Changeset 06a4306 in sasview for src/sas


Ignore:
Timestamp:
Dec 19, 2016 7:51:49 PM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
b61bd57, 24fd27a, 33844bf
Parents:
09fdc89 (diff), aa4b4f05 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Paul Kienzle <pkienzle@…> (12/19/16 19:51:49)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (12/19/16 19:51:49)
Message:

Merge pull request #16 from SasView?/ticket778

Ticket778

Location:
src/sas
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    rf845454 r06a4306  
    5252    FONT_VARIANT = 1 
    5353    ON_MAC = True 
    54  
    5554 
    5655class BasicPage(ScrolledPanel, PanelBase): 
    … …  
    14581457                self.state_change = True 
    14591458                self._draw_model() 
     1459                # Time delay has been introduced to prevent _handle error 
     1460                # on Windows 
     1461                # This part of code is executed when model is selected and 
     1462                # it's parameters are changed (with respect to previously 
     1463                # selected model). There are two Iq evaluations occuring one 
     1464                # after another and therefore there may be compilation error 
     1465                # if model is calculated for the first time. 
     1466                # This seems to be Windows only issue - haven't tested on Linux 
     1467                # though.The proper solution (other than time delay) requires 
     1468                # more fundemental code refatoring 
     1469                # Wojtek P. Nov 7, 2016 
     1470                if not ON_MAC: 
     1471                    time.sleep(0.1) 
    14601472                self.Refresh() 
    14611473 
    … …  
    23962408 
    23972409        # Redraw the model 
    2398         self._draw_model() 
     2410        #  Wojtek P. Nov 7, 2016: Redrawing seems to be unnecessary here 
     2411        # self._draw_model() 
    23992412        # self._undo.Enable(True) 
    24002413        event = PageInfoEvent(page=self) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    r345e7e4 rbf44249e  
    8181        flag = check_data_validity(self.data) & (self.model is not None) 
    8282        self.btFit.Enable(flag) 
    83          
     83 
    8484    def on_set_focus(self, event): 
    8585        """ 
    86         Override the basepage focus method to ensure the save flag is set  
     86        Override the basepage focus method to ensure the save flag is set 
    8787        properly when focusing on the fit page. 
    8888        """ 
    … …  
    238238 
    239239        weighting_set_box = wx.StaticBox(self, wx.ID_ANY, 
    240                                 'Set Weighting by Selecting dI Source') 
     240                                         'Set Weighting by Selecting dI Source') 
    241241        weighting_box = wx.StaticBoxSizer(weighting_set_box, wx.HORIZONTAL) 
    242242        sizer_weighting = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL) 
    … …  
    11641164        if event is not None: 
    11651165            if (event.GetEventObject() == self.formfactorbox 
    1166                         and self.structurebox.GetLabel() != 'None')\ 
    1167                         or event.GetEventObject() == self.structurebox\ 
    1168                         or event.GetEventObject() == self.multifactorbox: 
     1166                    and self.structurebox.GetLabel() != 'None')\ 
     1167                    or event.GetEventObject() == self.structurebox\ 
     1168                    or event.GetEventObject() == self.multifactorbox: 
    11691169                copy_flag = self.get_copy_params() 
    11701170                is_poly_enabled = self.enable_disp.GetValue() 
    … …  
    12051205                    self._keep.Enable(not self.batch_on) 
    12061206                    self._set_save_flag(True) 
    1207                     self._set_smear(self.data) 
     1207            #Setting smearing for cases with and without data. 
     1208            self._set_smear(self.data) 
    12081209 
    12091210            # more disables for 2D 
    … …  
    12121213            try: 
    12131214                # update smearer sizer 
    1214                 self.onSmear(None) 
     1215                #This call for smearing set up caused double evaluation of 
     1216                #I(q) and double compilation as results 
     1217                #self.onSmear(None) 
    12151218                temp_smear = None 
    12161219                if not self.disable_smearer.GetValue(): 
    … …  
    12261229            # set smearing value whether or not data contain the smearing info 
    12271230            evt = ModelEventbox(model=self.model, 
    1228                             smearer=temp_smear, 
    1229                             enable_smearer=not self.disable_smearer.GetValue(), 
    1230                             qmin=float(self.qmin_x), 
    1231                             uid=self.uid, 
    1232                             caption=self.window_caption, 
    1233                             qmax=float(self.qmax_x)) 
     1231                                smearer=temp_smear, 
     1232                                enable_smearer=not self.disable_smearer.GetValue(), 
     1233                                qmin=float(self.qmin_x), 
     1234                                uid=self.uid, 
     1235                                caption=self.window_caption, 
     1236                                qmax=float(self.qmax_x)) 
    12341237 
    12351238            self._manager._on_model_panel(evt=evt) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    r1a5d5f2 r06a4306  
    864864                enable1D=enable1D, enable2D=enable2D, 
    865865                qmin=qmin, qmax=qmax, weight=weight) 
    866             self._mac_sleep(0.2) 
    867866 
    868867    def _mac_sleep(self, sec=0.2): 
    … …  
    19641963                ## May need rethinking   
    19651964                ## 
    1966                 ##    -PDB August 12, 2014                   
     1965                ##    -PDB August 12, 2014 
    19671966                while self.calc_1D.isrunning(): 
    19681967                    time.sleep(0.1) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/manipulations.py

