Changeset 2b63df0 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Apr 23, 2009 12:21:05 PM (15 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
e473e4f5
Parents:
3b69ca6
Message:

add thread for selected compute chisqrt

Location:
sansview/perspectives/fitting
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansview/perspectives/fitting/fitpage.py

    r6fdfc8f r2b63df0  
    3939        ## fit page does not content npts txtcrtl 
    4040        self.npts=None 
    41         ## if no dispersity parameters is avaible  
    42         #self.text_disp_1=None 
     41        ## thread for compute Chisqr 
     42        self.calc_Chisqr=None 
    4343        ## default fitengine type 
    4444        self.engine_type = None 
    … …  
    5353                self.enable_smearer.Disable() 
    5454                self.disable_smearer.Disable() 
    55                  
     55        #try: 
     56            ##Calculate chi2 
     57        #    self.compute_chisqr(smearer= temp_smearer)   
     58        #except: 
     59        #    raise               
    5660        ## to update the panel according to the fit engine type selected 
    5761        self.Bind(EVT_FITTER_TYPE,self._on_engine_change) 
    … …  
    145149        boxsizer1 = wx.StaticBoxSizer(box_description, wx.VERTICAL) 
    146150        boxsizer1.SetMinSize((60,-1)) 
    147         self.tcChi    =  wx.StaticText(self, -1, "-", style=wx.ALIGN_LEFT)         
     151        temp_smearer = None 
     152        if self.enable_smearer.GetValue(): 
     153            temp_smearer= self.smearer 
     154         
     155        self.tcChi    =  wx.StaticText(self, -1, "-", style=wx.ALIGN_LEFT) 
     156          
    148157        boxsizer1.Add( self.tcChi )    
    149158        sizer_smearer.Add( boxsizer1 ) 
    … …  
    685694        ## set smearing value whether or not the data contain the smearing info 
    686695        self.manager.set_smearer(smearer=temp_smearer, qmin= float(self.qmin_x), 
    687                                       qmax= float(self.qmax_x))  
     696                                     qmax= float(self.qmax_x))  
    688697        ##Calculate chi2 
    689698        self.compute_chisqr(smearer= temp_smearer)   
    690699        ## save the state enable smearing 
    691         self.save_current_state() 
    692         
    693           
     700        self.save_current_state()  
    694701    
    695          
    696    
     702    def complete_chisqr(self, output, elapsed=None):   
     703        """ 
     704            print result chisqr 
     705        """ 
     706        try: 
     707            self.tcChi.SetLabel(format_number(output)) 
     708        except: 
     709            raise 
     710         
     711         
     712    def compute_chisqr1D(self, smearer=None): 
     713        """ 
     714            Compute chisqr for 1D 
     715        """ 
     716        from sans.guiframe.utils import check_value 
     717        flag = check_value( self.qmin, self.qmax) 
     718         
     719        if not flag: 
     720            return  
     721         
     722        try: 
     723            self.qmin_x = float(self.qmin.GetValue()) 
     724            self.qmax_x = float(self.qmax.GetValue()) 
     725            ##return residuals within self.qmin_x and self.qmax_x 
     726            from gui_thread import CalcChisqr1D 
     727            ## If a thread is already started, stop it 
     728            if self.calc_Chisqr!= None and self.calc_Chisqr.isrunning(): 
     729                self.calc_Chisqr.stop() 
     730                 
     731            self.calc_Chisqr= CalcChisqr1D( x= self.data.x, 
     732                                            y= self.data.y, 
     733                                            dy= self.data.dy, 
     734                                            model= self.model, 
     735                                            smearer=smearer, 
     736                                            qmin=self.qmin_x, 
     737                                            qmax=self.qmax_x, 
     738                                            completefn = self.complete_chisqr, 
     739                                            updatefn   = None) 
     740     
     741            self.calc_Chisqr.queue() 
     742             
     743        except: 
     744            raise ValueError," Could not compute Chisqr for %s Model 2D: "%self.model.name 
     745            
     746             
     747    
     748         
     749         
    697750    def compute_chisqr2D(self): 
    698751        """  
    … …  
    702755        from sans.guiframe.utils import check_value 
    703756        flag = check_value( self.qmin, self.qmax) 
    704          
    705         err_image = copy.deepcopy(self.data.err_data) 
    706         if err_image==[] or err_image==None: 
    707             err_image= numpy.zeros(len(self.data.x_bins),len(self.data.y_bins)) 
    708                         
    709         err_image[err_image==0]=1 
    710         
    711         res=[] 
    712         if flag== True: 
    713             try: 
    714                 self.qmin_x = float(self.qmin.GetValue()) 
    715                 self.qmax_x = float(self.qmax.GetValue()) 
