Changes in / [7e74ed5:150fb81] in sasmodels


Ignore:
Location:
sasmodels
Files:
2 added
17 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sasmodels/compare.py

    r8c65a33 rfe25eda  
    10631063    # Evaluate preset parameter expressions 
    10641064    context = MATH.copy() 
     1065    context['np'] = np 
    10651066    context.update(pars) 
    10661067    context.update((k,v) for k,v in presets.items() if isinstance(v, float)) 

  • sasmodels/details.py

    r6dc78e4 rccd5f01  
    230230    npars = kernel.info.parameters.npars 
    231231    nvalues = kernel.info.parameters.nvalues 
    232     scalars = [v[0][0] for v in pairs] 
     232    scalars = [(v[0] if len(v) else np.NaN) for v, w in pairs] 
    233233    values, weights = zip(*pairs[2:npars+2]) if npars else ((),()) 
    234234    length = np.array([len(w) for w in weights]) 

  • sasmodels/kernel_header.c

    r218cdbc rb7e8b94  
    148148inline double sinc(double x) { return x==0 ? 1.0 : sin(x)/x; } 
    149149 
    150 #if 0 
     150#if 1 
     151//think cos(theta) should be sin(theta) in new coords, RKH 11Jan2017 
    151152#define ORIENT_SYMMETRIC(qx, qy, theta, phi, q, sn, cn) do { \ 
    152153    SINCOS(phi*M_PI_180, sn, cn); \ 
    153154    q = sqrt(qx*qx + qy*qy); \ 
    154     cn  = (q==0. ? 1.0 : (cn*qx + sn*qy)/q * cos(theta*M_PI_180));  \ 
     155    cn  = (q==0. ? 1.0 : (cn*qx + sn*qy)/q * sin(theta*M_PI_180));  \ 
    155156    sn = sqrt(1 - cn*cn); \ 
    156157    } while (0) 

  • sasmodels/models/barbell.py

    r0d6e865 rfcb33e4  
    2020.. math:: 
    2121 
    22     I(q) = \frac{\Delta \rho^2}{V} \left<A^2(q)\right> 
     22    I(q) = \frac{\Delta \rho^2}{V} \left<A^2(q,\alpha).sin(\alpha)\right> 
    2323 
    24 where the amplitude $A(q)$ is given as 
     24where the amplitude $A(q,\alpha)$ with the rod axis at angle $\alpha$ to $q$ is given as 
    2525 
    2626.. math:: 
    2727 
    2828    A(q) =&\ \pi r^2L 
    29         \frac{\sin\left(\tfrac12 qL\cos\theta\right)} 
    30              {\tfrac12 qL\cos\theta} 
    31         \frac{2 J_1(qr\sin\theta)}{qr\sin\theta} \\ 
     29        \frac{\sin\left(\tfrac12 qL\cos\alpha\right)} 
     30             {\tfrac12 qL\cos\alpha} 
     31        \frac{2 J_1(qr\sin\alpha)}{qr\sin\alpha} \\ 
    3232        &\ + 4 \pi R^3 \int_{-h/R}^1 dt 
    33         \cos\left[ q\cos\theta 
     33        \cos\left[ q\cos\alpha 
    3434            \left(Rt + h + {\tfrac12} L\right)\right] 
    3535        \times (1-t^2) 
    36         \frac{J_1\left[qR\sin\theta \left(1-t^2\right)^{1/2}\right]} 
    37              {qR\sin\theta \left(1-t^2\right)^{1/2}} 
     36        \frac{J_1\left[qR\sin\alpha \left(1-t^2\right)^{1/2}\right]} 
     37             {qR\sin\alpha \left(1-t^2\right)^{1/2}} 
    3838 
    3939The $\left<\ldots\right>$ brackets denote an average of the structure over 
    40 all orientations. $\left<A^2(q)\right>$ is then the form factor, $P(q)$. 
     40all orientations. $\left<A^2(q,\alpha)\right>$ is then the form factor, $P(q)$. 
    4141The scale factor is equivalent to the volume fraction of cylinders, each of 
    4242volume, $V$. Contrast $\Delta\rho$ is the difference of scattering length 
    … …  
    8585* **Author:** NIST IGOR/DANSE **Date:** pre 2010 
    8686* **Last Modified by:** Paul Butler **Date:** March 20, 2016 
    87 * **Last Reviewed by:** Paul Butler **Date:** March 20, 2016 
     87* **Last Reviewed by:** Richard Heenan **Date:** January 4, 2017 
    8888""" 
    8989from numpy import inf 

