Changes in / [67ed543:630aa5b] in sasview


Ignore:
Files:
3 deleted
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • run.py

    rbc8b8a1 r952ea1f  
    6767 
    6868 
    69 def prepare(): 
     69def prepare(rebuild=True): 
    7070    # Don't create *.pyc files 
    7171    sys.dont_write_bytecode = True 
    … …  
    9595    try: 
    9696        import periodictable 
    97     except: 
     97    except ImportError: 
    9898        addpath(joinpath(root, '..', 'periodictable')) 
    9999 
    100100    try: 
    101101        import bumps 
    102     except: 
     102    except ImportError: 
    103103        addpath(joinpath(root, '..', 'bumps')) 
    104104 
    105105    try: 
    106106        import tinycc 
    107     except: 
     107    except ImportError: 
    108108        addpath(joinpath(root, '../tinycc/build/lib')) 
    109109 
    … …  
    111111    #addpath(os.path.join(root, '..','wxPython-src-3.0.0.0','wxPython')) 
    112112 
    113     # Build project if the build directory does not already exist. 
    114     # PAK: with "update" we can always build since it is fast 
    115     if True or not os.path.exists(build_path): 
     113    # Put the sas source tree on the path 
     114    addpath(joinpath(root, 'src')) 
     115 
     116    # Put sasmodels on the path 
     117    addpath(joinpath(root, '../sasmodels/')) 
     118 
     119    # Check if the C extensions are already built 
     120    try: 
     121        from sas.sascalc.pr import _pr_inversion 
     122        from sas.sascalc.calculator import _sld2i 
     123        from sas.sascalc.file_converter import _bsl_loader 
     124    except ImportError: 
     125        rebuild = True 
     126 
     127    # Build C extensions if necessary.  Do an inplace build to simplify path. 
     128    if rebuild: 
    116129        import subprocess 
    117         build_cmd = [sys.executable, "setup.py", "build", "update"] 
     130        build_cmd = [sys.executable, "setup.py", "build_ext", "--inplace", "update"] 
    118131        if os.name == 'nt': 
    119132            build_cmd.append('--compiler=tinycc') 
    … …  
    122135        with cd(root): 
    123136            subprocess.call(build_cmd, shell=shell) 
    124  
    125     # Put the source trees on the path 
    126     addpath(joinpath(root, 'src')) 
    127  
    128     # sasmodels on the path 
    129     addpath(joinpath(root, '../sasmodels/')) 
    130  
    131     # The sas.models package Compiled Model files should be pulled in from the build directory even though 
    132     # the source is stored in src/sas/models. 
    133  
    134     # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
    135     # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
    136     import sas.sascalc.pr 
    137     sas.sascalc.pr.core = import_package('sas.sascalc.pr.core', 
    138                                          joinpath(build_path, 'sas', 'sascalc', 'pr', 'core')) 
    139  
    140     # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
    141     # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
    142     import sas.sascalc.file_converter 
    143     sas.sascalc.file_converter.core = import_package('sas.sascalc.file_converter.core', 
    144                                                      joinpath(build_path, 'sas', 'sascalc', 'file_converter', 'core')) 
    145  
    146     import sas.sascalc.calculator 
    147     sas.sascalc.calculator.core = import_package('sas.sascalc.calculator.core', 
    148                                                  joinpath(build_path, 'sas', 'sascalc', 'calculator', 'core')) 
    149  
    150     sys.path.append(build_path) 
    151137 
    152138    set_git_tag() 

