Changes in / [fb39f28:21e71f1] in sasview


Ignore:
Files:
3 added
16 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • docs/sphinx-docs/build_sphinx.py

    rf1b696d r5f9e874  
    3030SPHINX_BUILD = joinpath(SPHINX_ROOT, "build") 
    3131SPHINX_SOURCE = joinpath(SPHINX_ROOT, "source-temp") 
    32 SPHINX_PERSPECTIVES = joinpath(SPHINX_SOURCE, "user", "qtgui", "perspectives") 
     32SPHINX_PERSPECTIVES = joinpath(SPHINX_SOURCE, "user", "qtgui", "Perspectives") 
    3333 
    3434# sasview paths 
    … …  
    5151SASMODELS_DEV_TARGET = joinpath(SPHINX_SOURCE, "dev", "sasmodels-dev") 
    5252SASMODELS_GUIDE_SOURCE = joinpath(SASMODELS_DOCS, "guide") 
    53 SASMODELS_GUIDE_TARGET = joinpath(SPHINX_PERSPECTIVES, "fitting") 
     53SASMODELS_GUIDE_TARGET = joinpath(SPHINX_PERSPECTIVES, "Fitting") 
    5454SASMODELS_GUIDE_EXCLUDE = [ 
    5555    "index.rst", "install.rst", "intro.rst", 
    … …  
    5959BUMPS_DOCS = joinpath(SASVIEW_ROOT, "..", "bumps", "doc") 
    6060BUMPS_SOURCE = joinpath(BUMPS_DOCS, "guide") 
    61 BUMPS_TARGET = joinpath(SPHINX_PERSPECTIVES, "fitting") 
     61BUMPS_TARGET = joinpath(SPHINX_PERSPECTIVES, "Fitting") 
    6262 
    6363run = imp.load_source('run', joinpath(SASVIEW_ROOT, 'run.py')) 

  • src/sas/qtgui/Calculators/GenericScatteringCalculator.py

    r133812c7 r8c85ac1  
    661661            data.xaxis('\\rm{Q_{x}}', '\AA^{-1}') 
    662662            data.yaxis('\\rm{Intensity}', 'cm^{-1}') 
    663             plot1D = Plotter(self, quickplot=True) 
    664             plot1D.plot(data) 
    665             plot1D.show() 
     663 
    666664            self.graph_num += 1 
    667             # TODO 
    668             print('TRANSFER OF DATA TO MAIN PANEL TO BE IMPLEMENTED') 
    669             return plot1D 
    670665        else: 
    671666            numpy.nan_to_num(self.data_to_plot) 
    … …  
    679674            data.title = "GenSAS {}  #{} 2D".format(self.file_name, 
    680675                                                    int(self.graph_num)) 
    681             plot2D = Plotter2D(self, quickplot=True) 
    682             plot2D.plot(data) 
    683             plot2D.show() 
     676            zeros = numpy.ones(data.data.size, dtype=bool) 
     677            data.mask = zeros 
     678 
    684679            self.graph_num += 1 
    685680            # TODO 
    686             print('TRANSFER OF DATA TO MAIN PANEL TO BE IMPLEMENTED') 
    687             return plot2D 
    688  
     681        new_item = GuiUtils.createModelItemWithPlot(data, name=data.title) 
     682        self.communicator.updateModelFromPerspectiveSignal.emit(new_item) 
     683        self.communicator.forcePlotDisplaySignal.emit([new_item, data]) 
    689684 
    690685class Plotter3DWidget(PlotterBase): 

  • src/sas/qtgui/MainWindow/DroppableDataLoadWidget.py

    r53c771e rba400d1  
    11# global 
     2import os 
    23from PyQt5 import QtCore 
    34from PyQt5 import QtGui 
    … …  
    5859            filenames=[] 
    5960            for url in event.mimeData().urls(): 
    60                 filenames.append(url.toLocalFile()) 
     61                files = url.toLocalFile() 
     62                if os.path.isdir(files): 
     63                # get content of dir into a list 
     64                    content = [os.path.join(os.path.abspath(files), filename) 
     65                                for filename in os.listdir(files)] 
     66                    filenames += content 
     67                else: 
     68                    filenames.append(files) 
    6169            self.communicator.fileReadSignal.emit(filenames) 
    6270            event.accept() 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/ConstraintWidget.py

