Changeset 50b33d0 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Mar 26, 2019 10:21:53 AM (6 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
ESS_GUI, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_opencl
Children:
c149fba
Parents:
5123512 (diff), f5e2a10a (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Piotr Rozyczko <piotr.rozyczko@…> (03/26/19 10:21:53)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (03/26/19 10:21:53)
Message:

Merge pull request #215 from SasView?/ESS_GUI_plotpoly2d

show a polydispersity plot for 2D data as well

Location:
src/sas
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingUtilities.py

    rb38c8c8 rf5e2a10a  
    590590        xunit = model.details[name][0] 
    591591        data1d.xaxis(r'\rm{{{}}}'.format(name.replace('_', '\_')), xunit) 
    592         data1d.yaxis(r'\rm{weight}', 'normalized') 
     592        data1d.yaxis(r'\rm{probability}', 'normalized') 
    593593        data1d.scale = 'linear' 
    594594        data1d.symbol = 'Line' 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingWidget.py

    rd4c9242 rf5e2a10a  
    27372737        self.Calc2DFinishedSignal.emit(return_data) 
    27382738 
     2739    def _appendPlotsPolyDisp(self, new_plots, return_data, fitted_data): 
     2740        """ 
     2741        Internal helper for 1D and 2D for creating plots of the polydispersity distribution for 
     2742        parameters which have a polydispersity enabled. 
     2743        """ 
     2744        for plot in FittingUtilities.plotPolydispersities(return_data.get('model', None)): 
     2745            data_id = fitted_data.id.split() 
     2746            plot.id = "{} [{}] {}".format(data_id[0], plot.name, " ".join(data_id[1:])) 
     2747            data_name = fitted_data.name.split() 
     2748            plot.name = " ".join([data_name[0], plot.name] + data_name[1:]) 
     2749            self.createNewIndex(plot) 
     2750            new_plots.append(plot) 
     2751 
    27392752    def complete1D(self, return_data): 
    27402753        """ 
    … …  
    27692782            self.communicate.deleteIntermediateTheoryPlotsSignal.emit(self.kernel_module.id) 
    27702783 
    2771         # Create plots for parameters with enabled polydispersity 
    2772         for plot in FittingUtilities.plotPolydispersities(return_data.get('model', None)): 
    2773             data_id = fitted_data.id.split() 
    2774             plot.id = "{} [{}] {}".format(data_id[0], plot.name, " ".join(data_id[1:])) 
    2775             data_name = fitted_data.name.split() 
    2776             plot.name = " ".join([data_name[0], plot.name] + data_name[1:]) 
    2777             self.createNewIndex(plot) 
    2778             new_plots.append(plot) 
     2784        self._appendPlotsPolyDisp(new_plots, return_data, fitted_data) 
    27792785 
    27802786        # Create plots for intermediate product data 
    … …  
    28132819        if residuals is not None: 
    28142820            new_plots.append(residuals) 
     2821 
     2822        self._appendPlotsPolyDisp(new_plots, return_data, fitted_data) 
    28152823 
    28162824        # Update/generate plots 

