Changeset 7673ecd in sasview for src/sas/sasgui


Ignore:
Timestamp:
Jun 22, 2016 12:23:20 PM (8 years ago)
Author:
Paul Kienzle <pkienzle@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
d7573c7
Parents:
ad52d31
Message:

refactor support for sum model; put tracebacks in logging errors

Location:
src/sas/sasgui/perspectives
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/model_editor.py

    r70c5d490 r7673ecd  
    578578                    else: 
    579579                        out_f.write(line + "\n") 
    580                 elif line.count("P1 = make_class"): 
     580                elif line.count("P1 = find_model"): 
    581581                    out_f.write(line % (name1) + "\n") 
    582                 elif line.count("P2 = make_class"): 
     582                elif line.count("P2 = find_model"): 
    583583                    out_f.write(line % (name2) + "\n") 
    584584 
    … …  
    12381238##import scipy? 
    12391239#class Model(Model1DPlugin): 
    1240 #    name = "" 
     1240#    name = basename without extension of __file__ 
    12411241#    def __init__(self): 
    12421242#        Model1DPlugin.__init__(self, name=self.name) 
    12431243#        #set name same as file name 
    1244 #        self.name = self.get_fname() 
    12451244#        #self.params here 
    12461245#        self.description = "%s" 
    … …  
    13041303""" 
    13051304TEST_TEMPLATE = """ 
    1306     def get_fname(self): 
    1307         path = sys._getframe().f_code.co_filename 
    1308         basename  = os.path.basename(path) 
    1309         name, _ = os.path.splitext(basename) 
    1310         return name 
    13111305###################################################################### 
    13121306## THIS IS FOR TEST. DO NOT MODIFY THE FOLLOWING LINES!!!!!!!!!!!!!!!! 
    … …  
    13351329 
    13361330from sas.sascalc.fit.pluginmodel import Model1DPlugin 
    1337 from sasmodels.sasview_model import make_class 
    1338 from sasmodels.core import load_model_info 
    1339 # User can change the name of the model (only with single functional model) 
    1340 #P1_model: 
    1341 #from %s import Model as P1 
    1342  
    1343 #P2_model: 
    1344 #from %s import Model as P2 
     1331from sasmodels.sasview_model import find_model 
    13451332 
    13461333class Model(Model1DPlugin): 
    1347     name = "" 
    1348     def __init__(self): 
     1334    name = os.path.splitext(os.path.basename(__file__))[0] 
     1335    is_multiplicity_model = False 
     1336    def __init__(self, multiplicity=1): 
    13491337        Model1DPlugin.__init__(self, name='') 
    1350         P1 = make_class('%s') 
    1351         P2 = make_class('%s') 
     1338        P1 = find_model('%s') 
     1339        P2 = find_model('%s') 
    13521340        p_model1 = P1() 
    13531341        p_model2 = P2() 
    13541342        ## Setting  model name model description 
    13551343        self.description = '%s' 
    1356         self.name = self.get_fname() 
    13571344        if self.name.rstrip().lstrip() == '': 
    13581345            self.name = self._get_name(p_model1.name, p_model2.name) 
    … …  
    13921379        #list of parameter that can be fitted 
    13931380        self._set_fixed_params() 
     1381 
    13941382        ## parameters with orientation 
     1383        self.orientation_params = [] 
    13951384        for item in self.p_model1.orientation_params: 
    13961385            new_item = "p1_" + item 
    … …  
    14031392                self.orientation_params.append(new_item) 
    14041393        ## magnetic params 
     1394        self.magnetic_params = [] 
    14051395        for item in self.p_model1.magnetic_params: 
    14061396            new_item = "p1_" + item 
    … …  
    14601450 
    14611451    def _set_dispersion(self): 
     1452        self.dispersion = {} 
    14621453        ##set dispersion only from p_model 
    14631454        for name , value in self.p_model1.dispersion.iteritems(): 
    … …  
    15751566 
    15761567    def _set_fixed_params(self): 
     1568        self.fixed = [] 
    15771569        for item in self.p_model1.fixed: 
    15781570            new_item = "p1" + item 
    … …  
    16251617        self.description += description 
    16261618 
