Changeset 58eccf6 in sasview for src


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Apr 22, 2014 12:45:01 PM (11 years ago)
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smk78
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master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
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93b6fcc
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a857c0a
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  • src/sans/models/media/model_functions.rst

    r4ed2d0a1 r58eccf6  
    11.. model_functions.rst 
     2 
     3.. NB: This document does not have M Gonzalez's model descriptions in it. 
    24 
    35.. This is a port of the original SasView model_functions.html to ReSTructured text 
     
    3234.. |psi| unicode:: U+03C8 
    3335.. |omega| unicode:: U+03C9 
    34  
    3536.. |bigdelta| unicode:: U+0394 
    3637.. |biggamma| unicode:: U+0393 
    3738.. |bigpsi| unicode:: U+03A8 
    38  
    3939.. |drho| replace:: |bigdelta|\ |rho| 
    40  
    4140.. |Ang| unicode:: U+212B 
    4241.. |Ang^-1| replace:: |Ang|\ :sup:`-1` 
     
    4443.. |Ang^-2| replace:: |Ang|\ :sup:`-2` 
    4544.. |Ang^3| replace:: |Ang|\ :sup:`3` 
     45.. |Ang^-3| replace:: |Ang|\ :sup:`-3` 
     46.. |Ang^-4| replace:: |Ang|\ :sup:`-4` 
    4647.. |cm^-1| replace:: cm\ :sup:`-1` 
    4748.. |cm^2| replace:: cm\ :sup:`2` 
     
    5051.. |cm^-3| replace:: cm\ :sup:`-3` 
    5152.. |sr^-1| replace:: sr\ :sup:`-1` 
    52  
    5353.. |P0| replace:: P\ :sub:`0`\ 
    5454.. |A2| replace:: A\ :sub:`2`\ 
     
    12171217 
    12181218and |alpha| is the angle between the axis of the cylinder and the *q*-vector, *V* is the volume of the cylinder, 
    1219 *L* is the length of the cylinder, *r* is the radius of the cylinder, and |bigdelta|\ |rho| (contrast) is the 
     1219*L* is the length of the cylinder, *r* is the radius of the cylinder, and |drho| (contrast) is the 
    12201220scattering length density difference between the scatterer and the solvent. *J1* is the first order Bessel function. 
    12211221 
     
    20742074|alpha| is the angle between the axis of the ellipsoid and the *q*\ -vector, *V* is the volume of the ellipsoid, *Ra* 
    20752075is the radius along the rotational axis of the ellipsoid, *Rb* is the radius perpendicular to the rotational axis of 
    2076 the ellipsoid and |bigdelta|\ |rho| (contrast) is the scattering length density difference between the scatterer and 
     2076the ellipsoid and |drho| (contrast) is the scattering length density difference between the scatterer and 
    20772077the solvent. 
    20782078 
     
    24212421 
    24222422where |delta|\ T = tail length (or *t_length*), |delta|\ H = head thickness (or *h_thickness*), 
    2423 |bigdelta|\ |rho|\ H = SLD(headgroup) - SLD(solvent), and |bigdelta|\ |rho|\ T = SLD(tail) - SLD(solvent). 
     2423|drho|\ H = SLD(headgroup) - SLD(solvent), and |drho|\ T = SLD(tail) - SLD(solvent). 
    24242424 
    24252425The 2D scattering intensity is calculated in the same way as 1D, where the *q* vector is defined as 
     
    24842484.. image:: img/image141.PNG 
    24852485 
    2486 Here *d* = (repeat) spacing, |delta| = bilayer thickness, the contrast |bigdelta|\ |rho| = SLD(headgroup) - SLD(solvent), 
     2486Here *d* = (repeat) spacing, |delta| = bilayer thickness, the contrast |drho| = SLD(headgroup) - SLD(solvent), 
    24872487K = smectic bending elasticity, B = compression modulus, and N = number of lamellar plates (*n_plates*). 
    24882488 
     
    25512551 
    25522552where |delta|\ T = tail length (or *t_length*), |delta|\ H = head thickness (or *h_thickness*), 
    2553 |bigdelta|\ |rho|\ H = SLD(headgroup) - SLD(solvent), and |bigdelta|\ |rho|\ T = SLD(tail) - SLD(headgroup). 
     2553|drho|\ H = SLD(headgroup) - SLD(solvent), and |drho|\ T = SLD(tail) - SLD(headgroup). 
    25542554Here *d* = (repeat) spacing, *K* = smectic bending elasticity, *B* = compression modulus, and N = number of lamellar 
    25552555plates (*n_plates*). 
     