    rb699768 rb2b36932  
    143143        :return: Data1D object 
    144144        """ 
    145         if len(data2D.detector) != 1: 
     145        if len(data2D.detector) > 1: 
    146146            msg = "_Slab._avg: invalid number of " 
    147147            msg += " detectors: %g" % len(data2D.detector) 
    … …  
    299299            error on number of counts, number of entries summed 
    300300        """ 
    301         if len(data2D.detector) != 1: 
     301        if len(data2D.detector) > 1: 
    302302            msg = "Circular averaging: invalid number " 
    303303            msg += "of detectors: %g" % len(data2D.detector) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    r5e906207 rbbd0f37  
    162162                    else: 
    163163                        self.current_dataset.x = data_set.flatten() 
     164                    continue 
     165                elif key == u'Qdev': 
     166                    self.current_dataset.dx = data_set.flatten() 
    164167                    continue 
    165168                elif key == u'Qy': 

  • src/sas/sascalc/fit/BumpsFitting.py

    rb699768 r345e7e4  
    44import os 
    55from datetime import timedelta, datetime 
     6import traceback 
    67 
    78import numpy 
    … …  
    293294            R.success = result['success'] 
    294295            if R.success: 
    295                 R.stderr = numpy.hstack((result['stderr'][fitted_index], 
    296                                          numpy.NaN*numpy.ones(len(fitness.computed_pars)))) 
     296                if result['stderr'] is None: 
     297                    R.stderr = numpy.NaN*numpy.ones(len(param_list)) 
     298                else: 
     299                    R.stderr = numpy.hstack((result['stderr'][fitted_index], 
     300                                             numpy.NaN*numpy.ones(len(fitness.computed_pars)))) 
    297301                R.pvec = numpy.hstack((result['value'][fitted_index], 
    298302                                      [p.value for p in fitness.computed_pars])) 
    … …  
    306310                R.uncertainty_state = result['uncertainty'] 
    307311            all_results.append(R) 
     312        all_results[0].mesg = result['errors'] 
    308313 
    309314        if q is not None: 
    … …  
    344349    try: 
    345350        best, fbest = fitdriver.fit() 
    346     except: 
    347         import traceback; traceback.print_exc() 
    348         raise 
     351        errors = [] 
     352    except Exception as exc: 
     353        best, fbest = None, numpy.NaN 
     354        errors = [str(exc), traceback.traceback.format_exc()] 
    349355    finally: 
    350356        mapper.stop_mapper(fitdriver.mapper) 
    … …  
    356362 
    357363    success = best is not None 
     364    try: 
     365        stderr = fitdriver.stderr() if success else None 
     366    except Exception as exc: 
     367        errors.append(str(exc)) 
     368        errors.append(traceback.format_exc()) 
     369        stderr = None 
    358370    return { 
    359371        'value': best if success else None, 
    360         'stderr': fitdriver.stderr() if success else None, 
     372        'stderr': stderr, 
    361373        'success': success, 
    362374        'convergence': convergence, 
    363375        'uncertainty': getattr(fitdriver.fitter, 'state', None), 
     376        'errors': '\n'.join(errors), 
    364377        } 
    365378 