    1627     def get_fname(self): 
    1628         path = sys._getframe().f_code.co_filename 
    1629         basename  = os.path.basename(path) 
    1630         name, _ = os.path.splitext(basename) 
    1631         return name 
    1632  
    16331619if __name__ == "__main__": 
    16341620    m1= Model() 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/pyconsole.py

    r26d6e045 r7673ecd  
    2727    """ 
    2828    # try running the model 
    29     from sasmodels.core import load_model, call_kernel 
    30     model = load_model(path) 
    31  
     29    from sasmodels.sasview_model import load_custom_model 
     30    Model = load_custom_model(path) 
     31    model = Model() 
    3232    q =  np.array([0.01, 0.1]) 
    33     kernel = model.make_kernel([q]) 
    34     Iq = call_kernel(kernel, {}) 
    35  
     33    Iq = model.evalDistribution(q) 
    3634    qx, qy =  np.array([0.01, 0.01]), np.array([0.1, 0.1]) 
    37     kernel = model.make_kernel([qx, qy]) 
    38     Iqxy = call_kernel(kernel, {}) 
     35    Iqxy = model.evalDistribution([qx, qy]) 
    3936 
    4037    result = """ 
    … …  
    5653    except Exception: 
    5754        import traceback 
    58         result, errmsg = None, traceback.format_exc(limit=2) 
     55        result, errmsg = None, traceback.format_exc() 
    5956 
    6057    parts = ["Running model '%s'..." % os.path.basename(fname)] 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    rcb4ef58 r7673ecd  
    1212import json 
    1313import logging 
     14import traceback 
     15 
    1416from collections import defaultdict 
    1517from wx.lib.scrolledpanel import ScrolledPanel 
     18 
     19import sasmodels.sasview_model 
    1620from sas.sasgui.guiframe.panel_base import PanelBase 
    1721from sas.sasgui.guiframe.utils import format_number, check_float, IdList 
    … …  
    852856                    angles.append(angle) 
    853857                    weights.append(weight) 
    854                 except: 
     858                except Exception: 
    855859                    # Skip non-data lines 
    856                     logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     860                    logging.error(traceback.format_exc()) 
    857861            return numpy.array(angles), numpy.array(weights) 
    858862        except: 
    … …  
    13931397                self.model._persistency_dict[key] = \ 
    13941398                                 [state.values, state.weights] 
    1395             except: 
    1396                 logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     1399            except Exception: 
     1400                logging.error(traceback.format_exc()) 
    13971401            selection = self._find_polyfunc_selection(disp_model) 
    13981402            for list in self.fittable_param: 
    … …  
    14101414                            list[5].Disable() 
    14111415                            list[6].Disable() 
    1412                         except: 
    1413                             logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     1416                        except Exception: 
     1417                            logging.error(traceback.format_exc()) 
    14141418            # For array, disable all fixed params 
    14151419            if selection == 1: 
    … …  
    14191423                        try: 
    14201424                            item[2].Disable() 
    1421                         except: 
    1422                             logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     1425                        except Exception: 
     1426                            logging.error(traceback.format_exc()) 
    14231427 
    14241428        # Make sure the check box updated when all checked 
    … …  
    15071511                is_modified = self._check_value_enter(self.parameters, 
    15081512                                                      is_modified) 
    1509             except: 
    1510                 logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     1513            except Exception: 
     1514                logging.error(traceback.format_exc()) 
    15111515 
    15121516            # Here we should check whether the boundaries have been modified. 
