Changes in / [bc04647:6a455cd3] in sasview


Ignore:
Files:
13 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • docs/sphinx-docs/source/conf.py

    r959eb01 r36303ee  
    3939              'sphinx.ext.viewcode'] 
    4040 
     41#set mathjax path 
     42mathjax_path="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.1/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML" 
     43 
    4144# Add any paths that contain templates here, relative to this directory. 
    4245templates_path = ['_templates'] 
    … …  
    6265version = '4.1' 
    6366# The full version, including alpha/beta/rc tags. 
    64 release = '4.1.0' 
     67release = '4.1.1' 
    6568 
    6669# The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation 

  • sasview/README.txt

    r311d00a rb61bd57  
    441- Features 
    55=========== 
     6    - New in Version 4.1.1 
     7      -------------------- 
     8      This point release is a bug-fix release addressing: 
     9 
     10       - Fixes #948: Mathjax CDN is going away 
     11       - Fixes #938: Cannot read canSAS1D file output by SasView 
     12       - Fixes #960: Save project throws error if empty fit page 
     13       - Fixes #929: Problem deleting data in first fit page 
     14       - Fixes #918: Test folders not bundled with release 
     15       - Fixes an issue with the live discovery of plugin models 
     16       - Fixes an issue with the NXcanSAS data loader 
     17       - Updated tutorials for SasView 4.x.y 
     18 
     19      It is recommended that all users upgrade to this version 
     20 
    621    - New in Version 4.1.0 
    722      ------------------ 

  • sasview/__init__.py

    r463e7ffc r531ac4da  
    1 __version__ = "4.1" 
     1__version__ = "4.1.1" 
    22__build__ = "GIT_COMMIT" 
    33 

  • sasview/local_config.py

    ra1b8fee r502fa73  
    4747'''This work benefited from the use of the SasView application, originally developed under NSF Award DMR-0520547. SasView also contains code developed with funding from the EU Horizon 2020 programme under the SINE2020 project Grant No 654000.''' 
    4848_acknowledgement_citation = \ 
    49 '''M. Doucet et al. SasView Version 4.1, Zenodo, 10.5281/zenodo.438138''' 
     49'''M. Doucet et al. SasView Version 4.1.1, Zenodo, 10.5281/zenodo.825675''' 
    5050 
    5151_acknowledgement =  \ 