    716                 for i in range(len(self.data.x_bins)): 
    717                     for j in range(len(self.data.y_bins)): 
    718                         #Check the range containing data between self.qmin_x and self.qmax_x 
    719                         value =  math.pow(self.data.x_bins[i],2)+ math.pow(self.data.y_bins[j],2) 
    720                         if value >= math.pow(self.qmin_x,2) and value <= math.pow(self.qmax_x,2): 
    721                              
    722                             temp = [self.data.x_bins[i],self.data.y_bins[j]] 
    723                             error= err_image[j][i] 
    724                             chisqrji = (self.data.data[j][i]- self.model.runXY(temp ))/error 
    725                             #Vector containing residuals 
    726                             res.append( math.pow(chisqrji,2) ) 
    727  
    728                 # compute sum of residual 
    729                 sum=0 
    730                 for item in res: 
    731                     if numpy.isfinite(item): 
    732                         sum +=item 
    733                 self.tcChi.SetLabel(format_number(math.fabs(sum/ len(res)))) 
    734             except: 
    735                 wx.PostEvent(self.parent.GrandParent, StatusEvent(status=\ 
    736                             "Chisqr cannot be compute: %s"% sys.exc_value)) 
    737                 return 
    738      
     757        if not flag: 
     758            return  
     759       
     760        try: 
     761            self.qmin_x = float(self.qmin.GetValue()) 
     762            self.qmax_x = float(self.qmax.GetValue()) 
     763            
     764            ##return residuals within self.qmin_x and self.qmax_x 
     765            from gui_thread import CalcChisqr2D 
     766            ## If a thread is already started, stop it 
     767            if self.calc_Chisqr!= None and self.calc_Chisqr.isrunning(): 
     768                self.calc_Chisqr.stop() 
     769                 
     770            self.calc_Chisqr= CalcChisqr2D( x_bins= self.data.x_bins, 
     771                                            y_bins= self.data.y_bins, 
     772                                            data= self.data.data, 
     773                                            err_data = self.data.err_data, 
     774                                            model= self.model, 
     775                                            qmin= self.qmin_x, 
     776                                            qmax = self.qmax_x, 
     777                                            completefn = self.complete_chisqr, 
     778                                            updatefn   = None) 
     779     
     780            self.calc_Chisqr.queue() 
     781           
     782        except: 
     783            raise ValueError," Could not compute Chisqr for %s Model 2D: "%self.model.name 
     784            
     785 
    739786         
    740787    def compute_chisqr(self , smearer=None): 
    … …  
    751798                    return 
    752799                else: 
    753                     self.qmin_x = float(self.qmin.GetValue()) 
    754                     self.qmax_x = float(self.qmax.GetValue()) 
    755                     # return residuals within self.qmin_x and self.qmax_x 
    756                     x,y = [numpy.asarray(v) for v in (self.data.x,self.data.y)] 
    757                      
    758                     if self.data.dy==None: 
    759                         dy= numpy.zeros(len(y)) 
    760                     else: 
    761                         dy= copy.deepcopy(self.data.dy) 
    762                         dy= numpy.asarray(dy) 
    763                     dy[dy==0]=1 
    764                     
    765                     if self.qmin_x==None and self.qmax_x==None:  
    766                         fx =numpy.asarray([self.model.run(v) for v in x]) 
    767                         if smearer!=None: 
    768                             fx= smearer(fx) 
    769                         temp=(y - fx)/dy 
    770                         res= temp*temp 
    771                     else: 
    772                         idx = (x>= self.qmin_x) & (x <=self.qmax_x) 
    773                         fx = numpy.asarray([self.model.run(item)for item in x[idx ]]) 
    774                         if smearer!=None: 
    775                             fx= smearer(fx) 
    776                         temp=(y[idx] - fx)/dy[idx] 
    777                         res= temp*temp 
    778                     #sum of residuals 
    779                     sum=0 
    780                     for item in res: 
    781                         if numpy.isfinite(item): 
    782                             sum +=item 
    783                     self.tcChi.SetLabel(format_number(math.fabs(sum/ len(res)))) 
     800                    self.compute_chisqr1D(smearer=smearer) 
     801                    return 
    784802            except: 
    785803                wx.PostEvent(self.parent.GrandParent, StatusEvent(status=\ 
    786                             "Chisqr cannot be compute: %s"% sys.exc_value)) 
     804                            "Chisqr Error: %s"% sys.exc_value)) 
    787805                return  
    788806             