    31243124.. _Debye: 
    31253125 
    3126 **2.2.1. Debye (Model)** 
     3126**2.2.1. Debye (Gaussian Coil Model)** 
    31273127 
    31283128The Debye model is a form factor for a linear polymer chain. In addition 
     
    31383138==============  ========  ============= 
    31393139Parameter name  Units     Default value 
    3140  
    3141 ==============  ========  ============= 
    3142 | scale None 1.0  
    3143  
    3144 | rg   Ãƒâ€Š    50.0 
    3145  
    3146 | background              | cm-1 0.0  
     3140==============  ========  ============= 
     3141scale           None      1.0 
     3142rg              |Ang|     50.0 
     3143background      |cm^-1|   0.0 
    31473144==============  ========  ============= 
    31483145 
     
    31603157.. _BroadPeakModel: 
    31613158 
    3162 **2.2.2. BroadPeak Model** 
     3159**2.2.2. BroadPeakModel** 
    31633160 
    31643161Calculate an empirical functional form for SANS data characterized by a 
     
    31833180.. image:: img/image040.GIF 
    31843181 
    3185 ==============  ========  ============= 
    3186 Parameter name  Units     Default value 
    3187 ==============  ========  ============= 
    3188 | scale\_l (= C)          |      10   
    3189  
    3190 | scale\_p (=A)           |      1e-05 
    3191  
    3192 | length\_l (=x)          | Ã     50   
    3193  
    3194 | q\_peak (= Q0)          | Ã -1  0.1  
    3195  
    3196 | exponent\_p (=n)        |      2    
    3197  
    3198 | exponent\_l (=m)        |      3    
    3199  
    3200 | Background (=B)         | cm-1 0.1  
    3201 ==============  ========  ============= 
     3182===============  ========  ============= 
     3183Parameter name   Units     Default value 
     3184===============  ========  ============= 
     3185scale_l    (=C)  None      10 
     3186scale_p    (=A)  None      1e-05 
     3187length_l   (=x)  |Ang|     50 
     3188q_peak    (=Q0)  |Ang^-1|  0.1 
     3189exponent_p (=n)  None      2 
     3190exponent_l (=m)  None      3 
     3191Background (=B)  |cm^-1|   0.1 
     3192===============  ========  ============= 
    32023193 
    32033194.. image:: img/image175.JPG 
     
    32153206.. _CorrLength: 
    32163207 
    3217 **2.2.3. CorrLength (CorrelationLengthModel)** 
     3208**2.2.3. CorrLength (Correlation Length Model)** 
    32183209 
    32193210Calculate an empirical functional form for SANS data characterized by a 
     
    32393230.. image:: img/image040.GIF 
    32403231 
    3241 ==============  ========  ============= 
    3242 Parameter name  Units     Default value 
    3243 ==============  ========  ============= 
    3244 | scale\_l (= C)          |      10   
    3245  
    3246 | scale\_p (=A)           |      1e-06 
    3247  
    3248 | length\_l (=x)          | Ã     50   
    3249  
    3250 | exponent\_p (=n)        |      2    
    3251  
    3252 | exponent\_l (=m)        |      3    
    3253  
    3254 | Background (=B)         | cm-1 0.1  
    3255 ==============  ========  ============= 
     3232===============  ========  ============= 
     3233Parameter name   Units     Default value 
     3234===============  ========  ============= 
     3235scale_l    (=C)  None      10 
     3236scale_p    (=A)  None      1e-06 
     3237length_l   (=x)  |Ang|     50 
     3238exponent_p (=n)  None      2 
     3239exponent_l (=m)  None      3 
     3240Background (=B)  |cm^-1|   0.1 
     3241===============  ========  ============= 
    32563242 
    32573243.. image:: img/image177.JPG 
     
    32703256.. _Lorentz: 
    32713257 
    3272 **2.2.4. (Ornstein-Zernicke) Lorentz (Model)** 
     3258**2.2.4. Lorentz (Ornstein-Zernicke Model)** 
    32733259 
    32743260The Ornstein-Zernicke model is defined by: 
     