  • src/sas/qtgui/Calculators/SldPanel.py

    r33c0561 r9f3db13  
    11# global 
     2import numpy as np 
    23import logging 
    34from PyQt5 import QtCore 
    … …  
    3233) 
    3334 
    34 class SldResult(object): 
    35     def __init__(self, molecular_formula, mass_density, 
    36         neutron_wavelength, neutron_sld_real, neutron_sld_imag, 
    37         xray_wavelength, xray_sld_real, xray_sld_imag, 
    38         neutron_inc_xs, neutron_abs_xs, neutron_length): 
    39  
    40         self.molecular_formula = molecular_formula 
    41         self.mass_density = mass_density 
     35class NeutronSldResult(object): 
     36    def __init__(self, neutron_wavelength, neutron_sld_real, 
     37                 neutron_sld_imag, neutron_inc_xs, neutron_abs_xs, 
     38                 neutron_length): 
     39 
    4240        self.neutron_wavelength = neutron_wavelength 
    4341        self.neutron_sld_real = neutron_sld_real 
    4442        self.neutron_sld_imag = neutron_sld_imag 
     43        self.neutron_inc_xs = neutron_inc_xs 
     44        self.neutron_abs_xs = neutron_abs_xs 
     45        self.neutron_length = neutron_length 
     46 
     47class XraySldResult(object): 
     48    def __init__(self, xray_wavelength, xray_sld_real, xray_sld_imag): 
     49 
    4550        self.xray_wavelength = xray_wavelength 
    4651        self.xray_sld_real = xray_sld_real 
    4752        self.xray_sld_imag = xray_sld_imag 
    48         self.neutron_inc_xs = neutron_inc_xs 
    49         self.neutron_abs_xs = neutron_abs_xs 
    50         self.neutron_length = neutron_length 
    51  
    52 def sldAlgorithm(molecular_formula, mass_density, neutron_wavelength, xray_wavelength): 
    53  
    54     xray_sld_real, xray_sld_imag = xray_sld( 
    55             compound=molecular_formula, 
    56             density=mass_density, 
    57             wavelength=xray_wavelength) 
     53 
     54def neutronSldAlgorithm(molecular_formula, mass_density, neutron_wavelength): 
    5855 
    5956    (neutron_sld_real, neutron_sld_imag, _), (_, neutron_abs_xs, neutron_inc_xs), neutron_length = \ 
    … …  
    6966    scaled_neutron_sld_imag = SCALE * abs(neutron_sld_imag) 
    7067 
     68    return NeutronSldResult(neutron_wavelength, scaled_neutron_sld_real, 
     69                            scaled_neutron_sld_imag, neutron_inc_xs, 
     70                            neutron_abs_xs, neutron_length) 
     71 
     72def xraySldAlgorithm(molecular_formula, mass_density, xray_wavelength): 
     73 
     74    xray_sld_real, xray_sld_imag = xray_sld( 
     75            compound=molecular_formula, 
     76            density=mass_density, 
     77            wavelength=xray_wavelength) 
     78 
     79    SCALE = 1e-6 
     80 
    7181    # xray sld 
    7282    scaled_xray_sld_real = SCALE * xray_sld_real 
    … …  
    7484 
    7585 
    76     return SldResult( 
    77         molecular_formula, mass_density, 
    78         neutron_wavelength, scaled_neutron_sld_real, scaled_neutron_sld_imag, 
    79         xray_wavelength, scaled_xray_sld_real, scaled_xray_sld_imag, 
    80         neutron_inc_xs, neutron_abs_xs, neutron_length) 
     86    return XraySldResult(xray_wavelength, scaled_xray_sld_real, 
     87                         scaled_xray_sld_imag) 
    8188 
    8289 
    … …  
    114121        #self.ui.editMolecularFormula.setValidator(GuiUtils.FormulaValidator(self.ui.editMolecularFormula)) 
    115122 
     123        # No need for recalculate 
     124        self.ui.recalculateButton.setVisible(False) 
     125 
    116126        rx = QtCore.QRegExp("[+\-]?(?:0|[1-9]\d*)(?:\.\d*)?(?:[eE][+\-]?\d+)?") 
    117127        self.ui.editMassDensity.setValidator(QtGui.QRegExpValidator(rx, self.ui.editMassDensity)) 
    … …  
    137147            self.model.setItem(key, QtGui.QStandardItem()) 
    138148 
    139         self.model.dataChanged.connect(self.dataChanged) 
     149        #self.model.dataChanged.connect(self.dataChanged) 
    140150 
    141151        self.ui.editMassDensity.textChanged.connect(self.recalculateSLD) 
    … …  
    176186        xrayWavelength = self.ui.editXrayWavelength.text() 
    177187 
    178         if len(formula) > 0 and len(density) > 0 and len(neutronWavelength) > 0 and len(xrayWavelength) > 0: 
    179             try: 
    180                 results = sldAlgorithm(str(formula), float(density), float(neutronWavelength), float(xrayWavelength)) 
    181  
    182                 def format(value): 
    183                     return ("%-5.3g" % value).strip() 
    184  
    185                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_REAL).setText(format(results.neutron_sld_real)) 
    186                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_IMAG).setText(format(results.neutron_sld_imag)) 
    187  
    188                 self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_REAL).setText(format(results.xray_sld_real)) 
    189                 self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_IMAG).setText(format(results.xray_sld_imag)) 
    190  
    191                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_INC_XS).setText(format(results.neutron_inc_xs)) 
    192                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_ABS_XS).setText(format(results.neutron_abs_xs)) 
    193                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_LENGTH).setText(format(results.neutron_length)) 
    194  
    195                 return 
    196  
    197             except Exception as e: 
    198                 pass 
    199  
    200         for key in list(self._getOutputs().keys()): 
    201             self.model.item(key).setText("") 
     188        if not formula or not density: 
     189            return 
     190 
     191        def format(value): 
     192            return ("%-5.3g" % value).strip() 
     193 
     194        if neutronWavelength and float(neutronWavelength) > np.finfo(float).eps: 
     195            results = neutronSldAlgorithm(str(formula), float(density), float(neutronWavelength)) 
     196 
     197            self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_REAL).setText(format(results.neutron_sld_real)) 
     198            self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_IMAG).setText(format(results.neutron_sld_imag)) 
     199            self.model.item(MODEL.NEUTRON_INC_XS).setText(format(results.neutron_inc_xs)) 
     200            self.model.item(MODEL.NEUTRON_ABS_XS).setText(format(results.neutron_abs_xs)) 
     201            self.model.item(MODEL.NEUTRON_LENGTH).setText(format(results.neutron_length)) 
     202            self.model.item(MODEL.NEUTRON_LENGTH).setEnabled(True) 
     203            self.ui.editNeutronSldReal.setEnabled(True) 
     204            self.ui.editNeutronSldImag.setEnabled(True) 
     205            self.ui.editNeutronIncXs.setEnabled(True) 
     206            self.ui.editNeutronLength.setEnabled(True) 
     207            self.ui.editNeutronAbsXs.setEnabled(True) 
     208        else: 
     209            self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_REAL).setText("") 
     210            self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_IMAG).setText("") 
     211            self.model.item(MODEL.NEUTRON_INC_XS).setText("") 
     212            self.model.item(MODEL.NEUTRON_ABS_XS).setText("") 
     213            self.model.item(MODEL.NEUTRON_LENGTH).setText("") 
     214            self.ui.editNeutronSldReal.setEnabled(False) 
     215            self.ui.editNeutronSldImag.setEnabled(False) 
     216            self.ui.editNeutronIncXs.setEnabled(False) 
     217            self.ui.editNeutronLength.setEnabled(False) 
     218            self.ui.editNeutronAbsXs.setEnabled(False) 
     219 
     220        if xrayWavelength and float(xrayWavelength) > np.finfo(float).eps: 
     221            results = xraySldAlgorithm(str(formula), float(density), float(xrayWavelength)) 
     222 
     223            self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_REAL).setText(format(results.xray_sld_real)) 
     224            self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_IMAG).setText(format(results.xray_sld_imag)) 
     225            self.ui.editXraySldReal.setEnabled(True) 
     226            self.ui.editXraySldImag.setEnabled(True) 
     227        else: 
     228            self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_REAL).setText("") 
     229            self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_IMAG).setText("") 
     230            self.ui.editXraySldReal.setEnabled(False) 
     231            self.ui.editXraySldImag.setEnabled(False) 
    202232 
    203233    def modelReset(self): 