  • sansview/perspectives/fitting/fitting.py

    r8b31780 r2b63df0  
    33import string, numpy, math 
    44 
    5 from danse.common.plottools.plottables import Data1D, Theory1D,Data2D 
     5from danse.common.plottools.plottables import Data2D,Theory1D 
     6from sans.guiframe import dataFitting  
    67from danse.common.plottools.PlotPanel import PlotPanel 
    78from sans.guicomm.events import NewPlotEvent, StatusEvent   
    89from sans.guicomm.events import EVT_SLICER_PANEL,ERR_DATA 
    910from sans.guiframe import dataFitting 
    10 from sans.fit.AbstractFitEngine import Model,FitData1D,FitData2D 
     11from sans.fit.AbstractFitEngine import Model 
    1112 
    1213from fitproblem import FitProblem 
    … …  
    266267            dx= item.dx 
    267268             
    268         from sans.guiframe import dataFitting  
     269         
    269270        data= dataFitting.Data1D(x=item.x, y=item.y,dx=dx, dy=dy, dxl=dxl, dxw=dxw) 
    270271         
    … …  
    988989                new_plot.is_data =False  
    989990            
    990             from DataLoader.data_info import Data1D 
    991             info= Data1D(x= new_plot.x, y=new_plot.y) 
     991            from DataLoader import data_info 
     992            info= data_info.Data1D(x= new_plot.x, y=new_plot.y) 
    992993            info.title= new_plot.name 
    993994            title= my_info.title 

