Changeset 186d678 in sasview


Ignore:
Timestamp:
Oct 31, 2018 6:08:16 AM (3 weeks ago)
Author:
Piotr Rozyczko <piotr.rozyczko@…>
Branches:
ESS_GUI_project_save
Children:
48df831
Parents:
b1b71ad (diff), 04e1c80 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
Message:

Merge branch 'ESS_GUI' into ESS_GUI_project_save

Location:
src/sas
Files:
15 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • src/sas/qtgui/MainWindow/DataExplorer.py

    rb1b71ad r186d678  
    545545        pass 
    546546 
    547     def sendData(self, event): 
     547    def sendData(self, event=None): 
    548548        """ 
    549549        Send selected item data to the current perspective and set the relevant notifiers 
     
    13711371        Mask Editor for 2D plots 
    13721372        """ 
     1373        msg = QtWidgets.QMessageBox() 
     1374        msg.setIcon(QtWidgets.QMessageBox.Information) 
     1375        msg.setText("Error: cannot apply mask.\n"+ 
     1376                    "Please select a 2D dataset.") 
     1377        msg.setStandardButtons(QtWidgets.QMessageBox.Ok) 
     1378 
    13731379        try: 
    13741380            if data is None or not isinstance(data, Data2D): 
     1381                # if data wasn't passed - try to get it from 
     1382                # the currently selected item 
    13751383                index = self.current_view.selectedIndexes()[0] 
    13761384                proxy = self.current_view.model() 
     
    13811389 
    13821390            if data is None or not isinstance(data, Data2D): 
    1383                 msg = QtWidgets.QMessageBox() 
    1384                 msg.setIcon(QtWidgets.QMessageBox.Information) 
    1385                 msg.setText("Error: cannot apply mask. \ 
    1386                                 Please select a 2D dataset.") 
    1387                 msg.setStandardButtons(QtWidgets.QMessageBox.Cancel) 
     1391                # If data is still not right, complain 
    13881392                msg.exec_() 
    13891393                return 
    13901394        except: 
    1391             msg = QtWidgets.QMessageBox() 
    1392             msg.setIcon(QtWidgets.QMessageBox.Information) 
    1393             msg.setText("Error: No dataset selected. \ 
    1394                             Please select a 2D dataset.") 
    1395             msg.setStandardButtons(QtWidgets.QMessageBox.Cancel) 
    13961395            msg.exec_() 
    13971396            return 
  • src/sas/qtgui/MainWindow/GuiManager.py

    rb1b71ad r186d678  
    1010from PyQt5.QtGui import * 
    1111from PyQt5.QtCore import Qt, QLocale, QUrl 
     12 
     13import matplotlib as mpl 
     14mpl.use("Qt5Agg") 
    1215 
    1316from twisted.internet import reactor 
     
    868871        self.results_frame.setVisible(True) 
    869872        if output_data: 
    870             self.results_panel.onPlotResults(output_data) 
     873            self.results_panel.onPlotResults(output_data, optimizer=self.perspective().optimizer) 
    871874 
    872875    def actionAdd_Custom_Model(self): 
  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingWidget.py

    rd00475d r186d678  
    294294        self.has_magnet_error_column = False 
    295295 
     296        # Enablement of comboboxes 
     297        self.enabled_cbmodel = False 
     298        self.enabled_sfmodel = False 
     299 
    296300        # If the widget generated theory item, save it 
    297301        self.theory_item = None 
     
    460464        self.cbModel.setEnabled(False) 
    461465        self.lblModel.setEnabled(False) 
     466        self.enabled_cbmodel = False 
    462467 
    463468    def enableModelCombo(self): 
     
    465470        self.cbModel.setEnabled(True) 
    466471        self.lblModel.setEnabled(True) 
     472        self.enabled_cbmodel = True 
    467473 
    468474    def disableStructureCombo(self): 
     
    470476        self.cbStructureFactor.setEnabled(False) 
    471477        self.lblStructure.setEnabled(False) 
     478        self.enabled_sfmodel = False 
    472479 
    473480    def enableStructureCombo(self): 
     