  • sasmodels/models/capped_cylinder.py

    r0d6e865 rfcb33e4  
    2121.. math:: 
    2222 
    23     I(q) = \frac{\Delta \rho^2}{V} \left<A^2(q)\right> 
     23    I(q) = \frac{\Delta \rho^2}{V} \left<A^2(q,\alpha).sin(\alpha)\right> 
    2424 
    25 where the amplitude $A(q)$ is given as 
     25where the amplitude $A(q,\alpha)$ with the rod axis at angle $\alpha$ to $q$ is given as 
    2626 
    2727.. math:: 
    2828 
    2929    A(q) =&\ \pi r^2L 
    30         \frac{\sin\left(\tfrac12 qL\cos\theta\right)} 
    31             {\tfrac12 qL\cos\theta} 
    32         \frac{2 J_1(qr\sin\theta)}{qr\sin\theta} \\ 
     30        \frac{\sin\left(\tfrac12 qL\cos\alpha\right)} 
     31            {\tfrac12 qL\cos\alpha} 
     32        \frac{2 J_1(qr\sin\alpha)}{qr\sin\alpha} \\ 
    3333        &\ + 4 \pi R^3 \int_{-h/R}^1 dt 
    34         \cos\left[ q\cos\theta 
     34        \cos\left[ q\cos\alpha 
    3535            \left(Rt + h + {\tfrac12} L\right)\right] 
    3636        \times (1-t^2) 
    37         \frac{J_1\left[qR\sin\theta \left(1-t^2\right)^{1/2}\right]} 
    38              {qR\sin\theta \left(1-t^2\right)^{1/2}} 
     37        \frac{J_1\left[qR\sin\alpha \left(1-t^2\right)^{1/2}\right]} 
     38             {qR\sin\alpha \left(1-t^2\right)^{1/2}} 
    3939 
    4040The $\left<\ldots\right>$ brackets denote an average of the structure over 
    … …  
    8888* **Author:** NIST IGOR/DANSE **Date:** pre 2010 
    8989* **Last Modified by:** Paul Butler **Date:** September 30, 2016 
    90 * **Last Reviewed by:** Richard Heenan **Date:** March 19, 2016 
     90* **Last Reviewed by:** Richard Heenan **Date:** January 4, 2017 
     91 
    9192""" 
    9293from numpy import inf 

  • sasmodels/models/core_shell_bicelle.py

    rb829b16 rfcb33e4  
    4141 
    4242    I(Q,\alpha) = \frac{\text{scale}}{V_t} \cdot 
    43         F(Q,\alpha)^2 + \text{background} 
     43        F(Q,\alpha)^2.sin(\alpha) + \text{background} 
    4444 
    4545where 
    … …  
    8585* **Author:** NIST IGOR/DANSE **Date:** pre 2010 
    8686* **Last Modified by:** Paul Butler **Date:** September 30, 2016 
    87 * **Last Reviewed by:** Richard Heenan **Date:** October 5, 2016 
     87* **Last Reviewed by:** Richard Heenan **Date:** January 4, 2017 
    8888""" 
    8989 

  • sasmodels/models/core_shell_cylinder.py

    r755ecc2 rfcb33e4  
    99.. math:: 
    1010 
    11     I(q,\alpha) = \frac{\text{scale}}{V_s} F^2(q) + \text{background} 
     11    I(q,\alpha) = \frac{\text{scale}}{V_s} F^2(q,\alpha).sin(\alpha) + \text{background} 
    1212 
    1313where 
    … …  
    1515.. math:: 
    1616 
    17     F(q) = &\ (\rho_c - \rho_s) V_c 
     17    F(q,\alpha) = &\ (\rho_c - \rho_s) V_c 
    1818           \frac{\sin \left( q \tfrac12 L\cos\alpha \right)} 
    1919                {q \tfrac12 L\cos\alpha} 

