Changeset 9220d255 in sasview for src/sas/sascalc/dataloader/readers


Ignore:
Timestamp:
Oct 24, 2017 3:10:48 AM (7 years ago)
Author:
wojciech
Branches:
ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc
Children:
cca56a5
Parents:
4fdb727 (diff), f4a1433 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'ESS_GUI' of ​https://github.com/SasView/sasview into ESS_GUI_magnetism_bug

Location:
src/sas/sascalc/dataloader/readers
Files:
4 deleted
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/__init__.py

    r959eb01 raaa801e  
    1 # Backward compatibility with the previous implementation of the default readers 
    2 from associations import register_readers 
    3  
    4 # Method to associate extensions to default readers  
    5 from associations import read_associations 
    6  
    7 # Method to return the location of the XML settings file 
    8 def get_data_path(): 
    9     """ 
    10         Return the location of the settings file for the data readers. 
    11     """ 
    12     import os 
    13     return os.path.dirname(__file__) 
     1# Method to associate extensions to default readers 
     2from .associations import read_associations 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    r959eb01 r1efbc190  
    11""" 
     2    IGOR 1D data reader 
    23""" 
    34##################################################################### 
    4 #This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    5 #Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    6 #project funded by the US National Science Foundation. 
    7 #See the license text in license.txt 
    8 #copyright 2008, University of Tennessee 
     5# This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
     6# Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
     7# project funded by the US National Science Foundation. 
     8# See the license text in license.txt 
     9# copyright 2008, University of Tennessee 
    910###################################################################### 
    1011 
     12import logging 
     13 
    1114import numpy as np 
    12 import os 
    13 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    14 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Detector 
    15  
    16 has_converter = True 
    17 try: 
    18     from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    19 except: 
    20     has_converter = False 
    21      
    22      
    23 class Reader: 
     15 
     16from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
     17from ..file_reader_base_class import FileReader 
     18from ..data_info import DataInfo, plottable_1D, Data1D, Detector 
     19from ..loader_exceptions import FileContentsException, DefaultReaderException 
     20 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
     22 
     23 
     24class Reader(FileReader): 
    2425    """ 
    2526    Class to load IGOR reduced .ABS files 
    2627    """ 
    27     ## File type 
     28    # File type 
    2829    type_name = "IGOR 1D" 
    29     ## Wildcards 
     30    # Wildcards 
    3031    type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs"] 
    31     ## List of allowed extensions 
    32     ext = ['.abs', '.ABS'] 
    33      
    34     def read(self, path): 
    35         """  
    36         Load data file. 
    37          
    38         :param path: file path 
    39          
    40         :return: Data1D object, or None 
    41          
     32    # List of allowed extensions 
     33    ext = ['.abs'] 
     34 
     35    def get_file_contents(self): 
     36        """ 
     37        Get the contents of the file 
     38 
    4239        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    4340        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    4441        """ 
    45         if os.path.isfile(path): 
    46             basename = os.path.basename(path) 
    47             root, extension = os.path.splitext(basename) 
    48             if extension.lower() in self.ext: 
    49                 try: 
    50                     input_f = open(path,'r') 
     42        buff = self.readall() 
     43        filepath = self.f_open.name 
     44        lines = buff.splitlines() 
     45        self.output = [] 
     46        self.current_datainfo = DataInfo() 
     47        self.current_datainfo.filename = filepath 
     48        self.reset_data_list(len(lines)) 
     49        detector = Detector() 
     50        data_line = 0 
     51        self.reset_data_list(len(lines)) 
     52        self.current_datainfo.detector.append(detector) 
     53        self.current_datainfo.filename = filepath 
     54 
     55        is_info = False 
     56        is_center = False 
     57        is_data_started = False 
     58 
     59        base_q_unit = '1/A' 
     60        base_i_unit = '1/cm' 
     61        data_conv_q = Converter(base_q_unit) 
     62        data_conv_i = Converter(base_i_unit) 
     63 
     64        for line in lines: 
     65            # Information line 1 
     66            if is_info: 
     67                is_info = False 
     68                line_toks = line.split() 
     69 
     70                # Wavelength in Angstrom 
     71                try: 
     72                    value = float(line_toks[1]) 
     73                    if self.current_datainfo.source.wavelength_unit != 'A': 
     74                        conv = Converter('A') 
     75                        self.current_datainfo.source.wavelength = conv(value, 
     76                            units=self.current_datainfo.source.wavelength_unit) 
     77                    else: 
     78                        self.current_datainfo.source.wavelength = value 
     79                except KeyError: 
     80                    msg = "ABSReader cannot read wavelength from %s" % filepath 
     81                    self.current_datainfo.errors.append(msg) 
     82 
     83                # Detector distance in meters 
     84                try: 
     85                    value = float(line_toks[3]) 
     86                    if detector.distance_unit != 'm': 
     87                        conv = Converter('m') 
     88                        detector.distance = conv(value, 
     89                                        units=detector.distance_unit) 
     90                    else: 
     91                        detector.distance = value 
     92                except Exception: 
     93                    msg = "ABSReader cannot read SDD from %s" % filepath 
     94                    self.current_datainfo.errors.append(msg) 
     95 
     96                # Transmission 
     97                try: 
     98                    self.current_datainfo.sample.transmission = \ 
     99                        float(line_toks[4]) 
     100                except ValueError: 
     101                    # Transmission isn't always in the header 
     102                    pass 
     103 
     104                # Sample thickness in mm 
     105                try: 
     106                    # ABS writer adds 'C' with no space to the end of the 
     107                    # thickness column.  Remove it if it is there before 
     108                    # converting the thickness. 
     109                    if line_toks[5][-1] not in '012345679.': 
     110                        value = float(line_toks[5][:-1]) 
     111                    else: 
     112                        value = float(line_toks[5]) 
     113                    if self.current_datainfo.sample.thickness_unit != 'cm': 
     114                        conv = Converter('cm') 
     115                        self.current_datainfo.sample.thickness = conv(value, 
     116                            units=self.current_datainfo.sample.thickness_unit) 
     117                    else: 
     118                        self.current_datainfo.sample.thickness = value 
     119                except ValueError: 
     120                    # Thickness is not a mandatory entry 
     121                    pass 
     122 
     123            # MON CNT  LAMBDA  DET ANG  DET DIST  TRANS  THICK  AVE   STEP 
     124            if line.count("LAMBDA") > 0: 
     125                is_info = True 
     126 
     127            # Find center info line 
     128            if is_center: 
     129                is_center = False 
     130                line_toks = line.split() 
     131                # Center in bin number 
     132                center_x = float(line_toks[0]) 
     133                center_y = float(line_toks[1]) 
     134 
     135                # Bin size 
     136                if detector.pixel_size_unit != 'mm': 
     137                    conv = Converter('mm') 
     138                    detector.pixel_size.x = conv(5.08, 
     139                                        units=detector.pixel_size_unit) 
     140                    detector.pixel_size.y = conv(5.08, 
     141                                        units=detector.pixel_size_unit) 
     142                else: 
     143                    detector.pixel_size.x = 5.08 
     144                    detector.pixel_size.y = 5.08 
     145 
     146                # Store beam center in distance units 
     147                # Det 640 x 640 mm 
     148                if detector.beam_center_unit != 'mm': 
     149                    conv = Converter('mm') 
     150                    detector.beam_center.x = conv(center_x * 5.08, 
     151                                     units=detector.beam_center_unit) 
     152                    detector.beam_center.y = conv(center_y * 5.08, 
     153                                     units=detector.beam_center_unit) 
     154                else: 
     155                    detector.beam_center.x = center_x * 5.08 
     156                    detector.beam_center.y = center_y * 5.08 
     157 
     158                # Detector type 
     159                try: 
     160                    detector.name = line_toks[7] 
    51161                except: 
    52                     raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path 
    53                 buff = input_f.read() 
    54                 lines = buff.split('\n') 
    55                 x  = np.zeros(0) 
    56                 y  = np.zeros(0) 
    57                 dy = np.zeros(0) 
    58                 dx = np.zeros(0) 
    59                 output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx) 
    60                 detector = Detector() 
    61                 output.detector.append(detector) 
    62                 output.filename = basename 
    63                  
    64                 is_info = False 
    65                 is_center = False 
    66                 is_data_started = False 
    67                  
    68                 data_conv_q = None 
    69                 data_conv_i = None 
    70                  
    71                 if has_converter == True and output.x_unit != '1/A': 
    72                     data_conv_q = Converter('1/A') 
    73                     # Test it 
    74                     data_conv_q(1.0, output.x_unit) 
    75                      
    76                 if has_converter == True and output.y_unit != '1/cm': 
    77                     data_conv_i = Converter('1/cm') 
    78                     # Test it 
    79                     data_conv_i(1.0, output.y_unit) 
    80                  
    81                 for line in lines: 
    82                      
    83                     # Information line 1 
    84                     if is_info == True: 
    85                         is_info = False 
    86                         line_toks = line.split() 
    87                          
    88                         # Wavelength in Angstrom 
    89                         try: 
    90                             value = float(line_toks[1]) 
    91                             if has_converter == True and \ 
    92                                 output.source.wavelength_unit != 'A': 
    93                                 conv = Converter('A') 
    94                                 output.source.wavelength = conv(value, 
    95                                         units=output.source.wavelength_unit) 
    96                             else: 
    97                                 output.source.wavelength = value 
    98                         except: 
    99                             #goes to ASC reader 
    100                             msg = "abs_reader: cannot open %s" % path 
    101                             raise  RuntimeError, msg 
    102                          
    103                         # Distance in meters 
    104                         try: 
    105                             value = float(line_toks[3]) 
    106                             if has_converter == True and \ 
    107                                 detector.distance_unit != 'm': 
    108                                 conv = Converter('m') 
    109                                 detector.distance = conv(value, 
    110                                                 units=detector.distance_unit) 
    111                             else: 
    112                                 detector.distance = value 
    113                         except: 
    114                             #goes to ASC reader 
    115                             msg = "abs_reader: cannot open %s" % path 
    116                             raise  RuntimeError, msg 
    117                         # Transmission 
    118                         try: 
    119                             output.sample.transmission = float(line_toks[4]) 
    120                         except: 
    121                             # Transmission is not a mandatory entry 
    122                             pass 
    123                      
    124                         # Thickness in mm 
    125                         try: 
    126                             value = float(line_toks[5]) 
    127                             if has_converter == True and \ 
    128                                 output.sample.thickness_unit != 'cm': 
    129                                 conv = Converter('cm') 
    130                                 output.sample.thickness = conv(value, 
    131                                             units=output.sample.thickness_unit) 
    132                             else: 
    133                                 output.sample.thickness = value 
    134                         except: 
    135                             # Thickness is not a mandatory entry 
    136                             pass 
    137                      
    138                     #MON CNT   LAMBDA   DET ANG   DET DIST   TRANS   THICK  
    139                     #  AVE   STEP 
    140                     if line.count("LAMBDA") > 0: 
    141                         is_info = True 
    142                          
    143                     # Find center info line 
    144                     if is_center == True: 
    145                         is_center = False 
    146                         line_toks = line.split() 
    147                         # Center in bin number 
    148                         center_x = float(line_toks[0]) 
    149                         center_y = float(line_toks[1]) 
    150                          
    151                         # Bin size 
    152                         if has_converter == True and \ 
    153                             detector.pixel_size_unit != 'mm': 
    154                             conv = Converter('mm') 
    155                             detector.pixel_size.x = conv(5.0, 
    156                                                 units=detector.pixel_size_unit) 
    157                             detector.pixel_size.y = conv(5.0, 
    158                                                 units=detector.pixel_size_unit) 
    159                         else: 
    160                             detector.pixel_size.x = 5.0 
    161                             detector.pixel_size.y = 5.0 
    162                          
    163                         # Store beam center in distance units 
    164                         # Det 640 x 640 mm 
    165                         if has_converter == True and \ 
    166                             detector.beam_center_unit != 'mm': 
    167                             conv = Converter('mm') 
    168                             detector.beam_center.x = conv(center_x * 5.0, 
    169                                              units=detector.beam_center_unit) 
    170                             detector.beam_center.y = conv(center_y * 5.0, 
    171                                             units=detector.beam_center_unit) 
    172                         else: 
    173                             detector.beam_center.x = center_x * 5.0 
    174                             detector.beam_center.y = center_y * 5.0 
    175                          
    176                         # Detector type 
    177                         try: 
    178                             detector.name = line_toks[7] 
    179                         except: 
    180                             # Detector name is not a mandatory entry 
    181                             pass 
    182                      
    183                     #BCENT(X,Y)   A1(mm)   A2(mm)   A1A2DIST(m)   DL/L 
    184                     #  BSTOP(mm)   DET_TYP 
    185                     if line.count("BCENT") > 0: 
    186                         is_center = True 
    187                          
    188                     # Parse the data 
    189                     if is_data_started == True: 
    190                         toks = line.split() 
    191  
    192                         try: 
    193                             _x  = float(toks[0]) 
    194                             _y  = float(toks[1]) 
    195                             _dy = float(toks[2]) 
    196                             _dx = float(toks[3]) 
    197                              
    198                             if data_conv_q is not None: 
    199                                 _x = data_conv_q(_x, units=output.x_unit) 
    200                                 _dx = data_conv_i(_dx, units=output.x_unit) 
    201                                  
    202                             if data_conv_i is not None: 
    203                                 _y = data_conv_i(_y, units=output.y_unit) 
    204                                 _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit) 
    205                             
    206                             x = np.append(x, _x) 
    207                             y = np.append(y, _y) 
    208                             dy = np.append(dy, _dy) 
    209                             dx = np.append(dx, _dx) 
    210                              
    211                         except: 
    212                             # Could not read this data line. If we are here 
    213                             # it is because we are in the data section. Just 
    214                             # skip it. 
    215                             pass 
    216                              
    217                     #The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev. 
    218                     # I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor| 
    219                     if line.count("The 6 columns") > 0: 
    220                         is_data_started = True 
    221              
    222                 # Sanity check 
    223                 if not len(y) == len(dy): 
    224                     msg = "abs_reader: y and dy have different length" 
    225                     raise ValueError, msg 
    226                 # If the data length is zero, consider this as 
    227                 # though we were not able to read the file. 
    228                 if len(x) == 0: 
    229                     raise ValueError, "ascii_reader: could not load file" 
    230                  
    231                 output.x = x[x != 0] 
    232                 output.y = y[x != 0] 
    233                 output.dy = dy[x != 0] 
    234                 output.dx = dx[x != 0] 
    235                 if data_conv_q is not None: 
    236                     output.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit) 
    237                 else: 
    238                     output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    239                 if data_conv_i is not None: 
    240                     output.yaxis("\\rm{Intensity}", output.y_unit) 
    241                 else: 
    242                     output.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    243                      
    244                 # Store loading process information 
    245                 output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    246                 return output 
     162                    # Detector name is not a mandatory entry 
     163                    pass 
     164 
     165            # BCENT(X,Y)  A1(mm)  A2(mm)  A1A2DIST(m)  DL/L  BSTOP(mm)  DET_TYP 
     166            if line.count("BCENT") > 0: 
     167                is_center = True 
     168 
     169            # Parse the data 
     170            if is_data_started: 
     171                toks = line.split() 
     172 
     173                try: 
     174                    _x = float(toks[0]) 
     175                    _y = float(toks[1]) 
     176                    _dy = float(toks[2]) 
     177                    _dx = float(toks[3]) 
     178 
     179                    if data_conv_q is not None: 
     180                        _x = data_conv_q(_x, units=base_q_unit) 
     181                        _dx = data_conv_q(_dx, units=base_q_unit) 
     182 
     183                    if data_conv_i is not None: 
     184                        _y = data_conv_i(_y, units=base_i_unit) 
     185                        _dy = data_conv_i(_dy, units=base_i_unit) 
     186 
     187                    self.current_dataset.x[data_line] = _x 
     188                    self.current_dataset.y[data_line] = _y 
     189                    self.current_dataset.dy[data_line] = _dy 
     190                    self.current_dataset.dx[data_line] = _dx 
     191                    data_line += 1 
     192 
     193                except ValueError: 
     194                    # Could not read this data line. If we are here 
     195                    # it is because we are in the data section. Just 
     196                    # skip it. 
