Changeset 2add354 in sasview for src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting


Ignore:
Timestamp:
May 9, 2017 3:38:40 AM (8 years ago)
Author:
Piotr Rozyczko <rozyczko@…>
Branches:
ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc
Children:
f7f5796
Parents:
31e4bb8
Message:

Code review fixes for SASVIEW-273

Location:
src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting
Files:
1 added
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingLogic.py

    r180bd54 r2add354  
    1 import numpy 
     1import numpy as np 
    22 
    33from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data1D 
    … …  
    7272        ymin = -qmax 
    7373 
    74         x = numpy.linspace(start=xmin, stop=xmax, num=qstep, endpoint=True) 
    75         y = numpy.linspace(start=ymin, stop=ymax, num=qstep, endpoint=True) 
     74        x = np.linspace(start=xmin, stop=xmax, num=qstep, endpoint=True) 
     75        y = np.linspace(start=ymin, stop=ymax, num=qstep, endpoint=True) 
    7676        # Use data info instead 
    77         new_x = numpy.tile(x, (len(y), 1)) 
    78         new_y = numpy.tile(y, (len(x), 1)) 
     77        new_x = np.tile(x, (len(y), 1)) 
     78        new_y = np.tile(y, (len(x), 1)) 
    7979        new_y = new_y.swapaxes(0, 1) 
    8080 
    … …  
    8282        qx_data = new_x.flatten() 
    8383        qy_data = new_y.flatten() 
    84         q_data = numpy.sqrt(qx_data * qx_data + qy_data * qy_data) 
     84        q_data = np.sqrt(qx_data * qx_data + qy_data * qy_data) 
    8585 
    8686        # set all True (standing for unmasked) as default 
    87         mask = numpy.ones(len(qx_data), dtype=bool) 
     87        mask = np.ones(len(qx_data), dtype=bool) 
    8888        # calculate the range of qx and qy: this way, 
    8989        # it is a little more independent 
    … …  
    9393 
    9494        self._data.source = Source() 
    95         self._data.data = numpy.ones(len(mask)) 
    96         self._data.err_data = numpy.ones(len(mask)) 
     95        self._data.data = np.ones(len(mask)) 
     96        self._data.err_data = np.ones(len(mask)) 
    9797        self._data.qx_data = qx_data 
    9898        self._data.qy_data = qy_data 
    … …  
    120120        new_plot = Data1D(x=x, y=y) 
    121121        new_plot.is_data = False 
    122         new_plot.dy = numpy.zeros(len(y)) 
     122        new_plot.dy = np.zeros(len(y)) 
    123123        _yaxis, _yunit = data.get_yaxis() 
    124124        _xaxis, _xunit = data.get_xaxis() 
    … …  
    141141        update_chisqr, source = return_data 
    142142 
    143         numpy.nan_to_num(image) 
     143        np.nan_to_num(image) 
    144144        new_plot = Data2D(image=image, err_image=data.err_data) 
    145145        new_plot.name = model.name + '2d' 
    … …  
    194194            qmin = 0 
    195195            try: 
    196                 x = max(numpy.fabs(self.data.xmin), numpy.fabs(self.data.xmax)) 
    197                 y = max(numpy.fabs(self.data.ymin), numpy.fabs(self.data.ymax)) 
     196                x = max(np.fabs(self.data.xmin), np.fabs(self.data.xmax)) 
     197                y = max(np.fabs(self.data.ymin), np.fabs(self.data.ymax)) 
    198198            except (ValueError, TypeError): 
    199199                msg = "Unable to find min/max of \n data named %s" % \ 
    200200                            self.data.filename 
    201201                raise ValueError, msg 
    202             qmax = numpy.sqrt(x * x + y * y) 
     202            qmax = np.sqrt(x * x + y * y) 
    203203            npts = len(self.data.data) 
    204204        return qmin, qmax, npts 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingPerspective.py

