Changeset 7949dcf7 in sasview for src/sas/sasgui


Ignore:
Timestamp:
Oct 14, 2016 8:28:47 AM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Parents:
9087214 (diff), 8b645cc (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
jhbakker <j.h.bakker@…> (10/14/16 08:28:47)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (10/14/16 08:28:47)
Message:

Merge 8b645cc3cea24d016ee884edc83b7654f8f0470b into 90872142fe3b2f0510dc9736969ed78e0fcf3218

Location:
src/sas/sasgui
Files:
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/model_editor.py

    rec72ceb rad1ac45  
    2828import math 
    2929import re 
     30import logging 
    3031from wx.py.editwindow import EditWindow 
    3132from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow 
    … …  
    388389            wx.PostEvent(self.parent.parent, StatusEvent(status=msg, 
    389390                                                         info=info)) 
    390         else: 
    391             raise 
    392391 
    393392    def on_help(self, event): 
    … …  
    633632        self.reader = None 
    634633        self.name = 'untitled' 
    635         self.overwrite_name = False 
     634        self.overwrite_name = True 
    636635        self.is_2d = False 
    637636        self.fname = None 
    … …  
    684683        #title name [string] 
    685684        name_txt = wx.StaticText(self, -1, 'Function Name : ') 
    686         overwrite_cb = wx.CheckBox(self, -1, "Overwrite?", (10, 10)) 
    687         overwrite_cb.SetValue(False) 
     685        overwrite_cb = wx.CheckBox(self, -1, "Overwrite existing plugin model of this name?", (10, 10)) 
     686        overwrite_cb.SetValue(True) 
    688687        overwrite_cb.SetToolTipString("Overwrite it if already exists?") 
    689688        wx.EVT_CHECKBOX(self, overwrite_cb.GetId(), self.on_over_cb) 
    … …  
    947946        # Sort out the errors if occur 
    948947        # First check for valid python name then if the name already exists 
    949         if not re.match('^[A-Za-z0-9_]*$', name): 
    950             msg = "not a valid python name. Name must include only alpha \n" 
    951             msg += "numeric or underline characters and no spaces" 
     948        if not name or not bool(re.match('^[A-Za-z0-9_]*$', name)): 
     949            msg = "is not a valid python name. Name must not be empty and \n" 
     950            msg += "may include only alpha numeric or underline characters \n" 
     951            msg += "and no spaces" 
    952952        elif self.check_name(): 
    953953            description = self.desc_tcl.GetValue() 
    … …  
    966966                        result, msg = None, "error building model" 
    967967                        check_err = "\n"+traceback.format_exc(limit=2) 
    968  
    969                     # Modified compiling test, as it will fail for sasmodels.sasview_model class 
    970                     # Should add a test to check that the class is correctly built  
    971                     # by sasview_model.make_class_from_file? 
    972 #                    try:  
    973 #                        tr_msg = _compile_file(self.fname) 
    974 #                        msg = str(tr_msg.__str__()) 
    975 #                        # Compile error 
    976 #                        if msg: 
    977 #                            msg.replace("  ", "\n") 
    978 #                            msg += "\nCompiling Failed" 
    979 #                            try: 
    980 #                                # try to remove pyc file if exists 
    981 #                                _delete_file(self.fname) 
    982 #                                _delete_file(self.fname + "c") 
    983 #                            except: 
    984 #                                pass 
    985 #                    except: 
    986 #                        pass 
    987968                else: 
    988969                    msg = "Error: The func(x) must 'return' a value at least.\n" 
    … …  
    1002983                exec "from %s import Model" % name 
    1003984            except: 
    1004                 pass 
    1005 #            except: 
    1006 #                msg = 'new model fails to import in python' 
    1007 #                try: 
    1008 #                    # try to remove pyc file if exists 
    1009 #                    _delete_file(self.fname + "c") 
    1010 #                except: 
    1011 #                    pass 
    1012 # 
    1013 # And also need to test if model runs             
    1014 #        if self.base != None and not msg: 
    1015 #            try: 
    1016 #                Model().run(0.01) 
    1017 #            except: 
    1018 #                msg = "new model fails on run method:" 
    1019 #                _, value, _ = sys.exc_info() 
    1020 #                msg += "in %s:\n%s\n" % (name, value) 
    1021 #                try: 
    1022 #                    # try to remove pyc file if exists 
    1023 #                    _delete_file(self.fname + "c") 
    1024 #                except: 
    1025 #                    pass 
     985                logging.error(sys.exc_value) 
     986 
    1026987        # Prepare the messagebox 
    1027988        if msg: 
    … …  
    11911152 
    11921153        _TreeLocation = "user/sasgui/perspectives/fitting/fitting_help.html" 
    1193         _PageAnchor = "#custom-model-editor" 
     1154        _PageAnchor = "#New_Plugin_Model" 
    11941155        _doc_viewer = DocumentationWindow(self, -1, _TreeLocation, _PageAnchor, 
    1195                                           "Custom Model Editor Help") 
     1156                                          "Plugin Model Editor Help") 
    11961157 
    11971158    def on_close(self, event): 
    … …  
    12301191 
    12311192## Templates for custom models 
    1232 #CUSTOM_TEMPLATE = """ 
    1233 #from sas.models.pluginmodel import Model1DPlugin 
    1234 #from math import * 
    1235 #import os 
    1236 #import sys 
    1237 #import numpy 
    1238 ##import scipy? 
    1239 #class Model(Model1DPlugin): 
    1240 #    name = basename without extension of __file__ 
    1241 #    def __init__(self): 
    1242 #        Model1DPlugin.__init__(self, name=self.name) 
    1243 #        #set name same as file name 
    1244 #        #self.params here 
    1245 #        self.description = "%s" 
    1246 #        self.set_details() 
    1247 #    def function(self, x=0.0%s): 
    1248 #        #local params here 
    1249 #        #function here 
    1250 #""" 
    12511193 
    12521194CUSTOM_TEMPLATE = """ 
    … …  
    14191361 
    14201362    def _clone(self, obj): 
     1363        import copy 
    14211364        obj.params     = copy.deepcopy(self.params) 
    14221365        obj.description     = copy.deepcopy(self.description) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    r9087214 r7949dcf7  
    20572057 
    20582058        if  struct_factor != None: 
    2059             from sas.sascalc.fit.MultiplicationModel import MultiplicationModel 
     2059            from sasmodels.sasview_model import MultiplicationModel 
    20602060            self.model = MultiplicationModel(form_factor(self.multi_factor), 
    20612061                                             struct_factor()) 
    … …  
    33443344                            item[0].SetValue(is_true) 
    33453345 
     3346        self.select_param(event=None) 
     3347        self.Refresh() 
     3348 
    33463349    def _paste_poly_help(self, item, value): 
    33473350        """ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/fitting_help.rst

