Changeset 18b7ca96 in sasview for src/sas


Ignore:
Timestamp:
Jan 13, 2017 10:52:21 AM (7 years ago)
Author:
krzywon
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
eb2dc13
Parents:
1905128 (diff), 12361fd (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'ticket-795' into ticket-827

Location:
src/sas
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/plotting.py

    r6ffa0dd rca224b1  
    134134        """ 
    135135        for group_id in self.plot_panels.keys(): 
    136             panel = self.plot_panels[group_id] 
    137             panel.graph.reset() 
    138             self.hide_panel(group_id) 
     136            self.clear_panel_by_id(group_id) 
    139137        self.plot_panels = {} 
    140138 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    r505706a ra6fccd7  
    11051105        """ 
    11061106        for key, value in self.master_category_dict.iteritems(): 
     1107            formfactor = state.formfactorcombobox.split(":") 
     1108            if isinstance(formfactor, list): 
     1109                formfactor = formfactor[0] 
    11071110            for list_item in value: 
    1108                 if state.formfactorcombobox in list_item: 
     1111                if formfactor in list_item: 
    11091112                    return self.categorybox.Items.index(key) 
    11101113        return 0 
    … …  
    11521155        self._show_combox_helper() 
    11531156        # select the current model 
    1154         try: 
    1155             # to support older version 
    1156             category_pos = int(state.categorycombobox) 
    1157         except: 
    1158             state.formfactorcombobox = state.formfactorcombobox.lower() 
    1159             state.formfactorcombobox = \ 
    1160                 state.formfactorcombobox.replace('model', '') 
    1161             state.formfactorcombobox = unicode(state.formfactorcombobox) 
    1162             state.categorycombobox = unicode(state.categorycombobox) 
    1163             if state.categorycombobox in self.categorybox.Items: 
    1164                 category_pos = self.categorybox.Items.index( 
    1165                     state.categorycombobox) 
    1166             else: 
    1167                 # Look in master list for model name (model.lower) 
    1168                 category_pos = self.get_cat_combo_box_pos(state) 
     1157        state._convert_to_sasmodels() 
     1158        state.categorycombobox = unicode(state.categorycombobox) 
     1159        if state.categorycombobox in self.categorybox.Items: 
     1160            category_pos = self.categorybox.Items.index( 
     1161                state.categorycombobox) 
     1162        else: 
     1163            # Look in master list for model name (model.lower) 
     1164            category_pos = self.get_cat_combo_box_pos(state) 
    11691165 
    11701166        self.categorybox.Select(category_pos) 
    11711167        self._show_combox(None) 
    1172         try: 
    1173             # to support older version 
    1174             formfactor_pos = int(state.formfactorcombobox) 
    1175         except: 
    1176             formfactor_pos = 0 
    1177             for ind_form in range(self.formfactorbox.GetCount()): 
    1178                 if self.formfactorbox.GetString(ind_form) == \ 
    1179                                                     (state.formfactorcombobox): 
    1180                     formfactor_pos = int(ind_form) 
     1168        from models import PLUGIN_NAME_BASE 
     1169        if self.categorybox.GetValue() == 'Customized Models' \ 
     1170                and PLUGIN_NAME_BASE not in state.formfactorcombobox: 
     1171            state.formfactorcombobox = \ 
     1172                PLUGIN_NAME_BASE + state.formfactorcombobox 
     1173        formfactor_pos = 0 
     1174        for ind_form in range(self.formfactorbox.GetCount()): 
     1175            if self.formfactorbox.GetString(ind_form) == \ 
     1176                                                (state.formfactorcombobox): 
     1177                formfactor_pos = int(ind_form) 
     1178                break 
     1179 
     1180        self.formfactorbox.Select(formfactor_pos) 
     1181 
     1182        structfactor_pos = 0 
     1183        if state.structurecombobox is not None: 
     1184            state.structurecombobox = unicode(state.structurecombobox) 
     1185            for ind_struct in range(self.structurebox.GetCount()): 
     1186                if self.structurebox.GetString(ind_struct) == \ 
     1187                                                (state.structurecombobox): 
     1188                    structfactor_pos = int(ind_struct) 
    11811189                    break 
    1182  
    1183         self.formfactorbox.Select(formfactor_pos) 
    1184  
    1185         structfactor_pos = 0 
    1186         try: 
    1187             # to support older version 
    1188             structfactor_pos = int(state.structurecombobox) 
    1189         except: 
    1190             if state.structurecombobox is not None: 
    1191                 state.structurecombobox = unicode(state.structurecombobox) 
    1192                 for ind_struct in range(self.structurebox.GetCount()): 
    1193                     if self.structurebox.GetString(ind_struct) == \ 
    1194                                                     (state.structurecombobox): 
    1195                         structfactor_pos = int(ind_struct) 
    1196                         break 
    11971190 
    11981191        self.structurebox.SetSelection(structfactor_pos) 
    … …  
    13841377        # self.state.struct_rbutton = self.struct_rbutton.GetValue() 
    13851378        # self.state.plugin_rbutton = self.plugin_rbutton.GetValue() 
    1386         self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetLabel() 
    1387         self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetLabel() 
    1388         self.state.categorycombobox = self.categorybox.GetLabel() 
     1379        self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetValue() 
     1380        self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetValue() 
     1381        self.state.categorycombobox = self.categorybox.GetValue() 
    13891382 
    13901383        # post state to fit panel 
    … …  
    15871580        if len(statelist) == 0 or len(listtorestore) == 0: 
    15881581            return 
    1589         if len(statelist) != len(listtorestore): 
    1590             return 
    15911582 
    15921583        for j in range(len(listtorestore)): 
    1593             item_page = listtorestore[j] 
    1594             item_page_info = statelist[j] 