    475482        self.cbStructureFactor.setEnabled(True) 
    476483        self.lblStructure.setEnabled(True) 
     484        self.enabled_sfmodel = True 
    477485 
    478486    def togglePoly(self, isChecked): 
     
    10091017        Checks if the current model has magnetic scattering implemented 
    10101018        """ 
    1011         current_model = self.cbModel.currentText() 
    1012         return self.is2D and current_model in self.MAGNETIC_MODELS 
     1019        has_params = False 
     1020        if self.kernel_module: 
     1021            has_mag_params = len(self.kernel_module.magnetic_params) > 0 
     1022        return self.is2D and has_mag_params 
    10131023 
    10141024    def onSelectModel(self): 
     
    10341044        if not model: 
    10351045            return 
     1046 
    10361047        self.chkMagnetism.setEnabled(self.canHaveMagnetism()) 
    10371048        self.chkMagnetism.setEnabled(self.canHaveMagnetism()) 
     
    11751186        self.SASModelToQModel(model, structure_factor) 
    11761187 
     1188        # Enable magnetism checkbox for selected models 
     1189        self.chkMagnetism.setEnabled(self.canHaveMagnetism()) 
     1190        self.tabFitting.setTabEnabled(TAB_MAGNETISM, self.chkMagnetism.isChecked() and self.canHaveMagnetism()) 
     1191 
     1192        # Update column widths 
    11771193        for column, width in self.lstParamHeaderSizes.items(): 
    11781194            self.lstParams.setColumnWidth(column, width) 
     
    15731589        if param_dict is None: 
    15741590            return 
    1575         if hasattr(res, 'convergence') and len(res.convergence)>0: 
    1576             self.communicate.resultPlotUpdateSignal.emit(result[0]) 
     1591        self.communicate.resultPlotUpdateSignal.emit(result[0]) 
    15771592 
    15781593        elapsed = result[1] 
     
    31103125        shell_par = None 
    31113126        for par in kernel_pars: 
    3112             if par.name == param_name: 
     3127            parname = par.name 
     3128            if '[' in parname: 
     3129                 parname = parname[:parname.index('[')] 
     3130            if parname == param_name: 
    31133131                shell_par = par 
    31143132                break 
    3115         if not shell_par: 
     3133        if shell_par is None: 
    31163134            logger.error("Could not find %s in kernel parameters.", param_name) 
     3135            return 
    31173136        default_shell_count = shell_par.default 
    31183137        shell_min = 0 
     
    31243143            # no info about limits 
    31253144            pass 
     3145        except Exception as ex: 
     3146            logging.error("Badly defined multiplicity: "+ str(ex)) 
     3147            return 
    31263148        # don't update the kernel here - this data is display only 
    31273149        self._model_model.blockSignals(True) 
     
    31303152        self._model_model.blockSignals(False) 
    31313153 
     3154        ## Respond to index change 
     3155        #func.currentTextChanged.connect(self.modifyShellsInList) 
     3156 
     3157        # Respond to button press 
     3158        button.clicked.connect(self.onShowSLDProfile) 
     3159 
     3160        # Available range of shells displayed in the combobox 
     3161        func.addItems([str(i) for i in range(shell_min, shell_max+1)]) 
     3162 
    31323163        # Respond to index change 
    31333164        func.currentTextChanged.connect(self.modifyShellsInList) 
    31343165 
    3135         # Respond to button press 
    3136         button.clicked.connect(self.onShowSLDProfile) 
    3137  
    3138         # Available range of shells displayed in the combobox 
    3139         func.addItems([str(i) for i in range(shell_min, shell_max+1)]) 
    3140  
    31413166        # Add default number of shells to the model 
    31423167        func.setCurrentText(str(default_shell_count)) 
     3168        self.modifyShellsInList(str(default_shell_count)) 
    31433169 
    31443170    def modifyShellsInList(self, text): 
     
    31883214        """ 
    31893215        # get profile data 
    3190         x, y = self.kernel_module.getProfile() 
     3216        try: 
     3217            x, y = self.kernel_module.getProfile() 
     3218        except TypeError: 
     3219            msg = "SLD profile calculation failed." 
     3220            logging.error(msg) 
     3221            return 
     3222 
    31913223        y *= 1.0e6 
    31923224        profile_data = Data1D(x=x, y=y) 
     