    r442a9ae r442a9ae  
    11import logging 
     2import copy 
    23 
    34from twisted.internet import threads 
    … …  
    407408 
    408409        # Show the grid panel 
    409         self.parent.communicate.sendDataToGridSignal.emit(result[0]) 
     410        page_name = "ConstSimulPage" 
     411        results = copy.deepcopy(result[0]) 
     412        results.append(page_name) 
     413        self.parent.communicate.sendDataToGridSignal.emit(results) 
    410414 
    411415        msg = "Fitting completed successfully in: %s s.\n" % GuiUtils.formatNumber(elapsed) 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingUtilities.py

    r65759c7 r7f41584  
    368368            cbox = createFixedChoiceComboBox(par, row) 
    369369 
     370            # Apply combobox if required 
     371            if None not in (view, cbox): 
     372                # set the min/max cell to be empty 
     373                item3.setText("") 
     374                item4.setText("") 
     375 
    370376            # Always add to the model 
    371377            if row_num is None: 
    … …  
    375381                row_num += 1 
    376382 
    377             # Apply combobox if required 
    378             if None not in (view, cbox): 
     383            if cbox is not None: 
    379384                view.setIndexWidget(item2.index(), cbox) 
    380385 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingWidget.py

    r442a9ae r7f41584  
    15951595 
    15961596        # Show the grid panel 
    1597         self.communicate.sendDataToGridSignal.emit(result[0]) 
     1597        page_name = "BatchPage" + str(self.tab_id) 
     1598        results = copy.deepcopy(result[0]) 
     1599        results.append(page_name) 
     1600        self.communicate.sendDataToGridSignal.emit(results) 
    15981601 
    15991602        elapsed = result[1] 
    … …  
    26562659 
    26572660        # Disable buttons/table 
    2658         self.disableInteractiveElements() 
     2661        self.disableInteractiveElementsOnCalculate() 
    26592662        # Awful API to a backend method. 
    26602663        calc_thread = self.methodCalculateForData()(data=data, 
    … …  
    31913194        # cell 3: min value 
    31923195        item3 = QtGui.QStandardItem() 
     3196        # set the cell to be non-editable 
     3197        item3.setFlags(item3.flags() ^ QtCore.Qt.ItemIsEditable) 
    31933198 
    31943199        # cell 4: max value 
    31953200        item4 = QtGui.QStandardItem() 
     3201        # set the cell to be non-editable 
     3202        item4.setFlags(item4.flags() ^ QtCore.Qt.ItemIsEditable) 
    31963203 
    31973204        # cell 4: SLD button 
    … …  
    32333240            # no info about limits 
    32343241            pass 
     3242        except OverflowError: 
     3243            # Try to limit shell_par, if possible 
     3244            if float(shell_par.limits[1])==np.inf: 
     3245                shell_max = 9 
     3246            logging.warning("Limiting shell count to 9.") 
    32353247        except Exception as ex: 
    32363248            logging.error("Badly defined multiplicity: "+ str(ex)) 
    … …  
    33743386        self.cmdFit.setStyleSheet('QPushButton {color: red;}') 
    33753387        self.cmdFit.setText('Stop fit') 
     3388        self.setInteractiveElements(False) 
     3389 
     3390    def disableInteractiveElementsOnCalculate(self): 
     3391        """ 
     3392        Set buttion caption on fitting/calculate start 
     3393        Disable the param table(s) 
     3394        """ 
     3395        # Notify the user that fitting is being run 
     3396        # Allow for stopping the job 
     3397        self.cmdFit.setStyleSheet('QPushButton {color: red;}') 
     3398        self.cmdFit.setText('Running...') 
    33763399        self.setInteractiveElements(False) 
    33773400 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/ViewDelegate.py

    r722b7d6 r7f41584  
    9595            # Set some columns uneditable 
    9696            return None 
     97        if index.column() in (self.param_min, self.param_max): 
     98            # Check if the edit role is set 
     99            if not (index.flags() & QtCore.Qt.ItemIsEditable): 
     100                return None 
    97101 
    98102        return super(ModelViewDelegate, self).createEditor(widget, option, index) 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/media/fitting_help.rst

    r00a40bd r3b0b17e  
    125125 
    126126For a complete list of all the library models available in SasView, see 
    127 the `Model Documentation <../../../index.html>`_ . 
     127the `Model Documentation <models/index.html>`_ . 
    128128 
    129129It is also possible to add your own models. 