  • sasmodels/models/core_shell_ellipsoid.py

    r73e08ae rb7e8b94  
    162162 
    163163q = 0.1 
    164 phi = pi/6 
    165 qx = q*cos(phi) 
    166 qy = q*sin(phi) 
    167 # After redefinition of angles find new reasonable values for unit test 
    168 #tests = [ 
    169 #    # Accuracy tests based on content in test/utest_coreshellellipsoidXTmodel.py 
    170 #    [{'radius_equat_core': 200.0, 
    171 #      'x_core': 0.1, 
    172 #      'thick_shell': 50.0, 
    173 #      'x_polar_shell': 0.2, 
    174 #      'sld_core': 2.0, 
    175 #      'sld_shell': 1.0, 
    176 #      'sld_solvent': 6.3, 
    177 #      'background': 0.001, 
    178 #      'scale': 1.0, 
    179 #     }, 1.0, 0.00189402], 
     164# tests had in old coords theta=0, phi=0; new coords theta=90, phi=0 
     165qx = q*cos(pi/6.0) 
     166qy = q*sin(pi/6.0) 
     167phi = 0.0 
     168# 11Jan2017 RKH sorted tests after redefinition of angles 
     169tests = [ 
     170     # Accuracy tests based on content in test/utest_coreshellellipsoidXTmodel.py 
     171    [{'radius_equat_core': 200.0, 
     172      'x_core': 0.1, 
     173      'thick_shell': 50.0, 
     174      'x_polar_shell': 0.2, 
     175      'sld_core': 2.0, 
     176      'sld_shell': 1.0, 
     177      'sld_solvent': 6.3, 
     178      'background': 0.001, 
     179      'scale': 1.0, 
     180     }, 1.0, 0.00189402], 
    180181 
    181182    # Additional tests with larger range of parameters 
    182 #    [{'background': 0.01}, 0.1, 11.6915], 
    183  
    184 #    [{'radius_equat_core': 20.0, 
    185 #      'x_core': 200.0, 
    186 #      'thick_shell': 54.0, 
    187 #      'x_polar_shell': 3.0, 
    188 #      'sld_core': 20.0, 
    189 #      'sld_shell': 10.0, 
    190 #      'sld_solvent': 6.0, 
    191 #      'background': 0.0, 
    192 #      'scale': 1.0, 
    193 #     }, 0.01, 8688.53], 
    194  
    195 #   [{'background': 0.001}, (0.4, 0.5), 0.00690673], 
    196  
    197 #   [{'radius_equat_core': 20.0, 
    198 #      'x_core': 200.0, 
    199 #      'thick_shell': 54.0, 
    200 #      'x_polar_shell': 3.0, 
    201 #      'sld_core': 20.0, 
    202 #      'sld_shell': 10.0, 
    203 #      'sld_solvent': 6.0, 
    204 #      'background': 0.01, 
    205 #      'scale': 0.01, 
    206 #     }, (qx, qy), 0.0100002], 
    207 #    ] 
     183    [{'background': 0.01}, 0.1, 11.6915], 
     184 
     185    [{'radius_equat_core': 20.0, 
     186      'x_core': 200.0, 
     187      'thick_shell': 54.0, 
     188      'x_polar_shell': 3.0, 
     189      'sld_core': 20.0, 
     190      'sld_shell': 10.0, 
     191      'sld_solvent': 6.0, 
     192      'background': 0.0, 
     193      'scale': 1.0, 
     194     }, 0.01, 8688.53], 
     195# why does it need theta setting here, not globally above? 
     196   [{'background': 0.001, 'theta':90.0}, (0.4, 0.5), 0.00690673], 
     197 
     198   [{'radius_equat_core': 20.0, 
     199      'x_core': 200.0, 
     200      'thick_shell': 54.0, 
     201      'x_polar_shell': 3.0, 
     202      'sld_core': 20.0, 
     203      'sld_shell': 10.0, 
     204      'sld_solvent': 6.0, 
     205      'background': 0.01, 
     206      'scale': 0.01, 
     207      'theta': 90.0, 
     208     }, (qx, qy), 0.01000025], 
     209    ] 

