Changeset 2f17d40 in sasview for src/sas/sascalc


Ignore:
Timestamp:
May 16, 2017 8:16:20 AM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
81b1f4d
Parents:
658dd57 (diff), 8e9536f (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Adam Washington <rprospero@…> (05/16/17 08:16:20)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (05/16/17 08:16:20)
Message:

Merge pull request #76 from rprospero/master

Update SESANS reader to file format 1.0

Location:
src/sas/sascalc
Files:
28 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/data_util/nxsunit.py

    rb699768 r8e9536f  
    136136    sld = { '10^-6 Angstrom^-2': 1e-6, 'Angstrom^-2': 1 } 
    137137    Q = { 'invA': 1, 'invAng': 1, 'invAngstroms': 1, '1/A': 1,  
    138           '10^-3 Angstrom^-1': 1e-3, '1/cm': 1e-8, 
     138          '10^-3 Angstrom^-1': 1e-3, '1/cm': 1e-8, '1/m': 1e-10, 
    139139          'nm^-1': 0.1, '1/nm': 0.1, 'n_m^-1': 0.1 } 
    140140 
    … …  
    195195    _check(1,Converter('n_m^-1')(10,'invA')) # 10 nm^-1 = 1 inv Angstroms 
    196196    _check(2,Converter('mm')(2000,'m')) # 2000 mm -> 2 m 
     197    _check(2.011e10,Converter('1/A')(2.011,"1/m")) # 2.011 1/A -> 2.011 * 10^10 1/m 
    197198    _check(0.003,Converter('microseconds')(3,units='ms')) # 3 us -> 0.003 ms 
    198199    _check(45,Converter('nanokelvin')(45))  # 45 nK -> 45 nK 

  • src/sas/sascalc/data_util/qsmearing.py

    r235f514 r8938502  
    6565            raise ValueError('one or more of your dx values are negative, please check the data file!') 
    6666 
    67     if _found_sesans == True: 
    68         #Pre-compute the Hankel matrix (H) 
    69         qmax, qunits = data.sample.zacceptance 
     67    if _found_sesans: 
     68        # Pre-compute the Hankel matrix (H) 
    7069        SElength = Converter(data._xunit)(data.x, "A") 
    71         zaccept = Converter(qunits)(qmax, "1/A"), 
     70 
     71        theta_max = Converter("radians")(data.sample.zacceptance)[0] 
     72        q_max = 2 * np.pi / np.max(data.source.wavelength) * np.sin(theta_max) 
     73        zaccept = Converter("1/A")(q_max, "1/" + data.source.wavelength_unit), 
     74 
    7275        Rmax = 10000000 
    73         hankel = SesansTransform(data.x, SElength, zaccept, Rmax) 
     76        hankel = SesansTransform(data.x, SElength, 
     77                                 data.source.wavelength, 
     78                                 zaccept, Rmax) 
    7479        # Then return the actual transform, as if it were a smearing function 
    7580        return PySmear(hankel, model, offset=0) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/sesans_reader.py