    32213253 
    32223254        self.cbCategory.setEnabled(enabled) 
    3223         self.cbModel.setEnabled(enabled) 
     3255 
     3256        if enabled: 
     3257            # worry about original enablement of model and SF 
     3258            self.cbModel.setEnabled(self.enabled_cbmodel) 
     3259            self.cbStructureFactor.setEnabled(self.enabled_sfmodel) 
     3260        else: 
     3261            self.cbModel.setEnabled(enabled) 
     3262            self.cbStructureFactor.setEnabled(enabled) 
     3263 
    32243264        self.cmdPlot.setEnabled(enabled) 
    32253265 
  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/SmearingWidget.py

    rf20ea3f r04e1c80  
    220220        self.txtSmearDown.setEnabled(True) 
    221221        self.txtSmearUp.setEnabled(True) 
    222         self.txtSmearDown.setText(str(0.0)) 
    223         self.txtSmearUp.setText(str(0.0)) 
     222        #self.txtSmearDown.setText(str(0.0)) 
     223        #self.txtSmearUp.setText(str(0.0)) 
    224224 
    225225    def setSlitLabels(self): 
     
    235235        self.txtSmearDown.setEnabled(True) 
    236236        self.txtSmearUp.setEnabled(True) 
    237         self.txtSmearDown.setText(str(0.0)) 
    238         self.txtSmearUp.setText(str(0.0)) 
     237        #self.txtSmearDown.setText(str(0.0)) 
     238        #self.txtSmearUp.setText(str(0.0)) 
    239239 
    240240    def setDQLabels(self): 
     
    330330        """ 
    331331        _, accuracy, d_height, d_width = self.state() 
     332 
    332333        # Check changes in slit width 
    333334        if d_width is None: 
     
    337338 
    338339        if isinstance(self.data, Data2D): 
     340            self.current_smearer = smear_selection(self.data, self.kernel_model) 
    339341            return 
    340342        # make sure once more if it is smearer 
  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/UnitTesting/FittingWidgetTest.py

    r2eeda93 r186d678  
    185185 
    186186        # Observe no such luck 
    187         self.assertEqual(self.widget.cbCategory.currentIndex(), 7) 
     187        self.assertEqual(self.widget.cbCategory.currentIndex(), 6) 
    188188        self.assertEqual(self.widget.cbModel.count(), 29) 
    189189 
     
    219219        #  
    220220        # Now change the model 
     221<<<<<<< HEAD 
    221222        self.widget.cbModel.setCurrentIndex(4) 
     223======= 
     224        self.widget.cbModel.setCurrentIndex(2) 
     225>>>>>>> ESS_GUI 
    222226        self.assertEqual(self.widget.cbModel.currentText(),'dab') 
    223227 
  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/ViewDelegate.py

    r906e0c7 r722b7d6  
    1313        Overwrite generic constructor to allow for some globals 
    1414        """ 
    15         super(QtWidgets.QStyledItemDelegate, self).__init__() 
     15        super(ModelViewDelegate, self).__init__() 
    1616 
    1717        # Main parameter table view columns 
     
    125125        Overwrite generic constructor to allow for some globals 
    126126        """ 
    127         super(QtWidgets.QStyledItemDelegate, self).__init__() 
     127        super(PolyViewDelegate, self).__init__() 
    128128 
    129129        self.poly_parameter = 0 
     
    226226        Overwrite generic constructor to allow for some globals 
    227227        """ 
    228         super(QtWidgets.QStyledItemDelegate, self).__init__() 
     228        super(MagnetismViewDelegate, self).__init__() 
    229229 
    230230        self.mag_parameter = 0 
  • src/sas/qtgui/Plotting/Plotter2D.py

    r8fad50b rf5cec7c  
    99 
    1010 
    11 #import sys 
    12 #print("SYS.PATH = ", sys.path) 
    1311import matplotlib as mpl 
    14 mpl.use("Qt5Agg") 
    1512DEFAULT_CMAP = mpl.cm.jet 
    1613 
     