  • setup.py

    rc16172d r952ea1f  
    1212import shutil 
    1313import sys 
    14 from distutils.command.build_ext import build_ext 
    15 from distutils.core import Command 
    1614 
    1715import numpy as np 
     16 
    1817from setuptools import Extension, setup 
     18from setuptools import Command 
     19from setuptools.command.build_ext import build_ext 
    1920 
    2021try: 
    … …  
    2223except ImportError: 
    2324    pass 
     25 
     26# Convert "test" argument to "pytest" so 'python setup.py test' works 
     27sys.argv = [("pytest" if s == "test" else s) for s in sys.argv] 
    2428 
    2529# Manage version number ###################################### 
    … …  
    246250# sas.sascalc.calculator 
    247251gen_dir = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "calculator", "c_extensions") 
    248 package_dir["sas.sascalc.calculator.core"] = gen_dir 
    249252package_dir["sas.sascalc.calculator"] = os.path.join( 
    250253    "src", "sas", "sascalc", "calculator") 
    251 packages.extend(["sas.sascalc.calculator", "sas.sascalc.calculator.core"]) 
    252 ext_modules.append(Extension("sas.sascalc.calculator.core.sld2i", 
     254packages.append("sas.sascalc.calculator") 
     255ext_modules.append(Extension("sas.sascalc.calculator._sld2i", 
    253256                             sources=[ 
    254257                                 os.path.join(gen_dir, "sld2i_module.c"), 
    … …  
    258261                             ], 
    259262                             include_dirs=[gen_dir], 
    260                              ) 
    261                    ) 
     263                             )) 
    262264 
    263265# sas.sascalc.pr 
    264266srcdir = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "pr", "c_extensions") 
    265 package_dir["sas.sascalc.pr.core"] = srcdir 
    266267package_dir["sas.sascalc.pr"] = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "pr") 
    267 packages.extend(["sas.sascalc.pr", "sas.sascalc.pr.core"]) 
    268 ext_modules.append(Extension("sas.sascalc.pr.core.pr_inversion", 
     268packages.append("sas.sascalc.pr") 
     269ext_modules.append(Extension("sas.sascalc.pr._pr_inversion", 
    269270                             sources=[os.path.join(srcdir, "Cinvertor.c"), 
    270271                                      os.path.join(srcdir, "invertor.c"), 
    … …  
    276277# sas.sascalc.file_converter 
    277278mydir = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "file_converter", "c_ext") 
    278 package_dir["sas.sascalc.file_converter.core"] = mydir 
    279279package_dir["sas.sascalc.file_converter"] = os.path.join( 
    280280    "src", "sas", "sascalc", "file_converter") 
    281 packages.extend(["sas.sascalc.file_converter", 
    282                  "sas.sascalc.file_converter.core"]) 
    283 ext_modules.append(Extension("sas.sascalc.file_converter.core.bsl_loader", 
     281packages.append("sas.sascalc.file_converter") 
     282ext_modules.append(Extension("sas.sascalc.file_converter._bsl_loader", 
    284283                             sources=[os.path.join(mydir, "bsl_loader.c")], 
    285284                             include_dirs=[np.get_include()], 
    … …  
    443442    cmdclass={'build_ext': build_ext_subclass, 
    444443              'docs': BuildSphinxCommand, 
    445               'disable_openmp': DisableOpenMPCommand} 
     444              'disable_openmp': DisableOpenMPCommand}, 
     445    setup_requires=['pytest-runner'] if 'pytest' in sys.argv else [], 
     446    tests_require=['pytest'], 
    446447) 

