Changeset 33dd2e5 in sasview for fittingview/src


Ignore:
Timestamp:
Sep 12, 2011 2:37:40 PM (13 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
8523a1f2
Parents:
7afcae8
Message:

working on batch

Location:
fittingview/src/sans/perspectives/fitting
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • fittingview/src/sans/perspectives/fitting/fit_thread.py

    r8aa5788 r33dd2e5  
    2020                  page_id, 
    2121                   handler, 
    22                    batch_result,  
     22                    batch_outputs, 
     23                    batch_inputs=None,              
    2324                  pars=None, 
    2425                 completefn = None, 
    … …  
    3435        self.fitter = fn 
    3536        self.pars = pars 
    36         self.batch_result = batch_result 
     37        self.batch_inputs = batch_inputs 
     38        self.batch_outputs = batch_outputs 
    3739        self.page_id = page_id 
    3840        self.starttime = 0 
    … …  
    5759        msg = "" 
    5860        try: 
     61            import copy 
    5962            list_handler = [] 
    6063            list_curr_thread = []  
    … …  
    7275            from multiprocessing import Pool 
    7376            inputs = zip(list_map_get_attr,self.fitter, list_fit_function, 
    74                          list_handler, list_q, list_curr_thread,list_ftol) 
     77                         list_handler, list_q, list_curr_thread, list_ftol) 
    7578            result =  Pool(1).map(func=map_apply,  
    7679                               iterable=inputs) 
    77             #self.handler.starting_fit() 
    78             self.complete(result= result, 
    79                           batch_result=self.batch_result, 
     80            self.complete(result=result, 
     81                          batch_inputs=self.batch_inputs, 
     82                           batch_outputs=self.batch_outputs, 
    8083                          page_id=self.page_id, 
    8184                          pars = self.pars) 