    1595             # change the state of the check box for simple parameters 
    1596             if item_page[0] is not None: 
    1597                 item_page[0].SetValue(item_page_info[0]) 
    1598             if item_page[2] is not None: 
    1599                 item_page[2].SetValue(item_page_info[2]) 
    1600                 if item_page[2].__class__.__name__ == "ComboBox": 
    1601                     if item_page_info[2] in self.model.fun_list: 
    1602                         fun_val = self.model.fun_list[item_page_info[2]] 
    1603                         self.model.setParam(item_page_info[1], fun_val) 
    1604             if item_page[3] is not None: 
    1605                 # show or hide text +/- 
    1606                 if item_page_info[2]: 
    1607                     item_page[3].Show(True) 
    1608                 else: 
    1609                     item_page[3].Hide() 
    1610             if item_page[4] is not None: 
    1611                 # show of hide the text crtl for fitting error 
    1612                 if item_page_info[4][0]: 
    1613                     item_page[4].Show(True) 
    1614                     item_page[4].SetValue(item_page_info[4][1]) 
    1615                 else: 
    1616                     item_page[3].Hide() 
    1617             if item_page[5] is not None: 
    1618                 # show of hide the text crtl for fitting error 
    1619                 item_page[5].Show(item_page_info[5][0]) 
    1620                 item_page[5].SetValue(item_page_info[5][1]) 
    1621  
    1622             if item_page[6] is not None: 
    1623                 # show of hide the text crtl for fitting error 
    1624                 item_page[6].Show(item_page_info[6][0]) 
    1625                 item_page[6].SetValue(item_page_info[6][1]) 
     1584            for param in statelist: 
     1585                if param[1] == listtorestore[j][1]: 
     1586                    item_page = listtorestore[j] 
     1587                    item_page_info = param 
     1588                    if (item_page_info[1] == "theta" or item_page_info[1] == 
     1589                            "phi") and not self._is_2D(): 
     1590                        break 
     1591                    # change the state of the check box for simple parameters 
     1592                    if item_page[0] is not None: 
     1593                        item_page[0].SetValue(item_page_info[0]) 
     1594                    if item_page[2] is not None: 
     1595                        item_page[2].SetValue(item_page_info[2]) 
     1596                        if item_page[2].__class__.__name__ == "ComboBox": 
     1597                            if item_page_info[2] in self.model.fun_list: 
     1598                                fun_val = self.model.fun_list[item_page_info[2]] 
     1599                                self.model.setParam(item_page_info[1], fun_val) 
     1600                    if item_page[3] is not None: 
     1601                        # show or hide text +/- 
     1602                        if item_page_info[2]: 
     1603                            item_page[3].Show(True) 
     1604                        else: 
     1605                            item_page[3].Hide() 
     1606                    if item_page[4] is not None: 
     1607                        # show of hide the text crtl for fitting error 
     1608                        if item_page_info[4][0]: 
     1609                            item_page[4].Show(True) 
     1610                            item_page[4].SetValue(str(item_page_info[4][1])) 
     1611                        else: 
     1612                            item_page[3].Hide() 
     1613                    if item_page[5] is not None: 
     1614                        # show of hide the text crtl for fitting error 
     1615                        item_page[5].Show(True) 
     1616                        item_page[5].SetValue(str(item_page_info[5][1])) 
     1617                    if item_page[6] is not None: 
     1618                        # show of hide the text crtl for fitting error 
     1619                        item_page[6].Show(True) 
     1620                        item_page[6].SetValue(str(item_page_info[6][1])) 
     1621                    break 
    16261622 
    16271623    def _reset_strparam_state(self, listtorestore, statelist): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    r24fd27a ra6fccd7  
    11901190        self.state.slit_smearer = self.slit_smearer.GetValue() 
    11911191 
    1192         self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetLabel() 
    1193         self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetLabel() 
     1192        self.state.structurecombobox = self.structurebox.GetValue() 
     1193        self.state.formfactorcombobox = self.formfactorbox.GetValue() 
     1194        self.state.categorycombobox = self.categorybox.GetValue() 
    11941195        self.enable_fit_button() 
    11951196        if self.model is not None: 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    r313c5c9 r0de74af  
    2323PLUGIN_LOG = os.path.join(os.path.expanduser("~"), '.sasview', PLUGIN_DIR, 
    2424                          "plugins.log") 
     25PLUGIN_NAME_BASE = '[plug-in] ' 
    2526 
    2627def get_model_python_path(): 
    … …  
    181182            try: 
    182183                model = load_custom_model(path) 
    183                 model.name = "[plug-in] "+model.name 
     184                model.name = PLUGIN_NAME_BASE + model.name 
    184185                plugins[model.name] = model 
    185186            except Exception: 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    raf08e55 r18b7ca96  
    2525from lxml import etree 
    2626 
     27from sasmodels import convert 
    2728import sasmodels.weights 
    2829 
    … …  
    271272        # store value of chisqr 
    272273        self.tcChi = None 
     274        self.version = (1,0,0) 
    273275 
    274276    def clone(self): 
    … …  
    349351        obj.cb1 = copy.deepcopy(self.cb1) 
    350352        obj.smearer = copy.deepcopy(self.smearer) 
     353        obj.version = copy.deepcopy(self.version) 
    351354 
    352355        for name, state in self.saved_states.iteritems(): 
    … …  
    355358            obj.saved_states[copy_name] = copy_state 
    356359        return obj 
     360 
     361    def _old_first_model(self): 
     362        """ 
     363        Handle save states from 4.0.1 and before where the first item in the 
     364        selection boxes of category, formfactor and structurefactor were not 
     365        saved. 
