Changeset 1e3169c in sasview for park_integration/test


Ignore:
Timestamp:
Oct 27, 2009 11:56:39 AM (15 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
b37f72f
Parents:
cc1500d
Message:

change fitdata1D to inheritates from dataloader.data1D

Location:
park_integration/test
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • park_integration/test/small_test.py

    r1ea3488 r1e3169c  
    33""" 
    44import unittest 
    5 from danse.common.plottools.plottables import Theory1D 
    6 from danse.common.plottools.plottables import Data1D 
    7 from sans.fit.AbstractFitEngine import Model,FitData1D 
     5from sans.fit.AbstractFitEngine import Model 
    86import math 
    97from sans.fit.Fitting import Fit 
    … …  
    1311    """ test fitting """ 
    1412    def test_park(self): 
    15         """ Simple cylinder model fit (park)  """ 
     13        """ Simple cylinder model fit (scipy)  """ 
    1614         
    17         out=Loader().load("cyl_400_20.txt") 
    18         data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y) 
    19          
     15        out= Loader().load("cyl_400_20.txt") 
     16        
    2017        fitter = Fit('scipy') 
    2118        # Receives the type of model for the fitting 
    … …  
    2320        model1  = CylinderModel() 
    2421        model1.setParam('contrast', 1) 
    25         data1.smearer = None 
    26         data = FitData1D(data1) 
    2722        model = Model(model1) 
    2823         
    2924        pars1 =['length','radius','scale'] 
    30         fitter.set_data(data,1) 
     25        fitter.set_data(out,1) 
    3126        model.set( scale=1e-10 ) 
    3227        fitter.set_model(model,1,pars1) 

  • park_integration/test/test_fit_cylinder.py

    reb575b0 r1e3169c  
    55import unittest 
    66 
    7 from danse.common.plottools.plottables import Data1D,Theory1D 
    8 from sans.fit.AbstractFitEngine import Model,FitData1D 
     7from sans.fit.AbstractFitEngine import Model 
    98import math 
    109from sans.fit.Fitting import Fit 
    … …  
    1514    def setUp(self): 
    1615        """ initialize data""" 
    17         out = Loader().load("cyl_400_20.txt") 
    18         #Create data that fitting engine understands 
    19         data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.dy) 
    20         self.data = FitData1D(data1) 
     16        self.data = Loader().load("cyl_400_20.txt") 
    2117        # Create model that fitting engine understands 
    2218        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel 
    … …  
    7773        """ initialize data""" 
    7874         
    79         out=Loader().load("cyl_400_20.txt") 
    80         data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.dy) 
    81         self.data1 = FitData1D(data1) 
    82          
    83         out2=Loader().load("cyl_400_40.txt") 
    84         data2 = Data1D(x=out2.x, y=out2.y, dx=out2.dx, dy=out2.dy) 
    85         self.data2 = FitData1D(data2) 
     75        self.data1=Loader().load("cyl_400_20.txt") 
     76        self.data2=Loader().load("cyl_400_40.txt") 
    8677     
    8778        # Receives the type of model for the fitting 

