Changeset 386ffe1 in sasview for src/sas


Ignore:
Timestamp:
Feb 20, 2015 5:02:38 AM (9 years ago)
Author:
pkienzle
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
cda1cf8
Parents:
018582f
Message:

remove scipy levenburg marquardt and park from ui

Location:
src/sas
Files:
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/fit/AbstractFitEngine.py

    rfd5ac0d r386ffe1  
    1010_SMALLVALUE = 1.0e-10 
    1111 
    12 # Note: duplicated from park 
    1312class FitHandler(object): 
    1413    """ 
    … …  
    6968    def __init__(self, sas_model, sas_data=None, **kw): 
    7069        """ 
    71         :param sas_model: the sas model to wrap using park interface 
     70        :param sas_model: the sas model to wrap for fitting 
    7271 
    7372        """ 
    … …  
    10099    def eval(self, x): 
    101100        """ 
    102             Override eval method of park model. 
     101            Override eval method of model. 
    103102 
    104103            :param x: the x value used to compute a function 
    … …  
    394393    def __init__(self): 
    395394        """ 
    396         Base class for scipy and park fit engine 
     395        Base class for the fit engine 
    397396        """ 
    398397        #Dictionnary of fitArrange element (fit problems) 

  • src/sas/fit/BumpsFitting.py

    rfd5ac0d r386ffe1  
    1010from bumps.mapper import SerialMapper, MPMapper 
    1111from bumps import parameter 
     12 
     13# TODO: remove globals from interface to bumps options! 
     14# Default bumps to use the levenberg-marquardt optimizer 
    1215from bumps.fitproblem import FitProblem 
     16fitters.FIT_DEFAULT = 'lm' 
    1317 
    1418from sas.fit.AbstractFitEngine import FitEngine 

  • src/sas/fit/Fitting.py

    r79492222 r386ffe1  
    11""" 
    2 Class Fit contains ScipyFit and ParkFit methods declaration 
    3 allows to create instance of type ScipyFit or ParkFit to perform either 
    4 a park fit or a scipy fit. 
     2Class Fit contains fitting engine methods declaration 
    53""" 
    64 
    7 #from scipy import optimize 
    8 from sas.fit.ScipyFitting import ScipyFit 
    9 from sas.fit.ParkFitting import ParkFit 
    105from sas.fit.BumpsFitting import BumpsFit 
    116 
    127ENGINES={ 
    13     'scipy': ScipyFit, 
    14     'park': ParkFit, 
    158    'bumps': BumpsFit, 
    169} 
    … …  
    2316        from sas.fit.Fitting import Fit 
    2417        fitter= Fit() 
    25         fitter.fit_engine('scipy') or fitter.fit_engine('park') 
     18        fitter.fit_engine('bumps') 
    2619        engine = fitter.returnEngine() 
    2720        engine.set_data(data,id) 
    … …  
    3225         
    3326    """   
    34     def __init__(self, engine='scipy', *args, **kw): 
     27    def __init__(self, engine='bumps', *args, **kw): 
    3528        """ 
    3629        """ 
    37         #self._engine will contain an instance of ScipyFit or ParkFit 
    3830        self._engine = None 
    3931        self.fitter_id = None 
    … …  
    6153        :param word: the keyword to select the fit type  
    6254         
    63         :raise: if the user does not enter 'scipy' or 'park', 
    64              a valueError is raised  
    65               
     55        :raise: KeyError if the user does not enter an available engine 
     56 
    6657        """ 
    6758        try: 
    6859            self._engine = ENGINES[word](*args, **kw) 
    6960        except KeyError, exc: 
    70             raise KeyError("fit engine should be one of scipy, park or bumps") 
     61            raise KeyError("fit engine should be bumps") 
     62            #raise KeyError("fit engine should be one of "+", ".join(sorted(ENGINES.keys()))) 
    7163 
    7264    def fit(self, msg_q=None, q=None, handler=None,  
    … …  
    7567                        reset_flag=False): 
    7668        """Perform the fit """ 
    77         return self._engine.fit(msg_q=msg_q,  
     69        return self._engine.fit(msg_q=msg_q, 
    7870                                q=q, handler=handler, curr_thread=curr_thread, 
    7971                                ftol=ftol, reset_flag=reset_flag) 