    116113        """ 
    117114        # Toggle the scale 
    118         zmin_temp = self.zmin if self.zmin else MIN_Z 
     115        zmin_temp = self.zmin 
    119116        zmax_temp = self.zmax 
    120117        # self.scale predefined in the baseclass 
     
    425422        if self.scale == 'log_{10}': 
    426423            try: 
    427                 if  self.zmin <= 0  and len(output[output > 0]) > 0: 
     424                if  self.zmin is None  and len(output[output > 0]) > 0: 
    428425                    zmin_temp = self.zmin 
    429426                    output[output > 0] = numpy.log10(output[output > 0]) 
     
    437434            except: 
    438435                #Too many problems in 2D plot with scale 
    439                 output[output > 0] = numpy.log10(output[output > 0]) 
    440436                pass 
    441437 
     
    453449            else: 
    454450                self.im = self.ax.imshow(output, interpolation='nearest', 
     451                                origin='lower', 
    455452                                vmin=zmin_temp, vmax=zmax_temp, 
    456453                                cmap=self.cmap, 
  • src/sas/qtgui/Utilities/ResultPanel.py

    r8748751 r0c83303  
    5555        sys.modules['bumps.gui.plot_view'] = PlotView 
    5656 
    57     def onPlotResults(self, results): 
     57    def onPlotResults(self, results, optimizer="Unknown"): 
    5858        # Clear up previous results 
    5959        for view in (self.convergenceView, self.correlationView, 
    6060                     self.uncertaintyView, self.traceView): 
    6161            view.close() 
     62        # close all tabs. REMEMBER TO USE REVERSED RANGE!!! 
     63        for index in reversed(range(self.count())): 
     64            self.removeTab(index) 
    6265 
    6366        result = results[0][0] 
    6467        filename = result.data.sas_data.filename 
    65         current_time = datetime.datetime.now().strftime("%I:%M%p, %B %d, %Y") 
    66         self.setWindowTitle(self.window_name + " - " + filename + " - " + current_time) 
    67         if hasattr(result, 'convergence'): 
     68        current_optimizer = optimizer 
     69        self.setWindowTitle(self.window_name + " - " + filename + " - " + current_optimizer) 
     70        if hasattr(result, 'convergence') and len(result.convergence) > 0: 
    6871            best, pop = result.convergence[:, 0], result.convergence[:, 1:] 
    6972            self.convergenceView.update(best, pop) 
     
    8992            for view in (self.correlationView, self.uncertaintyView, self.traceView): 
    9093                view.close() 
     94        # no tabs in the widget - possibly LM optimizer. Mark "closed" 
     95        if self.count()==0: 
     96            self.close() 
    9197 
    9298    def closeEvent(self, event): 
  • src/sas/qtgui/MainWindow/DataManager.py

    re2e5f3d r345b3b3  
    2929from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data1D 
    3030from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data2D 
    31 from sas.qtgui.Plotting.Plottables import Plottable 
    3231from sas.qtgui.Plotting.Plottables import PlottableTheory1D 
    3332from sas.qtgui.Plotting.Plottables import PlottableFit1D 
  • src/sas/qtgui/MainWindow/UnitTesting/DataExplorerTest.py

    ra24eacf rb1b71ad  
    854854 
    855855        # Attempt at deleting 
    856         self.form.deleteItem() 
     856        self.form.deleteSelectedItem() 
    857857 
    858858        # Test the warning dialog called once 
     
    868868        self.form.current_view.selectionModel().select(select_index, QtCore.QItemSelectionModel.Rows) 
    869869        # delete it. now for good 
    870         self.form.deleteItem() 
     870        self.form.deleteSelectedItem() 
    871871 
    872872        # Test the warning dialog called once 
  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingPerspective.py