  • sasmodels/models/cylinder.py

    r4cdd0cc rb7e8b94  
    22# Note: model title and parameter table are inserted automatically 
    33r""" 
    4 The form factor is normalized by the particle volume V = \piR^2L. 
     4 
    55For information about polarised and magnetic scattering, see 
    66the :ref:`magnetism` documentation. 
    … …  
    1414.. math:: 
    1515 
    16     P(q,\alpha) = \frac{\text{scale}}{V} F^2(q,\alpha) + \text{background} 
     16    P(q,\alpha) = \frac{\text{scale}}{V} F^2(q,\alpha).sin(\alpha) + \text{background} 
    1717 
    1818where 
    … …  
    2525           \frac{J_1 \left(q R \sin \alpha\right)}{q R \sin \alpha} 
    2626 
    27 and $\alpha$ is the angle between the axis of the cylinder and $\vec q$, $V$ 
     27and $\alpha$ is the angle between the axis of the cylinder and $\vec q$, $V =\pi R^2L$ 
    2828is the volume of the cylinder, $L$ is the length of the cylinder, $R$ is the 
    2929radius of the cylinder, and $\Delta\rho$ (contrast) is the scattering length 
    … …  
    3535.. math:: 
    3636 
    37     F^2(q)=\int_{0}^{\pi/2}{F^2(q,\theta)\sin(\theta)d\theta} 
     37    F^2(q)=\int_{0}^{\pi/2}{F^2(q,\alpha)\sin(\alpha)d\alpha}=\int_{0}^{1}{F^2(q,u)du} 
    3838 
    3939 
    40 To provide easy access to the orientation of the cylinder, we define the 
    41 axis of the cylinder using two angles $\theta$ and $\phi$. Those angles 
     40Numerical integration is simplified by a change of variable to $u = cos(\alpha)$ with  
     41$sin(\alpha)=\sqrt{1-u^2}$.  
     42 
     43The output of the 1D scattering intensity function for randomly oriented 
     44cylinders is thus given by 
     45 
     46.. math:: 
     47 
     48    P(q) = \frac{\text{scale}}{V} 
     49        \int_0^{\pi/2} F^2(q,\alpha) \sin \alpha\ d\alpha + \text{background} 
     50 
     51 
     52NB: The 2nd virial coefficient of the cylinder is calculated based on the 
     53radius and length values, and used as the effective radius for $S(q)$ 
     54when $P(q) \cdot S(q)$ is applied. 
     55 
     56For oriented cylinders, we define the direction of the 
     57axis of the cylinder using two angles $\theta$ (note this is not the 
     58same as the scattering angle used in q) and $\phi$. Those angles 
    4259are defined in :numref:`cylinder-angle-definition` . 
    4360 
    … …  
    4865    Definition of the angles for oriented cylinders. 
    4966 
    50  
    51 NB: The 2nd virial coefficient of the cylinder is calculated based on the 
    52 radius and length values, and used as the effective radius for $S(q)$ 
    53 when $P(q) \cdot S(q)$ is applied. 
    54  
    55 The output of the 1D scattering intensity function for randomly oriented 
    56 cylinders is then given by 
    57  
    58 .. math:: 
    59  
    60     P(q) = \frac{\text{scale}}{V} 
    61         \int_0^{\pi/2} F^2(q,\alpha) \sin \alpha\ d\alpha + \text{background} 
    62  
    63 The $\theta$ and $\phi$ parameters are not used for the 1D output. 
     67The $\theta$ and $\phi$ parameters only appear in the model when fitting 2d data. 
    6468 
    6569Validation 
    … …  
    7478 
    7579    P(q) = \int_0^{\pi/2} d\phi 
    76         \int_0^\pi p(\alpha) P_0(q,\alpha) \sin \alpha\ d\alpha 
     80        \int_0^\pi p(\theta) P_0(q,\theta) \sin \theta\ d\theta 
    7781 
    7882 
    7983where $p(\theta,\phi) = 1$ is the probability distribution for the orientation 
    80 and $P_0(q,\alpha)$ is the scattering intensity for the fully oriented 
     84and $P_0(q,\theta)$ is the scattering intensity for the fully oriented 
    8185system, and then comparing to the 1D result. 
    8286 
    … …  
    145149 
    146150qx, qy = 0.2 * np.cos(2.5), 0.2 * np.sin(2.5) 
    147 # After redefinition of angles, find new tests values  
    148 #tests = [[{}, 0.2, 0.042761386790780453], 
    149 #         [{}, [0.2], [0.042761386790780453]], 
    150 #         [{'theta':10.0, 'phi':10.0}, (qx, qy), 0.03514647218513852], 
    151 #         [{'theta':10.0, 'phi':10.0}, [(qx, qy)], [0.03514647218513852]], 
    152 #        ] 
     151# After redefinition of angles, find new tests values.  Was 10 10 in old coords 
     152tests = [[{}, 0.2, 0.042761386790780453], 
     153        [{}, [0.2], [0.042761386790780453]], 
     154#  new coords     
     155        [{'theta':80.1534480601659, 'phi':10.1510817110481}, (qx, qy), 0.03514647218513852], 
     156        [{'theta':80.1534480601659, 'phi':10.1510817110481}, [(qx, qy)], [0.03514647218513852]], 
     157# old coords   [{'theta':10.0, 'phi':10.0}, (qx, qy), 0.03514647218513852], 
     158#              [{'theta':10.0, 'phi':10.0}, [(qx, qy)], [0.03514647218513852]], 
     159        ] 
    153160del qx, qy  # not necessary to delete, but cleaner 
    154161# ADDED by:  RKH  ON: 18Mar2016 renamed sld's etc 

