Changes in / [6da3e3d:0eff615] in sasview


Ignore:
Location:
src/sas/qtgui
Files:
22 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/qtgui/Calculators/SldPanel.py

    r5c0e717 raed0532  
    66 
    77from periodictable import formula as Formula 
    8 from periodictable.xsf import xray_energy, xray_sld 
     8from periodictable.xsf import xray_energy, xray_sld_from_atoms 
    99from periodictable.nsf import neutron_scattering 
    1010 
    … …  
    2121    'MOLECULAR_FORMULA', 
    2222    'MASS_DENSITY', 
    23     'NEUTRON_WAVELENGTH', 
     23    'WAVELENGTH', 
    2424    'NEUTRON_SLD_REAL', 
    2525    'NEUTRON_SLD_IMAG', 
    26     'XRAY_WAVELENGTH', 
    27     'XRAY_SLD_REAL', 
    28     'XRAY_SLD_IMAG', 
     26    'CU_KA_SLD_REAL', 
     27    'CU_KA_SLD_IMAG', 
     28    'MO_KA_SLD_REAL', 
     29    'MO_KA_SLD_IMAG', 
    2930    'NEUTRON_INC_XS', 
    3031    'NEUTRON_ABS_XS', 
    … …  
    3334 
    3435class SldResult(object): 
    35     def __init__(self, molecular_formula, mass_density, 
    36         neutron_wavelength, neutron_sld_real, neutron_sld_imag, 
    37         xray_wavelength, xray_sld_real, xray_sld_imag, 
     36    def __init__(self, molecular_formula, mass_density, wavelength, 
     37        neutron_sld_real, neutron_sld_imag, 
     38        cu_ka_sld_real, cu_ka_sld_imag, 
     39        mo_ka_sld_real, mo_ka_sld_imag, 
    3840        neutron_inc_xs, neutron_abs_xs, neutron_length): 
    3941 
    4042        self.molecular_formula = molecular_formula 
    4143        self.mass_density = mass_density 
    42         self.neutron_wavelength = neutron_wavelength 
     44        self.wavelength = wavelength 
    4345        self.neutron_sld_real = neutron_sld_real 
    4446        self.neutron_sld_imag = neutron_sld_imag 
    45         self.xray_wavelength = xray_wavelength 
    46         self.xray_sld_real = xray_sld_real 
    47         self.xray_sld_imag = xray_sld_imag 
     47        self.cu_ka_sld_real = cu_ka_sld_real 
     48        self.cu_ka_sld_imag = cu_ka_sld_imag 
     49        self.mo_ka_sld_real = mo_ka_sld_real 
     50        self.mo_ka_sld_imag = mo_ka_sld_imag 
    4851        self.neutron_inc_xs = neutron_inc_xs 
    4952        self.neutron_abs_xs = neutron_abs_xs 
    5053        self.neutron_length = neutron_length 
    5154 
    52 def sldAlgorithm(molecular_formula, mass_density, neutron_wavelength, xray_wavelength): 
    53  
    54     xray_sld_real, xray_sld_imag = xray_sld( 
    55             compound=molecular_formula, 
     55def sldAlgorithm(molecular_formula, mass_density, wavelength): 
     56 
     57    sld_formula = Formula(molecular_formula, density=mass_density) 
     58 
     59    def calculate_sld(formula): 
     60        if len(formula.atoms) != 1: 
     61            raise NotImplementedError() 
     62        energy = xray_energy(list(formula.atoms.keys())[0].K_alpha) 
     63        return xray_sld_from_atoms( 
     64            sld_formula.atoms, 
    5665            density=mass_density, 
    57             wavelength=xray_wavelength) 
    58  
    59     (neutron_sld_real, neutron_sld_imag, _), (_, neutron_abs_xs, neutron_inc_xs), neutron_length = \ 
     66            energy=energy) 
     67 
     68    cu_real, cu_imag = calculate_sld(Formula("Cu")) 
     69    mo_real, mo_imag = calculate_sld(Formula("Mo")) 
     70 
     71    (sld_real, sld_imag, _), (_, neutron_abs_xs, neutron_inc_xs), neutron_length = \ 
    6072        neutron_scattering( 
    6173            compound=molecular_formula, 
    6274            density=mass_density, 
    63             wavelength=neutron_wavelength) 
     75            wavelength=wavelength) 
    6476 
    6577    SCALE = 1e-6 
    6678 
    6779    # neutron sld 
    68     scaled_neutron_sld_real = SCALE * neutron_sld_real 
    69     scaled_neutron_sld_imag = SCALE * abs(neutron_sld_imag) 
    70  
    71     # xray sld 
    72     scaled_xray_sld_real = SCALE * xray_sld_real 
    73     scaled_xray_sld_imag = SCALE * abs(xray_sld_imag) 
    74  
     80    neutron_sld_real = SCALE * sld_real 
     81    neutron_sld_imag = SCALE * abs(sld_imag) 
     82 
     83    # Cu sld 
     84    cu_ka_sld_real = SCALE * cu_real 
     85    cu_ka_sld_imag = SCALE * abs(cu_imag) 
     86 
     87    # Mo sld 
     88    mo_ka_sld_real = SCALE * mo_real 
     89    mo_ka_sld_imag = SCALE * abs(mo_imag) 
    7590 
    7691    return SldResult( 
    77         molecular_formula, mass_density, 
    78         neutron_wavelength, scaled_neutron_sld_real, scaled_neutron_sld_imag, 
    79         xray_wavelength, scaled_xray_sld_real, scaled_xray_sld_imag, 
     92        molecular_formula, mass_density, wavelength, 
     93        neutron_sld_real, neutron_sld_imag, 
     94        cu_ka_sld_real, cu_ka_sld_imag, 
     95        mo_ka_sld_real, mo_ka_sld_imag, 
    8096        neutron_inc_xs, neutron_abs_xs, neutron_length) 
    8197 
    … …  
    96112            MODEL.NEUTRON_SLD_REAL: self.ui.editNeutronSldReal, 
    97113            MODEL.NEUTRON_SLD_IMAG: self.ui.editNeutronSldImag, 
    98             MODEL.XRAY_SLD_REAL: self.ui.editXraySldReal, 
    99             MODEL.XRAY_SLD_IMAG: self.ui.editXraySldImag, 
     114            MODEL.CU_KA_SLD_REAL: self.ui.editCuKaSldReal, 
     115            MODEL.CU_KA_SLD_IMAG: self.ui.editCuKaSldImag, 
     116            MODEL.MO_KA_SLD_REAL: self.ui.editMoKaSldReal, 
     117            MODEL.MO_KA_SLD_IMAG: self.ui.editMoKaSldImag, 
    100118            MODEL.NEUTRON_INC_XS: self.ui.editNeutronIncXs, 
    101119            MODEL.NEUTRON_ABS_XS: self.ui.editNeutronAbsXs, 
    … …  
    113131        rx = QtCore.QRegExp("[+\-]?(?:0|[1-9]\d*)(?:\.\d*)?(?:[eE][+\-]?\d+)?") 
    114132        self.ui.editMassDensity.setValidator(QtGui.QRegExpValidator(rx, self.ui.editMassDensity)) 
    115         self.ui.editNeutronWavelength.setValidator(QtGui.QRegExpValidator(rx, self.ui.editNeutronWavelength)) 
    116         self.ui.editXrayWavelength.setValidator(QtGui.QRegExpValidator(rx, self.ui.editXrayWavelength)) 
     133        self.ui.editWavelength.setValidator(QtGui.QRegExpValidator(rx, self.ui.editWavelength)) 
    117134 
    118135        # signals 
    119         self.ui.helpButton.clicked.connect(self.displayHelp) 
    120         self.ui.closeButton.clicked.connect(self.closePanel) 
    121         self.ui.recalculateButton.clicked.connect(self.calculateSLD) 
    122  
    123     def calculateSLD(self): 
    124         self.recalculateSLD() 
     136        self.ui.buttonBox.button(QtWidgets.QDialogButtonBox.Reset).clicked.connect(self.modelReset) 
     137        self.ui.buttonBox.button(QtWidgets.QDialogButtonBox.Help).clicked.connect(self.displayHelp) 
    125138 
    126139    def setupModel(self): 
    127140        self.model = QtGui.QStandardItemModel(self) 
    128         self.model.setItem(MODEL.MOLECULAR_FORMULA , QtGui.QStandardItem()) 
    129         self.model.setItem(MODEL.MASS_DENSITY      , QtGui.QStandardItem()) 
    130         self.model.setItem(MODEL.NEUTRON_WAVELENGTH, QtGui.QStandardItem()) 
    131         self.model.setItem(MODEL.XRAY_WAVELENGTH   , QtGui.QStandardItem()) 
     141        self.model.setItem(MODEL.MOLECULAR_FORMULA, QtGui.QStandardItem()) 
     142        self.model.setItem(MODEL.MASS_DENSITY     , QtGui.QStandardItem()) 
     143        self.model.setItem(MODEL.WAVELENGTH       , QtGui.QStandardItem()) 
    132144 
    133145        for key in list(self._getOutputs().keys()): 
    … …  
    135147 
    136148        self.model.dataChanged.connect(self.dataChanged) 
    137  
    138         self.ui.editMassDensity.textEdited.connect(self.recalculateSLD) 
    139         self.ui.editMolecularFormula.textEdited.connect(self.recalculateSLD) 
    140         self.ui.editNeutronWavelength.textEdited.connect(self.recalculateSLD) 
    141         self.ui.editXrayWavelength.textEdited.connect(self.recalculateSLD) 
    142149 
    143150        self.modelReset() 
    … …  
    147154        self.mapper.setModel(self.model) 
    148155        self.mapper.setOrientation(QtCore.Qt.Vertical) 
    149         self.mapper.addMapping(self.ui.editMolecularFormula , MODEL.MOLECULAR_FORMULA) 
    150         self.mapper.addMapping(self.ui.editMassDensity      , MODEL.MASS_DENSITY) 
    151         self.mapper.addMapping(self.ui.editNeutronWavelength, MODEL.NEUTRON_WAVELENGTH) 
    152         self.mapper.addMapping(self.ui.editXrayWavelength   , MODEL.XRAY_WAVELENGTH) 
     156        self.mapper.addMapping(self.ui.editMolecularFormula, MODEL.MOLECULAR_FORMULA) 
     157        self.mapper.addMapping(self.ui.editMassDensity     , MODEL.MASS_DENSITY) 
     158        self.mapper.addMapping(self.ui.editWavelength      , MODEL.WAVELENGTH) 
    153159 
    154160        for key, edit in self._getOutputs().items(): 
    … …  
    160166        update = False 
    161167        for index in range(top.row(), bottom.row() + 1): 
    162             if (index == MODEL.MOLECULAR_FORMULA) or (index == MODEL.MASS_DENSITY) or (index == MODEL.NEUTRON_WAVELENGTH) or (index == MODEL.XRAY_WAVELENGTH): 
     168            if (index == MODEL.MOLECULAR_FORMULA) or (index == MODEL.MASS_DENSITY) or (index == MODEL.WAVELENGTH): 
    163169                update = True 
    164170 
    165         # calculation 
     171        # calcualtion 
    166172        if update: 
    167             self.recalculateSLD() 
    168  
    169     def recalculateSLD(self): 
    170         formula = self.ui.editMolecularFormula.text() 
    171         density = self.ui.editMassDensity.text() 
    172         neutronWavelength = self.ui.editNeutronWavelength.text() 
    173         xrayWavelength = self.ui.editXrayWavelength.text() 
    174  
    175         if len(formula) > 0 and len(density) > 0 and len(neutronWavelength) > 0 and len(xrayWavelength) > 0: 
    176             try: 
    177                 results = sldAlgorithm(str(formula), float(density), float(neutronWavelength), float(xrayWavelength)) 
    178  
    179                 def format(value): 
    180                     return ("%-5.3g" % value).strip() 
    181  
    182                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_REAL).setText(format(results.neutron_sld_real)) 
    183                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_IMAG).setText(format(results.neutron_sld_imag)) 
    184  
    185                 self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_REAL).setText(format(results.xray_sld_real)) 
    186                 self.model.item(MODEL.XRAY_SLD_IMAG).setText(format(results.xray_sld_imag)) 
    187  
    188                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_INC_XS).setText(format(results.neutron_inc_xs)) 
    189                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_ABS_XS).setText(format(results.neutron_abs_xs)) 
    190                 self.model.item(MODEL.NEUTRON_LENGTH).setText(format(results.neutron_length)) 
    191  
    192                 return 
    193  
    194             except Exception as e: 
    195                 pass 
    196  
    197         for key in list(self._getOutputs().keys()): 
    198             self.model.item(key).setText("") 
     173            formula = self.model.item(MODEL.MOLECULAR_FORMULA).text() 
     174            density = self.model.item(MODEL.MASS_DENSITY).text() 
     175            wavelength = self.model.item(MODEL.WAVELENGTH).text() 
     176            if len(formula) > 0 and len(density) > 0 and len(wavelength) > 0: 
     177                try: 
     178                    results = sldAlgorithm(str(formula), float(density), float(wavelength)) 
     179 
     180                    def format(value): 
     181                        return ("%-5.3g" % value).strip() 
     182 
     183                    self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_REAL).setText(format(results.neutron_sld_real)) 
     184                    self.model.item(MODEL.NEUTRON_SLD_IMAG).setText(format(results.neutron_sld_imag)) 
     185 
     186                    self.model.item(MODEL.CU_KA_SLD_REAL).setText(format(results.cu_ka_sld_real)) 
     187                    self.model.item(MODEL.CU_KA_SLD_IMAG).setText(format(results.cu_ka_sld_imag)) 
     188 
     189                    self.model.item(MODEL.MO_KA_SLD_REAL).setText(format(results.mo_ka_sld_real)) 
     190                    self.model.item(MODEL.MO_KA_SLD_IMAG).setText(format(results.mo_ka_sld_imag)) 
     191 
     192                    self.model.item(MODEL.NEUTRON_INC_XS).setText(format(results.neutron_inc_xs)) 
     193                    self.model.item(MODEL.NEUTRON_ABS_XS).setText(format(results.neutron_abs_xs)) 
     194                    self.model.item(MODEL.NEUTRON_LENGTH).setText(format(results.neutron_length)) 
     195 
     196                    return 
     197             
     198                except Exception as e: 
     199                    pass 
     200 
     201            for key in list(self._getOutputs().keys()): 
     202                self.model.item(key).setText("") 
    199203 
    200204    def modelReset(self): 
    201205        #self.model.beginResetModel() 
    202206        try: 
    203             self.model.item(MODEL.MOLECULAR_FORMULA ).setText("H2O") 
    204             self.model.item(MODEL.MASS_DENSITY      ).setText("1.0") 
    205             self.model.item(MODEL.NEUTRON_WAVELENGTH).setText("6.0") 
    206             self.model.item(MODEL.XRAY_WAVELENGTH   ).setText("1.0") 
    207             self.recalculateSLD() 
     207            self.model.item(MODEL.MOLECULAR_FORMULA).setText("H2O") 
     208            self.model.item(MODEL.MASS_DENSITY     ).setText("1") 
     209            self.model.item(MODEL.WAVELENGTH       ).setText("6") 
    208210        finally: 
    209211            pass 
    … …  
    215217 
    216218 
    217     def closePanel(self): 
    218         """ 
    219         close the window containing this panel 
    220         """ 
    221         self.close() 
    222  

