(self): 
     103    def reset_state(self): 
    104104        """ 
    105105        Create the reader object and define initial states for class variables 
    106106        """ 
    107         self.current_datainfo = None 
    108         self.current_dataset = None 
     107        super(Reader, self).reset_state() 
    109108        self.data1d = [] 
    110109        self.data2d = [] 
    … …  
    112111        self.errors = set() 
    113112        self.logging = [] 
    114         self.output = [] 
    115113        self.parent_class = u'' 
    116114        self.detector = Detector() 

  • src/sas/sasview/__init__.py

    r6a88ad9 r3ca67dcf  
    1 __version__ = "4.1" 
     1__version__ = "4.2.0" 
    22__build__ = "GIT_COMMIT" 

  • test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py

    r574adc7 rfe15198  
    2020    def setUp(self): 
    2121        reader = AbsReader() 
    22         data = reader.read("jan08002.ABS") 
    23         self.data= data[0] 
     22        self.data_list = reader.read("jan08002.ABS") 
     23        self.data = self.data_list[0] 
    2424 
    2525    def test_abs_checkdata(self): 
    … …  
    7676    def setUp(self): 
    7777        reader = DANSEReader() 
    78         data = reader.read("MP_New.sans") 
    79         self.data = data[0] 
     78        self.data_list = reader.read("MP_New.sans") 
     79        self.data = self.data_list[0] 
    8080 
    8181    def test_checkdata(self): 
    … …  
    8787            tests won't pass 
    8888        """ 
     89        self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    8990        self.assertEqual(self.data.filename, "MP_New.sans") 
    9091        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "DANSE") 
    … …  
    114115        # the generic loader should work as well 
    115116        data = Loader().load("MP_New.sans") 
     117        self.assertEqual(len(data), 1) 
    116118        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "DANSE") 
    117119 
    … …  
    121123    def setUp(self): 
    122124        reader = CANSASReader() 
    123         data = reader.read("cansas1d.xml") 
    124         self.data = data[0] 
     125        self.data_list = reader.read("cansas1d.xml") 
     126        self.data = self.data_list[0] 
    125127 
    126128    def test_generic_loader(self): 
    127129        # the generic loader should work as well 
    128130        data = Loader().load("cansas1d.xml") 
     131        self.assertEqual(len(data), 1) 
    129132        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D") 
    130133 
    … …  
    141144            tests won't pass 
    142145        """ 
     146        self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    143147        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234") 
    144148        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D") 
    … …  
    281285        data = Loader().load(filename) 
    282286        self.data = data[0] 
     287        self.assertEqual(len(data), 1) 
    283288        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    284289        self._checkdata() 
    … …  
    294299        data = CANSASReader().read(filename) 
    295300        self.data = data[0] 
     301        self.assertEqual(len(data), 1) 
    296302        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    297303        self._checkdata() 
    … …  
    305311        data = CANSASReader().read(filename) 
    306312        self.data = data[0] 
     313        self.assertEqual(len(data), 1) 
    307314        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    308315        # The followed should not have been loaded 
    … …  
    321328        data = CANSASReader().read(filename) 
    322329        self.data = data[0] 
     330        self.assertEqual(len(data), 1) 
     331        self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    323332        self.assertEqual(self.data.filename, filename) 
    324333        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234") 

  • test/sasdataloader/test/utest_ascii.py

    ra78a02f rfe15198  
    2929        """ 
    3030        # The length of the data is 10 
     31        self.assertEqual(len(self.f1_list), 1) 
     32        self.assertEqual(len(self.f2_list), 1) 
     33        self.assertEqual(len(self.f3_list), 1) 
     34        self.assertEqual(len(self.f4_list), 1) 
     35        self.assertEqual(len(self.f5_list), 1) 
    3136        self.assertEqual(len(self.f1.x), 10) 
    3237        self.assertEqual(self.f1.x[0],0.002618) 