    r3e1c9e5 r26c8be3  
    163163^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    164164 
     165Relatively straightforward models can be programmed directly from the SasView GUI  
     166using the *New Plugin Model Function*. 
     167 
    165168.. image:: new_model.bmp 
    166169 
    167 A model template generated by this option can be viewed and further modified using 
     170When using this feature, be aware that even if your code has errors, including  
     171syntax errors, a model file is still generated. When you then correct the errors  
     172and click 'Apply' again to re-compile you will get an error informing you that  
     173the model already exists if the 'Overwrite' box is not checked. In this case you  
     174will need to supply a new model function name. By default the 'Overwrite' box is  
     175*checked*\ . 
     176 
     177Also note that the 'Fit Parameters' have been split into two sections: those which  
     178can be polydisperse (shape and orientation parameters) and those which are not 
     179(eg, scattering length densities). 
     180 
     181A model file generated by this option can be viewed and further modified using 
    168182the :ref:`Advanced_Plugin_Editor` . 
    169  
    170 *NB: "Fit Parameters" has been split into two sections, those which can be 
    171 polydisperse (shape and orientation parameters) and those which are not 
    172 (scattering length densities, for example).* 
    173183 
    174184Sum|Multi(p1,p2) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    r5de7f69 r313c5c9  
    356356        """ 
    357357        if int(evt.GetId()) in self.form_factor_dict.keys(): 
    358             from sas.sascalc.fit.MultiplicationModel import MultiplicationModel 
     358            from sasmodels.sasview_model import MultiplicationModel 
    359359            self.model_dictionary[MultiplicationModel.__name__] = MultiplicationModel 
    360360            model1, model2 = self.form_factor_dict[int(evt.GetId())] 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/pr.py

    rc10d9d6c ra69a967  
    12761276                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info='error')) 
    12771277                    return 
    1278                 msg += "Prview does not allow multiple data!\n" 
     1278                msg = "Prview does not allow multiple data!\n" 
    12791279                msg += "Please select one.\n" 
    12801280                if len(data_list) > 1: 