  • src/sas/qtgui/Calculators/UI/SldPanel.ui

    r5c0e717 rcd2cc745  
    77    <x>0</x> 
    88    <y>0</y> 
    9     <width>490</width> 
    10     <height>490</height> 
     9    <width>447</width> 
     10    <height>403</height> 
    1111   </rect> 
    1212  </property> 
    … …  
    2525  </property> 
    2626  <layout class="QGridLayout" name="gridLayout_2"> 
    27    <item row="3" column="0"> 
    28     <spacer name="verticalSpacer"> 
    29      <property name="orientation"> 
    30       <enum>Qt::Vertical</enum> 
    31      </property> 
    32      <property name="sizeHint" stdset="0"> 
    33       <size> 
    34        <width>20</width> 
    35        <height>40</height> 
    36       </size> 
    37      </property> 
    38     </spacer> 
    39    </item> 
    40    <item row="4" column="0"> 
    41     <widget class="QWidget" name="widget" native="true"> 
    42      <property name="minimumSize"> 
    43       <size> 
    44        <width>466</width> 
    45        <height>32</height> 
    46       </size> 
    47      </property> 
    48      <widget class="QPushButton" name="recalculateButton"> 
    49       <property name="geometry"> 
    50        <rect> 
    51         <x>0</x> 
    52         <y>0</y> 
    53         <width>114</width> 
    54         <height>32</height> 
    55        </rect> 
    56       </property> 
    57       <property name="text"> 
    58        <string>Recalculate</string> 
    59       </property> 
    60      </widget> 
    61      <widget class="QPushButton" name="helpButton"> 
    62       <property name="geometry"> 
    63        <rect> 
    64         <x>176</x> 
    65         <y>0</y> 
    66         <width>114</width> 
    67         <height>32</height> 
    68        </rect> 
    69       </property> 
    70       <property name="text"> 
    71        <string>Help</string> 
    72       </property> 
    73      </widget> 
    74      <widget class="QPushButton" name="closeButton"> 
    75       <property name="geometry"> 
    76        <rect> 
    77         <x>352</x> 
    78         <y>0</y> 
    79         <width>114</width> 
    80         <height>32</height> 
    81        </rect> 
    82       </property> 
    83       <property name="text"> 
    84        <string>Close</string> 
    85       </property> 
    86      </widget> 
    87     </widget> 
    88    </item> 
    8927   <item row="0" column="0"> 
    9028    <widget class="QGroupBox" name="groupBoxInput"> 
    … …  
    12058       <widget class="QLineEdit" name="editMassDensity"/> 
    12159      </item> 
     60      <item row="2" column="1"> 
     61       <widget class="QLineEdit" name="editWavelength"> 
     62        <property name="styleSheet"> 
     63         <string notr="true"/> 
     64        </property> 
     65        <property name="readOnly"> 
     66         <bool>false</bool> 
     67        </property> 
     68       </widget> 
     69      </item> 
    12270      <item row="2" column="2"> 
    12371       <widget class="QLabel" name="label_12"> 
    … …  
    13886       <widget class="QLabel" name="label_11"> 
    13987        <property name="text"> 
    140          <string>Neutron Wavelength</string> 
    141         </property> 
    142        </widget> 
    143       </item> 
    144       <item row="2" column="1"> 
    145        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronWavelength"> 
    146         <property name="styleSheet"> 
    147          <string notr="true"/> 
    148         </property> 
    149         <property name="readOnly"> 
    150          <bool>false</bool> 
    151         </property> 
    152        </widget> 
    153       </item> 
    154       <item row="3" column="1"> 
    155        <widget class="QLineEdit" name="editXrayWavelength"/> 
    156       </item> 
    157       <item row="3" column="0"> 
    158        <widget class="QLabel" name="label_13"> 
    159         <property name="text"> 
    160          <string>X-Ray Wavelength</string> 
    161         </property> 
    162        </widget> 
    163       </item> 
    164       <item row="3" column="2"> 
    165        <widget class="QLabel" name="label"> 
    166         <property name="text"> 
    167          <string>à
    168 </string> 
     88         <string>Wavelength</string> 
    16989        </property> 
    17090       </widget> 
    … …  
    17999     </property> 
    180100     <layout class="QGridLayout" name="gridLayoutOutput"> 
     101      <item row="0" column="0"> 
     102       <widget class="QLabel" name="label_17"> 
     103        <property name="text"> 
     104         <string>Neutron SLD</string> 
     105        </property> 
     106       </widget> 
     107      </item> 
    181108      <item row="0" column="1"> 
    182109       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronSldReal"> 
    183         <property name="enabled"> 
    184          <bool>false</bool> 
    185         </property> 
    186         <property name="readOnly"> 
    187          <bool>true</bool> 
    188         </property> 
    189        </widget> 
    190       </item> 
    191       <item row="0" column="0"> 
    192        <widget class="QLabel" name="label_17"> 
    193         <property name="text"> 
    194          <string>Neutron SLD</string> 
    195         </property> 
    196        </widget> 
    197       </item> 
    198       <item row="5" column="0"> 
    199        <widget class="QLabel" name="label_3"> 
    200         <property name="text"> 
    201          <string>Neutron 1/e length</string> 
    202         </property> 
    203        </widget> 
    204       </item> 
    205       <item row="3" column="1"> 
    206        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronIncXs"> 
    207         <property name="enabled"> 
    208          <bool>false</bool> 
    209         </property> 
    210         <property name="readOnly"> 
    211          <bool>true</bool> 
    212         </property> 
    213        </widget> 
    214       </item> 
    215       <item row="3" column="0"> 
    216        <widget class="QLabel" name="label_21"> 
    217         <property name="text"> 
    218          <string>Neutron Inc. Xs</string> 
     110        <property name="readOnly"> 
     111         <bool>true</bool> 
    219112        </property> 
    220113       </widget> 
    … …  
    227120       </widget> 
    228121      </item> 
     122      <item row="0" column="3"> 
     123       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronSldImag"> 
     124        <property name="readOnly"> 
     125         <bool>true</bool> 
     126        </property> 
     127       </widget> 
     128      </item> 
     129      <item row="0" column="4"> 
     130       <widget class="QLabel" name="label_5"> 
     131        <property name="text"> 
     132         <string>1/à
     133²</string> 
     134        </property> 
     135       </widget> 
     136      </item> 
     137      <item row="1" column="0"> 
     138       <widget class="QLabel" name="label_19"> 
     139        <property name="text"> 
     140         <string>Cu Ka SLD</string> 
     141        </property> 
     142       </widget> 
     143      </item> 
     144      <item row="1" column="1"> 
     145       <widget class="QLineEdit" name="editCuKaSldReal"> 
     146        <property name="styleSheet"> 
     147         <string notr="true"/> 
     148        </property> 
     149        <property name="readOnly"> 
     150         <bool>true</bool> 
     151        </property> 
     152       </widget> 
     153      </item> 
    229154      <item row="1" column="2"> 
    230155       <widget class="QLabel" name="label_20"> 
    … …  
    234159       </widget> 
    235160      </item> 
    236       <item row="0" column="3"> 
    237        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronSldImag"> 
    238         <property name="enabled"> 
    239          <bool>false</bool> 
    240         </property> 
    241         <property name="readOnly"> 
    242          <bool>true</bool> 
    243         </property> 
    244        </widget> 
    245       </item> 
    246       <item row="5" column="2" colspan="2"> 
    247        <widget class="QLabel" name="label_4"> 
    248         <property name="text"> 
    249          <string>cm</string> 
    250         </property> 
    251        </widget> 
    252       </item> 
    253       <item row="5" column="1"> 
    254        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronLength"> 
    255         <property name="enabled"> 
    256          <bool>false</bool> 
    257         </property> 
    258         <property name="readOnly"> 
    259          <bool>true</bool> 
    260         </property> 
    261        </widget> 
    262       </item> 
    263       <item row="4" column="2" colspan="2"> 
    264        <widget class="QLabel" name="label_24"> 
    265         <property name="text"> 
    266          <string>1/cm</string> 
    267         </property> 
    268        </widget> 
    269       </item> 
    270       <item row="4" column="1"> 
    271        <widget class="QLineEdit" name="editNeutronAbsXs"> 
    272         <property name="enabled"> 
    273          <bool>false</bool> 
    274         </property> 
    275         <property name="readOnly"> 
    276          <bool>true</bool> 
    277         </property> 
    278        </widget> 
    279       </item> 
    280       <item row="4" column="0"> 
    281        <widget class="QLabel" name="label_23"> 
    282         <property name="text"> 
    283          <string>Neutron Abs. Xs</string> 
    284         </property> 
    285        </widget> 
    286       </item> 
    287       <item row="3" column="2" colspan="2"> 
    288        <widget class="QLabel" name="label_22"> 
    289         <property name="text"> 
    290          <string>1/cm</string> 
     161      <item row="1" column="3"> 
     162       <widget class="QLineEdit" name="editCuKaSldImag"> 
     163        <property name="readOnly"> 
     164         <bool>true</bool> 
    291165        </property> 
    292166       </widget> 
    … …  
    300174       </widget> 
    301175      </item> 
    302       <item row="1" column="0"> 
    303        <widget class="QLabel" name="label_19"> 
    304         <property name="text"> 
    305          <string>X-Ray SLD</string> 
    306         </property> 
    307        </widget> 
    308       </item> 
    309       <item row="0" column="4"> 
    310        <widget class="QLabel" name="label_5"> 
     176      <item row="2" column="0"> 
     177       <widget class="QLabel" name="label"> 
     178        <property name="text"> 
     179         <string>Mo Ka SLD</string> 
     180        </property> 
     181       </widget> 
     182      </item> 
     183      <item row="2" column="1"> 
     184       <widget class="QLineEdit" name="editMoKaSldReal"> 
     185        <property name="readOnly"> 
     186         <bool>true</bool> 
     187        </property> 
     188       </widget> 
     189      </item> 
     190      <item row="2" column="2"> 
     191       <widget class="QLabel" name="label_2"> 
     192        <property name="text"> 
     193         <string>-i</string> 
     194        </property> 
     195       </widget> 
     196      </item> 
     197      <item row="2" column="3"> 
     198       <widget class="QLineEdit" name="editMoKaSldImag"> 
     199        <property name="readOnly"> 
     200         <bool>true</bool> 
     201        </property> 
     202       </widget> 
     203      </item> 
     204      <item row="2" column="4"> 
     205       <widget class="QLabel" name="label_7"> 
    311206        <property name="text"> 
    312207         <string>1/à
    … …  
    315210       </widget> 
    316211      </item> 
    317       <item row="2" column="0" colspan="5"> 
     212      <item row="3" column="0" colspan="5"> 
    318213       <widget class="QFrame" name="frame"> 
    319214        <property name="minimumSize"> 
    … …  
    337232       </widget> 
    338233      </item> 
    339       <item row="1" column="1"> 
    340        <widget class="QLineEdit" name="editXraySldReal"> 
    341         <property name="enabled"> 
    342          <bool>false</bool> 
    343         </property> 
    344         <property name="readOnly"> 
    345          <bool>true</bool> 
    346         </property> 
    347        </widget> 
    348       </item> 
    349       <item row="1" column="3"> 
    350        <widget class="QLineEdit" name="editXraySldImag"> 
    351         <property name="enabled"> 
    352          <bool>false</bool> 
    353         </property> 
    354         <property name="readOnly"> 
    355          <bool>true</bool> 
     234      <item row="4" column="0"> 
     235       <widget class="QLabel" name="label_21"> 
     236        <property name="text"> 
     237         <string>Neutron Inc. Xs</string> 
     238        </property> 
     239       </widget> 
     240      </item> 
     241      <item row="4" column="1"> 
     242       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronIncXs"> 
     243        <property name="readOnly"> 
     244         <bool>true</bool> 
     245        </property> 
     246       </widget> 
     247      </item> 
     248      <item row="4" column="2" colspan="2"> 
     249       <widget class="QLabel" name="label_22"> 
     250        <property name="text"> 
     251         <string>1/cm</string> 
     252        </property> 
     253       </widget> 
     254      </item> 
     255      <item row="5" column="0"> 
     256       <widget class="QLabel" name="label_23"> 
     257        <property name="text"> 
     258         <string>Neutron Abs. Xs</string> 
     259        </property> 
     260       </widget> 
     261      </item> 
     262      <item row="5" column="1"> 
     263       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronAbsXs"> 
     264        <property name="readOnly"> 
     265         <bool>true</bool> 
     266        </property> 
     267       </widget> 
     268      </item> 
     269      <item row="5" column="2" colspan="2"> 
     270       <widget class="QLabel" name="label_24"> 
     271        <property name="text"> 
     272         <string>1/cm</string> 
     273        </property> 
     274       </widget> 
     275      </item> 
     276      <item row="6" column="0"> 
     277       <widget class="QLabel" name="label_3"> 
     278        <property name="text"> 
     279         <string>Neutron 1/e length</string> 
     280        </property> 
     281       </widget> 
     282      </item> 
     283      <item row="6" column="1"> 
     284       <widget class="QLineEdit" name="editNeutronLength"> 
     285        <property name="readOnly"> 
     286         <bool>true</bool> 
     287        </property> 
     288       </widget> 
     289      </item> 
     290      <item row="6" column="2" colspan="2"> 
     291       <widget class="QLabel" name="label_4"> 
     292        <property name="text"> 
     293         <string>cm</string> 
    356294        </property> 
    357295       </widget> 
    358296      </item> 
    359297     </layout> 
     298    </widget> 
     299   </item> 
     300   <item row="2" column="0"> 
     301    <spacer name="verticalSpacer"> 
     302     <property name="orientation"> 
     303      <enum>Qt::Vertical</enum> 
     304     </property> 
     305     <property name="sizeHint" stdset="0"> 
     306      <size> 
     307       <width>20</width> 
     308       <height>40</height> 
     309      </size> 
     310     </property> 
     311    </spacer> 
     312   </item> 
     313   <item row="3" column="0"> 
     314    <widget class="QDialogButtonBox" name="buttonBox"> 
     315     <property name="orientation"> 
     316      <enum>Qt::Horizontal</enum> 
     317     </property> 
     318     <property name="standardButtons"> 
     319      <set>QDialogButtonBox::Close|QDialogButtonBox::Help|QDialogButtonBox::Reset</set> 
     320     </property> 
     321     <property name="centerButtons"> 
     322      <bool>true</bool> 
     323     </property> 
    360324    </widget> 
    361325   </item> 
    … …  
    365329  <tabstop>editMolecularFormula</tabstop> 
    366330  <tabstop>editMassDensity</tabstop> 
    367   <tabstop>editNeutronWavelength</tabstop> 
     331  <tabstop>editWavelength</tabstop> 
    368332  <tabstop>editNeutronSldReal</tabstop> 
    369333  <tabstop>editNeutronSldImag</tabstop> 
     334  <tabstop>editCuKaSldReal</tabstop> 
     335  <tabstop>editCuKaSldImag</tabstop> 
     336  <tabstop>editMoKaSldReal</tabstop> 
     337  <tabstop>editMoKaSldImag</tabstop> 
    370338  <tabstop>editNeutronIncXs</tabstop> 
    371339  <tabstop>editNeutronAbsXs</tabstop> 
    372340  <tabstop>editNeutronLength</tabstop> 
     341  <tabstop>buttonBox</tabstop> 
    373342 </tabstops> 
    374343 <resources/> 
    375  <connections/> 
     344 <connections> 
     345  <connection> 
     346   <sender>buttonBox</sender> 
     347   <signal>accepted()</signal> 
     348   <receiver>SldPanel</receiver> 
     349   <slot>accept()</slot> 
     350   <hints> 
     351    <hint type="sourcelabel"> 
     352     <x>248</x> 
     353     <y>254</y> 
     354    </hint> 
     355    <hint type="destinationlabel"> 
     356     <x>157</x> 
     357     <y>274</y> 
     358    </hint> 
     359   </hints> 
     360  </connection> 
     361  <connection> 
     362   <sender>buttonBox</sender> 
     363   <signal>rejected()</signal> 
     364   <receiver>SldPanel</receiver> 
     365   <slot>reject()</slot> 
     366   <hints> 
     367    <hint type="sourcelabel"> 
     368     <x>316</x> 
     369     <y>260</y> 
     370    </hint> 
     371    <hint type="destinationlabel"> 
     372     <x>286</x> 
     373     <y>274</y> 
     374    </hint> 
     375   </hints> 
     376  </connection> 
     377 </connections> 
    376378</ui> 

