Changeset 6d62b7f in sasview for src/sas


Ignore:
Timestamp:
Sep 17, 2017 11:52:57 PM (7 years ago)
Author:
butler
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
13374be
Parents:
ae69c690 (diff), cfd27dd (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 4_1_issues

Location:
src/sas
Files:
14 deleted
14 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/model_editor.py

    r07ec714 r23359ccb  
    106106        self.model2_string = "cylinder" 
    107107        self.name = 'Sum' + M_NAME 
    108         self.factor = 'scale_factor' 
    109108        self._notes = '' 
    110109        self._operator = '+' 
    … …  
    133132        self.model2_name = str(self.model2.GetValue()) 
    134133        self.good_name = True 
    135         self.fill_oprator_combox() 
     134        self.fill_operator_combox() 
    136135 
    137136    def _layout_name(self): 
    … …  
    491490        a sum or multiply model then create the appropriate string 
    492491        """ 
    493  
    494492        name = '' 
    495  
    496493        if operator == '*': 
    497494            name = 'Multi' 
    498             factor = 'BackGround' 
    499             f_oper = '+' 
     495            factor = 'background' 
    500496        else: 
    501497            name = 'Sum' 
    502498            factor = 'scale_factor' 
    503             f_oper = '*' 
    504  
    505         self.factor = factor 
     499 
    506500        self._operator = operator 
    507         self.explanation = "  Plugin Model = %s %s (model1 %s model2)\n" % \ 
    508                            (self.factor, f_oper, self._operator) 
     501        self.explanation = ("  Plugin_model = scale_factor * (model_1 {} " 
     502            "model_2) + background").format(operator) 
    509503        self.explanationctr.SetLabel(self.explanation) 
    510504        self.name = name + M_NAME 
    511505 
    512506 
    513     def fill_oprator_combox(self): 
     507    def fill_operator_combox(self): 
    514508        """ 
    515509        fill the current combobox with the operator 
    … …  
    527521        return [self.model1_name, self.model2_name] 
    528522 
    529     def write_string(self, fname, name1, name2): 
     523    def write_string(self, fname, model1_name, model2_name): 
    530524        """ 
    531525        Write and Save file 
    … …  
    533527        self.fname = fname 
    534528        description = self.desc_tcl.GetValue().lstrip().rstrip() 
    535         if description == '': 
    536             description = name1 + self._operator + name2 
    537         text = self._operator_choice.GetValue() 
    538         if text.count('+') > 0: 
    539             factor = 'scale_factor' 
    540             f_oper = '*' 
    541             default_val = '1.0' 
    542         else: 
    543             factor = 'BackGround' 
    544             f_oper = '+' 
    545             default_val = '0.0' 
    546         path = self.fname 
    547         try: 
    548             out_f = open(path, 'w') 
    549         except: 
    550             raise 
    551         lines = SUM_TEMPLATE.split('\n') 
    552         for line in lines: 
    553             try: 
    554                 if line.count("scale_factor"): 
    555                     line = line.replace('scale_factor', factor) 
    556                     #print "scale_factor", line 
    557                 if line.count("= %s"): 
    558                     out_f.write(line % (default_val) + "\n") 
    559                 elif line.count("import Model as P1"): 
    560                     if self.is_p1_custom: 
    561                         line = line.replace('#', '') 
    562                         out_f.write(line % name1 + "\n") 
    563                     else: 
    564                         out_f.write(line + "\n") 
    565                 elif line.count("import %s as P1"): 
    566                     if not self.is_p1_custom: 
    567                         line = line.replace('#', '') 
    568                         out_f.write(line % (name1) + "\n") 
    569                     else: 
    570                         out_f.write(line + "\n") 
    571                 elif line.count("import Model as P2"): 
    572                     if self.is_p2_custom: 
    573                         line = line.replace('#', '') 
    574                         out_f.write(line % name2 + "\n") 
    575                     else: 
    576                         out_f.write(line + "\n") 
    577                 elif line.count("import %s as P2"): 
    578                     if not self.is_p2_custom: 
    579                         line = line.replace('#', '') 
    580                         out_f.write(line % (name2) + "\n") 
    581                     else: 
    582                         out_f.write(line + "\n") 
    583                 elif line.count("P1 = find_model"): 
    584                     out_f.write(line % (name1) + "\n") 
    585                 elif line.count("P2 = find_model"): 
    586                     out_f.write(line % (name2) + "\n") 
    587  
    588                 elif line.count("self.description = '%s'"): 
    589                     out_f.write(line % description + "\n") 
    590                 #elif line.count("run") and line.count("%s"): 
    591                 #    out_f.write(line % self._operator + "\n") 
    592                 #elif line.count("evalDistribution") and line.count("%s"): 
    593                 #    out_f.write(line % self._operator + "\n") 
    594                 elif line.count("return") and line.count("%s") == 2: 
    595                     #print "line return", line 
    596                     out_f.write(line % (f_oper, self._operator) + "\n") 
    597                 elif line.count("out2")and line.count("%s"): 
    598                     out_f.write(line % self._operator + "\n") 
    599                 else: 
    600                     out_f.write(line + "\n") 
    601             except: 
    602                 raise 
    603         out_f.close() 
    604         #else: 
    605         #    msg = "Name exists already." 
