Changeset 7a8faf8 in sasview for sansmodels


Ignore:
Timestamp:
May 19, 2011 11:20:21 AM (13 years ago)
Author:
Jae Cho <jhjcho@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
d785914
Parents:
c0a690c
Message:

Added polydispersion in a couple of params in spheresldmodel

Location:
sansmodels/src/sans/models
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansmodels/src/sans/models/SphereSLDModel.py

    rc7a7e1b r7a8faf8  
    198198 
    199199        ## fittable parameters 
    200         self.fixed=[] 
     200        self.fixed=['rad_core0.width', 'thick_inter0.width'] 
    201201         
    202202        ## non-fittable parameters 

  • sansmodels/src/sans/models/SphericalSLDModel.py

    r4b3d25b r7a8faf8  
    7676        """  
    7777        ##set dispersion from model  
    78         self.dispersion = {} 
    79                      
     78        for name , value in self.model.dispersion.iteritems():    
     79               
     80            nshell = -1 
     81            if name.split('_')[0] == 'thick': 
     82                while nshell<1: 
     83                    nshell += 1 
     84                    if name.split('_')[1] == 'inter%s' % str(nshell): 
     85                        self.dispersion[name]= value 
     86                    else:  
     87                        continue 
     88            else: 
     89                self.dispersion[name]= value 
    8090 
    8191    def _set_params(self): 
    … …  
    279289        Helper function to setParam 
    280290        """ 
    281  
     291        toks = name.split('.') 
     292        if len(toks)==2: 
     293            for item in self.dispersion.keys(): 
     294                if item.lower()==toks[0].lower(): 
     295                    for par in self.dispersion[item]: 
     296                        if par.lower() == toks[1].lower(): 
     297                            self.dispersion[item][par] = value 
     298                            return 
    282299        # Look for standard parameter 
    283300        for item in self.params.keys(): 
    … …  
    293310        Fill the self.fixed list with the model fixed list 
    294311        """ 
     312        for item in self.model.fixed: 
     313            if item.split('.')[0] in self.params.keys():  
     314                self.fixed.append(item) 
     315 
     316        self.fixed.sort() 
    295317        pass          
    296318 
    … …  
    339361        :dispersion: dispersion object of type DispersionModel 
    340362        """ 
    341         pass 
     363        value= None 
     364        try: 
     365            if parameter in self.model.dispersion.keys(): 
     366                value= self.model.set_dispersion(parameter, dispersion) 
     367            self._set_dispersion() 
     368            return value 
     369        except: 
     370            raise  

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/spheresld.h

    r0164899a r7a8faf8  
    66 */ 
    77 //[PYTHONCLASS] = SphereSLDModel 
    8  //[DISP_PARAMS] = thick_inter0 
     8 //[DISP_PARAMS] = rad_core0, thick_inter0 
    99 //[DESCRIPTION] =<text>Calculate neutron reflectivity using the Parratt iterative formula 
    1010 //                             Parameters: 
    … …  
    2626 //                                     from the bottom (substrate) to the top. 
    2727 //             </text> 
    28  //[FIXED]=  <text></text> 
     28 //[FIXED]=  <text>rad_core0.width; thick_inter0.width</text> 
    2929 //[NON_FITTABLE_PARAMS]= <text>n_shells;func_inter0;func_inter1;func_inter2;func_inter3;func_inter4;func_inter5;func_inter5;func_inter7;func_inter8;func_inter9;func_inter10 </text> 
    3030 //[ORIENTATION_PARAMS]= <text> </text> 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/CSphereSLDModel.cpp

    r0164899a r7a8faf8  
    154154        PyObject * disp_dict; 
    155155        disp_dict = PyDict_New(); 
     156        self->model->rad_core0.dispersion->accept_as_source(visitor, self->model->rad_core0.dispersion, disp_dict); 
     157        PyDict_SetItemString(self->dispersion, "rad_core0", disp_dict); 
     158        disp_dict = PyDict_New(); 
    156159        self->model->thick_inter0.dispersion->accept_as_source(visitor, self->model->thick_inter0.dispersion, disp_dict); 
    157160        PyDict_SetItemString(self->dispersion, "thick_inter0", disp_dict); 
    … …  
    348351    PyObject* disp_dict; 
    349352    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor(); 
     353    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "rad_core0"); 
     354    self->model->rad_core0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->rad_core0.dispersion, disp_dict); 
    350355    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thick_inter0"); 
    351356    self->model->thick_inter0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thick_inter0.dispersion, disp_dict); 
    … …  
    475480    PyObject* disp_dict; 
    476481    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor(); 
     482    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "rad_core0"); 
     483    self->model->rad_core0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->rad_core0.dispersion, disp_dict); 
    477484    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thick_inter0"); 
    478485    self->model->thick_inter0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thick_inter0.dispersion, disp_dict); 
    … …  
    589596    PyObject* disp_dict; 
    590597    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor(); 
     598    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "rad_core0"); 
     599    self->model->rad_core0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->rad_core0.dispersion, disp_dict); 
    591600    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thick_inter0"); 
    592601    self->model->thick_inter0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thick_inter0.dispersion, disp_dict); 
    … …  
    672681    PyObject* disp_dict; 
    673682    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor(); 
     683    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "rad_core0"); 
     684    self->model->rad_core0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->rad_core0.dispersion, disp_dict); 
    674685    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thick_inter0"); 
    675686    self->model->thick_inter0.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thick_inter0.dispersion, disp_dict); 
    … …  
    729740        // Ugliness necessary to go from python to C 
    730741            // TODO: refactor this 
    731     if (!strcmp(par_name, "thick_inter0")) { 
     742    if (!strcmp(par_name, "rad_core0")) { 
     743        self->model->rad_core0.dispersion = dispersion; 
     744    } else    if (!strcmp(par_name, "thick_inter0")) { 
    732745        self->model->thick_inter0.dispersion = dispersion; 
    733746    } else { 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/spheresld.cpp