    32853271Parameter name  Units     Default value 
    32863272==============  ========  ============= 
    3287 | scale None 1.0  
    3288  
    3289 | length Ã     50.0 
    3290  
    3291 | background              | cm-1 0.0  
     3273scale           None      1.0 
     3274length          |Ang|     50.0 
     3275background      |cm^-1|   0.0 
    32923276==============  ========  ============= 
    32933277 
     
    33003284.. _DABModel: 
    33013285 
    3302 **2.2.5. DAB (Debye-Anderson-Brumberger) Model** 
     3286**2.2.5. DABModel (Debye-Anderson-Brumberger Model)** 
    33033287 
    33043288Calculates the scattering from a randomly distributed, two-phase system 
     
    33213305Parameter name  Units     Default value 
    33223306==============  ========  ============= 
    3323 | scale None 1.0  
    3324  
    3325 | length Ã     50.0 
    3326  
    3327 | background              | cm-1 0.0  
     3307scale           None      1.0 
     3308length          |Ang|     50.0 
     3309background      |cm^-1|   0.0 
    33283310==============  ========  ============= 
    33293311 
     
    33473329.. _AbsolutePower_Law: 
    33483330 
    3349 **2.2.6.  Absolute Power\_Law** 
     3331**2.2.6. AbsolutePower_Law** 
    33503332 
    33513333This model describes a power law with background. 
     
    33583340Parameter name  Units     Default value 
    33593341==============  ========  ============= 
    3360 | Scale None 1.0  
    3361  
    3362 | m    None 4    
    3363  
    3364 | Background              | cm-1 0.0  
     3342Scale           None      1.0 
     3343m               None      4 
     3344Background      |cm^-1|   0.0 
    33653345==============  ========  ============= 
    33663346 
     
    33873367Parameter name  Units     Default value 
    33883368==============  ========  ============= 
    3389 | scale None 0.1  
    3390  
    3391 | c1   None -30.0 
    3392  
    3393 | c2   None 5000.0 
    3394  
    3395 | background              | cm-1 0.0  
     3369scale           None      0.1 
     3370c1              None      -30.0 
     3371c2              None      5000.0 
     3372background      |cm^-1|   0.0 
    33963373==============  ========  ============= 
    33973374 
     
    34113388.. _FractalModel: 
    34123389 
    3413 **2.2.8.  FractalModel** 
     3390**2.2.8. FractalModel** 
    34143391 
    34153392Calculates the scattering from fractal-like aggregates built from 
     
    34343411Parameter name  Units     Default value 
    34353412==============  ========  ============= 
    3436 | scale None 0.05 
    3437  
    3438 | radius Ã     5.0  
    3439  
    3440 | fractal\_dim            | None 2    
    3441  
    3442 | corr\_length            | Ã     100.0 
    3443  
    3444 | block\_sld              | Ã -2  2e-6 
    3445  
    3446 | solvent\_sld            | Ã -2  6e-6 
    3447  
    3448 | background              | cm-1 0.0  
     3413scale           None      0.05 
     3414radius          |Ang|     5.0 
     3415fractal_dim     None      2 
     3416corr_length     |Ang|     100.0 
     3417block_sld       |Ang^-2|  2e-6 
     3418solvent_sld     |Ang^-2|  6e-6 
     3419background      |cm^-1|   0.0 
    34493420==============  ========  ============= 
    34503421 
     
    34733444scattering length density of particles. 
    34743445 
    3475 Note:  The mass fractal dimension is valid for 1<mass\_dim<6. 
    3476  
    3477 ==============  ========  ============= 
    3478 Parameter name  Units     Default value 
    3479 ==============  ========  ============= 
    3480 | scale None 1    
    3481  
    3482 | radius Ã     10.0 
    3483  
    3484 | mass\_dim               | None 1.9  
    3485  
    3486 | co\_length              | Ã     100.0 
    3487  
    3488 | background              |      0.0  
     3446Note:  The mass fractal dimension is valid for 1<mass_dim<6. 
     3447 
     3448==============  ========  ============= 
     3449Parameter name  Units     Default value 
     3450==============  ========  ============= 
     3451scale           None      1 
     3452radius          |Ang|     10.0 
     3453mass_dim        None      1.9 
     3454co_length       |Ang|     100.0 
     3455background      |cm^-1|   0.0 
    34893456==============  ========  ============= 
    34903457 
     
    35153482scattering length density of particles. 
    35163483 
    3517 Â Note:  The surface fractal dimension is valid for 1<surface\_dim<3. 
     3484 Note:  The surface fractal dimension is valid for 1<surface_dim<3. 
    35183485 Also it is valid in a limited q range (see the reference for details). 
    35193486 
     