  • src/sas/qtgui/Calculators/UI/SldPanel.ui

    r5c0e717 r9f3db13  
    88    <y>0</y> 
    99    <width>490</width> 
    10     <height>490</height> 
     10    <height>446</height> 
    1111   </rect> 
    1212  </property> 
    … …  
    3838    </spacer> 
    3939   </item> 
     40   <item row="1" column="0"> 
     41    <widget class="QGroupBox" name="groupBoxOutput"> 
     42     <property name="title"> 
     43      <string>Output</string> 
     44     </property> 
     45     <layout class="QGridLayout" name="gridLayoutOutput"> 
     46      <item row="0" column="1"> 
     47       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronSldReal"> 
     48        <property name="enabled"> 
     49         <bool>true</bool> 
     50        </property> 
     51        <property name="readOnly"> 
     52         <bool>true</bool> 
     53        </property> 
     54       </widget> 
     55      </item> 
     56      <item row="0" column="0"> 
     57       <widget class="QLabel" name="label_17"> 
     58        <property name="text"> 
     59         <string>Neutron SLD</string> 
     60        </property> 
     61       </widget> 
     62      </item> 
     63      <item row="5" column="0"> 
     64       <widget class="QLabel" name="label_3"> 
     65        <property name="text"> 
     66         <string>Neutron 1/e length</string> 
     67        </property> 
     68       </widget> 
     69      </item> 
     70      <item row="3" column="1"> 
     71       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronIncXs"> 
     72        <property name="enabled"> 
     73         <bool>true</bool> 
     74        </property> 
     75        <property name="readOnly"> 
     76         <bool>true</bool> 
     77        </property> 
     78       </widget> 
     79      </item> 
     80      <item row="3" column="0"> 
     81       <widget class="QLabel" name="label_21"> 
     82        <property name="text"> 
     83         <string>Neutron Inc. Xs</string> 
     84        </property> 
     85       </widget> 
     86      </item> 
     87      <item row="0" column="2"> 
     88       <widget class="QLabel" name="label_18"> 
     89        <property name="text"> 
     90         <string>-i</string> 
     91        </property> 
     92       </widget> 
     93      </item> 
     94      <item row="1" column="2"> 
     95       <widget class="QLabel" name="label_20"> 
     96        <property name="text"> 
     97         <string>-i</string> 
     98        </property> 
     99       </widget> 
     100      </item> 
     101      <item row="0" column="3"> 
     102       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronSldImag"> 
     103        <property name="enabled"> 
     104         <bool>true</bool> 
     105        </property> 
     106        <property name="readOnly"> 
     107         <bool>true</bool> 
     108        </property> 
     109       </widget> 
     110      </item> 
     111      <item row="5" column="2" colspan="2"> 
     112       <widget class="QLabel" name="label_4"> 
     113        <property name="text"> 
     114         <string>cm</string> 
     115        </property> 
     116       </widget> 
     117      </item> 
     118      <item row="5" column="1"> 
     119       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronLength"> 
     120        <property name="enabled"> 
     121         <bool>true</bool> 
     122        </property> 
     123        <property name="readOnly"> 
     124         <bool>true</bool> 
     125        </property> 
     126       </widget> 
     127      </item> 
     128      <item row="4" column="2" colspan="2"> 
     129       <widget class="QLabel" name="label_24"> 
     130        <property name="text"> 
     131         <string>1/cm</string> 
     132        </property> 
     133       </widget> 
     134      </item> 
     135      <item row="4" column="1"> 
     136       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronAbsXs"> 
     137        <property name="enabled"> 
     138         <bool>true</bool> 
     139        </property> 
     140        <property name="readOnly"> 
     141         <bool>true</bool> 
     142        </property> 
     143       </widget> 
     144      </item> 
     145      <item row="4" column="0"> 
     146       <widget class="QLabel" name="label_23"> 
     147        <property name="text"> 
     148         <string>Neutron Abs. Xs</string> 
     149        </property> 
     150       </widget> 
     151      </item> 
     152      <item row="3" column="2" colspan="2"> 
     153       <widget class="QLabel" name="label_22"> 
     154        <property name="text"> 
     155         <string>1/cm</string> 
     156        </property> 
     157       </widget> 
     158      </item> 
     159      <item row="1" column="4"> 
     160       <widget class="QLabel" name="label_6"> 
     161        <property name="text"> 
     162         <string>1/à
     163²</string> 
     164        </property> 
     165       </widget> 
     166      </item> 
     167      <item row="1" column="0"> 
     168       <widget class="QLabel" name="label_19"> 
     169        <property name="text"> 
     170         <string>X-Ray SLD</string> 
     171        </property> 
     172       </widget> 
     173      </item> 
     174      <item row="0" column="4"> 
     175       <widget class="QLabel" name="label_5"> 
     176        <property name="text"> 
     177         <string>1/à
     178²</string> 
     179        </property> 
     180       </widget> 
     181      </item> 
     182      <item row="2" column="0" colspan="5"> 
     183       <widget class="QFrame" name="frame"> 
     184        <property name="minimumSize"> 
     185         <size> 
     186          <width>0</width> 
     187          <height>5</height> 
     188         </size> 
     189        </property> 
     190        <property name="frameShape"> 
     191         <enum>QFrame::HLine</enum> 
     192        </property> 
     193        <property name="frameShadow"> 
     194         <enum>QFrame::Raised</enum> 
     195        </property> 
     196        <property name="lineWidth"> 
     197         <number>1</number> 
     198        </property> 
     199        <property name="midLineWidth"> 
     200         <number>0</number> 
     201        </property> 
     202       </widget> 
     203      </item> 
     204      <item row="1" column="1"> 
     205       <widget class="QLineEdit" name="editXraySldReal"> 
     206        <property name="enabled"> 
     207         <bool>true</bool> 
     208        </property> 
     209        <property name="readOnly"> 
     210         <bool>true</bool> 
     211        </property> 
     212       </widget> 
     213      </item> 
     214      <item row="1" column="3"> 
     215       <widget class="QLineEdit" name="editXraySldImag"> 
     216        <property name="enabled"> 
     217         <bool>true</bool> 
     218        </property> 
     219        <property name="readOnly"> 
     220         <bool>true</bool> 
     221        </property> 
     222       </widget> 
     223      </item> 
     224     </layout> 
     225    </widget> 
     226   </item> 
     227   <item row="0" column="0"> 
     228    <widget class="QGroupBox" name="groupBoxInput"> 
     229     <property name="title"> 
     230      <string>Input</string> 
     231     </property> 
     232     <layout class="QGridLayout" name="gridLayoutInput"> 
     233      <item row="1" column="0"> 
     234       <widget class="QLabel" name="label_8"> 
     235        <property name="text"> 
     236         <string>Mass Density</string> 
     237        </property> 
     238       </widget> 
     239      </item> 
     240      <item row="1" column="2"> 