    r9a5097c r149b8f6  
    11""" 
    22    SESANS reader (based on ASCII reader) 
    3      
     3 
    44    Reader for .ses or .sesans file format 
    5      
    6     Jurrian Bakker  
     5 
     6    Jurrian Bakker 
    77""" 
    88import numpy as np 
    … …  
    1818_ZERO = 1e-16 
    1919 
     20 
    2021class Reader: 
    2122    """ 
    2223    Class to load sesans files (6 columns). 
    2324    """ 
    24     ## File type 
     25    # File type 
    2526    type_name = "SESANS" 
    26      
    27     ## Wildcards 
     27 
     28    # Wildcards 
    2829    type = ["SESANS files (*.ses)|*.ses", 
    2930            "SESANS files (*..sesans)|*.sesans"] 
    30     ## List of allowed extensions 
     31    # List of allowed extensions 
    3132    ext = ['.ses', '.SES', '.sesans', '.SESANS'] 
    32      
    33     ## Flag to bypass extension check 
     33 
     34    # Flag to bypass extension check 
    3435    allow_all = True 
    35      
     36 
    3637    def read(self, path): 
    37          
    38 #        print "reader triggered" 
    39          
    4038        """ 
    4139        Load data file 
    42          
     40 
    4341        :param path: file path 
    44          
     42 
    4543        :return: SESANSData1D object, or None 
    46          
     44 
    4745        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    4846        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    … …  
    5149            basename = os.path.basename(path) 
    5250            _, extension = os.path.splitext(basename) 
    53             if self.allow_all or extension.lower() in self.ext: 
    54                 try: 
    55                     # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii 
    56                     # characters that brakes the open operation 
    57                     input_f = open(path,'rb') 
    58                 except: 
    59                     raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path 
    60                 buff = input_f.read() 
    61                 lines = buff.splitlines() 
    62                 x  = np.zeros(0) 
    63                 y  = np.zeros(0) 
    64                 dy = np.zeros(0) 
    65                 lam  = np.zeros(0) 
    66                 dlam = np.zeros(0) 
    67                 dx = np.zeros(0) 
    68                  
    69                #temp. space to sort data 
    70                 tx  = np.zeros(0) 
    71                 ty  = np.zeros(0) 
    72                 tdy = np.zeros(0) 
    73                 tlam  = np.zeros(0) 
    74                 tdlam = np.zeros(0) 
    75                 tdx = np.zeros(0) 
    76                 output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, isSesans=True) 
    77                 self.filename = output.filename = basename 
     51            if not (self.allow_all or extension.lower() in self.ext): 
     52                raise RuntimeError( 
     53                    "{} has an unrecognized file extension".format(path)) 
     54        else: 
     55            raise RuntimeError("{} is not a file".format(path)) 
     56        with open(path, 'r') as input_f: 
     57            line = input_f.readline() 
     58            params = {} 
     59            while not line.startswith("BEGIN_DATA"): 
     60                terms = line.split() 
     61                if len(terms) >= 2: 
     62                    params[terms[0]] = " ".join(terms[1:]) 
     63                line = input_f.readline() 
     64            self.params = params 
    7865 
    79                 paramnames=[] 
    80                 paramvals=[] 
    81                 zvals=[] 
    82                 dzvals=[] 
    83                 lamvals=[] 
    84                 dlamvals=[] 
    85                 Pvals=[] 
    86                 dPvals=[] 
     66            if "FileFormatVersion" not in self.params: 
     67                raise RuntimeError("SES file missing FileFormatVersion") 
     68            if float(self.params["FileFormatVersion"]) >= 2.0: 
     69                raise RuntimeError("SASView only supports SES version 1") 
    8770 
    88                 for line in lines: 
    89                     # Initial try for CSV (split on ,) 
    90                     line=line.strip() 
    91                     toks = line.split('\t') 
    92                     if len(toks)==2: 
    93                         paramnames.append(toks[0]) 
    94                         paramvals.append(toks[1]) 
    95                     if len(toks)>5: 
    96                         zvals.append(toks[0]) 
    97                         dzvals.append(toks[3]) 
    98                         lamvals.append(toks[4]) 