  • src/sas/sascalc/calculator/c_extensions/sld2i_module.c

    ra1daf86 r7ba6470  
    22  SLD2I module to perform point and I calculations 
    33 */ 
     4#include <stdio.h> 
     5 
     6//#define Py_LIMITED_API 0x03020000 
    47#include <Python.h> 
    5 #include <stdio.h> 
     8 
    69#include "sld2i.h" 
    710 
    … …  
    1316#endif 
    1417 
    15  
    16 // Utilities 
    17 #define INVECTOR(obj,buf,len)                                                                           \ 
    18     do { \ 
    19         int err = PyObject_AsReadBuffer(obj, (const void **)(&buf), &len); \ 
    20         if (err < 0) return NULL; \ 
    21         len /= sizeof(*buf); \ 
    22     } while (0) 
    23  
    24 #define OUTVECTOR(obj,buf,len) \ 
    25     do { \ 
    26         int err = PyObject_AsWriteBuffer(obj, (void **)(&buf), &len); \ 
    27         if (err < 0) return NULL; \ 
    28         len /= sizeof(*buf); \ 
    29     } while (0) 
    30  
     18// Vector binding glue 
     19#if (PY_VERSION_HEX > 0x03000000) && !defined(Py_LIMITED_API) 
     20  // Assuming that a view into a writable vector points to a  
     21  // non-changing pointer for the duration of the C call, capture  
     22  // the view pointer and immediately free the view. 
     23  #define VECTOR(VEC_obj, VEC_buf, VEC_len) do { \ 
     24    Py_buffer VEC_view; \ 
     25    int VEC_err = PyObject_GetBuffer(VEC_obj, &VEC_view, PyBUF_WRITABLE|PyBUF_FORMAT); \ 
     26    if (VEC_err < 0 || sizeof(*VEC_buf) != VEC_view.itemsize) return NULL; \ 
     27    VEC_buf = (typeof(VEC_buf))VEC_view.buf; \ 
     28    VEC_len = VEC_view.len/sizeof(*VEC_buf); \ 
     29    PyBuffer_Release(&VEC_view); \ 
     30  } while (0) 
     31#else 
     32  #define VECTOR(VEC_obj, VEC_buf, VEC_len) do { \ 
     33    int VEC_err = PyObject_AsWriteBuffer(VEC_obj, (void **)(&VEC_buf), &VEC_len); \ 
     34    if (VEC_err < 0) return NULL; \ 
     35    VEC_len /= sizeof(*VEC_buf); \ 
     36  } while (0) 
     37#endif 
    3138 
    3239/** 
    … …  
    7380        //printf("new GenI\n"); 
    7481        if (!PyArg_ParseTuple(args, "iOOOOOOOOddd", &is_avg, &x_val_obj, &y_val_obj, &z_val_obj, &sldn_val_obj, &mx_val_obj, &my_val_obj, &mz_val_obj, &vol_pix_obj, &inspin, &outspin, &stheta)) return NULL; 
    75         INVECTOR(x_val_obj, x_val, n_x); 
    76         INVECTOR(y_val_obj, y_val, n_y); 
    77         INVECTOR(z_val_obj, z_val, n_z); 
    78         INVECTOR(sldn_val_obj, sldn_val, n_sld); 
    79         INVECTOR(mx_val_obj, mx_val, n_mx); 
    80         INVECTOR(my_val_obj, my_val, n_my); 
    81         INVECTOR(mz_val_obj, mz_val, n_mz); 
    82         INVECTOR(vol_pix_obj, vol_pix, n_vol_pix); 
     82        VECTOR(x_val_obj, x_val, n_x); 
     83        VECTOR(y_val_obj, y_val, n_y); 
     84        VECTOR(z_val_obj, z_val, n_z); 
     85        VECTOR(sldn_val_obj, sldn_val, n_sld); 
     86        VECTOR(mx_val_obj, mx_val, n_mx); 
     87        VECTOR(my_val_obj, my_val, n_my); 
     88        VECTOR(mz_val_obj, mz_val, n_mz); 
     89        VECTOR(vol_pix_obj, vol_pix, n_vol_pix); 
    8390        sld2i = PyMem_Malloc(sizeof(GenI)); 
    8491        //printf("sldi:%p\n", sld2i); 
    … …  
    108115        if (!PyArg_ParseTuple(args, "OOOO",  &gen_obj, &qx_obj, &qy_obj, &I_out_obj)) return NULL; 
    109116        sld2i = (GenI *)PyCapsule_GetPointer(gen_obj, "GenI"); 
    110         INVECTOR(qx_obj, qx, n_qx); 
    111         INVECTOR(qy_obj, qy, n_qy); 
    112         OUTVECTOR(I_out_obj, I_out, n_out); 
     117        VECTOR(qx_obj, qx, n_qx); 
     118        VECTOR(qy_obj, qy, n_qy); 
     119        VECTOR(I_out_obj, I_out, n_out); 
    113120        //printf("qx, qy, I_out: %d %d %d, %d %d %d\n", qx, qy, I_out, n_qx, n_qy, n_out); 
    114121 
    … …  
    136143        if (!PyArg_ParseTuple(args, "OOO",  &gen_obj, &q_obj, &I_out_obj)) return NULL; 
    137144        sld2i = (GenI *)PyCapsule_GetPointer(gen_obj, "GenI"); 
    138         INVECTOR(q_obj, q, n_q); 
    139         OUTVECTOR(I_out_obj, I_out, n_out); 
     145        VECTOR(q_obj, q, n_q); 
     146        VECTOR(I_out_obj, I_out, n_out); 
    140147 
    141148        // Sanity check 
    … …  
    160167 
    161168#define MODULE_DOC "Sld2i C Library" 
    162 #define MODULE_NAME "sld2i" 
    163 #define MODULE_INIT2 initsld2i 
    164 #define MODULE_INIT3 PyInit_sld2i 
     169#define MODULE_NAME "_sld2i" 
     170#define MODULE_INIT2 init_sld2i 
     171#define MODULE_INIT3 PyInit__sld2i 
    165172#define MODULE_METHODS module_methods 
    166173 

