Changeset 7af652d in sasview for src/sas/sascalc/pr


Ignore:
Timestamp:
Mar 5, 2019 4:26:14 PM (6 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1249
Children:
1342f6a
Parents:
dbfd307 (diff), 8c9e65c (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Paul Kienzle <pkienzle@…> (03/05/19 16:26:14)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (03/05/19 16:26:14)
Message:

Merge branch 'master' into py37-sascalc

Location:
src/sas/sascalc/pr
Files:
1 deleted
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/Cinvertor.c

    ra52f32f r7ba6470  
    55 * 
    66 */ 
    7 #include <Python.h> 
    8 #include "structmember.h" 
    97#include <stdio.h> 
    108#include <stdlib.h> 
    … …  
    1210#include <time.h> 
    1311 
     12//#define Py_LIMITED_API 0x03050000 
     13#include <Python.h> 
     14#include <structmember.h> 
     15 
     16// Vector binding glue 
     17#if (PY_VERSION_HEX > 0x03000000) && !defined(Py_LIMITED_API) 
     18  // Assuming that a view into a writable vector points to a 
     19  // non-changing pointer for the duration of the C call, capture 
     20  // the view pointer and immediately free the view. 
     21  #define VECTOR(VEC_obj, VEC_buf, VEC_len) do { \ 
     22    Py_buffer VEC_view; \ 
     23    int VEC_err = PyObject_GetBuffer(VEC_obj, &VEC_view, PyBUF_WRITABLE|PyBUF_FORMAT); \ 
     24    if (VEC_err < 0 || sizeof(*VEC_buf) != VEC_view.itemsize) return NULL; \ 
     25    VEC_buf = (typeof(VEC_buf))VEC_view.buf; \ 
     26    VEC_len = VEC_view.len/sizeof(*VEC_buf); \ 
     27    PyBuffer_Release(&VEC_view); \ 
     28  } while (0) 
     29#else 
     30  #define VECTOR(VEC_obj, VEC_buf, VEC_len) do { \ 
     31    int VEC_err = PyObject_AsWriteBuffer(VEC_obj, (void **)(&VEC_buf), &VEC_len); \ 
     32    if (VEC_err < 0) return NULL; \ 
     33    VEC_len /= sizeof(*VEC_buf); \ 
     34  } while (0) 
     35#endif 
     36 
    1437#include "invertor.h" 
    15  
    1638 
    1739/// Error object for raised exceptions 
    1840PyObject * CinvertorError; 
    19  
    20 #define INVECTOR(obj,buf,len)                                                                           \ 
    21     do { \ 
    22         int err = PyObject_AsReadBuffer(obj, (const void **)(&buf), &len); \ 
    23         if (err < 0) return NULL; \ 
    24         len /= sizeof(*buf); \ 
    25     } while (0) 
    26  
    27 #define OUTVECTOR(obj,buf,len) \ 
    28     do { \ 
    29         int err = PyObject_AsWriteBuffer(obj, (void **)(&buf), &len); \ 
    30         if (err < 0) return NULL; \ 
    31         len /= sizeof(*buf); \ 
    32     } while (0) 
    33  
    3441 
    3542// Class definition 
    … …  
    99106 
    100107        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    101         OUTVECTOR(data_obj,data,ndata); 
     108        VECTOR(data_obj,data,ndata); 
    102109 
    103110        free(self->params.x); 
    … …  
    131138 
    132139        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    133         OUTVECTOR(data_obj, data, ndata); 
     140        VECTOR(data_obj, data, ndata); 
    134141 
    135142        // Check that the input array is large enough 
    … …  
    164171 
    165172        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    166         OUTVECTOR(data_obj,data,ndata); 
     173        VECTOR(data_obj,data,ndata); 
    167174 
    168175        free(self->params.y); 
    … …  
    196203 
    197204        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    198         OUTVECTOR(data_obj, data, ndata); 
     205        VECTOR(data_obj, data, ndata); 
    199206 
    200207        // Check that the input array is large enough 
    … …  
    229236 
    230237        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    231         OUTVECTOR(data_obj,data,ndata); 
     238        VECTOR(data_obj,data,ndata); 
    232239 
    233240        free(self->params.err); 
    … …  
    261268 
    262269        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    263         OUTVECTOR(data_obj, data, ndata); 
     270        VECTOR(data_obj, data, ndata); 
    264271 
    265272        // Check that the input array is large enough 
    … …  
    517524        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    518525 
    519         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     526        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    520527 
    521528    // PyList of residuals 
    … …  
    568575        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    569576 
    570         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     577        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    571578 
    572579        // Should create this list only once and refill it 
    … …  
    609616 
    610617        if (!PyArg_ParseTuple(args, "Od", &data_obj, &q)) return NULL; 
    611         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     618        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    612619 
    613620        iq_value = iq(pars, self->params.d_max, (int)npars, q); 
    … …  
    634641 
    635642        if (!PyArg_ParseTuple(args, "Od", &data_obj, &q)) return NULL; 
    636         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     643        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    637644 