    35213488Parameter name  Units     Default value 
    35223489==============  ========  ============= 
    3523 | scale None 1    
    3524  
    3525 | radius Ã     10.0 
    3526  
    3527 | surface\_dim            | None 2.0  
    3528  
    3529 | co\_length              | Ã     500.0 
    3530  
    3531 | background              |      0.0  
     3490scale           None      1 
     3491radius          |Ang|     10.0 
     3492surface_dim     None      2.0 
     3493co_length       |Ang|     500.0 
     3494background      |cm^-1|   0.0 
    35323495==============  ========  ============= 
    35333496 
     
    35453508.. _MassSurfaceFractal: 
    35463509 
    3547 **2.2.11. MassSurfaceFractal** 
     3510**2.2.11. MassSurfaceFractal (Model)** 
    35483511 
    35493512A number of natural and commercial processes form high-surface area 
     
    35723535 
    35733536 Note:  The surface and mass fractal dimensions are valid for 
    3574 0<surface\_dim<6, 0<mass\_dim<6, and (surface\_mass+mass\_dim)<6.  
    3575  
    3576 ==============  ========  ============= 
    3577 Parameter name  Units     Default value 
    3578 ==============  ========  ============= 
    3579 | scale None 1    
    3580  
    3581 | primary\_rg             | Ã     4000.0 
    3582  
    3583 |   cluster\_rg           |   Ã    86.7 
    3584  
    3585 | surface\_dim            | None 2.3  
    3586  
    3587 |   mass\_dim             |  None  1.8 
    3588  
    3589 | background              |      0.0  
     35370<surface_dim<6, 0<mass_dim<6, and (surface_mass+mass_dim)<6.  
     3538 
     3539==============  ========  ============= 
     3540Parameter name  Units     Default value 
     3541==============  ========  ============= 
     3542scale           None      1 
     3543primary_rg      |Ang|     4000.0 
     3544cluster_rg      |Ang|     86.7 
     3545surface_dim     None      2.3 
     3546mass_dim        None      1.8 
     3547background      |cm^-1|   0.0 
    35903548==============  ========  ============= 
    35913549 
     
    36043562.. _FractalCoreShell: 
    36053563 
    3606 **2.2.12.  FractalCoreShell(Model)** 
     3564**2.2.12. FractalCoreShell (Model)** 
    36073565 
    36083566Calculates the scattering from a fractal structure with a primary 
     
    36203578.. image:: img/fractcore_eq3.gif 
    36213579 
    3622 where Df = frac\_dim, Ο = cor\_length, rc = (core) radius, and scale 
     3580where Df = frac_dim, Ο = cor_length, rc = (core) radius, and scale 
    36233581= volfraction. 
    36243582 
     
    36393597Parameter name  Units     Default value 
    36403598==============  ========  ============= 
    3641 | volfraction             |      0.05 
    3642  
    3643 | frac\_dim               |      2    
    3644  
    3645 | thickness               | Ã     5.0  
    3646  
    3647 | raidus  Ã    20.0 
    3648  
    3649 | cor\_length             | Ã     100.0 
    3650  
    3651 | core\_sld               | Ã -2  3.5e-6 
    3652  
    3653 | shell\_sld              | Ã -2  1e-6 
    3654  
    3655 | solvent\_sld            | Ã -2  6.35e-6 
    3656  
    3657 | background              | cm-1 0.0  
     3599volfraction     None      0.05 
     3600frac_dim        None      2 
     3601thickness       |Ang|     5.0 
     3602radius          |Ang|     20.0 
     3603cor_length      |Ang|     100.0 
     3604core_sld        |Ang^-2|  3.5e-6 
     3605shell_sld       |Ang^-2|  1e-6 
     3606solvent_sld     |Ang^-2|  6.35e-6 
     3607background      |cm^-1|   0.0 
    36583608==============  ========  ============= 
    36593609 
     
    36703620.. _GaussLorentzGel: 
    36713621 
    3672 **2.2.13.  GaussLorentzGel(Model)** 
     3622**2.2.13. GaussLorentzGel(Model)** 
    36733623 
    36743624Calculates the scattering from a gel structure, typically a physical 
     