  • src/sas/sascalc/calculator/sas_gen.py

    r144e032a r952ea1f  
    1414import numpy as np 
    1515 
    16 from .core import sld2i as mod 
     16from . import _sld2i 
    1717from .BaseComponent import BaseComponent 
    1818 
    … …  
    145145            self.params['Up_frac_out'], 
    146146            self.params['Up_theta']) 
    147         model = mod.new_GenI(*args) 
     147        model = _sld2i.new_GenI(*args) 
    148148        if len(qy): 
    149149            qx, qy = _vec(qx), _vec(qy) 
    150150            I_out = np.empty_like(qx) 
    151151            #print("npoints", qx.shape, "npixels", pos_x.shape) 
    152             mod.genicomXY(model, qx, qy, I_out) 
     152            _sld2i.genicomXY(model, qx, qy, I_out) 
    153153            #print("I_out after", I_out) 
    154154        else: 
    155155            qx = _vec(qx) 
    156156            I_out = np.empty_like(qx) 
    157             mod.genicom(model, qx, I_out) 
     157            _sld2i.genicom(model, qx, I_out) 
    158158        vol_correction = self.data_total_volume / self.params['total_volume'] 
    159159        result = (self.params['scale'] * vol_correction * I_out 
    … …  
    304304                z_dir2 *= z_dir2 
    305305                mask = (x_dir2 + y_dir2 + z_dir2) <= 1.0 
    306             except Exception: 
    307                 logger.error(sys.exc_value) 
     306            except Exception as exc: 
     307                logger.error(exc) 
    308308        self.output = MagSLD(self.pos_x[mask], self.pos_y[mask], 
    309309                             self.pos_z[mask], self.sld_n[mask], 
    … …  
    600600                        y_lines.append(y_line) 
    601601                        z_lines.append(z_line) 
    602                 except Exception: 
    603                     logger.error(sys.exc_value) 
     602                except Exception as exc: 
     603                    logger.error(exc) 
    604604 
    605605            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, sld_mx, sld_my, sld_mz) 
    … …  
    691691                            _vol_pix = float(toks[7]) 
    692692                            vol_pix = np.append(vol_pix, _vol_pix) 
    693                         except Exception: 
     693                        except Exception as exc: 
    694694                            vol_pix = None 
    695                     except Exception: 
     695                    except Exception as exc: 
    696696                        # Skip non-data lines 
    697                         logger.error(sys.exc_value) 
     697                        logger.error(exc) 
    698698            output = MagSLD(pos_x, pos_y, pos_z, sld_n, 
    699699                            sld_mx, sld_my, sld_mz) 