     366        :return: None 
     367        """ 
     368        if self.formfactorcombobox == '': 
     369            if self.categorycombobox == '' and len(self.parameters) == 3: 
     370                self.categorycombobox = "Shape-Independent" 
     371                self.formfactorcombobox = 'PowerLawAbsModel' 
     372            elif self.categorycombobox == '' and len(self.parameters) == 9: 
     373                self.categorycombobox = 'Cylinder' 
     374                self.formfactorcombobox = 'barbell' 
     375            elif self.categorycombobox == 'Shapes': 
     376                self.formfactorcombobox = 'BCCrystalModel' 
     377            elif self.categorycombobox == 'Uncategorized': 
     378                self.formfactorcombobox = 'LineModel' 
     379            elif self.categorycombobox == 'StructureFactor': 
     380                self.structurecombobox = 'HardsphereStructure' 
     381            elif self.categorycombobox == 'Customized Models': 
     382                self.formfactorcombobox = 'MySumFunction' 
     383            elif self.categorycombobox == 'Ellipsoid': 
     384                self.formfactorcombobox = 'core_shell_ellipsoid' 
     385            elif self.categorycombobox == 'Lamellae': 
     386                self.formfactorcombobox = 'lamellar' 
     387            elif self.categorycombobox == 'Paracrystal': 
     388                self.formfactorcombobox = 'bcc_paracrystal' 
     389            elif self.categorycombobox == 'Parallelepiped': 
     390                self.formfactorcombobox = 'core_shell_parallelepiped' 
     391            elif self.categorycombobox == 'Shape Independent': 
     392                self.formfactorcombobox = 'be_polyelectrolyte' 
     393            elif self.categorycombobox == 'Sphere': 
     394                self.formfactorcombobox = 'adsorbed_layer' 
     395            elif self.categorycombobox == 'Structure Factor': 
     396                self.formfactorcombobox = 'hardsphere' 
     397 
     398    @staticmethod 
     399    def param_remap_to_sasmodels_convert(params, is_string=False): 
     400        """ 
     401        Remaps the parameters for sasmodels conversion 
     402 
     403        :param params: list of parameters (likely self.parameters) 
     404        :return: remapped dictionary of parameters 
     405        """ 
     406        p = dict() 
     407        for fittable, name, value, _, uncert, lower, upper, units in params: 
     408            if not value: 
     409                value = numpy.nan 
     410            if not uncert or uncert[1] == '' or uncert[1] == 'None': 
     411                uncert[0] = False 
     412                uncert[1] = numpy.nan 
     413            if not upper or upper[1] == '' or upper[1] == 'None': 
     414                upper[0] = False 
     415                upper[1] = numpy.nan 
     416            if not lower or lower[1] == '' or lower[1] == 'None': 
     417                lower[0] = False 
     418                lower[1] = numpy.nan 
     419            if is_string: 
     420                p[name] = str(value) 
     421            else: 
     422                p[name] = float(value) 
     423            p[name + ".fittable"] = bool(fittable) 
     424            p[name + ".std"] = float(uncert[1]) 
     425            p[name + ".upper"] = float(upper[1]) 
     426            p[name + ".lower"] = float(lower[1]) 
     427            p[name + ".units"] = units 
     428        return p 
     429 
     430    @staticmethod 
     431    def param_remap_from_sasmodels_convert(params): 
     432        """ 
     433        Converts {name : value} map back to [] param list 
     434        :param params: parameter map returned from sasmodels 
     435        :return: None 
     436        """ 
     437        p_map = [] 
     438        for name, info in params.iteritems(): 
     439            if ".fittable" in name or ".std" in name or ".upper" in name or \ 
     440                            ".lower" in name or ".units" in name: 
     441                pass 
     442            else: 
     443                fittable = params.get(name + ".fittable", True) 
     444                std = params.get(name + ".std", '0.0') 
     445                upper = params.get(name + ".upper", 'inf') 
     446                lower = params.get(name + ".lower", '-inf') 
     447                units = params.get(name + ".units") 
     448                if std is not None and std is not numpy.nan: 
     449                    std = [True, str(std)] 
     450                else: 
     451                    std = [False, ''] 
     452                if lower is not None and lower is not numpy.nan: 
     453                    lower = [True, str(lower)] 
     454                else: 
     455                    lower = [True, '-inf'] 
     456                if upper is not None and upper is not numpy.nan: 
     457                    upper = [True, str(upper)] 
     458                else: 