  • src/sas/sasgui/guiframe/dataFitting.py

    r9b6d62d r1fac6c0  
    1717    """ 
    1818    """ 
    19     def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None): 
     19    def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=False): 
    2020        """ 
    2121        """ 
    … …  
    2424        if y is None: 
    2525            y = [] 
    26         PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
    27         LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy) 
     26        self.isSesans = isSesans 
     27        PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy, lam, dlam) 
     28        LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy, lam, dlam, isSesans) 
    2829        self.id = None 
    2930        self.list_group_id = [] 
    … …  
    6869        # First, check the data compatibility 
    6970        dy, dy_other = self._validity_check(other) 
    70         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     71        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=None) 
    7172        result.clone_without_data(length=len(self.x), clone=self) 
    7273        result.copy_from_datainfo(data1d=self) 
    … …  
    115116        # First, check the data compatibility 
    116117        self._validity_check_union(other) 
    117         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     118        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=None) 
    118119        tot_length = len(self.x) + len(other.x) 
    119120        result = self.clone_without_data(length=tot_length, clone=result) 
     121        if self.dlam == None or other.dlam is None: 
     122            result.dlam = None 
     123        else: 
     124            result.dlam = numpy.zeros(tot_length) 
    120125        if self.dy == None or other.dy is None: 
    121126            result.dy = None 
    … …  
    141146        result.y = numpy.append(self.y, other.y) 
    142147        result.y = result.y[ind] 
     148        result.lam = numpy.append(self.lam, other.lam) 
     149        result.lam = result.lam[ind] 
     150        if result.dlam != None: 
     151            result.dlam = numpy.append(self.dlam, other.dlam) 
     152            result.dlam = result.dlam[ind] 
    143153        if result.dy != None: 
    144154            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy) 
    … …  
    260270        # First, check the data compatibility 
    261271        self._validity_check_union(other) 
    262         result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     272        result = Data1D(x=[], y=[], lam=[], dx=None, dy=None, dlam=[]) 
    263273        tot_length = len(self.x)+len(other.x) 
    264274        result.clone_without_data(length=tot_length, clone=self) 
     275        if self.dlam == None or other.dlam is None: 
     276            result.dlam = None 
     277        else: 
     278            result.dlam = numpy.zeros(tot_length) 
    265279        if self.dy == None or other.dy is None: 
    266280            result.dy = None 
    … …  
    285299        result.y = numpy.append(self.y, other.y) 
    286300        result.y = result.y[ind] 
     301        result.lam = numpy.append(self.lam, other.lam) 
     302        result.lam = result.lam[ind] 
    287303        if result.dy != None: 
    288304            result.dy = numpy.append(self.dy, other.dy) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/data_manager.py