    36993649.. image:: img/image040.GIF 
    37003650 
    3701 ==============  ========  ============= 
    3702 Parameter name  Units     Default value 
    3703 ==============  ========  ============= 
    3704 | dyn\_colength(=Dynamic  | Ã     20.0 
    3705 | correlation length)     |           
    3706  
    3707 | scale\_g(=Gauss scale   |      100  
    3708 | factor)           
    3709  
    3710 | scale\_l(=Lorentzian    |      50   
    3711 | scale factor)           |           
    3712  
    3713 | stat\_colength(=Static  | Ã     100.0 
    3714 | correlation Z)          |           
    3715  
    3716 | background              | cm-1 0.0  
    3717 ==============  ========  ============= 
     3651===================================  ========  ============= 
     3652Parameter name                       Units     Default value 
     3653===================================  ========  ============= 
     3654dyn_colength (=dynamic corr length)  |Ang|     20.0 
     3655scale_g       (=Gauss scale factor)  None      100 
     3656scale_l  (=Lorentzian scale factor)  None      50 
     3657stat_colength (=static corr length)  |Ang|     100.0 
     3658background                           |cm^-1|   0.0 
     3659===================================  ========  ============= 
    37183660 
    37193661.. image:: img/image190.JPG 
     
    37303672.. _BEPolyelectrolyte: 
    37313673 
    3732 **2.2.14.  BEPolyelectrolyte Model** 
     3674**2.2.14. BEPolyelectrolyte (Model)** 
    37333675 
    37343676Calculates the structure factor of a polyelectrolyte solution with the 
     
    37503692Parameter name  Units     Default value 
    37513693==============  ========  ============= 
    3752 | K    Barns = 10-24 cm2       | 10   
    3753  
    3754 | Lb   Ãƒâ€Š    7.1  
    3755  
    3756 | h    Ã -3  12   
    3757  
    3758 | b    Ã     10   
    3759  
    3760 | Cs   Mol/L 0    
    3761  
    3762 | alpha None 0.05 
    3763  
    3764 | Ca   Mol/L 0.7  
    3765  
    3766 | background              | cm-1 0.0  
    3767 ==============  ========  ============= 
     3694K               barns     10 
     3695Lb              |Ang|     7.1 
     3696h               |Ang^-3|  12 
     3697b               |Ang|     10 
     3698Cs              mol/L     0 
     3699alpha           None      0.05 
     3700Ca              mol/L     0.7 
     3701background      |cm^-1|   0.0 
     3702==============  ========  ============= 
     3703 
     3704NB: 1 barn = 10\ :sup:`-24` |cm^2| 
    37683705 
    37693706REFERENCE 
     
    37973734Parameter name  Units     Default value 
    37983735==============  ========  ============= 
    3799 | scale cm-1 1.0  
    3800  
    3801 | Rg   Ãƒâ€Š    0.1  
     3736scale           |cm^-1|   1.0 
     3737Rg              |Ang|     0.1 
    38023738==============  ========  ============= 
    38033739 
     
    38633799.. image:: img/image008.PNG 
    38643800 
    3865 ==============  ========  ============= 
    3866 Parameter name  Units     Default value 
    3867 ==============  ========  ============= 
    3868 | Scale(=Guinier scale,   | cm-1 1.0  
    3869 | G)             
    3870  
    3871 | rg   Ãƒâ€Š    100  
    3872  
    3873 | dim(=Dimensional        |      1    
    3874 | Variable, s)            |           
    3875  
    3876 | m(=Porod exponent)      |      3    
    3877  
    3878 | background              |      0.1  
    3879 ==============  ========  ============= 
     3801==============================  ========  ============= 
     3802Parameter name                  Units     Default value 
     3803==============================  ========  ============= 
     3804scale      (=Guinier scale, G)  |cm^-1|   1.0 
     3805rg                              |Ang|     100 
     3806dim (=dimensional variable, s)  None      1 
     3807m            (=Porod exponent)  None      3 
     3808background                      |cm^-1|   0.1 
     3809==============================  ========  ============= 
    38803810 
    38813811.. image:: img/image196.JPG 
     
    39073837Parameter name  Units     Default value 
    39083838==============  ========  ============= 
    3909 | scale Ã -4  0.1  
    3910  
    3911 | background              | cm-1 0    
     3839scale           |Ang^-4|  0.1 
     3840background      |cm^-1|   0 
    39123841==============  ========  ============= 
    39133842 
     
