Ignore:
Timestamp:
Apr 16, 2009 4:37:39 PM (15 years ago)
Author:
Jae Cho <jhjcho@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
fca9cbd9
Parents:
3fef0a8
Message:

unit symbol Angst. back to A and re-organized model descriptions

Location:
sansmodels/src/sans/models/c_extensions
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/Hardsphere.h

    r70faf5d r1ed3834  
    77 //[PYTHONCLASS] = HardsphereStructure 
    88 //[DISP_PARAMS] = radius 
    9  //[DESCRIPTION] =<text>Structure factor for interacting particles: 
     9 //[DESCRIPTION] =<text>Structure factor for interacting particles:                   . 
    1010 // 
    1111 //  The interparticle potential is 
    … …  
    1717 //                                             V:The volume fraction 
    1818 // 
    19  //    Ref: Percus., J. K.,etc., J. Phy. Rev. 
    20  //    1958, 110, 1. 
     19 //    Ref: Percus., J. K.,etc., J. Phy. 
     20 //     Rev. 1958, 110, 1. 
    2121 //      </text> 
    2222 //[FIXED]= radius.width 
    … …  
    2424 
    2525typedef struct { 
    26     /// Radius of hardsphere [Å] 
    27     //  [DEFAULT]=radius=50.0 [Å] 
     26    /// Radius of hardsphere [A] 
     27    //  [DEFAULT]=radius=50.0 [A] 
    2828    double radius; 
    2929 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/HayterMSA.h

    r70faf5d r1ed3834  
    77 //[PYTHONCLASS] = HayterMSAStructure 
    88 //[DISP_PARAMS] = radius 
    9  //[DESCRIPTION] =<text>To calculate the structure factor (the Fourier transform 
    10  //                     of the pair correlation function g(r)) for 
    11  //                     a system of charged, spheroidal objects in 
    12  //                     a dielectric medium. When combined with an 
    13  //                     appropriate form factor, this allows 
    14  //                     for inclusion of the interparticle 
    15  //                     interference effects due to screened coulomb 
    16  //                     repulsion between charged particles. 
    17  //                     (note: charge > 0 required.) 
     9 //[DESCRIPTION] =<text>To calculate the structure factor (the Fourier transform of the 
     10 //                     pair correlation function g(r)) for a system of 
     11 //                     charged, spheroidal objects in a dielectric 
     12 //                                             medium. 
     13 //                     When combined with an appropriate form 
     14 //                     factor, this allows for inclusion of 
     15 //                     the interparticle interference effects 
     16 //                     due to screened coulomb repulsion between 
     17 //                     charged particles. 
     18 //                                             (Note: charge > 0 required.) 
    1819 // 
    1920 //                     Ref: JP Hansen and JB Hayter, Molecular 
    … …  
    2425 
    2526typedef struct { 
    26     /// Radius of particle [Å] 
    27     //  [DEFAULT]=radius=20.75 [Å] 
     27    /// Radius of particle [A] 
     28    //  [DEFAULT]=radius=20.75 [A] 
    2829    double radius; 
    2930 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/SquareWell.h

    r70faf5d r1ed3834  
    66//   [PYTHONCLASS] = SquareWellStructure 
    77//   [DISP_PARAMS] = radius 
    8 //   [DESCRIPTION] = <text> Structure Factor for interacting particles: 
     8//   [DESCRIPTION] = <text> Structure Factor for interacting particles:             . 
    99// 
    1010//  The interaction potential is 
    … …  
    1414//                      = 0     , r >= 2Rw 
    1515// 
    16 //              R: radius (A)of the particle, v: volume fraction 
     16//              R: radius (A)of the particle 
     17//              v: volume fraction 
    1718//              d: well depth 
    18 //              w: well width; multiples of the particle diameter 
     19//              w: well width; multiples of the 
     20//              particle diameter 
    1921// 
    20 //              Ref: Sharma, R. V.; Sharma, K. C., Physica, 
    21 //            1977, 89A, 213. 
     22//              Ref: Sharma, R. V.; Sharma, 
     23//      K. C., Physica, 1977, 89A, 213. 
    2224//                      </text> 
    2325//   [FIXED]= radius.width 
    … …  
    2628 
    2729typedef struct { 
    28     /// Radius of particle [Å] 
    29     //  [DEFAULT]=radius=50.0 [Å] 
     30    /// Radius of particle [A] 
     31    //  [DEFAULT]=radius=50.0 [A] 
    3032    double radius; 
    3133 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/StickyHS.h