  • src/sas/sascalc/file_converter/bsl_loader.py

    rf00691d4 r952ea1f  
    1 from sas.sascalc.file_converter.core.bsl_loader import CLoader 
     1from sas.sascalc.file_converter._bsl_loader import CLoader 
    22from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data2D 
    33from copy import deepcopy 
    … …  
    6767                    'swap_bytes': int(metadata[3]) 
    6868                } 
    69             except: 
     69            except Exception: 
    7070                is_valid = False 
    7171                err_msg = "Invalid metadata in header file for {}" 

  • src/sas/sascalc/file_converter/c_ext/bsl_loader.c

    rd5aeaa3 r952ea1f  
     1#include <stdio.h> 
     2#include <stdlib.h> 
     3 
     4//#define Py_LIMITED_API 0x03020000 
    15#include <Python.h> 
     6#include <structmember.h> 
    27#define NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION 
    38#include <numpy/arrayobject.h> 
    4 #include <stdio.h> 
    5 #include <stdlib.h> 
    6 #include "structmember.h" 
     9 
    710#include "bsl_loader.h" 
    811 
    … …  
    292295 
    293296#define MODULE_DOC "C module for loading bsl." 
    294 #define MODULE_NAME "bsl_loader" 
    295 #define MODULE_INIT2 initbsl_loader 
    296 #define MODULE_INIT3 PyInit_bsl_loader 
     297#define MODULE_NAME "_bsl_loader" 
     298#define MODULE_INIT2 init_bsl_loader 
     299#define MODULE_INIT3 PyInit__bsl_loader 
    297300#define MODULE_METHODS module_methods 
    298301 