     529        desc_line = '' 
     530        if description.strip() != '': 
     531            # Sasmodels generates a description for us. If the user provides 
     532            # their own description, add a line to overwrite the sasmodels one 
     533            desc_line = "\nmodel_info.description = '{}'".format(description) 
     534        name = os.path.splitext(os.path.basename(self.fname))[0] 
     535        output = SUM_TEMPLATE.format(name=name, model1=model1_name,  
     536            model2=model2_name, operator=self._operator, desc_line=desc_line) 
     537        with open(self.fname, 'w') as out_f: 
     538            out_f.write(output) 
    606539 
    607540    def compile_file(self, path): 
    … …  
    12781211""" 
    12791212SUM_TEMPLATE = """ 
    1280 # A sample of an experimental model function for Sum/Multiply(Pmodel1,Pmodel2) 
    1281 import os 
    1282 import sys 
    1283 import copy 
    1284 import collections 
    1285  
    1286 import numpy 
    1287  
    1288 from sas.sascalc.fit.pluginmodel import Model1DPlugin 
    1289 from sasmodels.sasview_model import find_model 
    1290  
    1291 class Model(Model1DPlugin): 
    1292     name = os.path.splitext(os.path.basename(__file__))[0] 
    1293     is_multiplicity_model = False 
    1294     def __init__(self, multiplicity=1): 
    1295         Model1DPlugin.__init__(self, name='') 
    1296         P1 = find_model('%s') 
    1297         P2 = find_model('%s') 
    1298         p_model1 = P1() 
    1299         p_model2 = P2() 
    1300         ## Setting  model name model description 
    1301         self.description = '%s' 
    1302         if self.name.rstrip().lstrip() == '': 
    1303             self.name = self._get_name(p_model1.name, p_model2.name) 
    1304         if self.description.rstrip().lstrip() == '': 
    1305             self.description = p_model1.name 
    1306             self.description += p_model2.name 
    1307             self.fill_description(p_model1, p_model2) 
    1308  
    1309         ## Define parameters 
    1310         self.params = collections.OrderedDict() 
    1311  
    1312         ## Parameter details [units, min, max] 
    1313         self.details = {} 
    1314         ## Magnetic Panrameters 
    1315         self.magnetic_params = [] 
    1316         # non-fittable parameters 
    1317         self.non_fittable = p_model1.non_fittable 
    1318         self.non_fittable += p_model2.non_fittable 
    1319  
    1320         ##models 
    1321         self.p_model1= p_model1 
    1322         self.p_model2= p_model2 
    1323  
    1324  
    1325         ## dispersion 
    1326         self._set_dispersion() 
    1327         ## Define parameters 
    1328         self._set_params() 
    1329         ## New parameter:scaling_factor 
    1330         self.params['scale_factor'] = %s 
    1331  
    1332         ## Parameter details [units, min, max] 
    1333         self._set_details() 
    1334         self.details['scale_factor'] = ['', 0.0, numpy.inf] 
    1335  
    1336  
    1337         #list of parameter that can be fitted 
    1338         self._set_fixed_params() 
    1339  
    1340         ## parameters with orientation 
    1341         self.orientation_params = [] 
    1342         for item in self.p_model1.orientation_params: 
    1343             new_item = "p1_" + item 
    1344             if not new_item in self.orientation_params: 
    1345                 self.orientation_params.append(new_item) 
    1346  
    1347         for item in self.p_model2.orientation_params: 
    1348             new_item = "p2_" + item 
    1349             if not new_item in self.orientation_params: 
    1350                 self.orientation_params.append(new_item) 
    1351         ## magnetic params 
    1352         self.magnetic_params = [] 
    1353         for item in self.p_model1.magnetic_params: 
    1354             new_item = "p1_" + item 
    1355             if not new_item in self.magnetic_params: 
    1356                 self.magnetic_params.append(new_item) 
    1357  
    1358         for item in self.p_model2.magnetic_params: 
    1359             new_item = "p2_" + item 
    1360             if not new_item in self.magnetic_params: 
    1361                 self.magnetic_params.append(new_item) 
    1362         # get multiplicity if model provide it, else 1. 
