Changeset 0954398 in sasview


Ignore:
Timestamp:
May 21, 2008 5:07:40 PM (16 years ago)
Author:
Gervaise Alina <gervyh@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
73bbe35
Parents:
fa452e4
Message:

some modifcations

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • park_integration/test/FittingModule.py

    racb8788 r0954398  
    33from Loader import Load 
    44from scipy import optimize 
     5 
     6 
     7class FitArrange: 
     8    def __init__(self): 
     9        """ 
     10            @param model: the model selected by the user 
     11            @param Ldata: a list of data what the user want to fit 
     12        """ 
     13        self.model = None 
     14        self.dList =[] 
     15         
     16    def set_model(self,model): 
     17        """ set the model """ 
     18        self.model = model 
     19         
     20    def add_data(self,data): 
     21        """  
     22            @param data: Data to add in the list 
     23            fill a self.dataList with data to fit 
     24        """ 
     25        if not data in self.dList: 
     26            self.dList.append(data) 
     27             
     28    def get_model(self): 
     29        return self.model    
     30      
     31    def get_data(self): 
     32        """ Return list of data""" 
     33        return self.dList  
     34       
     35    def delete_data(self,data): 
     36        """ 
     37            Remove one element from the list 
     38            @param data: Data to remove from the the lsit of data 
     39        """ 
     40        if data in self.dList: 
     41            self.dList.remove(data) 
     42             
    543class Fitting: 
    644    """  
    … …  
    947    def __init__(self,data=[]): 
    1048        #self.model is a list of all models to fit 
    11         self.model=[] 
     49        self.model={} 
     50        self.fitArrangeList={} 
    1251        #the list of all data to fit  
    1352        self.data = data 
    … …  
    2261        """ 
    2362        return True 
     63     
    2464    def fit(self,pars, qmin=None, qmax=None): 
    2565        """ 
    2666             Do the fit  
    2767        """ 
    28          
    29         # Do the fit with 2 data set and one model  
    30         numberData= len(self.data) 
    31         numberModel= len(self.model) 
    32         if numberData==1 and numberModel==1: 
    33             if qmin==None: 
    34                 xmin= min(self.data[0].x) 
    35             if qmax==None: 
    36                 xmax= max(self.data[0].x) 
    37             
    38             #chisqr, out, cov = fitHelper(self.model[0],self.data[0],pars,xmin,xmax) 
    39             chisqr, out, cov =fitHelper(self.model[0], pars, self.data[0].x, 
    40                                  self.data[0].y, self.data[0].dy ,xmin,xmax) 
    41         else:# More than one data to fit with one model 
    42             xtemp=[] 
    43             ytemp=[] 
    44             dytemp=[] 
    45             for data in self.data: 
    46                 for i in range(len(data.x)): 
    47                     if not data.x[i] in xtemp: 
    48                         xtemp.append(data.x[i]) 
    49                         
    50                     if not data.y[i] in ytemp: 
    51                         ytemp.append(data.y[i]) 
    52                          
    53                     if not data.dy[i] in dytemp: 
    54                         dytemp.append(data.dy[i]) 
    55             if qmin==None: 
    56                 xmin= min(xtemp) 
    57             if qmax==None: 
    58                 xmax= max(xtemp)       
    59             #chisqr, out, cov = fitHelper(self.model[0],  
    60             #temp,pars,min(temp.x),max(temp.x)) 
    61             chisqr, out, cov =fitHelper(self.model[0], pars, xtemp, 
    62                                  ytemp, dytemp ,xmin,xmax) 
     68        # Do the fit with more than one data set and one model  
     69        xtemp=[] 
     70        ytemp=[] 
     71        dytemp=[] 
     72         
     73        #for item in self.self.fitArrangeList.: 
     74         
     75        fitproblem=self.fitArrangeList.values()[0] 
     76        listdata=[] 
     77        model =fitproblem.get_model() 
     78        listdata= fitproblem.get_data() 
     79         
     80        for data in listdata: 
     81            for i in range(len(data.x)): 
     82                if not data.x[i] in xtemp: 
     83                    xtemp.append(data.x[i]) 