  • src/sas/qtgui/Plotting/Plotter.py

    r3b95b3b rc30822c  
    600600        except: 
    601601            self.position = None 
     602 
     603        x_str = GuiUtils.formatNumber(self.x_click) 
     604        y_str = GuiUtils.formatNumber(self.y_click) 
     605        coord_str = "x: {}, y: {}".format(x_str, y_str) 
     606        self.manager.communicator.statusBarUpdateSignal.emit(coord_str) 
    602607 
    603608    def onMplMouseUp(self, event): 

  • src/sas/qtgui/Plotting/Plotter2D.py

    r133812c7 rc30822c  
    107107                      zmax=zmax_2D_temp, show_colorbar=show_colorbar, 
    108108                      update=update) 
     109 
     110        self.updateCircularAverage() 
    109111 
    110112    def calculateDepth(self): 
    … …  
    240242        self.slicer_widget.show() 
    241243 
    242     def onCircularAverage(self): 
    243         """ 
    244         Perform circular averaging on Data2D 
     244    def circularAverage(self): 
     245        """ 
     246        Calculate the circular average and create the Data object for it 
    245247        """ 
    246248        # Find the best number of bins 
    … …  
    281283        new_plot.id = "Circ avg " + self.data.name 
    282284        new_plot.is_data = True 
     285 
     286        return new_plot 
     287 
     288    def onCircularAverage(self): 
     289        """ 
     290        Perform circular averaging on Data2D 
     291        """ 
     292        new_plot = self.circularAverage() 
     293 
    283294        item = self._item 
    284295        if self._item.parent() is not None: 
    285296            item = self._item.parent() 
     297 
    286298        GuiUtils.updateModelItemWithPlot(item, new_plot, new_plot.id) 
    287299 
     300        self.manager.communicator.plotUpdateSignal.emit([new_plot]) 
     301        self.manager.communicator.forcePlotDisplaySignal.emit([item, new_plot]) 
     302 
     303    def updateCircularAverage(self): 
     304        """ 
     305        Update circular averaging plot on Data2D change 
     306        """ 
     307        if not hasattr(self,'_item'): return 
     308        item = self._item 
     309        if self._item.parent() is not None: 
     310            item = self._item.parent() 
     311 
     312        # Get all plots for current item 
     313        plots = GuiUtils.plotsFromModel("", item) 
     314        if plots is None: return 
     315        ca_caption = '2daverage'+self.data.name 
     316        # See if current item plots contain 2D average plot 
     317        has_plot = False 
     318        for plot in plots: 
     319            if plot.group_id is None: continue 
     320            if ca_caption in plot.group_id: has_plot=True 
     321        # return prematurely if no circular average plot found 
     322        if not has_plot: return 
     323 
     324        # Create a new plot 
     325        new_plot = self.circularAverage() 
     326 
     327        # Overwrite existing plot 
     328        GuiUtils.updateModelItemWithPlot(item, new_plot, new_plot.id) 
     329        # Show the new plot, if already visible 
    288330        self.manager.communicator.plotUpdateSignal.emit([new_plot]) 
    289331 
    … …  
    536578        self.plot(data=new_plot) 
    537579 
     580    def onMplMouseDown(self, event): 
     581        """ 
     582        Display x/y/intensity on click 
     583        """ 
     584        # Check that the LEFT button was pressed 
     585        if event.button != 1: 
     586            return 
     587 
     588        if event.inaxes is None: 
     589            return 
     590        x_click = 0.0 
     591        y_click = 0.0 
     592        try: 
     593            x_click = float(event.xdata)  # / size_x 
     594            y_click = float(event.ydata)  # / size_y 
     595        except: 
     596            self.position = None 
     597        x_str = GuiUtils.formatNumber(x_click) 
     598        y_str = GuiUtils.formatNumber(y_click) 
     599        coord_str = "x: {}, y: {}".format(x_str, y_str) 
     600        self.manager.communicator.statusBarUpdateSignal.emit(coord_str) 
    538601 
    539602class Plotter2D(QtWidgets.QDialog, Plotter2DWidget): 