    r31e4bb8 r2add354  
    6161        Overwrite QDialog close method to allow for custom widget close 
    6262        """ 
     63        # Invoke fit page events 
     64        for tab in self.tabs: 
     65            tab.close() 
    6366        if self._allow_close: 
    6467            # reset the closability flag 
    … …  
    6669            event.accept() 
    6770        else: 
    68             event.ignore() 
    6971            # Maybe we should just minimize 
    7072            self.setWindowState(QtCore.Qt.WindowMinimized) 
     73            event.ignore() 
    7174 
    7275    def addFit(self, data): 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingUtilities.py

    rd48cc19 r2add354  
    5656        item1 = QtGui.QStandardItem(item_name) 
    5757        item1.setCheckable(True) 
     58        item1.setEditable(False) 
    5859        item_err = QtGui.QStandardItem() 
    5960        # check for polydisp params 
    6061        if param.polydisperse: 
    6162            poly_item = QtGui.QStandardItem("Polydispersity") 
     63            poly_item.setEditable(False) 
    6264            item1_1 = QtGui.QStandardItem("Distribution") 
     65            item1_1.setEditable(False) 
    6366            # Find param in volume_params 
    6467            for p in parameters.form_volume_parameters: 
    … …  
    6669                    continue 
    6770                item1_2 = QtGui.QStandardItem(str(p.default)) 
     71                item1_2.setEditable(False) 
    6872                item1_3 = QtGui.QStandardItem(str(p.limits[0])) 
     73                item1_3.setEditable(False) 
    6974                item1_4 = QtGui.QStandardItem(str(p.limits[1])) 
     75                item1_4.setEditable(False) 
    7076                item1_5 = QtGui.QStandardItem(p.units) 
     77                item1_5.setEditable(False) 
    7178                poly_item.appendRow([item1_1, item1_2, item1_3, item1_4, item1_5]) 
    7279                break 
    … …  
    8188        item4 = QtGui.QStandardItem(str(param.limits[1])) 
    8289        item5 = QtGui.QStandardItem(param.units) 
     90        item5.setEditable(False) 
    8391        item.append([item1, item2, item3, item4, item5]) 
    8492    return item 
    … …  
    95103        item1 = QtGui.QStandardItem(item_name) 
    96104        item1.setCheckable(True) 
     105        item1.setEditable(False) 
    97106        # Param values 
     107        # TODO: add delegate for validation of cells 
    98108        item2 = QtGui.QStandardItem(str(param.default)) 
    99         # TODO: the error column. 
    100         # Either add a proxy model or a custom view delegate 
    101         item_err = QtGui.QStandardItem() 
    102109        item4 = QtGui.QStandardItem(str(param.limits[0])) 
    103110        item5 = QtGui.QStandardItem(str(param.limits[1])) 
    104111        item6 = QtGui.QStandardItem(param.units) 
     112        item6.setEditable(False) 
    105113        item.append([item1, item2, item4, item5, item6]) 
    106114    return item 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingWidget.py