  • src/sas/sasgui/guiframe/gui_manager.py

    rc8e1996 r67b0a99  
    19501950                    item, _, _ = value 
    19511951                    item.Check(True) 
    1952             self._data_panel.on_remove(None, False) 
    19531952 
    19541953            wx.PostEvent(self, StatusEvent(status="Loading Project file...")) 
    … …  
    19631962                # Reset to a base state 
    19641963                self._on_reset_state() 
     1964                self._data_panel.on_remove(None, False) 
    19651965                # Load the project file 
    19661966                self.load_state(path=path, is_project=True) 
    … …  
    24562456                                                group_id=group_id, 
    24572457                                                action='remove')) 
    2458                 # remove res plot: Todo: improve 
    24592458                wx.CallAfter(self._remove_res_plot, new_plot.id) 
    24602459        self._data_manager.delete_data(data_id=data_id, 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/plotting/Plotter2D.py

    r1a696bf rb2b36932  
    316316 
    317317        slicerpop.AppendSeparator() 
    318         if len(self.data2D.detector) == 1: 
     318        if len(self.data2D.detector) <= 1: 
    319319            item_list = self.parent.get_current_context_menu(self) 
    320320            if (not item_list == None) and (not len(item_list) == 0) and\ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpanel.py

    rc8e1996 r67b0a99  
    189189        # use while-loop, for-loop will not do the job well. 
    190190        while (self.GetPageCount() > 0): 
    191             # delete the first page until no page exists 
    192             page = self.GetPage(0) 
     191            page = self.GetPage(self.GetPageCount() - 1) 
    193192            if self._manager.parent.panel_on_focus == page: 
    194193                self._manager.parent.panel_on_focus = None 
    195194            self._close_helper(selected_page=page) 
    196             self.DeletePage(0) 
     195            self.DeletePage(self.GetPageCount() - 1) 
    197196        # Clear list of names 
    198197        self.fit_page_name = {} 
    … …  
    400399                    temp = self.GetSelection() 
    401400                    self.DeletePage(temp) 
     401            if self.sim_page is not None: 
     402                if len(self.sim_page.model_list) == 0: 
     403                    pos = self.GetPageIndex(self.sim_page) 
     404                    self.SetSelection(pos) 
     405                    self.on_close_page(event=None) 
     406                    temp = self.GetSelection() 
     407                    self.DeletePage(temp) 
     408                    self.sim_page = None 
     409                    self.batch_on = False 
    402410            if self.GetPageCount() == 0: 
    403411                self._manager.on_add_new_page(event=None) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/plugin.rst