    99                         dlamvals.append(toks[5]) 
    100                         Pvals.append(toks[1]) 
    101                         dPvals.append(toks[2]) 
    102                     else: 
    103                         continue 
     71            if "SpinEchoLength_unit" not in self.params: 
     72                raise RuntimeError("SpinEchoLength has no units") 
     73            if "Wavelength_unit" not in self.params: 
     74                raise RuntimeError("Wavelength has no units") 
     75            if params["SpinEchoLength_unit"] != params["Wavelength_unit"]: 
     76                raise RuntimeError("The spin echo data has rudely used " 
     77                                   "different units for the spin echo length " 
     78                                   "and the wavelength.  While sasview could " 
     79                                   "handle this instance, it is a violation " 
     80                                   "of the file format and will not be " 
     81                                   "handled by other software.") 
    10482 
    105                 x=[] 
    106                 y=[] 
    107                 lam=[] 
    108                 dx=[] 
    109                 dy=[] 
    110                 dlam=[] 
    111                 lam_header = lamvals[0].split() 
    112                 data_conv_z = None 
    113                 default_z_unit = "A" 
    114                 data_conv_P = None 
    115                 default_p_unit = " " # Adjust unit for axis (L^-3) 
    116                 lam_unit = lam_header[1].replace("[","").replace("]","") 
    117                 if lam_unit == 'AA': 
    118                     lam_unit = 'A' 
    119                 varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]] 
    120                 valrange=range(1, len(zvals)) 
    121                 for i in valrange: 
    122                     x.append(float(zvals[i])) 
    123                     y.append(float(Pvals[i])) 
    124                     lam.append(float(lamvals[i])) 
    125                     dy.append(float(dPvals[i])) 
    126                     dx.append(float(dzvals[i])) 
    127                     dlam.append(float(dlamvals[i])) 
     83            headers = input_f.readline().split() 
    12884 
    129                 x,y,lam,dy,dx,dlam = [ 
    130                     np.asarray(v, 'double') 
    131                    for v in (x,y,lam,dy,dx,dlam) 
    132                 ] 
     85            self._insist_header(headers, "SpinEchoLength") 
     86            self._insist_header(headers, "Depolarisation") 
     87            self._insist_header(headers, "Depolarisation_error") 
     88            self._insist_header(headers, "Wavelength") 
    13389 
    134                 input_f.close() 
     90            data = np.loadtxt(input_f) 
    13591 
    136                 output.x, output.x_unit = self._unit_conversion(x, lam_unit, default_z_unit) 
    137                 output.y = y 
    138                 output.y_unit = r'\AA^{-2} cm^{-1}'  # output y_unit added 
    139                 output.dx, output.dx_unit = self._unit_conversion(dx, lam_unit, default_z_unit) 
    140                 output.dy = dy 
    141                 output.lam, output.lam_unit = self._unit_conversion(lam, lam_unit, default_z_unit) 
    142                 output.dlam, output.dlam_unit = self._unit_conversion(dlam, lam_unit, default_z_unit) 
    143                  
    144                 output.xaxis(r"\rm{z}", output.x_unit) 
    145                 output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", output.y_unit)  # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     92            if data.shape[1] != len(headers): 
     93                raise RuntimeError( 
     94                    "File has {} headers, but {} columns".format( 
     95                        len(headers), 
     96                        data.shape[1])) 
    14697 
    147                 # Store loading process information 
    148                 output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    149                 #output.sample.thickness = float(paramvals[6]) 
    150                 output.sample.name = paramvals[1] 
    151                 output.sample.ID = paramvals[0] 
    152                 zaccept_unit_split = paramnames[7].split("[") 
    153                 zaccept_unit = zaccept_unit_split[1].replace("]","") 
    154                 if zaccept_unit.strip() == r'\AA^-1' or zaccept_unit.strip() == r'\A^-1': 
    155                     zaccept_unit = "1/A" 
    156                 output.sample.zacceptance=(float(paramvals[7]),zaccept_unit) 
