Changeset 0b79323 in sasview for src/sas/sascalc/dataloader


Ignore:
Timestamp:
Jul 27, 2017 7:11:42 AM (7 years ago)
Author:
lewis
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
9d786e5
Parents:
7477fb9
Message:

Re-implement 2D CanSAS XML support

Location:
src/sas/sascalc/dataloader
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    r7477fb9 r0b79323  
    5454                    self.f_open = open(filepath, 'rb') 
    5555                    self.get_file_contents() 
    56                     self.sort_one_d_data() 
     56 
     57                    if isinstance(self.output[0], Data1D): 
     58                        self.sort_one_d_data() 
     59                    elif isinstance(self.output[0], Data2D): 
     60                        self.sort_two_d_data() 
     61     
    5762                except DataReaderException as e: 
    5863                    self.handle_error_message(e.message) 
     
    124129        self.output = final_list 
    125130 
     131    def sort_two_d_data(self): 
     132        final_list = [] 
     133        for dataset in self.output: 
     134            dataset.data = dataset.data.astype(np.float64) 
     135            dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64) 
     136            dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
     137            dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
     138            dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64) 
     139            dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
     140            dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
     141            dataset.q_data = np.sqrt(dataset.qx_data * dataset.qx_data 
     142                                     + dataset.qy_data * dataset.qy_data) 
     143            if dataset.err_data is not None: 
     144                dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64) 
     145            if dataset.dqx_data is not None: 
     146                dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64) 
     147            if dataset.dqy_data is not None: 
     148                dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64) 
     149            if dataset.mask is not None: 
     150                dataset.mask = dataset.mask.astype(dtype=bool) 
     151 
     152            if len(dataset.shape) == 2: 
     153                n_rows, n_cols = dataset.shape 
     154                dataset.y_bins = dataset.qy_data[0::int(n_cols)] 
     155                dataset.x_bins = dataset.qx_data[:int(n_cols)] 
     156                dataset.data = dataset.data.flatten() 
     157            else: 
     158                dataset.y_bins = [] 
     159                dataset.x_bins = [] 
     160                dataset.data = dataset.data.flatten() 
     161            final_list.append(dataset) 
     162        self.output = final_list 
     163 
    126164    def set_all_to_none(self): 
    127165        """ 
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r7477fb9 r0b79323  
    236236                self.parent_class = tagname_original 
    237237                if tagname == 'SASdata': 
    238                     self.current_dataset = plottable_1D(np.array(0), np.array(0)) 
     238                    self._initialize_new_data_set(node) 
     239                    if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     240                        x_bins = attr.get("x_bins", "") 
     241                        y_bins = attr.get("y_bins", "") 
     242                        if x_bins is not "" and y_bins is not "": 
     243                            self.current_dataset.shape = (x_bins, y_bins) 
     244                        else: 
     245                            self.current_dataset.shape = () 
    239246                # Recurse to access data within the group 
    240247                self._parse_entry(node, recurse=True) 
     
    250257                self._add_intermediate() 
    251258            else: 
    252                 data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname) 
     259                if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     260                    data_point = node.text 
     261                    unit = attr.get('unit', '') 
     262                else: 
     263                    data_point, unit = self._get_node_value(node, tagname) 
    253264 
    254265                # If this is a dataset, store the data appropriately 
     
    260271                elif tagname == 'SASnote': 
    261272                    self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    262                 elif tagname == 'I': # I and Q points 
     273 
     274                # I and Q points 
     275                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    263276                    unit_list = unit.split("|") 
    264277                    if len(unit_list) > 1: 
     
    268281                        self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    269282                    self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, data_point) 
    270                 elif tagname == 'Idev': 
     283                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_1D): 
    271284                    self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, data_point) 
    272285                elif tagname == 'Q': 
     
    294307                elif tagname == 'zacceptance': 
    295308                    self.current_datainfo.sample.zacceptance = (data_point, unit) 
     309 
     310                # I and Qx, Qy - 2D data 
     311                elif tagname == 'I' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     312                    self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     313                    self.current_dataset.data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     314                elif tagname == 'Idev' and isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     315                    self.current_dataset.err_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     316                elif tagname == 'Qx': 
     317                    self.current_dataset.xaxis("Qx", unit) 
     318                    self.current_dataset.qx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     319                elif tagname == 'Qy': 
     320                    self.current_dataset.yaxis("Qy", unit) 
     321                    self.current_dataset.qy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     322                elif tagname == 'Qxdev': 
     323                    self.current_dataset.xaxis("Qxdev", unit) 
     324                    self.current_dataset.dqx_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     325                elif tagname == 'Qydev': 
     326                    self.current_dataset.yaxis("Qydev", unit) 
     327                    self.current_dataset.dqy_data = np.fromstring(data_point, dtype=float, sep=",") 
     328                elif tagname == 'Mask': 
     329                    inter = [item == "1" for item in data_point.split(",")] 
     330                    self.current_dataset.mask = np.asarray(inter, dtype=bool) 
    296331 
    297332                # Sample Information 
     
    647682                                                np.zeros([array_size])) 
    648683 
     684    def _initialize_new_data_set(self, node=None): 
     685        if node is not None: 
     686            for child in node: 
     687                if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Idata": 
     688                    for i_child in child: 
     689                        if i_child.tag.replace(self.base_ns, "") == "Qx": 
     690                            self.current_dataset = plottable_2D() 
     691                            return 
     692        self.current_dataset = plottable_1D(np.array(0), np.array(0)) 
     693 
     694    ## Writing Methods 
    649695    def write(self, filename, datainfo): 
    650696        """ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.