     197                    pass 
     198 
     199            # The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev. 
     200            # I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor| 
     201            if line.count("The 6 columns") > 0: 
     202                is_data_started = True 
     203 
     204        self.remove_empty_q_values() 
     205 
     206        # Sanity check 
     207        if not len(self.current_dataset.y) == len(self.current_dataset.dy): 
     208            self.set_all_to_none() 
     209            msg = "abs_reader: y and dy have different length" 
     210            raise ValueError(msg) 
     211        # If the data length is zero, consider this as 
     212        # though we were not able to read the file. 
     213        if len(self.current_dataset.x) == 0: 
     214            self.set_all_to_none() 
     215            raise ValueError("ascii_reader: could not load file") 
     216 
     217        if data_conv_q is not None: 
     218            self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", base_q_unit) 
    247219        else: 
    248             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
    249         return None 
     220            self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
     221        if data_conv_i is not None: 
     222            self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", base_i_unit) 
     223        else: 
     224            self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
     225 
     226        # Store loading process information 
     227        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
     228        self.send_to_output() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/anton_paar_saxs_reader.py

    ra235f715 ra5bd87a  
    99 
    1010from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    11 from sas.sascalc.dataloader.data_info import plottable_1D, Data1D, Sample, Source 
     11from sas.sascalc.dataloader.data_info import plottable_1D, Data1D, DataInfo, Sample, Source 
    1212from sas.sascalc.dataloader.data_info import Process, Aperture, Collimation, TransmissionSpectrum, Detector 
    13  
     13from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
    1414 
    1515class Reader(XMLreader): 
    1616    """ 
    17     A class for reading in CanSAS v2.0 data files. The existing iteration opens Mantid generated HDF5 formatted files 
    18     with file extension .h5/.H5. Any number of data sets may be present within the file and any dimensionality of data 
    19     may be used. Currently 1D and 2D SAS data sets are supported, but future implementations will include 1D and 2D 
    20     SESANS data. This class assumes a single data set for each sasentry. 
    21  
    22     :Dependencies: 
    23         The CanSAS HDF5 reader requires h5py v2.5.0 or later. 
     17    A class for reading in Anton Paar .pdh files 
    2418    """ 
    2519 
    … …  
    3024    ## Raw file contents to be processed 
    3125    raw_data = None 
    32     ## Data set being modified 
    33     current_dataset = None 
    3426    ## For recursion and saving purposes, remember parent objects 
    3527    parent_list = None 
    … …  
    4234    ## Flag to bypass extension check 
    4335    allow_all = False 
    44     ## List of files to return 
    45     output = None 
    4636 
    4737    def reset_state(self): 
    48         self.current_dataset = Data1D(np.empty(0), np.empty(0), 
    49                                             np.empty(0), np.empty(0)) 
     38        self.current_dataset = plottable_1D(np.empty(0), np.empty(0), np.empty(0), np.empty(0)) 
     39        self.current_datainfo = DataInfo() 
    5040        self.datasets = [] 
    5141        self.raw_data = None 
    … …  
    6353        self.lower = 5 
    6454 
    65     def read(self, filename): 
     55    def get_file_contents(self): 
    6656        """ 
    6757            This is the general read method that all SasView data_loaders must have. 
    … …  
    7363        ## Reinitialize the class when loading a new data file to reset all class variables 
    7464        self.reset_state() 
    75         ## Check that the file exists 
    76         if os.path.isfile(filename): 
    77             basename = os.path.basename(filename) 
    78             _, extension = os.path.splitext(basename) 
    79             # If the file type is not allowed, return empty list 
    80             if extension in self.ext or self.allow_all: 
    81                 ## Load the data file 
    82                 input_f = open(filename, 'r') 
    83                 buff = input_f.read() 
    84                 self.raw_data = buff.splitlines() 
    85                 self.read_data() 
    86         return self.output 
     65        buff = self.readall() 
     66        self.raw_data = buff.splitlines() 
     67        self.read_data() 
    8768 
    8869    def read_data(self): 
     70        correctly_loaded = True 
     71        error_message = "" 
     72 
    8973        q_unit = "1/nm" 
    9074        i_unit = "1/um^2" 
    91         self.current_dataset.title = self.raw_data[0] 
    92         self.current_dataset.meta_data["Keywords"] = self.raw_data[1] 
    93         line3 = self.raw_data[2].split() 
    94         line4 = self.raw_data[3].split() 
    95         line5 = self.raw_data[4].split() 
    96         self.data_points = int(line3[0]) 
    97         self.lower = 5 
    98         self.upper = self.lower + self.data_points 
    99         self.source.radiation = 'x-ray' 
    100         normal = float(line4[3]) 
    101         self.current_dataset.source.radiation = "x-ray" 
    102         self.current_dataset.source.name = "Anton Paar SAXSess Instrument" 
    103         self.current_dataset.source.wavelength = float(line4[4]) 
    104         xvals = [] 
    105         yvals = [] 
    106         dyvals = [] 
    107         for i in range(self.lower, self.upper): 
    108             index = i - self.lower 
    109             data = self.raw_data[i].split() 
    110             xvals.insert(index, normal * float(data[0])) 
    111             yvals.insert(index, normal * float(data[1])) 
    112             dyvals.insert(index, normal * float(data[2])) 
     75        try: 
     76            self.current_datainfo.title = self.raw_data[0] 
     77            self.current_datainfo.meta_data["Keywords"] = self.raw_data[1] 
     78            line3 = self.raw_data[2].split() 
     79            line4 = self.raw_data[3].split() 
     80            line5 = self.raw_data[4].split() 
     81            self.data_points = int(line3[0]) 
     82            self.lower = 5 
     83            self.upper = self.lower + self.data_points 
     84            self.source.radiation = 'x-ray' 
     85            normal = float(line4[3]) 
     86            self.current_datainfo.source.radiation = "x-ray" 
     87            self.current_datainfo.source.name = "Anton Paar SAXSess Instrument" 
     88            self.current_datainfo.source.wavelength = float(line4[4]) 
     89            xvals = [] 
     90            yvals = [] 
     91            dyvals = [] 
     92            for i in range(self.lower, self.upper): 
     93                index = i - self.lower 
     94                data = self.raw_data[i].split() 
     95                xvals.insert(index, normal * float(data[0])) 
     96                yvals.insert(index, normal * float(data[1])) 
     97                dyvals.insert(index, normal * float(data[2])) 
     98        except Exception as e: 
     99            error_message = "Couldn't load {}.\n".format(self.f_open.name) 
     100            error_message += e.message 
     101            raise FileContentsException(error_message) 
    113102        self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, xvals) 
    114103        self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, yvals) 
    115104        self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, dyvals) 
    116105        if self.data_points != self.current_dataset.x.size: 
    117             self.errors.add("Not all data was loaded properly.") 
    118         if self.current_dataset.dx.size != self.current_dataset.x.size: 
    119             dxvals = np.zeros(self.current_dataset.x.size) 
    120             self.current_dataset.dx = dxvals 
     106            error_message += "Not all data points could be loaded.\n" 
     107            correctly_loaded = False 
    121108        if self.current_dataset.x.size != self.current_dataset.y.size: 
    122             self.errors.add("The x and y data sets are not the same size.") 
     109            error_message += "The x and y data sets are not the same size.\n" 
     110            correctly_loaded = False 
    123111        if self.current_dataset.y.size != self.current_dataset.dy.size: 
    124             self.errors.add("The y and dy datasets are not the same size.") 
    125         self.current_dataset.errors = self.errors 
     112            error_message += "The y and dy datasets are not the same size.\n" 
     113            correctly_loaded = False 
     114 
    126115        self.current_dataset.xaxis("Q", q_unit) 
    127116        self.current_dataset.yaxis("Intensity", i_unit) 
    128117        xml_intermediate = self.raw_data[self.upper:] 
    129118        xml = ''.join(xml_intermediate) 
    130         self.set_xml_string(xml) 
    131         dom = self.xmlroot.xpath('/fileinfo') 
    132         self._parse_child(dom) 
    133         self.output.append(self.current_dataset) 
     119        try: 
     120            self.set_xml_string(xml) 
     121            dom = self.xmlroot.xpath('/fileinfo') 
     122            self._parse_child(dom) 
     123        except Exception as e: 
     124            # Data loaded but XML metadata has an error 
     125            error_message += "Data points have been loaded but there was an " 
     126            error_message += "error reading XML metadata: " + e.message 
     127            correctly_loaded = False 
     128        self.send_to_output() 
     129        if not correctly_loaded: 
     130            raise DataReaderException(error_message) 
    134131 
    135132    def _parse_child(self, dom, parent=''): 
    … …  
    146143                self._parse_child(node, key) 
    147144                if key == "SampleDetector": 
    148                     self.current_dataset.detector.append(self.detector) 
     145                    self.current_datainfo.detector.append(self.detector) 
    149146                    self.detector = Detector() 
    150147            else: 
    151148                if key == "value": 
    152149                    if parent == "Wavelength": 
    153                         self.current_dataset.source.wavelength = value 
     150                        self.current_datainfo.source.wavelength = value 
    154151                    elif parent == "SampleDetector": 
    155152                        self.detector.distance = value 
    156153                    elif parent == "Temperature": 
    157                         self.current_dataset.sample.temperature = value 
     154                        self.current_datainfo.sample.temperature = value 
    158155                    elif parent == "CounterSlitLength": 
    159156                        self.detector.slit_length = value 
    … …  
    161158                    value = value.replace("_", "") 
    162159                    if parent == "Wavelength": 
    163                         self.current_dataset.source.wavelength_unit = value 
     160                        self.current_datainfo.source.wavelength_unit = value 
    164161                    elif parent == "SampleDetector": 
    165162                        self.detector.distance_unit = value 
    … …  
    169166                        self.current_dataset.yaxis(self.current_dataset._yaxis, value) 
    170167                    elif parent == "Temperature": 
    171                         self.current_dataset.sample.temperature_unit = value 
     168                        self.current_datainfo.sample.temperature_unit = value 
    172169                    elif parent == "CounterSlitLength": 
    173170                        self.detector.slit_length_unit = value 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    r235f514 r9e6aeaf  
    11""" 
    2     ASCII reader 
     2    Generic multi-column ASCII data reader 
    33""" 
    44############################################################################ 
    5 #This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    6 #Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    7 #project funded by the US National Science Foundation.  
    8 #If you use DANSE applications to do scientific research that leads to 
    9 #publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the 
    10 #following sentence: 
    11 #This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547. 
    12 #copyright 2008, University of Tennessee 
     5# This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
     6# Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
     7# project funded by the US National Science Foundation. 
     8# If you use DANSE applications to do scientific research that leads to 
     9# publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the 
     10# following sentence: 
     11# This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547. 
     12# copyright 2008, University of Tennessee 
    1313############################################################################# 
    1414 
     15import logging 
     16from sas.sascalc.dataloader.file_reader_base_class import FileReader 
     17from sas.sascalc.dataloader.data_info import DataInfo, plottable_1D 
     18from sas.sascalc.dataloader.loader_exceptions import FileContentsException,\ 
     19    DefaultReaderException 
    1520 
    16 import numpy as np 
    17 import os 
    18 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
    19  
    20 # Check whether we have a converter available 
    21 has_converter = True 
    22 try: 
    23     from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    24 except: 
    25     has_converter = False 
    26 _ZERO = 1e-16 
     21logger = logging.getLogger(__name__) 
    2722 
    2823 
    29 class Reader: 
     24class Reader(FileReader): 
    3025    """ 
    3126    Class to load ascii files (2, 3 or 4 columns). 
    3227    """ 
    33     ## File type 
     28    # File type 
    3429    type_name = "ASCII" 
    35  
    36     ## Wildcards 
     30    # Wildcards 
    3731    type = ["ASCII files (*.txt)|*.txt", 
    3832            "ASCII files (*.dat)|*.dat", 
    3933            "ASCII files (*.abs)|*.abs", 
    4034            "CSV files (*.csv)|*.csv"] 
    41     ## List of allowed extensions 
    42     ext = ['.txt', '.TXT', '.dat', '.DAT', '.abs', '.ABS', 'csv', 'CSV'] 
     35    # List of allowed extensions 
     36    ext = ['.txt', '.dat', '.abs', '.csv'] 
     37    # Flag to bypass extension check 
     38    allow_all = True 
     39    # data unless that is the only data 
     40    min_data_pts = 5 
    4341 
    44     ## Flag to bypass extension check 
    45     allow_all = True 
     42    def get_file_contents(self): 
     43        """ 
     44        Get the contents of the file 
     45        """ 
    4646 
    47     def read(self, path): 
    48         """ 
    49         Load data file 
     47        buff = self.readall() 
     48        filepath = self.f_open.name 
     49        lines = buff.splitlines() 
     50        self.output = [] 
     51        self.current_datainfo = DataInfo() 
     52        self.current_datainfo.filename = filepath 
     53        self.reset_data_list(len(lines)) 
    5054 
    51         :param path: file path 
    52         :return: Data1D object, or None 
     55        # The first good line of data will define whether 
     56        # we have 2-column or 3-column ascii 
     57        has_error_dx = None 
     58        has_error_dy = None 
    5359 
    54         :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    55         :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    56         """ 
    57         if os.path.isfile(path): 
    58             basename = os.path.basename(path) 
    59             _, extension = os.path.splitext(basename) 
    60             if self.allow_all or extension.lower() in self.ext: 
    61                 try: 
    62                     # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii 
    63                     # characters that breaks the open operation 
    64                     input_f = open(path,'rb') 
    65                 except: 
    66                     raise  RuntimeError, "ascii_reader: cannot open %s" % path 
    67                 buff = input_f.read() 
    68                 lines = buff.splitlines() 
     60        # Initialize counters for data lines and header lines. 
     61        is_data = False 
     62        # More than "5" lines of data is considered as actual 
     63        # To count # of current data candidate lines 
     64        candidate_lines = 0 
     65        # To count total # of previous data candidate lines 
     66        candidate_lines_previous = 0 
     67        # Current line number 
     68        line_no = 0 
     69        # minimum required number of columns of data 
     70        lentoks = 2 
     71        for line in lines: 
     72            toks = self.splitline(line.strip()) 
     73            # To remember the number of columns in the current line of data 
     74            new_lentoks = len(toks) 
     75            try: 
     76                if new_lentoks == 0: 
     77                    # If the line is blank, skip and continue on 
     78                    # In case of breaks within data sets. 
     79                    continue 
     80                elif new_lentoks != lentoks and is_data: 
     81                    # If a footer is found, break the loop and save the data 
     82                    break 
     83                elif new_lentoks != lentoks and not is_data: 
     84                    # If header lines are numerical 
     85                    candidate_lines = 0 
     86                    self.reset_data_list(len(lines) - line_no) 
    6987 
    70                 # Arrays for data storage 
    71                 tx = np.zeros(0) 
    72                 ty = np.zeros(0) 
    73                 tdy = np.zeros(0) 
    74                 tdx = np.zeros(0) 
     88                self.current_dataset.x[candidate_lines] = float(toks[0]) 
    7589 
    76                 # The first good line of data will define whether 
    77                 # we have 2-column or 3-column ascii 
     90                if new_lentoks > 1: 
     91                    self.current_dataset.y[candidate_lines] = float(toks[1]) 
     92 
     93                # If a 3rd row is present, consider it dy 
     94                if new_lentoks > 2: 
     95                    self.current_dataset.dy[candidate_lines] = \ 
     96                        float(toks[2]) 
     97                    has_error_dy = True 
     98 
     99                # If a 4th row is present, consider it dx 
     100                if new_lentoks > 3: 
     101                    self.current_dataset.dx[candidate_lines] = \ 
     102                        float(toks[3]) 
     103                    has_error_dx = True 
     104 
     105                candidate_lines += 1 
     106                # If 5 or more lines, this is considering the set data 
     107                if candidate_lines >= self.min_data_pts: 
     108                    is_data = True 
     109 
     110                if is_data and new_lentoks >= 8: 
     111                    msg = "This data looks like 2D ASCII data. Use the file " 
     112                    msg += "converter tool to convert it to NXcanSAS." 