    157                 output.vars = varheader 
     98            if not data.size: 
     99                raise RuntimeError("{} is empty".format(path)) 
     100            x = data[:, headers.index("SpinEchoLength")] 
     101            if "SpinEchoLength_error" in headers: 
     102                dx = data[:, headers.index("SpinEchoLength_error")] 
     103            else: 
     104                dx = x * 0.05 
     105            lam = data[:, headers.index("Wavelength")] 
     106            if "Wavelength_error" in headers: 
     107                dlam = data[:, headers.index("Wavelength_error")] 
     108            else: 
     109                dlam = lam * 0.05 
     110            y = data[:, headers.index("Depolarisation")] 
     111            dy = data[:, headers.index("Depolarisation_error")] 
    158112 
    159                 if len(output.x) < 1: 
    160                     raise RuntimeError, "%s is empty" % path 
    161                 return output 
     113            lam_unit = self._unit_fetch("Wavelength") 
     114            x, x_unit = self._unit_conversion(x, "A", 
     115                                              self._unit_fetch( 
     116                                                  "SpinEchoLength")) 
     117            dx, dx_unit = self._unit_conversion( 
     118                dx, lam_unit, 
     119                self._unit_fetch("SpinEchoLength")) 
     120            dlam, dlam_unit = self._unit_conversion( 
     121                dlam, lam_unit, 
     122                self._unit_fetch("Wavelength")) 
     123            y_unit = self._unit_fetch("Depolarisation") 
    162124 
    163         else: 
    164             raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
    165         return None 
     125            output = Data1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam, 
     126                            isSesans=True) 
    166127 
    167     def _unit_conversion(self, value, value_unit, default_unit): 
    168         if has_converter == True and value_unit != default_unit: 
    169             data_conv_q = Converter(value_unit) 
    170             value = data_conv_q(value, units=default_unit) 
     128            output.y_unit = y_unit 
     129            output.x_unit = x_unit 
     130            output.source.wavelength_unit = lam_unit 
     131            output.source.wavelength = lam 
     132            self.filename = output.filename = basename 
     133            output.xaxis(r"\rm{z}", x_unit) 
     134            # Adjust label to ln P/(lam^2 t), remove lam column refs 
     135            output.yaxis(r"\rm{ln(P)/(t \lambda^2)}", y_unit) 
     136            # Store loading process information 
     137            output.meta_data['loader'] = self.type_name 
     138            output.sample.name = params["Sample"] 
     139            output.sample.ID = params["DataFileTitle"] 
     140            output.sample.thickness = self._unit_conversion( 
     141                float(params["Thickness"]), "cm", 
     142                self._unit_fetch("Thickness"))[0] 
     143 
     144            output.sample.zacceptance = ( 
     145                float(params["Theta_zmax"]), 
     146                self._unit_fetch("Theta_zmax")) 
     147 
     148            output.sample.yacceptance = ( 
     149                float(params["Theta_ymax"]), 
     150                self._unit_fetch("Theta_ymax")) 
     151            return output 
     152 
     153    @staticmethod 
     154    def _insist_header(headers, name): 
     155        if name not in headers: 
     156            raise RuntimeError( 
     157                "Missing {} column in spin echo data".format(name)) 
     158 
     159    @staticmethod 
     160    def _unit_conversion(value, value_unit, default_unit): 
     161        """ 
     162        Performs unit conversion on a measurement. 
     163 
     164        :param value: The magnitude of the measurement 
     165        :param value_unit: a string containing the final desired unit 
     166        :param default_unit: string with the units of the original measurement 
     167        :return: The magnitude of the measurement in the new units 
     168        """ 
     169        # (float, string, string) -> float 
     170        if has_converter and value_unit != default_unit: 
     171            data_conv_q = Converter(default_unit) 
     172            value = data_conv_q(value, units=value_unit) 
    171173            new_unit = default_unit 
    172174        else: 
    173175            new_unit = value_unit 
    174176        return value, new_unit 
     177 
     178    def _unit_fetch(self, unit): 
     179        return self.params[unit+"_unit"] 