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/Cinvertor.c

    ra52f32f r7ba6470  
    55 * 
    66 */ 
    7 #include <Python.h> 
    8 #include "structmember.h" 
    97#include <stdio.h> 
    108#include <stdlib.h> 
    … …  
    1210#include <time.h> 
    1311 
     12//#define Py_LIMITED_API 0x03050000 
     13#include <Python.h> 
     14#include <structmember.h> 
     15 
     16// Vector binding glue 
     17#if (PY_VERSION_HEX > 0x03000000) && !defined(Py_LIMITED_API) 
     18  // Assuming that a view into a writable vector points to a 
     19  // non-changing pointer for the duration of the C call, capture 
     20  // the view pointer and immediately free the view. 
     21  #define VECTOR(VEC_obj, VEC_buf, VEC_len) do { \ 
     22    Py_buffer VEC_view; \ 
     23    int VEC_err = PyObject_GetBuffer(VEC_obj, &VEC_view, PyBUF_WRITABLE|PyBUF_FORMAT); \ 
     24    if (VEC_err < 0 || sizeof(*VEC_buf) != VEC_view.itemsize) return NULL; \ 
     25    VEC_buf = (typeof(VEC_buf))VEC_view.buf; \ 
     26    VEC_len = VEC_view.len/sizeof(*VEC_buf); \ 
     27    PyBuffer_Release(&VEC_view); \ 
     28  } while (0) 
     29#else 
     30  #define VECTOR(VEC_obj, VEC_buf, VEC_len) do { \ 
     31    int VEC_err = PyObject_AsWriteBuffer(VEC_obj, (void **)(&VEC_buf), &VEC_len); \ 
     32    if (VEC_err < 0) return NULL; \ 
     33    VEC_len /= sizeof(*VEC_buf); \ 
     34  } while (0) 
     35#endif 
     36 
    1437#include "invertor.h" 
    15  
    1638 
    1739/// Error object for raised exceptions 
    1840PyObject * CinvertorError; 
    19  
    20 #define INVECTOR(obj,buf,len)                                                                           \ 
    21     do { \ 
    22         int err = PyObject_AsReadBuffer(obj, (const void **)(&buf), &len); \ 
    23         if (err < 0) return NULL; \ 
    24         len /= sizeof(*buf); \ 
    25     } while (0) 
    26  
    27 #define OUTVECTOR(obj,buf,len) \ 
    28     do { \ 
    29         int err = PyObject_AsWriteBuffer(obj, (void **)(&buf), &len); \ 
    30         if (err < 0) return NULL; \ 
    31         len /= sizeof(*buf); \ 
    32     } while (0) 
    33  
    3441 
    3542// Class definition 
    … …  
    99106 
    100107        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    101         OUTVECTOR(data_obj,data,ndata); 
     108        VECTOR(data_obj,data,ndata); 
    102109 
    103110        free(self->params.x); 
    … …  
    131138 
    132139        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    133         OUTVECTOR(data_obj, data, ndata); 
     140        VECTOR(data_obj, data, ndata); 
    134141 
    135142        // Check that the input array is large enough 
    … …  
    164171 
    165172        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    166         OUTVECTOR(data_obj,data,ndata); 
     173        VECTOR(data_obj,data,ndata); 
    167174 
    168175        free(self->params.y); 
    … …  
    196203 
    197204        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    198         OUTVECTOR(data_obj, data, ndata); 
     205        VECTOR(data_obj, data, ndata); 
    199206 
    200207        // Check that the input array is large enough 
    … …  
    229236 
    230237        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    231         OUTVECTOR(data_obj,data,ndata); 
     238        VECTOR(data_obj,data,ndata); 
    232239 
    233240        free(self->params.err); 
    … …  
    261268 
    262269        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    263         OUTVECTOR(data_obj, data, ndata); 
     270        VECTOR(data_obj, data, ndata); 
    264271 
    265272        // Check that the input array is large enough 
    … …  
    517524        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    518525 
    519         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     526        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    520527 
    521528    // PyList of residuals 
    … …  
    568575        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    569576 
    570         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     577        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    571578 
    572579        // Should create this list only once and refill it 
    … …  
    609616 
    610617        if (!PyArg_ParseTuple(args, "Od", &data_obj, &q)) return NULL; 
    611         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     618        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    612619 
    613620        iq_value = iq(pars, self->params.d_max, (int)npars, q); 
    … …  
    634641 
    635642        if (!PyArg_ParseTuple(args, "Od", &data_obj, &q)) return NULL; 