    r02ddfb4 r2add354  
    1212from PyQt4 import QtGui 
    1313from PyQt4 import QtCore 
     14from PyQt4 import QtWebKit 
    1415 
    1516from sasmodels import generate 
    … …  
    3233from SmearingWidget import SmearingWidget 
    3334from OptionsWidget import OptionsWidget 
     35from FitPage import FitPage 
    3436 
    3537TAB_MAGNETISM = 4 
    … …  
    7375        self.log_points = False 
    7476        self.weighting = 0 
     77        self.chi2 = None 
    7578 
    7679        # Data for chosen model 
    … …  
    132135        """ 
    133136        self.lstParams.setStyleSheet(stylesheet) 
     137        self.lstParams.setContextMenuPolicy(QtCore.Qt.CustomContextMenu) 
     138        self.lstParams.customContextMenuRequested.connect(self.showModelDescription) 
    134139 
    135140        # Poly model displayed in poly list 
    … …  
    163168        self.initializeControls() 
    164169 
     170        # Display HTML content 
     171        self.helpView = QtWebKit.QWebView() 
     172 
    165173        self._index = None 
    166174        if data is not None: 
    167175            self.data = data 
     176 
     177    def close(self): 
     178        """ 
     179        Remember to kill off things on exit 
     180        """ 
     181        self.helpView.close() 
     182        del self.helpView 
    168183 
    169184    @property 
    … …  
    197212        self.lblFilename.setText(self.logic.data.filename) 
    198213        self.updateQRange() 
    199         self.cmdFit.setEnabled(True) 
    200214        # Switch off Data2D control 
    201215        self.chk2DView.setEnabled(False) 
    … …  
    285299        self.cmdFit.clicked.connect(self.onFit) 
    286300        self.cmdPlot.clicked.connect(self.onPlot) 
     301        self.cmdHelp.clicked.connect(self.onHelp) 
    287302 
    288303        # Respond to change in parameters from the UI 
    … …  
    294309        # Signals from separate tabs asking for replot 
    295310        self.options_widget.plot_signal.connect(self.onOptionsUpdate) 
     311 
     312    def showModelDescription(self, position): 
     313        """ 
     314        Shows a window with model description, when right clicked in the treeview 
     315        """ 
     316        msg = 'Model description:\n' 
     317        info = "Info" 
     318        if self.kernel_module is not None: 
     319            if str(self.kernel_module.description).rstrip().lstrip() == '': 
     320                msg += "Sorry, no information is available for this model." 
     321            else: 
     322                msg += self.kernel_module.description + '\n' 
     323        else: 
     324            msg += "You must select a model to get information on this" 
     325 
     326        menu = QtGui.QMenu() 
     327        label = QtGui.QLabel(msg) 
     328        action = QtGui.QWidgetAction(self) 
     329        action.setDefaultWidget(label) 
     330        menu.addAction(action) 
     331        menu.exec_(self.lstParams.viewport().mapToGlobal(position)) 
    296332 
    297333    def onSelectModel(self): 
    … …  
    321357            # Create default datasets if no data passed 
    322358            self.createDefaultDataset() 
     359 
     360        #state = self.currentState() 
    323361 
    324362    def onSelectStructureFactor(self): 
    … …  
    403441        pass # debug anchor 
    404442 
     443    def onHelp(self): 
     444        """ 
     445        Show the "Fitting" section of help 
     446        """ 
     447        tree_location = self.parent.HELP_DIRECTORY_LOCATION +\ 
     448            "/user/sasgui/perspectives/fitting/fitting_help.html" 
     449        self.helpView.load(QtCore.QUrl(tree_location)) 
     450        self.helpView.show() 
     451 
    405452    def onFit(self): 
    406453        """ 
    … …  
    438485        fitter.set_model(model, fit_id, params_to_fit, data=data, 
    439486                         constraints=constraints) 
     487 
    440488        fitter.set_data(data=data, id=fit_id, smearer=smearer, qmin=qmin, 
    441489                        qmax=qmax) 
    … …  
    501549        self.communicate.statusBarUpdateSignal.emit(msg) 
    502550 
    503         fitness = res.fitness 
     551        self.chi2 = res.fitness 
    504552        param_list = res.param_list 
    505553        param_values = res.pvec 
    … …  
    516564 
    517565        # Read only value - we can get away by just printing it here 
    518         chi2_repr = GuiUtils.formatNumber(fitness, high=True) 
     566        chi2_repr = GuiUtils.formatNumber(self.chi2, high=True) 
    519567        self.lblChi2Value.setText(chi2_repr) 
    520568 
    … …  
    586634        # Regardless of previous state, this should now be `plot show` functionality only 
    587635        self.cmdPlot.setText("Show Plot") 
    588         self.recalculatePlotData() 
    589636        self.showPlot() 
    590637 
    … …  
    685732        checked_list = ['background', '0.001', '-inf', 'inf', '1/cm'] 
    686733        FittingUtilities.addCheckedListToModel(model, checked_list) 
     734        last_row = model.rowCount()-1 
     735        model.item(last_row, 0).setEditable(False) 
     736        model.item(last_row, 4).setEditable(False) 
    687737 
    688738    def addScaleToModel(self, model): 
    … …  
    693743        checked_list = ['scale', '1.0', '0.0', 'inf', ''] 
    694744        FittingUtilities.addCheckedListToModel(model, checked_list) 
     745        last_row = model.rowCount()-1 
     746        model.item(last_row, 0).setEditable(False) 
     747        model.item(last_row, 4).setEditable(False) 
    695748 
    696749    def addWeightingToData(self, data): 
    … …  
    781834        if model_column == 0: 
    782835            self.checkboxSelected(item) 
     836            self.cmdFit.setEnabled(self.parameters_to_fit != [] and self.logic.data_is_loaded) 
    783837            return 
    784838 
    … …  
    787841 
    788842        # Extract changed value. Assumes proper validation by QValidator/Delegate 
    789         value = float(item.text()) 
     843        # TODO: disable model update for uneditable cells/columns 
     844        try: 
     845            value = float(item.text()) 
     846        except ValueError: 
     847            # Unparsable field 
     848            return 
    790849        parameter_name = str(self._model_model.data(name_index).toPyObject()) # sld, background etc. 
    791850        property_name = str(self._model_model.headerData(1, model_column).toPyObject()) # Value, min, max, etc. 
    … …  
    9441003        self.createNewIndex(fitted_data) 
    9451004        # Calculate difference between return_data and logic.data 
    946         chi2 = FittingUtilities.calculateChi2(fitted_data, self.logic.data) 
     1005        self.chi2 = FittingUtilities.calculateChi2(fitted_data, self.logic.data) 
    9471006        # Update the control 
    948         chi2_repr = "---" if chi2 is None else GuiUtils.formatNumber(chi2, high=True) 
     1007        chi2_repr = "---" if self.chi2 is None else GuiUtils.formatNumber(self.chi2, high=True) 
    9491008        self.lblChi2Value.setText(chi2_repr) 
    9501009 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/UI/FittingWidgetUI.ui