     241       <widget class="QLabel" name="label_16"> 
     242        <property name="text"> 
     243         <string>g/cm³</string> 
     244        </property> 
     245       </widget> 
     246      </item> 
     247      <item row="0" column="2"> 
     248       <widget class="QLabel" name="label_10"> 
     249        <property name="text"> 
     250         <string>e.g. H2O</string> 
     251        </property> 
     252       </widget> 
     253      </item> 
     254      <item row="0" column="1"> 
     255       <widget class="QLineEdit" name="editMolecularFormula"/> 
     256      </item> 
     257      <item row="1" column="1"> 
     258       <widget class="QLineEdit" name="editMassDensity"/> 
     259      </item> 
     260      <item row="2" column="2"> 
     261       <widget class="QLabel" name="label_12"> 
     262        <property name="text"> 
     263         <string>à
     264</string> 
     265        </property> 
     266       </widget> 
     267      </item> 
     268      <item row="0" column="0"> 
     269       <widget class="QLabel" name="label_9"> 
     270        <property name="text"> 
     271         <string>Molecular Formula</string> 
     272        </property> 
     273       </widget> 
     274      </item> 
     275      <item row="2" column="0"> 
     276       <widget class="QLabel" name="label_11"> 
     277        <property name="text"> 
     278         <string>Neutron Wavelength</string> 
     279        </property> 
     280       </widget> 
     281      </item> 
     282      <item row="2" column="1"> 
     283       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronWavelength"> 
     284        <property name="styleSheet"> 
     285         <string notr="true"/> 
     286        </property> 
     287        <property name="readOnly"> 
     288         <bool>false</bool> 
     289        </property> 
     290       </widget> 
     291      </item> 
     292      <item row="3" column="1"> 
     293       <widget class="QLineEdit" name="editXrayWavelength"/> 
     294      </item> 
     295      <item row="3" column="0"> 
     296       <widget class="QLabel" name="label_13"> 
     297        <property name="text"> 
     298         <string>X-Ray Wavelength</string> 
     299        </property> 
     300       </widget> 
     301      </item> 
     302      <item row="3" column="2"> 
     303       <widget class="QLabel" name="label"> 
     304        <property name="text"> 
     305         <string>à
     306</string> 
     307        </property> 
     308       </widget> 
     309      </item> 
     310     </layout> 
     311    </widget> 
     312   </item> 
    40313   <item row="4" column="0"> 
    41314    <widget class="QWidget" name="widget" native="true"> 
    … …  
    46319      </size> 
    47320     </property> 
    48      <widget class="QPushButton" name="recalculateButton"> 
    49       <property name="geometry"> 
    50        <rect> 
    51         <x>0</x> 
    52         <y>0</y> 
    53         <width>114</width> 
    54         <height>32</height> 
    55        </rect> 
    56       </property> 
    57       <property name="text"> 
    58        <string>Recalculate</string> 
    59       </property> 
    60      </widget> 
    61      <widget class="QPushButton" name="helpButton"> 
    62       <property name="geometry"> 
    63        <rect> 
    64         <x>176</x> 
    65         <y>0</y> 
    66         <width>114</width> 
    67         <height>32</height> 
    68        </rect> 
    69       </property> 
    70       <property name="text"> 
    71        <string>Help</string> 
    72       </property> 
    73      </widget> 
    74      <widget class="QPushButton" name="closeButton"> 
    75       <property name="geometry"> 
    76        <rect> 
    77         <x>352</x> 
    78         <y>0</y> 
    79         <width>114</width> 
    80         <height>32</height> 
    81        </rect> 
    82       </property> 
    83       <property name="text"> 
    84        <string>Close</string> 
    85       </property> 
    86      </widget> 
    87     </widget> 
    88    </item> 
    89    <item row="0" column="0"> 
    90     <widget class="QGroupBox" name="groupBoxInput"> 
    91      <property name="title"> 
    92       <string>Input</string> 
    93      </property> 
    94      <layout class="QGridLayout" name="gridLayoutInput"> 
    95       <item row="1" column="0"> 
    96        <widget class="QLabel" name="label_8"> 
    97         <property name="text"> 
    98          <string>Mass Density</string> 
    99         </property> 
    100        </widget> 
    101       </item> 
    102       <item row="1" column="2"> 
    103        <widget class="QLabel" name="label_16"> 
    104         <property name="text"> 
    105          <string>g/cm³</string> 
    106         </property> 
    107        </widget> 
     321     <layout class="QGridLayout" name="gridLayout"> 
     322      <item row="0" column="0"> 
     323       <widget class="QPushButton" name="recalculateButton"> 
     324        <property name="enabled"> 
     325         <bool>true</bool> 
     326        </property> 
     327        <property name="text"> 
     328         <string>Recalculate</string> 
     329        </property> 
     330       </widget> 
     331      </item> 
     332      <item row="0" column="1"> 
     333       <spacer name="horizontalSpacer"> 
     334        <property name="orientation"> 
     335         <enum>Qt::Horizontal</enum> 
     336        </property> 
     337        <property name="sizeHint" stdset="0"> 
     338         <size> 
     339          <width>208</width> 
     340          <height>20</height> 
     341         </size> 
     342        </property> 
     343       </spacer> 
    108344      </item> 
    109345      <item row="0" column="2"> 
    110        <widget class="QLabel" name="label_10"> 
    111         <property name="text"> 
    112          <string>e.g. H2O</string> 
    113         </property> 
    114        </widget> 
    115       </item> 
    116       <item row="0" column="1"> 
    117        <widget class="QLineEdit" name="editMolecularFormula"/> 
    118       </item> 
    119       <item row="1" column="1"> 
    120        <widget class="QLineEdit" name="editMassDensity"/> 
    121       </item> 
    122       <item row="2" column="2"> 
    123        <widget class="QLabel" name="label_12"> 
    124         <property name="text"> 
    125          <string>à
    126 </string> 
    127         </property> 
    128        </widget> 
    129       </item> 
    130       <item row="0" column="0"> 
    131        <widget class="QLabel" name="label_9"> 
    132         <property name="text"> 
    133          <string>Molecular Formula</string> 
    134         </property> 
    135        </widget> 
    136       </item> 
    137       <item row="2" column="0"> 
    138        <widget class="QLabel" name="label_11"> 
    139         <property name="text"> 
    140          <string>Neutron Wavelength</string> 
    141         </property> 
    142        </widget> 
    143       </item> 
    144       <item row="2" column="1"> 
    145        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronWavelength"> 
    146         <property name="styleSheet"> 
    147          <string notr="true"/> 
    148         </property> 
    149         <property name="readOnly"> 
    150          <bool>false</bool> 
    151         </property> 
    152        </widget> 
    153       </item> 
    154       <item row="3" column="1"> 
    155        <widget class="QLineEdit" name="editXrayWavelength"/> 
    156       </item> 
    157       <item row="3" column="0"> 
    158        <widget class="QLabel" name="label_13"> 