  • src/sas/fit/ParkFitting.py

    rfd5ac0d r386ffe1  
    77to perform a simple fit with park optimizer. 
    88""" 
     9 
     10_ = ''' 
    911#import time 
    1012import numpy 
    … …  
    615617            return q 
    616618        return result_list 
    617         
     619 
     620''' 

  • src/sas/fit/ScipyFitting.py

    ra10364b r386ffe1  
    44simple fit with scipy optimizer. 
    55""" 
     6_ = ''' 
    67import sys 
    78import copy 
    … …  
    265266    if it is out of range. 
    266267 
    267     : model: park model object 
     268    : model: model object 
    268269    """ 
    269270    # loop through parameterset 
    … …  
    306307#    return call_result 
    307308 
    308        
     309 
     310''' 

  • src/sas/perspectives/fitting/fit_thread.py

    r79492222 r386ffe1  
    2828                 yieldtime  = 0.03, 
    2929                 worktime   = 0.03, 
    30                  ftol       = None, 
    3130                 reset_flag = False): 
    3231        CalcThread.__init__(self, 
    … …  
    4443        self.updatefn = updatefn 
    4544        #Relative error desired in the sum of squares. 
    46         self.ftol = ftol 
    4745        self.reset_flag = reset_flag 
    4846    
    … …  
    6765            list_handler = [] 
    6866            list_curr_thread = []  
    69             list_ftol = [] 
    7067            list_reset_flag = [] 
    7168            list_map_get_attr = [] 
    … …  
    7673                list_q.append(None) 
    7774                list_curr_thread.append(self) 
    78                 list_ftol.append(self.ftol) 
    7975                list_reset_flag.append(self.reset_flag) 
    8076                list_fit_function.append('fit') 
    … …  
    8278            #from multiprocessing import Pool 
    8379            inputs = zip(list_map_get_attr, self.fitter, list_fit_function, 
    84                          list_q, list_q, list_handler,list_curr_thread,list_ftol, 
     80                         list_q, list_q, list_handler,list_curr_thread, 
    8581                         list_reset_flag) 
    8682            result =  map(map_apply, inputs) 

  • src/sas/perspectives/fitting/fitpage.py

    r22ae2f7 r386ffe1  
    10031003            return 
    10041004 
    1005         if (len(self._manager.fit_thread_list) > 0 
    1006                 and self._manager._fit_engine not in ("park","bumps") 
    1007                 and self._manager.sim_page != None 
    1008                 and self._manager.sim_page.uid == self.uid): 
    1009             msg = "The FitEnging will be set to 'ParkMC'\n" 
    1010             msg += " to fit with more than one data set..." 
    1011             wx.MessageBox(msg, 'Info') 
    1012              
    10131005        if self.data is None: 
    10141006            msg = "Please get Data first..." 
    … …  
    20342026        return numbers of data points within qrange 
    20352027         
    2036         :Note: This is for Park where chi2 is not normalized by Npts of fit 
     2028        :Note: This is to normalize chisq by Npts of fit 
    20372029         
    20382030        """ 
    … …  
    32303222        # Figuring out key combo: Cmd for copy, Alt for paste 
    32313223        if event.AltDown() and event.ShiftDown(): 
    3232             self._manager.show_ftol_dialog() 
    32333224            flag = True 
    32343225        elif event.AltDown() or event.ShiftDown(): 
    … …  
    32403231        # messages depending on the flag 
    32413232        if not flag: 
    3242             msg = " Could not open ftol dialog;" 
    3243             msg += " Check if the Scipy fit engine is selected in the menubar." 
    32443233            infor = 'warning' 
    32453234            # inform msg to wx 