    1363         try: 
    1364             multiplicity1 = p_model1.multiplicity 
    1365             try: 
    1366                 multiplicity2 = p_model2.multiplicity 
    1367             except: 
    1368                 multiplicity2 = 1 
    1369         except: 
    1370             multiplicity1 = 1 
    1371             multiplicity2 = 1 
    1372         ## functional multiplicity of the model 
    1373         self.multiplicity1 = multiplicity1 
    1374         self.multiplicity2 = multiplicity2 
    1375         self.multiplicity_info = [] 
    1376  
    1377     def _clone(self, obj): 
    1378         import copy 
    1379         obj.params     = copy.deepcopy(self.params) 
    1380         obj.description     = copy.deepcopy(self.description) 
    1381         obj.details    = copy.deepcopy(self.details) 
    1382         obj.dispersion = copy.deepcopy(self.dispersion) 
    1383         obj.p_model1  = self.p_model1.clone() 
    1384         obj.p_model2  = self.p_model2.clone() 
    1385         #obj = copy.deepcopy(self) 
    1386         return obj 
    1387  
    1388     def _get_name(self, name1, name2): 
    1389         p1_name = self._get_upper_name(name1) 
    1390         if not p1_name: 
    1391             p1_name = name1 
    1392         name = p1_name 
    1393         name += "_and_" 
    1394         p2_name = self._get_upper_name(name2) 
    1395         if not p2_name: 
    1396             p2_name = name2 
    1397         name += p2_name 
    1398         return name 
    1399  
    1400     def _get_upper_name(self, name=None): 
    1401         if name is None: 
    1402             return "" 
    1403         upper_name = "" 
    1404         str_name = str(name) 
    1405         for index in range(len(str_name)): 
    1406             if str_name[index].isupper(): 
    1407                 upper_name += str_name[index] 
    1408         return upper_name 
    1409  
    1410     def _set_dispersion(self): 
    1411         self.dispersion = collections.OrderedDict() 
    1412         ##set dispersion only from p_model 
    1413         for name , value in self.p_model1.dispersion.iteritems(): 
    1414             #if name.lower() not in self.p_model1.orientation_params: 
    1415             new_name = "p1_" + name 
    1416             self.dispersion[new_name]= value 
    1417         for name , value in self.p_model2.dispersion.iteritems(): 
    1418             #if name.lower() not in self.p_model2.orientation_params: 
    1419             new_name = "p2_" + name 
    1420             self.dispersion[new_name]= value 
    1421  
    1422     def function(self, x=0.0): 
    1423         return 0 
    1424  
    1425     def getProfile(self): 
    1426         try: 
    1427             x,y = self.p_model1.getProfile() 
    1428         except: 
    1429             x = None 
    1430             y = None 
    1431  
    1432         return x, y 
    1433  
    1434     def _set_params(self): 
    1435         for name , value in self.p_model1.params.iteritems(): 
    1436             # No 2D-supported 
    1437             #if name not in self.p_model1.orientation_params: 
    1438             new_name = "p1_" + name 
    1439             self.params[new_name]= value 
    1440  
    1441         for name , value in self.p_model2.params.iteritems(): 
    1442             # No 2D-supported 
    1443             #if name not in self.p_model2.orientation_params: 
    1444             new_name = "p2_" + name 
    1445             self.params[new_name]= value 
    1446  
    1447         # Set "scale" as initializing 
    1448         self._set_scale_factor() 
    1449  
    1450  
    1451     def _set_details(self): 
    1452         for name ,detail in self.p_model1.details.iteritems(): 
    1453             new_name = "p1_" + name 
    1454             #if new_name not in self.orientation_params: 
    1455             self.details[new_name]= detail 
    1456  
    1457         for name ,detail in self.p_model2.details.iteritems(): 
    1458             new_name = "p2_" + name 
    1459             #if new_name not in self.orientation_params: 
    1460             self.details[new_name]= detail 
    1461  
    1462     def _set_scale_factor(self): 
    1463         pass 
    1464  
    1465  
    1466     def setParam(self, name, value): 
    1467         # set param to this (p1, p2) model 
    1468         self._setParamHelper(name, value) 
    1469  
    1470         ## setParam to p model 
    1471         model_pre = '' 
    1472         new_name = '' 
    1473         name_split = name.split('_', 1) 
    1474         if len(name_split) == 2: 
    1475             model_pre = name.split('_', 1)[0] 
    1476             new_name = name.split('_', 1)[1] 
    1477         if model_pre == "p1": 
    1478             if new_name in self.p_model1.getParamList(): 
    1479                 self.p_model1.setParam(new_name, value) 
    1480         elif model_pre == "p2": 
    1481              if new_name in self.p_model2.getParamList(): 
    1482                 self.p_model2.setParam(new_name, value) 
    1483         elif name == 'scale_factor': 
    1484             self.params['scale_factor'] = value 
    1485         else: 
    1486             raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
    1487  
    1488     def getParam(self, name): 
    1489         # Look for dispersion parameters 
    1490         toks = name.split('.') 
    1491         if len(toks)==2: 
    1492             for item in self.dispersion.keys(): 
    1493                 # 2D not supported 
    1494                 if item.lower()==toks[0].lower(): 
    1495                     for par in self.dispersion[item]: 
    1496                         if par.lower() == toks[1].lower(): 
    1497                             return self.dispersion[item][par] 
    1498         else: 
    1499             # Look for standard parameter 
    1500             for item in self.params.keys(): 
    1501                 if item.lower()==name.lower(): 
    1502                     return self.params[item] 
    1503         return 
    1504         #raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
    1505  
    1506     def _setParamHelper(self, name, value): 
    1507         # Look for dispersion parameters 
    1508         toks = name.split('.') 