     113                    raise FileContentsException(msg) 
     114 
     115                # To remember the # of columns on the current line 
     116                # for the next line of data 
     117                lentoks = new_lentoks 
     118                line_no += 1 
     119            except ValueError: 
     120                # ValueError is raised when non numeric strings conv. to float 
     121                # It is data and meet non - number, then stop reading 
     122                if is_data: 
     123                    break 
     124                # Delete the previously stored lines of data candidates if 
     125                # the list is not data 
     126                self.reset_data_list(len(lines) - line_no) 
     127                lentoks = 2 
    78128                has_error_dx = None 
    79129                has_error_dy = None 
     130                # Reset # of lines of data candidates 
     131                candidate_lines = 0 
    80132 
    81                 #Initialize counters for data lines and header lines. 
    82                 is_data = False 
    83                 # More than "5" lines of data is considered as actual 
    84                 # data unless that is the only data 
    85                 min_data_pts = 5 
    86                 # To count # of current data candidate lines 
    87                 candidate_lines = 0 
    88                 # To count total # of previous data candidate lines 
    89                 candidate_lines_previous = 0 
    90                 #minimum required number of columns of data 
    91                 lentoks = 2 
    92                 for line in lines: 
    93                     toks = self.splitline(line) 
    94                     # To remember the # of columns in the current line of data 
    95                     new_lentoks = len(toks) 
    96                     try: 
    97                         if new_lentoks == 1 and not is_data: 
    98                             ## If only one item in list, no longer data 
    99                             raise ValueError 
    100                         elif new_lentoks == 0: 
    101                             ## If the line is blank, skip and continue on 
    102                             ## In case of breaks within data sets. 
    103                             continue 
    104                         elif new_lentoks != lentoks and is_data: 
    105                             ## If a footer is found, break the loop and save the data 
    106                             break 
    107                         elif new_lentoks != lentoks and not is_data: 
    108                             ## If header lines are numerical 
    109                             candidate_lines = 0 
    110                             candidate_lines_previous = 0 
     133        if not is_data: 
     134            self.set_all_to_none() 
     135            if self.extension in self.ext: 
     136                msg = "ASCII Reader error: Fewer than five Q data points found " 
     137                msg += "in {}.".format(filepath) 
     138                raise FileContentsException(msg) 
     139            else: 
     140                msg = "ASCII Reader could not load the file {}".format(filepath) 
     141                raise DefaultReaderException(msg) 
     142        # Sanity check 
     143        if has_error_dy and not len(self.current_dataset.y) == \ 
     144                len(self.current_dataset.dy): 
     145            msg = "ASCII Reader error: Number of I and dI data points are" 
     146            msg += " different in {}.".format(filepath) 
     147            # TODO: Add error to self.current_datainfo.errors instead? 
     148            self.set_all_to_none() 
     149            raise FileContentsException(msg) 
     150        if has_error_dx and not len(self.current_dataset.x) == \ 
     151                len(self.current_dataset.dx): 
     152            msg = "ASCII Reader error: Number of Q and dQ data points are" 
     153            msg += " different in {}.".format(filepath) 
     154            # TODO: Add error to self.current_datainfo.errors instead? 
     155            self.set_all_to_none() 
     156            raise FileContentsException(msg) 
    111157 
    112                         #Make sure that all columns are numbers. 
    113                         for colnum in range(len(toks)): 
    114                             # Any non-floating point values throw ValueError 
    115                             float(toks[colnum]) 
     158        self.remove_empty_q_values() 
     159        self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
     160        self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    116161 
    117                         candidate_lines += 1 
    118                         _x = float(toks[0]) 
    119                         _y = float(toks[1]) 
    120                         _dx = None 
    121                         _dy = None 
    122  
    123                         #If 5 or more lines, this is considering the set data 
    124                         if candidate_lines >= min_data_pts: 
    125                             is_data = True 
    126  
    127                         # If a 3rd row is present, consider it dy 
    128                         if new_lentoks > 2: 
    129                             _dy = float(toks[2]) 
    130                         has_error_dy = False if _dy is None else True 
    131  
    132                         # If a 4th row is present, consider it dx 
    133                         if new_lentoks > 3: 
    134                             _dx = float(toks[3]) 
    135                         has_error_dx = False if _dx is None else True 
    136  
    137                         # Delete the previously stored lines of data candidates if 
    138                         # the list is not data 
    139                         if candidate_lines == 1 and -1 < candidate_lines_previous < min_data_pts and \ 
    140                             is_data == False: 
    141                             try: 
    142                                 tx = np.zeros(0) 
    143                                 ty = np.zeros(0) 
    144                                 tdy = np.zeros(0) 
    145                                 tdx = np.zeros(0) 
    146                             except: 
    147                                 pass 
    148  
    149                         if has_error_dy == True: 
    150                             tdy = np.append(tdy, _dy) 
    151                         if has_error_dx == True: 
    152                             tdx = np.append(tdx, _dx) 
    153                         tx = np.append(tx, _x) 
    154                         ty = np.append(ty, _y) 
    155  
    156                         #To remember the # of columns on the current line 
    157                         # for the next line of data 
    158                         lentoks = new_lentoks 
    159                         candidate_lines_previous = candidate_lines 
    160                     except ValueError: 
    161                         # It is data and meet non - number, then stop reading 
    162                         if is_data == True: 
    163                             break 
    164                         lentoks = 2 
    165                         has_error_dx = None 
    166                         has_error_dy = None 
    167                         #Reset # of lines of data candidates 
    168                         candidate_lines = 0 
    169                     except: 
    170                         pass 
    171  
    172                 input_f.close() 
    173                 if not is_data: 
    174                     msg = "ascii_reader: x has no data" 
    175                     raise RuntimeError, msg 
    176                 # Sanity check 
    177                 if has_error_dy == True and not len(ty) == len(tdy): 
    178                     msg = "ascii_reader: y and dy have different length" 
    179                     raise RuntimeError, msg 
    180                 if has_error_dx == True and not len(tx) == len(tdx): 
    181                     msg = "ascii_reader: y and dy have different length" 
    182                     raise RuntimeError, msg 
    183                 # If the data length is zero, consider this as 
    184                 # though we were not able to read the file. 
    185                 if len(tx) == 0: 
    186                     raise RuntimeError, "ascii_reader: could not load file" 
    187  
    188                 #Let's re-order the data to make cal. 
    189                 # curve look better some cases 
    190                 ind = np.lexsort((ty, tx)) 
    191                 x = np.zeros(len(tx)) 
    192                 y = np.zeros(len(ty)) 
    193                 dy = np.zeros(len(tdy)) 
    194                 dx = np.zeros(len(tdx)) 
    195                 output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx) 
    196                 self.filename = output.filename = basename 
    197  
    198                 for i in ind: 
    199                     x[i] = tx[ind[i]] 
    200                     y[i] = ty[ind[i]] 
    201                     if has_error_dy == True: 
    202                         dy[i] = tdy[ind[i]] 
    203                     if has_error_dx == True: 
    204                         dx[i] = tdx[ind[i]] 
    205                 # Zeros in dx, dy 
    206                 if has_error_dx: 
    207                     dx[dx == 0] = _ZERO 
    208                 if has_error_dy: 
    209                     dy[dy == 0] = _ZERO 
    210                 #Data 
    211                 output.x = x[x != 0] 
    212                 output.y = y[x != 0] 
    213                 output.dy = dy[x != 0] if has_error_dy == True\ 
    214                     else np.zeros(len(output.y)) 
    215                 output.dx = dx[x != 0] if has_error_dx == True\ 
    216                     else np.zeros(len(output.x)) 
    217  
    218                 output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    219                 output.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    220  
    221                 # Store loading process information 
    222                 output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    223                 if len(output.x) < 1: 
    224                     raise RuntimeError, "%s is empty" % path 
    225                 return output 
    226  
    227         else: 
    228             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
    229         return None 
    230  
    231     def splitline(self, line): 
    232         """ 
    233         Splits a line into pieces based on common delimeters 
    234         :param line: A single line of text 
    235         :return: list of values 
    236         """ 
    237         # Initial try for CSV (split on ,) 
    238         toks = line.split(',') 
    239         # Now try SCSV (split on ;) 
    240         if len(toks) < 2: 
    241             toks = line.split(';') 
    242         # Now go for whitespace 
    243         if len(toks) < 2: 
    244             toks = line.split() 
    245         return toks 
     162        # Store loading process information 
     163        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
     164        self.send_to_output() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    ra1b8fee r574adc7  
    1414#copyright 2009, University of Tennessee 
    1515############################################################################# 
    16 from __future__ import print_function 
    17  
    18 import os 
    1916import sys 
    2017import logging 
    21 import json 
    2218 
    2319logger = logging.getLogger(__name__) 
    2420 
    25 FILE_NAME = 'defaults.json' 
     21FILE_ASSOCIATIONS = { 
     22    ".xml": "cansas_reader", 
     23    ".ses": "sesans_reader", 
     24    ".h5": "cansas_reader_HDF5", 
     25    ".txt": "ascii_reader", 
     26    ".dat": "red2d_reader", 
     27    ".abs": "abs_reader", 
     28    ".sans": "danse_reader", 
     29    ".pdh": "anton_paar_saxs_reader" 
     30} 
    2631 
    27 def read_associations(loader, settings=FILE_NAME): 
     32 
     33def read_associations(loader, settings=FILE_ASSOCIATIONS): 
    2834    """ 
    2935    Read the specified settings file to associate 
    3036    default readers to file extension. 
    31      
     37 
    3238    :param loader: Loader object 
    3339    :param settings: path to the json settings file [string] 
    3440    """ 
    35     reader_dir = os.path.dirname(__file__) 
    36     path = os.path.join(reader_dir, settings) 
    37      
    38     # If we can't find the file in the installation 
    39     # directory, look into the execution directory. 
    40     if not os.path.isfile(path): 
    41         path = os.path.join(os.getcwd(), settings) 
    42     if not os.path.isfile(path): 
    43         path = os.path.join(sys.path[0], settings) 
    44     if not os.path.isfile(path): 
    45         path = settings 
    46     if not os.path.isfile(path): 
    47         path = "./%s" % settings 
    48     if os.path.isfile(path): 
    49         with open(path) as fh: 
    50             json_tree = json.load(fh) 
    51          
    52         # Read in the file extension associations 
    53         entry_list = json_tree['SasLoader']['FileType'] 
    54  
    55         # For each FileType entry, get the associated reader and extension 
    56         for entry in entry_list: 
    57             reader = entry['-reader'] 
    58             ext = entry['-extension'] 
    59              
    60             if reader is not None and ext is not None: 
    61                 # Associate the extension with a particular reader 
    62                 # TODO: Modify the Register code to be case-insensitive 
    63                 # and remove the extra line below. 
    64                 try: 
    65                     exec "import %s" % reader 
    66                     exec "loader.associate_file_type('%s', %s)" % (ext.lower(), 
    67                                                                     reader) 
    68                     exec "loader.associate_file_type('%s', %s)" % (ext.upper(), 
    69                                                                     reader) 
    70                 except: 
    71                     msg = "read_associations: skipping association" 
    72                     msg += " for %s\n  %s" % (ext.lower(), sys.exc_value) 
    73                     logger.error(msg) 
    74     else: 
    75         print("Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd())) 
    76           
    77           
    78 def register_readers(registry_function): 
    79     """ 
    80     Function called by the registry/loader object to register 
    81     all default readers using a call back function. 
    82      
    83     :WARNING: this method is now obsolete 
    84  
    85     :param registry_function: function to be called to register each reader 
    86     """ 
    87     logger.info("register_readers is now obsolete: use read_associations()") 
    88     import abs_reader 
    89     import ascii_reader 
    90     import cansas_reader 
    91     import danse_reader 
    92     import hfir1d_reader 
    93     import IgorReader 
    94     import red2d_reader 
    95     #import tiff_reader 
    96     import nexus_reader 
    97     import sesans_reader 
    98     import cansas_reader_HDF5 
    99     import anton_paar_saxs_reader 
    100     registry_function(sesans_reader) 
    101     registry_function(abs_reader) 
    102     registry_function(ascii_reader) 
    103     registry_function(cansas_reader) 
    104     registry_function(danse_reader) 
    105     registry_function(hfir1d_reader) 
    106     registry_function(IgorReader) 
    107     registry_function(red2d_reader) 
    108     #registry_function(tiff_reader) 
    109     registry_function(nexus_reader) 
    110     registry_function(cansas_reader_HDF5) 
    111     registry_function(anton_paar_saxs_reader) 
    112     return True 
     41    # For each FileType entry, get the associated reader and extension 
     42    for ext, reader in settings.items(): 
     43        if reader is not None and ext is not None: 
     44            # Associate the extension with a particular reader 
     45            # TODO: Modify the Register code to be case-insensitive 
     46            # FIXME: Remove exec statements 
     47            # and remove the extra line below. 
     48            try: 
     49                exec("from . import %s" % reader) 
     50                exec("loader.associate_file_type('%s', %s)" 
     51                     % (ext.lower(), reader)) 
     52                exec("loader.associate_file_type('%s', %s)" 
     53                     % (ext.upper(), reader)) 
     54            except: 
     55                msg = "read_associations: skipping association" 
     56                msg += " for %s\n  %s" % (ext.lower(), sys.exc_value) 
     57                logger.error(msg) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r7432acb r2b538cd  
    1 """ 
    2     CanSAS data reader - new recursive cansas_version. 
    3 """ 
    4 ############################################################################ 
    5 #This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    6 #Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    7 #project funded by the US National Science Foundation. 
    8 #If you use DANSE applications to do scientific research that leads to 
    9 #publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the 
    10 #following sentence: 
    11 #This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547. 
    12 #copyright 2008,2009 University of Tennessee 
    13 ############################################################################# 
    14  
    151import logging 
    16 import numpy as np 
    172import os 
    183import sys 
    194import datetime 
    205import inspect 
    21 # For saving individual sections of data 
    22 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, \ 
    23     plottable_1D, plottable_2D 
    24 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, \ 
    25     Detector, Process, Aperture 
    26 from sas.sascalc.dataloader.data_info import \ 
    27     combine_data_info_with_plottable as combine_data 
    28 import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader 
    29 from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    30 from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel 
     6 
     7import numpy as np 
    318 
    329# The following 2 imports *ARE* used. Do not remove either. 