  • src/sas/perspectives/fitting/fitpanel.py

    rfa09d62 r386ffe1  
    110110        return doc 
    111111     
    112     def _on_engine_change(self, name='scipy'): 
    113         """ 
    114         """ 
    115         for panel in self.opened_pages.values(): 
    116             self.set_engine_helper(panel=panel, name=name) 
    117              
    118     def set_engine_helper(self, panel, name='scipy'): 
    119         """ 
    120         """ 
    121         self.fit_engine_type = name 
    122         if panel not in[self.batch_page, self.sim_page]: 
    123             panel._on_engine_change(name=self.fit_engine_type) 
    124                  
    125112    def update_model_list(self): 
    126113        """ 
    … …  
    393380        self.AddPage(panel, caption, select=True) 
    394381        self.opened_pages[panel.uid] = panel 
    395         self.set_engine_helper(panel=panel) 
    396382        self._manager.create_fit_problem(panel.uid) 
    397383        self._manager.page_finder[panel.uid].add_data(panel.get_data()) 

  • src/sas/perspectives/fitting/fitting.py

    rfd5ac0d r386ffe1  
    4545from sas.guiframe.gui_manager import MDIFrame 
    4646 
    47 # TODO: remove globals from interface to bumps options! 
    48 # Default bumps to use the levenberg-marquardt optimizer 
    49 import bumps.fitters 
    50 bumps.fitters.FIT_DEFAULT = 'lm' 
    51  
    5247MAX_NBR_DATA = 4 
    53 SAS_F_TOL = 5e-05 
    5448 
    5549(PageInfoEvent, EVT_PAGE_INFO) = wx.lib.newevent.NewEvent() 
    … …  
    9387        self._fit_engine = 'bumps' 
    9488        self._gui_engine = None 
    95         ## Relative error desired in the sum of squares (float); scipy only 
    96         self.ftol = SAS_F_TOL 
     89        ## Relative error desired in the sum of squares (float) 
    9790        self.batch_reset_flag = True 
    9891        #List of selected data 
    … …  
    112105        self.state_reader = None 
    113106        self._extensions = '.fitv' 
    114         self.scipy_id = wx.NewId() 
    115         self.park_id = wx.NewId() 
    116         self.bumps_id = wx.NewId() 
    117107        self.menu1 = None 
    118108        self.new_model_frame = None 
    … …  
    191181        self.batch_menu.Enable(False) 
    192182        self.menu1.AppendSeparator() 
    193         #Set park engine 
    194         scipy_help = "Scipy Engine: Perform Simple fit. More in Help window...." 
    195         self.menu1.AppendCheckItem(self.scipy_id, "Simple FitEngine [LeastSq]", 
    196                                    scipy_help) 
    197         wx.EVT_MENU(owner, self.scipy_id, self._onset_engine_scipy) 
    198          
    199         park_help = "Park Engine: Perform Complex fit. More in Help window...." 
    200         self.menu1.AppendCheckItem(self.park_id, "Complex FitEngine [ParkMC]", 
    201                                    park_help) 
    202         wx.EVT_MENU(owner, self.park_id, self._onset_engine_park) 
    203          
    204         bumps_help = "Bumps: fitting and uncertainty analysis. More in Help window...." 
    205         self.menu1.AppendCheckItem(self.bumps_id, "Bumps fit", 
    206                                    bumps_help) 
    207         wx.EVT_MENU(owner, self.bumps_id, self._onset_engine_bumps) 
    208          
    209         self.menu1.FindItemById(self.scipy_id).Check(self._fit_engine=="scipy") 
    210         self.menu1.FindItemById(self.park_id).Check(self._fit_engine=="park") 
    211         self.menu1.FindItemById(self.bumps_id).Check(self._fit_engine=="bumps") 
     183 
    212184        self.menu1.AppendSeparator() 
    213         self.id_tol = wx.NewId() 
    214         ftol_help = "Change the current FTolerance (=%s) " % str(self.ftol) 
    215         ftol_help += "of Simple FitEngine..." 
    216         self.menu1.Append(self.id_tol, "Change FTolerance", 
    217                                    ftol_help) 
    218         wx.EVT_MENU(owner, self.id_tol, self.show_ftol_dialog) 
    219  
    220185        self.id_bumps_options = wx.NewId() 
    221         bopts_help = "Bumps fitting options" 
    222         self.menu1.Append(self.id_bumps_options, 'Bumps &Options', bopts_help) 
     186        bopts_help = "Fitting options" 
     187        self.menu1.Append(self.id_bumps_options, 'Fit &Options', bopts_help) 
    223188        wx.EVT_MENU(owner, self.id_bumps_options, self.on_bumps_options) 
    224189        self.bumps_options_menu = self.menu1.FindItemById(self.id_bumps_options) 
    … …  
    776741        :param value: can be a string in this case. 
    777742        :param names: the paramter name 
    778           
    779         :note: expecting park used for fit. 
    780           
    781743        """ 
    782744        sim_page_id = self.sim_page.uid 
    … …  
    808770            return model_name, param_name 
    809771    
    810     def set_ftol(self, ftol=None): 
    811         """ 
    812         Set ftol: Relative error desired in the sum of chi squares. 
    813         """ 
    814         # check if it is flaot 
    815         try: 
    816             f_tol = float(ftol) 
    817         except: 
    818             # default 
    819             f_tol = SAS_F_TOL 
    820              
    821         self.ftol = f_tol 
    822         # update ftol menu help strings 
    823         ftol_help = "Change the current FTolerance (=%s) " % str(self.ftol) 
    824         ftol_help += "of Simple FitEngine..." 
    825         if self.menu1 != None: 
    826             self.menu1.SetHelpString(self.id_tol, ftol_help) 
    827          
    828     def show_ftol_dialog(self, event=None): 
    829         """ 
    830         Dialog to select ftol for Scipy 
    831         """ 
    832         from ftol_dialog import ChangeFtol 
    833         dialog = ChangeFtol(self.parent, self) 
    834         result = dialog.ShowModal() 