  • fittingview/src/sans/perspectives/fitting/fitting.py

    r8aa5788 r33dd2e5  
    682682        list_page_id = [] 
    683683        fit_id = 0 
    684         batch_result = {} 
     684        batch_inputs = {} 
     685        batch_outputs = {} 
    685686        for page_id, value in self.page_finder.iteritems(): 
    686687            # For simulfit (uid give with None), do for-loop 
    … …  
    702703                        if sim_fitter is None: 
    703704                            fitter = Fit(self._fit_engine)   
    704                             self._fit_helper(fitproblem, pars, fitter, 
    705                                               fit_id, batch_result) 
     705                            self._fit_helper(fitproblem=fitproblem,  
     706                                                pars=pars,  
     707                                                fitter=fitter, 
     708                                              fit_id=fit_id,  
     709                                              batch_inputs=batch_inputs, 
     710                                              batch_outputs=batch_outputs) 
    706711                            fitter_list.append(fitter)  
    707712                        else: 
    708713                            fitter = sim_fitter 
    709                             self._fit_helper(fitproblem, pars, fitter, 
    710                                               fit_id, batch_result) 
     714                            self._fit_helper(fitproblem=fitproblem,  
     715                                                pars=pars,  
     716                                                fitter=fitter, 
     717                                              fit_id=fit_id,  
     718                                              batch_inputs=batch_inputs, 
     719                                              batch_outputs=batch_outputs) 
    711720                        fit_id += 1 
    712721                    list_page_id.append(page_id) 
    … …  
    714723                    value.clear_model_param() 
    715724            except: 
     725                raise 
    716726                msg= "%s error: %s" % (engineType, sys.exc_value) 
    717727                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="error", 
    … …  
    734744                                    fn=fitter_list, 
    735745                                    pars=pars, 
    736                                     batch_result=batch_result, 
     746                                    batch_inputs=batch_inputs, 
     747                                    batch_outputs=batch_outputs, 
    737748                                    page_id=list_page_id, 
    738749                                    completefn=self._single_fit_completed, 
    … …  
    743754            calc_fit = FitThread(handler=handler, 
    744755                                    fn=fitter_list, 
    745                                     batch_result=batch_result,  
     756                                    batch_inputs=batch_inputs, 
     757                                    batch_outputs=batch_outputs, 
    746758                                    page_id=list_page_id, 
    747759                                    updatefn=handler.update_fit, 
    … …  
    857869        self.store_data(uid=page.uid, data_list=page.get_data_list(),  
    858870                        caption=page.window_caption) 
    859         if self.sim_page is not None: 
     871        if self.sim_page is not None and not self.batch_on: 
    860872            self.sim_page.draw_page() 
    861873        return page 
    … …  
    902914                self.page_finder[uid].schedule_tofit(value) 
    903915                 
    904     def _fit_helper(self, fitproblem, pars, fitter, fit_id, batch_result): 
     916    def _fit_helper(self, fitproblem, pars, fitter, fit_id, 
     917                    batch_inputs, batch_outputs): 
    905918        """ 
    906919        Create and set fit engine with series of data and model 
    … …  
    921934                if item[0] != None and item[1] != None: 
    922935                    listOfConstraint.append((item[0],item[1])) 
     936        for param in model.getParamList(): 
     937            if param not in pars: 
     938                if param not in batch_inputs.keys(): 
     939                    batch_inputs[param] = [] 
     940                batch_inputs[param].append(model.getParam(param)) 
    923941        fitter.set_model(model, fit_id, pars, constraints=listOfConstraint) 
    924         if "Data" not in batch_result.keys(): 
    925             batch_result["Data"] = [] 
    926         batch_result["Data"].append(data.name) 
    927942        fitter.set_data(data=data, id=fit_id, smearer=smearer, qmin=qmin,  
    928943                        qmax=qmax) 
    929944        fitter.select_problem_for_fit(id=fit_id, value=1) 
    930         
    931         
     945        #fill batch result information 
     946        if "Data" not in batch_outputs.keys(): 
     947            batch_outputs["Data"] = [] 
     948        batch_outputs["Data"].append(data.name) 
     949        for key, value in data.meta_data.iteritems(): 
     950            if key not in batch_inputs.keys(): 
     951                batch_inputs[key] = [] 
     952            batch_inputs[key].append(value) 
     953        param = "temperature" 
     954        if hasattr(data.sample, param): 
     955            if param not in  batch_inputs.keys(): 
     956                 batch_inputs[param] = [] 
     957            batch_inputs[param].append(data.sample.temperature) 
     958     
    932959    def _onSelect(self,event): 
    933960        """  
    … …  
    955982         
    956983    def _batch_single_fit_complete_helper(self, result, pars, page_id,  
    957                                          batch_result, elapsed=None): 
     984                            batch_outputs, batch_inputs, elapsed=None): 
    958985        """ 
    959986        Display fit result in batch  
    … …  
    967994        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, info="info", 
    968995                                                      type="stop")) 
     996        if batch_outputs is None: 
     997            batch_outputs = {} 
    969998        if self.batch_on: 
    970             batch_result = {"Chi2":[]} 
     999            # format batch_outputs 
     1000            batch_outputs["Chi2"] = [] 
    9711001            for index  in range(len(pars)): 
    972                 batch_result[pars[index]] = [] 
    973                 batch_result["error on %s" % pars[index]] = [] 
     1002                batch_outputs[pars[index]] = [] 
     1003                batch_outputs["error on %s" % pars[index]] = [] 
    9741004            for res in result: 
    9751005                if res is None: 
    9761006                    null_value = numpy.nan 
    977                     batch_result["Chi2"].append(null_value) 
     1007                    batch_outputs["Chi2"].append(null_value) 
    9781008                    for index  in range(len(pars)): 
    979                         batch_result[pars[index]].append(null_value) 
     1009                        batch_outputs[pars[index]].append(null_value) 
    9801010                        item = null_value 
    981                         batch_result["error on %s" % pars[index]].append(item) 
     1011                        batch_outputs["error on %s" % pars[index]].append(item) 
    9821012                else: 
    983                     batch_result["Chi2"].append(res.fitness) 
     1013                    batch_outputs["Chi2"].append(res.fitness) 
    9841014                    for index  in range(len(pars)): 
    985                         batch_result[pars[index]].append(res.pvec[index]) 
     1015                        batch_outputs[pars[index]].append(res.pvec[index]) 
    9861016                        item = res.stderr[index] 
    987                         batch_result["error on %s" % pars[index]].append(item) 
     1017                        batch_outputs["error on %s" % pars[index]].append(item) 
    9881018            pid = page_id[0] 
    989             self.page_finder[pid].set_result(result=batch_result)    
    990             self.parent.on_set_batch_result(data=batch_result,  
     1019            self.page_finder[pid].set_result(result=batch_outputs)    
     1020            self.parent.on_set_batch_result(data_outputs=batch_outputs,  
     1021                                            data_inputs=batch_inputs, 
    9911022                                            plugin_name=self.sub_menu) 
    9921023            for uid in page_id: 
    … …  
    9941025                cpage._on_fit_complete() 
    9951026             
    996     def _single_fit_completed(self, result, pars, page_id,  
    997                               batch_result, elapsed=None): 
     1027    def _single_fit_completed(self, result, pars, page_id, batch_outputs, 
     1028                          batch_inputs=None, elapsed=None): 
    9981029        """ 
    9991030         Display fit result on one page of the notebook. 
    … …  
    10081039        if self.batch_on: 
    10091040            wx.CallAfter(self._batch_single_fit_complete_helper, 
    1010                           result, pars, page_id, batch_result, elapsed) 
     1041                          result, pars, page_id, batch_outputs,  
     1042                          batch_inputs, elapsed) 
    10111043            return  
    10121044        else:   
    … …  
    10581090                raise 
    10591091                
    1060     def _simul_fit_completed(self, result, page_id, batch_result, pars=None,  
     1092    def _simul_fit_completed(self, result, page_id, batch_outputs, 
     1093                             batch_inputs=None, 
     1094                              pars=None,  
    10611095                             elapsed=None): 
    10621096        """ 
    … …  
    12441278        self.page_finder[uid].set_range(qmin=qmin, qmax=qmax) 
    12451279        self.page_finder[uid].set_fit_tab_caption(caption=caption) 
    1246         if self.sim_page is not None: 
     1280        if self.sim_page is not None and not self.batch_on: 
    12471281            self.sim_page.draw_page() 
    12481282         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.