    3310import xml.dom.minidom 
    3411from xml.dom.minidom import parseString 
     12 
     13from lxml import etree 
     14 
     15from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
     16 
     17# For saving individual sections of data 
     18from ..data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, plottable_1D, plottable_2D, \ 
     19    Collimation, TransmissionSpectrum, Detector, Process, Aperture, \ 
     20    combine_data_info_with_plottable as combine_data 
     21from ..loader_exceptions import FileContentsException, DefaultReaderException, \ 
     22    DataReaderException 
     23from . import xml_reader 
     24from .xml_reader import XMLreader 
     25from .cansas_constants import CansasConstants, CurrentLevel 
    3526 
    3627logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    4334INVALID_XML = "\n\nThe loaded xml file, {0} does not fully meet the CanSAS v1.x specification. SasView loaded " + \ 
    4435              "as much of the data as possible.\n\n" 
    45 HAS_CONVERTER = True 
    46 try: 
    47     from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    48 except ImportError: 
    49     HAS_CONVERTER = False 
    5036 
    5137CONSTANTS = CansasConstants() 
    … …  
    5541 
    5642class Reader(XMLreader): 
    57     """ 
    58     Class to load cansas 1D XML files 
    59  
    60     :Dependencies: 
    61         The CanSAS reader requires PyXML 0.8.4 or later. 
    62     """ 
    63     # CanSAS version - defaults to version 1.0 
    6443    cansas_version = "1.0" 
    6544    base_ns = "{cansas1d/1.0}" 
    … …  
    7554    ns_list = None 
    7655    # Temporary storage location for loading multiple data sets in a single file 
    77     current_datainfo = None 
    78     current_dataset = None 
    7956    current_data1d = None 
    8057    data = None 
    81     # List of data1D objects to be sent back to SasView 
    82     output = None 
    8358    # Wildcards 
    8459    type = ["XML files (*.xml)|*.xml", "SasView Save Files (*.svs)|*.svs"] 
    … …  
    11085 
    11186    def read(self, xml_file, schema_path="", invalid=True): 
    112         """ 
    113         Validate and read in an xml_file file in the canSAS format. 
    114  
    115         :param xml_file: A canSAS file path in proper XML format 
    116         :param schema_path: A file path to an XML schema to validate the xml_file against 
    117         """ 
    118         # For every file loaded, reset everything to a base state 
     87        if schema_path != "" or invalid != True: 
     88            # read has been called from self.get_file_contents because xml file doens't conform to schema 
     89            _, self.extension = os.path.splitext(os.path.basename(xml_file)) 
     90            return self.get_file_contents(xml_file=xml_file, schema_path=schema_path, invalid=invalid) 
     91 
     92        # Otherwise, read has been called by the data loader - file_reader_base_class handles this 
     93        return super(XMLreader, self).read(xml_file) 
     94 
     95    def get_file_contents(self, xml_file=None, schema_path="", invalid=True): 
     96        # Reset everything since we're loading a new file 
    11997        self.reset_state() 
    12098        self.invalid = invalid 
    121         # Check that the file exists 
    122         if os.path.isfile(xml_file): 
    123             basename, extension = os.path.splitext(os.path.basename(xml_file)) 
    124             # If the file type is not allowed, return nothing 
    125             if extension in self.ext or self.allow_all: 
    126                 # Get the file location of 
    127                 self.load_file_and_schema(xml_file, schema_path) 
    128                 self.add_data_set() 
    129                 # Try to load the file, but raise an error if unable to. 
    130                 # Check the file matches the XML schema 
     99        if xml_file is None: 
     100            xml_file = self.f_open.name 
     101        # We don't sure f_open since lxml handles opnening/closing files 
     102        try: 
     103            # Raises FileContentsException 
     104            self.load_file_and_schema(xml_file, schema_path) 
     105            # Parse each SASentry 
     106            entry_list = self.xmlroot.xpath('/ns:SASroot/ns:SASentry', 
     107                                            namespaces={ 
     108                                                'ns': self.cansas_defaults.get( 
     109                                                    "ns") 
     110                                            }) 
     111            self.is_cansas(self.extension) 
     112            self.set_processing_instructions() 
     113            for entry in entry_list: 
     114                self._parse_entry(entry) 
     115                self.data_cleanup() 
     116        except FileContentsException as fc_exc: 
     117            # File doesn't meet schema - try loading with a less strict schema 
     118            base_name = xml_reader.__file__ 
     119            base_name = base_name.replace("\\", "/") 
     120            base = base_name.split("/sas/")[0] 
     121            if self.cansas_version == "1.1": 
     122                invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_1.format(base, self.cansas_defaults.get("schema")) 
     123            else: 
     124                invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_0.format(base, self.cansas_defaults.get("schema")) 
     125            self.set_schema(invalid_schema) 
     126            if self.invalid: 
    131127                try: 
    132                     self.is_cansas(extension) 
    133                     self.invalid = False 
    134                     # Get each SASentry from XML file and add it to a list. 
    135                     entry_list = self.xmlroot.xpath( 
    136                             '/ns:SASroot/ns:SASentry', 
    137                             namespaces={'ns': self.cansas_defaults.get("ns")}) 
    138                     self.names.append("SASentry") 
    139  
    140                     # Get all preprocessing events and encoding 
    141                     self.set_processing_instructions() 
    142  
    143                     # Parse each <SASentry> item 
    144                     for entry in entry_list: 
    145                         # Create a new DataInfo object for every <SASentry> 
    146  
    147                         # Set the file name and then parse the entry. 
    148                         self.current_datainfo.filename = basename + extension 
    149                         self.current_datainfo.meta_data["loader"] = "CanSAS XML 1D" 
    150                         self.current_datainfo.meta_data[PREPROCESS] = \ 
    151                             self.processing_instructions 
    152  
    153                         # Parse the XML SASentry 
    154                         self._parse_entry(entry) 
    155                         # Combine datasets with datainfo 
    156                         self.add_data_set() 
    157                 except RuntimeError: 
    158                     # If the file does not match the schema, raise this error 
     128                    # Load data with less strict schema 
     129                    self.read(xml_file, invalid_schema, False) 
     130 
     131                    # File can still be read but doesn't match schema, so raise exception 
     132                    self.load_file_and_schema(xml_file) # Reload strict schema so we can find where error are in file 
    159133                    invalid_xml = self.find_invalid_xml() 
    160                     invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + extension) + invalid_xml 
    161                     self.errors.add(invalid_xml) 
    162                     # Try again with an invalid CanSAS schema, that requires only a data set in each 
    163                     base_name = xml_reader.__file__ 
    164                     base_name = base_name.replace("\\", "/") 
    165                     base = base_name.split("/sas/")[0] 
    166                     if self.cansas_version == "1.1": 
    167                         invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_1.format(base, self.cansas_defaults.get("schema")) 
    168                     else: 
    169                         invalid_schema = INVALID_SCHEMA_PATH_1_0.format(base, self.cansas_defaults.get("schema")) 
    170                     self.set_schema(invalid_schema) 
    171                     try: 
    172                         if self.invalid: 
    173                             if self.is_cansas(): 
    174                                 self.output = self.read(xml_file, invalid_schema, False) 
    175                             else: 
    176                                 raise RuntimeError 
    177                         else: 
    178                             raise RuntimeError 
    179                     except RuntimeError: 
    180                         x = np.zeros(1) 
    181                         y = np.zeros(1) 
    182                         self.current_data1d = Data1D(x,y) 
    183                         self.current_data1d.errors = self.errors 
    184                         return [self.current_data1d] 
    185         else: 
    186             self.output.append("Not a valid file path.") 
    187         # Return a list of parsed entries that dataloader can manage 
    188         return self.output 
     134                    if invalid_xml != "": 
     135                        basename, _ = os.path.splitext( 
     136                            os.path.basename(self.f_open.name)) 
     137                        invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + self.extension) + invalid_xml 
     138                        raise DataReaderException(invalid_xml) # Handled by base class 
     139                except FileContentsException as fc_exc: 
     140                    msg = "CanSAS Reader could not load the file {}".format(xml_file) 
     141                    if fc_exc.message is not None: # Propagate error messages from earlier 
     142                        msg = fc_exc.message 
     143                    if not self.extension in self.ext: # If the file has no associated loader 
     144                        raise DefaultReaderException(msg) 
     145                    raise FileContentsException(msg) 
     146                    pass 
     147            else: 
     148                raise fc_exc 
     149        except Exception as e: # Convert all other exceptions to FileContentsExceptions 
     150            raise FileContentsException(str(e)) 
     151        finally: 
     152            if not self.f_open.closed: 
     153                self.f_open.close() 
     154 
     155    def load_file_and_schema(self, xml_file, schema_path=""): 
     156        base_name = xml_reader.__file__ 
     157        base_name = base_name.replace("\\", "/") 
     158        base = base_name.split("/sas/")[0] 
     159 
     160        # Try and parse the XML file 
     161        try: 
     162            self.set_xml_file(xml_file) 
     163        except etree.XMLSyntaxError: # File isn't valid XML so can't be loaded 
     164            msg = "SasView cannot load {}.\nInvalid XML syntax".format(xml_file) 
     165            raise FileContentsException(msg) 
     166 
     167        self.cansas_version = self.xmlroot.get("version", "1.0") 
     168        self.cansas_defaults = CANSAS_NS.get(self.cansas_version, "1.0") 
     169 
     170        if schema_path == "": 
     171            schema_path = "{}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/{}".format( 
     172                base, self.cansas_defaults.get("schema").replace("\\", "/") 
     173            ) 
     174        self.set_schema(schema_path) 
     175 
     176    def is_cansas(self, ext="xml"): 
     177        """ 
     178        Checks to see if the XML file is a CanSAS file 
     179 
     180        :param ext: The file extension of the data file 
     181        :raises FileContentsException: Raised if XML file isn't valid CanSAS 
     182        """ 
     183        if self.validate_xml(): # Check file is valid XML 
     184            name = "{http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance}schemaLocation" 
     185            value = self.xmlroot.get(name) 
     186            # Check schema CanSAS version matches file CanSAS version 
     187            if CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") == value.rsplit(" ")[0]: 
     188                return True 
     189        if ext == "svs": 
     190            return True # Why is this required? 
     191        # If we get to this point then file isn't valid CanSAS 
     192        logger.warning("File doesn't meet CanSAS schema. Trying to load anyway.") 
     193        raise FileContentsException("The file is not valid CanSAS") 
    189194 
    190195    def _parse_entry(self, dom, recurse=False): 
    191         """ 
    192         Parse a SASEntry - new recursive method for parsing the dom of 
    193             the CanSAS data format. This will allow multiple data files 
    194             and extra nodes to be read in simultaneously. 
    195  
    196         :param dom: dom object with a namespace base of names 
    197         """ 
    198  
    199196        if not self._is_call_local() and not recurse: 
    200197            self.reset_state() 
    201             self.add_data_set() 
     198        if not recurse: 
     199            self.current_datainfo = DataInfo() 
     200            # Raises FileContentsException if file doesn't meet CanSAS schema 
     201            self.invalid = False 
     202            # Look for a SASentry 
     203            self.data = [] 
     204            self.parent_class = "SASentry" 
    202205            self.names.append("SASentry") 
    203             self.parent_class = "SASentry" 
    204         self._check_for_empty_data() 
    205         self.base_ns = "{0}{1}{2}".format("{", \ 
    206                             CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns"), "}") 
    207  
    208         # Go through each child in the parent element 
     206            self.current_datainfo.meta_data["loader"] = "CanSAS XML 1D" 
     207            self.current_datainfo.meta_data[ 
     208                PREPROCESS] = self.processing_instructions 
     209        if self._is_call_local() and not recurse: 
     210            basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(self.f_open.name)) 
     211            self.current_datainfo.filename = basename + self.extension 
     212        # Create an empty dataset if no data has been passed to the reader 
     213        if self.current_dataset is None: 
     214            self._initialize_new_data_set(dom) 
     215        self.base_ns = "{" + CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") + "}" 
     216 
     217        # Loop through each child in the parent element 
    209218        for node in dom: 
    210219            attr = node.attrib 
    … …  
    215224            tagname_original = tagname 
    216225            # Skip this iteration when loading in save state information 
    217             if tagname == "fitting_plug_in" or tagname == "pr_inversion" or tagname == "invariant": 
     226            if tagname in ["fitting_plug_in", "pr_inversion", "invariant", "corfunc"]: 
    218227                continue 
    219  
    220228            # Get where to store content 
    221229            self.names.append(tagname_original) 
    … …  
    233241                        else: 
    234242                            self.current_dataset.shape = () 
    235                 # Recursion step to access data within the group 
    236                 self._parse_entry(node, True) 
     243                # Recurse to access data within the group 
     244                self._parse_entry(node, recurse=True) 
    237245                if tagname == "SASsample": 
    238246                    self.current_datainfo.sample.name = name 
    … …  
    244252                    self.aperture.name = name 
    245253                    self.aperture.type = type 
    246                 self.add_intermediate() 
     254                self._add_intermediate() 
    247255            else: 
     256                # TODO: Clean this up to make it faster (fewer if/elifs) 
    248257                if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    249258                    data_point = node.text 
    … …  
    261270                    self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    262271 
    263                 # I and Q - 1D data 
     272                # I and Q points 
    264273                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    265                     unit_list = unit.split("|") 
    266                     if len(unit_list) > 1: 
    267                         self.current_dataset.yaxis(unit_list[0].strip(), 
    268                                                    unit_list[1].strip()) 
    269                     else: 
    270                         self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     274                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    271275                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    272276                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    273277                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    274278                elif tagname == 'Q': 
    275                     unit_list = unit.split("|") 
    276                     if len(unit_list) > 1: 
    277                         self.current_dataset.xaxis(unit_list[0].strip(), 
    278                                                    unit_list[1].strip()) 
    279                     else: 
    280                         self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     279                    self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    281280                    self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point) 
    282281                elif tagname == 'Qdev': 
    283282                    self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, data_point) 
    284283                elif tagname == 'dQw': 
    285                     self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, data_point) 
     284                   self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, data_point) 
    286285                elif tagname == 'dQl': 
    287286                    self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, data_point) 
    … …  
    292291                elif tagname == 'Sesans': 
    293292                    self.current_datainfo.isSesans = bool(data_point) 
     293                    self.current_dataset.xaxis(attr.get('x_axis'), 
     294                                                attr.get('x_unit')) 
     295                    self.current_dataset.yaxis(attr.get('y_axis'), 
     296                                                attr.get('y_unit')) 
    294297                elif tagname == 'yacceptance': 
    295298                    self.current_datainfo.sample.yacceptance = (data_point, unit) 
    … …  
    356359                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASinstrument': 
    357360                    self.current_datainfo.instrument = data_point 
     361 
    358362                # Detector Information 
    359363                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASdetector': 
    … …  
    401405                    self.detector.orientation.z = data_point 
    402406                    self.detector.orientation_unit = unit 
     407 
    403408                # Collimation and Aperture 
    404409                elif tagname == 'length' and self.parent_class == 'SAScollimation': 
    … …  
    434439                elif tagname == 'term' and self.parent_class == 'SASprocess': 
    435440                    unit = attr.get("unit", "") 
    436                     dic = {} 
    437                     dic["name"] = name 
    438                     dic["value"] = data_point 
    439                     dic["unit"] = unit 
     441                    dic = { "name": name, "value": data_point, "unit": unit } 
    440442                    self.process.term.append(dic) 
    441443 
    … …  
    490492        if not self._is_call_local() and not recurse: 
    491493            self.frm = "" 
    492             self.add_data_set() 
    493             empty = None 
    494             return self.output[0], empty 
    495  
     494            self.current_datainfo.errors = set() 
     495            for error in self.errors: 
     496                self.current_datainfo.errors.add(error) 
     497            self.data_cleanup() 
     498            self.sort_one_d_data() 
     499            self.sort_two_d_data() 
     500            self.reset_data_list() 
     501            return self.output[0], None 
    496502 
    497503    def _is_call_local(self): 
    498         """ 
    499  
    500         """ 
    501504        if self.frm == "": 
    502505            inter = inspect.stack() 
    … …  
    510513        return True 
    511514 
    512     def is_cansas(self, ext="xml"): 
    513         """ 
    514         Checks to see if the xml file is a CanSAS file 
    515  
    516         :param ext: The file extension of the data file 
    517         """ 
    518         if self.validate_xml(): 
    519             name = "{http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance}schemaLocation" 
    520             value = self.xmlroot.get(name) 
    521             if CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") == \ 
    522                     value.rsplit(" ")[0]: 
    523                 return True 
    524         if ext == "svs": 
    525             return True 
    526         raise RuntimeError 
    527  
    528     def load_file_and_schema(self, xml_file, schema_path=""): 
    529         """ 
    530         Loads the file and associates a schema, if a schema is passed in or if one already exists 
    531  
    532         :param xml_file: The xml file path sent to Reader.read 
    533         :param schema_path: The path to a schema associated with the xml_file, or find one based on the file 
    534         """ 
    535         base_name = xml_reader.__file__ 
    536         base_name = base_name.replace("\\", "/") 
    537         base = base_name.split("/sas/")[0] 
    538  
    539         # Load in xml file and get the cansas version from the header 
    540         self.set_xml_file(xml_file) 
    541         self.cansas_version = self.xmlroot.get("version", "1.0") 
    542  
    543         # Generic values for the cansas file based on the version 
    544         self.cansas_defaults = CANSAS_NS.get(self.cansas_version, "1.0") 
    545         if schema_path == "": 
    546             schema_path = "{0}/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/{1}".format \ 
    547                 (base, self.cansas_defaults.get("schema")).replace("\\", "/") 
    548  
    549         # Link a schema to the XML file. 
