Changeset 442f42f in sasview for DataLoader


Ignore:
Timestamp:
Aug 29, 2008 5:20:02 PM (16 years ago)
Author:
Mathieu Doucet <doucetm@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
b88c6e0
Parents:
579ba85
Message:

Working on 2D manipulations

Location:
DataLoader
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • DataLoader/data_info.py

    r579ba85 r442f42f  
    8181     
    8282    def __init__(self, data=None, err_data=None): 
    83         self.data = data 
    84         self.err_data = err_data 
     83        self.data = numpy.asarray(data) 
     84        self.err_data = numpy.asarray(err_data) 
    8585         
    8686    def xaxis(self, label, unit): 
     
    687687        return _str 
    688688   
     689    def clone_without_data(self, length=0): 
     690        """ 
     691            Clone the current object, without copying the data (which 
     692            will be filled out by a subsequent operation). 
     693            The data arrays will be initialized to zero. 
     694             
     695            @param length: length of the data array to be initialized 
     696        """ 
     697        from copy import deepcopy 
     698         
     699        data     = numpy.zeros(length)  
     700        err_data = numpy.zeros(length)  
     701         
     702        clone = Data2D(data, err_data) 
     703        clone.title       = self.title 
     704        clone.run         = self.run 
     705        clone.filename    = self.filename 
     706        clone.notes       = deepcopy(self.notes)  
     707        clone.process     = deepcopy(self.process)  
     708        clone.detector    = deepcopy(self.detector)  
     709        clone.sample      = deepcopy(self.sample)  
     710        clone.source      = deepcopy(self.source)  
     711        clone.collimation = deepcopy(self.collimation)  
     712        clone.meta_data   = deepcopy(self.meta_data)  
     713        clone.errors      = deepcopy(self.errors)  
     714         
     715        return clone 
     716   
     717   
     718    def _validity_check(self, other): 
     719        """ 
     720            Checks that the data lengths are compatible. 
     721            Checks that the x vectors are compatible. 
     722            Returns errors vectors equal to original 
     723            errors vectors if they were present or vectors 
     724            of zeros when none was found. 
     725             
     726            @param other: other data set for operation 
     727            @return: dy for self, dy for other [numpy arrays] 
     728            @raise ValueError: when lengths are not compatible 
     729        """ 
     730        err_other = None 
     731        if isinstance(other, Data2D): 
     732            # Check that data lengths are the same 
     733            if numpy.size(self.data) != numpy.size(other.data): 
     734                raise ValueError, "Unable to perform operation: data length are not equal" 
     735                
     736            # Check that the scales match 
     737            #TODO: matching scales?      
     738             
     739            # Check that the other data set has errors, otherwise 
     740            # create zero vector 
     741            #TODO: test this 
     742            err_other = other.err_data 
     743            if other.err_data==None or (numpy.size(other.err_data) != numpy.size(other.data)): 
     744                err_other = numpy.zeros([numpy.size(other.data,0), numpy.size(other.data,1)]) 
     745             
     746        # Check that we have errors, otherwise create zero vector 
     747        err = self.err_data 
     748        if self.err_data==None or (numpy.size(self.err_data) != numpy.size(self.data)): 
     749            err = numpy.zeros([numpy.size(self.data,0), numpy.size(self.data,1)]) 
     750             
     751        return err, err_other 
     752   
     753   
     754    def _perform_operation(self, other, operation): 
     755        """ 
     756            Perform 2D operations between data sets 
     757             
     758            @param other: other data set 
     759            @param operation: function defining the operation 
     760        """ 
     761        # First, check the data compatibility 
     762        dy, dy_other = self._validity_check(other) 
     763     
     764        result = self.clone_without_data([numpy.size(self.data,0), numpy.size(self.data,1)]) 
     765         
     766        for i in range(numpy.size(self.data,0)): 
     767            for j in range(numpy.size(self.data,1)): 
     768                result.data[i][j] = self.data[i][j] 
     769                if self.err_data is not None and numpy.size(self.data)==numpy.size(self.err_data): 
     770                    result.err_data[i][j] = self.err_data[i][j] 
     771                 
     772                a = Uncertainty(self.data[i][j], dy[i][j]**2) 
     773                if isinstance(other, Data2D): 
     774                    b = Uncertainty(other.data[i][j], dy_other[i][j]**2) 
     775                else: 
     776                    b = other 
     777                 
     778                output = operation(a, b) 
     779                result.data[i][j] = output.x 
     780                result.err_data[i][j] = math.sqrt(math.fabs(output.variance)) 
     781        return result 
     782     
  • DataLoader/test/utest_manipulations.py

    r9198b83 r442f42f  
    22    Unit tests for data manipulations 
    33""" 
     4#TODO: what happens if you add a Data1D to a Data2D? 
    45 
    56import unittest 
    67import numpy, math 
    78from DataLoader.loader import  Loader 
    8 from DataLoader.data_info import Data1D 
     9from DataLoader.data_info import Data1D, Data2D 
    910  
    1011import os.path 
     