  • src/sas/sascalc/calculator/sas_gen.py

    r7432acb ra1b8fee  
    33SAS generic computation and sld file readers 
    44""" 
     5from __future__ import print_function 
     6 
    57import sas.sascalc.calculator.core.sld2i as mod 
    68from sas.sascalc.calculator.BaseComponent import BaseComponent 
    … …  
    558560                            vol_pix = np.append(vol_pix, vol) 
    559561                        except: 
    560                             print "Error: set the sld of %s to zero"% atom_name 
     562                            print("Error: set the sld of %s to zero"% atom_name) 
    561563                            sld_n = np.append(sld_n, 0.0) 
    562564                        sld_mx = np.append(sld_mx, 0) 
    … …  
    609611        Write 
    610612        """ 
    611         print "Not implemented... " 
     613        print("Not implemented... ") 
    612614 
    613615class SLDReader(object): 
    … …  
    10441046    from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
    10451047    current_dir = os.path.abspath(os.path.curdir) 
    1046     print current_dir 
     1048    print(current_dir) 
    10471049    for i in range(6): 
    10481050        current_dir, _ = os.path.split(current_dir) 

  • src/sas/sascalc/data_util/calcthread.py

    r7432acb ra1b8fee  
    44#  \brief Abstract class for defining calculation threads. 
    55# 
     6from __future__ import print_function 
    67 
    78import thread 
    … …  
    295296    """ 
    296297    def __init__(self, n=20000): 
    297         print thread.get_ident() 
     298        print(thread.get_ident()) 
    298299        self.starttime = clock() 
    299300        self.done = False 
    … …  
    307308        self.work2.queue(n) 
    308309        self.work3.queue(n) 
    309         print "Expect updates from Main every second and from thread every 2.5 seconds" 
    310         print "" 
     310        print("Expect updates from Main every second and from thread every 2.5 seconds") 
     311        print("") 
    311312        self.work.ready(.5) 
    312313        while not self.done: 
    313314            sleep(1) 
    314             print "Main thread %d at %.2f" % (thread.get_ident(), 
    315                                               clock() - self.starttime) 
     315            print("Main thread %d at %.2f" % (thread.get_ident(), 
     316                                              clock() - self.starttime)) 
    316317 
    317318    def update(self, i=0): 
    318         print "Update i=%d from thread %d at %.2f" % (i, thread.get_ident(), 
    319                                                       clock() - self.starttime) 
     319        print("Update i=%d from thread %d at %.2f" % (i, thread.get_ident(), 
     320                                                      clock() - self.starttime)) 
    320321        self.work.ready(2.5) 
    321322 
    322323    def complete(self, total=0.0): 
    323         print "Complete total=%g from thread %d at %.2f" % (total, 
     324        print("Complete total=%g from thread %d at %.2f" % (total, 
    324325                                                    thread.get_ident(), 
    325                                                     clock() - self.starttime) 
     326                                                    clock() - self.starttime)) 
    326327        self.done = True 

  • src/sas/sascalc/data_util/formatnum.py

    r9a5097c ra1b8fee  
    3737formatter.compact flag. 
    3838""" 
    39 from __future__ import division 
     39from __future__ import division, print_function 
    4040 
    4141import math 

  • src/sas/sascalc/data_util/registry.py

    rb699768 ra1b8fee  
    66and registers the built-in file extensions. 
    77""" 
     8from __future__ import print_function 
    89 
    910import os.path 

  • src/sas/sascalc/dataloader/data_info.py

    r7432acb ra1b8fee  
    1616###################################################################### 
    1717 
     18from __future__ import print_function 
    1819 
    1920#TODO: Keep track of data manipulation in the 'process' data structure. 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/IgorReader.py

    r959eb01 ra1b8fee  
    1212#copyright 2008, University of Tennessee 
    1313############################################################################# 
     14from __future__ import print_function 
     15 
    1416import os 
    1517 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/associations.py

    r959eb01 ra1b8fee  
    1414#copyright 2009, University of Tennessee 
    1515############################################################################# 
     16from __future__ import print_function 
     17 
    1618import os 
    1719import sys 
    … …  
    7173                    logger.error(msg) 
    7274    else: 
    73         print "Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd()) 
     75        print("Could not find reader association settings\n  %s [%s]" % (__file__, os.getcwd())) 
    7476          
    7577          

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/red2d_reader.py

    r959eb01 ra1b8fee  
    99#copyright 2008, University of Tennessee 
    1010###################################################################### 
     11from __future__ import print_function 
     12 
    1113import os 
    1214import numpy as np 
    … …  
    8284        detector = Detector() 
    8385        if len(output.detector) > 0: 
    84             print str(output.detector[0]) 
     86            print(str(output.detector[0])) 
    8587        output.detector.append(detector) 
    8688                 

  • src/sas/sascalc/fit/AbstractFitEngine.py

    r7432acb ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
    12 
    23import  copy 
    … …  
    627628        """ 
    628629        """ 
    629         print str(self) 
     630        print(str(self)) 