  • src/sas/qtgui/MainWindow/DataExplorer.py

    rfd7ef36 r9463ca2  
    44import time 
    55import logging 
     6import re 
    67 
    78from PyQt5 import QtCore 
    … …  
    3637    # The controller which is responsible for managing signal slots connections 
    3738    # for the gui and providing an interface to the data model. 
     39 
     40    # This matches the ID of a plot created using FittingLogic._create1DPlot, e.g. 
     41    # "5 [P(Q)] modelname" 
     42    # or 
     43    # "4 modelname". 
     44    # Useful for determining whether the plot in question is for an intermediate result, such as P(Q) or S(Q) in the 
     45    # case of a product model; the identifier for this is held in square brackets, as in the example above. 
     46    theory_plot_ID_pattern = re.compile(r"^([0-9]+)\s+(\[(.*)\]\s+)?(.*)$") 
    3847 
    3948    def __init__(self, parent=None, guimanager=None, manager=None): 
    … …  
    385394        # Notify the GuiManager about the send request 
    386395        self._perspective().setData(data_item=selected_items, is_batch=self.chkBatch.isChecked()) 
    387  
    388     def freezeCheckedData(self): 
    389         """ 
    390         Convert checked results (fitted model, residuals) into separate dataset. 
    391         """ 
    392         outer_index = -1 
    393         theories_copied = 0 
    394         orig_model_size = self.model.rowCount() 
    395         while outer_index < orig_model_size: 
    396             outer_index += 1 
    397             outer_item = self.model.item(outer_index) 
    398             if not outer_item: 
    399                 continue 
    400             if not outer_item.isCheckable(): 
    401                 continue 
    402             # Look for checked inner items 
    403             inner_index = -1 
    404             while inner_index < outer_item.rowCount(): 
    405                inner_item = outer_item.child(inner_index) 
    406                inner_index += 1 
    407                if not inner_item: 
    408                    continue 
    409                if not inner_item.isCheckable(): 
    410                    continue 
    411                if inner_item.checkState() != QtCore.Qt.Checked: 
    412                    continue 
    413                self.model.beginResetModel() 
    414                theories_copied += 1 
    415                new_item = self.cloneTheory(inner_item) 
    416                self.model.appendRow(new_item) 
    417                self.model.endResetModel() 
    418  
    419         freeze_msg = "" 
    420         if theories_copied == 0: 
    421             return 
    422         elif theories_copied == 1: 
    423             freeze_msg = "1 theory copied to a separate data set" 
    424         elif theories_copied > 1: 
    425             freeze_msg = "%i theories copied to separate data sets" % theories_copied 
    426         else: 
    427             freeze_msg = "Unexpected number of theories copied: %i" % theories_copied 
    428             raise AttributeError(freeze_msg) 
    429         self.communicator.statusBarUpdateSignal.emit(freeze_msg) 
    430396 
    431397    def freezeTheory(self, event): 
    … …  
    572538            else: 
    573539                # Don't plot intermediate results, e.g. P(Q), S(Q) 
    574                 match = GuiUtils.theory_plot_ID_pattern.match(plot_id) 
     540                match = self.theory_plot_ID_pattern.match(plot_id) 
    575541                # 2nd match group contains the identifier for the intermediate result, if present (e.g. "[P(Q)]") 
    576542                if match and match.groups()[1] != None: 
    … …  
    578544                # 'sophisticated' test to generate standalone plot for residuals 
    579545                if 'esiduals' in plot.title: 
    580                     plot.yscale='linear' 
    581                     self.plotData([(item, plot)]) 
     546                    self.plotData([(item, plot)], transform=False) 
    582547                else: 
    583548                    new_plots.append((item, plot)) 
    … …  
    860825        return wlist 
    861826 
    862     def setItemsCheckability(self, model, dimension=None, checked=False): 
    863         """ 
    864         For a given model, check or uncheck all items of given dimension 
    865         """ 
    866         mode = QtCore.Qt.Checked if checked else QtCore.Qt.Unchecked 
    867  
    868         assert isinstance(checked, bool) 
    869  
    870         types = (None, Data1D, Data2D) 
    871         assert dimension in types 
    872  
    873         for index in range(model.rowCount()): 
    874             item = model.item(index) 
    875             if dimension is not None and not isinstance(GuiUtils.dataFromItem(item), dimension): 
    876                 continue 
    877             if item.isCheckable() and item.checkState() != mode: 
    878                 item.setCheckState(mode) 
    879             # look for all children 
    880             for inner_index in range(item.rowCount()): 
    881                 child = item.child(inner_index) 
    882                 if child.isCheckable() and child.checkState() != mode: 
    883                     child.setCheckState(mode) 
    884  
    885827    def selectData(self, index): 
    886828        """ 
    … …  
    893835        # Respond appropriately 
    894836        if index == 0: 
    895             self.setItemsCheckability(self.model, checked=True) 
    896  
     837            # Select All 
     838            for index in range(self.model.rowCount()): 
     839                item = self.model.item(index) 
     840                if item.isCheckable() and item.checkState() == QtCore.Qt.Unchecked: 
     841                    item.setCheckState(QtCore.Qt.Checked) 
    897842        elif index == 1: 
    898843            # De-select All 
    899             self.setItemsCheckability(self.model, checked=False) 
     844            for index in range(self.model.rowCount()): 
     845                item = self.model.item(index) 
     846                if item.isCheckable() and item.checkState() == QtCore.Qt.Checked: 
     847                    item.setCheckState(QtCore.Qt.Unchecked) 
    900848 
    901849        elif index == 2: 
    902850            # Select All 1-D 
    903             self.setItemsCheckability(self.model, dimension=Data1D, checked=True) 
     851            for index in range(self.model.rowCount()): 
     852                item = self.model.item(index) 
     853                item.setCheckState(QtCore.Qt.Unchecked) 
     854 
     855                try: 
     856                    is1D = isinstance(GuiUtils.dataFromItem(item), Data1D) 
     857                except AttributeError: 
     858                    msg = "Bad structure of the data model." 
     859                    raise RuntimeError(msg) 
     860 
     861                if is1D: 
     862                    item.setCheckState(QtCore.Qt.Checked) 
    904863 
    905864        elif index == 3: 
    906865            # Unselect All 1-D 
    907             self.setItemsCheckability(self.model, dimension=Data1D, checked=False) 
     866            for index in range(self.model.rowCount()): 
     867                item = self.model.item(index) 
     868 
     869                try: 
     870                    is1D = isinstance(GuiUtils.dataFromItem(item), Data1D) 
     871                except AttributeError: 
     872                    msg = "Bad structure of the data model." 
     873                    raise RuntimeError(msg) 
     874 
     875                if item.isCheckable() and item.checkState() == QtCore.Qt.Checked and is1D: 
     876                    item.setCheckState(QtCore.Qt.Unchecked) 
    908877 
    909878        elif index == 4: 
    910879            # Select All 2-D 
    911             self.setItemsCheckability(self.model, dimension=Data2D, checked=True) 
     880            for index in range(self.model.rowCount()): 
     881                item = self.model.item(index) 
     882                item.setCheckState(QtCore.Qt.Unchecked) 
     883                try: 
     884                    is2D = isinstance(GuiUtils.dataFromItem(item), Data2D) 
     885                except AttributeError: 
     886                    msg = "Bad structure of the data model." 
     887                    raise RuntimeError(msg) 
     888 
     889                if is2D: 
     890                    item.setCheckState(QtCore.Qt.Checked) 
    912891 
    913892        elif index == 5: 
    914893            # Unselect All 2-D 
    915             self.setItemsCheckability(self.model, dimension=Data2D, checked=False) 
     894            for index in range(self.model.rowCount()): 
     895                item = self.model.item(index) 
     896 
     897                try: 
     898                    is2D = isinstance(GuiUtils.dataFromItem(item), Data2D) 
     899                except AttributeError: 
     900                    msg = "Bad structure of the data model." 
     901                    raise RuntimeError(msg) 
     902 
     903                if item.isCheckable() and item.checkState() == QtCore.Qt.Checked and is2D: 
     904                    item.setCheckState(QtCore.Qt.Unchecked) 
    916905 
    917906        else: 
    … …  
    12811270        self.theory_model.appendRow(model_item) 
    12821271 
    1283     def deleteIntermediateTheoryPlotsByModelID(self, model_id): 
    1284         """Given a model's ID, deletes all items in the theory item model which reference the same ID. Useful in the 
    1285         case of intermediate results disappearing when changing calculations (in which case you don't want them to be 
    1286         retained in the list).""" 
    1287         items_to_delete = [] 
    1288         for r in range(self.theory_model.rowCount()): 
    1289             item = self.theory_model.item(r, 0) 
    1290             data = item.child(0).data() 
    1291             if not hasattr(data, "id"): 
    1292                 return 
    1293             match = GuiUtils.theory_plot_ID_pattern.match(data.id) 
    1294             if match: 
    1295                 item_model_id = match.groups()[-1] 
    1296                 if item_model_id == model_id: 
    1297                     # Only delete those identified as an intermediate plot 
    1298                     if match.groups()[2] not in (None, ""): 
    1299                         items_to_delete.append(item) 
    1300  
    1301         for item in items_to_delete: 
    1302             self.theory_model.removeRow(item.row()) 

  • src/sas/qtgui/MainWindow/GuiManager.py

    r0eff615 r0eff615  
    395395        self.communicate.perspectiveChangedSignal.connect(self.perspectiveChanged) 
    396396        self.communicate.updateTheoryFromPerspectiveSignal.connect(self.updateTheoryFromPerspective) 
    397         self.communicate.deleteIntermediateTheoryPlotsSignal.connect(self.deleteIntermediateTheoryPlotsByModelID) 
    398397        self.communicate.plotRequestedSignal.connect(self.showPlot) 
    399398        self.communicate.plotFromFilenameSignal.connect(self.showPlotFromFilename) 
    … …  
    439438        self._workspace.actionImage_Viewer.triggered.connect(self.actionImage_Viewer) 
    440439        self._workspace.actionOrientation_Viewer.triggered.connect(self.actionOrientation_Viewer) 
    441         self._workspace.actionFreeze_Theory.triggered.connect(self.actionFreeze_Theory) 
    442440        # Fitting 
    443441        self._workspace.actionNew_Fit_Page.triggered.connect(self.actionNew_Fit_Page) 
    … …  
    686684        self._workspace.addDockWidget(Qt.RightDockWidgetArea, self.ipDockWidget) 
    687685 
    688     def actionFreeze_Theory(self): 
    689         """ 
    690         Convert a child index with data into a separate top level dataset 
    691         """ 
    692         self.filesWidget.freezeCheckedData() 
    693  
    694686    def actionOrientation_Viewer(self): 
    695687        """ 
    … …  
    887879        """ 
    888880        self.filesWidget.updateTheoryFromPerspective(index) 
    889  
    890     def deleteIntermediateTheoryPlotsByModelID(self, model_id): 
    891         """ 
    892         Catch the signal to delete items in the Theory item model which correspond to a model ID. 
    893         Send the request to the DataExplorer for updating the theory model. 
    894         """ 
    895         self.filesWidget.deleteIntermediateTheoryPlotsByModelID(model_id) 
    896881 
    897882    def updateModelFromDataOperationPanel(self, new_item, new_datalist_item): 