  • sasmodels/models/elliptical_cylinder.py

    ra807206 rfcb33e4  
    2020 
    2121    I(\vec q)=\frac{1}{V_\text{cyl}}\int{d\psi}\int{d\phi}\int{ 
    22         p(\theta,\phi,\psi)F^2(\vec q,\alpha,\psi)\sin(\theta)d\theta} 
     22        p(\theta,\phi,\psi)F^2(\vec q,\alpha,\psi)\sin(\alpha)d\alpha} 
    2323 
    2424with the functions 
    … …  
    2626.. math:: 
    2727 
    28     F(\vec q,\alpha,\psi) = 2\frac{J_1(a)\sin(b)}{ab} 
     28    F(q,\alpha,\psi) = 2\frac{J_1(a)\sin(b)}{ab} 
    2929 
    3030where 
    … …  
    3232.. math:: 
    3333 
    34     a &= \vec q\sin(\alpha)\left[ 
    35         r^2_\text{major}\sin^2(\psi)+r^2_\text{minor}\cos(\psi) \right]^{1/2} 
     34    a = qr'\sin(\alpha) 
     35     
     36    b = q\frac{L}{2}\cos(\alpha) 
     37     
     38    r'=\frac{r_{minor}}{\sqrt{2}}\sqrt{(1+\nu^{2}) + (1-\nu^{2})cos(\psi)} 
    3639 
    37     b &= \vec q\frac{L}{2}\cos(\alpha) 
    3840 
    39 and the angle $\Psi$ is defined as the orientation of the major axis of the 
     41and the angle $\psi$ is defined as the orientation of the major axis of the 
    4042ellipse with respect to the vector $\vec q$. The angle $\alpha$ is the angle 
    4143between the axis of the cylinder and $\vec q$. 
    … …  
    9597 
    9698L A Feigin and D I Svergun, *Structure Analysis by Small-Angle X-Ray and 
    97 Neutron Scattering*, Plenum, New York, (1987) 
     99Neutron Scattering*, Plenum, New York, (1987) [see table 3.4] 
     100 
     101Authorship and Verification 
     102---------------------------- 
     103 
     104* **Author:** 
     105* **Last Modified by:**  
     106* **Last Reviewed by:**  Richard Heenan - corrected equation in docs **Date:** December 21, 2016 
     107 
    98108""" 
    99109 

  • sasmodels/models/lib/polevl.c

    r0278e3f r447e9aa  
    2828 *            N                   0 
    2929 * 
    30  *  The function p1evl() assumes that coef[N] = 1.0 and is 
     30 * The function p1evl() assumes that C_N = 1.0 and is 
    3131 * omitted from the array.  Its calling arguments are 
    3232 * otherwise the same as polevl(). 

  • sasmodels/models/lib/sas_J0.c

    r1596de3 rc8902ac  
    5555#if FLOAT_SIZE>4 
    5656//Cephes double precission 
    57 double j0(double x); 
     57double cephes_j0(double x); 
    5858 
    5959 constant double PPJ0[8] = { 
    … …  
    147147  }; 
    148148 
    149 double j0(double x) 
     149double cephes_j0(double x) 
    150150{ 
    151151    double w, z, p, q, xn; 
    … …  
    186186#else 
    187187//Cephes single precission 
    188 float j0f(float x); 
     188float cephes_j0f(float x); 
    189189 
    190190 constant float MOJ0[8] = { 
    … …  
    221221 }; 
    222222 
    223 float j0f(float x) 
     223float cephes_j0f(float x) 
    224224{ 
    225225    float xx, w, z, p, q, xn; 
    … …  
    257257 
    258258#if FLOAT_SIZE>4 
    259 #define sas_J0 j0 
     259#define sas_J0 cephes_j0 
    260260#else 
    261 #define sas_J0 j0f 
     261#define sas_J0 cephes_j0f 
    262262#endif 

  • sasmodels/models/lib/sas_J1.c

    r1596de3 rc8902ac  
    4242#if FLOAT_SIZE>4 
    4343//Cephes double pression function 
    44 double j1(double x); 
     44double cephes_j1(double x); 
    4545 
    4646constant double RPJ1[8] = { 
    … …  
    106106    0.0 }; 
    107107 
    108 double j1(double x) 
     108double cephes_j1(double x) 
    109109{ 
    110110 
    … …  
    144144#else 
    145145//Single precission version of cephes 
    146 float j1f(float x); 
     146float cephes_j1f(float x); 
    147147 
    148148constant float JPJ1[8] = { 
    … …  
    179179    }; 
    180180 
    181 float j1f(float x) 
     181float cephes_j1f(float x) 
    182182{ 
    183183 
    … …  
    211211 
    212212#if FLOAT_SIZE>4 
    213 #define sas_J1 j1 
     213#define sas_J1 cephes_j1 
    214214#else 
    215 #define sas_J1 j1f 
     215#define sas_J1 cephes_j1f 
    216216#endif 
    217217 