     84                    
     85                if not data.y[i] in ytemp: 
     86                    ytemp.append(data.y[i]) 
     87                     
     88                if not data.dy[i] in dytemp: 
     89                    dytemp.append(data.dy[i]) 
     90        if qmin==None: 
     91            qmin= min(xtemp) 
     92        if qmax==None: 
     93            qmax= max(xtemp)   
     94        chisqr, out, cov = fitHelper(model, pars, xtemp,ytemp, dytemp ,qmin,qmax) 
    6395        return chisqr, out, cov 
    6496     
    65     def set_model(self,model): 
     97    def set_model(self,model,Uid): 
    6698        """ Set model """ 
    67         self.model.append(model) 
    68          
    69     def set_data(self,data): 
     99        #self.model[Uid] = model 
     100        fitproblem= FitArrange() 
     101        fitproblem.set_model(model) 
     102        self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
     103         
     104    def set_data(self,data,Uid): 
    70105        """ Receive plottable and create a list of data to fit""" 
    71         self.data.append(data) 
    72          
     106        #self.data.append(data) 
     107        if self.fitArrangeList.has_key(Uid): 
     108            self.fitArrangeList[Uid].add_data(data) 
     109        else: 
     110            fitproblem= FitArrange() 
     111            fitproblem.add_data(data) 
     112            self.fitArrangeList[Uid]=fitproblem 
     113             
    73114    def get_data(self): 
    74115        """ return list of data""" 
    … …  
    82123        """ return the contraint value """ 
    83124        return self.contraint 
    84      
    85 def get_residuals(model,data,qmin=None,qmax=None): 
    86     """ 
    87         Calculates the vector of residuals for each point  
    88         in y for a given set of input parameters. 
    89         @param params: list of parameter values 
    90         @return: vector of residuals 
    91     """ 
    92     residuals = [] 
    93     
    94     for j in range(len(data.x)): 
    95         if data.x[j]> qmin and data.x[j]< qmax: 
    96             residuals.append( ( data.y[j] - model.runXY(data.x[j]) ) / data.dy[j]) 
    97      
    98     return residuals 
    99  
    100     
    101 def chi2(params):  
    102     """ 
    103         Calculates chi^2 
    104         @param params: list of parameter values 
    105         @return: chi^2 
    106     """ 
    107     sum = 0 
    108     res = get_residuals(params) 
    109     for item in res: 
    110         sum += item*item 
    111     return sum  
    112      
    113      
    114     def residual(self): 
    115         return self.residuals 
    116      
    117 def fitHelper(model,data,pars,qmin=None,qmax=None): 
    118     """ Do the actual fitting""" 
    119      
    120     p = [param() for param in pars] 
    121     out, cov_x, info, mesg, success = optimize.leastsq(get_residuals, p, full_output=1, warning=True) 
    122     print info, mesg, success 
    123     # Calculate chi squared 
    124     if len(pars)>1: 
    125         chisqr = self.chi2(out) 
    126     elif len(pars)==1: 
    127         chisqr = self.chi2([out]) 
    128          
    129     return chisqr, out, cov_x 
     125 
     126 
    130127 
    131128class Parameter: 
    … …  
    213210    load.load_data(data1) 
    214211    Fit =Fitting() 
    215     Fit.set_data(data1) 
     212     
    216213    from sans.guitools.LineModel import LineModel 
    217214    model  = LineModel() 
    218     Fit.set_model(model) 
    219      
     215    Fit.set_model(model,1 ) 
     216    Fit.set_data(data1,1) 
    220217    default_A = model.getParam('A')  
    221218    default_B = model.getParam('B')  
    … …  
    227224     
    228225    # test fit with 2 data and one model 
     226    Fit =Fitting() 
     227    Fit.set_model(model,2 ) 
    229228    load.set_filename("testdata1.txt") 
    230229    load.set_values() 
    … …  
    233232     
    234233    load.load_data(data2) 
    235     Fit.set_data(data2) 
     234    Fit.set_data(data2,2) 
    236235     
    237236    load.set_filename("testdata2.txt") 
    … …  
    240239    data3.name = "data2" 
    241240    load.load_data(data3) 
    242     Fit.set_data(data3) 
     241    Fit.set_data(data3,2) 
    243242    chisqr, out, cov=Fit.fit([cstA,cstB],None,None) 
    244243    print"fit two data",chisqr, out, cov  
     244     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.