  • src/sas/qtgui/MainWindow/UI/DataExplorerUI.ui

    rf4a6f2c rd1fa2b8  
    4444           <property name="sizePolicy"> 
    4545            <sizepolicy hsizetype="MinimumExpanding" vsizetype="Fixed"> 
    46              <horstretch>0</horstretch> 
     46             <horstretch>5</horstretch> 
    4747             <verstretch>5</verstretch> 
    4848            </sizepolicy> 
    … …  
    5050           <property name="minimumSize"> 
    5151            <size> 
    52              <width>120</width> 
    53              <height>40</height> 
     52             <width>154</width> 
     53             <height>50</height> 
    5454            </size> 
    5555           </property> 
    … …  
    6464           </property> 
    6565           <property name="styleSheet"> 
    66             <string notr="true">font: 11pt &quot;MS Shell Dlg 2&quot;;</string> 
     66            <string notr="true">font: 13pt &quot;MS Shell Dlg 2&quot;;</string> 
    6767           </property> 
    6868           <property name="text"> 
    … …  
    7575           <property name="iconSize"> 
    7676            <size> 
    77              <width>32</width> 
    78              <height>32</height> 
     77             <width>48</width> 
     78             <height>48</height> 
    7979            </size> 
    8080           </property> 
    … …  
    183183           <property name="sizePolicy"> 
    184184            <sizepolicy hsizetype="MinimumExpanding" vsizetype="Fixed"> 
    185              <horstretch>0</horstretch> 
     185             <horstretch>5</horstretch> 
    186186             <verstretch>5</verstretch> 
    187187            </sizepolicy> 
    … …  
    189189           <property name="minimumSize"> 
    190190            <size> 
    191              <width>145</width> 
    192              <height>40</height> 
     191             <width>170</width> 
     192             <height>50</height> 
    193193            </size> 
    194194           </property> 
    … …  
    201201           <property name="font"> 
    202202            <font> 
    203              <family>MS Shell Dlg 2</family> 
    204              <pointsize>11</pointsize> 
    205              <weight>50</weight> 
    206              <italic>false</italic> 
    207              <bold>false</bold> 
     203             <pointsize>13</pointsize> 
    208204            </font> 
    209205           </property> 
    … …  
    212208           </property> 
    213209           <property name="styleSheet"> 
    214             <string notr="true">font: 11pt &quot;MS Shell Dlg 2&quot;;</string> 
     210            <string notr="true">font: 13pt &quot;MS Shell Dlg 2&quot;;</string> 
    215211           </property> 
    216212           <property name="text"> 
    … …  
    223219           <property name="iconSize"> 
    224220            <size> 
    225              <width>32</width> 
    226              <height>32</height> 
     221             <width>48</width> 
     222             <height>48</height> 
    227223            </size> 
    228224           </property> 
    … …  
    239235           <property name="font"> 
    240236            <font> 
    241              <pointsize>11</pointsize> 
     237             <pointsize>12</pointsize> 
    242238            </font> 
    243239           </property> 

  • src/sas/qtgui/MainWindow/UI/MainWindowUI.ui

    r6b50296 raa1db44  
    6464    <addaction name="actionReport"/> 
    6565    <addaction name="actionReset"/> 
    66     <addaction name="separator"/> 
    67     <addaction name="actionFreeze_Theory"/> 
    6866   </widget> 
    6967   <widget class="QMenu" name="menuView"> 
    … …  
    537535   </property> 
    538536  </action> 
    539   <action name="actionFreeze_Theory"> 
    540    <property name="text"> 
    541     <string>Freeze Theory</string> 
    542    </property> 
    543   </action> 
    544537 </widget> 
    545538 <resources/> 

  • src/sas/qtgui/MainWindow/UnitTesting/DataExplorerTest.py

    ra24eacf r573c383  
    7171        self.assertEqual(self.form.cmdFreeze.text(), "Freeze Theory") 
    7272        self.assertEqual(self.form.cmdSendTo.text(), "Send data to") 
    73         self.assertEqual(self.form.cmdSendTo.iconSize(), QSize(32, 32)) 
     73        self.assertEqual(self.form.cmdSendTo.iconSize(), QSize(48, 48)) 
    7474        self.assertIsInstance(self.form.cmdSendTo.icon(), QIcon) 
    7575        self.assertEqual(self.form.chkBatch.text(), "Batch mode") 
    … …  
    352352        # Test the current selection 
    353353        self.assertTrue(item1D.checkState() == Qt.Checked) 
    354         self.assertTrue(item2D.checkState() == Qt.Checked) 
     354        self.assertTrue(item2D.checkState() == Qt.Unchecked)         
    355355 
    356356        # unselect 1d data 
    … …  
    359359        # Test the current selection 
    360360        self.assertTrue(item1D.checkState() == Qt.Unchecked) 
    361         self.assertTrue(item2D.checkState() == Qt.Checked) 
     361        self.assertTrue(item2D.checkState() == Qt.Unchecked)         
    362362 
    363363        # select 2d data 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingUtilities.py

    rb764ae5 rff3b293  
    430430 
    431431    theory_name = str(current_data.name.split()[0]) 
    432     res_name = reference_data.filename if reference_data.filename else reference_data.name 
    433     residuals.name = "Residuals for " + str(theory_name) + "[" + res_name + "]" 
     432    residuals.name = "Residuals for " + str(theory_name) + "[" + \ 
     433                    str(reference_data.filename) + "]" 
    434434    residuals.title = residuals.name 
    435435    residuals.ytransform = 'y' 
    … …  
    457457    """ 
    458458    weight = None 
    459     if data is None: 
    460         return [] 
    461459    if is2d: 
    462         if not hasattr(data, 'err_data'): 
    463             return [] 
    464460        dy_data = data.err_data 
    465461        data = data.data 
    466462    else: 
    467         if not hasattr(data, 'dy'): 
    468             return [] 
    469463        dy_data = data.dy 
    470464        data = data.y 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingWidget.py