  • test/sasdataloader/test/utest_averaging.py

    r2a52b0e rfe15198  
    104104        filepath = os.path.join(os.path.dirname( 
    105105            os.path.realpath(__file__)), 'MAR07232_rest.h5') 
    106         self.data = Loader().load(filepath)[0] 
     106        self.data_list = Loader().load(filepath) 
     107        self.data = self.data_list[0] 
    107108 
    108109    def test_ring(self): 
    … …  
    119120        filepath = os.path.join(os.path.dirname( 
    120121            os.path.realpath(__file__)), 'ring_testdata.txt') 
    121         answer = Loader().load(filepath)[0] 
    122  
     122        answer_list = Loader().load(filepath) 
     123        answer = answer_list[0] 
     124 
     125        self.assertEqual(len(answer_list), 1) 
    123126        for i in range(r.nbins_phi - 1): 
    124127            self.assertAlmostEqual(o.x[i + 1], answer.x[i], 4) 

  • test/sasdataloader/test/utest_generic_file_reader_class.py

    rbeba407 r3648cbf  
    1717 
    1818    def setUp(self): 
    19         self.reader = FileReader() 
     19        self.reader = TestFileReader() 
    2020        self.bad_file = "ACB123.txt" 
    2121        self.good_file = "123ABC.txt" 
    22         self.msg = "Unable to find file at: {}\n".format(self.bad_file) 
    23         self.msg += "Please check your file path and try again." 
    24         x = np.zeros(0) 
    25         y = np.zeros(0) 
    26         self.reader.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
    27         self.reader.current_datainfo = DataInfo() 
    28         self.reader.send_to_output() 
    2922 
    3023    def test_bad_file_path(self): 
    3124        output = self.reader.read(self.bad_file) 
    32         self.assertEqual(len(output[0].errors), 1) 
    33         self.assertEqual(output[0].errors[0], self.msg) 
     25        self.assertEqual(output, []) 
    3426 
    3527    def test_good_file_path(self): 
    36         f_open = open(self.good_file, 'w') 
    37         f_open.close() 
     28        f = open(self.good_file, 'w') 
     29        f.write('123ABC exists!') 
     30        f.close() 
    3831        output = self.reader.read(self.good_file) 
    39         self.assertEqual(len(output[0].errors), 1) 
    40         self.assertEqual(output[0].errors[0], self.msg) 
     32        self.assertEqual(len(output), 1) 
     33        self.assertEqual(output[0].meta_data["blah"], '123ABC exists!') 
    4134 
    4235    def tearDown(self): 
    … …  
    4538        if os.path.isfile(self.good_file): 
    4639            os.remove(self.good_file) 
     40 
     41class TestFileReader(FileReader): 
     42    def get_file_contents(self): 
     43        """ 
     44        Reader specific class to access the contents of the file 
     45        All reader classes that inherit from FileReader must implement 
     46        """ 
     47        x = np.zeros(0) 
     48        y = np.zeros(0) 
     49        self.current_dataset = plottable_1D(x,y) 
     50        self.current_datainfo = DataInfo() 
     51        self.current_datainfo.meta_data["blah"] = self.nextline() 
     52        self.send_to_output() 

  • test/sasdataloader/test/utest_red2d_reader.py

    r248ff73 rfe15198  
    1414    def setUp(self): 
    1515        self.loader = Loader() 
     16        self.data_list = self.loader.load("exp18_14_igor_2dqxqy.dat") 
    1617 
    1718    def test_checkdata(self): 
    … …  
    1920            Test .DAT file loaded as IGOR/DAT 2D Q_map 
    2021        """ 
    21         f = self.loader.load("exp18_14_igor_2dqxqy.dat")[0] 
     22        f = self.data_list[0] 
    2223        # The length of the data is 10 
     24        self.assertEqual(len(self.data_list), 1) 
    2325        self.assertEqual(len(f.qx_data),  36864) 
    2426        self.assertEqual(f.qx_data[0],-0.03573497) 

  • test/sasdataloader/test/utest_sesans.py

    ra78a02f rfe15198  
    2222        f = file[0] 
    2323        # self.assertEqual(f, 5) 
     24        self.assertEqual(len(file), 1) 
    2425        self.assertEqual(len(f.x), 40) 
    2526        self.assertEqual(f.x[0], 391.56) 
    … …  
    3940        file = self.loader("sesans_examples/sphere_isis.ses") 
    4041        f = file[0] 
     42        self.assertEqual(len(file), 1) 
    4143        self.assertEqual(len(f.x), 57) 
    4244        self.assertEqual(f.x[-1], 19303.4) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.