    r0164899a r7a8faf8  
    1313        n_shells = Parameter(1.0); 
    1414        scale = Parameter(1.0); 
    15         thick_inter0 = Parameter(1.0); 
     15        thick_inter0 = Parameter(1.0, true); 
     16        thick_inter0.set_min(0.0); 
    1617        func_inter0 = Parameter(0); 
    1718        sld_core0 = Parameter(2.07e-06); 
    … …  
    8081    npts_inter = Parameter(35.0); 
    8182    nu_inter0 = Parameter(2.5); 
    82     rad_core0 = Parameter(60.0); 
     83    rad_core0 = Parameter(60.0, true); 
     84    rad_core0.set_min(0.0); 
    8385} 
    8486 
    … …  
    98100        dp[4] = sld_core0(); 
    99101        dp[5] = sld_solv(); 
    100         dp[6] = background(); 
     102        dp[6] = 0.0; 
    101103 
    102104        dp[7] = sld_flat1(); 
    … …  
    161163 
    162164        // No polydispersion supported in this model. 
    163  
    164         return sphere_sld_kernel(dp,q); 
     165        // Get the dispersion points for the radius 
     166        vector<WeightPoint> weights_rad_core0; 
     167        rad_core0.get_weights(weights_rad_core0); 
     168        vector<WeightPoint> weights_thick_inter0; 
     169        thick_inter0.get_weights(weights_thick_inter0); 
     170        // Perform the computation, with all weight points 
     171        double sum = 0.0; 
     172        double norm = 0.0; 
     173        double vol = 0.0; 
     174 
     175        // Loop over core weight points 
     176        for(int i=0; i<weights_rad_core0.size(); i++) { 
     177                dp[59] = weights_rad_core0[i].value; 
     178                // Loop over thick_inter0 weight points 
     179                for(int j=0; j<weights_thick_inter0.size(); j++) { 
     180                        dp[2] = weights_thick_inter0[j].value; 
     181 
     182                        //Un-normalize Sphere by volume 
     183                        sum += weights_rad_core0[i].weight * weights_thick_inter0[j].weight 
     184                                * sphere_sld_kernel(dp,q) * pow((weights_rad_core0[i].value + 
     185                                                weights_thick_inter0[j].value),3.0); 
     186                        //Find average volume 
     187                        vol += weights_rad_core0[i].weight * weights_thick_inter0[j].weight 
     188                                * pow((weights_rad_core0[i].value+weights_thick_inter0[j].value),3.0); 
     189 
     190                        norm += weights_rad_core0[i].weight * weights_thick_inter0[j].weight; 
     191                } 
     192        } 
     193 
     194        if (vol != 0.0 && norm != 0.0) { 
     195                //Re-normalize by avg volume 
     196                sum = sum/(vol/norm);} 
     197 
     198        return sum/norm + background(); 
    165199} 
    166200 
    … …  
    225259        dp.thick_inter10 = thick_inter10(); 
    226260 
    227         double rad_out = dp.rad_core0 + dp.thick_inter0; 
    228         if (dp.n_shells > 0) 
    229                 rad_out += dp.thick_flat1 + dp.thick_inter1; 
    230         if (dp.n_shells > 1) 
    231                 rad_out += dp.thick_flat2 + dp.thick_inter2; 
    232         if (dp.n_shells > 2) 
    233                 rad_out += dp.thick_flat3 + dp.thick_inter3; 
    234         if (dp.n_shells > 3) 
    235                 rad_out += dp.thick_flat4 + dp.thick_inter4; 
    236         if (dp.n_shells > 4) 
    237                 rad_out += dp.thick_flat5 + dp.thick_inter5; 
    238         if (dp.n_shells > 5) 
    239                 rad_out += dp.thick_flat6 + dp.thick_inter6; 
    240         if (dp.n_shells > 6) 
    241                 rad_out += dp.thick_flat7 + dp.thick_inter7; 
    242         if (dp.n_shells > 7) 
    243                 rad_out += dp.thick_flat8 + dp.thick_inter8; 
    244         if (dp.n_shells > 8) 
    245                 rad_out += dp.thick_flat9 + dp.thick_inter9; 
    246         if (dp.n_shells > 9) 
    247                 rad_out += dp.thick_flat10 + dp.thick_inter10; 
    248  
    249         return rad_out; 
    250  
    251 } 
     261        double rad_out = 0.0; 
     262        double out = 0.0; 
     263        // Perform the computation, with all weight points 