    r20cfa23 rca1eaeb  
    560560 
    561561    M_PI_180, M_4PI_3: 
    562         $\pi/{180}$, $\tfrac{4}{3}\pi$ 
     562        $\frac{\pi}{180}$, $\frac{4\pi}{3}$ 
    563563    SINCOS(x, s, c): 
    564564        Macro which sets s=sin(x) and c=cos(x). The variables *c* and *s* 
    … …  
    596596These functions have been tuned to be fast and numerically stable down 
    597597to $q=0$ even in single precision.  In some cases they work around bugs 
    598 which appear on some platforms but not others. So use them where needed!!! 
     598which appear on some platforms but not others, so use them where needed. 
     599Add the files listed in :code:`source = ["lib/file.c", ...]` to your *model.py* 
     600file in the order given, otherwise these functions will not be available. 
    599601 
    600602    polevl(x, c, n): 
    601         Polynomial evaluation $p(x) = \sum_{i=0}^n c_i x^{n-i}$ using Horner's 
     603        Polynomial evaluation $p(x) = \sum_{i=0}^n c_i x^i$ using Horner's 
    602604        method so it is faster and more accurate. 
    603605 
     606        $c = \{c_n, c_{n-1}, \ldots, c_0 \}$ is the table of coefficients, 
     607        sorted from highest to lowest. 
     608 
     609        :code:`source = ["lib/polevl.c", ...]` (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/polevl.c>`_) 
     610 
     611    p1evl(x, c, n): 
     612        Evaluation of normalized polynomial $p(x) = x^n + \sum_{i=0}^{n-1} c_i x^i$ 
     613        using Horner's method so it is faster and more accurate. 
     614 
     615        $c = \{c_{n-1}, c_{n-2} \ldots, c_0 \}$ is the table of coefficients, 
     616        sorted from highest to lowest. 
     617 
    604618        :code:`source = ["lib/polevl.c", ...]` 
    605  
    606     sas_gamma: 
    607         Gamma function $\text{sas_gamma}(x) = \Gamma(x)$.  The standard math 
    608         library gamma function, tgamma(x) is unstable below 1 on some platforms. 
     619        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/polevl.c>`_) 
     620 
     621    sas_gamma(x): 
     622        Gamma function $\text{sas_gamma}(x) = \Gamma(x)$. 
     623 
     624        The standard math function, tgamma(x) is unstable for $x < 1$ 
     625        on some platforms. 
    609626 
    610627        :code:`source = ["lib/sasgamma.c", ...]` 
    611  
    612     erf, erfc: 
     628        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_gamma.c>`_) 
     629 
     630    sas_erf(x), sas_erfc(x): 
    613631        Error function 
    614         $\text{erf}(x) = \frac{1}{\sqrt\pi}\int_0^x e^{-t^2}\,dt$ 
     632        $\text{sas_erf}(x) = \frac{2}{\sqrt\pi}\int_0^x e^{-t^2}\,dt$ 
    615633        and complementary error function 
    616         $\text{erfc}(x) = \frac{1}{\sqrt\pi}\int_x^\inf e^{-t^2}\,dt$. 
    617         The standard math library erf and erfc are slower and broken 
     634        $\text{sas_erfc}(x) = \frac{2}{\sqrt\pi}\int_x^{\infty} e^{-t^2}\,dt$. 
     635 
     636        The standard math functions erf(x) and erfc(x) are slower and broken 
    618637        on some platforms. 
    619638 
    620639        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_erf.c", ...]` 
    621  
    622     sas_J0: 
    623         Bessel function of the first kind where 
     640        (`link to error functions' code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_erf.c>`_) 
     641 
     642    sas_J0(x): 
     643        Bessel function of the first kind $\text{sas_J0}(x)=J_0(x)$ where 
    624644        $J_0(x) = \frac{1}{\pi}\int_0^\pi \cos(x\sin(\tau))\,d\tau$. 
    625645 
     646        The standard math function j0(x) is not available on all platforms. 
     647 
    626648        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c", ...]` 
    627  
    628     sas_J1: 
    629         Bessel function of the first kind where 
     649        (`link to Bessel function's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_J0.c>`_) 
     650 
     651    sas_J1(x): 
     652        Bessel function of the first kind  $\text{sas_J1}(x)=J_1(x)$ where 
    630653        $J_1(x) = \frac{1}{\pi}\int_0^\pi \cos(\tau - x\sin(\tau))\,d\tau$. 
    631654 
     655        The standard math function j1(x) is not available on all platforms. 
     656 
    632657        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c", ...]` 
    633  
    634     sas_JN: 
    635         Bessel function of the first kind where 