    39253854deviation of B.  The fwhm is 2.354\*B.   
    39263855 
    3927 Parameters I0, B, qpk, and BGD can all be adjusted during fitting. 
     3856Parameters I0, B, qpk, and BGD can all be adjusted during fitting. **NB: These don't match the table!** 
    39283857 
    39293858REFERENCE 
     
    39383867Parameter name  Units     Default value 
    39393868==============  ========  ============= 
    3940 | scale cm-1 100  
    3941  
    3942 | q0   Ãƒâ€Š    0.05 
    3943  
    3944 | B         0.005 
    3945  
    3946 | background              |      1    
     3869scale           |cm^-1|   100 
     3870q0              |Ang^-1|  0.05 
     3871B               |Ang^-1|  0.005 
     3872background      |cm^-1|   1 
    39473873==============  ========  ============= 
    39483874 
     
    39643890(half-width-half-maximum) of B.  
    39653891 
    3966 The parameters I0, B, qpk, and BGD can all be adjusted during fitting. 
     3892The parameters I0, B, qpk, and BGD can all be adjusted during fitting. **NB: These don't match the table!** 
    39673893 
    39683894REFERENCE 
     
    39773903Parameter name  Units     Default value 
    39783904==============  ========  ============= 
    3979 | scale cm-1 100  
    3980  
    3981 | q0   Ãƒâ€Š    0.05 
    3982  
    3983 | B         0.005 
    3984  
    3985 | background              |      1    
     3905scale           |cm^-1|   100 
     3906q0              |Ang^-1|  0.05 
     3907B               |Ang^-1|  0.005 
     3908background      |cm^-1|     1 
    39863909==============  ========  ============= 
    39873910 
     
    40233946TEST DATASET 
    40243947 
    4025 Â This example dataset is produced by running the Poly\_GaussCoil, using 
    4026 200 data points, qmin = 0.001 Ã -1,  qmax = 0.7 Ã -1   and the default 
    4027 values below. 
    4028  
    4029 ==============  ========  ============= 
    4030 Parameter name  Units     Default value 
    4031 ==============  ========  ============= 
    4032 | Scale None 1.0  
    4033  
    4034 | rg   Ãƒâ€Š    60.0 
    4035  
    4036 | poly\_m Mw/Mn 2    
    4037  
    4038 | background              | cm-1 0.001 
     3948This example dataset is produced by running the Poly_GaussCoil, using 200 data points, *qmin* = 0.001 |Ang^-1|\ , 
     3949qmax = 0.7 |Ang^-1| and the default values below. 
     3950 
     3951==============  ========  ============= 
     3952Parameter name  Units     Default value 
     3953==============  ========  ============= 
     3954scale           None      1.0 
     3955rg              |Ang|     60.0 
     3956poly_m (Mw/Mn)  None      2 
     3957background      |cm^-1|   0.001 
    40393958==============  ========  ============= 
    40403959 
     
    41304049TEST DATASET 
    41314050 
    4132 Â This example dataset is produced, using 200 data points, qmin = 0.001 
    4133 Ãƒâ€Š-1,  qmax = 0.2 Ã -1   and the default values below. 
    4134  
    4135 ==============  ========  ============= 
    4136 Parameter name  Units     Default value 
    4137 ==============  ========  ============= 
    4138 | Scale None 1.0  
    4139  
    4140 | rg   Ãƒâ€Š    60.0 
    4141  
    4142 | m(=Porod exponent)      |      3    
    4143  
    4144 | background              | cm-1 0.0  
    4145 ==============  ========  ============= 
     4051This example dataset is produced, using 200 data points, qmin = 0.001 |Ang^-1|\ ,  qmax = 0.2 |Ang^-1|  and the 
     4052default values below. 
     4053 
     4054===================  ========  ============= 
     4055Parameter name       Units     Default value 
     4056===================  ========  ============= 
     4057scale                None      1.0 
     4058rg                   |Ang|     60.0 
     4059m (=Porod exponent)  None      3 
     4060background           |cm^-1|   0.0 
     4061===================  ========  ============= 
    41464062 
    41474063.. image:: img/image214.JPG 
     
