Ignore:
Timestamp:
Oct 6, 2016 12:21:22 PM (8 years ago)
Author:
GitHub <noreply@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
8d3d20a
Parents:
3a22ce7 (diff), 5e906207 (diff)
Note: this is a merge changeset, the changes displayed below correspond to the merge itself.
Use the (diff) links above to see all the changes relative to each parent.
git-author:
Andrew Jackson <andrew.jackson@…> (10/06/16 12:21:22)
git-committer:
GitHub <noreply@…> (10/06/16 12:21:22)
Message:

Merge pull request #12 from lewisodriscoll/file-converter

Implement File Converter Tool

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    r479799c r5e906207  
    2323 
    2424    Any number of SASdata sets may be present in a SASentry and the data within can be either 1D I(Q) or 2D I(Qx, Qy). 
     25 
     26    Also supports reading NXcanSAS formatted HDF5 files 
    2527 
    2628    :Dependencies: 
     
    7678                ## Add the last data set to the list of outputs 
    7779                self.add_data_set() 
     80                ## Close the data file 
     81                self.raw_data.close() 
    7882        ## Return data set(s) 
    7983        return self.output 
     
    183187                    elif key == u'run': 
    184188                        self.current_datainfo.run.append(data_point) 
     189                        try: 
     190                            run_name = value.attrs['name'] 
     191                            run_dict = {data_point: run_name} 
     192                            self.current_datainfo.run_name = run_dict 
     193                        except: 
     194                            pass 
    185195                    elif key == u'title': 
    186196                        self.current_datainfo.title = data_point 
     
    189199 
    190200                    ## Sample Information 
    191                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': 
     201                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': # CanSAS 2.0 format 
     202                        self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     203                    elif key == u'ID' and self.parent_class == u'SASsample': # NXcanSAS format 
    192204                        self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    193205                    elif key == u'thickness' and self.parent_class == u'SASsample': 
     
    195207                    elif key == u'temperature' and self.parent_class == u'SASsample': 
    196208                        self.current_datainfo.sample.temperature = data_point 
     209                    elif key == u'transmission' and self.parent_class == u'SASsample': 
     210                        self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
     211                    elif key == u'x_position' and self.parent_class == u'SASsample': 
     212                        self.current_datainfo.sample.position.x = data_point 
     213                    elif key == u'y_position' and self.parent_class == u'SASsample': 
     214                        self.current_datainfo.sample.position.y = data_point 
     215                    elif key == u'polar_angle' and self.parent_class == u'SASsample': 
     216                        self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point 
     217                    elif key == u'azimuthal_angle' and self.parent_class == u'SASsample': 
     218                        self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point 
     219                    elif key == u'details' and self.parent_class == u'SASsample': 
     220                        self.current_datainfo.sample.details.append(data_point) 
    197221 
    198222                    ## Instrumental Information 
     
    204228                        self.detector.distance = float(data_point) 
    205229                        self.detector.distance_unit = unit 
     230                    elif key == u'slit_length' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     231                        self.detector.slit_length = float(data_point) 
     232                        self.detector.slit_length_unit = unit 
     233                    elif key == u'x_position' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     234                        self.detector.offset.x = float(data_point) 
     235                        self.detector.offset_unit = unit 
     236                    elif key == u'y_position' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     237                        self.detector.offset.y = float(data_point) 
     238                        self.detector.offset_unit = unit 
     239                    elif key == u'polar_angle' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     240                        self.detector.orientation.x = float(data_point) 
     241                        self.detector.orientation_unit = unit 
     242                    elif key == u'azimuthal_angle' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     243                        self.detector.orientation.z = float(data_point) 
     244                        self.detector.orientation_unit = unit 
     245                    elif key == u'beam_center_x' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     246                        self.detector.beam_center.x = float(data_point) 
     247                        self.detector.beam_center_unit = unit 
     248                    elif key == u'beam_center_y' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     249                        self.detector.beam_center.y = float(data_point) 
     250                        self.detector.beam_center_unit = unit 
     251                    elif key == u'x_pixel_size' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     252                        self.detector.pixel_size.x = float(data_point) 
     253                        self.detector.pixel_size_unit = unit 
     254                    elif key == u'y_pixel_size' and self.parent_class == u'SASdetector': 
     255                        self.detector.pixel_size.y = float(data_point) 
     256                        self.detector.pixel_size_unit = unit 
    206257                    elif key == u'SSD' and self.parent_class == u'SAScollimation': 
    207258                        self.collimation.length = data_point 
     
    213264                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    214265                        self.process.name = data_point 
    215                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': 
     266                    elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASprocess': # CanSAS 2.0 format 
     267                        self.process.name = data_point 
     268                    elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASprocess': # NXcanSAS format 
    216269                        self.process.name = data_point 
    217270                    elif key == u'description' and self.parent_class == u'SASprocess': 
     
    230283                        self.trans_spectrum.wavelength.append(data_point) 
    231284 
    232                     ## Other Information 
     285                    ## Source 
    233286                    elif key == u'wavelength' and self.parent_class == u'SASdata': 
    234287                        self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    235                         self.current_datainfo.source.wavelength.unit = unit 
     288                        self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
     289                    elif key == u'incident_wavelength' and self.parent_class == u'SASsource': 
     290                        self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
     291                        self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
     292                    elif key == u'wavelength_max' and self.parent_class == u'SASsource': 
     293                        self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point 
     294                        self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit 
     295                    elif key == u'wavelength_min' and self.parent_class == u'SASsource': 
     296                        self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point 
     297                        self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit 
     298                    elif key == u'wavelength_spread' and self.parent_class == u'SASsource': 
     299                        self.current_datainfo.source.wavelength_spread = data_point 
     300                        self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = unit 
     301                    elif key == u'beam_size_x' and self.parent_class == u'SASsource': 
     302                        self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point 
     303                        self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     304                    elif key == u'beam_size_y' and self.parent_class == u'SASsource': 
     305                        self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point 
     306                        self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     307                    elif key == u'beam_shape' and self.parent_class == u'SASsource': 
     308                        self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
    236309                    elif key == u'radiation' and self.parent_class == u'SASsource': 
    237310                        self.current_datainfo.source.radiation = data_point 
     
    376449        self.current_datainfo = DataInfo() 
    377450 
     451 
    378452    def _initialize_new_data_set(self, parent_list = None): 
    379453        """ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.