     658        (`link to Bessel function's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_J1.c>`_) 
     659 
     660    sas_JN(n, x): 
     661        Bessel function of the first kind and integer order $n$: 
     662        $\text{sas_JN}(n, x)=J_n(x)$ where 
    636663        $J_n(x) = \frac{1}{\pi}\int_0^\pi \cos(n\tau - x\sin(\tau))\,d\tau$. 
     664        If $n$ = 0 or 1, it uses sas_J0(x) or sas_J1(x), respectively. 
     665 
     666        The standard math function jn(n, x) is not available on all platforms. 
    637667 
    638668        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c", "lib/sas_J1.c", "lib/sas_JN.c", ...]` 
    639  
    640     Si: 
     669        (`link to Bessel function's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_JN.c>`_) 
     670 
     671    Si(x): 
    641672        Sine integral $\text{Si}(x) = \int_0^x \tfrac{\sin t}{t}\,dt$. 
    642673 
    643         :code:`soure = ["lib/Si.c", ...]` 
    644  
    645     sph_j1c(qr): 
     674        This function uses Taylor series for small and large arguments: 
     675 
     676        For large arguments, 
     677 
     678        .. math:: 
     679 
     680             \text{Si}(x) \sim \frac{\pi}{2} 
     681             - \frac{\cos(x)}{x}\left(1 - \frac{2!}{x^2} + \frac{4!}{x^4} - \frac{6!}{x^6} \right) 
     682             - \frac{\sin(x)}{x}\left(\frac{1}{x} - \frac{3!}{x^3} + \frac{5!}{x^5} - \frac{7!}{x^7}\right) 
     683 
     684        For small arguments, 
     685 
     686        .. math:: 
     687 
     688           \text{Si}(x) \sim x 
     689           - \frac{x^3}{3\times 3!} + \frac{x^5}{5 \times 5!} - \frac{x^7}{7 \times 7!} 
     690           + \frac{x^9}{9\times 9!} - \frac{x^{11}}{11\times 11!} 
     691 
     692        :code:`source = ["lib/Si.c", ...]` 
     693        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/Si.c>`_) 
     694 
     695    sph_j1c(x): 
    646696        Spherical Bessel form 
    647         $F(qr) = 3 j_1(qr)/(qr) = 3 (\sin(qr) - qr \cos(qr))/{(qr)^3}$, 
    648         with a limiting value of 1 at $qr=0$.  This function uses a Taylor 
    649         series for small $qr$ for numerical accuracy. 
     697        $\text{sph_j1c}(x) = 3 j_1(x)/x = 3 (\sin(x) - x \cos(x))/x^3$, 
     698        with a limiting value of 1 at $x=0$, where $j_1(x)$ is the spherical 
     699        Bessel function of the first kind and first order. 
     700 
     701        This function uses a Taylor series for small $x$ for numerical accuracy. 
    650702 
    651703        :code:`source = ["lib/sph_j1c.c", ...]` 
    652  
    653     sas_J1c(qr): 
    654         Bessel form $F(qr) = 2 J_1(qr)/{(qr)}$, with a limiting value of 1 at $qr=0$. 
     704        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sph_j1c.c>`_) 
     705 
     706 
     707    sas_J1c(x): 
     708        Bessel form $\text{sas_J1c}(x) = 2 J_1(x)/x$, with a limiting value 
     709        of 1 at $x=0$, where $J_1(x)$ is the Bessel function of first kind 
     710        and first order. 
    655711 
    656712        :code:`source = ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c", ...]` 
    657  
    658     Gauss76z[i], Gauss76Wt[i]: 
    659         Points $z_i$ and weights $w_i$ for 76-point Gaussian quadrature, 
    660         computing $\int_{-1}^1 f(z)\,dz \approx \sum_{i=1}^{76} w_i f(z_i)$. 
    661         Similar arrays are available in :code:`gauss20.c` for 20 point 
    662         quadrature and in :code:`gauss150.c` for 150 point quadrature. 
    663  
    664         :code:`source = ["gauss76.c", ...]` 
     713        (`link to Bessel form's code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/sas_J1.c>`_) 
     714 
     715 
     716    Gauss76Z[i], Gauss76Wt[i]: 
     717        Points $z_i$ and weights $w_i$ for 76-point Gaussian quadrature, respectively, 
     718        computing $\int_{-1}^1 f(z)\,dz \approx \sum_{i=1}^{76} w_i\,f(z_i)$. 
     719 
     720        Similar arrays are available in :code:`gauss20.c` for 20-point 
     721        quadrature and in :code:`gauss150.c` for 150-point quadrature. 
     722 
     723        :code:`source = ["lib/gauss76.c", ...]` 
     724        (`link to code <https://github.com/SasView/sasmodels/tree/master/sasmodels/models/lib/gauss76.c>`_) 
     725 
     726 
    665727 
    666728Problems with C models 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.