     264        double sum = 0.0; 
     265        double norm = 0.0; 
     266 
     267        // Get the dispersion points for the radius 
     268        vector<WeightPoint> weights_rad_core0; 
     269        rad_core0.get_weights(weights_rad_core0); 
     270 
     271        // Get the dispersion points for the thick 1 
     272        vector<WeightPoint> weights_thick_inter0; 
     273        thick_inter0.get_weights(weights_thick_inter0); 
     274        // Loop over radius weight points 
     275        for(int i=0; i<weights_rad_core0.size(); i++) { 
     276                dp.rad_core0 = weights_rad_core0[i].value; 
     277                // Loop over radius weight points 
     278                for(int j=0; j<weights_thick_inter0.size(); j++) { 
     279                        dp.thick_inter0 = weights_thick_inter0[j].value; 
     280                        rad_out = dp.rad_core0 + dp.thick_inter0; 
     281                        if (dp.n_shells > 0) 
     282                                rad_out += dp.thick_flat1 + dp.thick_inter1; 
     283                        if (dp.n_shells > 1) 
     284                                rad_out += dp.thick_flat2 + dp.thick_inter2; 
     285                        if (dp.n_shells > 2) 
     286                                rad_out += dp.thick_flat3 + dp.thick_inter3; 
     287                        if (dp.n_shells > 3) 
     288                                rad_out += dp.thick_flat4 + dp.thick_inter4; 
     289                        if (dp.n_shells > 4) 
     290                                rad_out += dp.thick_flat5 + dp.thick_inter5; 
     291                        if (dp.n_shells > 5) 
     292                                rad_out += dp.thick_flat6 + dp.thick_inter6; 
     293                        if (dp.n_shells > 6) 
     294                                rad_out += dp.thick_flat7 + dp.thick_inter7; 
     295                        if (dp.n_shells > 7) 
     296                                rad_out += dp.thick_flat8 + dp.thick_inter8; 
     297                        if (dp.n_shells > 8) 
     298                                rad_out += dp.thick_flat9 + dp.thick_inter9; 
     299                        if (dp.n_shells > 9) 
     300                                rad_out += dp.thick_flat10 + dp.thick_inter10; 
     301                        sum += weights_rad_core0[i].weight*weights_thick_inter0[j].weight 
     302                                * (rad_out); 
     303                        norm += weights_rad_core0[i].weight*weights_thick_inter0[j].weight; 
     304                } 
     305        } 
     306        if (norm != 0){ 
     307                //return the averaged value 
     308                out =  sum/norm;} 
     309        else{ 
     310                //return normal value 
     311                out = dp.rad_core0 + dp.thick_inter0; 
     312                if (dp.n_shells > 0) 
     313                        out += dp.thick_flat1 + dp.thick_inter1; 
     314                if (dp.n_shells > 1) 
     315                        out += dp.thick_flat2 + dp.thick_inter2; 
     316                if (dp.n_shells > 2) 
     317                        out += dp.thick_flat3 + dp.thick_inter3; 
     318                if (dp.n_shells > 3) 
     319                        out += dp.thick_flat4 + dp.thick_inter4; 
     320                if (dp.n_shells > 4) 
     321                        out += dp.thick_flat5 + dp.thick_inter5; 
     322                if (dp.n_shells > 5) 
     323                        out += dp.thick_flat6 + dp.thick_inter6; 
     324                if (dp.n_shells > 6) 
     325                        out += dp.thick_flat7 + dp.thick_inter7; 
     326                if (dp.n_shells > 7) 
     327                        out += dp.thick_flat8 + dp.thick_inter8; 
     328                if (dp.n_shells > 8) 
     329                        out += dp.thick_flat9 + dp.thick_inter9; 
     330                if (dp.n_shells > 9) 
     331                        out += dp.thick_flat10 + dp.thick_inter10; 
     332                } 
     333 
     334        return out; 
     335 
     336} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.