    638645        iq_value = iq_smeared(pars, self->params.d_max, (int)npars, 
    … …  
    659666 
    660667        if (!PyArg_ParseTuple(args, "Od", &data_obj, &r)) return NULL; 
    661         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     668        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    662669 
    663670        pr_value = pr(pars, self->params.d_max, (int)npars, r); 
    … …  
    686693 
    687694        if (!PyArg_ParseTuple(args, "OOd", &data_obj, &err_obj, &r)) return NULL; 
    688         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     695        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    689696 
    690697        if (err_obj == Py_None) { 
    … …  
    692699                pr_err_value = 0.0; 
    693700        } else { 
    694                 OUTVECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
     701                VECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
    695702                pr_err(pars, pars_err, self->params.d_max, (int)npars, r, &pr_value, &pr_err_value); 
    696703        } 
    … …  
    726733 
    727734        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    728         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     735        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    729736 
    730737        oscill = reg_term(pars, self->params.d_max, (int)npars, 100); 
    … …  
    747754 
    748755        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    749         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     756        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    750757 
    751758        count = npeaks(pars, self->params.d_max, (int)npars, 100); 
    … …  
    768775 
    769776        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    770         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     777        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    771778 
    772779        fraction = positive_integral(pars, self->params.d_max, (int)npars, 100); 
    … …  
    792799 
    793800        if (!PyArg_ParseTuple(args, "OO", &data_obj, &err_obj)) return NULL; 
    794         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
    795         OUTVECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
     801        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
     802        VECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
    796803 
    797804        fraction = positive_errors(pars, pars_err, self->params.d_max, (int)npars, 51); 
    … …  
    813820 
    814821        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    815         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     822        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    816823 
    817824        value = rg(pars, self->params.d_max, (int)npars, 101); 
    … …  
    833840 
    834841        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    835         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     842        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    836843 
    837844        value = 4.0*acos(-1.0)*int_pr(pars, self->params.d_max, (int)npars, 101); 
    … …  
    874881 
    875882        if (!PyArg_ParseTuple(args, "iiOO", &nfunc, &nr, &a_obj, &b_obj)) return NULL; 
    876         OUTVECTOR(a_obj,a,n_a); 
    877         OUTVECTOR(b_obj,b,n_b); 
     883        VECTOR(a_obj,a,n_a); 
     884        VECTOR(b_obj,b,n_b); 
    878885 
    879886        assert(n_b>=nfunc); 
    … …  
    947954 
    948955        if (!PyArg_ParseTuple(args, "iiOO", &nfunc, &nr, &a_obj, &cov_obj)) return NULL; 
    949         OUTVECTOR(a_obj,a,n_a); 
    950         OUTVECTOR(cov_obj,inv_cov,n_cov); 
     956        VECTOR(a_obj,a,n_a); 
     957        VECTOR(cov_obj,inv_cov,n_cov); 
    951958 
    952959        assert(n_cov>=nfunc*nfunc); 
    … …  
    981988 
    982989        if (!PyArg_ParseTuple(args, "iiO", &nfunc, &nr, &a_obj)) return NULL; 
    983         OUTVECTOR(a_obj,a,n_a); 
     990        VECTOR(a_obj,a,n_a); 
    984991 
    985992        assert(n_a>=nfunc*(nr+self->params.npoints)); 
    … …  
    11211128 
    11221129#define MODULE_DOC "C extension module for inversion to P(r)." 
    1123 #define MODULE_NAME "pr_inversion" 
    1124 #define MODULE_INIT2 initpr_inversion 
    1125 #define MODULE_INIT3 PyInit_pr_inversion 
     1130#define MODULE_NAME "_pr_inversion" 
     1131#define MODULE_INIT2 init_pr_inversion 
     1132#define MODULE_INIT3 PyInit__pr_inversion 
    11261133#define MODULE_METHODS module_methods 
    11271134 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/BumpsFitting.py

    r9a5097c r3e6829d  
    22BumpsFitting module runs the bumps optimizer. 
    33""" 
     4from __future__ import division 
     5 
    46import os 
    57from datetime import timedelta, datetime 
    … …  
    3436class Progress(object): 
    3537    def __init__(self, history, max_step, pars, dof): 
    36         remaining_time = int(history.time[0]*(float(max_step)/history.step[0]-1)) 
     38        remaining_time = int(history.time[0]*(max_step/history.step[0]-1)) 
    3739        # Depending on the time remaining, either display the expected 
    3840        # time of completion, or the amount of time remaining.  Use precision 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/Loader.py