    159         <property name="text"> 
    160          <string>X-Ray Wavelength</string> 
    161         </property> 
    162        </widget> 
    163       </item> 
    164       <item row="3" column="2"> 
    165        <widget class="QLabel" name="label"> 
    166         <property name="text"> 
    167          <string>à
    168 </string> 
    169         </property> 
    170        </widget> 
    171       </item> 
    172      </layout> 
    173     </widget> 
    174    </item> 
    175    <item row="1" column="0"> 
    176     <widget class="QGroupBox" name="groupBoxOutput"> 
    177      <property name="title"> 
    178       <string>Output</string> 
    179      </property> 
    180      <layout class="QGridLayout" name="gridLayoutOutput"> 
    181       <item row="0" column="1"> 
    182        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronSldReal"> 
    183         <property name="enabled"> 
    184          <bool>false</bool> 
    185         </property> 
    186         <property name="readOnly"> 
    187          <bool>true</bool> 
    188         </property> 
    189        </widget> 
    190       </item> 
    191       <item row="0" column="0"> 
    192        <widget class="QLabel" name="label_17"> 
    193         <property name="text"> 
    194          <string>Neutron SLD</string> 
    195         </property> 
    196        </widget> 
    197       </item> 
    198       <item row="5" column="0"> 
    199        <widget class="QLabel" name="label_3"> 
    200         <property name="text"> 
    201          <string>Neutron 1/e length</string> 
    202         </property> 
    203        </widget> 
    204       </item> 
    205       <item row="3" column="1"> 
    206        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronIncXs"> 
    207         <property name="enabled"> 
    208          <bool>false</bool> 
    209         </property> 
    210         <property name="readOnly"> 
    211          <bool>true</bool> 
    212         </property> 
    213        </widget> 
    214       </item> 
    215       <item row="3" column="0"> 
    216        <widget class="QLabel" name="label_21"> 
    217         <property name="text"> 
    218          <string>Neutron Inc. Xs</string> 
    219         </property> 
    220        </widget> 
    221       </item> 
    222       <item row="0" column="2"> 
    223        <widget class="QLabel" name="label_18"> 
    224         <property name="text"> 
    225          <string>-i</string> 
    226         </property> 
    227        </widget> 
    228       </item> 
    229       <item row="1" column="2"> 
    230        <widget class="QLabel" name="label_20"> 
    231         <property name="text"> 
    232          <string>-i</string> 
     346       <widget class="QPushButton" name="closeButton"> 
     347        <property name="text"> 
     348         <string>Close</string> 
    233349        </property> 
    234350       </widget> 
    235351      </item> 
    236352      <item row="0" column="3"> 
    237        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronSldImag"> 
    238         <property name="enabled"> 
    239          <bool>false</bool> 
    240         </property> 
    241         <property name="readOnly"> 
    242          <bool>true</bool> 
    243         </property> 
    244        </widget> 
    245       </item> 
    246       <item row="5" column="2" colspan="2"> 
    247        <widget class="QLabel" name="label_4"> 
    248         <property name="text"> 
    249          <string>cm</string> 
    250         </property> 
    251        </widget> 
    252       </item> 
    253       <item row="5" column="1"> 
    254        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronLength"> 
    255         <property name="enabled"> 
    256          <bool>false</bool> 
    257         </property> 
    258         <property name="readOnly"> 
    259          <bool>true</bool> 
    260         </property> 
    261        </widget> 
    262       </item> 
    263       <item row="4" column="2" colspan="2"> 
    264        <widget class="QLabel" name="label_24"> 
    265         <property name="text"> 
    266          <string>1/cm</string> 
    267         </property> 
    268        </widget> 
    269       </item> 
    270       <item row="4" column="1"> 
    271        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronAbsXs"> 
    272         <property name="enabled"> 
    273          <bool>false</bool> 
    274         </property> 
    275         <property name="readOnly"> 
    276          <bool>true</bool> 
    277         </property> 
    278        </widget> 
    279       </item> 
    280       <item row="4" column="0"> 
    281        <widget class="QLabel" name="label_23"> 
    282         <property name="text"> 
    283          <string>Neutron Abs. Xs</string> 
    284         </property> 
    285        </widget> 
    286       </item> 
    287       <item row="3" column="2" colspan="2"> 
    288        <widget class="QLabel" name="label_22"> 
    289         <property name="text"> 
    290          <string>1/cm</string> 
    291         </property> 
    292        </widget> 
    293       </item> 
    294       <item row="1" column="4"> 
    295        <widget class="QLabel" name="label_6"> 
    296         <property name="text"> 
    297          <string>1/à
    298 Â²</string> 
    299         </property> 
    300        </widget> 
    301       </item> 
    302       <item row="1" column="0"> 
    303        <widget class="QLabel" name="label_19"> 
    304         <property name="text"> 
    305          <string>X-Ray SLD</string> 
    306         </property> 
    307        </widget> 
    308       </item> 
    309       <item row="0" column="4"> 
    310        <widget class="QLabel" name="label_5"> 
    311         <property name="text"> 
    312          <string>1/à
    313 Â²</string> 
    314         </property> 
    315        </widget> 
    316       </item> 
    317       <item row="2" column="0" colspan="5"> 
    318        <widget class="QFrame" name="frame"> 
    319         <property name="minimumSize"> 
    320          <size> 
    321           <width>0</width> 
    322           <height>5</height> 
    323          </size> 
    324         </property> 
    325         <property name="frameShape"> 
    326          <enum>QFrame::HLine</enum> 
    327         </property> 
    328         <property name="frameShadow"> 
    329          <enum>QFrame::Raised</enum> 
    330         </property> 
    331         <property name="lineWidth"> 
    332          <number>1</number> 
    333         </property> 
    334         <property name="midLineWidth"> 
    335          <number>0</number> 
    336         </property> 
    337        </widget> 
    338       </item> 
    339       <item row="1" column="1"> 
    340        <widget class="QLineEdit" name="editXraySldReal"> 
    341         <property name="enabled"> 
    342          <bool>false</bool> 
    343         </property> 
    344         <property name="readOnly"> 
    345          <bool>true</bool> 
    346         </property> 
    347        </widget> 
    348       </item> 
    349       <item row="1" column="3"> 
    350        <widget class="QLineEdit" name="editXraySldImag"> 
    351         <property name="enabled"> 
    352          <bool>false</bool> 
    353         </property> 
    354         <property name="readOnly"> 
    355          <bool>true</bool> 
     353       <widget class="QPushButton" name="helpButton"> 
     354        <property name="text"> 
     355         <string>Help</string> 
    356356        </property> 
    357357       </widget> 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Corfunc/CorfuncPerspective.py