    r70faf5d r1ed3834  
    77 //[PYTHONCLASS] = StickyHSStructure 
    88 //[DISP_PARAMS] = radius 
    9  //[DESCRIPTION] =<text> Structure Factor for interacting particles: 
     9 //[DESCRIPTION] =<text> Structure Factor for interacting particles:                               . 
    1010 // 
    1111 //  The interaction potential is 
    … …  
    2121 //                                             v: The volume fraction , v > 0 
    2222 // 
    23  //                     Ref: Menon, S. V. G.,et.al., J. Chem. Phys., 
    24  //                          1991, 95(12), 9186-9190. 
     23 //                     Ref: Menon, S. V. G.,et.al., J. Chem. 
     24 //                      Phys., 1991, 95(12), 9186-9190. 
    2525 //                             </text> 
    2626 //[FIXED]= radius.width 
    2727typedef struct { 
    28     /// Radius of hardsphere [Å] 
    29     //  [DEFAULT]=radius=50.0 [Å] 
     28    /// Radius of hardsphere [A] 
     29    //  [DEFAULT]=radius=50.0 [A] 
    3030    double radius; 
    3131 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/core_shell.h

    r70faf5d r1ed3834  
    77 //[PYTHONCLASS] = CoreShellModel 
    88 //[DISP_PARAMS] = radius, thickness 
    9  //[DESCRIPTION] =<text> Form factor for a monodisperse spherical particle with 
    10  //    particle with a core-shell structure: 
     9 //[DESCRIPTION] =<text>Form factor for a monodisperse spherical particle with particle 
     10 //    with a core-shell structure: 
     11 // 
    1112 //    The form factor is normalized by the 
    1213 //    total particle volume. 
    1314 // 
    14  //             radius: core radius 
    15  //     thickness: shell thickness 
     15 //             radius: core radius, thickness: shell thickness 
    1616 // 
    1717 //     Ref: Guinier, A. and G. Fournet, 
    … …  
    2525    //  [DEFAULT]=scale=1.0 
    2626    double scale; 
    27     /// Core Radius [Å] 60.0 
    28     //  [DEFAULT]=radius=60.0 [Å] 
     27    /// Core Radius [A] 60.0 
     28    //  [DEFAULT]=radius=60.0 [A] 
    2929    double radius; 
    30     /// Shell Thickness [Å] 10.0 
    31     //  [DEFAULT]=thickness=10 [Å] 
     30    /// Shell Thickness [A] 10.0 
     31    //  [DEFAULT]=thickness=10 [A] 
    3232    double thickness; 
    33     /// Core SLD [1/Ų] 1.0e-6 
    34     //  [DEFAULT]=core_sld=1.0e-6 [1/Ų] 
     33    /// Core SLD [1/A²] 1.0e-6 
     34    //  [DEFAULT]=core_sld=1.0e-6 [1/A²] 
    3535    double core_sld; 
    36         /// Shell SLD [1/Ų] 2.0e-6 
    37         //  [DEFAULT]=shell_sld=2.0e-6 [1/Ų] 
     36        /// Shell SLD [1/A²] 2.0e-6 
     37        //  [DEFAULT]=shell_sld=2.0e-6 [1/A²] 
    3838        double shell_sld; 
    39         /// Solvent SLD [1/Ų] 3.0e-6 
    40         //  [DEFAULT]=solvent_sld=3.0e-6 [1/Ų] 
     39        /// Solvent SLD [1/A²] 3.0e-6 
     40        //  [DEFAULT]=solvent_sld=3.0e-6 [1/A²] 
    4141        double solvent_sld; 
    4242        /// Incoherent Background [1/cm] 0.000 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/core_shell_cylinder.h