    550         self.set_schema(schema_path) 
    551  
    552     def add_data_set(self): 
    553         """ 
    554         Adds the current_dataset to the list of outputs after preforming final processing on the data and then calls a 
    555         private method to generate a new data set. 
    556  
    557         :param key: NeXus group name for current tree level 
    558         """ 
    559  
    560         if self.current_datainfo and self.current_dataset: 
    561             self._final_cleanup() 
    562         self.data = [] 
    563         self.current_datainfo = DataInfo() 
    564  
    565     def _initialize_new_data_set(self, node=None): 
    566         """ 
    567         A private class method to generate a new 1D data object. 
    568         Outside methods should call add_data_set() to be sure any existing data is stored properly. 
    569  
    570         :param node: XML node to determine if 1D or 2D data 
    571         """ 
    572         x = np.array(0) 
    573         y = np.array(0) 
    574         for child in node: 
    575             if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Idata": 
    576                 for i_child in child: 
    577                     if i_child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Qx": 
    578                         self.current_dataset = plottable_2D() 
    579                         return 
    580         self.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
    581  
    582     def add_intermediate(self): 
     515    def _add_intermediate(self): 
    583516        """ 
    584517        This method stores any intermediate objects within the final data set after fully reading the set. 
    585  
    586         :param parent: The NXclass name for the h5py Group object that just finished being processed 
    587         """ 
    588  
     518        """ 
    589519        if self.parent_class == 'SASprocess': 
    590520            self.current_datainfo.process.append(self.process) 
    … …  
    603533            self.aperture = Aperture() 
    604534        elif self.parent_class == 'SASdata': 
    605             self._check_for_empty_resolution() 
    606535            self.data.append(self.current_dataset) 
    607  
    608     def _final_cleanup(self): 
    609         """ 
    610         Final cleanup of the Data1D object to be sure it has all the 
    611         appropriate information needed for perspectives 
    612         """ 
    613  
    614         # Append errors to dataset and reset class errors 
    615         self.current_datainfo.errors = set() 
    616         for error in self.errors: 
    617             self.current_datainfo.errors.add(error) 
    618         self.errors.clear() 
    619  
    620         # Combine all plottables with datainfo and append each to output 
    621         # Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
    622         for dataset in self.data: 
    623             if isinstance(dataset, plottable_1D): 
    624                 if dataset.x is not None: 
    625                     dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
    626                     dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
    627                     dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
    628                     dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
    629                 if dataset.y is not None: 
    630                     dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
    631                     dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
    632                     dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
    633                     dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
    634                 if dataset.dx is not None: 
    635                     dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
    636                     dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
    637                 if dataset.dxl is not None: 
    638                     dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
    639                     dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
    640                 if dataset.dxw is not None: 
    641                     dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
    642                     dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
    643                 if dataset.dy is not None: 
    644                     dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
    645                     dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
    646                 np.trim_zeros(dataset.x) 
    647                 np.trim_zeros(dataset.y) 
    648                 np.trim_zeros(dataset.dy) 
    649             elif isinstance(dataset, plottable_2D): 
    650                 dataset.data = dataset.data.astype(np.float64) 
    651                 dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64) 
    652                 dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
    653                 dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
    654                 dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64) 
    655                 dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
    656                 dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
    657                 dataset.q_data = np.sqrt(dataset.qx_data * dataset.qx_data 
    658                                          + dataset.qy_data * dataset.qy_data) 
    659                 if dataset.err_data is not None: 
    660                     dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64) 
    661                 if dataset.dqx_data is not None: 
    662                     dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64) 
    663                 if dataset.dqy_data is not None: 
    664                     dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64) 
    665                 if dataset.mask is not None: 
    666                     dataset.mask = dataset.mask.astype(dtype=bool) 
    667  
    668                 if len(dataset.shape) == 2: 
    669                     n_rows, n_cols = dataset.shape 
    670                     dataset.y_bins = dataset.qy_data[0::int(n_cols)] 
    671                     dataset.x_bins = dataset.qx_data[:int(n_cols)] 
    672                     dataset.data = dataset.data.flatten() 
    673                 else: 
    674                     dataset.y_bins = [] 
    675                     dataset.x_bins = [] 
    676                     dataset.data = dataset.data.flatten() 
    677  
    678             final_dataset = combine_data(dataset, self.current_datainfo) 
    679             self.output.append(final_dataset) 
    680  
    681     def _create_unique_key(self, dictionary, name, numb=0): 
    682         """ 
    683         Create a unique key value for any dictionary to prevent overwriting 
    684         Recurse until a unique key value is found. 
    685  
    686         :param dictionary: A dictionary with any number of entries 
    687         :param name: The index of the item to be added to dictionary 
    688         :param numb: The number to be appended to the name, starts at 0 
    689         """ 
    690         if dictionary.get(name) is not None: 
    691             numb += 1 
    692             name = name.split("_")[0] 
    693             name += "_{0}".format(numb) 
    694             name = self._create_unique_key(dictionary, name, numb) 
    695         return name 
    696536 
    697537    def _get_node_value(self, node, tagname): 
    … …  
    748588        if 'unit' in attr and attr.get('unit') is not None: 
    749589            try: 
    750                 local_unit = attr['unit'] 
     590                unit = attr['unit'] 
     591                # Split the units to retain backwards compatibility with 
     592                # projects, analyses, and saved data from v4.1.0 
     593                unit_list = unit.split("|") 
     594                if len(unit_list) > 1: 
     595                    local_unit = unit_list[1] 
     596                else: 
     597                    local_unit = unit 
    751598                unitname = self.ns_list.current_level.get("unit", "") 
    752599                if "SASdetector" in self.names: 
    … …  
    771618                else: 
    772619                    save_in = "current_datainfo" 
    773                 exec "default_unit = self.{0}.{1}".format(save_in, unitname) 
    774                 if local_unit and default_unit and local_unit.lower() != default_unit.lower() \ 
    775                         and local_unit.lower() != "none": 
    776                     if HAS_CONVERTER == True: 
    777                         # Check local units - bad units raise KeyError 
    778                         data_conv_q = Converter(local_unit) 
    779                         value_unit = default_unit 
    780                         node_value = data_conv_q(node_value, units=default_unit) 
    781                     else: 
    782                         value_unit = local_unit 
    783                         err_msg = "Unit converter is not available.\n" 
     620                default_unit = getattrchain(self, '.'.join((save_in, unitname))) 
     621                if (local_unit and default_unit 
     622                        and local_unit.lower() != default_unit.lower() 
     623                        and local_unit.lower() != "none"): 
     624                    # Check local units - bad units raise KeyError 
     625                    #print("loading", tagname, node_value, local_unit, default_unit) 
     626                    data_conv_q = Converter(local_unit) 
     627                    value_unit = default_unit 
     628                    node_value = data_conv_q(node_value, units=default_unit) 
    784629                else: 
    785630                    value_unit = local_unit 
    786631            except KeyError: 
    787                 err_msg = "CanSAS reader: unexpected " 
    788                 err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; " 
    789                 err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit) 
    790                 err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
     632                # Do not throw an error for loading Sesans data in cansas xml 
     633                # This is a temporary fix. 
     634                if local_unit != "A" and local_unit != 'pol': 
     635                    err_msg = "CanSAS reader: unexpected " 
     636                    err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; " 
     637                    err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit) 
     638                    err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
    791639                value_unit = local_unit 
    792             except: 
     640            except Exception: 
    793641                err_msg = "CanSAS reader: unknown error converting " 
    794642                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]" 
    … …  
    801649        return node_value, value_unit 
    802650 
    803     def _check_for_empty_data(self): 
    804         """ 
    805         Creates an empty data set if no data is passed to the reader 
    806  
    807         :param data1d: presumably a Data1D object 
    808         """ 
    809         if self.current_dataset is None: 
    810             x_vals = np.empty(0) 
    811             y_vals = np.empty(0) 
    812             dx_vals = np.empty(0) 
    813             dy_vals = np.empty(0) 
    814             dxl = np.empty(0) 
    815             dxw = np.empty(0) 
    816             self.current_dataset = plottable_1D(x_vals, y_vals, dx_vals, dy_vals) 
    817             self.current_dataset.dxl = dxl 
    818             self.current_dataset.dxw = dxw 
    819  
    820     def _check_for_empty_resolution(self): 
    821         """ 
    822         A method to check all resolution data sets are the same size as I and Q 
    823         """ 
    824         if isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    825             dql_exists = False 
    826             dqw_exists = False 
    827             dq_exists = False 
    828             di_exists = False 
    829             if self.current_dataset.dxl is not None: 
    830                 dql_exists = True 
    831             if self.current_dataset.dxw is not None: 
    832                 dqw_exists = True 
    833             if self.current_dataset.dx is not None: 
    834                 dq_exists = True 
    835             if self.current_dataset.dy is not None: 
    836                 di_exists = True 
    837             if dqw_exists and not dql_exists: 
    838                 array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
    839                 self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, 
    840                                                      np.zeros([array_size])) 
    841             elif dql_exists and not dqw_exists: 
    842                 array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
    843                 self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, 
    844                                                      np.zeros([array_size])) 
    845             elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
    846                 array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
    847                 self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, 
    848                                                     np.zeros([array_size])) 
    849             if not di_exists: 
    850                 array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
    851                 self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, 
    852                                                     np.zeros([array_size])) 
    853         elif isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    854             dqx_exists = False 
    855             dqy_exists = False 
    856             di_exists = False 
    857             mask_exists = False 
    858             if self.current_dataset.dqx_data is not None: 
    859                 dqx_exists = True 
    860             if self.current_dataset.dqy_data is not None: 
    861                 dqy_exists = True 
    862             if self.current_dataset.err_data is not None: 
    863                 di_exists = True 
    864             if self.current_dataset.mask is not None: 
    865                 mask_exists = True 
    866             if not dqy_exists: 
    867                 array_size = self.current_dataset.qy_data.size - 1 
    868                 self.current_dataset.dqy_data = np.append( 
    869                     self.current_dataset.dqy_data, np.zeros([array_size])) 
    870             if not dqx_exists: 
    871                 array_size = self.current_dataset.qx_data.size - 1 
    872                 self.current_dataset.dqx_data = np.append( 
    873                     self.current_dataset.dqx_data, np.zeros([array_size])) 
    874             if not di_exists: 
    875                 array_size = self.current_dataset.data.size - 1 
    876                 self.current_dataset.err_data = np.append( 
    877                     self.current_dataset.err_data, np.zeros([array_size])) 
    878             if not mask_exists: 
    879                 array_size = self.current_dataset.data.size - 1 
    880                 self.current_dataset.mask = np.append( 
    881                     self.current_dataset.mask, 
    882                     np.ones([array_size] ,dtype=bool)) 
    883  
    884     ####### All methods below are for writing CanSAS XML files ####### 
    885  
     651    def _initialize_new_data_set(self, node=None): 
     652        if node is not None: 
     653            for child in node: 
     654                if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Idata": 
     655                    for i_child in child: 
     656                        if i_child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Qx": 
     657                            self.current_dataset = plottable_2D() 
     658                            return 
     659        self.current_dataset = plottable_1D(np.array(0), np.array(0)) 
     660 
     661    ## Writing Methods 
    886662    def write(self, filename, datainfo): 
    887663        """ 
    … …  
    894670        doc, _ = self._to_xml_doc(datainfo) 
    895671        # Write the file 
    896         file_ref = open(filename, 'w') 
     672        file_ref = open(filename, 'wb') 
    897673        if self.encoding is None: 
    898674            self.encoding = "UTF-8" 
    … …  
    1039815            node.append(point) 
    1040816            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i], 
    1041                             {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     817                            {'unit': datainfo.x_unit}) 
    1042818            if len(datainfo.y) >= i: 
    1043819                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
    1044                                 {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
     820                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    1045821            if datainfo.dy is not None and len(datainfo.dy) > i: 
    1046822                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
    1047                                 {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
     823                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    1048824            if datainfo.dx is not None and len(datainfo.dx) > i: 
    1049825                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
    1050                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     826                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    1051827            if datainfo.dxw is not None and len(datainfo.dxw) > i: 
    1052828                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
    1053                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     829                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    1054830            if datainfo.dxl is not None and len(datainfo.dxl) > i: 
    1055831                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    1056                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     832                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    1057833        if datainfo.isSesans: 
    1058             sesans = self.create_element("Sesans") 
     834            sesans_attrib = {'x_axis': datainfo._xaxis, 
     835                             'y_axis': datainfo._yaxis, 
     836                             'x_unit': datainfo.x_unit, 
     837                             'y_unit': datainfo.y_unit} 
     838            sesans = self.create_element("Sesans", attrib=sesans_attrib) 
    1059839            sesans.text = str(datainfo.isSesans) 
    1060             node.append(sesans) 
    1061             self.write_node(node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
     840            entry_node.append(sesans) 
     841            self.write_node(entry_node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
    1062842                             {'unit': datainfo.sample.yacceptance[1]}) 
    1063             self.write_node(node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
     843            self.write_node(entry_node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
    1064844                             {'unit': datainfo.sample.zacceptance[1]}) 
    1065845 
    … …  
    1081861        point = self.create_element("Idata") 
    1082862        node.append(point) 
    1083         qx = ','.join([str(datainfo.qx_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qx_data))]) 
    1084         qy = ','.join([str(datainfo.qy_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qy_data))]) 
    1085         intensity = ','.join([str(datainfo.data[i]) for i in xrange(len(datainfo.data))]) 
     863        qx = ','.join(str(v) for v in datainfo.qx_data) 
     864        qy = ','.join(str(v) for v in datainfo.qy_data) 
     865        intensity = ','.join(str(v) for v in datainfo.data) 
    1086866 
    1087867        self.write_node(point, "Qx", qx, 
    … …  
    1092872                        {'unit': datainfo._zunit}) 
    1093873        if datainfo.err_data is not None: 
    1094             err = ','.join([str(datainfo.err_data[i]) for i in 
    1095                             xrange(len(datainfo.err_data))]) 
     874            err = ','.join(str(v) for v in datainfo.err_data) 
    1096875            self.write_node(point, "Idev", err, 
    1097876                            {'unit': datainfo._zunit}) 
    1098877        if datainfo.dqy_data is not None: 
    1099             dqy = ','.join([str(datainfo.dqy_data[i]) for i in 
    1100                             xrange(len(datainfo.dqy_data))]) 
     878            dqy = ','.join(str(v) for v in datainfo.dqy_data) 
    1101879            self.write_node(point, "Qydev", dqy, 
    1102880                            {'unit': datainfo._yunit}) 
    1103881        if datainfo.dqx_data is not None: 
    1104             dqx = ','.join([str(datainfo.dqx_data[i]) for i in 
    1105                             xrange(len(datainfo.dqx_data))]) 
     882            dqx = ','.join(str(v) for v in datainfo.dqx_data) 
    1106883            self.write_node(point, "Qxdev", dqx, 
    1107884                            {'unit': datainfo._xunit}) 
    1108885        if datainfo.mask is not None: 
    1109             mask = ','.join( 
    1110                 ["1" if datainfo.mask[i] else "0" 
    1111                  for i in xrange(len(datainfo.mask))]) 
     886            mask = ','.join("1" if v else "0" for v in datainfo.mask) 
    1112887            self.write_node(point, "Mask", mask) 
    1113888 
    … …  
    14531228        try: 
    14541229            value = float(entry.text) 
    1455         except: 
     1230        except ValueError: 
    14561231            value = None 
    14571232 
    … …  
    14621237            if units is not None: 
    14631238                toks = variable.split('.') 