    128129            self.assertEqual(result.dy[i], 6.0*0.5/4.0) 
    129130             
     131class manip_2D(unittest.TestCase): 
     132     
     133    def setUp(self): 
     134        # Create two data sets to play with 
     135        x_0 = 2.0*numpy.ones([5,4]) 
     136        dx_0 = 0.5*numpy.ones([5,4]) 
     137        self.data = Data2D(x_0, dx_0) 
     138         
     139        y = numpy.ones([5,4]) 
     140        dy = numpy.ones([5,4]) 
     141        self.data2 = Data2D(y, dy) 
     142         
     143         
     144    def test_load(self): 
     145        """ 
     146            Test whether the test file was loaded properly 
     147        """ 
     148        # There should be 5 entries in the file 
     149        self.assertEqual(numpy.size(self.data.data, 0), 5) 
     150        self.assertEqual(numpy.size(self.data.data, 1), 4) 
     151         
     152        for i in range(5): 
     153            for j in range(4): 
     154                # All y-error values should be 0.5 
     155                self.assertEqual(self.data.err_data[i][j], 0.5)     
     156                 
     157                # All y values should be 2.0 
     158                self.assertEqual(self.data.data[i][j], 2.0)     
     159         
     160    def test_add(self): 
     161        result = self.data2+self.data 
     162        for i in range(5): 
     163            for j in range(4): 
     164                self.assertEqual(result.data[i][j], 3.0) 
     165                self.assertEqual(result.err_data[i][j], math.sqrt(0.5**2+1.0)) 
     166         
     167    def test_sub(self): 
     168        result = self.data2-self.data 
     169        for i in range(5): 
     170            for j in range(4): 
     171                self.assertEqual(result.data[i][j], -1.0) 
     172                self.assertEqual(result.err_data[i][j], math.sqrt(0.5**2+1.0)) 
     173         
     174    def test_mul(self): 
     175        result = self.data2*self.data 
     176        for i in range(5): 
     177            for j in range(4): 
     178                self.assertEqual(result.data[i][j], 2.0) 
     179                self.assertEqual(result.err_data[i][j], math.sqrt((0.5*1.0)**2+(1.0*2.0)**2)) 
     180         
     181    def test_div(self): 
     182        result = self.data2/self.data 
     183        for i in range(5): 
     184            for j in range(4): 
     185                self.assertEqual(result.data[i][j], 0.5) 
     186                self.assertEqual(result.err_data[i][j], math.sqrt((1.0/2.0)**2+(0.5*1.0/4.0)**2)) 
     187         
     188    def test_radd(self): 
     189        result = self.data+3.0 
     190        for i in range(5): 
     191            for j in range(4): 
     192                self.assertEqual(result.data[i][j], 5.0) 
     193                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 0.5) 
     194             
     195        result = 3.0+self.data 
     196        for i in range(5): 
     197            for j in range(4): 
     198                self.assertEqual(result.data[i][j], 5.0) 
     199                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 0.5) 
     200             
     201    def test_rsub(self): 
     202        result = self.data-3.0 
     203        for i in range(5): 
     204            for j in range(4): 
     205                self.assertEqual(result.data[i][j], -1.0) 
     206                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 0.5) 
     207             
     208        result = 3.0-self.data 
     209        for i in range(5): 
     210            for j in range(4): 
     211                self.assertEqual(result.data[i][j], 1.0) 
     212                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 0.5) 
     213             
     214    def test_rmul(self): 
     215        result = self.data*3.0 
     216        for i in range(5): 
     217            for j in range(4): 
     218                self.assertEqual(result.data[i][j], 6.0) 
     219                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 1.5) 
     220             
     221        result = 3.0*self.data 
     222        for i in range(5): 
     223            for j in range(4): 
     224                self.assertEqual(result.data[i][j], 6.0) 
     225                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 1.5) 
     226             
     227    def test_rdiv(self): 
     228        result = self.data/4.0 
     229        for i in range(5): 
     230            for j in range(4): 
     231                self.assertEqual(result.data[i][j], 0.5) 
     232                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 0.125) 
     233             
     234        result = 6.0/self.data 
     235        for i in range(5): 
     236            for j in range(4): 
     237                self.assertEqual(result.data[i][j], 3.0) 
     238                self.assertEqual(result.err_data[i][j], 6.0*0.5/4.0) 
     239             
    130240 
    131241if __name__ == '__main__': 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.