    r70faf5d r1ed3834  
    77 //[PYTHONCLASS] = CoreShellCylinderModel 
    88 //[DISP_PARAMS] = radius, thickness, length, axis_theta, axis_phi 
    9  //[DESCRIPTION] = <text>P(q,alpha)= scale/Vs*f(q)^(2) + bkg  Where:\n\ 
    10  //      f(q)= 2(core_sld- solvant_sld)* Vc*sin[qLcos(alpha/2)]/\n\ 
    11  //      [qLcos(alpha/2)]*J1(qRsin(alpha))/[qRsin(alpha)] +\n 
    12  //  2(shell_sld-solvent_sld)*Vs 
    13  //      *sin[q(L+T)cos(alpha/2)]/[[q(L+T)cos(alpha/2)] 
    14  //      *J1(q(R+T)sin(alpha))/q(R+T)sin(alpha)] 
    15  //                     alpha:is the angle between the axis of the cylinder 
    16  //          and the q-vector 
     9 //[DESCRIPTION] = <text>P(q,alpha)= scale/Vs*f(q)^(2) + bkg,  where: f(q)= 2(core_sld 
     10//                      - solvant_sld)* Vc*sin[qLcos(alpha/2)] 
     11//                      /[qLcos(alpha/2)]*J1(qRsin(alpha)) 
     12 //                     /[qRsin(alpha)]+2(shell_sld-solvent_sld) 
     13 //                     *Vs*sin[q(L+T)cos(alpha/2)][[q(L+T) 
     14 //                     *cos(alpha/2)]*J1(q(R+T)sin(alpha)) 
     15 //                     /q(R+T)sin(alpha)] 
     16 // 
     17 //                     alpha:is the angle between the axis of 
     18 //          the cylinder and the q-vector 
    1719 //                     Vs: the volume of the outer shell 
    1820 //                     Vc: the volume of the core 
    1921 //                     L: the length of the core 
    20  //             shell_sld: the scattering length density of the shell 
    21  //                     solvent_sld: the scattering length density of the solvent 
     22 //             shell_sld: the scattering length density 
     23 //                     of the shell 
     24 //                     solvent_sld: the scattering length density 
     25 //                     of the solvent 
    2226 //                     bkg: the background 
    2327 //                     T: the thickness 
    … …  
    2630 //                     J1: the first order Bessel function 
    2731 //             theta: axis_theta of the cylinder 
    28  //             phi: the axis_phi of the cylinder 
     32 //             phi: the axis_phi of the cylinder... 
    2933 //             </text> 
    3034 //[FIXED]= <text> axis_phi.width; axis_theta.width; length.width;radius.width; thickness_width</text> 
    … …  
    3741    double scale; 
    3842 
    39     /// Core radius [Å] 
    40     //  [DEFAULT]=radius=20.0 [Å] 
     43    /// Core radius [A] 
     44    //  [DEFAULT]=radius=20.0 [A] 
    4145    double radius; 
    4246 
    43     /// Shell thickness [Å] 
    44     //  [DEFAULT]=thickness=10.0 [Å] 
     47    /// Shell thickness [A] 
     48    //  [DEFAULT]=thickness=10.0 [A] 
    4549    double thickness; 
    4650 
    47     /// Core length [Å] 
    48     //  [DEFAULT]=length=400.0 [Å] 
     51    /// Core length [A] 
     52    //  [DEFAULT]=length=400.0 [A] 
    4953    double length; 
    5054 
    51     /// Core SLD [1/Ų] 
    52     //  [DEFAULT]=core_sld=1.0e-6 [1/Ų] 
     55    /// Core SLD [1/A²] 
     56    //  [DEFAULT]=core_sld=1.0e-6 [1/A²] 
    5357    double core_sld; 
    5458 
    55     /// Shell SLD [1/Ų] 
    56     //  [DEFAULT]=shell_sld=4.0e-6 [1/Ų] 
     59    /// Shell SLD [1/A²] 
     60    //  [DEFAULT]=shell_sld=4.0e-6 [1/A²] 
    5761    double shell_sld; 
    5862 
    59     /// Solvent SLD [1/Ų] 
    60     //  [DEFAULT]=solvent_sld=1.0e-6 [1/Ų] 
     63    /// Solvent SLD [1/A²] 
     64    //  [DEFAULT]=solvent_sld=1.0e-6 [1/A²] 
    6165    double solvent_sld; 
    6266 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/cylinder.h