    1464                 local_unit = None 
    1465                 exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0] 
     1239                local_unit = getattr(storage, toks[0]+"_unit") 
    14661240                if local_unit is not None and units.lower() != local_unit.lower(): 
    1467                     if HAS_CONVERTER == True: 
    1468                         try: 
    1469                             conv = Converter(units) 
    1470                             exec "storage.%s = %g" % \ 
    1471                                 (variable, conv(value, units=local_unit)) 
    1472                         except: 
    1473                             _, exc_value, _ = sys.exc_info() 
    1474                             err_mess = "CanSAS reader: could not convert" 
    1475                             err_mess += " %s unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
    1476                                 % (variable, units, local_unit, exc_value) 
    1477                             self.errors.add(err_mess) 
    1478                             if optional: 
    1479                                 logger.info(err_mess) 
    1480                             else: 
    1481                                 raise ValueError, err_mess 
    1482                     else: 
    1483                         err_mess = "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s];"\ 
    1484                         % (variable, units) 
    1485                         err_mess += " expecting [%s]" % local_unit 
     1241                    try: 
     1242                        conv = Converter(units) 
     1243                        setattrchain(storage, variable, conv(value, units=local_unit)) 
     1244                    except Exception: 
     1245                        _, exc_value, _ = sys.exc_info() 
     1246                        err_mess = "CanSAS reader: could not convert" 
     1247                        err_mess += " %s unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \ 
     1248                            % (variable, units, local_unit, exc_value) 
    14861249                        self.errors.add(err_mess) 
    14871250                        if optional: 
    14881251                            logger.info(err_mess) 
    14891252                        else: 
    1490                             raise ValueError, err_mess 
     1253                            raise ValueError(err_mess) 
    14911254                else: 
    1492                     exec "storage.%s = value" % variable 
     1255                    setattrchain(storage, variable, value) 
    14931256            else: 
    1494                 exec "storage.%s = value" % variable 
     1257                setattrchain(storage, variable, value) 
    14951258 
    14961259    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states. 
    … …  
    15121275        entry = get_content(location, node) 
    15131276        if entry is not None and entry.text is not None: 
    1514             exec "storage.%s = entry.text.strip()" % variable 
    1515  
     1277            setattrchain(storage, variable, entry.text.strip()) 
    15161278 
    15171279# DO NOT REMOVE Called by outside packages: 
    … …  
    15561318        return True 
    15571319    return False 
     1320 
     1321def getattrchain(obj, chain, default=None): 
     1322    """Like getattr, but the attr may contain multiple parts separated by '.'""" 
     1323    for part in chain.split('.'): 
     1324        if hasattr(obj, part): 
     1325            obj = getattr(obj, part, None) 
     1326        else: 
     1327            return default 
     1328    return obj 
     1329 
     1330def setattrchain(obj, chain, value): 
     1331    """Like setattr, but the attr may contain multiple parts separated by '.'""" 
     1332    parts = list(chain.split('.')) 
     1333    for part in parts[-1]: 
     1334        obj = getattr(obj, part, None) 
     1335        if obj is None: 
     1336            raise ValueError("missing parent object "+part) 
     1337    setattr(obj, value) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    r235f514 raf3e9f5  
    55#This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    66#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    7 #project funded by the US National Science Foundation.  
     7#project funded by the US National Science Foundation. 
    88#If you use DANSE applications to do scientific research that leads to 
    99#publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the 
    … …  
    1414import math 
    1515import os 
    16 import sys 
     16import logging 
     17 
    1718import numpy as np 
    18 import logging 
    19 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Detector 
    20 from sas.sascalc.dataloader.manipulations import reader2D_converter 
     19 
     20from ..data_info import plottable_2D, DataInfo, Detector 
     21from ..manipulations import reader2D_converter 
     22from ..file_reader_base_class import FileReader 
     23from ..loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
    2124 
    2225logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    3033 
    3134 
    32 class Reader: 
     35class Reader(FileReader): 
    3336    """ 
    3437    Example data manipulation 
    … …  
    4043    ## Extension 
    4144    ext  = ['.sans', '.SANS'] 
    42          
    43     def read(self, filename=None): 
    44         """ 
    45         Open and read the data in a file 
    46         @param file: path of the file 
    47         """ 
    48          
    49         read_it = False 
    50         for item in self.ext: 
    51             if filename.lower().find(item) >= 0: 
    52                 read_it = True 
    53                  
    54         if read_it: 
     45 
     46    def get_file_contents(self): 
     47        self.current_datainfo = DataInfo() 
     48        self.current_dataset = plottable_2D() 
     49        self.output = [] 
     50 
     51        loaded_correctly = True 
     52        error_message = "" 
     53 
     54        # defaults 
     55        # wavelength in Angstrom 
     56        wavelength = 10.0 
     57        # Distance in meter 
     58        distance   = 11.0 
     59        # Pixel number of center in x 
     60        center_x   = 65 
     61        # Pixel number of center in y 
     62        center_y   = 65 
     63        # Pixel size [mm] 
     64        pixel      = 5.0 
     65        # Size in x, in pixels 
     66        size_x     = 128 
     67        # Size in y, in pixels 
     68        size_y     = 128 
     69        # Format version 
     70        fversion   = 1.0 
     71 
     72        self.current_datainfo.filename = os.path.basename(self.f_open.name) 
     73        detector = Detector() 
     74        self.current_datainfo.detector.append(detector) 
     75 
     76        self.current_dataset.data = np.zeros([size_x, size_y]) 
     77        self.current_dataset.err_data = np.zeros([size_x, size_y]) 
     78 
     79        read_on = True 
     80        data_start_line = 1 
     81        while read_on: 
     82            line = self.nextline() 
     83            data_start_line += 1 
     84            if line.find("DATA:") >= 0: 
     85                read_on = False 
     86                break 
     87            toks = line.split(':') 
    5588            try: 
    56                 datafile = open(filename, 'r') 
    57             except: 
    58                 raise  RuntimeError,"danse_reader cannot open %s" % (filename) 
    59          
    60             # defaults 
    61             # wavelength in Angstrom 
    62             wavelength = 10.0 
    63             # Distance in meter 
    64             distance   = 11.0 
    65             # Pixel number of center in x 
    66             center_x   = 65 
    67             # Pixel number of center in y 
    68             center_y   = 65 
    69             # Pixel size [mm] 
    70             pixel      = 5.0 
    71             # Size in x, in pixels 
    72             size_x     = 128 
    73             # Size in y, in pixels 
    74             size_y     = 128 
    75             # Format version 
    76             fversion   = 1.0 
    77              
    78             output = Data2D() 
    79             output.filename = os.path.basename(filename) 
    80             detector = Detector() 
    81             output.detector.append(detector) 
    82              
    83             output.data = np.zeros([size_x,size_y]) 
    84             output.err_data = np.zeros([size_x, size_y]) 
    85              
    86             data_conv_q = None 
    87             data_conv_i = None 
    88              
    89             if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
    90                 data_conv_q = Converter('1/A') 
    91                 # Test it 
    92                 data_conv_q(1.0, output.Q_unit) 
    93                  
    94             if has_converter == True and output.I_unit != '1/cm': 
    95                 data_conv_i = Converter('1/cm') 
    96                 # Test it 
    97                 data_conv_i(1.0, output.I_unit) 
    98          
    99             read_on = True 
    100             while read_on: 
    101                 line = datafile.readline() 
    102                 if line.find("DATA:") >= 0: 
    103                     read_on = False 
    104                     break 
    105                 toks = line.split(':') 
    10689                if toks[0] == "FORMATVERSION": 
    10790                    fversion = float(toks[1]) 
    108                 if toks[0] == "WAVELENGTH": 
     91                elif toks[0] == "WAVELENGTH": 
    10992                    wavelength = float(toks[1]) 
    11093                elif toks[0] == "DISTANCE": 
    … …  
    120103                elif toks[0] == "SIZE_Y": 
    121104                    size_y = int(toks[1]) 
    122              
    123             # Read the data 
    124             data = [] 
    125             error = [] 
    126             if fversion == 1.0: 
    127                 data_str = datafile.readline() 
    128                 data = data_str.split(' ') 
    129             else: 
    130                 read_on = True 
    131                 while read_on: 
    132                     data_str = datafile.readline() 
    133                     if len(data_str) == 0: 
    134                         read_on = False 
    135                     else: 
    136                         toks = data_str.split() 
    137                         try: 
    138                             val = float(toks[0]) 
    139                             err = float(toks[1]) 
    140                             if data_conv_i is not None: 
    141                                 val = data_conv_i(val, units=output._yunit) 
    142                                 err = data_conv_i(err, units=output._yunit) 
    143                             data.append(val) 
    144                             error.append(err) 
    145                         except: 
    146                             logger.info("Skipping line:%s,%s" %(data_str, 
    147                                                                 sys.exc_value)) 
    148              
    149             # Initialize 
    150             x_vals = [] 
    151             y_vals = [] 
    152             ymin = None 
    153             ymax = None 
    154             xmin = None 
    155             xmax = None 
    156              
    157             # Qx and Qy vectors 
    158             theta = pixel / distance / 100.0 
    159             stepq = 4.0 * math.pi / wavelength * math.sin(theta / 2.0) 
    160             for i_x in range(size_x): 
    161                 theta = (i_x - center_x + 1) * pixel / distance / 100.0 
    162                 qx = 4.0 * math.pi / wavelength * math.sin(theta / 2.0) 
    163                  
    164                 if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
    165                     qx = data_conv_q(qx, units=output.Q_unit) 
    166                  
    167                 x_vals.append(qx) 
    168                 if xmin is None or qx < xmin: 
    169                     xmin = qx 
    170                 if xmax is None or qx > xmax: 
    171                     xmax = qx 
    172              
    173             ymin = None 
    174             ymax = None 
    175             for i_y in range(size_y): 
    176                 theta = (i_y - center_y + 1) * pixel / distance / 100.0 
    177                 qy = 4.0 * math.pi / wavelength * math.sin(theta/2.0) 
    178                  
    179                 if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
    180                     qy = data_conv_q(qy, units=output.Q_unit) 
    181                  
    182                 y_vals.append(qy) 
    183                 if ymin is None or qy < ymin: 
    184                     ymin = qy 
    185                 if ymax is None or qy > ymax: 
    186                     ymax = qy 
    187              
    188             # Store the data in the 2D array 
    189             i_x = 0 
    190             i_y = -1 
    191              
    192             for i_pt in range(len(data)): 
    193                 try: 
    194                     value = float(data[i_pt]) 
    195                 except: 
    196                     # For version 1.0, the data were still 
    197                     # stored as strings at this point. 
    198                     msg = "Skipping entry (v1.0):%s,%s" % (str(data[i_pt]), 
    199                                                            sys.exc_value) 
    200                     logger.info(msg) 
    201                  
    202                 # Get bin number 
    203                 if math.fmod(i_pt, size_x) == 0: 
    204                     i_x = 0 
    205                     i_y += 1 
    206                 else: 
    207                     i_x += 1 
    208                      
    209                 output.data[i_y][i_x] = value 
    210                 if fversion>1.0: 
    211                     output.err_data[i_y][i_x] = error[i_pt] 
    212                  
    213             # Store all data 
    214             # Store wavelength 
    215             if has_converter == True and output.source.wavelength_unit != 'A': 
    216                 conv = Converter('A') 
    217                 wavelength = conv(wavelength, 
    218                                   units=output.source.wavelength_unit) 
    219             output.source.wavelength = wavelength 
    220                  
    221             # Store distance 
    222             if has_converter == True and detector.distance_unit != 'm': 
    223                 conv = Converter('m') 
    224                 distance = conv(distance, units=detector.distance_unit) 
    225             detector.distance = distance 
    226              
    227             # Store pixel size 
    228             if has_converter == True and detector.pixel_size_unit != 'mm': 
    229                 conv = Converter('mm') 
    230                 pixel = conv(pixel, units=detector.pixel_size_unit) 
    231             detector.pixel_size.x = pixel 
    232             detector.pixel_size.y = pixel 
    233  
    234             # Store beam center in distance units 
    235             detector.beam_center.x = center_x * pixel 
    236             detector.beam_center.y = center_y * pixel 
    237              
    238             # Store limits of the image (2D array) 
    239             xmin = xmin - stepq / 2.0 
    240             xmax = xmax + stepq / 2.0 
    241             ymin = ymin - stepq /2.0 
    242             ymax = ymax + stepq / 2.0 
    243              
    244             if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
    245                 xmin = data_conv_q(xmin, units=output.Q_unit) 
    246                 xmax = data_conv_q(xmax, units=output.Q_unit) 
    247                 ymin = data_conv_q(ymin, units=output.Q_unit) 
    248                 ymax = data_conv_q(ymax, units=output.Q_unit) 
    249             output.xmin = xmin 
    250             output.xmax = xmax 
    251             output.ymin = ymin 
    252             output.ymax = ymax 
    253              
    254             # Store x and y axis bin centers 
    255             output.x_bins = x_vals 
    256             output.y_bins = y_vals 
    257             
    258             # Units 
    259             if data_conv_q is not None: 
    260                 output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", output.Q_unit) 
    261                 output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", output.Q_unit) 
    262             else: 
    263                 output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}') 
    264                 output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}') 
    265                  
    266             if data_conv_i is not None: 
    267                 output.zaxis("\\rm{Intensity}", output.I_unit) 
    268             else: 
    269                 output.zaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    270             
    271             if not fversion >= 1.0: 
    272                 msg = "Danse_reader can't read this file %s" % filename 
    273                 raise ValueError, msg 
    274             else: 
    275                 logger.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename) 
    276              
    277             # Store loading process information 
    278             output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    279             output = reader2D_converter(output) 
    280             return output 
    281          
    282         return None 
     105            except ValueError as e: 
     106                error_message += "Unable to parse {}. Default value used.\n".format(toks[0]) 
     107                loaded_correctly = False 
     108 
     109        # Read the data 
     110        data = [] 
     111        error = [] 
     112        if not fversion >= 1.0: 
     113            msg = "danse_reader can't read this file {}".format(self.f_open.name) 
     114            raise FileContentsException(msg) 
     115 
     116        for line_num, data_str in enumerate(self.nextlines()): 
     117            toks = data_str.split() 
     118            try: 
     119                val = float(toks[0]) 
     120                err = float(toks[1]) 
     121                data.append(val) 
     122                error.append(err) 
     123            except ValueError as exc: 
     124                msg = "Unable to parse line {}: {}".format(line_num + data_start_line, data_str.strip()) 
     125                raise FileContentsException(msg) 
     126 
     127        num_pts = size_x * size_y 
     128        if len(data) < num_pts: 
     129            msg = "Not enough data points provided. Expected {} but got {}".format( 
     130                size_x * size_y, len(data)) 
     131            raise FileContentsException(msg) 
     132        elif len(data) > num_pts: 
     133            error_message += ("Too many data points provided. Expected {0} but" 
     134                " got {1}. Only the first {0} will be used.\n").format(num_pts, len(data)) 
     135            loaded_correctly = False 
     136            data = data[:num_pts] 
     137            error = error[:num_pts] 
     138 
     139        # Qx and Qy vectors 
     140        theta = pixel / distance / 100.0 
     141        i_x = np.arange(size_x) 
     142        theta = (i_x - center_x + 1) * pixel / distance / 100.0 
     143        x_vals = 4.0 * np.pi / wavelength * np.sin(theta / 2.0) 
     144        xmin = x_vals.min() 
     145        xmax = x_vals.max() 
     146 
     147        i_y = np.arange(size_y) 
     148        theta = (i_y - center_y + 1) * pixel / distance / 100.0 
     149        y_vals = 4.0 * np.pi / wavelength * np.sin(theta / 2.0) 
     150        ymin = y_vals.min() 
     151        ymax = y_vals.max() 
     152 
     153        self.current_dataset.data = np.array(data, dtype=np.float64).reshape((size_y, size_x)) 
     154        if fversion > 1.0: 
     155            self.current_dataset.err_data = np.array(error, dtype=np.float64).reshape((size_y, size_x)) 
     156 
     157        # Store all data 
     158        # Store wavelength 
     159        if has_converter == True and self.current_datainfo.source.wavelength_unit != 'A': 
     160            conv = Converter('A') 
     161            wavelength = conv(wavelength, 
     162                              units=self.current_datainfo.source.wavelength_unit) 
     163        self.current_datainfo.source.wavelength = wavelength 
     164 
     165        # Store distance 
     166        if has_converter == True and detector.distance_unit != 'm': 
     167            conv = Converter('m') 
     168            distance = conv(distance, units=detector.distance_unit) 
     169        detector.distance = distance 
     170 
     171        # Store pixel size 
     172        if has_converter == True and detector.pixel_size_unit != 'mm': 
     173            conv = Converter('mm') 
     174            pixel = conv(pixel, units=detector.pixel_size_unit) 
     175        detector.pixel_size.x = pixel 
     176        detector.pixel_size.y = pixel 
     177 
     178        # Store beam center in distance units 
     179        detector.beam_center.x = center_x * pixel 
     180        detector.beam_center.y = center_y * pixel 
     181 
     182 
     183        self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}') 
     184        self.current_dataset.yaxis("\\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}') 
     185        self.current_dataset.zaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
     186 
     187        self.current_dataset.x_bins = x_vals 
     188        self.current_dataset.y_bins = y_vals 
     189 
     190        # Reshape data 
     191        x_vals = np.tile(x_vals, (size_y, 1)).flatten() 
     192        y_vals = np.tile(y_vals, (size_x, 1)).T.flatten() 
     193        if (np.all(self.current_dataset.err_data == None) 
     194                or np.any(self.current_dataset.err_data <= 0)): 
     195            new_err_data = np.sqrt(np.abs(self.current_dataset.data)) 
     196        else: 
     197            new_err_data = self.current_dataset.err_data.flatten() 
     198 
     199        self.current_dataset.err_data = new_err_data 
     200        self.current_dataset.qx_data = x_vals 
     201        self.current_dataset.qy_data = y_vals 
     202        self.current_dataset.q_data = np.sqrt(x_vals**2 + y_vals**2) 
     203        self.current_dataset.mask = np.ones(len(x_vals), dtype=bool) 
     204 
     205        # Store loading process information 
     206        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
     207 
     208        self.send_to_output() 
     209 
     210        if not loaded_correctly: 
     211            raise DataReaderException(error_message) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/red2d_reader.py

    ra1b8fee rc8321cfc  
    55#This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    66#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    7 #project funded by the US National Science Foundation.  