    1509         if len(toks)== 2: 
    1510             for item in self.dispersion.keys(): 
    1511                 if item.lower()== toks[0].lower(): 
    1512                     for par in self.dispersion[item]: 
    1513                         if par.lower() == toks[1].lower(): 
    1514                             self.dispersion[item][par] = value 
    1515                             return 
    1516         else: 
    1517             # Look for standard parameter 
    1518             for item in self.params.keys(): 
    1519                 if item.lower()== name.lower(): 
    1520                     self.params[item] = value 
    1521                     return 
    1522  
    1523         raise ValueError, "Model does not contain parameter %s" % name 
    1524  
    1525  
    1526     def _set_fixed_params(self): 
    1527         self.fixed = [] 
    1528         for item in self.p_model1.fixed: 
    1529             new_item = "p1" + item 
    1530             self.fixed.append(new_item) 
    1531         for item in self.p_model2.fixed: 
    1532             new_item = "p2" + item 
    1533             self.fixed.append(new_item) 
    1534  
    1535         self.fixed.sort() 
    1536  
    1537  
    1538     def run(self, x = 0.0): 
    1539         self._set_scale_factor() 
    1540         return self.params['scale_factor'] %s \ 
    1541 (self.p_model1.run(x) %s self.p_model2.run(x)) 
    1542  
    1543     def runXY(self, x = 0.0): 
    1544         self._set_scale_factor() 
    1545         return self.params['scale_factor'] %s \ 
    1546 (self.p_model1.runXY(x) %s self.p_model2.runXY(x)) 
    1547  
    1548     ## Now (May27,10) directly uses the model eval function 
    1549     ## instead of the for-loop in Base Component. 
    1550     def evalDistribution(self, x = []): 
    1551         self._set_scale_factor() 
    1552         return self.params['scale_factor'] %s \ 
    1553 (self.p_model1.evalDistribution(x) %s \ 
    1554 self.p_model2.evalDistribution(x)) 
    1555  
    1556     def set_dispersion(self, parameter, dispersion): 
    1557         value= None 
    1558         new_pre = parameter.split("_", 1)[0] 
    1559         new_parameter = parameter.split("_", 1)[1] 
    1560         try: 
    1561             if new_pre == 'p1' and \ 
    1562 new_parameter in self.p_model1.dispersion.keys(): 
    1563                 value= self.p_model1.set_dispersion(new_parameter, dispersion) 
    1564             if new_pre == 'p2' and \ 
    1565 new_parameter in self.p_model2.dispersion.keys(): 
    1566                 value= self.p_model2.set_dispersion(new_parameter, dispersion) 
    1567             self._set_dispersion() 
    1568             return value 
    1569         except: 
    1570             raise 
    1571  
    1572     def fill_description(self, p_model1, p_model2): 
    1573         description = "" 
    1574         description += "This model gives the summation or multiplication of" 
    1575         description += "%s and %s. "% ( p_model1.name, p_model2.name ) 
    1576         self.description += description 
    1577  
    1578 if __name__ == "__main__": 
    1579     m1= Model() 
    1580     #m1.setParam("p1_scale", 25) 
    1581     #m1.setParam("p1_length", 1000) 
    1582     #m1.setParam("p2_scale", 100) 
    1583     #m1.setParam("p2_rg", 100) 
    1584     out1 = m1.runXY(0.01) 
    1585  
    1586     m2= Model() 
    1587     #m2.p_model1.setParam("scale", 25) 
    1588     #m2.p_model1.setParam("length", 1000) 
    1589     #m2.p_model2.setParam("scale", 100) 
    1590     #m2.p_model2.setParam("rg", 100) 
    1591     out2 = m2.p_model1.runXY(0.01) %s m2.p_model2.runXY(0.01)\n 
    1592     print "My name is %s."% m1.name 
    1593     print out1, " = ", out2 
    1594     if out1 == out2: 
    1595         print "===> Simple Test: Passed!" 
    1596     else: 
    1597         print "===> Simple Test: Failed!" 
     1213from sasmodels.core import load_model_info 
     1214from sasmodels.sasview_model import make_model_from_info 
     1215 
     1216model_info = load_model_info('{model1}{operator}{model2}') 
     1217model_info.name = '{name}'{desc_line} 
     1218Model = make_model_from_info(model_info) 
    15981219""" 
    1599  
    16001220if __name__ == "__main__": 
    16011221#    app = wx.PySimpleApp() 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/fitting_help.rst

    r05b0bf6 rca383a0  
    195195the :ref:`Advanced_Plugin_Editor` . 
    196196 
     197**SasView version 4.2** made it possible to specify whether a plugin created with  
     198the *New Plugin Model* dialog is actually a form factor P(Q) or a structure factor  
     199S(Q). To do this, simply add one or other of the following lines under the *import*  
     200statements. 
     201 
     202For a form factor:: 
     203 
     204     form_factor = True 
     205          
     206or for a structure factor:: 
     207 
     208     structure_factor = True 
     209          
     210If the plugin is a structure factor it is *also* necessary to add two variables to  
     211the parameter list:: 
     212 
     213     parameters = [  
     214                     ['radius_effective', '', 1, [0.0, numpy.inf], 'volume', ''], 
     215                     ['volfraction', '', 1, [0.0, 1.0], '', ''], 
     216                     [...], 
     217 
     218and to the declarations of the functions Iq and Iqxy::: 
     219 
     220     def Iq(x , radius_effective, volfraction, ...): 
     221 
     222     def Iqxy(x, y, radius_effective, volfraction, ...): 
     223 
     224Such a plugin should then be available in the S(Q) drop-down box on a FitPage (once  
     225a P(Q) model has been selected). 
     226 
    197227Sum|Multi(p1,p2) 
    198228^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    … …  
    206236or:: 
    207237 
    208      Plugin Model = scale_factor * model_1 /* model_2 + background 
     238     Plugin Model = scale_factor * (model1 * model2) + background 
    209239 
    210240In the *Easy Sum/Multi Editor* give the new model a function name and brief 
    211241description (to appear under the *Details* button on the *FitPage*). Then select 
    212242two existing models, as p1 and p2, and the required operator, '+' or '*' between 
    213 them. Finally, click the *Apply* button to generate the model and then click *Close*. 