    r574adc7 r57e48ca  
     1""" 
     2class Loader  to load any kind of file 
     3""" 
     4 
    15from __future__ import print_function 
    26 
    3 # class Loader  to load any king of file 
    4 #import wx 
    5 #import string 
    67import numpy as np 
    78 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    rdbfd307 r7af652d  
    66FIXME: The way the Invertor interacts with its C component should be cleaned up 
    77""" 
     8from __future__ import division 
    89 
    910import numpy as np 
    … …  
    1718from numpy.linalg import lstsq 
    1819from scipy import optimize 
    19 from sas.sascalc.pr.core.pr_inversion import Cinvertor 
     20from sas.sascalc.pr._pr_inversion import Cinvertor 
    2021 
    2122logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    7172        A[j][i] = (Fourier transformed base function for point j) 
    7273 
    73     We them choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
     74    We then choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
    7475    derivative of P(r) at. This is used as our regularization term. 
    7576    For a vector r of length n_r, the following n_r rows are set to :: 
    … …  
    144145        x, y, err, d_max, q_min, q_max and alpha 
    145146        """ 
    146         if   name == 'x': 
     147        if name == 'x': 
    147148            if 0.0 in value: 
    148149                msg = "Invertor: one of your q-values is zero. " 
    … …  
    268269            A[i][j] = (Fourier transformed base function for point j) 
    269270 
    270         We them choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
     271        We then choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
    271272        derivative of P(r) at. This is used as our regularization term. 
    272273        For a vector r of length n_r, the following n_r rows are set to :: 
    … …  
    416417            A[i][j] = (Fourier transformed base function for point j) 
    417418 
    418         We them choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
     419        We then choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
    419420        derivative of P(r) at. This is used as our regularization term. 
    420421        For a vector r of length n_r, the following n_r rows are set to :: 
    … …  
    498499        try: 
    499500            cov = np.linalg.pinv(inv_cov) 
    500             err = math.fabs(chi2 / float(npts - nfunc)) * cov 
    501         except: 
     501            err = math.fabs(chi2 / (npts - nfunc)) * cov 
     502        except Exception as exc: 
    502503            # We were not able to estimate the errors 
    503504            # Return an empty error matrix 
    504             logger.error(sys.exc_value) 
     505            logger.error(exc) 
    505506 
    506507        # Keep a copy of the last output 
    … …  
    539540 
    540541        """ 
    541         from num_term import NTermEstimator 
     542        from .num_term import NTermEstimator 
    542543        estimator = NTermEstimator(self.clone()) 
    543544        try: 
    544545            return estimator.num_terms(isquit_func) 
    545         except: 
     546        except Exception as exc: 
    546547            # If we fail, estimate alpha and return the default 
    547548            # number of terms 
    548549            best_alpha, _, _ = self.estimate_alpha(self.nfunc) 
    549             logger.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
     550            logger.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % exc) 
    550551            return self.nfunc, best_alpha, "Could not estimate number of terms" 
    551552 
    … …  
    633634                return best_alpha, message, elapsed 
    634635 
    635         except: 
    636             message = "Invertor.estimate_alpha: %s" % sys.exc_value 
     636        except Exception as exc: 
     637            message = "Invertor.estimate_alpha: %s" % exc 
    637638            return 0, message, elapsed 
    638639 
    … …  
    750751                        self.cov[i][i] = float(toks2[1]) 
    751752 
    752             except: 
    753                 msg = "Invertor.from_file: corrupted file\n%s" % sys.exc_value 
     753            except Exception as exc: 
     754                msg = "Invertor.from_file: corrupted file\n%s" % exc 
    754755                raise RuntimeError(msg) 
    755756        else: 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    re090ba90 r8c9e65c  
    1 from __future__ import print_function 
     1from __future__ import print_function, division 
    22 
    33import math 
    … …  
    5151        osc = self.sort_osc() 
    5252        dv = len(osc) 
    53         med = float(dv) / 2.0 
     53        med = 0.5*dv 
    5454        odd = self.is_odd(dv) 
    5555        medi = 0 
    … …  
    140140            nts = self.compare_err() 
    141141            div = len(nts) 
    142             tem = float(div) / 2.0 
     142            tem = 0.5*div 
    143143            if self.is_odd(div): 
    144144                nt = nts[int(tem)] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.