    rd85c194 r1fac6c0  
    6262        if issubclass(Data2D, data.__class__): 
    6363            new_plot = Data2D(image=None, err_image=None)  
    64         else:  
    65             new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None) 
     64        elif data.meta_data['loader'] == 'SESANS': 
     65            new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None, isSesans=True) 
     66        else: 
     67            new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None) #SESANS check??? 
    6668            
    6769        new_plot.copy_from_datainfo(data) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    r3bec50a r9087214  
    5555        self.weightbt_string = None 
    5656        self.m_name = None 
     57        # transform implementation 
     58        self._fill_Trafo_sizer() 
     59       # self.Trafobt_string() 
    5760        # get smear info from data 
    5861        self._get_smear_info() 
    … …  
    9295        self.parent.on_set_focus(event) 
    9396        self.on_tap_focus() 
     97 
     98    def onTrafo(self, event): 
     99        """ 
     100        On Trafo radio button event, sets the Trafobt_string 
     101        """ 
     102        self.Trafobt_string = event.GetEventObject().GetLabelText() 
     103        self._set_Trafo() 
     104 
     105    def _fill_Trafo_sizer(self): 
     106 
     107        title = "Transform" 
     108        box_description_trafo = wx.StaticBox(self, wx.ID_ANY, str(title)) 
     109        box_description_trafo.SetForegroundColour(wx.BLUE) 
     110        #boxsizer_trafo = wx.StaticBoxSizer(box_description_trafo, wx.VERTICAL) 
     111        boxsizer_trafo = wx.StaticBoxSizer(box_description_trafo, wx.HORIZONTAL) 
     112        #sizer_trafo = wx.StaticBoxSizer(box_description_trafo, wx.HORIZONTAL) 
     113        #weighting_set_box = wx.StaticBox(self, wx.ID_ANY, 
     114         #                              'Select the type of SESANS analysis') 
     115 
     116        #sizer_weighting = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL) 
     117          #      weighting_box.SetMinSize((_DATA_BOX_WIDTH, 60)) 
     118 
     119        #For every radio button (each statement x3): 
     120        self.no_transform = wx.RadioButton(self, wx.ID_ANY, 
     121                                                  'None', style=wx.RB_GROUP) 
     122 
     123        #self.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self.onTrafo, 
     124         #                 id=self.no_transform.GetId()) 
     125        self.hankel = wx.RadioButton(self, wx.ID_ANY, 
     126                                                  'Hankel') 
     127        #self.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self.onTrafo, 
     128        #                  id=self.hankel.GetId()) 
     129        self.cosine = wx.RadioButton(self, wx.ID_ANY, 
     130                                                  'Cosine') 
     131        #self.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self.onTrafo, 
     132         #                 id=self.cosine.GetId()) 
     133 
     134        #Not sure about this (only once though) 
     135        self.no_transform.SetValue(True) 
     136 
     137        #For every radio button (each statement x3): 
     138        boxsizer_trafo.Add(self.no_transform, 0, wx.LEFT, 10) 
     139        boxsizer_trafo.Add((14, 10)) 
     140        boxsizer_trafo.Add(self.hankel) 
     141        boxsizer_trafo.Add((14, 10)) 
     142        boxsizer_trafo.Add(self.cosine) 
     143        boxsizer_trafo.Add((14, 10)) 
     144            #Default for weighting is False, but these need to be on by default! 
     145        self.no_transform.Enable(True) 
     146 
     147        #Not sure about this (only once though) 
     148        #weighting_box.Add(sizer_trafo) 
     149 
     150        self.sizerTrafo.Clear(True) 
     151        self.sizerTrafo.Add(boxsizer_trafo, 0, wx.EXPAND | wx.ALL, 10) 
     152        #self.sizerTrafo.Add(sizer_trafo, 0, wx.EXPAND | wx.ALL, 10) 
     153        self.sizerTrafo.Layout() 
    94154 
    95155    def _fill_data_sizer(self): 
    … …  
    624684        ## fill a sizer with the combobox to select dispersion type 
    625685        model_disp = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 'Function') 
    626         CHECK_STATE = False 
     686        CHECK_STATE = self.cb1.GetValue() 
    627687 
    628688        ix = 0 
    … …  
    9691029        self.state.model = self.model.clone() 
    9701030        ## save state into 
     1031        self.state.cb1 = self.cb1.GetValue() 
    9711032        self._copy_parameters_state(self.parameters, self.state.parameters) 
    9721033        self._copy_parameters_state(self.orientation_params_disp, 
    … …  
    9791040                     StatusEvent(status=" Selected Distribution: Gaussian")) 
    9801041        #Fill the list of fittable parameters 
     1042        #self.select_all_param(event=None) 
    9811043        self.get_all_checked_params() 
    9821044        self.Layout() 
    … …  
    26932755        self._manager.set_param2fit(self.uid, param2fit) 
    26942756 
     2757    def select_all_param(self, event): 
     2758        """ 
     2759        set to true or false all checkBox given the main checkbox value cb1 
     2760        """ 
     2761        self.param_toFit = [] 
     2762        if  self.parameters != []: 
     2763            if  self.cb1.GetValue(): 
     2764                for item in self.parameters: 