  • src/sas/sascalc/fit/Loader.py

    rac07a3a ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13# class Loader  to load any king of file 
    24#import wx 
    … …  
    5456                    self.dx = np.zeros(len(self.x)) 
    5557                except: 
    56                     print "READ ERROR", line 
     58                    print("READ ERROR", line) 
    5759            # Sanity check 
    5860            if not len(self.x) == len(self.dx): 
    … …  
    8082    load = Load() 
    8183    load.set_filename("testdata_line.txt") 
    82     print load.get_filename()  
     84    print(load.get_filename())  
    8385    load.set_values() 
    84     print load.get_values() 
     86    print(load.get_values()) 
    8587     
    8688             

  • src/sas/sascalc/fit/expression.py

    r9a5097c ra1b8fee  
    4343Ideally, this interface will change 
    4444""" 
     45from __future__ import print_function 
     46 
    4547import math 
    4648import re 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/AbstractFitEngine.py

    r7432acb ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
    12 
    23import  copy 
    … …  
    630631        """ 
    631632        """ 
    632         print str(self) 
     633        print(str(self)) 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/Loader.py

    rac07a3a ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13# class Loader  to load any king of file 
    24#import wx 
    … …  
    5456                    self.dx = np.zeros(len(self.x)) 
    5557                except: 
    56                     print "READ ERROR", line 
     58                    print("READ ERROR", line) 
    5759            # Sanity check 
    5860            if not len(self.x) == len(self.dx): 
    … …  
    8082    load = Load() 
    8183    load.set_filename("testdata_line.txt") 
    82     print load.get_filename()  
     84    print(load.get_filename())  
    8385    load.set_values() 
    84     print load.get_values() 
     86    print(load.get_values()) 
    8587     
    8688             

  • src/sas/sascalc/pr/fit/expression.py

    r9a5097c ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13# This program is public domain 
    24""" 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    r7432acb ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13import math 
    24import numpy as np 
    … …  
    197199    # Testing estimator 
    198200    est = NTermEstimator(invert) 
    199     print est.num_terms() 
     201    print(est.num_terms()) 

  • src/sas/sascalc/simulation/analmodelpy/tests/signon.py

    rd85c194 r9c3d784  
    1717    from analmodelpy import analmodelpy as analmodelpymodule 
    1818 
    19     print "copyright information:" 
    20     print "   ", analmodelpy.copyright() 
    21     print "   ", analmodelpymodule.copyright() 
     19    print("copyright information:") 
     20    print("   ", analmodelpy.copyright()) 
     21    print("   ", analmodelpymodule.copyright()) 
    2222 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", analmodelpymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", analmodelpymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(analmodelpymodule) 
     23    print() 
     24    print("module information:") 
     25    print("    file:", analmodelpymodule.__file__) 
     26    print("    doc:", analmodelpymodule.__doc__) 
     27    print("    contents:", dir(analmodelpymodule)) 
    2828 
    29     print 
    30     print analmodelpymodule.hello() 
     29    print() 
     30    print(analmodelpymodule.hello()) 
    3131 
    3232# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/analmodelpy/tests/testanal_model.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1820    from SASsimulation import geoshapespy 
    1921 
    20     print "copyright information:" 
    21     print "   ", analmodelpymodule.copyright() 
     22    print("copyright information:") 
     23    print("   ", analmodelpymodule.copyright()) 
    2224 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", analmodelpymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", analmodelpymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(analmodelpymodule) 
     25    print() 
     26    print("module information:") 
     27    print("    file:", analmodelpymodule.__file__) 
     28    print("    doc:", analmodelpymodule.__doc__) 
     29    print("    contents:", dir(analmodelpymodule)) 
    2830 
    2931    a = geoshapespy.new_sphere(1.0) 