  • sasview/setup_exe.py

    ra1b8fee ra1b8fee  
    179179test_1d_dir = os.path.join(path, "test\\1d_data") 
    180180test_2d_dir = os.path.join(path, "test\\2d_data") 
     181test_sesans_dir = os.path.join(path, "test\\sesans_data") 
     182test_convertible_dir = os.path.join(path, "test\\convertible_data") 
    181183test_save_dir = os.path.join(path, "test\\save_states") 
    182 test_upcoming_dir = os.path.join(path, "test\\upcoming_formats") 
     184test_coord_dir = os.path.join(path, "test\\coordinate_data") 
     185test_image_dir = os.path.join(path, "test\\image_data") 
     186test_other_dir = os.path.join(path, "test\\other_files") 
    183187 
    184188matplotlibdatadir = matplotlib.get_data_path() 
    … …  
    273277# Copying the images directory to the distribution directory. 
    274278for f in findall(images_dir): 
    275     if not ".svn" in f: 
    276         data_files.append(("images", [f])) 
     279    data_files.append(("images", [f])) 
    277280 
    278281# Copying the HTML help docs 
    279282for f in findall(media_dir): 
    280     if not ".svn" in f: 
    281         data_files.append(("media", [f])) 
     283    data_files.append(("media", [f])) 
    282284 
    283285# Copying the sample data user data 
    284286for f in findall(test_1d_dir): 
    285     if not ".svn" in f: 
    286         data_files.append(("test\\1d_data", [f])) 
    287  
    288 # Copying the sample data user data 
     287    data_files.append(("test\\1d_data", [f])) 
    289288for f in findall(test_2d_dir): 
    290     if not ".svn" in f: 
    291         data_files.append(("test\\2d_data", [f])) 
    292  
    293 # Copying the sample data user data 
     289    data_files.append(("test\\2d_data", [f])) 
    294290for f in findall(test_save_dir): 
    295     if not ".svn" in f: 
    296         data_files.append(("test\\save_states", [f])) 
    297  
    298 # Copying the sample data user data 
    299 for f in findall(test_upcoming_dir): 
    300     if not ".svn" in f: 
    301         data_files.append(("test\\upcoming_formats", [f])) 
     291    data_files.append(("test\\save_states", [f])) 
     292for f in findall(test_sesans_dir): 
     293    data_files.append(("test\\sesans_data", [f])) 
     294for f in findall(test_convertible_dir): 
     295    data_files.append(("test\\convertible_files", [f])) 
     296for f in findall(test_coord_dir): 
     297    data_files.append(("test\\coordinate_data", [f])) 
     298for f in findall(test_image_dir): 
     299    data_files.append(("test\\image_data", [f])) 
     300for f in findall(test_other_dir): 
     301    data_files.append(("test\\other_files", [f])) 
    302302 
    303303# Copying opencl include files 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r7432acb r7432acb  
    158158                    # If the file does not match the schema, raise this error 
    159159                    invalid_xml = self.find_invalid_xml() 
    160                     invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + extension) + invalid_xml 
    161                     self.errors.add(invalid_xml) 
     160                    if invalid_xml != "": 
     161                        invalid_xml = INVALID_XML.format(basename + extension) + invalid_xml 
     162                        self.errors.add(invalid_xml) 
    162163                    # Try again with an invalid CanSAS schema, that requires only a data set in each 
    163164                    base_name = xml_reader.__file__ 
    … …  
    263264                # I and Q - 1D data 
    264265                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    265                     unit_list = unit.split("|") 
    266                     if len(unit_list) > 1: 
    267                         self.current_dataset.yaxis(unit_list[0].strip(), 
    268                                                    unit_list[1].strip()) 
    269                     else: 
    270                         self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     266                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    271267                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    272268                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    273269                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    274270                elif tagname == 'Q': 
    275                     unit_list = unit.split("|") 
    276                     if len(unit_list) > 1: 
    277                         self.current_dataset.xaxis(unit_list[0].strip(), 
    278                                                    unit_list[1].strip()) 
    279                     else: 
    280                         self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     271                    self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    281272                    self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, data_point) 
    282273                elif tagname == 'Qdev': 
    … …  
    292283                elif tagname == 'Sesans': 
    293284                    self.current_datainfo.isSesans = bool(data_point) 
     285                    self.current_dataset.xaxis(attr.get('x_axis'), 
     286                                                attr.get('x_unit')) 
     287                    self.current_dataset.yaxis(attr.get('y_axis'), 
     288                                                attr.get('y_unit')) 
    294289                elif tagname == 'yacceptance': 
    295290                    self.current_datainfo.sample.yacceptance = (data_point, unit) 
    … …  
    785780                    value_unit = local_unit 
    786781            except KeyError: 
    787                 err_msg = "CanSAS reader: unexpected " 
    788                 err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; " 
    789                 err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit) 
    790                 err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
     782                # Do not throw an error for loading Sesans data in cansas xml 
     783                # This is a temporary fix. 
     784                if local_unit != "A" and local_unit != 'pol': 
     785                    err_msg = "CanSAS reader: unexpected " 
     786                    err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; " 
     787                    err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit) 
     788                    err_msg += "expecting [{0}]".format(default_unit) 
    791789                value_unit = local_unit 
    792790            except: 
    … …  
    10391037            node.append(point) 
    10401038            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i], 
    1041                             {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     1039                            {'unit': datainfo.x_unit}) 
    10421040            if len(datainfo.y) >= i: 
    10431041                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
    1044                                 {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
     1042                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    10451043            if datainfo.dy is not None and len(datainfo.dy) > i: 
    10461044                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
    1047                                 {'unit': datainfo._yaxis + " | " + datainfo._yunit}) 
     1045                                {'unit': datainfo.y_unit}) 
    10481046            if datainfo.dx is not None and len(datainfo.dx) > i: 
    10491047                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
    1050                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     1048                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    10511049            if datainfo.dxw is not None and len(datainfo.dxw) > i: 
    10521050                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
    1053                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     1051                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    10541052            if datainfo.dxl is not None and len(datainfo.dxl) > i: 
    10551053                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    1056                                 {'unit': datainfo._xaxis + " | " + datainfo._xunit}) 
     1054                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
    10571055        if datainfo.isSesans: 
    1058             sesans = self.create_element("Sesans") 
     1056            sesans_attrib = {'x_axis': datainfo._xaxis, 
     1057                             'y_axis': datainfo._yaxis, 
     1058                             'x_unit': datainfo.x_unit, 
     1059                             'y_unit': datainfo.y_unit} 
     1060            sesans = self.create_element("Sesans", attrib=sesans_attrib) 
    10591061            sesans.text = str(datainfo.isSesans) 
    1060             node.append(sesans) 
    1061             self.write_node(node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
     1062            entry_node.append(sesans) 
     1063            self.write_node(entry_node, "yacceptance", datainfo.sample.yacceptance[0], 
    10621064                             {'unit': datainfo.sample.yacceptance[1]}) 
    1063             self.write_node(node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
     1065            self.write_node(entry_node, "zacceptance", datainfo.sample.zacceptance[0], 
    10641066                             {'unit': datainfo.sample.zacceptance[1]}) 
    10651067 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    rc94280c r7c24685  
    126126 
    127127            if isinstance(value, h5py.Group): 
     128                parent_class = class_name 
    128129                self.parent_class = class_name 
    129130                parent_list.append(key) 
    … …  
    136137                # Recursion step to access data within the group 
    137138                self.read_children(value, parent_list) 
     139                self.parent_class = parent_class 
    138140                self.add_intermediate() 
    139141                parent_list.remove(key) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    r235f514 r235f514  
    130130            first_error = schema.assertValid(self.xmldoc) 
    131131        except etree.DocumentInvalid as err: 
     132            # Suppress errors for <'any'> elements 
     133            if "##other" in str(err): 
     134                return first_error 
    132135            first_error = str(err) 
    133136        return first_error 