     459                    upper = [True, 'inf'] 
     460                param_list = [bool(fittable), str(name), str(info), 
     461                              "+/-", std, lower, upper, str(units)] 
     462                p_map.append(param_list) 
     463        return p_map 
     464 
     465    def _convert_to_sasmodels(self): 
     466        """ 
     467        Convert parameters to a form usable by sasmodels converter 
     468 
     469        :return: None 
     470        """ 
     471        # Create conversion dictionary to send to sasmodels 
     472        self._old_first_model() 
     473        p = self.param_remap_to_sasmodels_convert(self.parameters) 
     474        structurefactor, params = convert.convert_model(self.structurecombobox, 
     475                                                        p, False, self.version) 
     476        formfactor, params = convert.convert_model(self.formfactorcombobox, 
     477                                                   params, False, self.version) 
     478        if len(self.str_parameters) > 0: 
     479            str_pars = self.param_remap_to_sasmodels_convert( 
     480                self.str_parameters, True) 
     481            formfactor, str_params = convert.convert_model( 
     482                self.formfactorcombobox, str_pars, False, self.version) 
     483            for key, value in str_params.iteritems(): 
     484                params[key] = value 
     485 
     486        if self.formfactorcombobox == 'SphericalSLDModel': 
     487            self.multi_factor += 1 
     488        self.formfactorcombobox = formfactor 
     489        self.structurecombobox = structurefactor 
     490        self.parameters = [] 
     491        self.parameters = self.param_remap_from_sasmodels_convert(params) 
    357492 
    358493    def _repr_helper(self, list, rep): 
    … …  
    682817 
    683818        attr = newdoc.createAttribute("version") 
    684         attr.nodeValue = '1.0' 
     819        import sasview 
     820        attr.nodeValue = sasview.__version__ 
     821        # attr.nodeValue = '1.0' 
    685822        top_element.setAttributeNode(attr) 
    686823 
    … …  
    8751012            raise RuntimeError, msg 
    8761013 
    877         if node.get('version') and node.get('version') == '1.0': 
     1014        if node.get('version'): 
     1015            # Get the version for model conversion purposes 
     1016            self.version = tuple(int(e) for e in 
     1017                                 str.split(node.get('version'), ".")) 
     1018            # The tuple must be at least 3 items long 
     1019            while len(self.version) < 3: 
     1020                ver_list = list(self.version) 
     1021                ver_list.append(0) 
     1022                self.version = tuple(ver_list) 
    8781023 
    8791024            # Get file name 
    … …  
    11911336                        name = original_fname 
    11921337                    state.data.group_id = name 
     1338                    state.version = fitstate.version 
    11931339                    # store state in fitting 
    11941340                    self.call_back(state=state, 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_state.py

    rcb93b40 rdb5294e  
    423423                    for item in DEFAULT_STATE: 
    424424                        input_field = get_content('ns:%s' % item, entry) 
    425                         val = str(input_field.text.strip()) 
     425                        if input_field.text is not None: 
     426                            val = str(input_field.text.strip()) 
     427                        else: 
     428                            val = '' 
    426429                        if input_field is not None: 
    427430                            temp_state[item] = val 
    … …  
    433436                for item in DEFAULT_STATE: 
    434437                    input_field = get_content('ns:%s' % item, entry) 
    435                     val = str(input_field.text.strip()) 
     438                    if input_field.text is not None: 
     439                        val = str(input_field.text.strip()) 
     440                    else: 
     441                        val = '' 
    436442                    if input_field is not None: 
    437443                        self.set_saved_state(name=item, value=val) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r0639476 r1905128  
    2020import inspect 
    2121# For saving individual sections of data 
    22 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, DataInfo, plottable_1D 
    23 from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, Detector, Process, Aperture 
    24 from sas.sascalc.dataloader.data_info import combine_data_info_with_plottable as combine_data 
     22from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, \ 
     23    plottable_1D, plottable_2D 
     24from sas.sascalc.dataloader.data_info import Collimation, TransmissionSpectrum, \ 