     2765                    if item[0].IsShown(): 
     2766                        ## for data2D select all to fit 
     2767                        if self.data.__class__.__name__ == "Data2D" or \ 
     2768                                self.enable2D: 
     2769                            item[0].SetValue(True) 
     2770                            self.param_toFit.append(item) 
     2771                        else: 
     2772                            ## for 1D all parameters except orientation 
     2773                            if not item in self.orientation_params: 
     2774                                item[0].SetValue(True) 
     2775                                self.param_toFit.append(item) 
     2776                    else: 
     2777                        item[0].SetValue(False) 
     2778                #if len(self.fittable_param)>0: 
     2779                for item in self.fittable_param: 
     2780                    if item[0].IsShown(): 
     2781                        if self.data.__class__.__name__ == "Data2D" or \ 
     2782                                self.enable2D: 
     2783                            item[0].SetValue(True) 
     2784                            self.param_toFit.append(item) 
     2785                            try: 
     2786                                if len(self.values[item[1]]) > 0: 
     2787                                    item[0].SetValue(False) 
     2788                            except: 
     2789                                pass 
     2790 
     2791                        else: 
     2792                            ## for 1D all parameters except orientation 
     2793                            if not item in self.orientation_params_disp: 
     2794                                item[0].SetValue(True) 
     2795                                self.param_toFit.append(item) 
     2796                                try: 
     2797                                    if len(self.values[item[1]]) > 0: 
     2798                                        item[0].SetValue(False) 
     2799                                except: 
     2800                                    pass 
     2801                    else: 
     2802                        item[0].SetValue(False) 
     2803 
     2804            else: 
     2805                for item in self.parameters: 
     2806                    item[0].SetValue(False) 
     2807                for item in self.fittable_param: 
     2808                    item[0].SetValue(False) 
     2809                self.param_toFit = [] 
     2810 
     2811        self.save_current_state_fit() 
     2812 
     2813        if event != None: 
     2814            #self._undo.Enable(True) 
     2815            ## post state to fit panel 
     2816            event = PageInfoEvent(page=self) 
     2817            wx.PostEvent(self.parent, event) 
     2818        param2fit = [] 
     2819        for item in self.param_toFit: 
     2820            if item[0] and item[0].IsShown(): 
     2821                param2fit.append(item[1]) 
     2822        self.parent._manager.set_param2fit(self.uid, param2fit) 
     2823 
    26952824    def select_param(self, event): 
    26962825        """ 
    … …  
    27392868        if len(self.fittable_param) > 0: 
    27402869            len_orient_para *= 2 
     2870        #Set the value of checkbox that selected every checkbox or not 
     2871        if len(self.parameters) + len(self.fittable_param) - len_orient_para \ 
     2872            == len(self.param_toFit): 
     2873            self.cb1.SetValue(True) 
     2874        else: 
     2875            self.cb1.SetValue(False) 
    27412876 
    27422877        self.save_current_state_fit() 
    … …  
    28402975        iy = 0 
    28412976        ix = 0 
    2842         sizer.Add(wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 'Parameter'), 
    2843                   (iy, ix), (1, 1), wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 0) 
     2977        select_text = "Select All" 
     2978        self.cb1 = wx.CheckBox(self, wx.ID_ANY, str(select_text), (10, 10)) 
     2979        wx.EVT_CHECKBOX(self, self.cb1.GetId(), self.select_all_param) 
     2980        self.cb1.SetToolTipString("To check/uncheck all the boxes below.") 
     2981        self.cb1.SetValue(True) 
     2982 
     2983        sizer.Add(self.cb1, (iy, ix), (1, 1), \ 
     2984                             wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 5) 
    28442985        ix += 1 
    28452986        self.text2_2 = wx.StaticText(self, wx.ID_ANY, 'Value') 
    … …  
    28683009        self.text2_4.Hide() 
    28693010 
    2870         CHECK_STATE = False 
     3011        CHECK_STATE = self.cb1.GetValue() 
    28713012        for item in keys: 
    28723013 

  • src/sas/sasgui/plottools/plottables.py

    r8abd96d r1fac6c0  
    10221022    """ 
    10231023 
    1024     def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None): 
     1024    def __init__(self, x, y, dx=None, dy=None, lam=None, dlam=None): 
    10251025        """ 
    10261026        Draw points specified by x[i],y[i] in the current color/symbol. 
    … …  
    10361036        self.x = x 
    10371037        self.y = y 
     1038        self.lam = lam 
    10381039        self.dx = dx 
    10391040        self.dy = dy 
     1041        self.dlam = dlam 
    10401042        self.source = None 
    10411043        self.detector = None 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.