    rd2007a8 ra3c59503  
    112112    def onLatexCopy(self): 
    113113        self.currentTab.onCopyToClipboard("Latex") 
     114 
     115    def serializeAllFitpage(self): 
     116        # serialize all active fitpages and return 
     117        # a dictionary: {data_id: fitpage_state} 
     118        params = {} 
     119        for i, tab in enumerate(self.tabs): 
     120            tab_data = self.getSerializedFitpage(tab) 
     121            if tab.tab_id is None: continue 
     122            id = tab_data['data_id'][0] 
     123            params[id] = tab_data 
     124        return params 
     125 
     126    def serializeCurrentFitpage(self): 
     127        # serialize current(active) fitpage 
     128        return self.getSerializedFitpage(self.currentTab) 
     129 
     130    def getSerializedFitpage(self, tab): 
     131        """ 
     132        get serialize requested fit tab 
     133        """ 
     134        fitpage_state = tab.getFitPage() 
     135        fitpage_state += tab.getFitModel() 
     136        # put the text into dictionary 
     137        line_dict = {} 
     138        for line in fitpage_state: 
     139            #content = line.split(',') 
     140            if len(line) > 1: 
     141                line_dict[line[0]] = line[1:] 
     142        return line_dict 
     143 
     144    def currentTabDataId(self): 
     145        """ 
     146        Returns the data ID of the current tab 
     147        """ 
     148        tab_id = None 
     149        if self.currentTab.data: 
     150            tab_id = self.currentTab.data.id 
     151        return tab_id 
     152 
     153    def updateFromParameters(self, parameters): 
     154        """ 
     155        Pass the update parameters to the current fit page 
     156        """ 
     157        self.currentTab.createPageForParameters(parameters) 
    114158 
    115159    def closeEvent(self, event): 
     
    258302        return True 
    259303 
     304    def isSerializable(self): 
     305        """ 
     306        Tell the caller that this perspective writes its state 
     307        """ 
     308        return True 
     309 
    260310    def setData(self, data_item=None, is_batch=False): 
    261311        """ 
     
    337387        pass 
    338388 
     389    def getCurrentStateAsXml(self): 
     390        """ 
     391        Returns an XML version of the current state 
     392        """ 
     393        state = {} 
     394        for tab in self.tabs: 
     395            pass 
     396        return state 
     397 
    339398    @property 
    340399    def currentTab(self): 
  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/UnitTesting/ComplexConstraintTest.py

    r725d9c06 r2eeda93  
    3434        category_index = self.tab1.cbCategory.findText("Shape Independent") 
    3535        self.tab1.cbCategory.setCurrentIndex(category_index) 
     36        model_index = self.tab1.cbModel.findText("be_polyelectrolyte") 
     37        self.tab1.cbModel.setCurrentIndex(model_index) 
     38 
    3639        category_index = self.tab2.cbCategory.findText("Cylinder") 
    3740        self.tab2.cbCategory.setCurrentIndex(category_index) 
     41        model_index = self.tab2.cbModel.findText("barbell") 
     42        self.tab2.cbModel.setCurrentIndex(model_index) 
    3843 
    3944        tabs = [self.tab1, self.tab2] 
  • src/sas/qtgui/Utilities/GuiUtils.py

    raed159f rb1b71ad  
    1111import webbrowser 
    1212import urllib.parse 
     13import json 
     14from io import BytesIO 
    1315 
    1416import numpy as np 
     
    2628from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data1D 
    2729from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data2D 
     30from sas.qtgui.Plotting.Plottables import Plottable 
     31from sas.sascalc.dataloader.data_info import Sample, Source, Vector 
     32from sas.qtgui.Plotting.Plottables import View 
     33from sas.qtgui.Plotting.Plottables import PlottableTheory1D 
     34from sas.qtgui.Plotting.Plottables import PlottableFit1D 
     35from sas.qtgui.Plotting.Plottables import Text 
     36from sas.qtgui.Plotting.Plottables import Chisq 
     37from sas.qtgui.MainWindow.DataState import DataState 
     38 
    2839from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader 
    2940from sas.qtgui.Utilities import CustomDir 
     
    257268    sendDataToGridSignal = QtCore.pyqtSignal(list) 
    258269 
    259     # Action Save Analysis triggered 
    260     saveAnalysisSignal = QtCore.pyqtSignal() 
    261  
    262270    # Mask Editor requested 
    263271    maskEditorSignal = QtCore.pyqtSignal(Data2D) 
     
    287295    resultPlotUpdateSignal = QtCore.pyqtSignal(list) 
    288296 
    289 def updateModelItemWithPlot(item, update_data, name=""): 
     297def updateModelItemWithPlot(item, update_data, name="", checkbox_state=None): 
    290298    """ 
    291299    Adds a checkboxed row named "name" to QStandardItem 
     