  • src/sas/sascalc/simulation/geoshapespy/tests/testshapes.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1618    from SASsimulation import geoshapespy 
    1719 
    18     print 
    19     print "module information:" 
    20     print "    file:", geoshapespy.__file__ 
    21     print "    doc:", geoshapespy.__doc__ 
    22     print "    contents:", dir(geoshapespy) 
     20    print() 
     21    print("module information:") 
     22    print("    file:", geoshapespy.__file__) 
     23    print("    doc:", geoshapespy.__doc__) 
     24    print("    contents:", dir(geoshapespy)) 
    2325 
    2426    sp = geoshapespy.new_sphere(10) 

  • src/sas/sascalc/simulation/iqPy/tests/signon.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1719    from iqPy import iqPy as iqPymodule 
    1820 
    19     print "copyright information:" 
    20     print "   ", iqPy.copyright() 
    21     print "   ", iqPymodule.copyright() 
     21    print("copyright information:") 
     22    print("   ", iqPy.copyright()) 
     23    print("   ", iqPymodule.copyright()) 
    2224 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", iqPymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", iqPymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(iqPymodule) 
     25    print() 
     26    print("module information:") 
     27    print("    file:", iqPymodule.__file__) 
     28    print("    doc:", iqPymodule.__doc__) 
     29    print("    contents:", dir(iqPymodule)) 
    2830 
    29     print 
     31    print() 
    3032 
    3133# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/iqPy/tests/testiq.py

    rd85c194 r9c3d784  
    1717        iqPy.new_iq(10,0.01,0.4) 
    1818 
    19         print "pass." 
     19        print("pass.") 
    2020 
    2121# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/signon.py

    rd85c194 ra1b8fee  
    1111#  ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1212#  
     13from __future__ import print_function 
     14 
    1315 
    1416if __name__ == "__main__": 
    … …  
    1719    from pointsmodelpy import pointsmodelpy as pointsmodelpymodule 
    1820 
    19     print "copyright information:" 
    20     print "   ", pointsmodelpy.copyright() 
    21     print "   ", pointsmodelpymodule.copyright() 
     21    print("copyright information:") 
     22    print("   ", pointsmodelpy.copyright()) 
     23    print("   ", pointsmodelpymodule.copyright()) 
    2224 
    23     print 
    24     print "module information:" 
    25     print "    file:", pointsmodelpymodule.__file__ 
    26     print "    doc:", pointsmodelpymodule.__doc__ 
    27     print "    contents:", dir(pointsmodelpymodule) 
     25    print() 
     26    print("module information:") 
     27    print("    file:", pointsmodelpymodule.__file__) 
     28    print("    doc:", pointsmodelpymodule.__doc__) 
     29    print("    contents:", dir(pointsmodelpymodule)) 
    2830 
    29     print 
    30     print pointsmodelpymodule.hello() 
     31    print() 
     32    print(pointsmodelpymodule.hello()) 
    3133 
    3234# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/test2dui.py

    r959eb01 ra1b8fee  
    77#  Imports: 
    88#-------------------------------------------------------------------------------- 
     9from __future__ import print_function 
    910 
    1011import wx 
    … …  
    4647 
    4748        data = ImageData(value_grid, index_vals) 
    48         print value_grid, index_vals 
     49        print(value_grid, index_vals) 
    4950         
    5051        # Create the index axes 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/testcomplexmodel.py

    r959eb01 ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
    13from sasModeling.pointsmodelpy import pointsmodelpy 
    24from sasModeling.iqPy import iqPy 
    35from sasModeling.geoshapespy import geoshapespy 
     6 
    47 
    58#First testing: a normal case, a lores model holds a sphere 
    … …  
    6164  iqPy.OutputIQ(iqcomplex,"testcomplex2.iq") 
    6265 
    63   print "p(r) is saved in testcomplex2.pr" 
    64   print "I(Q) is saved in testcomplex2.iq" 
    65   print "pass" 
     66  print("p(r) is saved in testcomplex2.pr") 
     67  print("I(Q) is saved in testcomplex2.iq") 
     68  print("pass") 
    6669 
    6770#testing 3, insert one empty pdbmodel and one loresmodel 
    … …  
    8891  iqPy.OutputIQ(iqcomplex,"testcomplex3.iq") 
    8992 
    90   print "p(r) is saved in testcomplex3.pr" 
    91   print "I(Q) is saved in testcomplex3.iq" 
    92   print "pass" 
     93  print("p(r) is saved in testcomplex3.pr") 
     94  print("I(Q) is saved in testcomplex3.iq") 
     95  print("pass") 
    9396 
    9497# Test 2D complex model 
    … …  
    106109    pointsmodelpy.get_complexpoints(complex,vpcomplex); 
    107110  
    108     print pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.1,0.1); 
    109     print pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.01,0.1); 
     111    print(pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.1,0.1)); 
     112    print(pointsmodelpy.get_complex_iq_2D(complex,vpcomplex,0.01,0.1)); 
    110113 
    111114 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/testlores.py