    r180bd54 r2add354  
    158158            </item> 
    159159            <item row="1" column="0"> 
    160              <widget class="QComboBox" name="cbCategory"/> 
     160             <widget class="QComboBox" name="cbCategory"> 
     161              <property name="toolTip"> 
     162               <string>Select a category</string> 
     163              </property> 
     164             </widget> 
    161165            </item> 
    162166            <item row="1" column="1"> 
    163              <widget class="QComboBox" name="cbModel"/> 
     167             <widget class="QComboBox" name="cbModel"> 
     168              <property name="toolTip"> 
     169               <string>Select a model</string> 
     170              </property> 
     171             </widget> 
    164172            </item> 
    165173            <item row="1" column="2"> 
    166              <widget class="QComboBox" name="cbStructureFactor"/> 
     174             <widget class="QComboBox" name="cbStructureFactor"> 
     175              <property name="toolTip"> 
     176               <string>Select a structure factor</string> 
     177              </property> 
     178             </widget> 
    167179            </item> 
    168180           </layout> 
    … …  
    172184            <property name="styleSheet"> 
    173185             <string notr="true"/> 
     186            </property> 
     187            <property name="editTriggers"> 
     188             <set>QAbstractItemView::CurrentChanged|QAbstractItemView::DoubleClicked|QAbstractItemView::EditKeyPressed|QAbstractItemView::SelectedClicked</set> 
    174189            </property> 
    175190            <property name="selectionMode"> 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/UnitTesting/FittingWidgetTest.py