    312320            # Force redisplay 
    313321            return 
    314  
    315322    # Create the new item 
    316323    checkbox_item = createModelItemWithPlot(update_data, name) 
    317324 
     325    if checkbox_state is not None: 
     326        checkbox_item.setCheckState(checkbox_state) 
    318327    # Append the new row to the main item 
    319328    item.appendRow(checkbox_item) 
     
    566575    if isinstance(data.process, list) and data.process: 
    567576        for process in data.process: 
     577            if process is None: 
     578                continue 
    568579            process_date = process.date 
    569580            process_date_item = QtGui.QStandardItem("Date: " + process_date) 
     
    11401151    return result 
    11411152 
     1153def saveData(fp, data): 
     1154    """ 
     1155    save content of data to fp (a .write()-supporting file-like object) 
     1156    """ 
     1157 
     1158    def add_type(dict, type): 
     1159        dict['__type__'] = type.__name__ 
     1160        return dict 
     1161 
     1162    def jdefault(o): 
     1163        """ 
     1164        objects that can't otherwise be serialized need to be converted 
     1165        """ 
     1166        # tuples and sets (TODO: default JSONEncoder converts tuples to lists, create custom Encoder that preserves tuples) 
     1167        if isinstance(o, (tuple, set)): 
     1168            content = { 'data': list(o) } 
     1169            return add_type(content, type(o)) 
     1170 
     1171        # "simple" types 
     1172        if isinstance(o, (Sample, Source, Vector)): 
     1173            return add_type(o.__dict__, type(o)) 
     1174        if isinstance(o, (Plottable, View)): 
     1175            return add_type(o.__dict__, type(o)) 
     1176 
     1177        # DataState 
     1178        if isinstance(o, (Data1D, Data2D)): 
     1179            # don't store parent 
     1180            content = o.__dict__.copy() 
     1181            #content.pop('parent') 
     1182            return add_type(content, type(o)) 
     1183 
     1184        # ndarray 
     1185        if isinstance(o, np.ndarray): 
     1186            buffer = BytesIO() 
     1187            np.save(buffer, o) 
     1188            buffer.seek(0) 
     1189            content = { 'data': buffer.read().decode('latin-1') } 
     1190            return add_type(content, type(o)) 
     1191 
     1192        # not supported 
     1193        logging.info("data cannot be serialized to json: %s" % type(o)) 
     1194        return None 
     1195 
     1196    json.dump(data, fp, indent=2, sort_keys=True, default=jdefault) 
     1197 
     1198def readDataFromFile(fp): 
     1199    ''' 
     1200    ''' 
     1201    supported = [ 
     1202        tuple, set, 
     1203        Sample, Source, Vector, 
     1204        Plottable, Data1D, Data2D, PlottableTheory1D, PlottableFit1D, Text, Chisq, View, 
     1205        DataState, np.ndarray] 
     1206 
     1207    lookup = dict((cls.__name__, cls) for cls in supported) 
     1208 
     1209    class TooComplexException(Exception): 
     1210        pass 
     1211 
     1212    def simple_type(cls, data, level): 
     1213        class Empty(object): 
     1214            def __init__(self): 
     1215                for key, value in data.items(): 
     1216                    setattr(self, key, generate(value, level)) 
     1217 
     1218        # create target object 
     1219        o = Empty() 
     1220        o.__class__ = cls 
     1221 
     1222        return o 
     1223 
     1224    def construct(type, data, level): 
     1225        try: 
     1226            cls = lookup[type] 
     1227        except KeyError: 
     1228            logging.info('unknown type: %s' % type) 
     1229            return None 
     1230 
     1231        # tuples and sets 
     1232        if cls in (tuple, set): 
     1233            # convert list to tuple/set 
     1234            return cls(generate(data['data'], level)) 
     1235 
     1236        # "simple" types 
     1237        if cls in (Sample, Source, Vector): 
     1238            return simple_type(cls, data, level) 
     1239        if issubclass(cls, Plottable) or (cls == View): 
     1240            return simple_type(cls, data, level) 
     1241 
     1242        # DataState 
     1243        if cls == DataState: 
     1244            o = simple_type(cls, data, level) 
     1245            o.parent = None # TODO: set to ??? 
     1246            return o 
     1247 
     1248        # ndarray 
     1249        if cls == np.ndarray: 
     1250            buffer = BytesIO() 
     1251            buffer.write(data['data'].encode('latin-1')) 
     1252            buffer.seek(0) 
     1253            return np.load(buffer) 
     1254 
     1255        logging.info('not implemented: %s, %s' % (type, cls)) 
     1256        return None 
     1257 
     1258    def generate(data, level): 
     1259        if level > 16: # recursion limit (arbitrary number) 
     1260            raise TooComplexException() 
     1261        else: 
     1262            level += 1 
     1263 
     1264        if isinstance(data, dict): 
     1265            try: 
     1266                type = data['__type__'] 
     1267            except KeyError: 
     1268                # if dictionary doesn't have __type__ then it is assumed to be just an ordinary dictionary 
     1269                o = {} 
     1270                for key, value in data.items(): 
     1271                    o[key] = generate(value, level) 
     1272                return o 
     1273 
     1274            return construct(type, data, level) 