    r0eff615 r0eff615  
    6060 
    6161logger = logging.getLogger(__name__) 
     62 
    6263 
    6364class ToolTippedItemModel(QtGui.QStandardItemModel): 
    … …  
    224225        self.models = {} 
    225226        # Parameters to fit 
    226         self.main_params_to_fit = [] 
    227         self.poly_params_to_fit = [] 
    228         self.magnet_params_to_fit = [] 
    229  
     227        self.parameters_to_fit = None 
    230228        # Fit options 
    231229        self.q_range_min = 0.005 
    … …  
    265263        self.has_magnet_error_column = False 
    266264 
    267         # If the widget generated theory item, save it 
    268         self.theory_item = None 
    269  
    270265        # signal communicator 
    271266        self.communicate = self.parent.communicate 
    … …  
    390385        # Tag along functionality 
    391386        self.label.setText("Data loaded from: ") 
    392         if self.logic.data.filename: 
    393             self.lblFilename.setText(self.logic.data.filename) 
    394         else: 
    395             self.lblFilename.setText(self.logic.data.name) 
     387        self.lblFilename.setText(self.logic.data.filename) 
    396388        self.updateQRange() 
    397389        # Switch off Data2D control 
    … …  
    525517 
    526518        # Signals from separate tabs asking for replot 
     519        self.options_widget.plot_signal.connect(self.onOptionsUpdate) 
    527520        self.options_widget.plot_signal.connect(self.onOptionsUpdate) 
    528521 
    … …  
    955948        model = self.cbModel.currentText() 
    956949 
    957         # Assure the control is active 
    958         if not self.cbModel.isEnabled(): 
    959             return 
    960         # Empty combobox forced to be read 
     950        # empty combobox forced to be read 
    961951        if not model: 
    962952            return 
     953        # Reset structure factor 
     954        self.cbStructureFactor.setCurrentIndex(0) 
    963955 
    964956        # Reset parameters to fit 
    965         self.resetParametersToFit() 
     957        self.parameters_to_fit = None 
    966958        self.has_error_column = False 
    967959        self.has_poly_error_column = False 
    968960 
    969         structure = None 
    970         if self.cbStructureFactor.isEnabled(): 
    971             structure = str(self.cbStructureFactor.currentText()) 
    972         self.respondToModelStructure(model=model, structure_factor=structure) 
     961        self.respondToModelStructure(model=model, structure_factor=None) 
    973962 
    974963    def onSelectBatchFilename(self, data_index): 
    … …  
    990979 
    991980        # Reset parameters to fit 
    992         self.resetParametersToFit() 
     981        self.parameters_to_fit = None 
    993982        self.has_error_column = False 
    994983        self.has_poly_error_column = False 
    995984 
    996985        self.respondToModelStructure(model=model, structure_factor=structure) 
    997  
    998     def resetParametersToFit(self): 
    999         """ 
    1000         Clears the list of parameters to be fitted 
    1001         """ 
    1002         self.main_params_to_fit = [] 
    1003         self.poly_params_to_fit = [] 
    1004         self.magnet_params_to_fit = [] 
    1005986 
    1006987    def onCustomModelChange(self): 
    … …  
    11131094            self.disableModelCombo() 
    11141095            self.enableStructureCombo() 
    1115             # set the index to 0 
    1116             self.cbStructureFactor.setCurrentIndex(0) 
    1117             self.model_parameters = None 
    11181096            self._model_model.clear() 
    11191097            return 
    … …  
    11401118        model_row = item.row() 
    11411119        name_index = self._poly_model.index(model_row, 0) 
    1142         parameter_name = str(name_index.data()) # "distribution of sld" etc. 
    1143         if "istribution of" in parameter_name: 
     1120        parameter_name = str(name_index.data()).lower() # "distribution of sld" etc. 
     1121        if "distribution of" in parameter_name: 
    11441122            # just the last word 
    11451123            parameter_name = parameter_name.rsplit()[-1] 
    … …  
    11531131            parameter_name = parameter_name + '.width' 
    11541132            if value == QtCore.Qt.Checked: 
    1155                 self.poly_params_to_fit.append(parameter_name) 
     1133                self.parameters_to_fit.append(parameter_name) 
    11561134            else: 
    1157                 if parameter_name in self.poly_params_to_fit: 
    1158                     self.poly_params_to_fit.remove(parameter_name) 
    1159             self.cmdFit.setEnabled(self.haveParamsToFit()) 
     1135                if parameter_name in self.parameters_to_fit: 
     1136                    self.parameters_to_fit.remove(parameter_name) 
     1137            self.cmdFit.setEnabled(self.parameters_to_fit != [] and self.logic.data_is_loaded) 
    11601138 
    11611139        elif model_column in [delegate.poly_min, delegate.poly_max]: 
    … …  
    12091187            value = item.checkState() 
    12101188            if value == QtCore.Qt.Checked: 
    1211                 self.magnet_params_to_fit.append(parameter_name) 
     1189                self.parameters_to_fit.append(parameter_name) 
    12121190            else: 
    1213                 if parameter_name in self.magnet_params_to_fit: 
    1214                     self.magnet_params_to_fit.remove(parameter_name) 
    1215             self.cmdFit.setEnabled(self.haveParamsToFit()) 
     1191                if parameter_name in self.parameters_to_fit: 
     1192                    self.parameters_to_fit.remove(parameter_name) 
     1193            self.cmdFit.setEnabled(self.parameters_to_fit != [] and self.logic.data_is_loaded) 
    12161194            # Update state stack 
    12171195            self.updateUndo() 
    … …  
    14981476        qmin = self.q_range_min 
    14991477        qmax = self.q_range_max 
    1500  
    1501         params_to_fit = self.main_params_to_fit 
    1502         if self.chkPolydispersity.isChecked(): 
    1503             params_to_fit += self.poly_params_to_fit 
    1504         if self.chkMagnetism.isChecked(): 
    1505             params_to_fit += self.magnet_params_to_fit 
     1478        params_to_fit = self.parameters_to_fit 
    15061479        if not params_to_fit: 
    15071480            raise ValueError('Fitting requires at least one parameter to optimize.') 
     1481 
     1482        # Potential smearing added 
     1483        # Remember that smearing_min/max can be None -> 
     1484        # deal with it until Python gets discriminated unions 
     1485        self.addWeightingToData(data) 
    15081486 
    15091487        # Get the constraints. 
    … …  
    15231501            data = GuiUtils.dataFromItem(fit_index) 
    15241502            # Potential weights added directly to data 
    1525             weighted_data = self.addWeightingToData(data) 
     1503            self.addWeightingToData(data) 
    15261504            try: 
    1527                 fitter_single.set_model(model, fit_id, params_to_fit, data=weighted_data, 
     1505                fitter_single.set_model(model, fit_id, params_to_fit, data=data, 
    15281506                             constraints=constraints) 
    15291507            except ValueError as ex: 
    15301508                raise ValueError("Setting model parameters failed with: %s" % ex) 
    15311509 
    1532             qmin, qmax, _ = self.logic.computeRangeFromData(weighted_data) 
    1533             fitter_single.set_data(data=weighted_data, id=fit_id, smearer=smearer, qmin=qmin, 
     1510            qmin, qmax, _ = self.logic.computeRangeFromData(data) 
     1511            fitter_single.set_data(data=data, id=fit_id, smearer=smearer, qmin=qmin, 
    15341512                            qmax=qmax) 
    15351513            fitter_single.select_problem_for_fit(id=fit_id, value=1) 
    … …  
    19221900        Adds weighting contribution to fitting data 
    19231901        """ 
    1924         new_data = copy.deepcopy(data) 
    19251902        # Send original data for weighting 
    19261903        weight = FittingUtilities.getWeight(data=data, is2d=self.is2D, flag=self.weighting) 
    19271904        if self.is2D: 
    1928             new_data.err_data = weight 
     1905            data.err_data = weight 
    19291906        else: 
    1930             new_data.dy = weight 
    1931  
    1932         return new_data 
     1907            data.dy = weight 
     1908        pass 
    19331909 
    19341910    def updateQRange(self): 
    … …  
    19641940            # Allow the SF combobox visibility for the given sasmodel 
    19651941            self.enableStructureFactorControl(structure_factor) 
    1966             if self.cbStructureFactor.isEnabled(): 
    1967                 structure_factor = self.cbStructureFactor.currentText() 
    1968                 self.fromStructureFactorToQModel(structure_factor) 
    19691942 
    19701943        # Then, add multishells 
    … …  
    20011974        """ 
    20021975        name = model_name 
    2003         kernel_module = None 
    20041976        if self.cbCategory.currentText() == CATEGORY_CUSTOM: 