    214  
    215 Any changes to a plugin model generated in this way only become effective *after* it is re-selected from the model drop-down menu on the FitPage. 
     243them. Finally, click the *Apply* button to generate and test the model and then click *Close*. 
     244 
     245Any changes to a plugin model generated in this way only become effective *after* it is re-selected  
     246from the plugin models drop-down menu on the FitPage. If the model is not listed you can force a  
     247recompilation of the plugins by selecting *Fitting* > *Plugin Model Operations* > *Load Plugin Models*. 
     248 
     249**SasView version 4.2** introduced a much simplified and more extensible structure for plugin models  
     250generated through the Easy Sum/Multi Editor. For example, the code for a combination of a sphere model  
     251with a power law model now looks like this:: 
     252 
     253     from sasmodels.core import load_model_info 
     254     from sasmodels.sasview_model import make_model_from_info 
     255      
     256     model_info = load_model_info('sphere+power_law') 
     257     model_info.name = 'MyPluginModel' 
     258     model_info.description = 'sphere + power_law' 
     259     Model = make_model_from_info(model_info) 
     260 
     261To change the models or operators contributing to this plugin it is only necessary to edit the string  
     262in the brackets after *load_model_info*, though it would also be a good idea to update the model name  
     263and description too!!! 
     264 
     265The model specification string can handle multiple models and combinations of operators (+ or *) which  
     266are processed according to normal conventions. Thus 'model1+model2*model3' would be valid and would  
     267multiply model2 by model3 before adding model1. In this example, parameters in the *FitPage* would be  
     268prefixed A (for model2), B (for model3) and C (for model1). Whilst this might appear a little  
     269confusing, unless you were creating a plugin model from multiple instances of the same model the parameter  
     270assignments ought to be obvious when you load the plugin. 
     271 
     272If you need to include another plugin model in the model specification string, just prefix the name of  
     273that model with *custom*. For instance:: 
     274 
     275     sphere+custom.MyPluginModel 
     276 
     277To create a P(Q)*\S(Q) model use the @ symbol instead of * like this:: 
     278 
     279     sphere@hardsphere 
     280      
     281This streamlined approach to building complex plugin models from existing library models, or models  
     282available on the *Model Marketplace*, also permits the creation of P(Q)*\S(Q) plugin models, something  
     283that was not possible in earlier versions of SasView.  
    216284 
    217285.. _Advanced_Plugin_Editor: 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/plugin.rst

    r72100ee re081946  
    1818* By writing a model from scratch outside of SasView (only recommended for 
    1919  code monkeys!) 
     20 
     21**What follows below is quite technical. If you just want a helping hand to get  
     22started creating your own models see** :ref:`Adding_your_own_models`. 
    2023 
    2124Overview 

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    ra78a02f rae69c690  
    115115                data.y = np.asarray([data.y[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
    116116                if data.dx is not None: 
     117                    if len(data.dx) == 0: 
     118                        data.dx = None 
     119                        continue 
    117120                    data.dx = np.asarray([data.dx[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
    118121                if data.dxl is not None: 
    … …  
    121124                    data.dxw = np.asarray([data.dxw[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
    122125                if data.dy is not None: 
     126                    if len(data.dy) == 0: 
     127                        data.dy = None 
     128                        continue 
    123129                    data.dy = np.asarray([data.dy[i] for i in ind]).astype(np.float64) 
    124130                if data.lam is not None: 
    … …  
    185191        self.output = [] 
    186192 
    187     def remove_empty_q_values(self, has_error_dx=False, has_error_dy=False): 
     193    def remove_empty_q_values(self, has_error_dx=False, has_error_dy=False, 
     194                              has_error_dxl=False, has_error_dxw=False): 
    188195        """ 
    189196        Remove any point where Q == 0 
    … …  
    192199        self.current_dataset.x = self.current_dataset.x[x != 0] 
    193200        self.current_dataset.y = self.current_dataset.y[x != 0] 
    194         self.current_dataset.dy = self.current_dataset.dy[x != 0] if \ 
    195             has_error_dy else np.zeros(len(self.current_dataset.y)) 
    196         self.current_dataset.dx = self.current_dataset.dx[x != 0] if \ 
    197             has_error_dx else np.zeros(len(self.current_dataset.x)) 
     201        if has_error_dy: 
     202            self.current_dataset.dy = self.current_dataset.dy[x != 0] 
     203        if has_error_dx: 
     204            self.current_dataset.dx = self.current_dataset.dx[x != 0] 
     205        if has_error_dxl: 
     206            self.current_dataset.dxl = self.current_dataset.dxl[x != 0] 
     207        if has_error_dxw: 
     208            self.current_dataset.dxw = self.current_dataset.dxw[x != 0] 
    198209 
    199210    def reset_data_list(self, no_lines=0): 
    … …  
    204215        x = np.zeros(no_lines) 
    205216        y = np.zeros(no_lines) 
     217        dx = np.zeros(no_lines) 
    206218        dy = np.zeros(no_lines) 
    207         dx = np.zeros(no_lines) 
    208219        self.current_dataset = plottable_1D(x, y, dx, dy) 
    209220 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    ra78a02f rae69c690  
    130130                self.current_datainfo.meta_data[PREPROCESS] = self.processing_instructions 
    131131                self._parse_entry(entry) 
    132                 has_error_dx = self.current_dataset.dx is not None 