    rdee9e5f r3beadede  
    77from matplotlib.backends.backend_qt5agg import FigureCanvasQTAgg \ 
    88    as FigureCanvas 
     9from matplotlib.backends.backend_qt5agg import NavigationToolbar2QT 
    910from matplotlib.figure import Figure 
    1011from numpy.linalg.linalg import LinAlgError 
    … …  
    3536        self.data = None 
    3637        self.extrap = None 
     38        self.setMinimumSize(300, 300) 
    3739 
    3840    def draw_q_space(self): 
    … …  
    4951        self.axes.set_xscale("log") 
    5052        self.axes.set_yscale("log") 
     53        self.axes.set_xlabel("Q [$\AA^{-1}$]") 
     54        self.axes.set_ylabel("I(Q) [cm$^{-1}$]") 
     55        self.axes.set_title("Scattering data") 
     56        self.fig.tight_layout() 
    5157 
    5258        qmin = float(self.model.item(W.W_QMIN).text()) 
    … …  
    5561 
    5662        if self.data: 
    57             self.axes.plot(self.data.x, self.data.y) 
     63            # self.axes.plot(self.data.x, self.data.y, label="Experimental Data") 
     64            self.axes.errorbar(self.data.x, self.data.y, yerr=self.data.dy, label="Experimental Data") 
    5865            self.axes.axvline(qmin) 
    5966            self.axes.axvline(qmax1) 
    … …  
    6168            self.axes.set_xlim(min(self.data.x) / 2, 
    6269                               max(self.data.x) * 1.5 - 0.5 * min(self.data.x)) 
     70            self.axes.set_ylim(min(self.data.y) / 2, 
     71                               max(self.data.y) * 1.5 - 0.5 * min(self.data.y)) 
     72 
    6373        if self.extrap: 
    64             self.axes.plot(self.extrap.x, self.extrap.y) 
     74            self.axes.plot(self.extrap.x, self.extrap.y, label="Extrapolation") 
     75 
     76        if self.data or self.extrap: 
     77            self.axes.legend() 
    6578 
    6679        self.draw() 
    … …  
    7891        self.axes.set_xscale("linear") 
    7992        self.axes.set_yscale("linear") 
     93        self.axes.set_xlabel("Z [$\AA$]") 
     94        self.axes.set_ylabel("Correlation") 
     95        self.axes.set_title("Real Space Correlations") 
     96        self.fig.tight_layout() 
    8097 
    8198        if self.data: 
    … …  
    85102            self.axes.plot(data_idf.x, data_idf.y, 
    86103                           label="Interface Distribution Function") 
    87             self.axes.set_xlim(min(data1.x), max(data1.x) / 4) 
     104            self.axes.set_xlim(0, max(data1.x) / 4) 
    88105            self.axes.legend() 
    89106 
    … …  
    115132 
    116133        self._canvas = MyMplCanvas(self.model) 
    117         self.mainVerticalLayout.insertWidget(0, self._canvas) 
     134        self.plotLayout.insertWidget(0, self._canvas) 
     135        self.plotLayout.insertWidget(1, NavigationToolbar2QT(self._canvas, self)) 
     136        self._realplot = MyMplCanvas(self.model) 
     137        self.plotLayout.insertWidget(2, self._realplot) 
     138        self.plotLayout.insertWidget(3, NavigationToolbar2QT(self._realplot, self)) 
     139 
     140        self.gridLayout_8.setColumnStretch(0, 1) 
     141        self.gridLayout_8.setColumnStretch(1, 3) 
    118142 
    119143        # Connect buttons to slots. 
    … …  
    238262        self.model.setItem(W.W_POLY, QtGui.QStandardItem("{:.3g}".format(params['A']))) 
    239263        self.model.setItem(W.W_PERIOD, QtGui.QStandardItem("{:.3g}".format(params['max']))) 
    240         #self._realplot.data = transforms 
     264        self._realplot.data = transforms 
    241265 
    242266        self.update_real_space_plot(transforms) 
    243267 
    244         #self._realplot.draw_real_space() 
     268        self._realplot.draw_real_space() 
    245269 
    246270    def update_real_space_plot(self, datas): 
    … …  
    358382        self.cmdTransform.setEnabled(False) 
    359383 
    360         #self._realplot.data = None 
    361         #self._realplot.draw_real_space() 
     384        self._realplot.data = None 
     385        self._realplot.draw_real_space() 
    362386 
    363387    def setClosable(self, value=True): 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Corfunc/UI/CorfuncPanel.ui