    20051977            # custom kernel load requires full path 
    … …  
    20071979        try: 
    20081980            kernel_module = generate.load_kernel_module(name) 
    2009         except ModuleNotFoundError as ex: 
    2010             pass 
    2011  
    2012         if kernel_module is None: 
    2013             # mismatch between "name" attribute and actual filename. 
    2014             curr_model = self.models[model_name] 
    2015             name, _ = os.path.splitext(os.path.basename(curr_model.filename)) 
    2016             try: 
    2017                 kernel_module = generate.load_kernel_module(name) 
    2018             except ModuleNotFoundError as ex: 
    2019                 logging.error("Can't find the model "+ str(ex)) 
    2020                 return 
     1981        except ModuleNotFoundError: 
     1982            # maybe it's a recategorised custom model? 
     1983            name = os.path.join(ModelUtilities.find_plugins_dir(), model_name+".py") 
     1984            # If this rises, it's a valid problem. 
     1985            kernel_module = generate.load_kernel_module(name) 
    20211986 
    20221987        if hasattr(kernel_module, 'parameters'): 
    … …  
    20612026        Setting model parameters into QStandardItemModel based on selected _structure factor_ 
    20622027        """ 
    2063         if structure_factor is None or structure_factor=="None": 
    2064             return 
    20652028        structure_module = generate.load_kernel_module(structure_factor) 
    20662029        structure_parameters = modelinfo.make_parameter_table(getattr(structure_module, 'parameters', [])) 
    … …  
    20822045        self._last_model_row = self._model_model.rowCount() 
    20832046 
    2084     def haveParamsToFit(self): 
    2085         """ 
    2086         Finds out if there are any parameters ready to be fitted 
    2087         """ 
    2088         return (self.main_params_to_fit!=[] 
    2089                 or self.poly_params_to_fit!=[] 
    2090                 or self.magnet_params_to_fit != []) and \ 
    2091                 self.logic.data_is_loaded 
    2092  
    20932047    def onMainParamsChange(self, item): 
    20942048        """ 
    … …  
    20992053        if model_column == 0: 
    21002054            self.checkboxSelected(item) 
    2101             self.cmdFit.setEnabled(self.haveParamsToFit()) 
     2055            self.cmdFit.setEnabled(self.parameters_to_fit != [] and self.logic.data_is_loaded) 
    21022056            # Update state stack 
    21032057            self.updateUndo() 
    … …  
    21582112        # Convert to proper indices and set requested enablement 
    21592113        self.setParameterSelection(status) 
     2114        #[self._model_model.item(row, 0).setCheckState(status) for row in self.selectedParameters()] 
    21602115        self._model_model.blockSignals(False) 
    21612116 
    21622117        # update the list of parameters to fit 
    2163         self.main_params_to_fit = self.checkedListFromModel(self._model_model) 
     2118        main_params = self.checkedListFromModel(self._model_model) 
     2119        poly_params = self.checkedListFromModel(self._poly_model) 
     2120        magnet_params = self.checkedListFromModel(self._magnet_model) 
     2121 
     2122        # Retrieve poly params names 
     2123        poly_params = [param.rsplit()[-1] + '.width' for param in poly_params] 
     2124 
     2125        self.parameters_to_fit = main_params + poly_params + magnet_params 
    21642126 
    21652127    def checkedListFromModel(self, model): 
    … …  
    22132175        name = self.nameFromData(fitted_data) 
    22142176        # Notify the GUI manager so it can create the theory model in DataExplorer 
    2215         self.theory_item = GuiUtils.createModelItemWithPlot(fitted_data, name=name) 
    2216         self.communicate.updateTheoryFromPerspectiveSignal.emit(self.theory_item) 
     2177        new_item = GuiUtils.createModelItemWithPlot(fitted_data, name=name) 
     2178        self.communicate.updateTheoryFromPerspectiveSignal.emit(new_item) 
    22172179 
    22182180    def nameFromData(self, fitted_data): 
    … …  
    22482210            completefn = self.methodCompleteForData() 
    22492211        smearer = self.smearing_widget.smearer() 
    2250         weight = FittingUtilities.getWeight(data=data, is2d=self.is2D, flag=self.weighting) 
    2251  
    22522212        # Awful API to a backend method. 
    22532213        calc_thread = self.methodCalculateForData()(data=data, 
    … …  
    22582218                                               smearer=smearer, 
    22592219                                               state=None, 
    2260                                                weight=weight, 
     2220                                               weight=None, 
    22612221                                               fid=None, 
    22622222                                               toggle_mode_on=False, 
    … …  
    23062266        residuals = self.calculateResiduals(fitted_data) 
    23072267        self.model_data = fitted_data 
    2308         new_plots = [fitted_data] 
    2309         if residuals is not None: 
    2310             new_plots.append(residuals) 
    2311  
    2312         if self.data_is_loaded: 
    2313             GuiUtils.deleteRedundantPlots(self.all_data[self.data_index], new_plots) 
    2314         else: 
    2315             # delete theory items for the model, in order to get rid of any redundant items, e.g. beta(Q), S_eff(Q) 
    2316             self.communicate.deleteIntermediateTheoryPlotsSignal.emit(self.kernel_module.id) 
     2268 
     2269        new_plots = [fitted_data, residuals] 
    23172270 
    23182271        # Create plots for intermediate product data 
    … …  
    23292282            new_plots.append(sq_data) 
    23302283 
    2331         # Update/generate plots 
     2284        if self.data_is_loaded: 
     2285            GuiUtils.deleteRedundantPlots(self.all_data[self.data_index], new_plots) 
     2286 
    23322287        for plot in new_plots: 
    2333             self.communicate.plotUpdateSignal.emit([plot]) 
     2288            if hasattr(plot, "id") and "esidual" in plot.id: 
     2289                # TODO: fix updates to residuals plot 
     2290                pass 
     2291            elif plot is not None: 
     2292                self.communicate.plotUpdateSignal.emit([plot]) 
    23342293 
    23352294    def complete2D(self, return_data): 
    … …  
    23492308 
    23502309        # Modify fitted_data with weighting 
    2351         weighted_data = self.addWeightingToData(fitted_data) 
    2352  
    2353         self.createNewIndex(weighted_data) 
     2310        self.addWeightingToData(fitted_data) 
     2311 
     2312        self.createNewIndex(fitted_data) 
    23542313        # Calculate difference between return_data and logic.data 
    2355         self.chi2 = FittingUtilities.calculateChi2(weighted_data, self.logic.data) 
     2314        self.chi2 = FittingUtilities.calculateChi2(fitted_data, self.logic.data) 
    23562315        # Update the control 
    23572316        chi2_repr = "---" if self.chi2 is None else GuiUtils.formatNumber(self.chi2, high=True) 
    23582317        self.lblChi2Value.setText(chi2_repr) 
    23592318 
     2319        # self.communicate.plotUpdateSignal.emit([fitted_data]) 
     2320 
    23602321        # Plot residuals if actual data 
    23612322        if not self.data_is_loaded: 
    23622323            return 
    23632324 
    2364         residuals_plot = FittingUtilities.plotResiduals(self.data, weighted_data) 
     2325        residuals_plot = FittingUtilities.plotResiduals(self.data, fitted_data) 
    23652326        residuals_plot.id = "Residual " + residuals_plot.id 
    23662327        self.createNewIndex(residuals_plot) 
    … …  
    24312392        self._poly_model.clear() 
    24322393 
    2433         parameters = self.model_parameters.form_volume_parameters 
    2434         if self.is2D: 
    2435             parameters += self.model_parameters.orientation_parameters 
    2436  
    24372394        [self.setPolyModelParameters(i, param) for i, param in \ 
    2438             enumerate(parameters) if param.polydisperse] 
    2439  
     2395            enumerate(self.model_parameters.form_volume_parameters) if param.polydisperse] 
    24402396        FittingUtilities.addPolyHeadersToModel(self._poly_model) 
    24412397 
    … …  
    27952751 
    27962752        fp.chi2 = self.chi2 
    2797         fp.main_params_to_fit = self.main_params_to_fit 
    2798         fp.poly_params_to_fit = self.poly_params_to_fit 
    2799         fp.magnet_params_to_fit = self.magnet_params_to_fit 
     2753        fp.parameters_to_fit = self.parameters_to_fit 
    28002754        fp.kernel_module = self.kernel_module 
    28012755 
    … …  
    28572811        if self.all_data: 
    28582812            index = self.all_data[self.data_index] 
    2859         else: 
    2860             index = self.theory_item 
    28612813        report_logic = ReportPageLogic(self, 
    28622814                                       kernel_module=self.kernel_module, 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/ModelThread.py