  • src/sas/qtgui/Utilities/GridPanel.py

    r75906a1 rc4c4957  
    126126        return 
    127127 
    128     def addTabPage(self): 
     128    def addTabPage(self, name=None): 
    129129        """ 
    130130        Add new tab page with QTableWidget 
    … …  
    141141        # However, some models have LONG names, which doesn't look well on the tab bar. 
    142142        self.tab_number += 1 
    143         tab_name = "Tab " + str(self.tab_number) 
     143        if name is not None: 
     144            tab_name = name 
     145        else: 
     146            tab_name = "Tab " + str(self.tab_number) 
    144147        # each table needs separate slots. 
    145148        tab_widget.customContextMenuRequested.connect(self.showContextMenu) 
    … …  
    153156        Create a new tab with batch fitting results 
    154157        """ 
     158        # pull out page name from results 
     159        page_name = None 
     160        if len(results)>=2: 
     161            if isinstance(results[-1], str): 
     162                page_name = results[-1] 
     163                _ = results.pop(-1) 
     164 
    155165        if self.has_data: 
    156             self.addTabPage() 
     166            self.addTabPage(name=page_name) 
     167        else: 
     168            self.tabWidget.setTabText(0, page_name) 
    157169        # Update the new widget 
    158170        # Fill in the table from input data in the last/newest page 

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    rb8080e1 rbe7c981  
    276276                    dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
    277277                    dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
    278                     dataset.ymax = np.max(dataset.qx_data) 
     278                    dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
    279279 
    280280    def format_unit(self, unit=None): 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/BumpsFitting.py

    r9a5097c r57a91fc  
    22BumpsFitting module runs the bumps optimizer. 
    33""" 
     4from __future__ import division 
     5 
    46import os 
    57from datetime import timedelta, datetime 
    … …  
    3436class Progress(object): 
    3537    def __init__(self, history, max_step, pars, dof): 
    36         remaining_time = int(history.time[0]*(float(max_step)/history.step[0]-1)) 
     38        remaining_time = int(history.time[0]*(max_step/history.step[0]-1)) 
    3739        # Depending on the time remaining, either display the expected 
    3840        # time of completion, or the amount of time remaining.  Use precision 

  • src/sas/sascalc/pr/fit/Loader.py

    r574adc7 r57a91fc  
     1""" 
     2class Loader  to load any kind of file 
     3""" 
     4 
    15from __future__ import print_function 
    26 
    3 # class Loader  to load any king of file 
    4 #import wx 
    5 #import string 
    67import numpy as np 
    78 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    raed159f r57a91fc  
    66FIXME: The way the Invertor interacts with its C component should be cleaned up 
    77""" 
     8from __future__ import division 
    89 
    910import numpy as np 
    … …  
    423424            A[i][j] = (Fourier transformed base function for point j) 
    424425 
    425         We them choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
     426        We then choose a number of r-points, n_r, to evaluate the second 
    426427        derivative of P(r) at. This is used as our regularization term. 
    427428        For a vector r of length n_r, the following n_r rows are set to :: 
    … …  
    480481 
    481482        # Perform the inversion (least square fit) 
    482         c, chi2, _, _ = lstsq(a, b) 
     483        c, chi2, _, _ = lstsq(a, b, rcond=-1) 
    483484        # Sanity check 
    484485        try: 
    … …  
    503504        try: 
    504505            cov = np.linalg.pinv(inv_cov) 
    505             err = math.fabs(chi2 / float(npts - nfunc)) * cov 
    506         except: 
     506            err = math.fabs(chi2 / (npts - nfunc)) * cov 
     507        except Exception as exc: 
    507508            # We were not able to estimate the errors 
    508509            # Return an empty error matrix 
    … …  
    548549        try: 
    549550            return estimator.num_terms(isquit_func) 
    550         except: 
     551        except Exception as exc: 
    551552            # If we fail, estimate alpha and return the default 
    552553            # number of terms 

  • src/sas/sascalc/pr/num_term.py

    rb8080e1 r57a91fc  
    1 from __future__ import print_function 
     1from __future__ import print_function, division 
    22 
    33import math 
    … …  
    5151        osc = self.sort_osc() 
    5252        dv = len(osc) 
    53         med = float(dv) / 2.0 
     53        med = 0.5*dv 
    5454        odd = self.is_odd(dv) 
    5555        medi = 0 
    … …  
    140140            nts = self.compare_err() 
    141141            div = len(nts) 
    142             tem = float(div) / 2.0 
     142            tem = 0.5*div 
    143143            if self.is_odd(div): 
    144144                nt = nts[int(tem)] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.