    133                 has_error_dy = self.current_dataset.dy is not None 
    134                 self.remove_empty_q_values(has_error_dx=has_error_dx, 
    135                     has_error_dy=has_error_dy) 
    136                 self.send_to_output() # Combine datasets with DataInfo 
    137                 self.current_datainfo = DataInfo() # Reset DataInfo 
     132                self.data_cleanup() 
    138133        except FileContentsException as fc_exc: 
    139134            # File doesn't meet schema - try loading with a less strict schema 
    … …  
    154149                    self.load_file_and_schema(xml_file) # Reload strict schema so we can find where error are in file 
    155150                    invalid_xml = self.find_invalid_xml() 
    156                     invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + self.extension) + invalid_xml 
    157                     raise DataReaderException(invalid_xml) # Handled by base class 
     151                    if invalid_xml != "": 
     152                        invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + self.extension) + invalid_xml 
     153                        raise DataReaderException(invalid_xml) # Handled by base class 
    158154                except FileContentsException as fc_exc: 
    159155                    msg = "CanSAS Reader could not load the file {}".format(xml_file) 
    … …  
    279275                # I and Q points 
    280276                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    281                     unit_list = unit.split("|") 
    282                     if len(unit_list) > 1: 
    283                         self.current_dataset.yaxis(unit_list[0].strip(), 
    284                                                    unit_list[1].strip()) 
    285                     else: 
    286                         self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     277                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    287278                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    288279                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    289280                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    290281                elif tagname == 'Q': 
    291                     unit_list = unit.split("|") 
    292                     if len(unit_list) > 1: 
    293                         self.current_dataset.xaxis(unit_list[0].strip(), 
    294                                                    unit_list[1].strip()) 
    295                     else: 
    296                         self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     282                    self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    297283                    self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point) 
    298284                elif tagname == 'Qdev': 
    299285                    self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, data_point) 
    300286                elif tagname == 'dQw': 
    301                     if self.current_dataset.dxw is None: 
    302                         self.current_dataset.dxw = np.empty(0) 
    303                     self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, data_point) 
     287                   self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, data_point) 
    304288                elif tagname == 'dQl': 
    305                     if self.current_dataset.dxl is None: 
    306                         self.current_dataset.dxl = np.empty(0) 
    307289                    self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, data_point) 
    308290                elif tagname == 'Qmean': 
    … …  
    312294                elif tagname == 'Sesans': 
    313295                    self.current_datainfo.isSesans = bool(data_point) 
     296                    self.current_dataset.xaxis(attr.get('x_axis'), 
     297                                                attr.get('x_unit')) 
     298                    self.current_dataset.yaxis(attr.get('y_axis'), 
     299                                                attr.get('y_unit')) 
    314300                elif tagname == 'yacceptance': 
    315301                    self.current_datainfo.sample.yacceptance = (data_point, unit) 
    … …  
    512498            for error in self.errors: 
    513499                self.current_datainfo.errors.add(error) 
    514             self.errors.clear() 
    515             self.send_to_output() 
     500            self.data_cleanup() 
     501            self.sort_one_d_data() 
     502            self.sort_two_d_data() 
     503            self.reset_data_list() 
    516504            empty = None 
    517505            return self.output[0], empty 
     506 
     507    def data_cleanup(self): 
     508        """ 
     509        Clean up the data sets and refresh everything 
     510        :return: None 
     511        """ 
     512        has_error_dx = self.current_dataset.dx is not None 
     513        has_error_dxl = self.current_dataset.dxl is not None 
     514        has_error_dxw = self.current_dataset.dxw is not None 
     515        has_error_dy = self.current_dataset.dy is not None 
     516        self.remove_empty_q_values(has_error_dx=has_error_dx, 
     517                                   has_error_dxl=has_error_dxl, 
     518                                   has_error_dxw=has_error_dxw, 
     519                                   has_error_dy=has_error_dy) 
     520        self.send_to_output()  # Combine datasets with DataInfo 
     521        self.current_datainfo = DataInfo()  # Reset DataInfo 
    518522 
    519523    def _is_call_local(self): 
    … …  
    642646                    value_unit = local_unit 
    643647            except KeyError: 
    644                 err_msg = "CanSAS reader: unexpected " 
    645                 err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; " 
    646                 err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit) 
    647                 err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
     648                # Do not throw an error for loading Sesans data in cansas xml 
     649                # This is a temporary fix. 
