Changes in / [0639476:3a22ce7] in sasview


Ignore:
Files:
21 deleted
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • .gitignore

    rdf332d8 re04f87b  
    88# generated. 
    99# 
    10 # Feel free to add more stuff to this as and when it becomes an issue. 
     10# Feel free to add more stuff to this as and when it becomes an issue.  
    1111 
    1212.project 
    … …  
    5050/test/sasdataloader/test/plugins.zip 
    5151/test/sasdataloader/test/test_log.txt 
    52 /test/sasdataloader/test/isis_1_0_write_test.xml 
    53 /test/sasdataloader/test/isis_1_1_write_test.xml 
    54 /test/sasdataloader/test/write_test.xml 
    5552 
    5653# autogenerated scripts 
    5754/sasview/installer.iss 
     55 

  • docs/sphinx-docs/source/user/tools.rst

    rec860a8f rec860a8f  
    1010 
    1111   Data Operations Utility <sasgui/perspectives/calculator/data_operator_help> 
    12  
     12       
    1313   Density/Volume Calculator <sasgui/perspectives/calculator/density_calculator_help> 
    14  
     14    
    1515   Generic SANS Calculator <sasgui/perspectives/calculator/sas_calculator_help> 
    16  
     16    
    1717   Image Viewer <sasgui/perspectives/calculator/image_viewer_help> 
    18  
     18    
    1919   Kiessig Thickness Calculator <sasgui/perspectives/calculator/kiessig_calculator_help> 
    20  
     20    
    2121   SLD Calculator <sasgui/perspectives/calculator/sld_calculator_help> 
    22  
     22    
    2323   Slit Size Calculator <sasgui/perspectives/calculator/slit_calculator_help> 
    24  
     24    
    2525   Q Resolution Estimator <sasgui/perspectives/calculator/resolution_calculator_help> 
    26  
     26    
    2727   Python Shell <sasgui/perspectives/calculator/python_shell_help> 
    28  
    29    File Converter <sasgui/perspectives/file_converter/file_converter_help> 
     28    

  • run.py

    r18e7309 r832fea2  
    7272    platform = '%s-%s'%(get_platform(),sys.version[:3]) 
    7373    build_path = joinpath(root, 'build','lib.'+platform) 
    74  
    75     # Notify the help menu that the Sphinx documentation is in a different 
     74     
     75    # Notify the help menu that the Sphinx documentation is in a different  
    7676    # place than it otherwise would be. 
    7777    os.environ['SASVIEW_DOC_PATH'] = joinpath(build_path, "doc") 
    … …  
    123123    # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
    124124    # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
    125     import sas.sascalc.file_converter 
    126     sas.sascalc.file_converter.core = import_package('sas.sascalc.file_converter.core', 
    127                                   joinpath(build_path, 'sas', 'sascalc', 'file_converter', 'core'))                     
    128  
    129     # Compiled modules need to be pulled from the build directory. 
    130     # Some packages are not where they are needed, so load them explicitly. 
    131125    import sas.sascalc.calculator 
    132126    sas.sascalc.calculator.core = import_package('sas.sascalc.calculator.core', 

  • sasview/sasview.py

    rcde6e52 rcde6e52  
    158158            logging.error(traceback.format_exc()) 
    159159 
    160         # File converter tool 
    161         try: 
    162             import sas.sasgui.perspectives.file_converter as module 
    163             converter_plug = module.Plugin() 
    164             self.gui.add_perspective(converter_plug) 
    165         except: 
    166             logging.error("%s: could not find File Converter plug-in module"% \ 
    167                                                         APP_NAME) 
    168             logging.error(traceback.format_exc()) 
    169  
    170160 
    171161        # Add welcome page 