     25    Detector, Process, Aperture 
     26from sas.sascalc.dataloader.data_info import \ 
     27    combine_data_info_with_plottable as combine_data 
    2528import sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader 
    2629from sas.sascalc.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader 
    … …  
    5659        The CanSAS reader requires PyXML 0.8.4 or later. 
    5760    """ 
    58     ## CanSAS version - defaults to version 1.0 
     61    # CanSAS version - defaults to version 1.0 
    5962    cansas_version = "1.0" 
    6063    base_ns = "{cansas1d/1.0}" 
    … …  
    6366    invalid = True 
    6467    frm = "" 
    65     ## Log messages and errors 
     68    # Log messages and errors 
    6669    logging = None 
    6770    errors = set() 
    68     ## Namespace hierarchy for current xml_file object 
     71    # Namespace hierarchy for current xml_file object 
    6972    names = None 
    7073    ns_list = None 
    71     ## Temporary storage location for loading multiple data sets in a single file 
     74    # Temporary storage location for loading multiple data sets in a single file 
    7275    current_datainfo = None 
    7376    current_dataset = None 
    7477    current_data1d = None 
    7578    data = None 
    76     ## List of data1D objects to be sent back to SasView 
     79    # List of data1D objects to be sent back to SasView 
    7780    output = None 
    78     ## Wildcards 
     81    # Wildcards 
    7982    type = ["XML files (*.xml)|*.xml", "SasView Save Files (*.svs)|*.svs"] 
    80     ## List of allowed extensions 
     83    # List of allowed extensions 
    8184    ext = ['.xml', '.XML', '.svs', '.SVS'] 
    82     ## Flag to bypass extension check 
     85    # Flag to bypass extension check 
    8386    allow_all = True 
    8487 
    … …  
    220223                self.parent_class = tagname_original 
    221224                if tagname == 'SASdata': 
    222                     self._initialize_new_data_set() 
    223                 ## Recursion step to access data within the group 
     225                    self._initialize_new_data_set(node) 
     226                    if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     227                        x_bins = attr.get("x_bins", "") 
     228                        y_bins = attr.get("y_bins", "") 
     229                        if x_bins is not "" and y_bins is not "": 
     230                            self.current_dataset.shape = (x_bins, y_bins) 
     231                        else: 
     232                            self.current_dataset.shape = () 
     233                # Recursion step to access data within the group 
    224234                self._parse_entry(node, True) 
    225235                if tagname == "SASsample": 
    … …  
    234244                self.add_intermediate() 
    235245            else: 
    236                 data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname) 
    237  
    238                 ## If this is a dataset, store the data appropriately 
     246                if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     247                    data_point = node.text 
     248                    unit = attr.get('unit', '') 
     249                else: 
     250                    data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname) 
     251 
     252                # If this is a dataset, store the data appropriately 
    239253                if tagname == 'Run': 
    240254                    self.current_datainfo.run_name[data_point] = name 
    … …  
    245259                    self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    246260 
    247                 ## I and Q Data 
    248                 elif tagname == 'I': 
     261                # I and Q - 1D data 
     262                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    249263                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    250264                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    251                 elif tagname == 'Idev': 
     265                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    252266                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    253267                elif tagname == 'Q': 
    … …  
    265279                    pass 
    266280 
    267                 ## Sample Information 
     281                # I and Qx, Qy - 2D data 
     282                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     283                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     284                    self.current_dataset.data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     285                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     286                    self.current_dataset.err_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     287                elif tagname == 'Qx': 
     288                    self.current_dataset.xaxis("Qx", unit) 
     289                    self.current_dataset.qx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     290                elif tagname == 'Qy': 
     291                    self.current_dataset.yaxis("Qy", unit) 
     292                    self.current_dataset.qy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     293                elif tagname == 'Qxdev': 
     294                    self.current_dataset.xaxis("Qxdev", unit) 
     295                    self.current_dataset.dqx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     296                elif tagname == 'Qydev': 
     297                    self.current_dataset.yaxis("Qydev", unit) 
     298                    self.current_dataset.dqy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     299                elif tagname == 'Mask': 
     300                    inter = data_point.split(",") 
     301                    self.current_dataset.mask = np.asarray(inter, dtype=bool) 
     302 
     303                # Sample Information 
    268304                elif tagname == 'ID' and self.parent_class == 'SASsample': 
    269305                    self.current_datainfo.sample.ID = data_point 
    … …  
    299335                    self.current_datainfo.sample.orientation_unit = unit 
    300336 
    301                 ## Instrumental Information 
     337                # Instrumental Information 
    302338                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASinstrument': 
    303339                    self.current_datainfo.instrument = data_point 
    304                 ## Detector Information 
     340                # Detector Information 
    305341                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASdetector': 
    306342                    self.detector.name = data_point 
    … …  
    347383                    self.detector.orientation.z = data_point 
    348384                    self.detector.orientation_unit = unit 
    349                 ## Collimation and Aperture 
     385                # Collimation and Aperture 
    350386                elif tagname == 'length' and self.parent_class == 'SAScollimation': 
    351387                    self.collimation.length = data_point 
    … …  
    366402                    self.collimation.size_unit = unit 
    367403 
    368                 ## Process Information 
     404                # Process Information 
    369405                elif tagname == 'name' and self.parent_class == 'SASprocess': 
    370406                    self.process.name = data_point 
    … …  
    386422                    self.process.term.append(dic) 
    387423 
    388                 ## Transmission Spectrum 
     424                # Transmission Spectrum 
    389425                elif tagname == 'T' and self.parent_class == 'Tdata': 
    390426                    self.transspectrum.transmission = np.append(self.transspectrum.transmission, data_point) 
    … …  
    397433                    self.transspectrum.wavelength_unit = unit 
    398434 
    399                 ## Source Information 
     435                # Source Information 
    400436                elif tagname == 'wavelength' and (self.parent_class == 'SASsource' or self.parent_class == 'SASData'): 
    401437                    self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    … …  
    424460                    self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
    425461 
    426                 ## Everything else goes in meta_data 
     462                # Everything else goes in meta_data 
    427463                else: 
    428464                    new_key = self._create_unique_key(self.current_datainfo.meta_data, tagname) 
    … …  
    438474            self.add_data_set() 
    439475            empty = None 
    440             if self.output[0].dx is not None: 
    441                 self.output[0].dxl = np.empty(0) 
    442                 self.output[0].dxw = np.empty(0) 
    443             else: 
    444                 self.output[0].dx = np.empty(0) 
    445476            return self.output[0], empty 
    446477 
    … …  
    514545        self.current_datainfo = DataInfo() 
    515546 
    516     def _initialize_new_data_set(self, parent_list=None): 
     547    def _initialize_new_data_set(self, node=None): 
    517548        """ 