    835         if result == wx.ID_OK: 
    836             value = dialog.get_ftol() 
    837             if value is not None: 
    838                 self.set_ftol(value) 
    839                 msg = "The ftol (LeastSq) is set to %s." % value 
    840             else: 
    841                 msg = "Error in the selection... No change in ftol." 
    842             # post event for info 
    843             wx.PostEvent(self.parent, 
    844                          StatusEvent(status=msg, info='warning')) 
    845         dialog.Destroy() 
    846  
    847772    def on_bumps_options(self, event=None): 
    848773        from bumps.gui.fit_dialog import OpenFitOptions 
    … …  
    983908        if uid is None: raise RuntimeError("no page to fit") # Should never happen 
    984909 
    985         # Remember the user selected fit engine before the fit.  Simultaneous 
    986         # fitting may change the selected engine, so it needs to be restored 
    987         # when the fit is complete. 
    988         self._gui_engine = self._fit_engine 
    989  
    990910        sim_page_uid = getattr(self.sim_page, 'uid', None) 
    991911        batch_page_uid = getattr(self.batch_page, 'uid', None) 
    … …  
    997917        else: 
    998918            fit_type = 'single' 
    999  
    1000         # if constrained fit, don't use scipy leastsq directly 
    1001         if fit_type == 'simultaneous': 
    1002             if self._fit_engine not in ("park","bumps"): 
    1003                 self._on_change_engine(engine='bumps') 
    1004  
    1005919 
    1006920        fitter_list = [] 
    … …  
    1075989        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="progress")) 
    1076990         
    1077         #Handler used for park engine displayed message 
     991        #Handler used for fit engine displayed message 
    1078992        handler = ConsoleUpdate(parent=self.parent, 
    1079993                                manager=self, 
    … …  
    10981012                                 page_id=list_page_id, 
    10991013                                 completefn=self._batch_fit_complete, 
    1100                                  ftol=self.ftol, 
    11011014                                 reset_flag=self.batch_reset_flag) 
    11021015        else: 
    … …  
    11081021                                    page_id=list_page_id, 
    11091022                                    updatefn=handler.update_fit, 
    1110                                     completefn=self._fit_completed, 
    1111                                     ftol=self.ftol) 
     1023                                    completefn=self._fit_completed) 
    11121024        #self.fit_thread_list[current_page_id] = calc_fit 
    11131025        self.fit_thread_list[uid] = calc_fit 
    … …  
    15681480                                                      type="stop")) 
    15691481        wx.PostEvent(self.result_panel, PlotResultEvent(result=result)) 
    1570         # reset fit_engine if changed by simul_fit 
    1571         if self._fit_engine != self._gui_engine: 
    1572             self._on_change_engine(self._gui_engine) 
    15731482        self._update_fit_button(page_id) 
    15741483        result = result[0] 
    … …  
    16671576                     StatusEvent(status=msg)) 
    16681577 
    1669     def _onset_engine_park(self, event): 
    1670         """  
    1671         set engine to park 
    1672         """ 
    1673         self._on_change_engine('park') 
    1674         
    1675     def _onset_engine_scipy(self, event): 
    1676         """  
    1677         set engine to scipy 
    1678         """ 
    1679         self._on_change_engine('scipy') 
    1680         
    1681     def _onset_engine_bumps(self, event): 
    1682         """  
    1683         set engine to bumps 
    1684         """ 
    1685         self._on_change_engine('bumps') 
    1686         
     1578 
    16871579    def _on_slicer_event(self, event): 
    16881580        """ 
    … …  
    17051597        """ 
    17061598        name = event.GetEventObject().frame.GetTitle() 
    1707         print "name", name 
    17081599        for panel in self.slicer_panels: 
    17091600            if panel.window_caption == name: 
    … …  
    17171608                break 
    17181609     
    1719     def _on_change_engine(self, engine='park'): 
    1720         """ 
    1721         Allow to select the type of engine to perform fit 
    1722          
    1723         :param engine: the key work of the engine 
    1724          
    1725         """ 
    1726         ## saving fit engine name 
    1727         self._fit_engine = engine 
    1728         ## change menu item state 
    1729         if engine == "park": 
    1730             self.menu1.FindItemById(self.park_id).Check(True) 
    1731             self.menu1.FindItemById(self.scipy_id).Check(False) 
    1732             self.menu1.FindItemById(self.bumps_id).Check(False) 
    1733         elif engine == "scipy": 
    1734             self.menu1.FindItemById(self.park_id).Check(False) 
    1735             self.menu1.FindItemById(self.scipy_id).Check(True) 
    1736             self.menu1.FindItemById(self.bumps_id).Check(False) 
    1737         else: 
    1738             self.menu1.FindItemById(self.park_id).Check(False) 
    1739             self.menu1.FindItemById(self.scipy_id).Check(False) 
    1740             self.menu1.FindItemById(self.bumps_id).Check(True) 
    1741         ## post a message to status bar 
    1742         msg = "Engine set to: %s" % self._fit_engine 
    1743         wx.PostEvent(self.parent, 
    1744                      StatusEvent(status=msg)) 
    1745         ## send the current engine type to fitpanel 
    1746         self.fit_panel._on_engine_change(name=self._fit_engine) 
    1747  
    17481610    def _on_model_panel(self, evt): 
    17491611        """ 