  • src/sas/sasgui/guiframe/config.py

    ra1b8fee rb9110ec  
    4848'''This work benefited from the use of the SasView application, originally developed under NSF Award DMR-0520547. SasView also contains code developed with funding from the EU Horizon 2020 programme under the SINE2020 project Grant No 654000.''' 
    4949_acknowledgement_citation = \ 
    50 '''M. Doucet et al. SasView Version 4.1, Zenodo, 10.5281/zenodo.438138''' 
     50'''M. Doucet et al. SasView Version 4.1.1, Zenodo, 10.5281/zenodo.825675''' 
    5151 
    5252_acknowledgement =  \ 

  • src/sas/sasgui/guiframe/documentation_window.py

    r959eb01 rd7ee5866  
    7575            logger.error("Could not find Sphinx documentation at %s \ 
    7676            -- has it been built?", file_path) 
    77         elif WX_SUPPORTS_HTML2: 
    78             # Complete HTML/CSS support! 
    79             self.view = html.WebView.New(self) 
    80             self.view.LoadURL(url) 
    81             self.Show() 
     77        #Commenting following 5 lines, so default browser is forced 
     78        #This is due to CDN mathjax discontinuation of service, intenal help 
     79        #browser should be back with qt version 
     80        #Note added by Wojtek Potrzebowski, July 4th 2017 
     81        # elif WX_SUPPORTS_HTML2: 
     82        #     # Complete HTML/CSS support! 
     83        #     self.view = html.WebView.New(self) 
     84        #     self.view.LoadURL(url) 
     85        #     self.Show() 
    8286        else: 
    8387            logger.error("No html2 support, popping up a web browser") 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    r9a5097c r7143065  
    12361236            wx.PostEvent(self.parent, new_event) 
    12371237            # update list of plugins if new plugin is available 
    1238             custom_model = CUSTOM_MODEL 
    12391238            mod_cat = self.categorybox.GetStringSelection() 
    1240             if mod_cat == custom_model: 
     1239            if mod_cat == CUSTOM_MODEL: 
     1240                temp_id = self.model.id 
    12411241                temp = self.parent.update_model_list() 
     1242                for v in self.parent.model_dictionary.values(): 
     1243                    if v.id == temp_id: 
     1244                        self.model = v() 
     1245                        break 
    12421246                if temp: 
    12431247                    self.model_list_box = temp 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpanel.py