  • park_integration/test/test_fit_line.py

    r2eaaf1a r1e3169c  
    55import unittest 
    66 
    7 from danse.common.plottools.plottables import Data1D,Theory1D 
    8 from sans.fit.AbstractFitEngine import Model,FitData1D 
     7from sans.fit.AbstractFitEngine import Model 
    98import math 
    109class testFitModule(unittest.TestCase): 
    … …  
    1514        #load data 
    1615        from DataLoader.loader import Loader 
    17         data1 = Loader().load("testdata_line.txt") 
     16        data = Loader().load("testdata_line.txt") 
    1817        #Importing the Fit module 
    1918        from sans.fit.Fitting import Fit 
    … …  
    2322        model1  = LineModel() 
    2423        model1.name = "M1" 
    25         #data = Data(sans_data=data1 ) 
    26         #data1.smearer=None 
    27         data = FitData1D(data1 ) 
    2824        model = Model(model1) 
    2925        #fit with scipy test 
    … …  
    7167        from DataLoader.loader import Loader 
    7268        l = Loader() 
    73         out=l.load("testdata_line.txt") 
    74         data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y) 
    75         out=l.load("testdata_line1.txt") 
    76         data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y) 
     69        data1=l.load("testdata_line.txt") 
     70       
     71        data2=l.load("testdata_line1.txt") 
     72      
    7773        #Importing the Fit module 
    7874        from sans.fit.Fitting import Fit 
    … …  
    8480        model22  = LineModel() 
    8581        model11.name= "M2" 
    86         data11.smearer=None 
    87         data22.smearer=None 
    88         data1 = FitData1D(data11 ) 
    89         data2 = FitData1D(data22 ) 
    90          
     82       
    9183        model1 = Model(model11) 
    9284        model2 = Model(model22) 
    … …  
    124116        self.assertTrue( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 <= result2.stderr[0] ) 
    125117        self.assertTrue( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 <= result2.stderr[1] ) 
    126         self.assertTrue( result2.fitness/len(data2.x) < 2) 
     118        self.assertTrue( result2.fitness/(len(data1.x)+len(data2.x)) < 2) 
    127119         
    128120         
    … …  
    132124        from DataLoader.loader import Loader 
    133125        l = Loader() 
    134         out=l.load("testdata_line.txt") 
    135         data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y) 
    136         out=l.load("testdata_cst.txt") 
    137         data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y) 
    138         #Importing the Fit module 
    139         from sans.fit.Fitting import Fit 
    140         fitter = Fit('park') 
    141         # Receives the type of model for the fitting 
    142         from sans.models.LineModel import LineModel 
    143         from sans.models.Constant import Constant 
     126        data1= l.load("testdata_line.txt") 
     127        data2= l.load("testdata_cst.txt") 
     128        
     129        # Receives the type of model for the fitting 
     130        from sans.models.LineModel import LineModel 
    144131        model11  = LineModel() 
    145132        model11.name= "line" 
    … …  
    147134        model11.setParam("B",1.0) 
    148135         
     136        from sans.models.Constant import Constant 
    149137        model22  = Constant() 
    150138        model22.name= "cst" 
    151139        model22.setParam("value", 1.0) 
    152140         
    153         # Constrain the constant value to be equal to parameter B (the real value is 2.5) 
    154       
    155         data11.smearer= None 
    156         data22.smearer= None 
    157         data1 = FitData1D(data11 ) 
    158         data2 = FitData1D(data22 ) 
    159141        model1 = Model(model11) 
    160142        model2 = Model(model22) 
    161143        model1.set(A=4) 
    162144        model1.set(B=3) 
     145        # Constraint the constant value to be equal to parameter B (the real value is 2.5) 
    163146        model2.set(value='line.B') 
    164147        #fit with scipy test 
    … …  
    166149        pars2= ['value'] 
    167150         
     151        #Importing the Fit module 
     152        from sans.fit.Fitting import Fit 
     153        fitter = Fit('park') 
    168154        fitter.set_data(data1,1) 
    169155        fitter.set_model(model1,1,pars1) 
    … …  
    177163        self.assertTrue( math.fabs(result2.pvec[0]-4.0)/3. <= result2.stderr[0])  
    178164        self.assertTrue( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3. <= result2.stderr[1]) 
    179         self.assertTrue( result2.fitness/len(data2.x) < 2) 
     165        self.assertTrue( result2.fitness/(len(data1.x)+len(data2.x)) < 2) 
    180166         
    181167         
    … …  
    185171        from DataLoader.loader import Loader 
    186172        l = Loader() 
    187         out=l.load("testdata_line.txt") 
    188         data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y) 
    189         out=l.load("testdata_line1.txt") 
    190         data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y) 
    191         #Importing the Fit module 
    192         from sans.fit.Fitting import Fit 
    193         fitter = Fit('scipy') 
     173        data1 = l.load("testdata_line.txt") 
     174        data2 = l.load("testdata_line1.txt") 
     175         
     176        
    194177        # Receives the type of model for the fitting 
    195178        from sans.models.LineModel import LineModel 
    … …  
    199182        model1.setParam("B",1.0) 
    200183        model = Model(model1) 
    201          
    202         data11.smearer= None 
    203         data22.smearer= None 
    204         data1 = FitData1D(data11 ) 
    205         data2 = FitData1D(data22 ) 
    206          
    207         #fit with scipy test 
    208         pars1= ['A','B'] 
     184       
     185        #fit with scipy test 
     186        pars1= ['A','B'] 
     187        #Importing the Fit module 
     188        from sans.fit.Fitting import Fit 
     189        fitter = Fit('scipy') 
    209190        fitter.set_data(data1,1,qmin=0, qmax=7) 
    210191        fitter.set_model(model,1,pars1) 
    … …  
    236217        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[0],result2.stderr[0] ) 
    237218        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[1],result2.stderr[1] ) 
    238         #self.assertAlmostEquals( result1.fitness,result2.fitness ) 
    239         self.assertTrue( result1.fitness/len(data1.x) < 2 ) 
    240         self.assertTrue( result2.fitness/len(data2.x) < 2 ) 
     219        self.assertTrue( result2.fitness/(len(data2.x)+len(data1.x)) < 2 ) 
    241220         
    242221         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.