  • sasmodels/models/lib/sas_JN.c

    r1596de3 rc8902ac  
    5050#if FLOAT_SIZE > 4 
    5151 
    52 double jn( int n, double x ); 
    53 double jn( int n, double x ) { 
     52double cephes_jn( int n, double x ); 
     53double cephes_jn( int n, double x ) { 
    5454 
    5555    // PAK: seems to be machine epsilon/2 
    … …  
    7575 
    7676    if( n == 0 ) 
    77         return( sign * j0(x) ); 
     77        return( sign * cephes_j0(x) ); 
    7878    if( n == 1 ) 
    79         return( sign * j1(x) ); 
     79        return( sign * cephes_j1(x) ); 
    8080    if( n == 2 ) 
    81         return( sign * (2.0 * j1(x) / x  -  j0(x)) ); 
     81        return( sign * (2.0 * cephes_j1(x) / x  -  cephes_j0(x)) ); 
    8282 
    8383    if( x < MACHEP ) 
    … …  
    112112 
    113113    if( fabs(pk) > fabs(pkm1) ) 
    114         ans = j1(x)/pk; 
     114        ans = cephes_j1(x)/pk; 
    115115    else 
    116         ans = j0(x)/pkm1; 
     116        ans = cephes_j0(x)/pkm1; 
    117117 
    118118    return( sign * ans ); 
    … …  
    121121#else 
    122122 
    123 float jnf(int n, float x); 
    124 float jnf(int n, float x) 
     123float cephes_jnf(int n, float x); 
     124float cephes_jnf(int n, float x) 
    125125{ 
    126126    // PAK: seems to be machine epsilon/2 
    … …  
    146146 
    147147    if( n == 0 ) 
    148         return( sign * j0f(x) ); 
     148        return( sign * cephes_j0f(x) ); 
    149149    if( n == 1 ) 
    150         return( sign * j1f(x) ); 
     150        return( sign * cephes_j1f(x) ); 
    151151    if( n == 2 ) 
    152         return( sign * (2.0 * j1f(x) / x  -  j0f(x)) ); 
     152        return( sign * (2.0 * cephes_j1f(x) / x  -  cephes_j0f(x)) ); 
    153153 
    154154    if( x < MACHEP ) 
    … …  
    189189 
    190190    if( r > ans )  /* if( fabs(pk) > fabs(pkm1) ) */ 
    191         ans = sign * j1f(x)/pk; 
     191        ans = sign * cephes_j1f(x)/pk; 
    192192    else 
    193         ans = sign * j0f(x)/pkm1; 
     193        ans = sign * cephes_j0f(x)/pkm1; 
    194194    return( ans ); 
    195195} 
    … …  
    197197 
    198198#if FLOAT_SIZE>4 
    199 #define sas_JN jn 
     199#define sas_JN cephes_jn 
    200200#else 
    201 #define sas_JN jnf 
     201#define sas_JN cephes_jnf 
    202202#endif 