     1275 
     1276        if isinstance(data, list): 
     1277            return [generate(item, level) for item in data] 
     1278 
     1279        return data 
     1280 
     1281    new_stored_data = {} 
     1282    for id, data in json.load(fp).items(): 
     1283        try: 
     1284            new_stored_data[id] = generate(data, 0) 
     1285        except TooComplexException: 
     1286            logging.info('unable to load %s' % id) 
     1287 
     1288    return new_stored_data 
     1289 
     1290def readProjectFromSVS(filepath): 
     1291    """ 
     1292    Read old SVS file and convert to the project dictionary 
     1293    """ 
     1294    from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import Reader as CansasReader 
     1295    from sas.sascalc.fit.pagestate import Reader 
     1296 
     1297    loader = Loader() 
     1298    loader.associate_file_reader('.svs', Reader) 
     1299    temp = loader.load(filepath) 
     1300    state_reader = Reader() 
     1301    data_svs, state_svs = state_reader.read(filepath) 
     1302 
     1303    output = [] 
     1304    if isinstance(temp, list) and isinstance(state_svs, list): 
     1305        for item, state in zip(temp, state_svs): 
     1306            output.append([item, state]) 
     1307    else: 
     1308        output[temp, state_svs] 
     1309    return output 
     1310 
     1311def convertFromSVS(datasets): 
     1312    """ 
     1313    Read in properties from SVS and convert into a simple dict 
     1314    """ 
     1315    content = {} 
     1316    for dataset in datasets: 
     1317        # we already have data - interested only in properties 
     1318        #[[item_1, state_1], [item_2, state_2],...] 
     1319        data = dataset[0] 
     1320        params = dataset[1] 
     1321        content[params.data_id] = {} 
     1322        content[params.data_id]['fit_data'] = [data, {'checked': 2}, []] 
     1323        param_dict = {} 
     1324        param_dict['fitpage_category'] = [params.categorycombobox] 
     1325        param_dict['fitpage_model'] = [params.formfactorcombobox] 
     1326        param_dict['fitpage_structure'] = [params.structurecombobox] 
     1327        param_dict['2D_params'] = [str(params.is_2D)] 
     1328        param_dict['chainfit_params'] = ["False"] 
     1329        param_dict['data_id'] = [params.data_id] 
     1330        param_dict['data_name'] = [params.data_name] 
     1331        param_dict['is_data'] = [str(params.is_data)] 
     1332        param_dict['magnetic_params'] = [str(params.magnetic_on)] 
     1333        param_dict['model_name'] = [params.formfactorcombobox] 
     1334        param_dict['polydisperse_params'] = [str(params.enable_disp)] 
     1335        param_dict['q_range_max'] = [str(params.qmax)] 
     1336        param_dict['q_range_min'] = [str(params.qmin)] 
     1337        # Smearing is a bit trickier. 4.x has multiple keywords, 
     1338        # one for each combobox option 
     1339        if params.enable_smearer: 
     1340            if params.slit_smearer: 
     1341                w = 1 
     1342            elif params.pinhole_smearer: 
     1343                w = 2 
     1344            else: 
     1345                w = 0 
     1346            param_dict['smearing'] = [str(w)] 
     1347        # weighting is a bit trickier. 4.x has multiple keywords, 
     1348        # one for each radio box. 
     1349        if params.dI_noweight: 
     1350            w = 2 
     1351        elif params.dI_didata: 
     1352            w = 3 
     1353        elif params.dI_sqrdata: 
     1354            w = 4 
     1355        elif params.dI_idata: 
     1356            w = 5 
     1357        else: 
     1358            w = 2 
     1359        param_dict['weighting'] = [str(w)] 
     1360 
     1361        # 4.x multi_factor is really the multiplicity 
     1362        if params.multi_factor is not None: 
     1363            param_dict['multiplicity'] = [str(int(params.multi_factor))] 
     1364 
     1365        # playing with titles 
     1366        data.filename = params.file 
     1367        data.title = params.data_name 
     1368        data.name = params.data_name 
     1369 
     1370        # main parameters 
     1371        for p in params.parameters: 
     1372            p_name = p[1] 
     1373            param_dict[p_name] = [str(p[0]), str(p[2]), None, str(p[5][1]), str(p[6][1])] 
     1374        # orientation parameters 
     1375        if params.is_2D: 
     1376            for p in params.orientation_params: 
     1377                p_name = p[1] 
     1378                param_dict[p_name] = [str(p[0]), str(p[2]), None, str(p[5][1]), str(p[6][1])] 
     1379 
     1380        # disperse parameters 
     1381        if params.enable_disp: 
     1382            for p in params.fittable_param: 
     1383                p_name = p[1] 
     1384                param_dict[p_name] = [str(p[0]), str(p[2]), None, str(35), str(3)] 
     1385 
     1386        # magnetic parameters 
     1387 
     1388        content[params.data_id]['fit_params'] = param_dict 
     1389    return content 
    11421390 
    11431391def enum(*sequential, **named): 
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    rb8080e1 rb1b71ad  
    184184            if CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") == value.rsplit(" ")[0]: 
    185185                return True 
    186         if ext == "svs": 
     186        if ext == ".svs": 
    187187            return True # Why is this required? 
    188188        # If we get to this point then file isn't valid CanSAS 
  • src/sas/sascalc/fit/pagestate.py