    … …  
    16511655        try: 
    16521656            self.save_current_state() 
    1653         except: 
    1654             logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     1657        except Exception: 
     1658            logging.error(traceback.format_exc()) 
    16551659 
    16561660        return flag 
    … …  
    18951899            if mod_cat == custom_model: 
    18961900                for model in self.model_list_box[mod_cat]: 
    1897                     if 'sasmodels.sasview_model.' in str(model): 
    1898                         str_m = model.id 
    1899                     else: 
    1900                         str_m = str(model).split(".")[0] 
    1901                     #self.model_box.Append(str_m) 
     1901                    str_m = model.id if hasattr(model, 'id') else model.name 
    19021902                    m_list.append(self.model_dict[str_m]) 
    19031903            else: 
    … …  
    19101910                    #    wx.PostEvent(self.parent.parent, 
    19111911                    #                 StatusEvent(status=msg, info="error")) 
    1912         except: 
    1913             msg = "%s\n" % (sys.exc_info()[1]) 
     1912        except Exception: 
     1913            msg = traceback.format_exc() 
    19141914            wx.PostEvent(self._manager.parent, 
    19151915                         StatusEvent(status=msg, info="error")) 
    … …  
    24742474                try: 
    24752475                    self.model.set_dispersion(p, disp_model) 
    2476                 except: 
    2477                     logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     2476                except Exception: 
     2477                    logging.error(traceback.format_exc()) 
    24782478 
    24792479        ## save state into 
    … …  
    26872687            del self.model._persistency_dict[name.split('.')[0]] 
    26882688            del self.state.model._persistency_dict[name.split('.')[0]] 
    2689         except: 
    2690             logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     2689        except Exception: 
     2690            logging.error(traceback.format_exc()) 
    26912691 
    26922692    def _lay_out(self): 
    … …  
    28322832                        graphs.append(item2.figure) 
    28332833                        canvases.append(item2.canvas) 
    2834             except: 
     2834            except Exception: 
    28352835                # Not for control panels 
    2836                 logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     2836                logging.error(traceback.format_exc()) 
    28372837        # Make sure the resduals plot goes to the last 
    28382838        if res_item != None: 
    … …  
    31673167                if item[7].__class__.__name__ == 'ComboBox': 
    31683168                    disfunc = str(item[7].GetValue()) 
    3169             except: 
    3170                 logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     3169            except Exception: 
     3170                logging.error(traceback.format_exc()) 
    31713171 
    31723172            # 2D 
    … …  
    31743174                try: 
    31753175                    check = item[0].GetValue() 
    3176                 except: 
     3176                except Exception: 
    31773177                    check = None 
    31783178                name = item[1] 
    … …  
    32023202                    for weight in self.weights[name]: 
    32033203                        disfunc += ' ' + str(weight) 
    3204             except: 
    3205                 logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     3204            except Exception: 
     3205                logging.error(traceback.format_exc()) 
    32063206            content += name + ',' + str(check) + ',' + value + disfunc + ':' 
    32073207 
    … …  
    34033403                                                       weights=pd_weights) 
    34043404                            is_array = True 
    3405                 except: 
    3406                     logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     3405                except Exception: 
     3406                    logging.error(traceback.format_exc()) 
    34073407                if not is_array: 
    34083408                    self._disp_obj_dict[name] = disp_model 
    … …  
    34183418                                             self.state.weights] 
    34193419 
    3420             except: 
    3421                 logging.error(sys.exc_info()[1]) 
     3420            except Exception: 
     3421                logging.error(traceback.format_exc()) 
    34223422                print "Error in BasePage._paste_poly_help: %s" % \ 
    34233423                                        sys.exc_info()[1] 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    r934ce649 r7673ecd  
    273273                        wx.PostEvent(self.parent, evt) 
    274274                        break 
    275         except: 
     275        except Exception: 
     276            import traceback; traceback.print_exc() 
    276277            msg = 'Delete Error: \nCould not delete the file; Check if in use.' 