  • sasmodels/models/stacked_disks.py

    r07300ea rb7e8b94  
    148148            sld_layer=0.0, 
    149149            sld_solvent=5.0, 
    150             theta=0, 
     150            theta=90, 
    151151            phi=0) 
    152 #After redefinition to spherical coordinates find new reasonable test values 
    153 #tests = [ 
    154 #    # Accuracy tests based on content in test/utest_extra_models.py. 
    155 #    # Added 2 tests with n_stacked = 5 using SasView 3.1.2 - PDB 
    156 #    [{'thick_core': 10.0, 
    157 #      'thick_layer': 15.0, 
    158 #      'radius': 3000.0, 
    159 #      'n_stacking': 1.0, 
    160 #      'sigma_d': 0.0, 
    161 #      'sld_core': 4.0, 
    162 #      'sld_layer': -0.4, 
    163 #      'solvent_sd': 5.0, 
    164 #      'theta': 0.0, 
    165 #      'phi': 0.0, 
    166 #      'scale': 0.01, 
    167 #      'background': 0.001, 
    168 #     }, 0.001, 5075.12], 
    169  
    170 #    [{'thick_core': 10.0, 
    171 #      'thick_layer': 15.0, 
    172 #      'radius': 3000.0, 
    173 #      'n_stacking': 5.0, 
    174 #      'sigma_d': 0.0, 
    175 #      'sld_core': 4.0, 
    176 #      'sld_layer': -0.4, 
    177 #      'solvent_sd': 5.0, 
    178 #      'theta': 0.0, 
    179 #      'phi': 0.0, 
    180 #      'scale': 0.01, 
    181 #      'background': 0.001, 
    182 #     }, 0.001, 5065.12793824], 
    183  
    184 #    [{'thick_core': 10.0, 
    185 #      'thick_layer': 15.0, 
    186 #      'radius': 3000.0, 
    187 #      'n_stacking': 5.0, 
    188 #      'sigma_d': 0.0, 
    189 #      'sld_core': 4.0, 
    190 #      'sld_layer': -0.4, 
    191 #      'solvent_sd': 5.0, 
    192 #      'theta': 0.0, 
    193 #      'phi': 0.0, 
    194 #      'scale': 0.01, 
    195 #      'background': 0.001, 
    196 #     }, 0.164, 0.0127673597265], 
    197  
    198 #    [{'thick_core': 10.0, 
    199 #      'thick_layer': 15.0, 
    200 #      'radius': 3000.0, 
    201 #      'n_stacking': 1.0, 
    202 #      'sigma_d': 0.0, 
    203 #      'sld_core': 4.0, 
    204 #      'sld_layer': -0.4, 
    205 #      'solvent_sd': 5.0, 
    206 #      'theta': 0.0, 
    207 #      'phi': 0.0, 
    208 #      'scale': 0.01, 
    209 #      'background': 0.001, 
    210 #     }, [0.001, 90.0], [5075.12, 0.001]], 
    211  
    212 #    [{'thick_core': 10.0, 
    213 #      'thick_layer': 15.0, 
    214 #      'radius': 3000.0, 
    215 #      'n_stacking': 1.0, 
    216 #      'sigma_d': 0.0, 
    217 #      'sld_core': 4.0, 
    218 #      'sld_layer': -0.4, 
    219 #      'solvent_sd': 5.0, 
    220 #      'theta': 0.0, 
    221 #      'phi': 0.0, 
    222 #      'scale': 0.01, 
    223 #      'background': 0.001, 
    224 #     }, ([0.4, 0.5]), [0.00105074, 0.00121761]], 
    225  
    226 #    [{'thick_core': 10.0, 
    227 #      'thick_layer': 15.0, 
    228 #      'radius': 3000.0, 
    229 #      'n_stacking': 1.0, 
    230 #      'sigma_d': 0.0, 
    231 #      'sld_core': 4.0, 
    232 #      'sld_layer': -0.4, 
    233 #     'solvent_sd': 5.0, 
    234 #      'theta': 0.0, 
    235 #      'phi': 0.0, 
    236 #      'scale': 0.01, 
    237 #      'background': 0.001, 
    238 #     }, ([1.3, 1.57]), [0.0010039, 0.0010038]], 
    239 #    ] 
    240 # 21Mar2016   RKH notes that unit tests all have n_stacking=1, ought to test other values 
    241  
     152# After redefinition of spherical coordinates - 
     153# tests had in old coords theta=0, phi=0; new coords theta=90, phi=0 
     154# but should not matter here as so far all the tests are 1D not 2D 
     155tests = [ 
     156# Accuracy tests based on content in test/utest_extra_models.py. 
     157# Added 2 tests with n_stacked = 5 using SasView 3.1.2 - PDB; for which alas q=0.001 values seem closer to n_stacked=1 not 5, changed assuming my 4.1 code OK, RKH 
     158    [{'thick_core': 10.0, 
     159      'thick_layer': 15.0, 
     160      'radius': 3000.0, 
     161      'n_stacking': 1.0, 
     162      'sigma_d': 0.0, 
     163      'sld_core': 4.0, 
     164      'sld_layer': -0.4, 
     165      'solvent_sd': 5.0, 
     166      'theta': 90.0, 
     167      'phi': 0.0, 
     168      'scale': 0.01, 
     169      'background': 0.001, 
     170     }, 0.001, 5075.12], 
     171    [{'thick_core': 10.0, 
     172      'thick_layer': 15.0, 
     173      'radius': 3000.0, 
     174      'n_stacking': 5, 
     175      'sigma_d': 0.0, 
     176      'sld_core': 4.0, 
     177      'sld_layer': -0.4, 
     178      'solvent_sd': 5.0, 
     179      'theta': 90.0, 
     180      'phi': 0.0, 
     181      'scale': 0.01, 
     182      'background': 0.001, 
     183#     }, 0.001, 5065.12793824],    n_stacking=1 not 5 ? slight change in value here 11jan2017, check other cpu types 
     184#     }, 0.001, 5075.11570493], 
     185     }, 0.001, 25325.635693], 
     186    [{'thick_core': 10.0, 
     187      'thick_layer': 15.0, 
     188      'radius': 3000.0, 
     189      'n_stacking': 5, 
     190      'sigma_d': 0.0, 
     191      'sld_core': 4.0, 
     192      'sld_layer': -0.4, 
     193      'solvent_sd': 5.0, 
     194      'theta': 90.0, 
     195      'phi': 0.0, 
     196      'scale': 0.01, 
     197      'background': 0.001, 
     198#     }, 0.164, 0.0127673597265],    n_stacking=1 not 5 ?  slight change in value here 11jan2017, check other cpu types 
     199#     }, 0.164, 0.01480812968], 
     200     }, 0.164, 0.0598367986509], 
     201 
     202    [{'thick_core': 10.0, 
     203      'thick_layer': 15.0, 
     204      'radius': 3000.0, 
     205      'n_stacking': 1.0, 
     206      'sigma_d': 0.0, 
     207      'sld_core': 4.0, 
     208      'sld_layer': -0.4, 
     209      'solvent_sd': 5.0, 
     210      'theta': 90.0, 
     211      'phi': 0.0, 
     212      'scale': 0.01, 
     213      'background': 0.001, 
     214# second test here was at q=90, changed it to q=5, note I(q) is then just value of flat background 
     215     }, [0.001, 5.0], [5075.12, 0.001]], 
     216 
     217    [{'thick_core': 10.0, 
     218      'thick_layer': 15.0, 
     219      'radius': 3000.0, 
     220      'n_stacking': 1.0, 
     221      'sigma_d': 0.0, 
     222      'sld_core': 4.0, 
     223      'sld_layer': -0.4, 
     224      'solvent_sd': 5.0, 
     225      'theta': 90.0, 
     226      'phi': 0.0, 
     227      'scale': 0.01, 
     228      'background': 0.001, 
     229     }, ([0.4, 0.5]), [0.00105074, 0.00121761]], 
     230 
     231    [{'thick_core': 10.0, 
     232      'thick_layer': 15.0, 
     233      'radius': 3000.0, 
     234      'n_stacking': 1.0, 
     235      'sigma_d': 0.0, 
     236      'sld_core': 4.0, 
     237      'sld_layer': -0.4, 
     238     'solvent_sd': 5.0, 
     239      'theta': 90.0, 
     240      'phi': 0.0, 
     241      'scale': 0.01, 
     242      'background': 0.001, 
     243     }, ([1.3, 1.57]), [0.0010039, 0.0010038]], 
     244    ] 
     245# 11Jan2017   RKH checking unit test agai, note they are all 1D, no 2D 
     246 