    r70faf5d r1ed3834  
    44 * [PYTHONCLASS] = CylinderModel 
    55 * [DISP_PARAMS] = radius, length, cyl_theta, cyl_phi 
    6    [DESCRIPTION] = <text>P(q,alpha)= scale/V*f(q)^(2)+bkg 
    7                                 f(q)= 2*(scatter_sld - solvent_sld)*V 
    8                                 *sin(qLcos(alpha/2))/[qLcos(alpha/2)] 
    9                                 *J1(qRsin(alpha/2))/[qRsin(alpha)] 
    10                                 V: Volume of the cylinder 
    11                                 R: Radius of the cylinder 
    12                                 L: Length of the cylinder 
    13                                 J1: The bessel function 
    14                                 alpha: angle betweenthe axis of the cylinder 
    15                                 and the q-vector for 1D:the ouput is 
    16                                 P(q)=scale/V*integral from pi/2 to zero of 
    17                                 f(q)^(2)*sin(alpha)*dalpha+ bkg 
    18                                         </text> 
     6   [DESCRIPTION] = <text> f(q)= 2*(scatter_sld - solvent_sld)*V*sin(qLcos(alpha/2)) 
     7                                /[qLcos(alpha/2)]*J1(qRsin(alpha/2))/[qRsin(alpha)] 
     8 
     9                P(q,alpha)= scale/V*f(q)^(2)+bkg 
     10                V: Volume of the cylinder 
     11                R: Radius of the cylinder 
     12                L: Length of the cylinder 
     13                J1: The bessel function 
     14                alpha: angle betweenthe axis of the 
     15                cylinder and the q-vector for 1D 
     16                :the ouput is P(q)=scale/V*integral 
     17                from pi/2 to zero of... 
     18                f(q)^(2)*sin(alpha)*dalpha+ bkg 
     19                </text> 
    1920        [FIXED]= <text>cyl_phi.width; cyl_theta.width; length.width;radius.width</text> 
    2021        [ORIENTATION_PARAMS]= <text>cyl_phi; cyl_theta; cyl_phi.width; cyl_theta.width</text> 
    … …  
    2627    //  [DEFAULT]=scale=1.0 
    2728    double scale; 
    28     /// Radius of the cylinder [Å] 
    29     //  [DEFAULT]=radius=20.0 [Å] 
     29    /// Radius of the cylinder [A] 
     30    //  [DEFAULT]=radius=20.0 [A] 
    3031    double radius; 
    31     /// Length of the cylinder [Å] 
    32     //  [DEFAULT]=length=400.0 [Å] 
     32    /// Length of the cylinder [A] 
     33    //  [DEFAULT]=length=400.0 [A] 
    3334    double length; 
    34     /// Contrast [1/Ų] 
    35     //  [DEFAULT]=contrast=3.0e-6 [1/Ų] 
     35    /// Contrast [1/A²] 
     36    //  [DEFAULT]=contrast=3.0e-6 [1/A²] 
    3637    double contrast; 
    3738        /// Incoherent Background [1/cm] 0.00 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/ellipsoid.h

    r70faf5d r1ed3834  
    99 //[PYTHONCLASS] = EllipsoidModel 
    1010 //[DISP_PARAMS] = radius_a, radius_b, axis_theta, axis_phi 
    11  //[DESCRIPTION] = <text>"P(q.alpha)= scale*f(q)^(2)+ bkg 
    12  //             f(q)= 3*(scatter_sld- scatter_solvent)*V 
    13  //                     *[sin(q*r(Ra,Rb,alpha))- q*r*cos(qr(Ra,Rb,alpha))] 
     11 //[DESCRIPTION] = <text>"P(q.alpha)= scale*f(q)^(2)+ bkg, where f(q)= 3*(scatter_sld 
     12 //             - scatter_solvent)*V*[sin(q*r(Ra,Rb,alpha)) 
     13 //             -q*r*cos(qr(Ra,Rb,alpha))] 
    1414 //             /[qr(Ra,Rb,alpha)]^(3)" 
     15 // 
    1516 //     r(Ra,Rb,alpha)= [Rb^(2)*(sin(alpha))^(2) 
    1617 //     + Ra^(2)*(cos(alpha))^(2)]^(1/2) 
    17  //             scatter_sld: scattering length density of the scatter 
    18  //             solvent_sld: scattering length density of the solvent 
     18 // 
     19 //             scatter_sld: SLD of the scatter 
     20 //             solvent_sld: SLD of the solvent 
     21 //     contrast: SLD difference between scatter 
     22 //             and solvent 
    1923 //             V: volune of the Eliipsoid 
    20  //             Ra: radius along the rotation axis of the Ellipsoid 
    21  //             Rb: radius perpendicular to the rotation axis of the ellipsoid 
     24 //             Ra: radius along the rotation axis 
     25 //             of the Ellipsoid 
     26 //             Rb: radius perpendicular to the 
     27 //             rotation axis of the ellipsoid 
    2228 //             </text> 
    2329 //[FIXED]= <text> axis_phi.width; axis_theta.width;radius_a.width; 
    … …  
    3238    double scale; 
    3339 
    34     /// Rotation axis radius_a [Å] 
    35     //  [DEFAULT]=radius_a=20.0 [Å] 
     40    /// Rotation axis radius_a [A] 
     41    //  [DEFAULT]=radius_a=20.0 [A] 
    3642    double radius_a; 
    3743 
    38     /// Radius_b [Å] 
    39     //  [DEFAULT]=radius_b=400 [Å] 
     44    /// Radius_b [A] 
     45    //  [DEFAULT]=radius_b=400 [A] 
    4046    double radius_b; 
    4147 
    42     /// Contrast [1/Ų] 
    43     //  [DEFAULT]=contrast=3.0e-6 [1/Ų] 
     48    /// Contrast [1/A²] 
     49    //  [DEFAULT]=contrast=3.0e-6 [1/A²] 
    4450    double contrast; 
    4551 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/elliptical_cylinder.h