    r02ddfb4 r2add354  
    1818 
    1919from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data1D 
     20from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data2D 
    2021 
    2122app = QtGui.QApplication(sys.argv) 
    … …  
    5051        self.assertFalse(self.widget.data_is_loaded) 
    5152 
    52     def testSelectCategory(self): 
     53    def testSelectCategoryDefault(self): 
    5354        """ 
    5455        Test if model categories have been loaded properly 
    … …  
    7980        # self.assertTrue(widget_with_data.cmdFit.isEnabled()) 
    8081        self.assertFalse(widget_with_data.acceptsData()) 
    81  
    82     def testSelectModel(self): 
    83         """ 
    84         Test if models have been loaded properly 
    85         """ 
    86         fittingWindow =  self.widget 
    87  
    88         #Test loading from json categories 
    89         model_list = fittingWindow.master_category_dict["Cylinder"] 
    90         self.assertTrue(['cylinder', True] in model_list) 
    91         self.assertTrue(['core_shell_cylinder', True] in model_list) 
    92         self.assertTrue(['barbell', True] in model_list) 
    93         self.assertTrue(['core_shell_bicelle', True] in model_list) 
    94         self.assertTrue(['flexible_cylinder', True] in model_list) 
    95         self.assertTrue(['flexible_cylinder_elliptical', True] in model_list) 
    96         self.assertTrue(['pearl_necklace', True] in model_list) 
    97         self.assertTrue(['capped_cylinder', True] in model_list) 
    98         self.assertTrue(['elliptical_cylinder', True] in model_list) 
    99         self.assertTrue(['pringle', True] in model_list) 
    100         self.assertTrue(['hollow_cylinder', True] in model_list) 
    101         self.assertTrue(['core_shell_bicelle_elliptical', True] in model_list) 
    102         self.assertTrue(['stacked_disks', True] in model_list) 
    103  
    104         #Test for existence in combobox 
    105         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("cylinder"),-1) 
    106         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("core_shell_cylinder"),-1) 
    107         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("barbell"),-1) 
    108         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("core_shell_bicelle"),-1) 
    109         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("flexible_cylinder"),-1) 
    110         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("flexible_cylinder_elliptical"),-1) 
    111         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("pearl_necklace"),-1) 
    112         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("capped_cylinder"),-1) 
    113         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("elliptical_cylinder"),-1) 
    114         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("pringle"),-1) 
    115         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("hollow_cylinder"),-1) 
    116         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("core_shell_bicelle_elliptical"),-1) 
    117         self.assertNotEqual(fittingWindow.cbModel.findText("stacked_disks"),-1) 
    118  
    11982 
    12083    def testSelectPolydispersity(self): 
    … …  
    154117        pass 
    155118 
    156     def  testSelectCategory(self): 
     119    def testSelectCategory(self): 
    157120        """ 
    158121        Assure proper behaviour on changing category 
    … …  
    498461        self.assertEqual(spy.count(), 1) 
    499462 
    500     def testOnFit(self): 
     463    def testOnFit1D(self): 
    501464        """ 
    502465        Test the threaded fitting call 
    … …  
    540503            self.assertEqual(update_spy.count(), 1) 
    541504 
     505    def testOnFit2D(self): 
     506        """ 
     507        Test the threaded fitting call 
     508        """ 
     509        # Set data 
     510        test_data = Data2D(image=[1.0, 2.0, 3.0], 
     511                           err_image=[0.01, 0.02, 0.03], 
     512                           qx_data=[0.1, 0.2, 0.3], 
     513                           qy_data=[0.1, 0.2, 0.3], 
     514                           xmin=0.1, xmax=0.3, ymin=0.1, ymax=0.3, 
     515                           mask=[True, True, True]) 
     516 
     517        # Force same data into logic 
     518        self.widget.logic.data = test_data 
     519        self.widget.data_is_loaded = True 
     520        category_index = self.widget.cbCategory.findText("Sphere") 
     521        self.widget.cbCategory.setCurrentIndex(category_index) 
     522 
     523        self.widget.show() 
     524 
     525        # Test no fitting params 
     526        self.widget.parameters_to_fit = [] 
     527 
     528        with self.assertRaises(ValueError) as error: 
     529            self.widget.onFit() 
     530        self.assertEqual(str(error.exception), 'no fitting parameters') 
     531 
     532        # Assing fitting params 
     533        self.widget.parameters_to_fit = ['scale'] 
     534 
     535        # Spying on status update signal 
     536        update_spy = QtSignalSpy(self.widget, self.widget.communicate.statusBarUpdateSignal) 
     537 
     538        with threads.deferToThread as MagicMock: 
     539            self.widget.onFit() 
     540            # thread called 
     541            self.assertTrue(threads.deferToThread.called) 
     542            # thread method is 'compute' 
     543            self.assertEqual(threads.deferToThread.call_args_list[0][0][0].__name__, 'compute') 
     544 
     545            # the fit button changed caption and got disabled 
     546            self.assertEqual(self.widget.cmdFit.text(), 'Calculating...') 
     547            self.assertFalse(self.widget.cmdFit.isEnabled()) 
     548 
     549            # Signal pushed up 
     550            self.assertEqual(update_spy.count(), 1) 
     551 
    542552 
    543553if __name__ == "__main__": 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.