    rcb4d219 r85503bc  
    1818    <layout class="QVBoxLayout" name="mainVerticalLayout"> 
    1919     <item> 
    20       <spacer name="verticalSpacer"> 
    21        <property name="orientation"> 
    22         <enum>Qt::Vertical</enum> 
    23        </property> 
    24        <property name="sizeHint" stdset="0"> 
    25         <size> 
    26          <width>20</width> 
    27          <height>38</height> 
    28         </size> 
    29        </property> 
    30       </spacer> 
    31      </item> 
    32      <item> 
    3320      <widget class="QGroupBox" name="groupBox"> 
    3421       <property name="title"> 
    … …  
    322309          </item> 
    323310          <item row="0" column="1"> 
    324            <widget class="QLineEdit" name="txtLongPeriod"/> 
     311           <widget class="QLineEdit" name="txtLongPeriod" width="50"> 
     312             <property name="minimumSize" stdset="0"> 
     313               <size> 
     314                 <width>60</width> 
     315                 <height>20</height> 
     316               </size> 
     317             </property> 
     318           </widget> 
    325319          </item> 
    326320          <item row="0" column="2"> 
    … …  
    332326          </item> 
    333327          <item row="0" column="3"> 
    334            <widget class="QLineEdit" name="txtAvgIntThick"/> 
     328           <widget class="QLineEdit" name="txtAvgIntThick"> 
     329             <property name="minimumSize" stdset="0"> 
     330               <size> 
     331                 <width>60</width> 
     332                 <height>20</height> 
     333               </size> 
     334             </property> 
     335           </widget> 
    335336          </item> 
    336337          <item row="1" column="0"> 
    … …  
    417418      </layout> 
    418419     </item> 
     420     <item> 
     421        <spacer name="verticalSpacer"> 
     422        <property name="orientation"> 
     423            <enum>Qt::Vertical</enum> 
     424        </property> 
     425        <property name="sizeHint" stdset="0"> 
     426            <size> 
     427            <width>20</width> 
     428            <height>38</height> 
     429            </size> 
     430        </property> 
     431        </spacer> 
     432     </item> 
     433    </layout> 
     434   </item> 
     435   <item row="0" column="1"> 
     436    <layout class="QVBoxLayout" name="plotLayout"> 
    419437    </layout> 
    420438   </item> 