    r959eb01 ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
     3 
    14if __name__ == "__main__": 
    25 
    … …  
    1013#    print "   ", pointsmodelpymodule.copyright() 
    1114 
    12     print 
    13     print "module information:" 
    14     print "    file:", pointsmodelpy.__file__ 
    15     print "    doc:", pointsmodelpy.__doc__ 
    16     print "    contents:", dir(pointsmodelpy) 
    17     print "    contents:", dir(geoshapespy) 
     15    print() 
     16    print("module information:") 
     17    print("    file:", pointsmodelpy.__file__) 
     18    print("    doc:", pointsmodelpy.__doc__) 
     19    print("    contents:", dir(pointsmodelpy)) 
     20    print("    contents:", dir(geoshapespy)) 
    1821 
    1922#    a = geoshapespy.new_singlehelix(10,2,30,2) 
    … …  
    4649    pointsmodelpy.outputPDB(lm,vp,"modelpy.pseudo.pdb") 
    4750 
    48     print "calculating distance distribution" 
     51    print("calculating distance distribution") 
    4952    rmax = pointsmodelpy.get_lores_pr(lm,vp) 
    50     print "finish calculating get_lores_pr, and rmax is:", rmax 
     53    print("finish calculating get_lores_pr, and rmax is:", rmax) 
    5154    pointsmodelpy.outputPR(lm,"testlores.pr") 
    5255    pointsmodelpy.get_lores_iq(lm,iq) 
    … …  
    5457    iqPy.OutputIQ(iq, "testlores.iq") 
    5558 
    56     print "Testing get I from a single q" 
     59    print("Testing get I from a single q") 
    5760    result = pointsmodelpy.get_lores_i(lm,0.1) 
    58     print "The I(0.1) is: %s" % str(result)  
     61    print("The I(0.1) is: %s" % str(result))  
    5962 
    6063# version 

  • src/sas/sascalc/simulation/pointsmodelpy/tests/testlores2d.py

    r959eb01 ra1b8fee  
     1from __future__ import print_function 
     2 
     3 
    14def test_lores2d(phi): 
    25  from sasModeling.pointsmodelpy import pointsmodelpy  
    … …  
    4548  value_grid = zeros((100,100),Float) 
    4649  width, height = value_grid.shape 
    47   print width,height 
     50  print(width,height) 
    4851 
    4952  I = pointsmodelpy.calculateI_Qxy(lm,0.00001,0.000002) 
    50   print I 
     53  print(I) 
    5154 
    5255  Imax = 0 
    … …  
    8689  value_grid = zeros((100,100),Float) 
    8790  width, height = value_grid.shape 
    88   print width,height 
     91  print(width,height) 
    8992 
    9093  I = pointsmodelpy.calculateI_Qxy(lm,0.00001,0.000002) 
    91   print I 
     94  print(I) 
    9295 
    9396  Imax = 0 
    … …  
    109112if __name__ == "__main__": 
    110113 
    111   print "start to test lores 2D" 
     114  print("start to test lores 2D") 
    112115#  test_lores2d(10) 
    113116  value_grid = get2d_2() 
    114   print value_grid 
    115   print "pass" 
     117  print(value_grid) 
     118  print("pass") 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.