    277278            wx.MessageBox(msg, 'Error') 
    … …  
    579580                _, theory_state = item 
    580581                self.fit_panel.set_model_state(theory_state) 
    581             except: 
     582            except Exception: 
    582583                msg = "Fitting: cannot deal with the theory received" 
    583584                evt = StatusEvent(status=msg, info="error") 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    rcb4ef58 r7673ecd  
    22    Utilities to manage models 
    33""" 
    4 import imp 
     4import traceback 
    55import os 
    66import sys 
    … …  
    88# Time is needed by the log method 
    99import time 
     10import datetime 
    1011import logging 
    1112import py_compile 
    … …  
    2021 
    2122PLUGIN_DIR = 'plugin_models' 
     23PLUGIN_LOG = os.path.join(os.path.expanduser("~"), '.sasview', PLUGIN_DIR, 
     24                          "plugins.log") 
    2225 
    2326def get_model_python_path(): 
    … …  
    2831 
    2932 
    30 def log(message): 
     33def plugin_log(message): 
    3134    """ 
    3235    Log a message in a file located in the user's home directory 
    3336    """ 
    34     dir = os.path.join(os.path.expanduser("~"), '.sasview', PLUGIN_DIR) 
    35     out = open(os.path.join(dir, "plugins.log"), 'a') 
    36     out.write("%10g:  %s\n" % (time.clock(), message)) 
     37    out = open(PLUGIN_LOG, 'a') 
     38    now = time.time() 
     39    stamp = datetime.datetime.fromtimestamp(now).strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S') 
     40    out.write("%s: %s\n" % (stamp, message)) 
    3741    out.close() 
    3842 
    … …  
    5155    if not issubclass(model, Model1DPlugin): 
    5256        msg = "Plugin %s must be of type Model1DPlugin \n" % str(name) 
    53         log(msg) 
     57        plugin_log(msg) 
    5458        return None 
    5559    if model.__name__ != "Model": 
    5660        msg = "Plugin %s class name must be Model \n" % str(name) 
    57         log(msg) 
     61        plugin_log(msg) 
    5862        return None 
    5963    try: 
    … …  
    6367                                                             str(sys.exc_type), 
    6468                                                             sys.exc_info()[1]) 
    65         log(msg) 
     69        plugin_log(msg) 
    6670        return None 
    6771 
    … …  
    7276            msg = "Plugin %s: error writing function \n\t :%s %s\n " % \ 
    7377                    (str(name), str(sys.exc_type), sys.exc_info()[1]) 
    74             log(msg) 
     78            plugin_log(msg) 
    7579            return None 
    7680    else: 
    7781        msg = "Plugin  %s needs a method called function \n" % str(name) 
    78         log(msg) 
     82        plugin_log(msg) 
    7983        return None 
    8084    return model 
    … …  
    132136    """ 
    133137    def __nonzero__(self): 
    134         type, value, traceback = sys.exc_info() 
     138        type, value, tb = sys.exc_info() 
    135139        if type is not None and issubclass(type, py_compile.PyCompileError): 
    136140            print "Problem with", repr(value) 
    137             raise type, value, traceback 
     141            raise type, value, tb 
    138142        return 1 
    139143 
    … …  
    155159 
    156160def _findModels(dir): 
     161    """ 
     162    Find custom models 
     163    """ 
    157164    # List of plugin objects 
    158     plugins = {} 
    159165    dir = find_plugins_dir() 
    160166    # Go through files in plug-in directory 
    161     #always recompile the folder plugin 
    162167    if not os.path.isdir(dir): 
    163         msg = "SasView couldn't locate Model plugin folder." 
    164         msg += """ "%s" does not exist""" % dir 
     168        msg = "SasView couldn't locate Model plugin folder %r." % dir 
    165169        logging.warning(msg) 
    166         return plugins 
    167     else: 
    168         log("looking for models in: %s" % str(dir)) 
    169         compile_file(dir) 
    170         logging.info("plugin model dir: %s" % str(dir)) 
    171     try: 
    172         list = os.listdir(dir) 
    173         for item in list: 
    174             toks = os.path.splitext(os.path.basename(item)) 
    175             if toks[1] == '.py' and not toks[0] == '__init__': 
    176                 name = toks[0] 
    177                 path = [os.path.abspath(dir)] 
    178                 file = None 
    179                 try: 
    180                     (file, path, info) = imp.find_module(name, path) 
    181                     module = imp.load_module(name, file, item, info) 
    182                     if hasattr(module, "Model"): 
    183                         try: 
    184                             if _check_plugin(module.Model, name) != None: 
    185                                 plugins[name] = module.Model 
    186                         except: 
    187                             msg = "Error accessing Model" 
    188                             msg += "in %s\n  %s %s\n" % (name, 
    189                                                          str(sys.exc_type), 
    190                                                          sys.exc_info()[1]) 
    191                             log(msg) 
    192                     else: 
    193                         filename = os.path.join(dir, item) 
    194                         plugins[name] = load_custom_model(filename) 
    195  
    196                 except: 
    197                     msg = "Error accessing Model" 
    198                     msg += " in %s\n  %s %s \n" % (name, 
    199                                                    str(sys.exc_type), 
    200                                                    sys.exc_info()[1]) 
    201                     log(msg) 
    202                 finally: 
    203  
    204                     if not file == None: 
    205                         file.close() 
    206     except: 
    207         # Don't deal with bad plug-in imports. Just skip. 