    42104126Fitting parameters for Case0 Model 
    42114127 
    4212 ==============  ========  ============= 
    4213 Parameter name  Units     Default value 
    4214 ==============  ========  ============= 
    4215 | background              | cm-1 0.0  
    4216  
    4217 | scale      1    
    4218  
    4219 | bc(=Seg. Length bc)     |      5    
    4220  
    4221 | bd(=Seg. Length bd)     |      5    
    4222  
    4223 | Kcd(Chi Param. Kcd)     |      -0.0004 
    4224 ==============  ========  ============= 
     4128=======================  ========  ============= 
     4129Parameter name           Units     Default value 
     4130=======================  ========  ============= 
     4131background               |cm^-1|   0.0 
     4132scale                    None      1 
     4133bc (=segment Length_bc)  **unit**  5 
     4134bd (=segment length_bd)  **unit**  5 
     4135Kcd (=chi_cd)            **unit**  -0.0004 
     4136=======================  ========  ============= 
    42254137 
    42264138Fixed parameters for Case0 Model 
    42274139 
    4228 ==============  ========  ============= 
    4229 Parameter name  Units     Default value 
    4230 ==============  ========  ============= 
    4231 | Lc(= Scatter.           |      1e-12 
    4232 | Length\_c)              |           
    4233  
    4234 | Ld(= Scatter.           |      0    
    4235 | Length\_d)              |           
    4236  
    4237 | Nc(=Deg.Polym.c)        |      1000 
    4238  
    4239 | Nd(=Deg.Polym.d)        |      1000 
    4240  
    4241 | Phic(=Vol. fraction of  |      0.25 
    4242 | c)             
    4243  
    4244 | Phid(=Vol. fraction of  |      0.25 
    4245 | d)             
    4246  
    4247 | vc(=Spec. vol. of c)    |      100  
    4248  
    4249 | vd(=Spec. vol. of d)    |      100  
    4250 ==============  ========  ============= 
     4140=======================  ========  ============= 
     4141Parameter name           Units     Default value 
     4142=======================  ========  ============= 
     4143Lc (=scatter. length_c)  **unit**  1e-12 
     4144Ld (=scatter. length_d)  **unit**  0 
     4145Nc    (=degree polym_c)  None      1000 
     4146Nd    (=degree polym_d)  None      1000 
     4147Phic (=vol. fraction_c)  None      0.25 
     4148Phid (=vol. fraction_d)  None      0.25 
     4149vc (=specific volume_c)  **unit**  100 
     4150vd (=specific volume_d)  **unit**  100 
     4151=======================  ========  ============= 
    42514152 
    42524153.. image:: img/image215.JPG 
     
    42594160.. _TwoLorentzian: 
    42604161 
    4261 **2.2.23. TwoLorentzian(Model)** 
     4162**2.2.23. TwoLorentzian (Model)** 
    42624163 
    42634164Calculate an empirical functional form for SANS data characterized by a 
     
    42854186**Default input parameter values** 
    42864187 
    4287 ==============  ========  ============= 
    4288 Parameter name  Units     Default value 
    4289 ==============  ========  ============= 
    4290 | scale\_1(=A)            |      10   
    4291  
    4292 | scale\_2(=C)            |      1    
    4293  
    4294 | 1ength\_1 (=Correlation | Ã     100  
    4295 | length1)                |           
    4296  
    4297 | 1ength\_2(=Correlation  | Ã     10   
    4298 | length2)                |           
    4299  
    4300 | exponent\_1(=n)         |      3    
    4301  
    4302 | exponent\_2(=m)         |      2    
    4303  
    4304 | Background(=B)          | cm-1 0.1  
    4305 ==============  ========  ============= 
     4188===============================  ========  ============= 
     4189Parameter name                   Units     Default value 
     4190===============================  ========  ============= 
     4191scale_1 (=A)                     None      10 
     4192scale_2 (=C)                     None      1 
     41931ength_1 (=correlation length1)  |Ang|     100 
     41941ength_2 (=correlation length2)  |Ang|     10 
     4195exponent_1 (=n)                  None      3 
     4196exponent_2 (=m)                  None      2 
     4197background (=B)                  |cm^-1|   0.1 
     4198===============================  ========  ============= 
    43064199 
    43074200.. image:: img/image217.JPG 
     
    43174210.. _TwoPowerLaw: 
    43184211 
    4319 **2.2.24. TwoPowerLaw(Model)** 
     4212**2.2.24. TwoPowerLaw (Model)** 
    43204213 
    43214214Calculate an empirical functional form for SANS data characterized by 
     