     7#project funded by the US National Science Foundation. 
    88#See the license text in license.txt 
    99#copyright 2008, University of Tennessee 
    1010###################################################################### 
    11 from __future__ import print_function 
    12  
    1311import os 
     12import math 
     13import time 
     14 
    1415import numpy as np 
    15 import math 
    16 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D, Detector 
    17  
    18 # Look for unit converter 
    19 has_converter = True 
    20 try: 
    21     from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    22 except: 
    23     has_converter = False 
    24      
    25      
     16 
     17from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
     18 
     19from ..data_info import plottable_2D, DataInfo, Detector 
     20from ..file_reader_base_class import FileReader 
     21from ..loader_exceptions import FileContentsException 
     22 
     23 
    2624def check_point(x_point): 
    2725    """ 
    … …  
    3129    try: 
    3230        return float(x_point) 
    33     except: 
     31    except Exception: 
    3432        return 0 
    35        
    36          
    37 class Reader: 
     33 
     34 
     35class Reader(FileReader): 
    3836    """ Simple data reader for Igor data files """ 
    3937    ## File type 
    … …  
    4341    ## Extension 
    4442    ext = ['.DAT', '.dat'] 
    45      
     43 
    4644    def write(self, filename, data): 
    4745        """ 
    4846        Write to .dat 
    49          
     47 
    5048        :param filename: file name to write 
    5149        :param data: data2D 
    5250        """ 
    53         import time 
    5451        # Write the file 
    55         fd = open(filename, 'w') 
    56         t = time.localtime() 
    57         time_str = time.strftime("%H:%M on %b %d %y", t) 
    58          
    59         header_str = "Data columns are Qx - Qy - I(Qx,Qy)\n\nASCII data" 
    60         header_str += " created at %s \n\n" % time_str 
    61         # simple 2D header 
    62         fd.write(header_str) 
    63         # write qx qy I values 
    64         for i in range(len(data.data)): 
    65             fd.write("%g  %g  %g\n" % (data.qx_data[i], 
    66                                         data.qy_data[i], 
    67                                        data.data[i])) 
    68         # close 
    69         fd.close() 
    70  
    71     def read(self, filename=None): 
    72         """ Read file """ 
    73         if not os.path.isfile(filename): 
    74             raise ValueError, \ 
    75             "Specified file %s is not a regular file" % filename 
    76  
     52        try: 
     53            fd = open(filename, 'w') 
     54            t = time.localtime() 
     55            time_str = time.strftime("%H:%M on %b %d %y", t) 
     56 
     57            header_str = "Data columns are Qx - Qy - I(Qx,Qy)\n\nASCII data" 
     58            header_str += " created at %s \n\n" % time_str 
     59            # simple 2D header 
     60            fd.write(header_str) 
     61            # write qx qy I values 
     62            for i in range(len(data.data)): 
     63                fd.write("%g  %g  %g\n" % (data.qx_data[i], 
     64                                            data.qy_data[i], 
     65                                           data.data[i])) 
     66        finally: 
     67            fd.close() 
     68 
     69    def get_file_contents(self): 
    7770        # Read file 
    78         f = open(filename, 'r') 
    79         buf = f.read() 
    80         f.close() 
     71        buf = self.readall() 
     72        self.f_open.close() 
    8173        # Instantiate data object 
    82         output = Data2D() 
    83         output.filename = os.path.basename(filename) 
    84         detector = Detector() 
    85         if len(output.detector) > 0: 
    86             print(str(output.detector[0])) 
    87         output.detector.append(detector) 
    88                  
     74        self.current_dataset = plottable_2D() 
     75        self.current_datainfo = DataInfo() 
     76        self.current_datainfo.filename = os.path.basename(self.f_open.name) 
     77        self.current_datainfo.detector.append(Detector()) 
     78 
    8979        # Get content 
    90         dataStarted = False 
    91          
     80        data_started = False 
     81 
    9282        ## Defaults 
    9383        lines = buf.split('\n') 
    9484        x = [] 
    9585        y = [] 
    96          
     86 
    9787        wavelength = None 
    9888        distance = None 
    9989        transmission = None 
    100          
     90 
    10191        pixel_x = None 
    10292        pixel_y = None 
    103          
    104         isInfo = False 
    105         isCenter = False 
    106  
    107         data_conv_q = None 
    108         data_conv_i = None 
    109          
    110         # Set units: This is the unit assumed for Q and I in the data file. 
    111         if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
    112             data_conv_q = Converter('1/A') 
    113             # Test it 
    114             data_conv_q(1.0, output.Q_unit) 
    115              
    116         if has_converter == True and output.I_unit != '1/cm': 
    117             data_conv_i = Converter('1/cm') 
    118             # Test it 
    119             data_conv_i(1.0, output.I_unit) 
    120          
    121                
     93 
     94        is_info = False 
     95        is_center = False 
     96 
    12297        # Remove the last lines before the for loop if the lines are empty 
    12398        # to calculate the exact number of data points 
    … …  
    135110            ## Reading the header applies only to IGOR/NIST 2D q_map data files 
    136111            # Find setup info line 
    137             if isInfo: 
    138                 isInfo = False 
     112            if is_info: 
     113                is_info = False 
    139114                line_toks = line.split() 
    140115                # Wavelength in Angstrom 
    141116                try: 
    142117                    wavelength = float(line_toks[1]) 
    143                     # Units 
    144                     if has_converter == True and \ 
    145                     output.source.wavelength_unit != 'A': 
     118                    # Wavelength is stored in angstroms; convert if necessary 
     119                    if self.current_datainfo.source.wavelength_unit != 'A': 
    146120                        conv = Converter('A') 
    147121                        wavelength = conv(wavelength, 
    148                                           units=output.source.wavelength_unit) 
    149                 except: 
    150                     #Not required 
    151                     pass 
    152                 # Distance in mm 
     122                                          units=self.current_datainfo.source.wavelength_unit) 
     123                except Exception: 
     124                    pass  # Not required 
    153125                try: 
    154126                    distance = float(line_toks[3]) 
    155                     # Units 
    156                     if has_converter == True and detector.distance_unit != 'm': 
     127                    # Distance is stored in meters; convert if necessary 
     128                    if self.current_datainfo.detector[0].distance_unit != 'm': 
    157129                        conv = Converter('m') 
    158                         distance = conv(distance, units=detector.distance_unit) 
    159                 except: 
    160                     #Not required 
    161                     pass 
    162                  
    163                 # Distance in meters 
     130                        distance = conv(distance, 
     131                            units=self.current_datainfo.detector[0].distance_unit) 
     132                except Exception: 
     133                    pass  # Not required 
     134 
    164135                try: 
    165136                    transmission = float(line_toks[4]) 
    166                 except: 
    167                     #Not required 
    168                     pass 
    169                                              
     137                except Exception: 
     138                    pass  # Not required 
     139 
    170140            if line.count("LAMBDA") > 0: 
    171                 isInfo = True 
    172                  
     141                is_info = True 
     142 
    173143            # Find center info line 
    174             if isCenter: 
    175                 isCenter = False 
     144            if is_center: 
     145                is_center = False 
    176146                line_toks = line.split() 
    177147                # Center in bin number 
    … …  
    180150 
    181151            if line.count("BCENT") > 0: 
    182                 isCenter = True 
     152                is_center = True 
    183153            # Check version 
    184154            if line.count("Data columns") > 0: 
    … …  
    187157            # Find data start 
    188158            if line.count("ASCII data") > 0: 
    189                 dataStarted = True 
     159                data_started = True 
    190160                continue 
    191161 
    192162            ## Read and get data. 
    193             if dataStarted == True: 
     163            if data_started: 
    194164                line_toks = line.split() 
    195165                if len(line_toks) == 0: 
    196166                    #empty line 
    197167                    continue 
    198                 # the number of columns must be stayed same  
     168                # the number of columns must be stayed same 
    199169                col_num = len(line_toks) 
    200170                break 
     171 
    201172        # Make numpy array to remove header lines using index 
    202173        lines_array = np.array(lines) 
    … …  
    204175        # index for lines_array 
    205176        lines_index = np.arange(len(lines)) 
    206          
     177 
    207178        # get the data lines 
    208179        data_lines = lines_array[lines_index >= (line_num - 1)] 
    … …  
    213184        # split all data to one big list w/" "separator 
    214185        data_list = data_list.split() 
    215   
     186 
    216187        # Check if the size is consistent with data, otherwise 
    217188        #try the tab(\t) separator 
    … …  
    224195        # Change it(string) into float 
    225196        #data_list = map(float,data_list) 
    226         data_list1 = map(check_point, data_list) 
     197        data_list1 = list(map(check_point, data_list)) 
    227198 
    228199        # numpy array form 
    … …  
    232203        try: 
    233204            data_point = data_array.reshape(row_num, col_num).transpose() 
    234         except: 
    235             msg = "red2d_reader: Can't read this file: Not a proper file format" 
    236             raise ValueError, msg 
     205        except Exception: 
     206            msg = "red2d_reader can't read this file: Incorrect number of data points provided." 
     207            raise FileContentsException(msg) 
    237208        ## Get the all data: Let's HARDcoding; Todo find better way 
    238209        # Defaults 
    … …  
    257228        #if col_num > (6 + ver): mask[data_point[(6 + ver)] < 1] = False 
    258229        q_data = np.sqrt(qx_data*qx_data+qy_data*qy_data+qz_data*qz_data) 
    259             
    260         # Extra protection(it is needed for some data files):  
     230 
     231        # Extra protection(it is needed for some data files): 
    261232        # If all mask elements are False, put all True 
    262233        if not mask.any(): 
    263234            mask[mask == False] = True 
    264    
     235 
    265236        # Store limits of the image in q space 
    266237        xmin = np.min(qx_data) 
    … …  
    269240        ymax = np.max(qy_data) 
    270241 
    271         # units 
    272         if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A': 
    273             xmin = data_conv_q(xmin, units=output.Q_unit) 
    274             xmax = data_conv_q(xmax, units=output.Q_unit) 
    275             ymin = data_conv_q(ymin, units=output.Q_unit) 
    276             ymax = data_conv_q(ymax, units=output.Q_unit) 
    277              
    278242        ## calculate the range of the qx and qy_data 
    279243        x_size = math.fabs(xmax - xmin) 
    280244        y_size = math.fabs(ymax - ymin) 
    281          
     245 
    282246        # calculate the number of pixels in the each axes 
    283247        npix_y = math.floor(math.sqrt(len(data))) 
    284248        npix_x = math.floor(len(data) / npix_y) 
    285          
     249 
    286250        # calculate the size of bins 
    287251        xstep = x_size / (npix_x - 1) 
    288252        ystep = y_size / (npix_y - 1) 
    289          
     253 
    290254        # store x and y axis bin centers in q space 
    291255        x_bins = np.arange(xmin, xmax + xstep, xstep) 
    292256        y_bins = np.arange(ymin, ymax + ystep, ystep) 
    293         
     257 
    294258        # get the limits of q values 
    295259        xmin = xmin - xstep / 2 
    … …  
    297261        ymin = ymin - ystep / 2 
    298262        ymax = ymax + ystep / 2 
    299          
     263 
    300264        #Store data in outputs 
    301265        #TODO: Check the lengths 
    302         output.data = data 
     266        self.current_dataset.data = data 
    303267        if (err_data == 1).all(): 
    304             output.err_data = np.sqrt(np.abs(data)) 
    305             output.err_data[output.err_data == 0.0] = 1.0 
     268            self.current_dataset.err_data = np.sqrt(np.abs(data)) 
     269            self.current_dataset.err_data[self.current_dataset.err_data == 0.0] = 1.0 
    306270        else: 
    307             output.err_data = err_data 
    308              
    309         output.qx_data = qx_data 
    310         output.qy_data = qy_data 
    311         output.q_data = q_data 
    312         output.mask = mask 
    313          
    314         output.x_bins = x_bins 
    315         output.y_bins = y_bins 
    316                 
    317         output.xmin = xmin 
    318         output.xmax = xmax 
    319         output.ymin = ymin 
    320         output.ymax = ymax 
    321          
    322         output.source.wavelength = wavelength 
    323          
     271            self.current_dataset.err_data = err_data 
     272 
     273        self.current_dataset.qx_data = qx_data 
     274        self.current_dataset.qy_data = qy_data 
     275        self.current_dataset.q_data = q_data 
     276        self.current_dataset.mask = mask 
     277 
     278        self.current_dataset.x_bins = x_bins 
     279        self.current_dataset.y_bins = y_bins 
     280 
     281        self.current_dataset.xmin = xmin 
     282        self.current_dataset.xmax = xmax 
     283        self.current_dataset.ymin = ymin 
     284        self.current_dataset.ymax = ymax 
     285 
     286        self.current_datainfo.source.wavelength = wavelength 
     287 
    324288        # Store pixel size in mm 
    325         detector.pixel_size.x = pixel_x 
    326         detector.pixel_size.y = pixel_y 
    327          
     289        self.current_datainfo.detector[0].pixel_size.x = pixel_x 
     290        self.current_datainfo.detector[0].pixel_size.y = pixel_y 
     291 
    328292        # Store the sample to detector distance 
    329         detector.distance = distance 
    330          
     293        self.current_datainfo.detector[0].distance = distance 
     294 
    331295        # optional data: if all of dq data == 0, do not pass to output 
    332296        if len(dqx_data) == len(qx_data) and dqx_data.any() != 0: 
    … …  
    340304                    cos_th = qx_data / diag 
    341305                    sin_th = qy_data / diag 
    342                     output.dqx_data = np.sqrt((dqx_data * cos_th) * \ 
     306                    self.current_dataset.dqx_data = np.sqrt((dqx_data * cos_th) * \ 
    343307                                                 (dqx_data * cos_th) \ 
    344308                                                 + (dqy_data * sin_th) * \ 
    345309                                                  (dqy_data * sin_th)) 
    346                     output.dqy_data = np.sqrt((dqx_data * sin_th) * \ 
     310                    self.current_dataset.dqy_data = np.sqrt((dqx_data * sin_th) * \ 
    347311                                                 (dqx_data * sin_th) \ 
    348312                                                 + (dqy_data * cos_th) * \ 
    349313                                                  (dqy_data * cos_th)) 
    350314                else: 
    351                     output.dqx_data = dqx_data 
    352                     output.dqy_data = dqy_data 
     315                    self.current_dataset.dqx_data = dqx_data 
     316                    self.current_dataset.dqy_data = dqy_data 
    353317 
    354318        # Units of axes 
    355         if data_conv_q is not None: 
    356             output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", output.Q_unit) 
    357             output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", output.Q_unit) 
    358         else: 
    359             output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}') 
    360             output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}') 
    361         if data_conv_i is not None: 
    362             output.zaxis("\\rm{Intensity}", output.I_unit) 
    363         else: 
    364             output.zaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    365      
     319        self.current_dataset.xaxis(r"\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}') 
     320        self.current_dataset.yaxis(r"\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}') 
     321        self.current_dataset.zaxis(r"\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
     322 
    366323        # Store loading process information 
    367         output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    368  
    369         return output 
     324        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
     325 
     326        self.send_to_output() 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r149b8f6 r849094a  
    66    Jurrian Bakker 
    77""" 
     8import os 
     9 
    810import numpy as np 
    9 import os 
    10 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D 
     11 
     12from ..file_reader_base_class import FileReader 
     13from ..data_info import plottable_1D, DataInfo 
     14from ..loader_exceptions import FileContentsException, DataReaderException 
    1115 
    1216# Check whether we have a converter available 
    … …  
    1822_ZERO = 1e-16 
    1923 
    20  
    21 class Reader: 
     24class Reader(FileReader): 
    2225    """ 