    518549        A private class method to generate a new 1D data object. 
    519550        Outside methods should call add_data_set() to be sure any existing data is stored properly. 
    520551 
    521         :param parent_list: List of names of parent elements 
    522         """ 
    523  
    524         if parent_list is None: 
    525             parent_list = [] 
     552        :param node: XML node to determine if 1D or 2D data 
     553        """ 
    526554        x = np.array(0) 
    527555        y = np.array(0) 
     556        for child in node: 
     557            if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Idata": 
     558                for i_child in child: 
     559                    if i_child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Qx": 
     560                        self.current_dataset = plottable_2D() 
     561                        return 
    528562        self.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
    529563 
    … …  
    560594        """ 
    561595 
    562         ## Append errors to dataset and reset class errors 
     596        # Append errors to dataset and reset class errors 
    563597        self.current_datainfo.errors = set() 
    564598        for error in self.errors: 
    … …  
    566600        self.errors.clear() 
    567601 
    568         ## Combine all plottables with datainfo and append each to output 
    569         ## Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
     602        # Combine all plottables with datainfo and append each to output 
     603        # Type cast data arrays to float64 and find min/max as appropriate 
    570604        for dataset in self.data: 
    571             if dataset.x is not None: 
    572                 dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
    573                 dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
    574                 dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
    575                 dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
    576             if dataset.y is not None: 
    577                 dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
    578                 dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
    579                 dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
    580                 dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
    581             if dataset.dx is not None: 
    582                 dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
    583                 dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
    584             if dataset.dxl is not None: 
    585                 dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
    586                 dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
    587             if dataset.dxw is not None: 
    588                 dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
    589                 dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
    590             if dataset.dy is not None: 
    591                 dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
    592                 dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
    593             np.trim_zeros(dataset.x) 
    594             np.trim_zeros(dataset.y) 
    595             np.trim_zeros(dataset.dy) 
     605            if isinstance(dataset, plottable_1D): 
     606                if dataset.x is not None: 
     607                    dataset.x = np.delete(dataset.x, [0]) 
     608                    dataset.x = dataset.x.astype(np.float64) 
     609                    dataset.xmin = np.min(dataset.x) 
     610                    dataset.xmax = np.max(dataset.x) 
     611                if dataset.y is not None: 
     612                    dataset.y = np.delete(dataset.y, [0]) 
     613                    dataset.y = dataset.y.astype(np.float64) 
     614                    dataset.ymin = np.min(dataset.y) 
     615                    dataset.ymax = np.max(dataset.y) 
     616                if dataset.dx is not None: 
     617                    dataset.dx = np.delete(dataset.dx, [0]) 
     618                    dataset.dx = dataset.dx.astype(np.float64) 
     619                if dataset.dxl is not None: 
     620                    dataset.dxl = np.delete(dataset.dxl, [0]) 
     621                    dataset.dxl = dataset.dxl.astype(np.float64) 
     622                if dataset.dxw is not None: 
     623                    dataset.dxw = np.delete(dataset.dxw, [0]) 
     624                    dataset.dxw = dataset.dxw.astype(np.float64) 
     625                if dataset.dy is not None: 
     626                    dataset.dy = np.delete(dataset.dy, [0]) 
     627                    dataset.dy = dataset.dy.astype(np.float64) 
     628                np.trim_zeros(dataset.x) 
     629                np.trim_zeros(dataset.y) 
     630                np.trim_zeros(dataset.dy) 
     631            elif isinstance(dataset, plottable_2D): 
     632                dataset.data = dataset.data.astype(np.float64) 
     633                dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64) 
     634                dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
     635                dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
     636                dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64) 
     637                dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
     638                dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
     639                dataset.q_data = np.sqrt(dataset.qx_data * dataset.qx_data 
     640                                         + dataset.qy_data * dataset.qy_data) 
     641                if dataset.err_data is not None: 
     642                    dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64) 
     643                if dataset.dqx_data is not None: 
     644                    dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64) 
     645                if dataset.dqy_data is not None: 
     646                    dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64) 
     647                if dataset.mask is not None: 
     648                    dataset.mask = dataset.mask.astype(dtype=bool) 
     649 
     650                if len(dataset.shape) == 2: 
     651                    n_rows, n_cols = dataset.shape 
     652                    dataset.y_bins = dataset.qy_data[0::int(n_cols)] 
     653                    dataset.x_bins = dataset.qx_data[:int(n_cols)] 
     654                    dataset.data = dataset.data.flatten() 
     655                else: 
     656                    dataset.y_bins = [] 
     657                    dataset.x_bins = [] 
     658                    dataset.data = dataset.data.flatten() 
     659 
    596660            final_dataset = combine_data(dataset, self.current_datainfo) 
    597661            self.output.append(final_dataset) 
    … …  
    693757                        and local_unit.lower() != "none": 
    694758                    if HAS_CONVERTER == True: 
    695                         ## Check local units - bad units raise KeyError 
     759                        # Check local units - bad units raise KeyError 
    696760                        data_conv_q = Converter(local_unit) 
    697761                        value_unit = default_unit 