  • setup.py

    r18e7309 rdb74ee8  
    99from distutils.command.build_ext import build_ext 
    1010from distutils.core import Command 
    11 import numpy 
    1211 
    1312# Manage version number ###################################### 
    … …  
    5554        print "Removing existing build directory", SASVIEW_BUILD, "for a clean build" 
    5655        shutil.rmtree(SASVIEW_BUILD) 
    57  
     56                     
    5857# 'sys.maxsize' and 64bit: Not supported for python2.5 
    5958is_64bits = False 
    6059if sys.version_info >= (2, 6): 
    6160    is_64bits = sys.maxsize > 2**32 
    62  
     61     
    6362enable_openmp = False 
    6463 
    … …  
    119118        c = self.compiler.compiler_type 
    120119        print "Compiling with %s (64bit=%s)" % (c, str(is_64bits)) 
    121  
     120         
    122121        # OpenMP build options 
    123122        if enable_openmp: 
    … …  
    128127                for e in self.extensions: 
    129128                    e.extra_link_args = lopt[ c ] 
    130  
     129                     
    131130        # Platform-specific build options 
    132131        if platform_lopt.has_key(c): 
    … …  
    206205) 
    207206 
    208  
     207     
    209208# sas.sascalc.pr 
    210209srcdir  = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "pr", "c_extensions") 
    … …  
    218217                              include_dirs=[], 
    219218                              ) ) 
    220  
    221 # sas.sascalc.file_converter 
    222 mydir = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "file_converter", "c_ext") 
    223 package_dir["sas.sascalc.file_converter.core"] = mydir 
    224 package_dir["sas.sascalc.file_converter"] = os.path.join("src","sas", "sascalc", "file_converter") 
    225 packages.extend(["sas.sascalc.file_converter","sas.sascalc.file_converter.core"]) 
    226 ext_modules.append( Extension("sas.sascalc.file_converter.core.bsl_loader", 
    227                               sources = [os.path.join(mydir, "bsl_loader.c")], 
    228                               include_dirs=[numpy.get_include()], 
    229                               ) ) 
    230  
     219         
    231220# sas.sascalc.fit 
    232221package_dir["sas.sascalc.fit"] = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "fit") 
    … …  
    250239packages.extend(["sas.sasgui.perspectives", "sas.sasgui.perspectives.calculator"]) 
    251240package_data['sas.sasgui.perspectives.calculator'] = ['images/*', 'media/*'] 
    252  
     241     
    253242# Data util 
    254243package_dir["sas.sascalc.data_util"] = os.path.join("src", "sas", "sascalc", "data_util") 
    … …  
    305294                               'test/2d_data/*', 
    306295                               'test/save_states/*', 
    307                                'test/upcoming_formats/*', 
     296                               'test/upcoming_formats/*',  
    308297                                 'default_categories.json'] 
    309298packages.append("sas.sasview") 
    … …  
    327316    required.extend(['pillow']) 
    328317 
    329 # Set up SasView 
     318# Set up SasView     
    330319setup( 
    331320    name="sasview", 
    … …  
    352341                'docs': BuildSphinxCommand, 
    353342                'disable_openmp': DisableOpenMPCommand} 
    354     ) 
     343    )    