    2326    Class to load sesans files (6 columns). 
    … …  
    2629    type_name = "SESANS" 
    2730 
    28     # Wildcards 
     31    ## Wildcards 
    2932    type = ["SESANS files (*.ses)|*.ses", 
    3033            "SESANS files (*..sesans)|*.sesans"] 
    … …  
    3538    allow_all = True 
    3639 
    37     def read(self, path): 
    38         """ 
    39         Load data file 
     40    def get_file_contents(self): 
     41        self.current_datainfo = DataInfo() 
     42        self.current_dataset = plottable_1D(np.array([]), np.array([])) 
     43        self.current_datainfo.isSesans = True 
     44        self.output = [] 
    4045 
    41         :param path: file path 
     46        line = self.nextline() 
     47        params = {} 
     48        while not line.startswith("BEGIN_DATA"): 
     49            terms = line.split() 
     50            if len(terms) >= 2: 
     51                params[terms[0]] = " ".join(terms[1:]) 
     52            line = self.nextline() 
     53        self.params = params 
    4254 
    43         :return: SESANSData1D object, or None 
     55        if "FileFormatVersion" not in self.params: 
     56            raise FileContentsException("SES file missing FileFormatVersion") 
     57        if float(self.params["FileFormatVersion"]) >= 2.0: 
     58            raise FileContentsException("SASView only supports SES version 1") 
    4459 
    45         :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    46         :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    47         """ 
    48         if os.path.isfile(path): 
    49             basename = os.path.basename(path) 
    50             _, extension = os.path.splitext(basename) 
    51             if not (self.allow_all or extension.lower() in self.ext): 
    52                 raise RuntimeError( 
    53                     "{} has an unrecognized file extension".format(path)) 
     60        if "SpinEchoLength_unit" not in self.params: 
     61            raise FileContentsException("SpinEchoLength has no units") 
     62        if "Wavelength_unit" not in self.params: 
     63            raise FileContentsException("Wavelength has no units") 
     64        if params["SpinEchoLength_unit"] != params["Wavelength_unit"]: 
     65            raise FileContentsException("The spin echo data has rudely used " 
     66                               "different units for the spin echo length " 
     67                               "and the wavelength.  While sasview could " 
     68                               "handle this instance, it is a violation " 
     69                               "of the file format and will not be " 
     70                               "handled by other software.") 
     71 
     72        headers = self.nextline().split() 
     73 
     74        self._insist_header(headers, "SpinEchoLength") 
     75        self._insist_header(headers, "Depolarisation") 
     76        self._insist_header(headers, "Depolarisation_error") 
     77        self._insist_header(headers, "Wavelength") 
     78 
     79        data = np.loadtxt(self.f_open) 
     80 
     81        if data.shape[1] != len(headers): 
     82            raise FileContentsException( 
     83                "File has {} headers, but {} columns".format( 
     84                    len(headers), 
     85                    data.shape[1])) 
     86 
     87        if not data.size: 
     88            raise FileContentsException("{} is empty".format(path)) 
     89        x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
     90        if "SpinEchoLength_error" in headers: 
     91            dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
    5492        else: 
    55             raise RuntimeError("{} is not a file".format(path)) 
    56         with open(path, 'r') as input_f: 
    57             line = input_f.readline() 
    58             params = {} 
    59             while not line.startswith("BEGIN_DATA"): 
    60                 terms = line.split() 
    61                 if len(terms) >= 2: 
    62                     params[terms[0]] = " ".join(terms[1:]) 
    63                 line = input_f.readline() 
    64             self.params = params 
     93            dx = x * 0.05 
     94        lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
     95        if "Wavelength_error" in headers: 
     96            dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
     97        else: 
     98            dlam = lam * 0.05 
     99        y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
     100        dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
    65101 
    66             if "FileFormatVersion" not in self.params: 
    67                 raise RuntimeError("SES file missing FileFormatVersion") 
    68             if float(self.params["FileFormatVersion"]) >= 2.0: 
    69                 raise RuntimeError("SASView only supports SES version 1") 
     102        lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
     103        x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", 
     104                                          self._unit_fetch( 
     105                                              "SpinEchoLength")) 
     106        dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
     107            dx, lam_unit, 
     108            self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
     109        dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
     110            dlam, lam_unit, 
     111            self._unit_fetch("Wavelength")) 
     112        y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
    70113 
    71             if "SpinEchoLength_unit" not in self.params: 
    72                 raise RuntimeError("SpinEchoLength has no units") 
    73             if "Wavelength_unit" not in self.params: 
    74                 raise RuntimeError("Wavelength has no units") 
    75             if params["SpinEchoLength_unit"] != params["Wavelength_unit"]: 
    76                 raise RuntimeError("The spin echo data has rudely used " 
    77                                    "different units for the spin echo length " 
    78                                    "and the wavelength.  While sasview could " 
    79                                    "handle this instance, it is a violation " 
    80                                    "of the file format and will not be " 
    81                                    "handled by other software.") 
     114        self.current_dataset.x = x 
     115        self.current_dataset.y = y 
     116        self.current_dataset.lam = lam 
     117        self.current_dataset.dy = dy 
     118        self.current_dataset.dx = dx 
     119        self.current_dataset.dlam = dlam 
     120        self.current_datainfo.isSesans = True 
    82121 
    83             headers = input_f.readline().split() 
     122        self.current_datainfo._yunit = y_unit 
     123        self.current_datainfo._xunit = x_unit 
     124        self.current_datainfo.source.wavelength_unit = lam_unit 
     125        self.current_datainfo.source.wavelength = lam 
     126        self.current_datainfo.filename = os.path.basename(self.f_open.name) 
     127        self.current_dataset.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
     128        # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     129        self.current_dataset.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", y_unit) 
     130        # Store loading process information 
     131        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name 
     132        self.current_datainfo.sample.name = params["Sample"] 
     133        self.current_datainfo.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
     134        self.current_datainfo.sample.thickness = self._unit_conversion( 
     135            float(params["Thickness"]), "cm", 
     136            self._unit_fetch("Thickness"))[0] 
    84137 
    85             self._insist_header(headers, "SpinEchoLength") 
    86             self._insist_header(headers, "Depolarisation") 
    87             self._insist_header(headers, "Depolarisation_error") 
    88             self._insist_header(headers, "Wavelength") 
     138        self.current_datainfo.sample.zacceptance = ( 
     139            float(params["Theta_zmax"]), 
     140            self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
    89141 
    90             data = np.loadtxt(input_f) 
     142        self.current_datainfo.sample.yacceptance = ( 
     143            float(params["Theta_ymax"]), 
     144            self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
    91145 
    92             if data.shape[1] != len(headers): 
    93                 raise RuntimeError( 
    94                     "File has {} headers, but {} columns".format( 
    95                         len(headers), 
    96                         data.shape[1])) 
    97  
    98             if not data.size: 
    99                 raise RuntimeError("{} is empty".format(path)) 
    100             x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
    101             if "SpinEchoLength_error" in headers: 
    102                 dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
    103             else: 
    104                 dx = x * 0.05 
    105             lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
    106             if "Wavelength_error" in headers: 
    107                 dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
    108             else: 
    109                 dlam = lam * 0.05 
    110             y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
    111             dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
    112  
    113             lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
    114             x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", 
    115                                               self._unit_fetch( 
    116                                                   "SpinEchoLength")) 
    117             dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
    118                 dx, lam_unit, 
    119                 self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
    120             dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
    121                 dlam, lam_unit, 
    122                 self._unit_fetch("Wavelength")) 
    123             y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
    124  
    125             output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, 
    126                             isSesans=True) 
    127  
    128             output.y_unit = y_unit 
    129             output.x_unit = x_unit 
    130             output.source.wavelength_unit = lam_unit 
    131             output.source.wavelength = lam 
    132             self.filename = output.filename = basename 
    133             output.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
    134             # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
    135             output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", y_unit) 
    136             # Store loading process information 
    137             output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    138             output.sample.name = params["Sample"] 
    139             output.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
    140             output.sample.thickness = self._unit_conversion( 
    141                 float(params["Thickness"]), "cm", 
    142                 self._unit_fetch("Thickness"))[0] 
    143  
    144             output.sample.zacceptance = ( 
    145                 float(params["Theta_zmax"]), 
    146                 self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
    147  
    148             output.sample.yacceptance = ( 
    149                 float(params["Theta_ymax"]), 
    150                 self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
    151             return output 
     146        self.send_to_output() 
    152147 
    153148    @staticmethod 
    154149    def _insist_header(headers, name): 
    155150        if name not in headers: 
    156             raise RuntimeError( 
     151            raise FileContentsException( 
    157152                "Missing {} column in spin echo data".format(name)) 
    158153 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/tiff_reader.py

    r959eb01 r574adc7  
    22#This software was developed by the University of Tennessee as part of the 
    33#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE) 
    4 #project funded by the US National Science Foundation.  
     4#project funded by the US National Science Foundation. 
    55#See the license text in license.txt 
    66#copyright 2008, University of Tennessee 
    … …  
    3131    ## Extension 
    3232    ext = ['.tif', '.tiff'] 
    33          
     33 
    3434    def read(self, filename=None): 
    3535        """ 
    3636        Open and read the data in a file 
    37          
     37 
    3838        :param file: path of the file 
    3939        """ 
    … …  
    4444        except: 
    4545            msg = "tiff_reader: could not load file. Missing Image module." 
    46             raise RuntimeError, msg 
    47          
     46            raise RuntimeError(msg) 
     47 
    4848        # Instantiate data object 
    4949        output = Data2D() 
    5050        output.filename = os.path.basename(filename) 
    51              
     51 
    5252        # Read in the image 
    5353        try: 
    5454            im = Image.open(filename) 
    5555        except: 
    56             raise  RuntimeError, "cannot open %s"%(filename) 
     56            raise  RuntimeError("cannot open %s"%(filename)) 
    5757        data = im.getdata() 
    5858 
    … …  
    6161        output.err_data = np.zeros([im.size[0], im.size[1]]) 
    6262        output.mask = np.ones([im.size[0], im.size[1]], dtype=bool) 
    63          
     63 
    6464        # Initialize 
    6565        x_vals = [] 
    … …  
    6969        for i_x in range(im.size[0]): 
    7070            x_vals.append(i_x) 
    71              
     71 
    7272        itot = 0 
    7373        for i_y in range(im.size[1]): 
    … …  
    8080                logger.error("tiff_reader: had to skip a non-float point") 
    8181                continue 
    82              
     82 
    8383            # Get bin number 
    8484            if math.fmod(itot, im.size[0]) == 0: 
    … …  
    8787            else: 
    8888                i_x += 1 
    89                  
     89 
    9090            output.data[im.size[1] - 1 - i_y][i_x] = value 
    91              
     91 
    9292            itot += 1 
    93                  
     93 
    9494        output.xbins = im.size[0] 
    9595        output.ybins = im.size[1] 
    … …  
    102102        output.ymin = 0 
    103103        output.ymax = im.size[0] - 1 
    104          
     104 
    105105        # Store loading process information 
    106106        output.meta_data['loader'] = self.type_name 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    r235f514 r7b50f14  
    1616 
    1717import logging 
     18 
    1819from lxml import etree 
    1920from lxml.builder import E 
    2021 
     22from ..file_reader_base_class import FileReader, decode 
     23 
    2124logger = logging.getLogger(__name__) 
    2225 
    2326PARSER = etree.ETCompatXMLParser(remove_comments=True, remove_pis=False) 
    2427 
    25 class XMLreader(): 
     28class XMLreader(FileReader): 
    2629    """ 
    2730    Generic XML read and write class. Mostly helper functions. 
    … …  
    7477        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    7578            logger.info(xml_error) 
     79            raise xml_error 
    7680        except Exception: 
    7781            self.xml = None 
    … …  
    9195        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    9296            logger.info(xml_error) 
    93         except Exception: 
     97            raise xml_error 
     98        except Exception as exc: 
    9499            self.xml = None 
    95100            self.xmldoc = None 
    96101            self.xmlroot = None 
     102            raise exc 
    97103 
    98104    def set_schema(self, schema): 
    … …  
    130136            first_error = schema.assertValid(self.xmldoc) 
    131137        except etree.DocumentInvalid as err: 
     138            # Suppress errors for <'any'> elements 
     139            if "##other" in str(err): 
     140                return first_error 
    132141            first_error = str(err) 
    133142        return first_error 
    … …  
    144153        Converts an etree element into a string 
    145154        """ 
    146         return etree.tostring(elem, pretty_print=pretty_print, \ 
    147                               encoding=encoding) 
     155        return decode(etree.tostring(elem, pretty_print=pretty_print, 
     156                                     encoding=encoding)) 
    148157 
    149158    def break_processing_instructions(self, string, dic): 
    … …  
    206215        Create a unique key value for any dictionary to prevent overwriting 
    207216        Recurses until a unique key value is found. 
    208          
     217 
    209218        :param dictionary: A dictionary with any number of entries 
    210219        :param name: The index of the item to be added to dictionary 
    … …  
    222231        Create an element tree for processing from an etree element 
    223232 
    224         :param root: etree Element(s)  
     233        :param root: etree Element(s) 
    225234        """ 
    226235        return etree.ElementTree(root) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.