     650                if local_unit != "A" and local_unit != 'pol': 
     651                    err_msg = "CanSAS reader: unexpected " 
     652                    err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; " 
     653                    err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit) 
     654                    err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
    648655                value_unit = local_unit 
    649656            except: 
    … …  
    675682            di_exists = True 
    676683        if dqw_exists and not dql_exists: 
    677             array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
    678             self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, 
    679                                                  np.zeros([array_size])) 
     684            array_size = self.current_dataset.dxw.size 
     685            self.current_dataset.dxl = np.zeros(array_size) 
    680686        elif dql_exists and not dqw_exists: 
    681             array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
    682             self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, 
    683                                                  np.zeros([array_size])) 
     687            array_size = self.current_dataset.dxl.size 
     688            self.current_dataset.dxw = np.zeros(array_size) 
    684689        elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
    685             array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
     690            array_size = self.current_dataset.x.size 
    686691            self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, 
    687692                                                np.zeros([array_size])) 
    688693        if not di_exists: 
    689             array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
     694            array_size = self.current_dataset.y.size 
    690695            self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, 
    691696                                                np.zeros([array_size])) 
    … …  
    857862            node.append(point) 
    858863            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i], 
    859                             {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     864                            {'unit': datainfo.x_unit}) 
    860865            if len(datainfo.y) >= i: 
    861866                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
    862                                 {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
     867                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    863868            if datainfo.dy is not None and len(datainfo.dy) > i: 
    864869                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
    865                                 {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
     870                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    866871            if datainfo.dx is not None and len(datainfo.dx) > i: 
    867872                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
    868                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     873                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    869874            if datainfo.dxw is not None and len(datainfo.dxw) > i: 
    870875                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
    871                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     876                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    872877            if datainfo.dxl is not None and len(datainfo.dxl) > i: 
    873878                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    874                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     879                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    875880        if datainfo.isSesans: 
    876             sesans = self.create_element("Sesans") 
     881            sesans_attrib = {'x_axis': datainfo._xaxis, 
     882                             'y_axis': datainfo._yaxis, 
     883                             'x_unit': datainfo.x_unit, 
     884                             'y_unit': datainfo.y_unit} 
     885            sesans = self.create_element("Sesans", attrib=sesans_attrib) 
    877886            sesans.text = str(datainfo.isSesans) 
    878             node.append(sesans) 
    879             self.write_node(node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
     887            entry_node.append(sesans) 
     888            self.write_node(entry_node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
    880889                             {'unit': datainfo.sample.yacceptance[1]}) 
    881             self.write_node(node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
     890            self.write_node(entry_node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
    882891                             {'unit': datainfo.sample.zacceptance[1]}) 
    883892 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    rdcb91cf rcd57c7d4  
    140140 
    141141            if isinstance(value, h5py.Group): 
     142                # Set parent class before recursion 
    142143                self.parent_class = class_name 
    143144                parent_list.append(key) 
    … …  
    150151                # Recursion step to access data within the group 
    151152                self.read_children(value, parent_list) 
     153                # Reset parent class when returning from recursive method 
     154                self.parent_class = class_name 
    152155                self.add_intermediate() 
    153156                parent_list.remove(key) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    rfafe52a rcd57c7d4  
    134134            first_error = schema.assertValid(self.xmldoc) 
    135135        except etree.DocumentInvalid as err: 
     136            # Suppress errors for <'any'> elements 
     137            if "##other" in str(err): 
     138                return first_error 
    136139            first_error = str(err) 
    137140        return first_error 

  • src/sas/sascalc/invariant/invariant.py

    r7432acb rb1f20d1  
    610610        # Data boundaries for fitting 
    611611        qmin = self._data.x[0] 
    612         qmax = self._data.x[self._low_extrapolation_npts - 1] 
     612        qmax = self._data.x[int(self._low_extrapolation_npts - 1)] 
    613613 
    614614        # Extrapolate the low-Q data 
    … …  
    649649        # Data boundaries for fitting 
    650650        x_len = len(self._data.x) - 1 
    651         qmin = self._data.x[x_len - (self._high_extrapolation_npts - 1)] 
    652         qmax = self._data.x[x_len] 
     651        qmin = self._data.x[int(x_len - (self._high_extrapolation_npts - 1))] 
     652        qmax = self._data.x[int(x_len)] 
    653653 
    654654        # fit the data with a model to get the appropriate parameters 
    … …  
    688688        if npts_in is None: 
    689689            npts_in = self._low_extrapolation_npts 
    690         q_end = self._data.x[max(0, npts_in - 1)] 
     690        q_end = self._data.x[max(0, int(npts_in - 1))] 
    691691 
    692692        if q_start >= q_end: 
    … …  
    714714        # Get extrapolation range 
    715715        if npts_in is None: 
    716             npts_in = self._high_extrapolation_npts 
     716            npts_in = int(self._high_extrapolation_npts) 
    717717        _npts = len(self._data.x) 
    718         q_start = self._data.x[min(_npts, _npts - npts_in)] 
     718        q_start = self._data.x[min(_npts, int(_npts - npts_in))] 
    719719 
    720720        if q_start >= q_end: 

  • src/sas/sasgui/guiframe/config.py

    ra1b8fee rce2819b  
    4848'''This work benefited from the use of the SasView application, originally developed under NSF Award DMR-0520547. SasView also contains code developed with funding from the EU Horizon 2020 programme under the SINE2020 project Grant No 654000.''' 
    4949_acknowledgement_citation = \ 
    50 '''M. Doucet et al. SasView Version 4.1, Zenodo, 10.5281/zenodo.438138''' 
     50'''M. Doucet et al. SasView Version 4.1.2, Zenodo, 10.5281/zenodo.825675''' 
    5151 
    5252_acknowledgement =  \ 

  • src/sas/sasgui/guiframe/documentation_window.py

    r959eb01 r6a455cd3  
    7575            logger.error("Could not find Sphinx documentation at %s \ 
    7676            -- has it been built?", file_path) 
    77         elif WX_SUPPORTS_HTML2: 
    78             # Complete HTML/CSS support! 