    43424235Parameter name  Units     Default value 
    43434236==============  ========  ============= 
    4344 | coef\_A      1.0  
    4345  
    4346 | qc   Ãƒâ€Š-1  0.04 
    4347  
    4348 | power\_1(=m1)           |      4    
    4349  
    4350 | power\_2(=m2)           |      4    
    4351  
    4352 | background              | cm-1 0.0  
     4237coef_A          None      1.0 
     4238qc              |Ang^-1|  0.04 
     4239power_1 (=m1)   None      4 
     4240power_2 (=m2)   None      4 
     4241background      |cm^-1|   0.0 
    43534242==============  ========  ============= 
    43544243 
     
    43614250.. _UnifiedPowerRg: 
    43624251 
    4363 **2.2.25. UnifiedPower(Law and)Rg(Model)** 
     4252**2.2.25. UnifiedPowerRg (Beaucage Model)** 
    43644253 
    43654254The returned value is scaled to units of |cm^-1|, absolute scale.  
     
    43974286Parameter name  Units     Default value 
    43984287==============  ========  ============= 
    4399 | scale      1.0  
    4400  
    4401 | Rg2  Ã     21   
    4402  
    4403 | power2      2    
    4404  
    4405 | G2   cm-1sr-1                | 3    
    4406  
    4407 | B2   cm-1sr-1                | 0.0006 
    4408  
    4409 | Rg1  Ã     15.8 
    4410  
    4411 | power1      4    
    4412  
    4413 | G1   cm-1sr-1                | 400  
    4414  
    4415 | B1   cm-1sr-1                | 4.5e-006                | 
    4416  
    4417 | background              | cm-1 0.0  
     4288scale           None      1.0 
     4289Rg2             |Ang|     21 
     4290power2          None      2 
     4291G2              |cm^-1|   3 
     4292B2              |cm^-1|   0.0006 
     4293Rg1             |Ang|     15.8 
     4294power1          None      4 
     4295G1              |cm^-1|   400 
     4296B1              |cm^-1|   4.5e-6                | 
     4297background      |cm^-1|   0.0 
    44184298==============  ========  ============= 
    44194299 
     
    44404320where A and B are the coefficients of the first and second order terms. 
    44414321 
    4442 **Note:** For 2D plot, *I(q)*= I(qx)\*I(qy)  which is defined differently 
     4322**Note:** For 2D plot, *I(q)* = *I(qx)* / *I(qy)*  which is defined differently 
    44434323from other shape independent models. 
    44444324 
     
    44464326Parameter name  Units     Default value 
    44474327==============  ========  ============= 
    4448 | A    cm-1 1.0  
    4449  
    4450 | B    Ã     1.0  
     4328A               |cm^-1|   1.0 
     4329B               |Ang|     1.0 
    44514330==============  ========  ============= 
    44524331 
     
    44864365    Same as the ReflectivityModel except that the it is more 
    44874366customizable. More interfacial functions are supplied. The number of 
    4488 points (npts\_inter) for each interface can be choosen.     The constant 
     4367points (npts_inter) for each interface can be choosen.     The constant 
    44894368(A below but 'nu' as a parameter name of the model) for exp, erf, or 
    44904369power-law is an input. The SLD at the interface between layers, 
    4491 *rinter\_i*, is calculated with a function chosen by a user, where the 
     4370*rinter_i*, is calculated with a function chosen by a user, where the 
    44924371functions are: 
    44934372 
     
    45374416**Default input parameter values** 
    45384417 
    4539 ==============  ========  ============= 
    4540 Parameter name  Units     Default value 
    4541 ==============  ========  ============= 
    4542 | Background              | cm-1 0.01 
    4543  
    4544 | Guinier scale           | cm-1 1.7  
    4545  
    4546 | Lorentzian scale        | cm-1 3.5  
    4547  
    4548 | Radius of gyration      | Ã     104  
    4549  
    4550 | Fractal exponent        |      2    
    4551  
    4552 | Correlation length      | Ã     16   
    4553 ==============  ========  ============= 
     4418==================  ========  ============= 
     4419Parameter name      Units     Default value 
     4420==================  ========  ============= 
     4421Background          |cm^-1|   0.01 
     4422Guinier scale       |cm^-1|   1.7 
     4423Lorentzian scale    |cm^-1|   3.5 
     4424Radius of gyration  |Ang|     104 
     4425Fractal exponent    None      2 
     4426Correlation length  |Ang|     16 
     4427==================  ========  ============= 
    45544428 
    45554429.. image:: img/image235.GIF 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.