    r2df558e r3ae9179  
    117117                    self.source) 
    118118        else: 
    119             self.completefn((output, 
    120                            self.data, 
    121                            self.page_id, 
    122                            self.model, 
    123                            self.state, 
    124                            self.toggle_mode_on, 
    125                            elapsed, 
    126                            index_model, 
    127                            self.fid, 
    128                            self.qmin, 
    129                            self.qmax, 
    130                            self.weight, 
     119            self.complete(image=output, 
     120                           data=self.data, 
     121                           page_id=self.page_id, 
     122                           model=self.model, 
     123                           state=self.state, 
     124                           toggle_mode_on=self.toggle_mode_on, 
     125                           elapsed=elapsed, 
     126                           index=index_model, 
     127                           fid=self.fid, 
     128                           qmin=self.qmin, 
     129                           qmax=self.qmax, 
     130                           weight=self.weight, 
    131131                           #qstep=self.qstep, 
    132                            self.update_chisqr, 
    133                            self.source)) 
     132                           update_chisqr=self.update_chisqr, 
     133                           source=self.source) 
    134134 
    135135 
    … …  
    250250                    pq_values, sq_values) 
    251251        else: 
    252             self.completefn((self.data.x[index], output[index], 
    253                         self.page_id, 
    254                         self.state, 
    255                         self.weight, 
    256                         self.fid, 
    257                         self.toggle_mode_on, 
    258                         elapsed, index, self.model, 
    259                         self.data, 
    260                         self.update_chisqr, 
    261                         self.source, 
    262                         unsmeared_output, unsmeared_data, unsmeared_error, 
    263                         pq_values, sq_values)) 
     252            self.complete(x=self.data.x[index], y=output[index], 
     253                          page_id=self.page_id, 
     254                          state=self.state, 
     255                          weight=self.weight, 
     256                          fid=self.fid, 
     257                          toggle_mode_on=self.toggle_mode_on, 
     258                          elapsed=elapsed, index=index, model=self.model, 
     259                          data=self.data, 
     260                          update_chisqr=self.update_chisqr, 
     261                          source=self.source, 
     262                          unsmeared_model=unsmeared_output, 
     263                          unsmeared_data=unsmeared_data, 
     264                          unsmeared_error=unsmeared_error, 
     265                          pq_model=pq_values, 
     266                          sq_model=sq_values) 
    264267 
    265268    def results(self): 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/OptionsWidget.py

    rb764ae5 re20870bc  
    7979        self.weightingGroup.buttonClicked.connect(self.onWeightingChoice) 
    8080 
    81         self.qmin = QMIN_DEFAULT 
    82         self.qmax = QMAX_DEFAULT 
    83         self.npts = NPTS_DEFAULT 
    84         if self.logic.data_is_loaded: 
    85             self.qmin, self.qmax, self.npts = self.logic.computeDataRange() 
    8681        self.initModel() 
    8782        self.initMapper() 
    8883        self.model.blockSignals(True) 
    89         self.updateQRange(self.qmin, self.qmax, self.npts) 
    90         self.txtMaxRange.setText(str(self.qmax)) 
    91         self.txtMinRange.setText(str(self.qmin)) 
    92         self.txtNpts.setText(str(self.npts)) 
    93         self.txtNptsFit.setText(str(self.npts)) 
     84        self.updateQRange(QMIN_DEFAULT, QMAX_DEFAULT, NPTS_DEFAULT) 
     85        self.txtMaxRange.setText(str(QMAX_DEFAULT)) 
     86        self.txtMinRange.setText(str(QMIN_DEFAULT)) 
     87        self.txtNpts.setText(str(NPTS_DEFAULT)) 
     88        self.txtNptsFit.setText(str(NPTS_DEFAULT)) 
    9489        self.model.blockSignals(False) 
    9590 
    … …  
    132127        Callback for running the mask editor 
    133128        """ 
    134         if isinstance(self.logic.data, Data2D): 
    135             self.parent.communicate.maskEditorSignal.emit(self.logic.data) 
     129        self.parent.communicate.maskEditorSignal.emit(self.logic.data) 
     130        pass 
    136131 
    137132    def onRangeReset(self): 
    … …  
    139134        Callback for resetting qmin/qmax 
    140135        """ 
    141         self.updateQRange(self.qmin, self.qmax, self.npts) 
     136        self.updateQRange(QMIN_DEFAULT, QMAX_DEFAULT, NPTS_DEFAULT) 
    142137 
    143138    def onWeightingChoice(self, button): 
    … …  
    162157        Enable/disable various UI elements based on data loaded 
    163158        """ 
    164         is2Ddata = isinstance(self.logic.data, Data2D) 
    165159        self.boxWeighting.setEnabled(True) 
    166         self.cmdMaskEdit.setEnabled(is2Ddata) 
     160        self.cmdMaskEdit.setEnabled(True) 
    167161        # Switch off txtNpts related controls 
    168162        self.txtNpts.setEnabled(False) 
    … …  
    184178        self.model.item(MODEL.index('MAX_RANGE')).setText(str(q_range_max)) 
    185179        self.model.item(MODEL.index('NPTS')).setText(str(npts)) 
    186         self.qmin, self.qmax, self.npts = q_range_min, q_range_max, npts 
    187180 
    188181    def state(self): 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/UI/FittingWidgetUI.ui

    rd686ff1 rc1cfa80  
    77    <x>0</x> 
    88    <y>0</y> 
    9     <width>566</width> 
    10     <height>646</height> 
     9    <width>680</width> 
     10    <height>605</height> 
    1111   </rect> 
    1212  </property> 
    … …  
    1919  <property name="minimumSize"> 
    2020   <size> 
    21     <width>445</width> 
    22     <height>540</height> 
     21    <width>434</width> 
     22    <height>466</height> 
    2323   </size> 
    2424  </property> 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/UI/OptionsWidgetUI.ui

    r79bd268 rc1e380e  
    88    <y>0</y> 
    99    <width>522</width> 
    10     <height>455</height> 
     10    <height>667</height> 
    1111   </rect> 
    1212  </property> 

  • src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/UnitTesting/FittingWidgetTest.py

    r605d944 r3f5b901  
    1818from sas.qtgui.Perspectives.Fitting.FittingWidget import * 
    1919from sas.qtgui.Perspectives.Fitting.Constraint import Constraint 
    20 import sas.qtgui.Utilities.LocalConfig 
     20 
    2121from sas.qtgui.UnitTesting.TestUtils import QtSignalSpy 
    22 from sas.qtgui.Perspectives.Fitting.ModelThread import Calc1D 
    23 from sas.qtgui.Perspectives.Fitting.ModelThread import Calc2D 
    2422 
    2523from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data1D 
    … …  
    262260        self.widget.cbModel.setCurrentIndex(0) 
    263261 
    264         # Observe factor doesn't reset to None 
    265         self.assertEqual(self.widget.cbStructureFactor.currentText(), 'squarewell') 
     262        # Observe factor reset to None 
     263        self.assertEqual(self.widget.cbStructureFactor.currentText(), STRUCTURE_DEFAULT) 
    266264 
    267265        # Switch category to structure factor 
    … …  
    321319        Check that the fitting 1D data object is ready 
    322320        """ 
    323  
    324         if LocalConfig.USING_TWISTED: 
    325             # Mock the thread creation 
    326             threads.deferToThread = MagicMock() 
    327             # Model for theory 
    328             self.widget.SASModelToQModel("cylinder") 
    329             # Call the tested method 
    330             self.widget.calculateQGridForModel() 
    331             time.sleep(1) 
    332             # Test the mock 
    333             self.assertTrue(threads.deferToThread.called) 
    334             self.assertEqual(threads.deferToThread.call_args_list[0][0][0].__name__, "compute") 
    335         else: 
    336             Calc2D.queue = MagicMock() 
    337             # Model for theory 
    338             self.widget.SASModelToQModel("cylinder") 
    339             # Call the tested method 
    340             self.widget.calculateQGridForModel() 
    341             time.sleep(1) 
    342             # Test the mock 
    343             self.assertTrue(Calc2D.queue.called) 
     321        # Mock the thread creation 
     322        threads.deferToThread = MagicMock() 
     323        # Model for theory 
     324        self.widget.SASModelToQModel("cylinder") 
     325        # Call the tested method 
     326        self.widget.calculateQGridForModel() 
     327        time.sleep(1) 
     328        # Test the mock 
     329        self.assertTrue(threads.deferToThread.called) 
     330        self.assertEqual(threads.deferToThread.call_args_list[0][0][0].__name__, "compute") 
    344331 
    345332    def testCalculateResiduals(self): 
    … …  
    430417        index = self.widget._poly_model.index(0,0) 
    431418 
     419        #self.widget.show() 
     420        #QtWidgets.QApplication(sys.argv).exec_() 
     421 
     422 
    432423        # Set the checbox 
    433424        self.widget._poly_model.item(0,0).setCheckState(2) 
    434425        # Assure the parameter is added 
    435         self.assertEqual(self.widget.poly_params_to_fit, ['radius_bell.width']) 
     426        self.assertEqual(self.widget.parameters_to_fit, ['radius_bell.width']) 
    436427 
    437428        # Add another parameter 
    438429        self.widget._poly_model.item(2,0).setCheckState(2) 
    439430        # Assure the parameters are added 
    440         self.assertEqual(self.widget.poly_params_to_fit, ['radius_bell.width', 'length.width']) 
     431        self.assertEqual(self.widget.parameters_to_fit, ['radius_bell.width', 'length.width']) 
    441432 
    442433        # Change the min/max values 
    … …  
    647638        self.assertEqual(self.widget.cmdPlot.text(), 'Show Plot') 
    648639 
     640        self.widget.show() 
     641 
    649642        # Set data 
    650643        test_data = Data1D(x=[1,2], y=[1,2]) 
    651         item = QtGui.QStandardItem() 
    652         updateModelItem(item, test_data, "test") 
     644 
    653645        # Force same data into logic 
    654         self.widget.data = item 
     646        self.widget.logic.data = test_data 
     647        self.widget.data_is_loaded = True 
    655648 
    656649        # Change the category index so we have a model available 
    … …  
    690683 
    691684        # Test no fitting params 
    692         self.widget.main_params_to_fit = [] 
     685        self.widget.parameters_to_fit = [] 
    693686 
    694687        logging.error = MagicMock() 
    … …  
    698691        self.widget.close() 
    699692 
    700     def testOnEmptyFit2(self): 
    701693        test_data = Data2D(image=[1.0, 2.0, 3.0], 
    702694                           err_image=[0.01, 0.02, 0.03], 
    … …  
    709701        item = QtGui.QStandardItem() 
    710702        updateModelItem(item, test_data, "test") 
    711  
    712703        # Force same data into logic 
    713704        self.widget.data = item 
    … …  
    718709 
    719710        # Test no fitting params 
    720         self.widget.main_params_to_fit = [] 
     711        self.widget.parameters_to_fit = [] 
    721712 
    722713        logging.error = MagicMock() 
    … …  
    727718        self.widget.close() 
    728719 
    729     def notestOnFit1D(self): 
     720 
     721    def testOnFit1D(self): 
    730722        """ 
    731723        Test the threaded fitting call 
    … …  
    743735 
    744736        # Assing fitting params 
    745         self.widget.main_params_to_fit = ['scale'] 
     737        self.widget.parameters_to_fit = ['scale'] 
    746738 
    747739        # Spying on status update signal 
    … …  
    756748 
    757749            # the fit button changed caption and got disabled 
    758             # could fail if machine fast enough to finish 
    759             #self.assertEqual(self.widget.cmdFit.text(), 'Stop fit') 
    760             #self.assertFalse(self.widget.cmdFit.isEnabled()) 
     750            self.assertEqual(self.widget.cmdFit.text(), 'Stop fit') 
     751            self.assertFalse(self.widget.cmdFit.isEnabled()) 
    761752 
    762753            # Signal pushed up 
    … …  
    765756        self.widget.close() 
    766757 
    767     def notestOnFit2D(self): 
     758    def testOnFit2D(self): 
    768759        """ 
    769760        Test the threaded fitting call 
    … …  
    788779 
    789780        # Assing fitting params 
    790         self.widget.main_params_to_fit = ['scale'] 
     781        self.widget.parameters_to_fit = ['scale'] 
    791782 
    792783        # Spying on status update signal 
    … …  
    801792 
    802793            # the fit button changed caption and got disabled 
    803             #self.assertEqual(self.widget.cmdFit.text(), 'Stop fit') 
    804             #self.assertFalse(self.widget.cmdFit.isEnabled()) 
     794            self.assertEqual(self.widget.cmdFit.text(), 'Stop fit') 
     795            self.assertFalse(self.widget.cmdFit.isEnabled()) 
    805796 
    806797            # Signal pushed up 
    … …  
    860851        # Set data 
    861852        test_data = Data1D(x=[1,2], y=[1,2]) 
    862         item = QtGui.QStandardItem() 
    863         updateModelItem(item, test_data, "test") 
     853 
    864854        # Force same data into logic 
    865         self.widget.data = item 
    866  
    867         # Force same data into logic 
     855        self.widget.logic.data = test_data 
     856        self.widget.data_is_loaded = True 
    868857        category_index = self.widget.cbCategory.findText('Sphere') 
    869  
    870         self.widget.cbCategory.setCurrentIndex(category_index) 
    871         self.widget.main_params_to_fit = ['scale'] 
     858        self.widget.cbCategory.setCurrentIndex(category_index) 
     859        self.widget.parameters_to_fit = ['scale'] 
    872860        # Invoke the tested method 
    873861        fp = self.widget.currentState() 
    … …  
    917905 
    918906        # Test no fitting params 
    919         self.widget.main_params_to_fit = ['scale'] 
     907        self.widget.parameters_to_fit = ['scale'] 
    920908 
    921909        # Invoke the tested method 
    … …  
    949937        # Set data 
    950938        test_data = Data1D(x=[1,2], y=[1,2]) 
    951         item = QtGui.QStandardItem() 
    952         updateModelItem(item, test_data, "test") 
     939 
    953940        # Force same data into logic 
    954         self.widget.data = item 
     941        self.widget.logic.data = test_data 
     942        self.widget.data_is_loaded = True 
    955943        category_index = self.widget.cbCategory.findText("Sphere") 
    956944        self.widget.cbCategory.setCurrentIndex(category_index) 
    957         self.widget.main_params_to_fit = ['scale'] 
     945        self.widget.parameters_to_fit = ['scale'] 
    958946 
    959947        # Invoke the tested method 
    … …  
    966954        self.assertEqual(fp.current_category, "Sphere") 
    967955        self.assertEqual(fp.current_model, "adsorbed_layer") 
    968         self.assertListEqual(fp.main_params_to_fit, ['scale']) 
     956        self.assertListEqual(fp.parameters_to_fit, ['scale']) 
    969957 
    970958    def testPushFitPage(self): 
    … …  
    974962        # Set data 
    975963        test_data = Data1D(x=[1,2], y=[1,2]) 
    976         item = QtGui.QStandardItem() 
    977         updateModelItem(item, test_data, "test") 
     964 
    978965        # Force same data into logic 
    979         self.widget.data = item 
     966        self.widget.logic.data = test_data 
     967        self.widget.data_is_loaded = True 
    980968        category_index = self.widget.cbCategory.findText("Sphere") 
    981969 
    … …  
    986974        self.widget.undo_supported = True 
    987975        self.widget.cbCategory.setCurrentIndex(category_index) 
    988         self.widget.main_params_to_fit = ['scale'] 
     976        self.widget.parameters_to_fit = ['scale'] 
    989977 
    990978        # Check that the stack is updated 