    rb8080e1 rb1b71ad  
    12491249 
    12501250            else: 
    1251                 self.call_back(format=ext) 
     1251                #self.call_back(format=ext) 
    12521252                raise RuntimeError("%s is not a file" % path) 
    12531253 
    12541254            # Return output consistent with the loader's api 
    12551255            if len(output) == 0: 
    1256                 self.call_back(state=None, datainfo=None, format=ext) 
     1256                #self.call_back(state=None, datainfo=None, format=ext) 
    12571257                return None 
    12581258            else: 
     1259                states=[] 
    12591260                for data in output: 
    12601261                    # Call back to post the new state 
     
    12811282                        if isinstance(data.run_name, dict): 
    12821283                            # Note: key order in dict is not guaranteed, so sort 
    1283                             name = data.run_name.keys()[0] 
     1284                            name = list(data.run_name.keys())[0] 
    12841285                        else: 
    12851286                            name = data.run_name 
     
    12891290                    state.version = fitstate.version 
    12901291                    # store state in fitting 
    1291                     self.call_back(state=state, datainfo=data, format=ext) 
     1292                    #self.call_back(state=state, datainfo=data, format=ext) 
    12921293                    self.state = state 
     1294                    states.append(state) 
    12931295                simfitstate = self._parse_simfit_state(entry) 
    12941296                if simfitstate is not None: 
    1295                     self.call_back(state=simfitstate) 
    1296  
    1297                 return output 
     1297                    #self.call_back(state=simfitstate) 
     1298                    states.append(simfitstate) 
     1299                return (output, states) 
    12981300        except: 
    1299             self.call_back(format=ext) 
     1301            #self.call_back(format=ext) 
    13001302            raise 
    13011303 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.