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r654e8e0 r654e8e0  
    11771177            written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z, 
    11781178                                                {"unit": item.pixel_size_unit}) 
     1179            written = written | self.write_node(det, "slit_length", 
     1180                                                item.slit_length, 
     1181                                                {"unit": item.slit_length_unit}) 
    11791182            if written == True: 
    11801183                self.append(pix, det) 
    1181             self.write_node(det, "slit_length", item.slit_length, 
    1182                 {"unit": item.slit_length_unit}) 
    1183  
    11841184 
    11851185    def _write_process_notes(self, datainfo, entry_node): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    r5e906207 r479799c  
    2323 
    2424    Any number of SASdata sets may be present in a SASentry and the data within can be either 1D I(Q) or 2D I(Qx, Qy). 
    25  
    26     Also supports reading NXcanSAS formatted HDF5 files 
    2725 
    2826    :Dependencies: 
    … …  
    7876                ## Add the last data set to the list of outputs 
    7977                self.add_data_set() 
    80                 ## Close the data file 
    81                 self.raw_data.close() 
    8278        ## Return data set(s) 
    8379        return self.output 
    … …  
    187183                    elif key == u'run': 
    188184                        self.current_datainfo.run.append(data_point) 
    189                         try: 
    190                             run_name = value.attrs['name'] 
    191                             run_dict = {data_point: run_name} 
    192                             self.current_datainfo.run_name = run_dict 
    193                         except: 
    194                             pass 
    195185                    elif key == u'title': 
    196186                        self.current_datainfo.title = data_point 
    … …  
    199189 
    200190                    ## Sample Information 
    201                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': # CanSAS 2.0 format 
    202                         self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    203                     elif key == u'ID' and self.parent_class == u'SASsample': # NXcanSAS format 
     191                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': 
    204192                        self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    205193                    elif key == u'thickness' and self.parent_class == u'SASsample': 
    … …  
    207195                    elif key == u'temperature' and self.parent_class == u'SASsample': 
    208196                        self.current_datainfo.sample.temperature = data_point 
    209                     elif key == u'transmission' and self.parent_class == u'SASsample': 
    210                         self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
    211                     elif key == u'x_position' and self.parent_class == u'SASsample': 
    212                         self.current_datainfo.sample.position.x = data_point 
    213                     elif key == u'y_position' and self.parent_class == u'SASsample': 
    214                         self.current_datainfo.sample.position.y = data_point 
    215                     elif key == u'polar_angle' and self.parent_class == u'SASsample': 
    216                         self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point 
    217                     elif key == u'azimuthal_angle' and self.parent_class == u'SASsample': 
    218                         self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point 
    219                     elif key == u'details' and self.parent_class == u'SASsample': 
    220                         self.current_datainfo.sample.details.append(data_point) 
    221197 
    222198                    ## Instrumental Information 
    … …  
    228204                        self.detector.distance = float(data_point) 
    229205                        self.detector.distance_unit = unit 
    230                     elif key == u'slit_length' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    231                         self.detector.slit_length = float(data_point) 
    232                         self.detector.slit_length_unit = unit 
    233                     elif key == u'x_position' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    234                         self.detector.offset.x = float(data_point) 
    235                         self.detector.offset_unit = unit 
    236                     elif key == u'y_position' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    237                         self.detector.offset.y = float(data_point) 
    238                         self.detector.offset_unit = unit 
    239                     elif key == u'polar_angle' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    240                         self.detector.orientation.x = float(data_point) 
    241                         self.detector.orientation_unit = unit 
    242                     elif key == u'azimuthal_angle' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    243                         self.detector.orientation.z = float(data_point) 
    244                         self.detector.orientation_unit = unit 
    245                     elif key == u'beam_center_x' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    246                         self.detector.beam_center.x = float(data_point) 
    247                         self.detector.beam_center_unit = unit 
    248                     elif key == u'beam_center_y' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    249                         self.detector.beam_center.y = float(data_point) 
    250                         self.detector.beam_center_unit = unit 
    251                     elif key == u'x_pixel_size' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    252                         self.detector.pixel_size.x = float(data_point) 
    253                         self.detector.pixel_size_unit = unit 
    254                     elif key == u'y_pixel_size' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    255                         self.detector.pixel_size.y = float(data_point) 
    256                         self.detector.pixel_size_unit = unit 
    257206                    elif key == u'SSD' and self.parent_class == u'SAScollimation': 
    258207                        self.collimation.length = data_point 
    … …  
    264213                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    265214                        self.process.name = data_point 
    266                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': # CanSAS 2.0 format 
    267                         self.process.name = data_point 
    268                     elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': # NXcanSAS format 
     215                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    269216                        self.process.name = data_point 
    270217                    elif key == u'description' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    … …  
    283230                        self.trans_spectrum.wavelength.append(data_point) 
    284231 
    285                     ## Source 
     232                    ## Other Information 
    286233                    elif key == u'wavelength' and self.parent_class == u'SASdata': 
    287234                        self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    288                         self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
    289                     elif key == u'incident_wavelength' and self.parent_class == u'SASsource': 
    290                         self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    291                         self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
    292                     elif key == u'wavelength_max' and self.parent_class == u'SASsource': 
    293                         self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point 
    294                         self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit 
    295                     elif key == u'wavelength_min' and self.parent_class == u'SASsource': 
    296                         self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point 
    297                         self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit 
    298                     elif key == u'wavelength_spread' and self.parent_class == u'SASsource': 
    299                         self.current_datainfo.source.wavelength_spread = data_point 
    300                         self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = unit 
    301                     elif key == u'beam_size_x' and self.parent_class == u'SASsource': 
    302                         self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point 
    303                         self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
    304                     elif key == u'beam_size_y' and self.parent_class == u'SASsource': 
    305                         self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point 
    306                         self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
    307                     elif key == u'beam_shape' and self.parent_class == u'SASsource': 
    308                         self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
     235                        self.current_datainfo.source.wavelength.unit = unit 
    309236                    elif key == u'radiation' and self.parent_class == u'SASsource': 
    310237                        self.current_datainfo.source.radiation = data_point 
    … …  
    449376        self.current_datainfo = DataInfo() 
    450377 
    451  
    452378    def _initialize_new_data_set(self, parent_list = None): 
    453379        """ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.