    … …  
    740804        A method to check all resolution data sets are the same size as I and Q 
    741805        """ 
    742         dql_exists = False 
    743         dqw_exists = False 
    744         dq_exists = False 
    745         di_exists = False 
    746         if self.current_dataset.dxl is not None: 
    747             dql_exists = True 
    748         if self.current_dataset.dxw is not None: 
    749             dqw_exists = True 
    750         if self.current_dataset.dx is not None: 
    751             dq_exists = True 
    752         if self.current_dataset.dy is not None: 
    753             di_exists = True 
    754         if dqw_exists and not dql_exists: 
    755             array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
    756             self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, np.zeros([array_size])) 
    757         elif dql_exists and not dqw_exists: 
    758             array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
    759             self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, np.zeros([array_size])) 
    760         elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
    761             array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
    762             self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, np.zeros([array_size])) 
    763         if not di_exists: 
    764             array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
    765             self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, np.zeros([array_size])) 
    766  
     806        if isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
     807            dql_exists = False 
     808            dqw_exists = False 
     809            dq_exists = False 
     810            di_exists = False 
     811            if self.current_dataset.dxl is not None: 
     812                dql_exists = True 
     813            if self.current_dataset.dxw is not None: 
     814                dqw_exists = True 
     815            if self.current_dataset.dx is not None: 
     816                dq_exists = True 
     817            if self.current_dataset.dy is not None: 
     818                di_exists = True 
     819            if dqw_exists and not dql_exists: 
     820                array_size = self.current_dataset.dxw.size - 1 
     821                self.current_dataset.dxl = np.append(self.current_dataset.dxl, 
     822                                                     np.zeros([array_size])) 
     823            elif dql_exists and not dqw_exists: 
     824                array_size = self.current_dataset.dxl.size - 1 
     825                self.current_dataset.dxw = np.append(self.current_dataset.dxw, 
     826                                                     np.zeros([array_size])) 
     827            elif not dql_exists and not dqw_exists and not dq_exists: 
     828                array_size = self.current_dataset.x.size - 1 
     829                self.current_dataset.dx = np.append(self.current_dataset.dx, 
     830                                                    np.zeros([array_size])) 
     831            if not di_exists: 
     832                array_size = self.current_dataset.y.size - 1 
     833                self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, 
     834                                                    np.zeros([array_size])) 
     835        elif isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     836            dqx_exists = False 
     837            dqy_exists = False 
     838            di_exists = False 
     839            mask_exists = False 
     840            if self.current_dataset.dqx_data is not None: 
     841                dqx_exists = True 
     842            if self.current_dataset.dqy_data is not None: 
     843                dqy_exists = True 
     844            if self.current_dataset.err_data is not None: 
     845                di_exists = True 
     846            if self.current_dataset.mask is not None: 
     847                mask_exists = True 
     848            if not dqy_exists: 
     849                array_size = self.current_dataset.qy_data.size - 1 
     850                self.current_dataset.dqy_data = np.append( 
     851                    self.current_dataset.dqy_data, np.zeros([array_size])) 
     852            if not dqx_exists: 
     853                array_size = self.current_dataset.qx_data.size - 1 
     854                self.current_dataset.dqx_data = np.append( 
     855                    self.current_dataset.dqx_data, np.zeros([array_size])) 
     856            if not di_exists: 
     857                array_size = self.current_dataset.data.size - 1 
     858                self.current_dataset.err_data = np.append( 
     859                    self.current_dataset.err_data, np.zeros([array_size])) 
     860            if not mask_exists: 
     861                array_size = self.current_dataset.data.size - 1 
     862                self.current_dataset.mask = np.append( 
     863                    self.current_dataset.mask, 
     864                    np.ones([array_size] ,dtype=bool)) 
    767865 
    768866    ####### All methods below are for writing CanSAS XML files ####### 
    769  
    770867 
    771868    def write(self, filename, datainfo): 
    … …  
    792889        :param datainfo: Data1D object 
    793890        """ 
    794         if not issubclass(datainfo.__class__, Data1D): 
    795             raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance" 
     891        is_2d = False 
     892        if issubclass(datainfo.__class__, Data2D): 
     893            is_2d = True 
    796894 
    797895        # Get PIs and create root element 
    … …  
    813911        self._write_run_names(datainfo, entry_node) 
    814912        # Add Data info to SASEntry 
    815         self._write_data(datainfo, entry_node) 
     913        if is_2d: 
     914            self._write_data_2d(datainfo, entry_node) 
     915        else: 
     916            self._write_data(datainfo, entry_node) 
    816917        # Transmission Spectrum Info 
    817918        self._write_trans_spectrum(datainfo, entry_node) 
    … …  
    9071008    def _write_data(self, datainfo, entry_node): 
    9081009        """ 
    909         Writes the I and Q data to the XML file 
     1010        Writes 1D I and Q data to the XML file 
    9101011 
    9111012        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from 
    … …  
    9351036                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    9361037                                {'unit': datainfo.x_unit}) 
     1038 
     1039    def _write_data_2d(self, datainfo, entry_node): 
     1040        """ 
     1041        Writes 2D data to the XML file 
     1042 
     1043        :param datainfo: The Data2D object the information is coming from 
     1044        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to 
     1045        """ 
     1046        attr = {} 
     1047        if datainfo.data.shape: 
     1048            attr["x_bins"] = str(len(datainfo.x_bins)) 
     1049            attr["y_bins"] = str(len(datainfo.y_bins)) 
     1050        node = self.create_element("SASdata", attr) 
     1051        self.append(node, entry_node) 
     1052 
     1053        point = self.create_element("Idata") 
     1054        node.append(point) 