    79             self.view = html.WebView.New(self) 
    80             self.view.LoadURL(url) 
    81             self.Show() 
     77        #Commenting following 5 lines, so default browser is forced 
     78        #This is due to CDN mathjax discontinuation of service, intenal help 
     79        #browser should be back with qt version 
     80        #Note added by Wojtek Potrzebowski, July 4th 2017 
     81        # elif WX_SUPPORTS_HTML2: 
     82        #     # Complete HTML/CSS support! 
     83        #     self.view = html.WebView.New(self) 
     84        #     self.view.LoadURL(url) 
     85        #     self.Show() 
    8286        else: 
    8387            logger.error("No html2 support, popping up a web browser") 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    red2276f r6a455cd3  
    12361236            wx.PostEvent(self.parent, new_event) 
    12371237            # update list of plugins if new plugin is available 
    1238             custom_model = CUSTOM_MODEL 
    12391238            mod_cat = self.categorybox.GetStringSelection() 
    1240             if mod_cat == custom_model: 
     1239            if mod_cat == CUSTOM_MODEL: 
     1240                temp_id = self.model.id 
    12411241                temp = self.parent.update_model_list() 
     1242                for v in self.parent.model_dictionary.values(): 
     1243                    if v.id == temp_id: 
     1244                        self.model = v() 
     1245                        break 
    12421246                if temp: 
    12431247                    self.model_list_box = temp 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpanel.py

    r67b0a99 rc9ecd1b  
    9292            # state must be cloned 
    9393            state = page.get_state().clone() 
    94             if data is not None or page.model is not None: 
     94            # data_list only populated with real data 
     95            # Fake object in data from page.get_data() if model is selected 
     96            if len(page.data_list) is not 0 and page.model is not None: 
    9597                new_doc = self._manager.state_reader.write_toXML(data, 
    9698                                                                 state, 
    9799                                                                 batch_state) 
     100                # Fit #2 through #n are append to first fit 
    98101                if doc is not None and hasattr(doc, "firstChild"): 
    99                     child = new_doc.firstChild.firstChild 
    100                     doc.firstChild.appendChild(child) 
     102                    # Only append if properly formed new_doc 
     103                    if new_doc is not None and hasattr(new_doc, "firstChild"): 
     104                        child = new_doc.firstChild.firstChild 
     105                        doc.firstChild.appendChild(child) 
     106                # First fit defines the main document 
    101107                else: 
    102108                    doc = new_doc 
    … …  
    395401                temp_data = page.get_data() 
    396402                if temp_data is not None and temp_data.id in data: 
    397                     self.SetSelection(pos) 
    398                     self.on_close_page(event=None) 
    399                     temp = self.GetSelection() 
    400                     self.DeletePage(temp) 
     403                    self.close_page_with_data(temp_data) 
    401404            if self.sim_page is not None: 
    402405                if len(self.sim_page.model_list) == 0: 
    … …  
    404407                    self.SetSelection(pos) 
    405408                    self.on_close_page(event=None) 
    406                     temp = self.GetSelection() 
    407                     self.DeletePage(temp) 
     409                    self.DeletePage(pos) 
    408410                    self.sim_page = None 
    409411                    self.batch_on = False 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    rb1c2011 rb682c6a  
    2020from sas.sasgui.guiframe.CategoryInstaller import CategoryInstaller 
    2121from sasmodels.sasview_model import load_custom_model, load_standard_models 
     22from sas.sasgui.perspectives.fitting.fitpage import CUSTOM_MODEL 
    2223 
    2324logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    265266        temp = {} 
    266267        if self.is_changed(): 
    267             return  _find_models() 
     268            temp =  _find_models() 
     269            self.last_time_dir_modified = time.time() 
     270            return temp 
    268271        logger.info("plugin model : %s" % str(temp)) 
    269272        return temp 
    … …  
    312315        if os.path.isdir(plugin_dir): 
    313316            temp = os.path.getmtime(plugin_dir) 
    314             if  self.last_time_dir_modified != temp: 
     317            if  self.last_time_dir_modified < temp: 
    315318                is_modified = True 
    316319                self.last_time_dir_modified = temp 
    … …  
    323326        new models were added else return empty dictionary 
    324327        """ 
     328        self.plugins = [] 
    325329        new_plugins = self.findModels() 
    326         if len(new_plugins) > 0: 
    327             for name, plug in  new_plugins.iteritems(): 
    328                 if name not in self.stored_plugins.keys(): 
    329                     self.stored_plugins[name] = plug 
    330                     self.plugins.append(plug) 
    331                     self.model_dictionary[name] = plug 
    332             self.model_combobox.set_list("Plugin Models", self.plugins) 
     330        if new_plugins: 
     331            for name, plug in  new_plugins.items(): 
     332                self.stored_plugins[name] = plug 
     333                self.plugins.append(plug) 
     334                self.model_dictionary[name] = plug 
     335            self.model_combobox.set_list(CUSTOM_MODEL, self.plugins) 
    333336            return self.model_combobox.get_list() 
    334337        else: 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    r959eb01 rda9b239  
    617617            value = "" 
    618618            content = line.split(":") 
     619            if line == '' or len(content) == 1: 
     620                continue 
    619621            name = content[0] 
    620622            try: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.