    208         msg = "Could not import model plugin: %s" % sys.exc_info()[1] 
    209         log(msg) 
     170        return {} 
     171 
     172    plugin_log("looking for models in: %s" % str(dir)) 
     173    #compile_file(dir)  #always recompile the folder plugin 
     174    logging.info("plugin model dir: %s" % str(dir)) 
     175 
     176    plugins = {} 
     177    for filename in os.listdir(dir): 
     178        name, ext = os.path.splitext(filename) 
     179        if ext == '.py' and not name == '__init__': 
     180            path = os.path.abspath(os.path.join(dir, filename)) 
     181            try: 
     182                model = load_custom_model(path) 
     183            except Exception: 
     184                msg = traceback.format_exc() 
     185                msg += "\nwhile accessing model in %r" % path 
     186                plugin_log(msg) 
     187                logging.warning("Failed to load plugin %r. See %s for details" 
     188                                % (path, PLUGIN_LOG)) 
     189            plugins[model.name] = model 
    210190 
    211191    return plugins 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    rc10d9d6c r7673ecd  
    1919import logging 
    2020import numpy 
    21 import string 
     21import traceback 
    2222 
    2323import xml.dom.minidom 
    … …  
    473473            try: 
    474474                value = content[1] 
    475             except: 
    476                 logging.error(sys.exc_value) 
     475            except Exception: 
     476                logging.error(traceback.format_exc()) 
    477477            if name.count("State created"): 
    478478                repo_time = "" + value 
    … …  
    515515                        title = content[2] + " [" + repo_time + "]" 
    516516                        title_name = HEADER % title 
    517                 except: 
    518                     logging.error(sys.exc_value) 
     517                except Exception: 
     518                    logging.error(traceback.format_exc()) 
    519519            if name == "model name ": 
    520520                try: 
    … …  
    530530                    q_name = ("Q Range:    " + q_range) 
    531531                    q_range = CENTRE % q_name 
    532                 except: 
    533                     logging.error(sys.exc_value) 
     532                except Exception: 
     533                    logging.error(traceback.format_exc()) 
    534534        paramval = "" 
    535535        for lines in param_string.split(":"): 
    … …  
    864864                            attribute = getattr(self, item[1]) 
    865865                            attribute[name] = com_name 
    866                         except: 
    867                             logging.error(sys.exc_value) 
     866                        except Exception: 
     867                            logging.error(traceback.format_exc()) 
    868868 
    869869                # get self.values and self.weights dic. if exists 
    … …  
    880880                                val = float(line) 
    881881                                value_list.append(val) 
    882                             except: 
     882                            except Exception: 
    883883                                # pass if line is empty (it happens) 
    884                                 logging.error(sys.exc_value) 
     884                                logging.error(traceback.format_exc()) 
    885885                        dic[name] = numpy.array(value_list) 
    886886                    setattr(self, item[1], dic) 
    … …  
    12931293                    if len(note_value) > 0: 
    12941294                        data_info.notes.append(note_value) 
    1295             except: 
     1295            except Exception: 
    12961296                err_mess = "cansas_reader.read: error processing entry notes\n  %s" % sys.exc_value 
    12971297                self.errors.append(err_mess) 
    … …  
    13151315                    if len(detail_value) > 0: 
    13161316                        data_info.sample.details.append(detail_value) 
    1317             except: 
     1317            except Exception: 
    13181318                err_mess = "cansas_reader.read: error processing sample details\n  %s" % sys.exc_value 
    13191319                self.errors.append(err_mess) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.