  • src/sas/qtgui/Plotting/Plotter.py

    rd9e7792 r4c11b2a  
    420420        This effectlvely refreshes the chart with changes to one of its plots 
    421421        """ 
     422 
     423        # Pull the current transform settings from the old plot 
     424        selected_plot = self.plot_dict[id] 
     425        new_plot.xtransform = selected_plot.xtransform 
     426        new_plot.ytransform = selected_plot.ytransform 
     427 
    422428        self.removePlot(id) 
    423429        self.plot(data=new_plot) 

  • src/sas/sascalc/corfunc/transform_thread.py

    ra859f99 rf7e6b30  
    4545            # gamma3(R) = 1/R int_{0}^{R} gamma1(x) dx 
    4646            # trapz uses the trapezium rule to calculate the integral 
    47             mask = xs <= 200.0 # Only calculate gamma3 up to x=200 (as this is all that's plotted) 
    4847            # gamma3 = [trapz(gamma1[:n], xs[:n])/xs[n-1] for n in range(2, len(xs[mask]) + 1)]j 
    4948            # gamma3.insert(0, 1.0) # Gamma_3(0) is defined as 1 
    50             n = len(xs[mask]) 
     49            n = len(xs) 
    5150            gamma3 = cumtrapz(gamma1[:n], xs[:n])/xs[1:n] 
    5251            gamma3 = np.hstack((1.0, gamma3)) # Gamma_3(0) is defined as 1 
    … …  
    7978 
    8079        transform1 = Data1D(xs, gamma1) 
    81         transform3 = Data1D(xs[xs <= 200], gamma3) 
     80        transform3 = Data1D(xs, gamma3) 
    8281        idf = Data1D(xs, idf) 
    8382 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.