    r70faf5d r1ed3834  
    1616    //  [DEFAULT]=scale=1.0 
    1717    double scale; 
    18     /// Minor radius [Å] 
    19     //  [DEFAULT]=r_minor=20.0 [Å] 
     18    /// Minor radius [A] 
     19    //  [DEFAULT]=r_minor=20.0 [A] 
    2020    double r_minor; 
    2121    /// Ratio of major/minor radii 
    2222    //  [DEFAULT]=r_ratio=1.5 
    2323    double r_ratio; 
    24     /// Length of the cylinder [Å] 
    25     //  [DEFAULT]=length=400.0 [Å] 
     24    /// Length of the cylinder [A] 
     25    //  [DEFAULT]=length=400.0 [A] 
    2626    double length; 
    27     /// Contrast [1/Ų] 
    28     //  [DEFAULT]=contrast=3.0e-6 [1/Ų] 
     27    /// Contrast [1/A²] 
     28    //  [DEFAULT]=contrast=3.0e-6 [1/A²] 
    2929    double contrast; 
    3030        /// Incoherent Background [1/cm] 0.000 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/sphere.h

    r70faf5d r1ed3834  
    77 //[PYTHONCLASS] = SphereModel 
    88 //[DISP_PARAMS] = radius 
    9  //[DESCRIPTION] =<text>P(q)=(scale/V) 
    10  //                                             *[3V(scatter_sld-solvent_sld)*(sin(qR)-qRcos(qR))/(qR)^3]^(2) 
    11  //                                             +bkg 
    12  //                                             bkg: background level 
    13  //                                             R: radius of the sphere 
    14  //                                             V:The volume of the scatter 
    15  //                                             scatter_sld: the scattering length density of the scatter 
    16  //                                             solvent_sld: the scattering length density of the solvent 
    17  //                             </text> 
     9 //[DESCRIPTION] =<text>P(q)=(scale/V)*[3V(scatter_sld-solvent_sld)*(sin(qR)-qRcos(qR)) 
     10 //                                             /(qR)^3]^(2)+bkg 
     11 // 
     12 //                             bkg:background, R: radius of sphere 
     13 //                             V:The volume of the scatter 
     14 //                             contrast:SLD difference between 
     15 //                             scatter and solvent 
     16 //                             scatter_sld: the SLD of the scatter 
     17 //                             solvent_sld: the SLD of the solvent 
     18 // 
     19 //             </text> 
    1820 //[FIXED]=  radius.width 
    1921 //[ORIENTATION_PARAMS]= <text> </text> 
    … …  
    2426    double scale; 
    2527 
    26     /// Radius of sphere [Å] 
    27     //  [DEFAULT]=radius=60.0 [Å] 
     28    /// Radius of sphere [A] 
     29    //  [DEFAULT]=radius=60.0 [A] 
    2830    double radius; 
    2931 
    3032    /// Contrast [1/Ų] 
    31     //  [DEFAULT]=contrast= 1.0e-6 [1/Ų] 
     33    //  [DEFAULT]=contrast= 1.0e-6 [1/A²] 
    3234    double contrast; 
    3335 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.