     1055        qx = ','.join([str(datainfo.qx_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qx_data))]) 
     1056        qy = ','.join([str(datainfo.qy_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.qy_data))]) 
     1057        intensity = ','.join([str(datainfo.data[i]) for i in xrange(len(datainfo.data))]) 
     1058        err = ','.join([str(datainfo.err_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.err_data))]) 
     1059        dqy = ','.join([str(datainfo.dqy_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.dqy_data))]) 
     1060        dqx = ','.join([str(datainfo.dqx_data[i]) for i in xrange(len(datainfo.dqx_data))]) 
     1061        mask = ','.join([str(datainfo.mask[i]) for i in xrange(len(datainfo.mask))]) 
     1062 
     1063        self.write_node(point, "Qx", qx, 
     1064                        {'unit': datainfo._xunit}) 
     1065        self.write_node(point, "Qy", qy, 
     1066                        {'unit': datainfo._yunit}) 
     1067        self.write_node(point, "I", intensity, 
     1068                        {'unit': datainfo._zunit}) 
     1069        if datainfo.err_data is not None: 
     1070            self.write_node(point, "Idev", err, 
     1071                            {'unit': datainfo._zunit}) 
     1072        if datainfo.dqy_data is not None: 
     1073            self.write_node(point, "Qydev", dqy, 
     1074                            {'unit': datainfo._yunit}) 
     1075        if datainfo.dqx_data is not None: 
     1076            self.write_node(point, "Qxdev", dqx, 
     1077                            {'unit': datainfo._xunit}) 
     1078        if datainfo.mask is not None: 
     1079            self.write_node(point, "Mask", mask) 
    9371080 
    9381081    def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_0.xsd

    r250fec92 raf08e55  
    2424 
    2525        <complexType name="IdataType"> 
     26                <xsd:choice> 
    2627                <sequence> 
    2728                        <element name="Q" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
    … …  
    4041                        <xsd:any minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" processContents="lax" namespace="##other" /> 
    4142                </sequence> 
     43                <sequence> 
     44                        <element name="Qx" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     45                        <element name="Qy" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     46                        <element name="I" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     47                        <element name="Idev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     48                        <element name="Qydev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     49                        <element name="Qxdev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     50                        <element name="Mask" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="string" default="0" /> 
     51                </sequence> 
     52                </xsd:choice> 
    4253        </complexType> 
    4354         
    … …  
    5162                <attribute name="name" type="string" use="optional" default="" /> 
    5263                <attribute name="timestamp" type="dateTime" use="optional" /> 
     64                <attribute name="x_bins" type="string" use="optional" /> 
     65                <attribute name="y_bins" type="string" use="optional" /> 
    5366        </complexType> 
    5467 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/schema/cansas1d_invalid_v1_1.xsd

    r250fec92 raf08e55  
    2424 
    2525        <complexType name="IdataType"> 
     26                <xsd:choice> 
    2627                <sequence> 
    2728                        <element name="Q" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
    … …  
    4041                        <xsd:any minOccurs="0" maxOccurs="unbounded" processContents="lax" namespace="##other" /> 
    4142                </sequence> 
     43                <sequence> 
     44                        <element name="Qx" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     45                        <element name="Qy" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     46                        <element name="I" minOccurs="1" maxOccurs="1"    type="tns:floatUnitType" /> 
     47                        <element name="Idev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     48                        <element name="Qydev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     49                        <element name="Qxdev" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="tns:floatUnitType" default="0" /> 
     50                        <element name="Mask" minOccurs="0" maxOccurs="1" type="string" default="0" /> 
     51                </sequence> 
     52                </xsd:choice> 
    4253        </complexType> 
    4354         
    … …  
    5162                <attribute name="name" type="string" use="optional" default="" /> 
    5263                <attribute name="timestamp" type="dateTime" use="optional" /> 
     64                <attribute name="x_bins" type="string" use="optional" /> 
     65                <attribute name="y_bins" type="string" use="optional" /> 
    5366        </complexType> 
    5467 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/model_thread.py

    rd3911e3 rc1681ea  
    197197            output[index] = self.model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
    198198 
    199         sq_model = None 
    200         pq_model = None 
     199        sq_values = None 
     200        pq_values = None 
     201        s_model = None 
     202        p_model = None 
    201203        if isinstance(self.model, MultiplicationModel): 
    202             sq_model = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
    203             pq_model = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
    204             sq_model[index] = self.model.s_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
    205             pq_model[index] = self.model.p_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
     204            s_model = self.model.s_model 
     205            p_model = self.model.p_model 
     206        elif hasattr(self.model, "get_composition_models"): 
     207            p_model, s_model = self.model.get_composition_models() 
     208 
     209        if p_model is not None and s_model is not None: 
     210            sq_values = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
     211            pq_values = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
     212            sq_values[index] = s_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
     213            pq_values[index] = p_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
    206214 
    207215        elapsed = time.time() - self.starttime 
    … …  
    220228                      unsmeared_data=unsmeared_data, 
    221229                      unsmeared_error=unsmeared_error, 
    222                       pq_model=pq_model, 
    223                       sq_model=sq_model) 
     230                      pq_model=pq_values, 
     231                      sq_model=sq_values) 
    224232 
    225233    def results(self): 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.