Changeset 1d67243 in sasview for sansview/perspectives/fitting


Ignore:
Timestamp:
Aug 20, 2009 2:37:45 PM (15 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
6c5239c
Parents:
8e36cdd
Message:

sld calculator redesigned

Location:
sansview/perspectives/fitting
Files:
1 added
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • sansview/perspectives/fitting/fitting.py

    r4faf4ba r1d67243  
    132132        wx.EVT_MENU(owner, id1, self.on_add_sim_page) 
    133133        #menu for SLD Calculator 
    134         self.menu1.AppendSeparator() 
    135         sld_menu = wx.Menu() 
     134        self.tool_menu = wx.Menu() 
     135        id_tool_menu = wx.NewId() 
    136136        sld_id = wx.NewId() 
    137137        sld_help= "Compute the scattering length density of molecules" 
    138         self.menu1.Append(sld_id, "SLD Calculator",sld_help) 
     138        self.tool_menu.Append(sld_id, "SLD Calculator",sld_help) 
    139139        wx.EVT_MENU(owner,sld_id,  self.onCalculateSld) 
    140140     
     
    150150       
    151151        #create  menubar items 
    152         return [(id, self.menu1, "Fitting"), 
     152        return [(id, self.menu1, "Fitting"),(id_tool_menu, self.tool_menu, "Tools"), 
    153153                (id2, menu2, "Model")] 
    154154        
  • sansview/perspectives/fitting/sldPanel.py

    r4faf4ba r1d67243  
    11""" 
    2     This module intends to compute the neutron scattering length density of molecule 
     2    This module provide GUI for the neutron scattering length density calculator 
    33    @author: Gervaise B. Alina 
    44""" 
     
    77import sys 
    88 
    9 import periodictable 
    10 from periodictable import formula 
    11 from periodictable.xsf import xray_energy, xray_sld_from_atoms 
    12 from periodictable.constants import avogadro_number 
    13 import periodictable.nsf 
    14 neutron_sld_from_atoms= periodictable.nsf.neutron_sld_from_atoms  
    15  
    169from sans.guiframe.utils import format_number, check_float 
    1710from sans.guicomm.events import StatusEvent   
    18  
     11from sldCalculator import SldCalculator 
    1912 
    2013_BOX_WIDTH = 76 
    2114_STATICBOX_WIDTH = 350 
    2215_SCALE = 1e-6 
    23 _DEFAULT_WAVELENGTH = 1.798 
    24  
    2516 
    2617class SldPanel(wx.Panel): 
     
    3223        # Object that receive status event 
    3324        self.base= base 
     25        self.calculator = SldCalculator() 
     26        self.wavelength = self.calculator.wavelength 
     27         
    3428        self._do_layout() 
    3529        self.SetAutoLayout(True) 
     
    5852        wavelength_txt = wx.StaticText(self, -1, 'Wavelength (A)') 
    5953        self.wavelength_ctl = wx.TextCtrl(self, -1, size=(_BOX_WIDTH,-1)) 
     54        self.wavelength_ctl.SetValue(str(self.wavelength)) 
    6055        iy = 0 
    6156        ix = 0 
     
    231226        #---------layout---------------- 
    232227        vbox  = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL) 
    233  
    234228        vbox.Add(sizer1) 
    235229        vbox.Add(sizer2) 
     
    237231        vbox.Fit(self)  
    238232        self.SetSizer(vbox) 
     233         
    239234         
    240235    def check_inputs(self): 
     
    250245        self.wavelength= self.wavelength_ctl.GetValue() 
    251246        if self.wavelength.lstrip().rstrip()=="": 
    252             self.wavelength = _DEFAULT_WAVELENGTH 
     247            self.wavelength = self.calculator.wavelength 
    253248        else: 
    254249            if check_float(self.wavelength_ctl): 
     
    269264        return flag  
    270265         
     266         
    271267    def onHelp(self, event): 
    272268        """ 
     
    294290                #get ready to compute 
    295291                try: 
    296                     self.new_formula = formula(self.formulata_text, density= self.density) 
    297                     atom = self.new_formula.atoms 
     292                    self.calculator.setValue(self.formulata_text,self.density,self.wavelength) 
    298293                except: 
    299294                    if self.base !=None: 
     