    636         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     643        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    637644 
    638645        iq_value = iq_smeared(pars, self->params.d_max, (int)npars, 
    … …  
    659666 
    660667        if (!PyArg_ParseTuple(args, "Od", &data_obj, &r)) return NULL; 
    661         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     668        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    662669 
    663670        pr_value = pr(pars, self->params.d_max, (int)npars, r); 
    … …  
    686693 
    687694        if (!PyArg_ParseTuple(args, "OOd", &data_obj, &err_obj, &r)) return NULL; 
    688         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     695        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    689696 
    690697        if (err_obj == Py_None) { 
    … …  
    692699                pr_err_value = 0.0; 
    693700        } else { 
    694                 OUTVECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
     701                VECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
    695702                pr_err(pars, pars_err, self->params.d_max, (int)npars, r, &pr_value, &pr_err_value); 
    696703        } 
    … …  
    726733 
    727734        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    728         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     735        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    729736 
    730737        oscill = reg_term(pars, self->params.d_max, (int)npars, 100); 
    … …  
    747754 
    748755        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    749         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     756        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    750757 
    751758        count = npeaks(pars, self->params.d_max, (int)npars, 100); 
    … …  
    768775 
    769776        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    770         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     777        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    771778 
    772779        fraction = positive_integral(pars, self->params.d_max, (int)npars, 100); 
    … …  
    792799 
    793800        if (!PyArg_ParseTuple(args, "OO", &data_obj, &err_obj)) return NULL; 
    794         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
    795         OUTVECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
     801        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
     802        VECTOR(err_obj,pars_err,npars2); 
    796803 
    797804        fraction = positive_errors(pars, pars_err, self->params.d_max, (int)npars, 51); 
    … …  
    813820 
    814821        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    815         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     822        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    816823 
    817824        value = rg(pars, self->params.d_max, (int)npars, 101); 
    … …  
    833840 
    834841        if (!PyArg_ParseTuple(args, "O", &data_obj)) return NULL; 
    835         OUTVECTOR(data_obj,pars,npars); 
     842        VECTOR(data_obj,pars,npars); 
    836843 
    837844        value = 4.0*acos(-1.0)*int_pr(pars, self->params.d_max, (int)npars, 101); 
    … …  
    874881 
    875882        if (!PyArg_ParseTuple(args, "iiOO", &nfunc, &nr, &a_obj, &b_obj)) return NULL; 
    876         OUTVECTOR(a_obj,a,n_a); 
    877         OUTVECTOR(b_obj,b,n_b); 
     883        VECTOR(a_obj,a,n_a); 
     884        VECTOR(b_obj,b,n_b); 
    878885 
    879886        assert(n_b>=nfunc); 
    … …  
    947954 
    948955        if (!PyArg_ParseTuple(args, "iiOO", &nfunc, &nr, &a_obj, &cov_obj)) return NULL; 
    949         OUTVECTOR(a_obj,a,n_a); 
    950         OUTVECTOR(cov_obj,inv_cov,n_cov); 
     956        VECTOR(a_obj,a,n_a); 
     957        VECTOR(cov_obj,inv_cov,n_cov); 
    951958 
    952959        assert(n_cov>=nfunc*nfunc); 
    … …  
    981988 
    982989        if (!PyArg_ParseTuple(args, "iiO", &nfunc, &nr, &a_obj)) return NULL; 
    983         OUTVECTOR(a_obj,a,n_a); 
     990        VECTOR(a_obj,a,n_a); 
    984991 
    985992        assert(n_a>=nfunc*(nr+self->params.npoints)); 
    … …  
    11211128 
    11221129#define MODULE_DOC "C extension module for inversion to P(r)." 
    1123 #define MODULE_NAME "pr_inversion" 
    1124 #define MODULE_INIT2 initpr_inversion 
    1125 #define MODULE_INIT3 PyInit_pr_inversion 
     1130#define MODULE_NAME "_pr_inversion" 
     1131#define MODULE_INIT2 init_pr_inversion 
     1132#define MODULE_INIT3 PyInit__pr_inversion 
    11261133#define MODULE_METHODS module_methods 
    11271134 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/BumpsFitting.py