  • sansview/perspectives/fitting/gui_thread.py

    r41340860 r2b63df0  
    22 
    33import time 
     4import numpy 
     5import copy 
     6import math 
    47import sys 
    58import wx 
    … …  
    710from calcthread import CalcThread 
    811 
    9  
    10 class SmearPlot(CalcThread): 
     12class CalcChisqr1D(CalcThread): 
    1113    """ 
    12         Compute 2D model 
    13         This calculation assumes a 2-fold symmetry of the model 
    14         where points are computed for one half of the detector 
    15         and I(qx, qy) = I(-qx, -qy) is assumed. 
     14       Compute chisqr 
    1615    """ 
    17      
    18     def __init__(self, enable_smearer=False,smearer=None,manager=None, 
     16    def __init__(self, x, y,dy, model, 
     17                 smearer=None, 
     18                 qmin=None, 
     19                 qmax=None, 
    1920                 completefn = None, 
    2021                 updatefn   = None, 
    … …  
    2627                 yieldtime, 
    2728                 worktime) 
    28         self.enable_smearer = enable_smearer 
     29        self.smearer =smearer 
     30        self.y = numpy.array(y) 
     31        self.x = numpy.array(x) 
     32        self.dy= copy.deepcopy(dy) 
     33        self.model = model 
     34        self.qmin = qmin 
     35        self.qmax = qmax 
    2936        self.smearer = smearer 
    30         self.manager= manager 
    3137        self.starttime = 0   
     38         
     39    def isquit(self): 
     40        """ 
     41             @raise KeyboardInterrupt: when the thread is interrupted 
     42        """ 
     43        try: 
     44            CalcThread.isquit(self) 
     45        except KeyboardInterrupt: 
     46            raise KeyboardInterrupt    
     47         
    3248         
    3349    def compute(self): 
    … …  
    3551            Compute the data given a model function 
    3652        """ 
    37         ## set smearing value whether or not the data contain the smearing info 
    38         self.manager.set_smearer(self.smearer, qmin= float(self.qmin_x), 
    39                                       qmax= float(self.qmax_x))  
    40         ##Calculate chi2 
    41         self.compute_chisqr(smearer= temp_smearer)   
    42         elapsed = time.time()-self.starttime 
    43         
    44  
     53        self.starttime = time.time() 
     54        x,y = [numpy.asarray(v) for v in (self.x,self.y)] 
     55        if self.dy==None or self.dy==[]: 
     56            self.dy= numpy.zeros(len(self.y)) 
     57        self.dy[self.dy==0]=1 
     58         
     59        if self.qmin==None: 
     60            self.qmin= min(self.x) 
     61         
     62        if self.qmax==None: 
     63            self.qmax= max(self.x) 
     64             
     65        fx = numpy.zeros(len(self.x))  
     66         
     67        output= None 
     68        res=[] 
     69        try:  
     70             
     71            for i_x in range(len(self.x)): 
     72                
     73                # Check whether we need to bail out 
     74                self.isquit()    
     75                fx[i_x]=self.model.run(i_x) 
     76                 
     77            if self.smearer!=None: 
     78                fx= self.smearer(fx) 
     79            for i_y in range(len(fx)): 
     80                # Check whether we need to bail out 
     81                self.isquit()    
     82                temp=(self.y[i_y] - fx[i_y])/self.dy[i_y] 
     83                res.append(temp*temp) 
     84            #sum of residuals 
     85            sum=0 
     86            for item in res: 
     87                # Check whether we need to bail out 
     88                self.isquit()   
     89                if numpy.isfinite(item): 
     90                    sum +=item 
     91            output = sum/ len(res) 
     92            elapsed = time.time()-self.starttime 
     93            self.complete(output= output,  elapsed=elapsed) 
     94             
     95        except KeyboardInterrupt: 
     96            # Thread was interrupted, just proceed and re-raise. 
     97            # Real code should not print, but this is an example... 
     98            raise 
     99        except: 
     100            raise 
     101         
     102class CalcChisqr2D(CalcThread): 
     103    """ 
     104       Compute chisqr 
     105    """ 
     106     
     107    def __init__(self, x_bins, y_bins,data,err_data, model, 
     108                 qmin, 
     109                 qmax, 
     110                 completefn = None, 
     111                 updatefn   = None, 
     112                 yieldtime  = 0.01, 
     113                 worktime   = 0.01 
     114                 ): 
     115        CalcThread.__init__(self,completefn, 
     116                 updatefn, 
     117                 yieldtime, 
     118                 worktime) 
     119       
     120        self.y_bins = y_bins 
     121        self.x_bins = x_bins 
     122        self.data= data 
     123        self.err_data= copy.deepcopy(err_data) 
     124        self.model = model 
     125        self.qmin = qmin 
     126        self.qmax = qmax 
     127       
     128        self.starttime = 0   
     129         
     130    def isquit(self): 
     131        """ 
     132             @raise KeyboardInterrupt: when the thread is interrupted 
     133        """ 
     134        try: 
     135            CalcThread.isquit(self) 
     136        except KeyboardInterrupt: 
     137            raise KeyboardInterrupt    
     138         
     139         
     140    def compute(self): 
     141        """ 
     142            Compute the data given a model function 
     143        """ 
     144        self.starttime = time.time() 
     145        if self.err_data==None or self.err_data==[]: 
     146            self.err_data= numpy.zeros(len(self.x_bins),len(self.y_bins)) 
     147             
     148        self.err_data[self.err_data==0]=1 
     149             
     150        output= None 
     151        res=[] 
     152        try: 
     153           
     154            for i in range(len(self.x_bins)): 
     155                # Check whether we need to bail out 
     156                self.isquit()    
     157                for j in range(len(self.y_bins)): 
     158                    #Check the range containing data between self.qmin_x and self.qmax_x 
     159                    value =  math.pow(self.x_bins[i],2)+ math.pow(self.y_bins[j],2) 
     160                    if value >= math.pow(self.qmin,2) and value <= math.pow(self.qmax,2): 
     161                         
     162                        temp = [self.x_bins[i],self.y_bins[j]] 
     163                        error= self.err_data[j][i] 
     164                        chisqrji = (self.data[j][i]- self.model.runXY(temp ))/error 
     165                        #Vector containing residuals 
     166                        res.append( math.pow(chisqrji,2) ) 
     167  
     168            sum=0 
     169            for item in res: 
     170                # Check whether we need to bail out 
     171                self.isquit()   
     172                if numpy.isfinite(item): 
     173                    sum +=item 
     174            output = sum/ len(res) 
     175            elapsed = time.time()-self.starttime 
     176            self.complete(output= output,  elapsed=elapsed) 
     177             
     178        except KeyboardInterrupt: 
     179            # Thread was interrupted, just proceed and re-raise. 
     180            # Real code should not print, but this is an example... 
     181            raise 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.