  • src/sas/qtgui/Plotting/PlotProperties.py

    rfacf4ca r53c771e  
    2424        self._color = color if color else 0 
    2525        self._legend = legend 
    26         self._markersize = marker_size if marker_size else 3 
     26        self._markersize = marker_size if marker_size else 5 
    2727        self.custom_color = False if isinstance(self._color, int) else True 
    2828 

  • src/sas/qtgui/Plotting/Plottables.py

    rfacf4ca rcee5c78  
    438438    interactive = True 
    439439    custom_color = None 
    440     markersize = 3  # default marker size is 'size 3' 
     440    markersize = 5  # default marker size is 'size 5' 
    441441 
    442442    def __init__(self): 
    … …  
    10461046        self.symbol = 0 
    10471047        self.custom_color = None 
    1048         self.markersize = 3 
     1048        self.markersize = 5 
    10491049        self.id = None 
    10501050        self.zorder = 1 

  • src/sas/qtgui/Plotting/Plotter.py

    rb764ae5 r0231f93  
    66import copy 
    77import matplotlib as mpl 
    8 import numpy as np 
    98from matplotlib.font_manager import FontProperties 
    109from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data1D 
    … …  
    131130        markersize = self._data.markersize 
    132131 
    133         # Include scaling (log vs. linear) 
    134         ax.set_xscale(self.xscale, nonposx='clip') 
    135         ax.set_yscale(self.yscale, nonposy='clip') 
    136  
    137         # define the ranges 
    138         self.setRange = SetGraphRange(parent=self, 
    139             x_range=self.ax.get_xlim(), y_range=self.ax.get_ylim()) 
    140  
    141132        # Draw non-standard markers 
    142133        l_width = markersize * 0.4 
    … …  
    160151                        linestyle='', label=self._title, picker=True) 
    161152            else: 
    162                 dy = self._data.view.dy 
    163                 # Convert tuple (lo,hi) to array [(x-lo),(hi-x)] 
    164                 if dy is not None and type(dy) == type(()): 
    165                     dy = np.vstack((y - dy[0], dy[1] - y)).transpose() 
    166  
    167153                line = ax.errorbar(x, y, 
    168                             yerr=dy, 
    169                             xerr=None, 
     154                            yerr=self._data.view.dy, xerr=None, 
    170155                            capsize=2, linestyle='', 
    171156                            barsabove=False, 
    … …  
    176161                            xlolims=False, xuplims=False, 
    177162                            label=self._title, 
    178                             zorder=1, 
    179163                            picker=True) 
     164 
     165        # Now we know what the potential new color is, let's save it 
     166        if isinstance(line, mpl.lines.Line2D): 
     167            self.data.custom_color = line.get_color() 
    180168 
    181169        # Update the list of data sets (plots) in chart 
    … …  
    195183            ax.set_xlabel(self.x_label) 
    196184 
     185        # Include scaling (log vs. linear) 
     186        ax.set_xscale(self.xscale) 
     187        ax.set_yscale(self.yscale) 
     188 
     189        # define the ranges 
     190        self.setRange = SetGraphRange(parent=self, 
     191            x_range=self.ax.get_xlim(), y_range=self.ax.get_ylim()) 
     192 
    197193        # refresh canvas 
    198194        self.canvas.draw_idle() 
    199         # This is an important processEvent. 
    200         # This allows charts to be properly updated in order 
    201         # of plots being applied. 
    202         QtWidgets.QApplication.processEvents() 
    203195 
    204196    def createContextMenu(self): 

  • src/sas/qtgui/Utilities/AddMultEditor.py

    r287d356 raed0532  
    1515import re 
    1616import logging 
    17 import traceback 
    18  
    1917import sas.qtgui.Utilities.GuiUtils as GuiUtils 
    2018from sasmodels.sasview_model import load_standard_models 
    … …  
    204202                                     self.cbOperator.currentText()) 
    205203 
    206         try: 
    207             success = GuiUtils.checkModel(self.plugin_filename) 
    208         except Exception as ex: 
    209             # broad exception from sasmodels 
    210             msg = "Error building model: "+ str(ex) 
    211             logging.error(msg) 
    212             #print three last lines of the stack trace 
    213             # this will point out the exact line failing 
    214             last_lines = traceback.format_exc().split('\n')[-4:] 
    215             traceback_to_show = '\n'.join(last_lines) 
    216             logging.error(traceback_to_show) 
    217  
    218             # Set the status bar message 
    219             self.parent.communicate.statusBarUpdateSignal.emit("Model check failed") 
    220             return 
     204        success = GuiUtils.checkModel(self.plugin_filename) 
    221205 
    222206        if not success: 

  • src/sas/qtgui/Utilities/GuiUtils.py

    r0eff615 r0eff615  
    3535        HELP_DIRECTORY_LOCATION = "docs/sphinx-docs/build/html" 
    3636IMAGES_DIRECTORY_LOCATION = HELP_DIRECTORY_LOCATION + "/_images" 
    37  
    38 # This matches the ID of a plot created using FittingLogic._create1DPlot, e.g. 
    39 # "5 [P(Q)] modelname" 
    40 # or 
    41 # "4 modelname". 
    42 # Useful for determining whether the plot in question is for an intermediate result, such as P(Q) or S(Q) in the 
    43 # case of a product model; the identifier for this is held in square brackets, as in the example above. 
    44 theory_plot_ID_pattern = re.compile(r"^([0-9]+)\s+(\[(.*)\]\s+)?(.*)$") 
    4537 
    4638def get_app_dir(): 
    … …  
    219211    # New theory data in current perspective 
    220212    updateTheoryFromPerspectiveSignal = QtCore.pyqtSignal(QtGui.QStandardItem) 
    221  
    222     # Request to delete plots (in the theory view) related to a given model ID 
    223     deleteIntermediateTheoryPlotsSignal = QtCore.pyqtSignal(str) 
    224213 
    225214    # New plot requested from the GUI manager 

  • src/sas/qtgui/Utilities/LocalConfig.py

    rb764ae5 re4335ae  
    134134 
    135135# Default threading model 
    136 USING_TWISTED = False 
     136USING_TWISTED = True 
    137137 
    138138# Time out for updating sasview 

  • src/sas/qtgui/Utilities/ReportDialog.py

    rcb90b65 rce30949  
    7373        # Use a sensible filename default 
    7474        default_name = os.path.join(location, 'fit_report.pdf') 
    75  
    7675        kwargs = { 
    7776            'parent'   : self, 
    7877            'caption'  : 'Save Report', 
    79             # don't use 'directory' in order to remember the previous user choice 
    80             #'directory': default_name, 
     78            'directory': default_name, 
    8179            'filter'   : 'PDF file (*.pdf);;HTML file (*.html);;Text file (*.txt)', 
    8280            'options'  : QtWidgets.QFileDialog.DontUseNativeDialog} 
    … …  
    10199 
    102100        # Create files with charts 
    103         pictures = [] 
    104         if self.data_images is not None: 
    105             pictures = self.getPictures(basename) 
     101        pictures = self.getPictures(basename) 
    106102 
    107103        # self.data_html contains all images at the end of the report, in base64 form; 

  • src/sas/qtgui/Utilities/UnitTesting/ReportDialogTest.py

    rcb90b65 r144fe21  
    158158 
    159159        self.assertTrue(logging.error.called) 
    160         #logging.error.assert_called_with("Error creating pdf") 
     160        logging.error.assert_called_with("Error creating pdf: Failed") 
    161161 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.