    r9a5097c r3e6829d  
    22BumpsFitting module runs the bumps optimizer. 
    33""" 
     4from __future__ import division 
     5 
    46import os 
    57from datetime import timedelta, datetime 
    … …  
    3436class Progress(object): 
    3537    def __init__(self, history, max_step, pars, dof): 
    36         remaining_time = int(history.time[0]*(float(max_step)/history.step[0]-1)) 
     38        remaining_time = int(history.time[0]*(max_step/history.step[0]-1)) 
    3739        # Depending on the time remaining, either display the expected 
    3840        # time of completion, or the amount of time remaining.  Use precision 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/Loader.py

    r574adc7 r57e48ca  
     1""" 
     2class Loader  to load any kind of file 
     3""" 
     4 
    15from __future__ import print_function 
    26 
    3 # class Loader  to load any king of file 
    4 #import wx 
    5 #import string 
    67import numpy as np 
    78 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r2469df7 r57e48ca  
    66FIXME: The way the Invertor interacts with its C component should be cleaned up 
    77""" 
     8from __future__ import division 
    89 
    910import numpy as np 
    … …  
    1718from numpy.linalg import lstsq 
    1819from scipy import optimize 
    19 from sas.sascalc.pr.core.pr_inversion import Cinvertor 
     20from sas.sascalc.pr._pr_inversion import Cinvertor 
    2021 
    2122logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    7172        A[j][i] = (Fourier transformed base function for point j) 
    7273 
    73     We them choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
     74    We then choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
    7475    derivative of P(r) at. This is used as our regularization term. 
    7576    For a vector r of length n_r, the following n_r rows are set to :: 
    … …  
    144145        x, y, err, d_max, q_min, q_max and alpha 
    145146        """ 
    146         if   name == 'x': 
     147        if name == 'x': 
    147148            if 0.0 in value: 
    148149                msg = "Invertor: one of your q-values is zero. " 
    … …  
    268269            A[i][j] = (Fourier transformed base function for point j) 
    269270 
    270         We them choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
     271        We then choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
    271272        derivative of P(r) at. This is used as our regularization term. 
    272273        For a vector r of length n_r, the following n_r rows are set to :: 
    … …  
    416417            A[i][j] = (Fourier transformed base function for point j) 
    417418 
    418         We them choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
     419        We then choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
    419420        derivative of P(r) at. This is used as our regularization term. 
    420421        For a vector r of length n_r, the following n_r rows are set to :: 
    … …  
    473474 
    474475        # Perform the inversion (least square fit) 
    475         c, chi2, _, _ = lstsq(a, b) 
     476        c, chi2, _, _ = lstsq(a, b, rcond=-1) 
    476477        # Sanity check 
    477478        try: 
    … …  
    496497        try: 
    497498            cov = np.linalg.pinv(inv_cov) 
    498             err = math.fabs(chi2 / float(npts - nfunc)) * cov 
    499         except: 
     499            err = math.fabs(chi2 / (npts - nfunc)) * cov 
     500        except Exception as exc: 
    500501            # We were not able to estimate the errors 
    501502            # Return an empty error matrix 
    502             logger.error(sys.exc_value) 
     503            logger.error(exc) 
    503504 
    504505        # Keep a copy of the last output 
    … …  
    537538 
    538539        """ 
    539         from num_term import NTermEstimator 
     540        from .num_term import NTermEstimator 
    540541        estimator = NTermEstimator(self.clone()) 
    541542        try: 
    542543            return estimator.num_terms(isquit_func) 
    543         except: 
     544        except Exception as exc: 
    544545            # If we fail, estimate alpha and return the default 
    545546            # number of terms 
    546547            best_alpha, _, _ = self.estimate_alpha(self.nfunc) 
    547             logger.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % sys.exc_value) 
     548            logger.warning("Invertor.estimate_numterms: %s" % exc) 
    548549            return self.nfunc, best_alpha, "Could not estimate number of terms" 
    549550 
    … …  
    631632                return best_alpha, message, elapsed 
    632633 
    633         except: 
    634             message = "Invertor.estimate_alpha: %s" % sys.exc_value 
     634        except Exception as exc: 
     635            message = "Invertor.estimate_alpha: %s" % exc 
    635636            return 0, message, elapsed 
    636637 
    … …  
    748749                        self.cov[i][i] = float(toks2[1]) 
    749750 
    750             except: 
    751                 msg = "Invertor.from_file: corrupted file\n%s" % sys.exc_value 
     751            except Exception as exc: 
     752                msg = "Invertor.from_file: corrupted file\n%s" % exc 
    752753                raise RuntimeError(msg) 
    753754        else: 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    r2469df7 r3e6829d  
    1 from __future__ import print_function 
     1from __future__ import print_function, division 
    22 
    33import math 
    … …  
    5151        osc = self.sort_osc() 
    5252        dv = len(osc) 
    53         med = float(dv) / 2.0 
     53        med = 0.5*dv 
    5454        odd = self.is_odd(dv) 
    5555        medi = 0 
    … …  
    140140            nts = self.compare_err() 
    141141            div = len(nts) 
    142             tem = float(div) / 2.0 
     142            tem = 0.5*div 
    143143            if self.is_odd(div): 
    144144                nt = nts[int(tem)] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.