    303298                        raise 
    304299                    return 
     300                 
    305301                # Compute the Cu SLD 
    306                 Cu_reel, Cu_im = self.calculateXRaySld( "Cu", density= self.density, 
    307                                                         user_formula= self.new_formula) 
     302                Cu_reel, Cu_im = self.calculator.calculateXRaySld( "Cu") 
    308303                self.cu_ka_sld_reel_ctl.SetValue(format_number(Cu_reel*_SCALE)) 
    309304                self.cu_ka_sld_im_ctl.SetValue(format_number(Cu_im*_SCALE)) 
     305                 
    310306                # Compute the Mo SLD 
    311                 Mo_reel, Mo_im = self.calculateXRaySld( "Mo", density= self.density, 
    312                                                         user_formula= self.new_formula) 
     307                Mo_reel, Mo_im = self.calculator.calculateXRaySld( "Mo") 
    313308                self.mo_ka_sld_reel_ctl.SetValue(format_number(Mo_reel*_SCALE)) 
    314309                self.mo_ka_sld_im_ctl.SetValue(format_number(Mo_im*_SCALE)) 
    315310                
    316                 coh,absorp,inc= self.calculateNSld(self.density, wavelength= self.wavelength, 
    317                                                      user_formula= self.new_formula) 
    318                 #Don't know if value is return in cm or  cm^(-1).assume return in cm 
    319                 # to match result of neutron inc of Alan calculator 
    320                 inc= inc*1/10 
    321                 #Doesn't match result of Alan calculator for absorption factor of 2 
    322                 #multiplication of 100 is going around 
    323                 absorp= absorp *2*100 
    324                 volume= (self.new_formula.mass /self.density)/avogadro_number*1.0e24 
    325                 #im: imaginary part of neutron SLD 
    326                 im=0 
    327                 for el, count in atom.iteritems(): 
    328                     if el.neutron.b_c_i !=None: 
    329                         im += el.neutron.b_c_i*count  
    330                 im = im/volume 
    331                  
     311                coh,absorp,inc= self.calculator.calculateNSld() 
     312                im = self.calculator.absorptionIm() 
     313                length = self.calculator.computeLength() 
     314                # Neutron SLD 
    332315                self.neutron_sld_reel_ctl.SetValue(format_number(coh*_SCALE)) 
    333316                self.neutron_sld_im_ctl.SetValue(format_number(im*_SCALE)) 
    334317                self.neutron_inc_ctl.SetValue(format_number(inc )) 
    335318                self.neutron_abs_ctl.SetValue(format_number(absorp)) 
    336                 #Don't know if value is return in cm or  cm^(-1).assume return in cm 
    337                 # to match result of neutron inc of Alan calculator 
    338                 length= (coh+ absorp+ inc)/volume 
     319                # Neutron length 
    339320                self.neutron_length_ctl.SetValue(format_number(length)) 
     321                # display wavelength 
     322                self.wavelength_ctl.SetValue(str(self.wavelength)) 
    340323        except: 
    341324            if self.base !=None: 
     
    346329            return    
    347330 
    348     def calculateXRaySld(self, element, density,user_formula): 
    349         """ 
    350             Get an element and compute the corresponding SLD for a given formula 
    351             @param element:  elementis a string of existing atom 
    352             @param formula: molecule enters by the user 
    353         """ 
    354         try: 
    355             myformula = formula(str (element)) 
    356             if len(myformula.atoms)!=1: 
    357                 return  
    358             element= myformula.atoms.keys()[0]  
    359             energy = xray_energy(element.K_alpha) 
    360             atom = user_formula.atoms 
    361             atom_reel, atom_im = xray_sld_from_atoms( atom, 
    362                                                   density=density, 
    363                                                   energy= energy ) 
    364             return atom_reel, atom_im 
    365         except: 
    366             if self.base !=None: 
    367                   msg= "SLD Calculator: %s" % (sys.exc_value) 
    368                   wx.PostEvent(self.base, StatusEvent(status= msg )) 
    369             else: 
    370                 raise 
    371             return    
    372          
    373     def calculateNSld(self,density,wavelength,user_formula ): 
    374         """ 
    375             Compute the neutron SLD for a given molecule 
    376             @return absorp: absorption 
    377             @return coh: coherence cross section 
    378             @return inc: incoherence cross section 
    379            
    380         """ 
    381         if density ==0: 
    382             raise ZeroDivisionError,"integer division or modulo by zero for density" 
    383             return  
    384         atom = user_formula.atoms 
    385         coh,absorp,inc = neutron_sld_from_atoms(atom,density,wavelength) 
    386  
    387         return coh,absorp,inc 
     331    
     332         
     333   
    388334     
    389335    
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.