    r67b0a99 rd79feea  
    9292            # state must be cloned 
    9393            state = page.get_state().clone() 
    94             if data is not None or page.model is not None: 
     94            # data_list only populated with real data 
     95            # Fake object in data from page.get_data() if model is selected 
     96            if len(page.data_list) is not 0 and page.model is not None: 
    9597                new_doc = self._manager.state_reader.write_toXML(data, 
    9698                                                                 state, 
    9799                                                                 batch_state) 
     100                # Fit #2 through #n are append to first fit 
    98101                if doc is not None and hasattr(doc, "firstChild"): 
    99                     child = new_doc.firstChild.firstChild 
    100                     doc.firstChild.appendChild(child) 
     102                    # Only append if properly formed new_doc 
     103                    if new_doc is not None and hasattr(new_doc, "firstChild"): 
     104                        child = new_doc.firstChild.firstChild 
     105                        doc.firstChild.appendChild(child) 
     106                # First fit defines the main document 
    101107                else: 
    102108                    doc = new_doc 
    … …  
    395401                temp_data = page.get_data() 
    396402                if temp_data is not None and temp_data.id in data: 
    397                     self.SetSelection(pos) 
    398                     self.on_close_page(event=None) 
    399                     temp = self.GetSelection() 
    400                     self.DeletePage(temp) 
     403                    self.close_page_with_data(temp_data) 
    401404            if self.sim_page is not None: 
    402405                if len(self.sim_page.model_list) == 0: 
    … …  
    405408                    self.on_close_page(event=None) 
    406409                    temp = self.GetSelection() 
    407                     self.DeletePage(temp) 
     410                    self.DeletePage(pos) 
    408411                    self.sim_page = None 
    409412                    self.batch_on = False 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    r56a282c r56a282c  
    2020from sas.sasgui.guiframe.CategoryInstaller import CategoryInstaller 
    2121from sasmodels.sasview_model import load_custom_model, load_standard_models 
     22from sas.sasgui.perspectives.fitting.fitpage import CUSTOM_MODEL 
    2223 
    2324logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    264265        temp = {} 
    265266        if self.is_changed(): 
    266             return  _find_models() 
     267            temp =  _findModels() 
     268            self.last_time_dir_modified = time.time() 
     269            return temp 
    267270        logger.info("plugin model : %s" % str(temp)) 
    268271        return temp 
    … …  
    311314        if os.path.isdir(plugin_dir): 
    312315            temp = os.path.getmtime(plugin_dir) 
    313             if  self.last_time_dir_modified != temp: 
     316            if  self.last_time_dir_modified < temp: 
    314317                is_modified = True 
    315318                self.last_time_dir_modified = temp 
    … …  
    322325        new models were added else return empty dictionary 
    323326        """ 
     327        self.plugins = [] 
    324328        new_plugins = self.findModels() 
    325         if len(new_plugins) > 0: 
    326             for name, plug in  new_plugins.iteritems(): 
    327                 if name not in self.stored_plugins.keys(): 
    328                     self.stored_plugins[name] = plug 
    329                     self.plugins.append(plug) 
    330                     self.model_dictionary[name] = plug 
    331             self.model_combobox.set_list("Plugin Models", self.plugins) 
     329        if new_plugins: 
     330            for name, plug in  new_plugins.items(): 
     331                self.stored_plugins[name] = plug 
     332                self.plugins.append(plug) 
     333                self.model_dictionary[name] = plug 
     334            self.model_combobox.set_list(CUSTOM_MODEL, self.plugins) 
    332335            return self.model_combobox.get_list() 
    333336        else: 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.