  • sasmodels/resolution2d.py

    r40a87fa r7e94989  
    6464        # just need q_calc and weights 
    6565        self.data = data 
    66         self.index = index 
    67  
    68         self.qx_data = data.qx_data[index] 
    69         self.qy_data = data.qy_data[index] 
    70         self.q_data = data.q_data[index] 
     66        self.index = index if index is not None else slice(None) 
     67 
     68        self.qx_data = data.qx_data[self.index] 
     69        self.qy_data = data.qy_data[self.index] 
     70        self.q_data = data.q_data[self.index] 
    7171 
    7272        dqx = getattr(data, 'dqx_data', None) 
    … …  
    7474        if dqx is not None and dqy is not None: 
    7575            # Here dqx and dqy mean dq_parr and dq_perp 
    76             self.dqx_data = dqx[index] 
    77             self.dqy_data = dqy[index] 
     76            self.dqx_data = dqx[self.index] 
     77            self.dqy_data = dqy[self.index] 
    7878            ## Remove singular points if exists 
    7979            self.dqx_data[self.dqx_data < SIGMA_ZERO] = SIGMA_ZERO 
    … …  
    126126        # The angle (phi) of the original q point 
    127127        q_phi = np.arctan(q_phi).repeat(nbins)\ 
    128             .reshape(nq, nbins).transpose().flatten() 
     128            .reshape([nq, nbins]).transpose().flatten() 
    129129        ## Find Gaussian weight for each dq bins: The weight depends only 
    130130        #  on r-direction (The integration may not need) 

  • sasmodels/sasview_model.py

    r8977226 r64614ad  
    583583                            % type(qdist)) 
    584584 
     585    def get_composition_models(self): 
     586        """ 
     587            Returns usable models that compose this model 
     588        """ 
     589        s_model = None 
     590        p_model = None 
     591        if hasattr(self._model_info, "composition") \ 
     592           and self._model_info.composition is not None: 
     593            p_model = _make_model_from_info(self._model_info.composition[1][0])() 
     594            s_model = _make_model_from_info(self._model_info.composition[1][1])() 
     595        return p_model, s_model 
     596 
    585597    def calculate_Iq(self, qx, qy=None): 
    586598        # type: (Sequence[float], Optional[Sequence[float]]) -> np.ndarray 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.