  • src/sas/perspectives/fitting/ftol_dialog.py

    rb9a5f0e r386ffe1  
    1313#copyright 2009, University of Tennessee 
    1414################################################################################ 
     15_ = """ 
    1516import wx 
    1617import sys 
    … …  
    103104                return None 
    104105        return SAS_F_TOL 
     106""" 

  • src/sas/perspectives/fitting/simfitpage.py

    r79492222 r386ffe1  
    153153        ## making sure all parameters content a constraint 
    154154        ## validity of the constraint expression is own by fit engine 
    155         if self.parent._manager._fit_engine not in ("park","bumps") and flag: 
    156             msg = "The FitEnging will be set to 'Park' fit engine\n" 
    157             msg += " for the simultaneous fit..." 
    158             #wx.MessageBox(msg, 'Info') 
    159             wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=\ 
    160                             "Fitting: %s" % msg, info="info")) 
    161155        if not self.batch_on and self.show_constraint.GetValue(): 
    162156            if not self._set_constraint(): 
    … …  
    689683            text = " Fit in Parallel all Data set and model selected.\n" 
    690684        else: 
    691             text = "     Note: Park fitting engine will be used automatically. \n" 
    692             text += "     This page requires at least one FitPage with a data \n" 
    693             text += "       and a model set for fitting." 
    694             #text+= "automatically for more than 2 combinations checked" 
     685            text = " This page requires at least one FitPage with a data\n" 
     686            text = " and a model for fitting." 
    695687        text_hint = wx.StaticText(self, -1, text) 
    696688         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.